Network Graph Analysis and Visualization With Gephi

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Análisis de gráficos de red y

Visualización con Gephi
Visualice y analice sus datos rápidamente utilizando gráficos

de red dinámicos creados con Gephi
Ken Cherven
BIRMINGHAM - BOMBAY
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Análisis y visualización de gráficos de red con Gephi
Copyright © 2013 Packt Publishing
Reservados todos los derechos. Ninguna parte de este libro puede reproducirse, almacenarse en un sistema
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editor, excepto en el caso de citas breves incrustadas en artículos críticos o reseñas.
Se ha hecho todo lo posible en la preparación de este libro para garantizar la exactitud de la información
presentada. Sin embargo, la información contenida en este libro se vende sin garantía, ya sea expresa o
implícita. Ni el autor, ni Packt Publishing, ni sus comerciantes y distribuidores serán responsables de los daños
causados o presuntamente causados directa o indirectamente por este libro.
Packt Publishing se ha esforzado por proporcionar información de marcas registradas sobre todas las empresas
y productos mencionados en este libro mediante el uso apropiado de capitales.
Sin embargo, Packt Publishing no puede garantizar la exactitud de esta información.
Primera publicación: septiembre de 2013
Referencia de producción: 1170913
Publicado por Packt Publishing Ltd.

Lugar de librea
Calle librea 35
Birmingham B3 2PB, Reino Unido.
ISBN 978-1-78328-013-1
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Imagen de portada por Abhishek Pandey (abhishek.pandey1210@gmail.com)
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Créditos
Autor Coordinador del proyecto

Ken Cherven Amey Sawant
Revisores Corrector de pruebas
Martín Grandjean Clyde Jenkins
Steven P. Sanderson II
indexador
George G. Vega Yon
Mariammal Chettiyar
Redactor de adquisiciones
James Jones Coordinador de produccion
Nilesh R. Mohite
Editor de puesta en marcha

trabajo de portada
Meeta Rajani
Nilesh R. Mohite
Editores técnicos
Gauri Dasgupta
Jalasha D´costa
Proshonjit Mitra
Poojary brillante
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Sobre el Autor
Ken Cherven es un analista de marketing que trabaja en el sector automotriz en Detroit,

Michigan, EE. UU. Tiene más de 15 años de experiencia trabajando con herramientas
propietarias de Microsoft, Cognos, Tableau y Oracle, además de una amplia experiencia
en el uso de una variedad de aplicaciones de software de código abierto que incluyen
MySQL, SpagoBI, JasperServer, BIRT, Mondrian, R, Gephi, Exhibición, Omeka y d3.
Ken también mantiene el sitio visual-baseball.com , donde utiliza herramientas patentadas y de

código abierto disponibles para analizar, informar y visualizar información de béisbol. El sitio presenta
muchos de sus proyectos de visualización de béisbol, incluida una colección de más de 100 temporadas de
gráficos interactivos de carreras de banderines.
Uno de los proyectos actuales de Ken es publicar una historia visual de las carreras por el banderín de
las ligas mayores de béisbol desde 1901 hasta 2012, utilizando un enfoque de tablero con gráficos de
horizonte, diagramas de caja, gráficos de viñetas y otras imágenes para contar la historia de todas y cada una
de las carreras en un moda muy visual. Este libro está programado para su lanzamiento en 2013.
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Expresiones de gratitud
Deseo agradecer a mi esposa Karen ya mis hijos Kellen, Kristopher y Katie por brindarme el
espacio y el tiempo necesarios para escribir este libro y por todos los maravillosos momentos que
traen a mi vida. También a mis padres Ren y Anna, mi hermana Diane y mi difunto hermano Philip
por darme ejemplos positivos de cómo vivir mi vida.
También me gustaría agradecer a algunas personas que me han ayudado a llegar a este punto de
mi vida. A Doug Mueller, un verdadero amigo que siempre brinda un gran ejemplo de cómo combinar
el éxito con la humildad. También, a Pat Dessert, por ser un amigo de mucho tiempo que me ayudó
a empujarme hacia un camino más exitoso en la vida, y a Dan Poliksa, un amigo fiel por más de 25
años. Por último, deseo agradecer a los queridos amigos Yvette Collins y John Hay por 20 años de
amistad, conversación y buenos momentos.
Finalmente, deseo agradecer a la comunidad de código abierto, quienes colectivamente han

ampliado mis horizontes y me han brindado un gran optimismo para el futuro.
El trabajo incansable de muchas personas en el espacio de código abierto ha enriquecido
mi vida enormemente.
Gracias también al dedicado equipo de Packt Publishing, especialmente a Amey Sawant y

Meeta Rajani, por ayudar a mantener este proyecto en marcha, y a todos aquellos que
dedicaron su tiempo para mejorar el contenido y el flujo de este libro.
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Acerca de los revisores
Martin Grandjean es investigador en historia intelectual contemporánea en la

Universidad de Lausana (Suiza), donde es miembro del Laboratorio de Humanidades
Digitales (LADHUL).
Su investigación se centra en la estructura de las redes científicas e intelectuales en Europa

durante el periodo de entreguerras. Especializado en análisis y visualización de redes, busca
desarrollar nuevas herramientas para procesar grandes corpus de archivos. Estos estudios muestran
cómo herramientas, como Gephi, pueden ser la fuente de un enfoque científico que aporte un valor
añadido real a la investigación tradicional.
Martin lidera experimentos paralelos en el campo de los datos abiertos, las humanidades
digitales y la visualización de datos con fines de investigación o en colaboración con los
medios y los gobiernos. Es cofundador del proyecto pegasusdata.com , centrado en el análisis
de redes sociales online.
Sitio web personal: martingrandjean.ch
Steven P. Sanderson II es un candidato actual a la Maestría en la Facultad de

Medicina de la Universidad SUNY Stony Brook en el Programa de Salud Pública. Antes de
graduarse, Steven recibió su licenciatura en Economía de la misma Universidad. Tiene una
pasión por el análisis tanto en el mundo de la medicina, las finanzas y otras áreas de la economía social.
Ha tomado y obtenido un Certificado de Finalización de la Universidad de Michigan para
la clase de Análisis de Redes Sociales donde fue presentado a Gephi. Vio su potencial inmediato
para otras cosas además de las sociales, y actualmente está trabajando en el uso de Gephi para
las relaciones entre los médicos asistentes y consultores a fin de obtener una mejor representación
gráfica del flujo de pacientes de un médico a otro.
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Steven también está trabajando en Python en un programa que calculará el sentimiento

de tweet en empresas que residen dentro de índices nacionales, como Dow Jones 30 y
S&P 500. También en Python, Steven y algunos de sus colegas están trabajando en una
novela generativa. donde la narrativa se genera a partir de mensajes asociados a hashtags
predefinidos de Twitter. Steven tiene un gran interés en los "Nuevos Medios", donde el arte y
la tecnología chocan.
Steven trabaja actualmente para un hospital sin fines de lucro independiente de tamaño
mediano en Patchogue, Nueva York, como analista de soporte de decisiones clínicas.
Diariamente, está inmerso escribiendo código SQL y analizando los resultados en Excel o R
y pensando en formas en las que se podría mejorar la tecnología EHR.
George G. Vega Yon es un economista chileno que trabaja en el departamento de

investigación de la Superintendencia de Pensiones de Chile. Es Licenciado en Administración
de Empresas y Magíster en Economía y Políticas Públicas de la Escuela de Gobierno Adolfo
Ibáñez (Chile).
Autor de varios módulos R y Stata, incluido rgexf: un paquete R para trabajar con
archivos gráficos GEXF, paralelo: módulo Stata para computación paralela y
googlePublicData: un paquete R para crear archivos de metadatos DSPL de Public
Data Explorer de Google, George ha mostrado un profundo interés en computación
estadística y visualización de datos; además, es fundador del Grupo Chileno de Usuarios R (useR).
Es co-fundador del emprendimiento NodosChile.org Análisis de Redes Sociales, una

de las primeras empresas en Chile en poner el ojo en el análisis SNA aplicado, y su interés
académico se centra en el análisis de políticas, la complejidad y la computación estadística,
con este último reconocido por la comunidad ya que se ha desempeñado como revisor del
Journal of Computational Economics.
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Tabla de contenido
Prefacio 1
Capítulo 1: Instalación de Gephi 5
Descargando el programa 6
Instalación del software 7
La interfaz Gephi 11
Barra de herramientas 1: selectores, lápices y pinceles 13
Barra de herramientas 2: funciones de gráficos y nodos 14
Barra de herramientas 3: personalización de nodos y bordes 15
Resumen dieciséis
Capítulo 2: Creación de gráficos de red simples 17

Descripción del espacio de trabajo de Gephi 18
La ventana de gráficos 18
La ventana de Clasificación 19
La ventana de diseño 21
Trabajar con las opciones de diseño predeterminadas 22

Uso de un conjunto de datos existente 23
Creando nuestro primer gráfico de red 23
Visualización de datos en el Laboratorio de datos 23
Experimentando con diseños 24
Personalización del gráfico 28
Resumen 30
Capítulo 3: Exploración de opciones de diseño adicionales 31

Exploración de las opciones de diseño base 32
Forzar opciones de diseño 32
Opciones de Fruchterman Reingold 33
Opciones de Yifan Hu 34
Localización de complementos de diseño disponibles 34
Descarga e instalación de los complementos 35
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Tabla de contenido
Usando los diseños 35

El diseño circular 36
El diseño de doble círculo 37
El diseño del eje radial 37
El diseño concéntrico 38
El diseño de OpenOrd 39
Otras opciones 40
Encontrar el diseño más efectivo 40
Resumen 41
Capítulo 4: Creación de un conjunto de datos de Gephi 43
Requisitos de datos básicos 43

Dimensionamiento de nodos y bordes 44
Construyendo un archivo de datos en Gephi 45

Agregar nodos 46
Agregar bordes 46
Uso de archivos de hoja de cálculo en Gephi 48

Creación e importación de una hoja de cálculo 48
Importación de archivos de hoja de cálculo 49
Importación de datos MySQL 52
Guardando tu archivo 54
Resumen 54
Capítulo 5: Exploración de complementos 55
Acerca de los complementos 55

Mejorando Gephi con complementos 56
Explorando opciones de complementos 57
Categorías de complementos 58
Uso de complementos para mejorar la productividad 59
Descarga e instalación de complementos 60
Resumen 64
Capítulo 6: Funciones avanzadas sesenta y cinco
filtros sesenta y cinco
Opciones de filtro 66
El filtro Igual 67
Trabajar con filtros de partición 70
Uso del filtro Rango de grados 71
Trabajando con el filtro Ego Network 71
Estadísticas 72
Trabajar con estadísticas clave 73
clasificaciones 75
Resumen 80
[ ii ]
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Tabla de contenido
Capítulo 7: Implementación de visualizaciones de Gephi 81

Personalización de la visualización 81
Personalización de los nodos y etiquetas de nodos 83
Personalización de los bordes y las etiquetas de los bordes 84
Exportando el gráfico 86
Exportar a un archivo de gráfico 86
Exportación a formatos de imagen 87
Uso de la exportación web de Seadragon 87
Resumen 90
Apéndice: Recursos de visualización de red 91

Recursos en línea 91
Personas que quizás necesites conocer 92
Libros 93
Instrumentos 93
Índice 95
[ iii ]
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Prefacio
Los gráficos de red se han convertido en una parte integral del mundo de la visualización, ya que los
usuarios crean ejemplos que muestran redes conectadas en los mundos de las redes sociales, la política, las
empresas, los patrones de viaje y muchos otros temas. Muchos de estos ejemplos se crearon con herramientas
que requieren una inversión de tiempo significativa con una curva de aprendizaje pronunciada, lo que lo
convierte en un desafío para muchos creadores potenciales.
Gephi ayuda a superar estas barreras al proporcionar un marco potente pero fácil de usar que permite a
los usuarios dedicar más tiempo a la creación e implementación de gráficos de red, mientras dedican mucho
menos tiempo a la codificación. Si tiene conjuntos de datos interesantes que proporcionarán la base para
gráficos convincentes, Gephi lo ayudará a crear, personalizar e implementar rápidamente sus gráficos para una
audiencia más amplia.
El objetivo de este libro es ayudar a tantas personas como sea posible a aprender los conceptos básicos
de la visualización de redes a través de Gephi y capacitar a cada lector para que cree sus propias visualizaciones
únicas que se puedan compartir con una audiencia más amplia.
Lo que cubre este libro

El Capítulo 1, Instalación de Gephi, le enseñará cómo instalar y configurar Gephi rápida y fácilmente.
El Capítulo 2, Creación de gráficos de red simples, le enseñará cómo usar la configuración

predeterminada de Gephi para crear rápidamente sus propios gráficos de red.
El Capítulo 3, Exploración de opciones de diseño adicionales, le mostrará las múltiples formas de crear y
ver gráficos de red. Aprenderá a usar varias opciones de diseño disponibles en Gephi para crear sus propias
visualizaciones atractivas.
El Capítulo 4, Creación de un conjunto de datos de Gephi, lo ayudará a crear sus propios conjuntos de
datos de Gephi utilizando tanto el laboratorio de datos de Gephi como el software de hoja de cálculo y la
base de datos MySQL.
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Prefacio
El Capítulo 5, Exploración de complementos, le mostrará una serie de complementos que

ofrece la comunidad de Gephi para expandir las capacidades principales del software. En este
capítulo, aprenderemos cómo instalar y configurar algunos de los mejores ejemplos.
El Capítulo 6, Funciones avanzadas, lo llevará más allá de lo básico para comenzar a explorar
funciones como filtrado, consulta y clasificación para ayudarlo a crear gráficos de red potentes e
informativos.
El Capítulo 7, Implementación de visualizaciones de Gephi, lo ayuda a ir más allá de la simple

creación de sus propios gráficos de red. Aprenderá cómo exportarlos a otros formatos oa la web
para que otros los vean.
El Apéndice, Recursos de visualización de red, es un recurso para ayudar a expandir sus

capacidades, con enlaces útiles a recursos de Gephi y sitios web, libros y software de
visualización.
Lo que necesitas para este libro.

Para ejecutar cualquiera de los ejemplos de este libro, necesitará el siguiente software:
Tiempo de ejecución de Java:
• Java versión 6
• URL: http://www.java.com/getjava
Donde:
• Gephi versión 0.8.2

• URL: http://gephi.org/users/download/
para quien es este libro

La audiencia principal de este libro son las personas que buscan aprender más sobre la
visualización de redes en general y Gephi en particular. Esta no pretende ser una guía técnica
completa de Gephi o de gráficos de red, sino más bien un recurso que ayudará rápidamente a los
lectores a producir visualizaciones de calidad usando Gephi.
Convenciones
En este libro, encontrará varios estilos de texto que distinguen entre diferentes tipos de información.
Aquí hay algunos ejemplos de estos estilos y una explicación de su significado.
[2]
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Prefacio
Los términos nuevos y las palabras importantes se muestran en negrita. Las palabras que ve
en la pantalla, en menús o cuadros de diálogo, por ejemplo, aparecen en el texto de esta manera:
"Al hacer clic en el botón Siguiente , pasa a la siguiente pantalla".
Las advertencias o notas importantes aparecen en un cuadro como este.
Los consejos y trucos aparecen así.
Comentarios del lector

Los comentarios de nuestros lectores es siempre bienvenido. Háganos saber lo que piensa acerca
de este libro, lo que le gustó o no le gustó. Los comentarios de los lectores son importantes para que
podamos desarrollar títulos que realmente aproveches al máximo.
Para enviarnos comentarios generales, simplemente envíe un correo electrónico a

feedback@packtpub.com y mencione el título del libro en el asunto de su mensaje.
Si hay un tema en el que tiene experiencia y está interesado en escribir o contribuir a un libro,
consulte nuestra guía para autores en www.packtpub.com/authors.
Atención al cliente
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a aprovechar al máximo su compra.
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Puede descargar el archivo PDF de gráficos en color para este libro que ha comprado desde su
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directamente.
[3]
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Prefacio
Fe de erratas
Aunque hemos tomado todas las precauciones para garantizar la precisión de nuestro contenido, los errores ocurren.
Si encuentra un error en uno de nuestros libros, tal vez un error en el texto o en el código, le agradeceríamos que
nos lo informara. Al hacerlo, puede salvar a otros lectores de la frustración y ayudarnos a mejorar las versiones
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errata existente seleccionando su título en http://www.packtpub.com/support.
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del sitio web de inmediato para que podamos buscar una solución.
Póngase en contacto con nosotros en copyright@packtpub.com con un enlace al material sospechoso

de piratería.
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valioso.
Preguntas
Puede ponerse en contacto con nosotros en question@packtpub.com si tiene algún problema con algún aspecto
del libro, y haremos todo lo posible para solucionarlo.
[4]
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Instalación de Gephi
La visualización de redes se ha convertido en un enfoque cada vez más importante sobre cómo vemos
los datos en nuestro mundo cada vez más conectado. Las redes sociales, las redes de información, las
redes de transporte y una gran cantidad de otros conjuntos de datos pueden cobrar vida a través de mapas
de red. Sin embargo, este enfoque se dejaba tradicionalmente a aquellos con una comprensión de los
fundamentos matemáticos complejos de la teoría de grafos, o al menos a aquellos que eran codificadores
excepcionales que podían crear sus propias estructuras gráficas. En los últimos años, la explosión de los
conjuntos de datos de las redes sociales ha impulsado los gráficos de red a la corriente principal de la
visualización, lo que ha dado como resultado una serie de herramientas patentadas y de código abierto que
abordan la necesidad de crear y ver redes.
Una de las principales herramientas de este género es Gephi.
El objetivo de Gephi es hacer que la visualización de redes sea accesible para todos al proporcionar un
conjunto de herramientas que manejen las matemáticas complejas que respaldan los gráficos. Por lo tanto, los
usuarios de Gephi pueden concentrarse en el significado de los datos subyacentes y pueden probar
rápidamente enfoques visuales alternativos que muestren mejor las conexiones de red que el usuario desea
compartir con su audiencia. Gephi es una gran herramienta para aquellos que desean mostrar información a
través de sus gráficos rápidamente, al mismo tiempo que brinda la capacidad de explorar más a fondo el mundo
de la teoría de gráficos.
En este capítulo, le proporcionaré instrucciones sobre cómo comenzar a utilizar rápidamente Gephi.
Aprenderás a:
• Ir al sitio web de Gephi
• Asegúrese de tener el software y el hardware necesarios para ejecutar Gephi

• Descargar la versión actual del software
• Ejecute el proceso de instalación en su computadora portátil o de escritorio
• Inicie el software y verifique que esté funcionando correctamente
• Localizar y comprender la funcionalidad de cada uno de los iconos de la barra de herramientas
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Al final del capítulo, tendrá una versión funcional de Gephi y estará listo para aprender más
sobre cómo utilizar esta herramienta excepcional para crear sus propias visualizaciones de
red.
Descargando el programa
Ahora vamos a recorrer los pasos de descarga de Gephi siguiendo unos sencillos pasos:
1. Navegue al sitio de Gephi en http://gephi.org. Tómate un momento mientras

visita el sitio para familiarizarse con algunos de los recursos disponibles, incluidos
consejos rápidos sobre cómo se puede usar el software para crear una amplia variedad
de diagramas y mapas de red.
La opción de descarga proporcionará información sobre la versión actual.
Trabajaremos desde la versión 0.8.2-beta para cada uno de los ejemplos de este
libro.
2. En la página de inicio, debajo del botón de descarga hay un enlace para el sistema
requisitos Haga clic en él para asegurarse de que tiene los recursos necesarios para
ejecutar la plataforma Gephi con éxito. Después de hacer clic, debería ver algo como
esto:
[6]
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Capítulo 1
Como notará en esta página, los requisitos prácticos para ejecutar Gephi están muy
relacionados con la complejidad de los conjuntos de datos que formarán sus mapas de red.
Esto se debe en parte a la naturaleza intensiva en gráficos del programa; los diagramas
simples se calcularán sin dificultad en una máquina con solo 128 MB de RAM. Sin embargo, si
busca crear y analizar redes complejas con cientos de miles de nodos y bordes, sería conveniente
utilizar una máquina con al menos 2 GB de memoria.
Tenga en cuenta que los ejemplos utilizados en este libro

no requerirán desembolsos significativos de memoria o
CPU. Por lo tanto, siempre que su máquina sea capaz de
manejar unos pocos miles de nodos y bordes, no debería
haber problemas para ejecutar ninguno de los casos presentados aquí.
Una vez que haya verificado los requisitos mínimos necesarios para ejecutar el
software, es hora de comenzar el proceso de descarga.
3. Haga clic en el botón de descarga y será transportado a la descarga.

página, con múltiples opciones de descarga, dependiendo de su sistema operativo.
Cualquier preferencia de idioma y localización que pueda tener se puede configurar después
de la descarga. Gephi ofrece localización en inglés, francés, español, japonés, portugués
brasileño, ruso, chino y checo utilizando los idiomas
opción en el menú Herramientas . Todos los ejemplos utilizados en este libro se basan
en la versión de Windows con la configuración de idioma inglés.
4. Una vez que se haya descargado la versión de software adecuada, búsquela en

su máquina para comenzar el proceso de instalación. Gephi se empaqueta con un archivo de
instalación ejecutable, por lo que debe encontrar un nombre de archivo similar a gephi-0.8.2-
beta.setup.exe, dependiendo de la versión seleccionada para descargar.
Instalación del software

Ahora que el software se ha descargado correctamente, sigamos unos sencillos pasos para completar
la instalación:
1. Haga clic en el archivo descargado para iniciar el proceso de instalación. Dependiendo de la

configuración de su máquina, es posible que encuentre un mensaje emergente que le
pregunte si desea continuar con la instalación. Simplemente seleccione la opción Ejecutar
para continuar con la configuración.
[7]
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2. Después de navegar por los mensajes del sistema, la instalación de Gephi

Se iniciará el proceso, comenzando con una ventana del asistente de configuración. Haga clic en
el botón Siguiente para continuar.
3. El programa de instalación le pedirá la ubicación de instalación,

el valor predeterminado es C:\Archivos de programa (x86)\Gephi-0.8.2. Haga clic en Siguiente
botón que lo lleva a una opción de carpeta del menú Inicio. La configuración predeterminada aquí se
establece en Gephi (si eso es aceptable para usted), y luego seleccione Siguiente; de lo contrario,
proporcione un nombre alternativo, como Awesome Network Viz Tool, y haga clic en Siguiente para
continuar.
[8]
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Capítulo 1
4. A continuación, en una serie aparentemente interminable de opciones (¡no se preocupe, ya

casi están listas!), hay una ventana donde Gephi le permite establecer algunos archivos
predeterminados. Esto es valioso si está importando datos de otras herramientas de
visualización de redes, como Cytoscape o Graphviz.
5. Elija su configuración y el asistente de instalación le proporcionará una última ventana de

confirmación de la configuración antes de iniciar la instalación. Si se siente cómodo con las
elecciones que acaba de hacer, haga clic en Instalar. De lo contrario, seleccione el botón
Atrás para ajustar la configuración antes de completar la instalación.
[9]
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6. Finalmente, ¡estamos listos para el gran evento! Haga clic en Instalar y nos vamos a las
carreras. El proceso normalmente tardará menos de dos minutos, dependiendo de la
velocidad de su máquina local. Cuando la instalación sea exitosa, Gephi mostrará la
siguiente ventana:
Ahora que se completó la instalación, notará que Gephi nos ha dado la opción de iniciar el
programa de inmediato. En este punto, probablemente le gustaría profundizar en todo lo que
Gephi puede hacer lo más rápido posible. Entonces, vamos, manteniendo marcada la opción
Iniciar Gephi , y seleccione Finalizar.
Antes de continuar con una discusión sobre las herramientas y capacidades de Gephi,
retrocedamos un momento y asegurémonos de comprender las partes componentes de un gráfico de red.
Este conocimiento es esencial para una comprensión básica de la creación e interpretación de
gráficos de red.
[ 10 ]
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Capítulo 1
Sencillamente, los gráficos se componen de nodos y aristas. Los nodos son un conjunto de objetos
que representan entidades en un conjunto de datos. Puede pensar en ciudades, universidades,
estudiantes, etc., como nodos típicos. Los bordes son las conexiones entre los nodos y proporcionan
indicaciones visuales sobre el grado de conexión del gráfico. No todos los nodos están conectados
entre sí; los que están conectados directamente se denominan vecinos. Tenga en cuenta que un solo
nodo puede tener muchos bordes, según la cantidad de vecinos asociados con un nodo determinado.
Finalmente, los bordes en Gephi pueden ser dirigidos o no dirigidos. En la mayoría de los casos,
los gráficos no están dirigidos, lo que significa que existe una conexión simétrica entre los nodos.
Un gráfico dirigido expresa relaciones asimétricas, donde hay un orden específico entre los puntos,
normalmente representado por una flecha que apunta desde un nodo de origen a un nodo de destino.
En Gephi, los nodos y los bordes están representados por identificadores específicos, como ID y
etiqueta, y pueden contener otra información más descriptiva, como peso, subgrupo y color.
La interfaz Gephi
Después de completar la instalación y ejecutar Gephi, la primera pantalla que ve
debería parecerse a esto:
[ 11 ]
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Verá una ventana de bienvenida en la parte superior de la interfaz de usuario general. Tenga en
cuenta que puede optar por no ver la ventana de Bienvenida en visitas posteriores anulando la
selección de la casilla de verificación en la esquina inferior izquierda de la ventana. La ventana
proporciona algunas opciones de inicio rápido, incluido un puñado de visualizaciones de muestra
proporcionadas como parte del paquete de instalación.
Por ahora, le pediré que cierre esta ventana para que podamos comenzar a examinar los diferentes
componentes dentro de la instalación básica de Gephi. Para aquellos de ustedes que estén
familiarizados con NetBeans IDE, el diseño de Gephi será fácil de comprender, ya que se basa en el
entorno de NetBeans. Incluso si no está familiarizado con NetBeans o Eclipse, pronto encontrará que
la interfaz de usuario es bastante intuitiva y navegará entre paneles y menús sin problemas. Los menús
y las opciones de formato se distribuyen alrededor del perímetro del espacio de trabajo de Gephi, con el
área principal diseñada para ver sus datos y gráficos. Este enfoque mantiene casi todo frente a usted en
todo momento y lo ayudará a familiarizarse rápidamente con el diseño de Gephi.
Comencemos nuestro recorrido examinando la estructura de diseño predeterminada. A medida

que se familiarice con Gephi y cómo trabaja con él, habrá oportunidades para personalizar el diseño.
Por ahora, sigamos con los valores predeterminados, comenzando con el área del lienzo principal en
el centro de la ventana.
1. Si ya ha aprovechado la oportunidad de escanear el espacio de trabajo de Gephi, lo más

probable es que haya notado que todas las opciones están atenuadas. Para rectificar eso,
necesitaremos abrir un archivo.
2. Para comenzar, querrá descargar algunos de los archivos de muestra del

Gephi y guárdelos en un lugar fácil de encontrar. Para este ejemplo, trabajaremos con la red
de músicos de jazz, una colección de figuras del jazz y sus relaciones entre sí.
Vaya a la wiki de Gephi en https://wiki.gephi.org/index.php/Datasets

y navegue hasta el conjunto de datos, que se puede encontrar en Redes sociales
título. Alternativamente, puede ir directamente a la siguiente dirección en https://
gephi.org/datasets/jazz.net.zip. Tenga en cuenta que este archivo es un .zip
archivo, por lo que deberá extraerlo antes de que podamos cargarlo en Gephi.
Ahora, seleccione Abrir en el menú Archivo y luego navegue hasta el archivo que acaba de
descargar. Elegí este ejemplo por dos razones: primero, nos permitirá recorrer las funciones básicas
de Gephi y, segundo, obtendrá un vistazo de una red relativamente simple antes de pasar a un mayor
grado de complejidad más adelante en el libro.
[ 12 ]
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Capítulo 1
Una vez que el archivo se haya cargado, debería ver un diagrama como este:
En realidad, parece bastante complejo a primera vista, con un par de cientos de nodos (los círculos en el
diagrama) y los miles de bordes (líneas) que conectan los nodos relacionados. No temas, pronto encontrarás
este nivel de complejidad fácil de navegar. Por ahora, dejemos el mapa a un lado y concentrémonos en las
muchas herramientas que ofrece Gephi para ayudarnos a entender este o cualquier otro mapa de red. Las
próximas secciones proporcionarán breves descripciones generales de la funcionalidad provista dentro de
Gephi. En capítulos posteriores, algunas de estas opciones se explorarán con mayor detalle.
Barra de herramientas 1: selectores, lápices y pinceles

Comenzaremos nuestro recorrido con el grupo de íconos en el margen superior izquierdo del área de
visualización y recorreremos cada uno de estos uno a la vez.
En la parte superior tenemos la flecha de selección directa , la predeterminada, lo que significa que puede
hacer clic en cualquier nodo o borde dentro de un diagrama. A esto le sigue una herramienta de selección de
rectángulos , que le permite dibujar un rectángulo de cualquier tamaño sobre partes del diagrama, resaltando
elementos en el área seleccionada a medida que avanza.
La herramienta de arrastre , representada por la forma de una mano, le permite ver más de cerca los
nodos seleccionados arrastrándolos a una nueva ubicación en el lienzo. Esto puede ser muy útil en los casos
en los que tenemos un área de lienzo densamente poblada.
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Si aún necesita una forma de resaltar elementos específicos en su diagrama, los siguientes dos íconos en
la barra de herramientas son muy útiles, comenzando con la herramienta de pintura que nos permite volver a
colorear los nodos seleccionados con un simple clic del mouse. Para enfocarse realmente en un nodo
específico, puede aprovechar la herramienta de tamaño, que nos permite aumentar o disminuir el tamaño del
nodo simplemente moviendo el mouse hacia arriba o hacia abajo.
La herramienta de pincel proporciona otra excelente manera de comprender las relaciones

subyacentes en nuestra visualización. Al seleccionar esta herramienta, podemos hacer clic en cualquier
nodo y ver todos los nodos del diagrama que tienen una relación directa con nuestra selección. Como
veremos en un momento, podemos hacer esto en cualquier color que elijamos, lo que hace que sea mucho
más fácil ver los patrones, especialmente en comparación con nuestro ejemplo original.
Las siguientes dos opciones en la barra de herramientas nos permiten dibujar nuevos nodos con el lápiz de
nodos, o agregar nuevos bordes a través del lápiz de bordes. Cada uno de estos se ejecuta mediante simples
clics del mouse. En muchos casos, no habrá necesidad de agregar nodos o bordes de esta manera, pero es
bueno tener esa capacidad para aquellas ocasiones en las que sea necesario.
A continuación, verá un ícono de avión, que representa la función de ruta más corta , una excelente
herramienta para ver cuántas conexiones se necesitan para navegar entre dos nodos seleccionados.
Simplemente resalte este ícono, luego haga clic en dos nodos distintos y observe cómo Gephi muestra la
conexión más directa entre los dos puntos. En algunos casos, Gephi nos informará que no hay conexiones
disponibles entre los puntos.
Otra opción útil viene a través de la herramienta de mapa de calor , representada como un icono con forma
de engranaje en la barra de herramientas. Esta función le permite ver la proximidad de los nodos
relacionados utilizando un enfoque de paleta de colores o degradado. Esto proporciona una forma eficaz
de ver las relaciones en la red para un nodo seleccionado.
Finalmente, tenemos el ícono de editar , representado por una flecha de selección con un signo de
interrogación adyacente. Seleccionar esta opción nos permite ver varios atributos para nuestra
selección, incluidos el color, el tamaño, el posicionamiento x, y y z , además de información de identificación y etiqueta.
Cualquiera de estos atributos se puede editar aquí, a excepción del campo ID, que permanece fijo.
Barra de herramientas 2: funciones de gráficos y nodos

Hay algunos iconos adicionales en la misma barra de herramientas en la esquina inferior izquierda del
área de trabajo. Echaremos un vistazo rápido a estas funciones y cómo se pueden usar:
• Localice el icono que parece una lupa. Este es el centro del gráfico.
función, que hace exactamente lo que especifica el nombre. Coloca nuestro gráfico de nuevo
en el centro del espacio de trabajo. Nada especial aquí, pero puede ser una función muy útil.
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Capítulo 1
• Debajo de esto está el ícono de restablecer colores . ¿Cansado del color gris predeterminado básico para el
gráfico? Simplemente haga clic derecho en este ícono, seleccione un color de la rueda y luego haga clic
izquierdo para restablecer el gráfico a su nuevo color. Juega con esto hasta que obtengas un color que se
adapte a tus gustos, o tal vez coincida con tu esquema de decoración.
• La siguiente es la función de tamaño que le permite elegir el tamaño de nodo para todo el gráfico. Al igual que con el
comando restablecer colores, simplemente haga clic con el botón derecho, ingrese un tamaño y luego haga clic con
el botón izquierdo para restablecer el gráfico.
• Los siguientes tres íconos se relacionan con el etiquetado del diagrama, comenzando primero con el color de la etiqueta de
restablecimiento, seguido por la etiqueta de restablecimiento visible y finalmente el tamaño de la etiqueta de restablecimiento.
Restablecer el color de la etiqueta devuelve las etiquetas a negro, mientras que restablecer las etiquetas
a visibles hace precisamente eso. Finalmente, restablecer el tamaño de la etiqueta devuelve todas las
etiquetas a la configuración de tamaño predeterminada. Estas funciones se explorarán más adelante a
medida que avancemos con nuestros ejemplos en los próximos capítulos.
Barra de herramientas 3: personalización de nodos y bordes

Tenemos un último conjunto de íconos para entender antes de pasar a cosas más grandes y mejores.
La opción de color de fondo aparece como una bombilla. Esta característica proporciona un cambio simple entre un
fondo blanco y uno negro. Use su criterio para determinar cuál se ve mejor; aunque un fondo oscuro puede
proporcionar una apariencia más dinámica, el blanco suele ser una mejor opción para fines de impresión.
La herramienta de captura de pantalla , que se muestra como un icono de cámara, nos permite copiar la vista actual a
otra aplicación sin tener que pasar por el proceso de guardar la red como una imagen.
El ícono de mostrar etiquetas de nodos le dará la opción de mostrar o eliminar etiquetas para
cada nodo de la red.
A continuación, encontramos tres funciones relacionadas con la forma en que se muestran los bordes. Primero, tenemos
el ícono de mostrar bordes que funciona exactamente como se esperaba. Seleccione esta opción y todos los bordes
desaparecerán, lo que facilita ver la distribución de los nodos. Vuelva a hacer clic en él y reaparecerán los bordes. El
segundo icono de este grupo se utiliza para establecer los bordes en el color del nodo de origen; alterne esto para que
coincida con el color del nodo o para volver al color de borde predeterminado. Nuestra tercera y última función en este
trío es mostrar etiquetas de borde, usadas de la misma manera que la opción de mostrar etiquetas de nodos.
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Finalmente, llegamos al último grupo de opciones, todas relacionadas con el formateo de nuestra pantalla de
red. La escala de peso del borde es una barra deslizante; arrástrelo hacia la izquierda para líneas más delgadas,
hacia la derecha para aumentar el peso de los bordes. Las siguientes dos opciones están representadas por una
"A" mayúscula, una con texto en negro y la segunda en azul. El icono inicial es la función de modo de tamaño ,
que nos permite configurar las opciones de etiquetado como fijo, escalado o basado en el tamaño del nodo.
Veremos cómo funciona esto cuando nos sumerjamos en la creación de nuestros propios gráficos. El modo de
color se puede configurar en un objeto o en un nivel único con el fin de resaltar las características del gráfico. La
opción de fuente en este grupo nos permite establecer la fuente base y su tamaño. La función de escala de
tamaño de fuente es una barra deslizante donde podemos ajustar el tamaño en relación con la configuración
básica. Deslice hacia la derecha para un tamaño de fuente más grande y hacia la izquierda para uno más
pequeño. Tenga en cuenta que las etiquetas de nodo o borde deberán estar activadas para ver el impacto de esta
función.
Solo dos opciones más antes de continuar, y usar algunas de estas funciones en función de nuestras propias
visualizaciones inteligentes. El primero es el icono de color predeterminado , que se muestra como un cuadrado
de color, basado en la configuración de color predeterminada actual. Al seleccionar y mantener presionado este
ícono, se abre una ventana de espectro de color donde puede crear el color de sus sueños y configurarlo como
predeterminado. La opción de configuración de atributos nos permite establecer las opciones de etiquetado
predeterminadas tanto para los nodos como para los bordes, utilizando ID, etiquetas o ambos.
¿Aún conmigo? Espero que esté comenzando a comprender las capacidades de Gephi, incluso mientras
realizamos un recorrido de muy alto nivel por la funcionalidad básica. A medida que continuemos nuestro viaje,
liberaremos más de este poder y comenzaremos a aprovechar todo el potencial de esta gran herramienta.
Resumen
En este capítulo, aprendió cómo descargar Gephi a su computadora de escritorio o portátil local y cómo iniciar el
proceso de instalación. También aprendió a configurar las opciones de instalación, incluida la configuración de
archivo predeterminada que se usará con su versión de Gephi.
Además, debe tener un nivel básico de familiaridad con el espacio de trabajo de Gephi, especialmente con la
barra de herramientas de diseño. Aunque es posible que aún no comprenda en detalle cómo funciona cada una
de estas funciones, debe estar preparado para seguir adelante y comenzar a trabajar con algunas de las
funcionalidades a medida que avanzamos en el próximo capítulo. En nuestro próximo capítulo, descubrirá cómo
crear sus propios gráficos usando varias de las herramientas que acaba de aprender.
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Creando Simple
Gráficos de red
En este capítulo, recorreremos el proceso de trabajar con un conjunto de datos descargado y
comenzaremos a crear nuestros propios mapas de red. Entre los temas que trataremos se encuentran los
siguientes:
• Sentirse cómodo con el espacio de trabajo de Gephi
• Familiarizarnos con varios métodos de mapas de red disponibles
• Trabajar con un conjunto de datos descargado
• Creación de un gráfico de red simple
• Trabajar con los iconos de la barra de herramientas para personalizar nodos, bordes y etiquetas
Al final del capítulo, podrá producir un gráfico de red básico y sabrá cómo aplicar una variedad de opciones
de formato. También tendrá una idea de cómo los algoritmos de mapeo de red predeterminados muestran los
datos y qué opciones pueden funcionar mejor con conjuntos de datos específicos.
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Creación de gráficos de red simples
Descripción del espacio de trabajo de Gephi

En el Capítulo 1, Instalación de Gephi, hicimos un recorrido de alto nivel por las barras de herramientas de
Gephi y cómo se pueden usar para formatear y mostrar nodos, bordes, etiquetas y más dentro del espacio
de trabajo de Gephi. En realidad, no usamos ninguna de las opciones con nuestros datos, pero eso cambiará
en este capítulo a medida que comencemos a personalizar nuestra pantalla.
La ventana de gráficos
El área clave donde tienen lugar todos los fuegos artificiales visuales se encuentra en la ventana de
gráficos , que normalmente se encuentra en el centro de la aplicación Gephi. Esta ventana debería
aparecer cada vez que se inicia Gephi. Si no lo ve, hay dos formas posibles de acceder a una nueva
ventana de gráfico. Lo primero es asegurarse de que está en el Resumen
vista, no los modos Laboratorio de datos o Vista previa . La segunda opción es seleccionar el comando
Ventana del menú Gephi, luego seleccionar la opción Gráfico . Esto debería abrir una nueva ventana de
gráfico y mostrar el gráfico de red actual.
Tener la ventana de gráficos en el centro del espacio de trabajo nos permite mantener todas nuestras
herramientas alrededor del perímetro, facilitando el acceso sin interferir con la pantalla principal. Por
supuesto, puede optar por personalizar las opciones de la ventana para adaptarla a sus gustos y preferencias
de trabajo, o ampliar el área del gráfico para una mejor visualización, pero el área del gráfico siempre debe
ser el punto central.
Así es como se ve el área del gráfico cuando usamos la red de músicos de jazz de la que hablamos en
el capítulo anterior. En este caso, estoy usando un diseño circular con todos los nodos en el perímetro:
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Capitulo 2
Tenga en cuenta la proximidad de las diversas barras de herramientas de las que hablamos
anteriormente. Este posicionamiento facilita realizar cambios y ver rápidamente el impacto en nuestro
gráfico. Volveremos a visitar el área del gráfico con mayor detalle en un momento, pero primero
examinemos rápidamente algunas de las otras ventanas y su funcionalidad específica.
La ventana de Clasificación
La ventana Clasificación tiene dos componentes, cada uno con varias opciones. Aquí es donde podemos
aplicar selecciones que afectan cómo se ordena nuestro gráfico utilizando criterios específicos para nodos
y bordes.
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La pestaña Nodos aparece por defecto y ofrece cuatro opciones que podemos elegir para
personalizar: Color, Tamaño/Peso, Color de la etiqueta y Tamaño de la etiqueta.
Para cada una de las cuatro opciones, hay algunas opciones predeterminadas proporcionadas por
Gephi, que incluyen Grado, Grado de entrada y Grado de salida. Sin entrar en muchos detalles,
aquí hay algunas definiciones básicas:
• Grado se refiere al número de conexiones que se extienden hacia y desde un nodo
• InDegree cuenta el número de extremos principales adyacentes a un nodo
• OutDegree cuenta el número de extremos de cola provenientes de un nodo
Otra opción valiosa es proporcionar su propio campo de datos que se puede usar para clasificar
los nodos. Esto es especialmente útil cuando la categorización es más crítica que la clasificación pura de
nodos:
Para Bordes, existen tres opciones: Color, Color de etiqueta y Tamaño de etiqueta.
El peso es el principal método de clasificación de los bordes, ya que representa el número de conexiones
entre los nodos. Podemos imaginar un caso en el que la clasificación ocurra tanto para los nodos como
para los bordes, organizando los nodos según un criterio y luego clasificando los bordes según la fuerza
de las conexiones entre los nodos.
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Capitulo 2
La ventana de diseño
Aquí es donde tomamos la decisión crítica de definir cómo presentar mejor nuestro gráfico de
red. Como diseñador gráfico, podemos elegir entre una variedad de algoritmos y determinar cuál se
adapta mejor a nuestros datos, así como a cualquier visualización potencial que deseemos compartir.
Gephi ofrece un puñado de opciones, cada una capaz de crear resultados atractivos. Además, hay
muchos más diseños disponibles como complementos.
Echaremos un vistazo a algunos de ellos más adelante en este libro. Aquí hay un vistazo rápido al diseño
que está ubicada de forma predeterminada en el lado izquierdo del espacio de trabajo de Gephi, justo
debajo de la ventana Clasificación :
Varias ventanas adicionales están disponibles para nuestro uso, pero no las necesitaremos para
nuestro proyecto inicial. Entonces, sin más preámbulos, entremos y creemos nuestro primer gráfico.
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Trabajar con las opciones de diseño predeterminadas

Se proporcionan varias opciones de diseño con Gephi, lo que brinda a los nuevos usuarios la capacidad
de ver sus datos rápidamente seleccionando cualquiera de los diseños predeterminados. En esta sección,
analizaremos algunas opciones con el mismo conjunto de datos y veremos cómo funciona cada diseño.
A medida que se familiarice con cada diseño, pronto tendrá una idea de qué enfoques funcionan
mejor para sus propósitos.
Gephi simplifica la elección de los diferentes métodos, establece opciones específicas y visualiza los
resultados. Algunos de los algoritmos predeterminados son los siguientes:
• Fuerza Atlas
• Fuerza Atlas 2
• Fruchterman-Reingold
• Yifan Hu
• Yifan Hu Proporcional
• Yifan Hu Multinivel
Una explicación detallada de estos métodos está más allá del alcance de este libro, pero hay
información adicional en el sitio de Gephi, así como en la literatura de mapeo de redes. Es posible que
desee comenzar con uno de los siguientes recursos:
• Para una discusión general sobre la teoría de grafos, el Capítulo 2 de Networks, Crowds,
and Markets: Reasoning about a Highly Connected World se puede encontrar en http://
www.cs.cornell.edu/home/kleinber/networks-book/networks libro-ch02.pdf
• Para una exploración más detallada de la teoría de grafos, los siguientes recursos
se recomiendan:
° Teoría de grafos y redes complejas: una introducción de Maarten

de piedra
° Redes: una introducción de Mark Newman
• Para una exploración visual de lo que se puede crear utilizando gráficos de red,
Se recomienda encarecidamente Visual Complexity: Mapping Patterns of Information
de Manuel Lima y el sitio web complementario.
Las búsquedas en la web en cualquiera de las técnicas

anteriores también arrojarán muchos resultados adicionales
que explican cada modelo en detalle.
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Capitulo 2
Uso de un conjunto de datos existente

Para este ejercicio, vamos a trabajar con el conjunto de datos de los músicos de jazz proporcionado en
el sitio web de Gephi. Estos datos no son demasiado simples ni complejos, pero proporcionan un buen
conjunto de datos de complejidad media con el que trabajar.
Si aún no lo ha hecho, descargue este conjunto de datos del sitio de Gephi en https://gephi.org/
datasets/jazz.net.zip. Deberá descomprimir los datos con una utilidad como WinZip o ALZip. Una vez que
haya extraído correctamente los datos, encontrará un formato de archivo .net , generalmente asociado con
Pajek, otro programa de código abierto diseñado para el análisis y la visualización de redes.
Abra Gephi y seleccione el archivo jazz.net . Probablemente verá algunos mensajes de

advertencia sobre funciones que aún no son compatibles, pero puede continuar con seguridad. Gephi
dibujará el gráfico inicial, y este será nuestro punto de partida para crear nuestro primer gráfico.
En cierto sentido, acaba de crear su primer gráfico, pero estoy seguro de que no está satisfecho con
lo que está viendo. Podemos hacerlo mucho mejor, y lo haremos rápidamente.
Creando nuestro primer gráfico de red

Entonces, tenemos los datos cargados y un gráfico inicial para ayudar a proporcionar una dirección. Sé
que estás ansioso por seguir adelante y producir algo más inspirador, y puedo garantizarte que lo
harás. Pero primero, echemos un vistazo muy breve a los datos subyacentes, para que tengamos una
mayor comprensión de lo que estamos haciendo. Después de todo, es bueno crear un gráfico bonito,
pero es aún mejor si podemos explicar lo que significa.
Visualización de datos en el Laboratorio de datos

Primero, haga clic en el botón Laboratorio de datos en la parte superior del espacio de trabajo de
Gephi. Ahora verá algunas columnas de datos tabulares, suponiendo que se encuentre en la pestaña
Nodos . Hay tres columnas:
• Nodos
• Identificación
• Etiqueta
Sencillo, ¿verdad? La columna Nodos hace referencia a cada nodo o punto del conjunto de datos.
La columna Id es simplemente la referencia única a cada nodo, pero los valores de Etiqueta pueden
representar un término un poco más expresivo. En este caso, las tres columnas son idénticas. ¡Parece
que no tenemos un conjunto de datos muy imaginativo! Sería bueno si la etiqueta
columna nos dijo quiénes eran los músicos individuales, pero esa información no se proporciona,
así que nos las arreglaremos con lo que tenemos.
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Ahora haga clic en la pestaña Bordes . Tenemos un poco más de información aquí, pero nuevamente
sin etiquetas. Aún así, analicemos lo que representa cada columna:
• La fuente nos dice qué nodo está involucrado.

•
Target indica el nodo que está conectado al nodo de origen.
•
El tipo se refiere a si una relación apunta en una dirección o en ambas. Si es en una
dirección, el valor será Dirigido, de lo contrario, se mostrará como
Sin dirección.
• Id es un identificador único para cada borde.
• Etiqueta es donde podríamos tener un término más descriptivo para cada borde.
• El peso nos dice la fuerza de la relación. Esto podría ser simplemente un

valor predeterminado, como 2 (el caso de este conjunto de datos), o podría representar el
número de conexiones o interacciones entre nodos. Este último es muy común para los
análisis de redes sociales.
Entonces, ¿qué sabemos acerca de estos datos?
• Hay 198 nodos en el conjunto de datos, presumiblemente representando 198 diferentes

músicos
• Hay 2742 bordes: vaya al modo de vista general y vea el contexto

ventana en la sección superior derecha de su espacio de trabajo para verificar esto
• Haciendo algunos cálculos rápidos, esto significa que cada nodo en promedio tendrá entre
13 y 14 aristas, lo que lo convierte en un conjunto de datos moderadamente complejo
Ahora que sabemos lo que estamos mostrando, avancemos y comencemos a

visualizar cosas.
Experimentando con diseños

Mencionamos brevemente varios de los diseños predeterminados de Gephi; ahora tendremos
la oportunidad de usar algunos de ellos y ver cómo dan forma a los datos subyacentes.
En cada caso, nuestros ejemplos utilizarán la configuración predeterminada proporcionada por
Gephi, pero le recomiendo que aprenda más y luego experimente con las diversas configuraciones para
cada método. O experimenta y luego aprende; de cualquier manera lo ayudará en sus esfuerzos por
crear los mejores gráficos de red posibles. Basta de charla; Comencemos a explorar nuestros datos.
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Capitulo 2
Métodos Force Atlas y Force Atlas 2

Ambos son métodos de representación gráfica dirigidos por fuerza, en los que los gráficos se dibujan en función de
en similitudes y/o diferencias en los datos. La configuración se puede ajustar para poner más énfasis en la
independencia de los nodos individuales entre sí o en su proximidad relativa. Por ejemplo, el algoritmo Force Atlas
tiene opciones para la fuerza de repulsión
así como la fuerza de Atracción. El primero se centra en la fuerza con la que los nodos se rechazan entre sí
(desigualdad), el segundo en cómo los nodos se atraen entre sí (similitud).
Force Atlas 2 utiliza un conjunto diferente de opciones que brindan más control sobre la salida al permitirle establecer
parámetros para ejes y gravedad, así como la repulsión antes mencionada. Esto permite que su gráfico dirija los
nodos hacia el centro o hacia el perímetro dependiendo de cómo establezca los niveles respectivos. La gravedad
atrae los nodos hacia el centro, mientras que los centros de disuasión empujan los nodos hacia los bordes del gráfico.
Se puede encontrar un documento completo sobre el algoritmo en http://webatlas.fr/tempshare/

ForceAtlas2_Paper.pdf.
Para aquellos con antecedentes estadísticos, existen similitudes con técnicas como el escalado multidimensional,
en el que los puntos se muestran en relación con todos los demás puntos de los datos. Incluso podríamos pensar
en el análisis de conglomerados en la forma en que los nodos se distribuyen en agrupaciones en función de la
similitud o diferencia con otros nodos. No se preocupe si no está familiarizado con estos métodos, porque
comprenderá rápidamente los principios ajustando la configuración y actualizando el gráfico.
Entonces, ¿cómo se ven los gráficos cuando aplicamos estos algoritmos? Aquí hay un ejemplo usando
los datos de nuestros músicos de jazz. Por cierto, estos algoritmos pueden ejecutarse durante unos minutos en
un conjunto de datos como este; si detiene el proceso después de aproximadamente un minuto, aún debería
tener una aproximación muy cercana de estos gráficos.
Estos son los resultados del método Force Atlas:
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Podemos observar rápidamente que los resultados se han agrupado en gran medida en dos grupos
principales, incluido un grupo muy grande a la derecha y uno mucho más pequeño a la izquierda. También
tenemos algunos valores atípicos ubicados cerca de uno de los grupos, pero que no forman parte del grupo
más grande. También es interesante que hay muy pocos nodos en el medio
los dos grupos mayores, aunque existen conexiones entre cada grupo en forma de aristas.
Ahora pruebe el método Force Atlas 2 con la configuración predeterminada y vea lo que obtiene.
No muy diferente, ¿verdad? El posicionamiento y la orientación pueden variar un poco, pero predominan los
mismos dos grupos, al igual que en la técnica básica Force Atlas.
Tenga en cuenta que el posicionamiento del eje no tiene consecuencias en estos gráficos, a diferencia de
los gráficos con una estructura de eje XY, como un diagrama de dispersión. La clave aquí es el
posicionamiento relativo entre los nodos, independientemente de cómo el algoritmo presente el gráfico.
Fruchterman Reingold
¿Un algoritmo diferente proporcionará resultados materialmente diferentes? El método Fruchterman
Reingold es otra técnica dirigida por fuerza que utiliza las ideas de atracción y repulsión para colocar nodos en
el gráfico. Tenga en cuenta que solo hay tres opciones que podemos configurar para este algoritmo en Gephi,
lo que lo convierte en una solución de caja negra en comparación con los enfoques de Force Atlas. Veamos
los resultados en el mismo conjunto de datos:
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Capitulo 2
¡Guau! Es muy diferente a los dos ejemplos de Force Atlas. ¿O es eso? Aunque el diseño
es bastante diferente, separando los nodos uno del otro, tenga en cuenta la presencia
continua de los dos grupos distintos, tal como en nuestros ejemplos anteriores. Todavía tenemos
un grupo muy grande (arriba a la derecha) y uno mucho más pequeño (abajo a la izquierda), con
una actividad mínima entre los dos grupos. En otras palabras, exactamente la misma historia se
cuenta de una manera visualmente distinta. El enfoque que elija se vuelve en gran medida
subjetivo, dependiendo de la historia que desee contar.
Algoritmos de Yifan Hu
Gephi también incluye tres algoritmos desarrollados por Yifan Hu, actualmente miembro del
equipo de investigación de AT&T Labs. Veremos los resultados del método original, conocido
como Yifan Hu, y le dejaremos experimentar con las variantes proporcional y multinivel.
Debería ver resultados generalmente similares en los tres enfoques. Se puede descargar
una explicación detallada de los métodos desde la siguiente ubicación:
http://www2.research.att.com/~yifanhu/PUB/graph_draw_small.pdf
Esto es lo que obtenemos con el método original de Yifan Hu:
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Un poco diferente de lo que hemos visto hasta ahora, pero nuevamente tenga en cuenta los dos grupos dominantes.
También es interesante ver cómo los valores atípicos se separan mucho más de los grupos más grandes. Esto
nos dice que podemos tener un método valioso para enfocarnos en los nodos que no están bien conectados con
grupos más grandes. ¿Qué es lo que hace que estos puntos sean únicos? No abordaremos eso aquí, pero es
posible que podamos utilizar esta capacidad para gráficos futuros.
Personalización del gráfico

Ahora que hemos visto resultados de algunos de los algoritmos de diseño predeterminados, tomemos un momento
para personalizar el resultado usando algunas de las técnicas que hemos cubierto en los primeros dos capítulos.
Para este ejemplo, trabajaremos con el diseño de Yifan Hu, pero no dude en elegir otro enfoque si lo desea. Las técnicas
que usaremos aquí se pueden aplicar a través de cualquiera de los métodos de diseño.
Personalización de nodos
Comenzaremos formateando algunos nodos en nuestra pantalla. Para comenzar, asegúrese de tener activo el icono
de edición. Recuerde que este es el puntero de flecha con un signo de interrogación en la barra de herramientas a la
izquierda del área de gráficos . Ahora, seleccione uno de los nodos en el perímetro del gráfico y podremos ver
nuestros cambios más fácilmente. Cuando haga esta selección, observe que los otros puntos en el gráfico están
atenuados y se abre una ventana Editar propiedades junto a la pestaña Clasificación .
Vamos a hacer un par de cambios simples a nuestro nodo seleccionado:
1. Primero, cambie el valor de Tamaño a algo mucho más grande que el predeterminado. Mi tamaño original
se configuró en 4,0 para todos los nodos (el suyo puede diferir), y voy a configurarlo en 12,0 para que
este nodo se destaque de todos los demás. Simplemente escriba el nuevo valor en el área Tamaño .
Ahora debería ver un nodo mucho más grande.
2. A continuación, cambiemos el color. En mi caso, previamente había configurado todos los nodos en un
color burdeos en lugar del gris predeterminado. Lo ajustaremos a un amarillo brillante para que
realmente se destaque. Haga clic en el botón de puntos suspensivos a la derecha de la ventana de
propiedades de color para abrir un cuadro de diálogo que ofrece múltiples opciones de color y seleccione
un amarillo brillante (o cualquier otro color que prefiera). Ahora debería tener un nodo grande y de colores
brillantes que se destaque del resto.
Si así lo deseamos, Gephi también nos brinda la posibilidad de cambiar el posicionamiento y la etiqueta, pero los
dejaremos como están por el momento. Pasemos ahora al diseño general y hagamos algunos cambios.
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Capitulo 2
Personalización del diseño

Supongamos que deseamos mejorar un poco el diseño cambiando el color de fondo, agregando etiquetas
y eliminando los bordes del gráfico. Usemos estas tres opciones para modificar nuestro diseño. No tenga miedo
de arriesgarse un poco explorando estas y otras opciones, porque generalmente es muy fácil deshacer los
cambios y volver a los valores predeterminados.
1. Primero, hagamos clic derecho en el ícono de la bombilla en la sección inferior izquierda de la

Área de gráfico . Aquí es donde podemos seleccionar un color de fondo. Elija un color que le
permita ver claramente el diseño del gráfico. En muchos casos, un color muy oscuro o muy claro
funciona mejor, pero lo animo a probar esta teoría con sus propios gráficos. ¿Tienes un color? Bien,
ahora pasemos a agregar algunas etiquetas.
2. Haga clic en el icono de la T grande debajo del área del gráfico . Recuerde que esto es un alternar
Función para agregar o eliminar etiquetas de nodos de nuestra pantalla. Haga clic en el icono y vea
las etiquetas de cada nodo en la pantalla. Sencillo, ¿verdad? Si no le gusta cómo se ven las cosas,
haga clic nuevamente y todas las etiquetas desaparecerán. Si desea etiquetas, pero necesita verlas
más grandes o más pequeñas, simplemente vaya al segundo control deslizante debajo del gráfico para
ajustar drásticamente el tamaño de la etiqueta.
3. Finalmente, eliminemos los bordes de nuestra pantalla. Para hacer esto, simplemente haga clic en
en el ícono Mostrar bordes debajo del gráfico, y todos los bordes están ocultos. Observe cómo los
nodos son mucho más fáciles de ver cuando ocultamos los bordes, lo que nos brinda la oportunidad
de aprender más sobre qué nodos están agrupados, aunque perdemos la capacidad de ver las
conexiones. Sin embargo, con un solo clic, podemos hacer que los bordes vuelvan a aparecer y
comenzar a analizar las relaciones entre los nodos.
Espero que encuentres estas capacidades tan poderosas y divertidas como yo, y que estés comenzando a
captar el potencial para crear tus propios gráficos asombrosos.
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Resumen
En este capítulo, aprendió a trabajar con las ofertas de diseño predeterminadas empaquetadas en Gephi
y vio los tipos de pantallas que generan. También pudo echar un vistazo al Laboratorio de datos para
ver cómo se utilizan los conjuntos de datos de Gephi para generar gráficos. También compartimos
algunos de los métodos rápidos que están disponibles para personalizar sus gráficos y aplicamos varios
cambios a nuestros gráficos predeterminados.
En este punto, debe tener una buena idea de cómo crear gráficos básicos utilizando conjuntos de
datos existentes. Espero que también se sienta cómodo haciendo modificaciones simples a un
gráfico, facilitando la visualización de nodos específicos o mejorando el diseño personalizando
colores, etiquetas y bordes.
En el próximo capítulo, exploraremos algunas opciones de diseño adicionales que ayudarán a

ampliar nuestra capacidad para crear gráficos impactantes.
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Explorando Adicional
Opciones de diseño
En el capítulo anterior, exploramos algunos de los tipos de diseño predeterminados que se ofrecen en
Gephi y vimos un vistazo de lo que cada uno puede hacer. En este capítulo, nuestro enfoque estará en los
siguientes temas:
• Primero, ampliaremos nuestro conocimiento a medida que exploramos la variedad de opciones

empaquetado con los diferentes algoritmos.
• Luego echaremos un vistazo a varios de los mejores complementos de diseño, descargándolos

e instalándolos en Gephi, a medida que agregamos más capacidades a su kit de herramientas
personal. Algunos de estos diseños nos permitirán ver los datos de maneras completamente
diferentes y pueden ayudarnos a aumentar nuestra comprensión y, al mismo tiempo, producir
hermosos gráficos.
• Finalmente, intentaremos determinar el diseño más efectivo para un

conjunto de datos en particular, sabiendo de antemano que cada uno de ustedes puede tener
preferencias ligeramente diferentes a las de la siguiente persona. No obstante, esto es algo que
debe tenerse en cuenta antes de crear una versión final de un gráfico, por lo que dedicaremos un
poco de tiempo a pensarlo.
Al final del capítulo, comprenderá cómo los cambios en las opciones del gráfico ayudan a producir
resultados diferentes, incluso cuando los datos siguen siendo los mismos. También comprenderá cómo
funcionan otras opciones de gráficos, incluidas Circular, Concéntrica, OpenOrd y otras, y cuándo podría
ser apropiado elegir una de estas opciones, en función de una evaluación de su conjunto de datos y el
objetivo final de la visualización.
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Exploración de opciones de diseño adicionales
Exploración de las opciones de diseño base

Anteriormente examinamos varios de los algoritmos de diseño predeterminados proporcionados por Gephi,
pero optamos por usarlos en su estado predeterminado. En esta sección, revisaremos algunos de estos
métodos y ampliaremos sus capacidades ajustando algunas de las configuraciones para cada uno.
Ya aprendimos que la mayoría de los métodos predeterminados están dirigidos a la fuerza, lo que
significa que funcionan según los principios de atracción y repulsión. Debería ser interesante ver el impacto
visual cuando fortalecemos o debilitamos algunas de estas configuraciones y determinar si nuestros cambios
han mejorado la estructura del gráfico.
Para este capítulo, vamos a trabajar con un nuevo conjunto de datos que descargaremos de un sitio web
externo en http://www.sociopatterns.org/files/datasets/002/
sp_data_school_day_1.gexf.zip. Este es un conjunto de datos interesante que
documenta la cantidad de interacciones entre nodos (estudiantes y profesores), así como
la duración total de esas interacciones en el transcurso de un solo día.
Comencemos revisando el algoritmo de diseño Force y ajustando algunas de las configuraciones

para afectar la visualización del gráfico.
Forzar opciones de diseño

Como señalamos anteriormente en el libro, hay varias opciones con las que podemos jugar para
controlar cómo se ve nuestro gráfico. Por ejemplo, si usamos la configuración predeterminada con el
conjunto de datos del día escolar, vemos esto:
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Capítulo 3
Un par de observaciones rápidas: primero, tenemos una gama de colores. Esto se debe a que
los datos tienen un atributo de grupos, con cada nivel de grado en los datos asignado a un color
único. A los maestros también se les da un color específico propio. En segundo lugar, podemos
ver cómo los colores tienden a pegarse, con raras excepciones que rompen con su clasificación
de grupo.
¿Qué sucede si dejamos todos los ajustes sin cambios, excepto la fuerza de atracción, que
aumentaremos de 10 a 100? El gráfico se verá prácticamente igual, pero todos los nodos se
acercarán más, porque aumentamos la influencia del valor de atracción, mientras dejamos el
valor de repulsión sin cambios.
Si aumentamos el nivel de repulsión de 200 a 400, los nodos se separarán más, ya que estamos
poniendo más énfasis en la repulsión en relación con la atracción.
De manera similar, la configuración de gravedad determinará el grado en que los nodos se atraen
hacia el centro de la pantalla. Los valores más altos acercarán los nodos al centro del gráfico,
mientras que los valores más bajos dispersarán los nodos. Para este conjunto de datos en
particular, la configuración de gravedad tiene poca influencia, pero eso puede cambiar para otros gráficos.
Opciones de Fruchterman Reingold

Con el modelo Fruchterman-Reingold, solo hay tres opciones que podemos manipular:
los ajustes de área, gravedad y velocidad . La configuración del área especifica el tamaño del
gráfico, con un valor predeterminado de 10.000. El tamaño de su monitor y el área de visualización
del gráfico pueden determinar dónde establece este valor; un monitor grande puede ser bastante útil
para este algoritmo.
Ya discutimos el impacto de la configuración de la gravedad en nuestra sección sobre gráficos

de Force Atlas, y el mismo principio es válido aquí. Un valor más alto atrae los nodos hacia el
centro, pero los valores más bajos dispersan los puntos hacia los bordes de la pantalla. El valor
predeterminado se establece en 10, pero siéntase libre de experimentar para producir el efecto que desea.
Con la opción de velocidad, tiene la capacidad de intercambiar precisión por una pantalla que se
construye más rápidamente. En muchos casos, los cambios serán apenas perceptibles, pero
nuevamente debería aprovechar la oportunidad para explorar diferentes configuraciones. Una cosa
que no debe esperar de este método es un proceso rápido, independientemente de dónde tome la
configuración de velocidad. Este enfoque puede tomar una cantidad de tiempo considerable (10
minutos o más), según la complejidad del gráfico y la potencia de procesamiento de su computadora.
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Opciones de Yifan Hu
Con el método Yifan Hu básico (y proporcional), Gephi le presenta ocho opciones para configurar, y el enfoque
multidimensional ofrece seis configuraciones.
Una ventaja de los modelos Yifan Hu en Gephi es su velocidad en relación con los otros métodos discutidos
anteriormente. El mismo conjunto de datos que puede tomar más de 10 minutos usando Fruchterman-Reingold puede
tomar tan solo 20 o 30 segundos usando la técnica básica de Yifan Hu, mientras produce resultados comparables.
Algunas de las configuraciones clave se destacan de la siguiente manera:
• Nivel máximo de Quadtree : un valor más alto conduce a una mayor precisión. El valor por defecto
es 10
• Theta : los valores más bajos conducen a una mayor precisión. El valor predeterminado es 1,2.
• Distancia óptima : los valores más altos hacen que los nodos estén más separados.
La configuración predeterminada es 100.
• Fuerza relativa es una medida de la relación entre repulsión y atracción. Los valores altos separarán los
puntos. El valor predeterminado es 0,2.
• Adaptive Cooling es una opción de sí/no que se usa para evitar los mínimos locales de energía, lo que lleva
a una mejor representación de los datos subyacentes; esencialmente esto proporciona un gráfico menos
enredado cuando se establece en sí
Nuevamente, lo animo a que juegue con la configuración, ya que no existe una solución absolutamente correcta (o
incorrecta). En muchos casos, puede estar dispuesto a cambiar la precisión absoluta por una mayor velocidad. En
algún momento, la precisión extrema no agrega ningún valor incremental a nuestra comprensión de las relaciones en
el gráfico, por lo que la configuración que elija ajustar será finalmente su decisión.
Ahora que tenemos una buena comprensión de los algoritmos de diseño base y su configuración, es hora de
expandir nuestro conjunto de herramientas agregando algunos diseños adicionales a Gephi.
Estos diseños proporcionarán algunas opciones adicionales más allá de la naturaleza de dirección forzada de los
algoritmos predeterminados.
Localización de complementos de diseño disponibles

Además de los diseños predeterminados disponibles, Gephi se puede ampliar mediante la instalación de
numerosos complementos de diseño, varios de los cuales abren nuevas posibilidades para el diseño de redes. Esta
sección analizará varios métodos que he encontrado útiles para crear presentaciones visuales atractivas. Echemos un
vistazo a algunos de ellos, con breves explicaciones de sus capacidades.
La siguiente sección le ayudará a descargar fácilmente uno o más de estos complementos y también lo familiarizará
con el proceso general de instalación de complementos.
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Capítulo 3
Descarga e instalación de los complementos

Todos los complementos de Gephi están disponibles a través de la página de complementos en el sitio web
de Gephi, actualmente ubicado en https://marketplace.gephi.org/plugins/. Aquí encontrará una variedad de
complementos que cubren una variedad de categorías, como exportaciones, herramientas y, por supuesto, diseños,
que es lo que más nos interesa en este momento.
Los siguientes son algunos pasos simples involucrados en la descarga e instalación de un complemento de Gephi.
Para nuestro ejemplo, usaremos el complemento Diseño concéntrico:
1. Navegue a la página de diseño del complemento en https://marketplace.gephi.org/

plugin_categories/plugin-layout/.
2. Localice el complemento Diseño concéntrico y seleccione el enlace o
la imagen.
3. Haga clic en el botón DESCARGAR . El complemento se descargará como un archivo .nbm , la extensión
de archivo utilizada para los complementos de NetBeans (la plataforma base de Gephi).
4. Navegue en Gephi a Herramientas | Complementos.
5. En la ventana Complementos , vaya a la pestaña Descargado y haga clic en el

Botón Agregar complementos .
6. Navegue hasta la ubicación donde descargó el complemento.
7. Cuando encuentre el complemento apropiado, haga clic en el botón Instalar en el

esquina inferior izquierda de la ventana Complementos .
8. Siga los pasos restantes hasta que el complemento se instale correctamente. Es posible que reciba
un mensaje sobre la cancelación del registro del complemento (o algo similar). Ignore el mensaje y
continúe con la instalación.
Si tuvo éxito con el diseño Concéntrico, es posible que desee continuar con los complementos Circular y
OpenOrd, siguiendo los mismos pasos. El complemento Circular Layout también instalará los diseños Dual Circle y
Radial Axis.
¿Listo para ir? Luego, comencemos a explorar lo que podemos lograr con algunos de estos nuevos diseños.
Usando los diseños

Al igual que con los diseños predeterminados disponibles en Gephi, habrá una variedad de opciones que puede
ajustar con cada uno de los siguientes diseños. No vamos a entrar en detalles sobre esas opciones aquí, pero,
como siempre, lo alentamos a explorar cada una de ellas y tener una idea de su impacto y utilidad. Ahora, echemos
un vistazo a algunos de los complementos de diseño más interesantes.
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El diseño circular
Muchas veces querremos representar nuestros datos como un círculo, con nodos dispuestos
alrededor del perímetro y bordes que se entrecruzan en el centro de la pantalla.
Este enfoque no siempre es práctico, pero se puede usar cuando el número de nodos es relativamente
pequeño (< 200, quizás) o cuando el espaciado de los nodos no es una consideración crítica. A
diferencia de los gráficos dirigidos por fuerza que hemos visto anteriormente, estamos dictando el
diseño. Por lo tanto, el gráfico se crea rápidamente, ya que no se requieren muchos cálculos para
posicionar cada nodo.
El siguiente es un ejemplo que usa nuestro conjunto de datos de la escuela, con los nodos ordenados por
su grupo principal (niveles de grado):
¿Qué piensas? Parece un poco atractivo, pero también hay algunos aspectos negativos.
Tenga en cuenta que aunque todavía podemos ver los patrones de color alrededor del borde, ahora son
más difíciles de distinguir que en los ejemplos de dirección forzada. Además, debido a que muchos de los
bordes se encuentran entre miembros dentro de un solo grupo, la creación de un diseño circular oscurece
esas conexiones, lo que hace que los bordes más prominentes parezcan ser los que se cruzan entre grupos,
cuando esto no es lo que realmente nos dicen los datos. En cambio, tenemos un gráfico bonito que no
cuenta una historia convincente.
Esto no significa que debamos olvidarnos de este enfoque. Con los datos correctos, un diseño
circular puede producir resultados espectaculares; hay muchos ejemplos de este tipo en línea. Por ejemplo,
eche un vistazo a algunos de estos ejemplos del sitio web Visual Complexity, que se encuentran buscando
el término "circular" (http://www.visualcomplexity.com/
vc/search.cfm?input=circular).
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Capítulo 3
El diseño de doble círculo

En los casos en los que tenemos una jerarquía natural de dos niveles, un diseño de doble círculo puede
ser una herramienta eficaz para mostrar las conexiones entre las capas.
Imagínese si nuestro ejemplo de datos escolares incluyera temas (ciencias, matemáticas, lectura, etc.)
además de los niveles de grado existentes. Luego, el modelo podría mostrar los nodos de materias en el
centro de la pantalla, mientras coloca a los estudiantes alrededor del perímetro, con bordes que se extienden
tanto a los otros estudiantes como a los nodos de temas.
Este método también se puede utilizar en los casos en que nodos específicos actúan como concentradores
para que muchos otros nodos se conecten. Piense en los principales aeropuertos que tienen vuelos a
muchos más pequeños, o redes sociales donde entidades muy populares se conectan a una cantidad
inusualmente alta de nodos.
Al igual que con el diseño de un solo círculo, le recomiendo que se concentre en conjuntos de datos
relativamente pequeños con este algoritmo, debido a las limitaciones de visualización de la forma circular.
Habiendo dicho eso, este enfoque puede generar gráficos muy atractivos y fáciles de seguir que
impresionarán a su audiencia.
El diseño del eje radial

El diseño del eje radial está relacionado con cada uno de los diseños circulares que se acaban de analizar,
pero difiere al proporcionar una serie de ejes que dependen de su entrada. Esta es una excelente opción
para conjuntos de datos como los datos de nuestra escuela, que tiene un número relativamente limitado
de grupos que se pueden configurar como ejes, lo que proporciona una apariencia similar a la de una
estrella de mar en el gráfico. El gráfico no solo tiene un impacto visual sorprendente, sino que también
diferencia las conexiones entre los nodos con mucho más éxito que cualquiera de los enfoques circulares.
Vamos a ver:
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Note cuánto más fácil es detectar nuestros grupos preseleccionados (niveles de grado) y sus
respectivas conexiones. Esta técnica también parece proporcionar una mejor idea de la densidad de
conexiones entre nodos, especialmente entre grupos. Tenemos algunas dificultades para ver las
relaciones dentro de cada grupo usando este método, porque la naturaleza radial del diseño sirve para
oscurecer las conexiones cercanas. No obstante, este método proporciona otra herramienta útil para
agregar a nuestra caja de herramientas de visualización.
El diseño concéntrico
Si su objetivo es centrarse en un solo nodo y sus relaciones con todos los demás puntos de datos, el
método de diseño concéntrico hace un trabajo excepcional. Esta técnica nos permite ver la distancia
entre el nodo de destino y todos los demás, organizando el gráfico en una serie de círculos concéntricos.
Las conexiones directas estarán en el primer círculo, las relaciones de segundo grado en el círculo
siguiente, y así sucesivamente.
Si está familiarizado con la red social LinkedIn, este enfoque le resultará familiar, porque le indica
cuántos grados separan el nodo de destino de cualquier punto dado en el gráfico. Aquí hay un ejemplo,
utilizando nuestro conjunto de datos de la escuela: seleccionaremos a uno de los maestros de quinto
grado como nuestro punto de datos central. Esto es lo que obtenemos:
A la izquierda, vemos una versión con los bordes ocultos, para que pueda captar más fácilmente el
enfoque concéntrico, pero la imagen de la derecha agrega los bordes para brindar una vista completa
de cómo nuestro maestro seleccionado se relaciona con todos los demás estudiantes y maestros en el grafico.
Un gráfico bastante bueno, ¿no? Podríamos elegir cualquier nodo individual en nuestros datos y
hacer lo mismo, lo que estoy seguro conduciría a algunos resultados muy interesantes.
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Capítulo 3
El diseño de OpenOrd
OpenOrd es otra de las excelentes selecciones de diseño disponibles como complemento de Gephi.
Basado en Fruchterman-Reingold, OpenOrd está orientado a conjuntos de datos muy grandes y afirma
ser escalable a más de un millón de nodos. También es un algoritmo muy rápido, que se ejecuta
nuestro conjunto de datos de la escuela en cuestión de segundos. La compensación es que los conjuntos de datos más pequeños son
no se muestra con tanta eficacia como con otros métodos, debido al uso de enfoques de agrupación y un
número fijo de iteraciones, por lo que es posible que desee utilizar este cuando tenga al menos unos
pocos miles de nodos. Esto es lo que obtuve usando este método en los datos de nuestra escuela:
Bueno, parece un poco elegante a primera vista, pero ¿observa cómo los diversos colores se
intercalan en un grado mucho mayor que en nuestros ejemplos anteriores? Este resultado sugiere que el
modelo no logró optimizar las relaciones visuales entre los nodos con la misma eficacia que algunos de
los otros enfoques dirigidos por la fuerza. Entonces, como se nos advirtió, es posible que deseemos
guardar este para conjuntos de datos más grandes y elegir una de nuestras otras herramientas de diseño
para conjuntos de datos de tamaño pequeño a mediano.
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Otras opciones
Hemos explorado algunos de los complementos de diseño que se ofrecen con Gephi, pero esta no
es una lista exhaustiva. Hay opciones adicionales disponibles y se agregan nuevos complementos
periódicamente. Hágase un favor y visite el sitio web de Gephi regularmente para mantenerse al tanto
de los complementos más recientes, para diseños y otras facetas de Gephi.
Encontrar el diseño más efectivo

Espero que esté comenzando a tener una idea de cómo detectar visualmente cuando un modelo
es visual y analíticamente efectivo. Una de las claves para llegar a este punto es probar múltiples
métodos antes de decidirse por una opción final. Por ejemplo, podríamos habernos sentido perfectamente
bien al usar el gráfico OpenOrd con los datos de nuestra escuela si no hubiéramos experimentado con
otros algoritmos. Para estos datos, sin duda seleccionaríamos otro modelo, porque pudimos ver los
resultados de cada enfoque.
Igualmente importante es considerar cómo estamos tratando de enmarcar los datos y, en última
instancia, nuestra salida gráfica. Siempre debemos hacernos algunas preguntas antes de decidirnos por
una elección final:
• ¿Estoy intentando proporcionar una visión general de toda la red o mi objetivo es centrarme
en un nodo específico y sus relaciones?
• ¿Qué es más importante para mi pantalla: mostrar la gran cantidad de conexiones

entre nodos o su intensidad (frecuencia)?
• ¿Hay grupos en mis datos que deban tratarse como una unidad (por color, tamaño,
o forma)?
• ¿Tengo un conjunto de datos pequeño o uno grande y complejo?

• ¿Quién es mi público? ¿Se sentirán más cómodos con un gráfico simple o más complejo?
Estoy seguro de que puede plantear algunas otras preguntas, pero esto debería proporcionar una
base sólida para el enfoque que adoptará con cada visualización que cree.
Recuerde, no hay una respuesta absoluta correcta o incorrecta, pero estas consideraciones
deberían guiarlo en una dirección positiva y ayudarlo a crear algunos gráficos sorprendentes.
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Capítulo 3
Resumen
En este capítulo, aprendió cómo utilizar algunas de las opciones y configuraciones para varios de
los algoritmos de diseño predeterminados de Gephi. También aprendió sobre varios diseños
adicionales disponibles como complementos y cómo encontrarlos, instalarlos y usarlos.
Luego vimos varios ejemplos de la salida proporcionada por estos tipos de gráficos y discutimos si se
adaptaban bien a nuestro conjunto de datos de muestra.
También recibió una introducción sobre cómo encontrar el diseño más efectivo para sus datos mediante
una serie de pasos que lo ayudarán a comprender sus datos, el objetivo de su visualización, quién es la
audiencia y si mostrar todo el conjunto de datos o enfocarse en a
subconjunto más pequeño.
En este punto, debe sentirse lo suficientemente seguro como para determinar el tipo de visualización
gráfica que desea crear utilizando un conjunto de datos determinado. Nuestro próximo paso será
familiarizarlo con la creación de su propio conjunto de datos, para que pueda comenzar a desarrollar
sus propias visualizaciones de firma.
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Creación de un conjunto de datos de Gephi
Hasta ahora, hemos trabajado con conjuntos de datos existentes mientras creamos nuestros gráficos
de red, y ahora es el momento de presentarle el proceso de creación de sus propios datos. Hay más de
una manera de hacer esto, por lo que comenzaremos con el enfoque más simple y luego avanzaremos a
través de algunas opciones más avanzadas.
Al final de este capítulo, estará familiarizado con los siguientes métodos para crear o importar datos
en Gephi:
• Ingresar los datos manualmente usando la pestaña Laboratorio de datos en Gephi
• Usar software de hoja de cálculo, como Microsoft Excel u OpenOffice Calc
• Finalmente, trabajar con conjuntos de datos de una base de datos MySQL
También obtendrá una mayor comprensión de cómo definir nodos y bordes en su conjunto de datos, lo que
acelerará su capacidad para crear gráficos de red.
Entonces, comencemos asegurándonos de tener absolutamente claros los requisitos básicos para
crear un conjunto de datos.
Requisitos de datos básicos

En el nivel más fundamental, solo se necesitan dos componentes de datos para crear un gráfico de red en
Gephi.
• Nodos: forman la base de cualquier gráfico de red, ya que representan todas las entidades dentro
de los datos. Hay un solo nodo para cada entidad única en nuestros datos.
• Bordes: Son las conexiones entre entidades, definiendo el tipo de

relación que existe entre los nodos. Por lo general, hay muchos más bordes que nodos en un
conjunto de datos de gráfico normal, porque los bordes representan todas y cada una de las
conexiones entre los nodos.
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Supongamos un ejemplo en el que nuestro archivo de datos contiene 200 colegios y universidades de
todo el mundo. Cada una de estas instituciones ha trabajado con otras para producir investigación
científica. Nos gustaría responder varias preguntas utilizando estos datos, incluidas las siguientes:
• ¿Cuánta cooperación existe entre las instituciones académicas?
• ¿Algunas instituciones producen más investigación que otras?

•
¿La investigación está agrupada en grupos más pequeños o muchas universidades trabajan
con muchos socios?
• ¿Existen áreas temáticas específicas dominadas por unas pocas universidades?
Para responder a estas preguntas, necesitaremos varios elementos de datos. Requeriremos una
entrada para cada universidad o facultad que haya publicado investigaciones científicas. Cada una de
estas instituciones tendrá un solo nodo en nuestro archivo de datos. ¿Qué pasa con aquellas
instituciones que producen mucha más investigación que otras? ¿No deberían tener varias filas en nuestro
conjunto de datos? Buena pregunta, pero la respuesta es no. Ya notamos que cada entidad estará
representada por un solo nodo, pero hay un par de formas en que podemos abordar este problema para
producir un gráfico informativo y preciso.
Dimensionamiento de nodos y bordes

Tenemos varias opciones de datos a nuestra disposición para hacer que nuestro gráfico cuente una
historia convincente pero precisa. Los siguientes párrafos contienen algunas sugerencias sobre cómo
podríamos desear lograr este objetivo. Si desea obtener una comprensión más profunda de cómo se
usan los nodos y los bordes antes de continuar, le sugiero que descargue y lea el capítulo Gráficos de
Easley y Kleinberg que se recomendó en el Capítulo 1, Instalación de Gephi, de este libro.
Primero, podríamos proporcionar un elemento de tamaño para nuestros datos de nodo que
corresponda a la cantidad de proyectos publicados por esa institución. Entonces, si Harvard participó
en 39 proyectos y Yale participó en 14, podríamos reflejar esto en nuestros datos usando un elemento
de tamaño y dejando que Gephi supiera qué campo usar al crear y mostrar nodos. Podemos hacer
esto usando la opción de editar propiedades del nodo. Solo tenga cuidado de no exagerar la proporción
de tamaño; muchos programas de gráficos (incluido Gephi) establecen el radio o el diámetro de un
círculo, en lugar del área, lo que proporciona la verdadera medida de la diferencia.
Una segunda opción es abstenerse de dimensionar los nodos y simplemente usar el número de
aristas para demostrar la influencia de una institución frente a otra. Dado que cada proyecto de
investigación tendrá aristas que conecten a los múltiples editores de la investigación, las universidades
involucradas en muchos esfuerzos tendrán una mayor cantidad de aristas que fluirán dentro y fuera de
su nodo.
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Capítulo 4
O bien, podríamos emplear ambos métodos en conjunto, lo que nos mostraría tanto la proporción
de proyectos en los que trabajó una universidad como con quién trabajaron. Este enfoque permitiría
a los espectadores obtener una buena idea de la magnitud general de los proyectos de investigación
por escuela, así como la cantidad de conexiones con los socios colaboradores.
Una opción adicional es usar el color para diferenciar entre valores. En este ejemplo, el país de la
institución académica ofrece una oportunidad ideal para trabajar con el color. El uso de colores
específicos podría ayudarnos a comprender la cooperación académica a través de las fronteras
internacionales.
Hay una opción más que podríamos emplear, una que consiste en aplicar tamaños a los bordes.
Esto se conoce comúnmente como peso, que es una indicación de la intensidad o fuerza de las
conexiones entre los nodos. Por ejemplo, si Harvard y Yale trabajaron juntas en cinco proyectos,
es posible que queramos que su peso de borde sea cinco veces mayor que el de las instituciones
que trabajaron juntas en un solo proyecto.
Esta es una forma muy efectiva de mostrar la magnitud de las relaciones, pero debe usarse con
cuidado para no oscurecer el impacto general del gráfico. Los pesos de borde también se pueden
utilizar dentro de ciertos diseños y medidas estadísticas para aumentar nuestra comprensión de los
datos.
Entonces, verá que, aunque el concepto de nodos y bordes es bastante simple, Gephi tiene la
capacidad de obtener múltiples conocimientos en función de cómo estructuramos nuestros datos.
Podemos hacer que nuestros datos sean más inteligentes antes incluso de comenzar a crear
un gráfico. Además, es mucho más fácil incorporar estas capacidades en el conjunto de datos base
que hacer modificaciones una vez que los datos se han cargado en Gephi.
Ahora que sabemos qué incluir en nuestros datos, comencemos por crear un conjunto de datos utilizando
el Laboratorio de datos de Gephi.
Construyendo un archivo de datos en Gephi

El método más simple para crear un archivo de datos Gephi básico es utilizar el Laboratorio de
datos incorporado, que le brinda la capacidad de definir nodos y bordes manualmente. Dado que es
un proceso tan manual, no puedo recomendar su uso para nada más que un pequeño archivo de
datos. Aún así, es una buena opción, y también se puede usar para editar o agregar registros a datos
importados desde fuera de Gephi.
Si tiene su copia de Gephi abierta, vaya a Archivo | Nuevo proyecto y luego vaya a la pestaña
Laboratorio de datos (sugerencia: se encuentra junto a Descripción general en la parte superior de la
pantalla). Lo que debería ver a continuación es una ventana muy vacía, sin nada más que opciones de
menú en la parte superior e inferior del espacio de trabajo. Vamos a comenzar a llenar ese espacio
agregando manualmente algunos nodos y bordes.
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Agregar nodos
Haga clic en el botón Agregar nodo y debería ver un cuadro de diálogo solicitando una etiqueta
para su primer nodo. Le daremos la etiqueta altamente creativa Node_1 y haremos clic en Aceptar
botón. Ahora verá una entrada Node_1 , con Node_1 sirviendo como identificadores de etiqueta
y de nodo. Mientras tanto, Gephi ha creado un valor de identificación para este nodo,
independientemente de todo lo que hayamos hecho.
Agreguemos cinco nodos más para tener suficiente para hacer un gráfico razonablemente
interesante. Siga los mismos pasos que acabamos de usar para Node_1 y cree los nodos 2, 3, 4, 5 y
6. Cuando haya terminado, podemos pasar a crear algunos bordes.
¿Terminado? Bien. Espero que haya comenzado a tener la sensación de que crear nodos
manualmente no sería la forma inteligente de hacerlo si tuviéramos trescientas o cuatrocientas
entidades que necesitamos graficar. Si eres como yo, rápidamente se convertiría en un proceso
increíblemente tedioso. En cualquier caso, pudimos crear nuestro modesto conjunto de nodos, así
que avancemos para agregar algunos bordes.
Agregar bordes
Agregar bordes es similar a crear nodos, con una excepción importante: los bordes generalmente
no son independientes. Un borde generalmente conectará dos nodos solo una vez, por lo que el
proceso de Gephi para agregar bordes nos brinda un poco más de ayuda. Cuando hacemos clic en
el botón Agregar borde , aparece la siguiente pantalla de diálogo:
Tenga en cuenta que aquí se nos dan un par de opciones, comenzando con elegir un Dirigido
versus conexión no dirigida . Un borde dirigido es una conexión unidireccional entre dos nodos,
mientras que un borde no dirigido implica ninguna relación direccional. En cierto sentido, representa un
camino de dos vías entre los nodos conectados.
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Capítulo 4
A continuación, especificamos los valores del nodo de origen y del nodo de destino , con el
entendimiento de que esta distinción es significativa solo cuando tenemos una relación dirigida.
Conectemos Node_1 y Node_2, usando un borde no dirigido.
Notará que Gephi ha creado una entrada en el Laboratorio de datos que muestra este borde
como un tipo no dirigido. Vamos a crear algunos otros: haga sus propios bordes y nos
volveremos a reunir en un momento.
¿Listo? Es posible que haya notado que cuando crea un borde entre dos nodos, Gephi
actualiza automáticamente la lista desplegable para que no cree bordes duplicados sin darse
cuenta. Hay casos en los que dos nodos pueden tener bordes paralelos, pero esta característica
no se admite actualmente en Gephi. Recuerde que podemos aplicar pesos de borde para mostrar
conexiones más fuertes, y lo veremos en un momento. Por ahora, veamos cómo se ve nuestro
gráfico según los bordes que acabamos de crear. Esto es lo que obtuve: recuerde que el suyo
probablemente será un poco diferente, a menos que haya creado exactamente las mismas conexiones:
Modifiqué un poco el mío cambiando el color del nodo y ajustando el grosor del borde con
el control deslizante, pero deberías tener algo que se parezca vagamente a este gráfico.
¡Felicitaciones, acaba de crear su primer gráfico de red utilizando sus propios datos!
A continuación, pasaremos a la opción más práctica de obtener nuestros datos de un

programa de hoja de cálculo, como OpenOffice Calc o Microsoft Excel.
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Uso de archivos de hoja de cálculo en Gephi

Si planea trabajar con conjuntos de datos que abarcan más de un puñado de nodos y bordes, le
recomiendo que use OpenOffice Calc, Microsoft Excel, Google Spreadsheet o Zoho Sheet para realizar el
trabajo principal. Luego puede leer fácilmente los datos en Gephi como un archivo .csv , utilizando
cualquiera de los cuatro formatos delimitados: coma, punto y coma, tabulador y espacio.
Creación e importación de una hoja de cálculo

Estos son los pasos que deberá seguir para este enfoque:
1. Cree un archivo de nodos en su software de hoja de cálculo favorito, usando los siguientes campos.
Asegúrese de incluir encabezados de columna, ya que hará que el proceso de importación sea
más fácil de seguir:
° Nodos en forma de breve identificador o abreviatura
°
Id como un identificador numérico único
°
Etiqueta como un nombre más descriptivo para el nodo
2. Cree un archivo de bordes utilizando los siguientes encabezados:

°
La fuente se refiere al nodo de origen de un borde.
°
Destino se refiere al nodo de destino en el otro extremo de la conexión.
°
El tipo puede ser dirigido o no dirigido, dependiendo de si sus datos son direccionales
o no direccionales.
°
Se puede proporcionar una identificación o Gephi la creará automáticamente.
°
La etiqueta puede describir la conexión con más detalle (opcional).
°
El peso debe usarse para mostrar la frecuencia de las conexiones entre dos
nodos, suponiendo que desee mostrar eso en su gráfico; si se deja en blanco,
Gephi proporcionará un valor predeterminado igual para cada borde. Se pueden
usar valores decimales y enteros para definir los pesos de los bordes.
3. Guarde sus archivos en formato .csv .

4. Vaya a la pestaña Laboratorio de datos de Gephi y seleccione Importar
Botón de hoja de cálculo .
5. Importe el archivo de nodos.
6. Importe el archivo de bordes.
Eso es todo lo que necesita para obtener los datos de su hoja de cálculo en Gephi y comenzar a crear
hermosas visualizaciones.
Para ilustrar este proceso con datos reales, trabajaremos con un par de archivos que usé
anteriormente para crear un gráfico de red en Gephi. ¿Listo? Vamos a empezar.
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Capítulo 4
Importación de archivos de hoja de cálculo

Los dos archivos con los que trabajaremos utilizan datos de béisbol que analizan la cantidad de
intercambios entre equipos durante un período de 110 años. Este es un buen conjunto de datos
con el que trabajar, porque tiene solo unas pocas docenas de nodos, pero también mucha
variación en los bordes. Algunos equipos rara vez han intercambiado entre sí, por lo que el peso
del borde de su conexión será mínimo, mientras que otros tendrán líneas mucho más gruesas, lo
que indica transacciones frecuentes. Puede descargar estos archivos en https://app.box.com/s/
w6yfjkp8j0kpopp94ui6.
Estudie los archivos por un momento para familiarizarse con las historias que los datos pueden
contar. Esto también puede ayudarlo a guiarlo hacia un enfoque gráfico particular, aunque le
recomiendo que pruebe varios métodos una vez que se hayan cargado los datos. Si eres como yo,
lo que parece bueno al principio no siempre funciona.
Afortunadamente, tenemos una amplia gama de opciones para crear nuestro gráfico.
Muy bien, comencemos. Primero, abriremos el archivo de nodos. Haga clic en el botón
Importar hoja de cálculo y busque el archivo de nodo que acaba de descargar. Deberías ver
algo como esto en tu pantalla:
[ 49 ]
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Asegúrese de que la opción de la tabla Nodos esté seleccionada en la lista desplegable Como tabla .
Observe cómo la sección Vista previa muestra los campos Nodos, ID y Etiqueta , mostrando las primeras
filas de los datos. En este caso, los Nodos y las Etiquetas albergan valores idénticos. Podríamos hacer
las etiquetas más explícitas en el Laboratorio de datos una vez que se hayan importado los datos, pero por
ahora dejémoslas sin cambios. Luego seleccione Siguiente y verifique todas las configuraciones en esta
pantalla:
Tome nota de la casilla de verificación final, que por defecto obliga a que los nodos se creen como nuevos;
si simplemente está actualizando los nodos existentes, desmarque esta casilla.
[ 50 ]
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Capítulo 4
Así que ahora nuestros nodos están configurados y necesitaremos importar los bordes que los conectan.
Seguiremos un procedimiento muy similar, aunque con opciones ligeramente diferentes. Haga clic en el botón
Importar hoja de cálculo una vez más y elija la opción Tabla de bordes de la lista desplegable. Busque su
archivo y debería ver algo como esto:
Ahora tenemos más campos con los que trabajar, como comentamos anteriormente en este capítulo.
Tenemos campos de Origen y Destino , Tipo, ID, Etiqueta y Peso. Observe que los campos ID y Etiqueta
no están completos. Gephi creará automáticamente un valor de ID, por lo que no debemos preocuparnos
por eso cuando creamos nuestro archivo fuente. Las etiquetas no siempre se usan para los bordes, aunque
si tiene casos específicos en los que desea verlos, cree esos valores en su archivo de hoja de cálculo o a
través del Laboratorio de datos de Gephi.
Haga clic en Siguiente y podrá ver la configuración de los campos de borde, tal como lo hicimos para los
nodos hace un momento.
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En la parte inferior de la pantalla, verá una opción para crear nodos faltantes, que está marcada de forma
predeterminada. En el caso de que nuestro archivo de nodos no contenga todos los valores representados en
el archivo de bordes, Gephi creará los valores faltantes para nosotros.
Ahora tenemos nuestros datos importados y podemos pasar a crear gráficos usando estos datos.
Importación de datos MySQL

MySQL es una base de datos muy popular para los usuarios de software de código abierto, por lo que se siente
como una opción perfecta para que los usuarios de Gephi descarguen datos de sus aplicaciones basadas en MySQL.
Haremos una introducción simple a la importación de datos desde una base de datos MySQL para cargar en
Gephi, utilizando los mismos datos que acabamos de ver para el ejemplo de la hoja de cálculo. Para los datos
de la base de datos, el proceso comienza seleccionando Archivo | Importar base de datos desde el menú
Gephi, que le presentará una lista de opciones para completar con respecto a su base de datos. Después de
completar los diversos campos, debería terminar con algo similar a lo siguiente:
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Capítulo 4
Deberá completar los siguientes campos:
• Nombre de configuración: puede ser cualquier nombre que tenga sentido para usted
tu proyecto.
• Controlador: para este campo, seleccione MySQL. Gephi también funciona con SQLServer,
Teradata, PostgreSQL y SQLite, pero aquí nos centraremos en MySQL.
• Host: Este será el dominio donde se encuentra su servidor MySQL.
• Puerto: normalmente es 3306 para MySQL.
• Base de datos: aquí seleccione la base de datos donde tiene sus tablas de nodos y bordes.
• Nombre de usuario: Esto llevará la identificación que utiliza para acceder a la base de datos.
• Contraseña: Esta es su contraseña de usuario para la base de datos.
• Consulta de nodo: este campo le permite seleccionar un subconjunto de datos usando

una cláusula WHERE , o simplemente puede seleccionar todos los registros, como se muestra
en la captura de pantalla anterior.
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• Consulta de borde: este campo le permite seleccionar todos los bordes o un subconjunto; asegurarse
¡Sus consultas de nodo y borde son consistentes!
También puede probar su conexión antes de continuar con las consultas haciendo clic en el botón Probar
conexión . Eso es todo lo que necesitará para comenzar a usar Gephi con MySQL. Si desea utilizar una de
las bases de datos alternativas, consulte el wiki y el foro de Gephi para obtener más información, o eche un
vistazo a la documentación para su tipo de base de datos específico.
Una vez que se haya conectado a su base de datos, debería encontrar que el proceso es muy similar al
que vimos en el ejemplo de la hoja de cálculo. Haga clic en Aceptar
botón para continuar. Ahora verá la ventana Importar informe , verificando su estructura de datos. Después
de revisar la configuración, haga clic en Aceptar nuevamente para crear su nuevo gráfico.
Guardando tu archivo
Independientemente de cómo se crearon sus datos, cuando guarde un archivo, Gephi almacenará toda la
información de diseño y atributos en un archivo con la extensión .gephi . Para guardar un archivo,
simplemente use Archivo | Guardar, o presione Ctrl + S.
Resumen
En este capítulo, aprendió cómo crear e importar datos de Gephi. Específicamente, ahora debe comprender
los conceptos que se detallan a continuación.
Los nodos representan los elementos o entidades dentro de un gráfico de red y los bordes son las
líneas que conectan los nodos entre sí. Cada nodo o borde se puede dimensionar para representar
con precisión el peso relativo de un elemento y sus conexiones con otros nodos en la red. Gephi hace
que sea bastante simple especificar estos pesos usando el Laboratorio de Datos.
También ha aprendido a importar datos desde un archivo de hoja de cálculo a Gephi.

Este enfoque le permitirá trabajar con archivos más grandes y especificar tamaños de nodos y pesos de
bordes sin tener que usar el Laboratorio de datos.
Finalmente, aprendimos a usar una conexión de base de datos MySQL para crear archivos que se
importarán a Gephi. Esta puede ser una excelente opción si tiene datos que ya están en formato MySQL y, a
menudo, es la mejor opción para trabajar con grandes conjuntos de datos.
Ahora que se siente cómodo creando e importando datos con Gephi, es hora de explorar algunos de los
complementos disponibles que facilitarán la conversión de sus datos en gráficos e información significativos.
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Explorando complementos
Hasta ahora, nos hemos centrado en las capacidades nativas de Gephi, utilizando solo unos pocos
complementos que ampliaron nuestra capacidad para crear diferentes diseños. En este capítulo, agregaremos
algunos complementos nuevos que amplían Gephi aún más. Dentro de este capítulo, usted
aprender como:
• Comprender qué son los complementos y cómo pueden extender Gephi
• Ubique los complementos de Gephi para descargarlos e instalarlos
• Instalar y configurar varios complementos
Entonces, comencemos por ver lo que está disponible a través de las páginas del mercado de Gephi.
Acerca de los complementos

Si ha tenido experiencia trabajando con aplicaciones de software de código abierto, es probable que esté
familiarizado con el concepto de complemento. Wikipedia proporciona una definición muy simple y concisa:
"Una pieza de software que mejora otra aplicación de software y que, por lo general, no se
puede ejecutar de forma independiente".
Entonces, ya sea que se llame complemento en Microsoft Office, o el término de complemento más
comúnmente utilizado para código abierto, el propósito es el mismo.
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En Gephi, los complementos toman el formato de archivo .nbm , donde .nbm representa el
Módulo NetBeans. Esto tiene sentido dado que Gephi se basa en la plataforma NetBeans, un
entorno de desarrollo para aplicaciones Java.
En ciertos casos, encontrará complementos empaquetados como archivos .zip , con múltiples
archivos .nbm que residen dentro de la única extensión .zip . Cuando encuentre uno de estos,
simplemente use su software favorito para descomprimir el archivo para que Gephi pueda identificar
correctamente sus complementos.
Ahora que tenemos una idea básica de qué son los complementos y cómo se empaquetan,
avancemos para comenzar a explorar sus usos específicos para Gephi.
Mejorando Gephi con complementos

Antes de pasar a ubicar e instalar herramientas específicas, analicemos brevemente el uso
general de complementos dentro de Gephi y comencemos a imaginar las posibilidades que
ofrecen.
Recuerde en el Capítulo 3, Exploración de opciones de diseño adicionales, cómo ampliamos Gephi

mediante la introducción de una serie de nuevas opciones de diseño, lo que nos permite ver nuestros
datos en diseños circulares o concéntricos. Sin embargo, los diseños son solo una de las categorías
disponibles para nosotros. Piense en cómo le gustaría tener más flexibilidad dentro del Laboratorio
de datos, o cómo le gustaría exportar su gráfico de red a la Web. O incluso cómo le gustaría poder
crear gráficos transmitiendo una fuente de datos continua. La lista de posibilidades podría seguir y
seguir, y diferirá según sus objetivos específicos. Entonces, tómese un momento para pensar en lo
que le gustaría que Gephi lograra para sus necesidades gráficas.
¿Tienes algunas ideas? Bien. Avancemos y comencemos a explorar lo que ya se ha creado y quizás
lo que falta en su lista de deseos. Tal vez, en última instancia, sea usted quien construya el
complemento que haga exactamente lo que necesita.
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Capítulo 5
Explorando opciones de complementos

Para tener una idea de los complementos disponibles para Gephi, navegaremos al mercado,
actualmente ubicado en https://marketplace.gephi.org/plugins/. Aquí, verá una variedad de
complementos organizados por categoría, con un aspecto similar a este:
Es posible que haya notado que Gephi no tiene cientos de complementos disponibles en el
mercado, al menos en esta etapa de su desarrollo, pero hay una serie de opciones más allá
de los complementos de diseño que ya hemos visto. De hecho, Gephi tiene docenas de
complementos, pero la mayoría ya están disponibles cuando realiza la instalación básica.
Este sería un buen momento para hacer clic en una de las categorías mencionadas
anteriormente para obtener más información sobre algunos de los complementos. En términos
generales, encontrará descripciones bastante detalladas de cada herramienta, para qué está
diseñada y cómo instalar y configurar el complemento. No se preocupe demasiado en esta etapa
por la instalación y configuración; en mi experiencia, la mayoría de los complementos de Gephi
han sido muy fáciles de usar y no requieren mucha personalización.
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Categorías de complementos
Como vio en la sección anterior, los complementos de Gephi están agrupados por categoría, y cada
categoría está diseñada para representar una funcionalidad común. La categoría de diseño, por ejemplo,
alberga complementos que se centran en cómo se presentará visualmente su gráfico de red. Cada opción
de diseño diferirá ligeramente, pero todas están relacionadas con la apariencia final de su gráfico. Entonces, con
esa introducción, repasemos una descripción general muy básica de cada categoría y cómo puede usar
complementos específicos para mejorar su experiencia Gephi:
• Clusters cubre herramientas diseñadas para identificar y agrupar sus datos según
un enfoque basado en clústeres
• Los filtros cubrirán herramientas diseñadas para reducir su gráfico a través de filtros selectivos.
filtrado de datos
• Diseño alberga todos los algoritmos diseñados para proporcionar diseños únicos basados en la
información dentro del conjunto de datos
• La clasificación se aplica a las herramientas que lo ayudarán a ordenar o clasificar su gráfico según
criterios de clasificación específicos.
• Los complementos del Laboratorio de datos se utilizan para expandir el Laboratorio de datos nativo.
capacidades
• Los complementos del generador lo ayudan a generar tipos de gráficos adicionales que no son nativos de
la instalación básica de Gephi
• Los complementos de métricas le permiten calcular medidas adicionales dentro del conjunto de
datos y el gráfico resultante
• Herramientas cubre complementos que proporcionan enlaces o capacidades de terceros
• Exportaciones es una categoría centrada en herramientas que le permiten exportar datos de Gephi
y/o gráficos a otros formatos o a la Web
• Las importaciones le permiten aprovechar fuentes de datos externas, como RDF y JSON
• Otra categoría proporciona complementos que no encajan perfectamente en ninguna de las

categorías anteriores
Es posible que pueda sentir el potencial para extender Gephi a través de estos complementos, así como a través
de futuras herramientas que podrían caer en una o más de estas categorías. Una vez que comience a usar Gephi,
le recomiendo que consulte las páginas del mercado con regularidad para ver qué nuevas herramientas pueden
mejorar su versión de Gephi.
Entonces, es posible que haya percibido el potencial para agregar a las capacidades básicas en Gephi, pero
¿por qué específicamente querría agregar a la ya extensa lista de características provistas dentro de Gephi? La
siguiente sección proporcionará algunos fundamentos para llevar a Gephi más allá de sus ya impresionantes
capacidades básicas.
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Capítulo 5
Uso de complementos para mejorar la productividad

Desde mi punto de vista, el objetivo de seleccionar complementos es encontrar herramientas
que mejoren su experiencia Gephi ayudándolo de las siguientes maneras:
• Facilitar la realización de una tarea o tareas
• Hacer que sea más rápido lograr algo
• Permitiéndole realizar análisis más potentes
Según estos criterios (también puede encontrar otros), debe buscar complementos que se ajusten a
la forma en que usará Gephi. Por supuesto, no existe una regla contra la instalación de todos los
complementos; tienden a tener una huella bastante pequeña y, en general, son fáciles de instalar y
configurar. Aún así, probablemente sea mejor comenzar poco a poco y agregar otros según sea necesario.
Entonces, ¡comencemos a descargar algunas herramientas nuevas! Recuerde que anteriormente descargamos
algunos complementos de diseño en el Capítulo 3, Exploración de opciones de diseño adicionales, por lo que ahora
nos centraremos en otras categorías en las que podemos extender Gephi.
Puede decidir que ninguno de los complementos actuales es esencial para lo que pretende hacer con
Gephi. Incluso si ese es el caso, seguirá siendo instructivo hacer un recorrido para comprender qué
hay disponible y cómo podría ponerlo a trabajar.
Con ese espíritu, revisaremos algunas selecciones en esta sección, instalando algunos
complementos que considero útiles. Esto tendrá dos propósitos: uno, demostrará la facilidad de
extender Gephi y, segundo, podremos demostrar la funcionalidad de varios complementos en los
capítulos restantes de este libro.
Aquí hay cuatro complementos con los que trabajaremos:
• Ayudante de laboratorio de datos
• Generadores de Complejos
• Exportación Web Seadragon
• Clasificador alfabético
Estos tres nos brindarán la capacidad de ampliar Gephi brindando capacidades adicionales dentro del
Laboratorio de datos, utilizando nuevos algoritmos de visualización y exportando nuestros gráficos a un
formato web interactivo. Así que pongámonos a trabajar instalándolos.
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Descarga e instalación de complementos

Hay varias formas de agregar complementos a Gephi, con las dos principales
Los métodos son a través de descargas directas desde el mercado de Gephi o mediante el uso del instalador
dentro de Gephi. Mi recomendación es que visite el mercado para obtener más información sobre cada
complemento y luego use el instalador desde Gephi, que le mostrará todos los complementos disponibles
(es decir, aquellos que aún no se han instalado). Aquí hay un vistazo a lo que verá dentro de Gephi cuando
seleccione los complementos
opción del menú Herramientas :
Observe si observa detenidamente que cada pestaña muestra la cantidad de complementos por estado.
Nuestro próximo paso será descargar un puñado de complementos navegando a la pestaña

Complementos disponibles . Seleccionemos un puñado de complementos para instalar y luego sigamos
el proceso de instalación y configuración.
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Capítulo 5
Esto es lo que verá en la pestaña Complementos disponibles ; por supuesto, puede tener algunos
más (o menos) dependiendo de si instaló previamente alguno de los complementos de diseño:
Ahora vamos a seleccionar las herramientas mencionadas anteriormente para la instalación, así que
seleccione lo siguiente:
• Generadores de Complejos
• Ayudante de laboratorio de datos
• Exportación Web Seadragon
• Clasificador alfabético
Simplemente marque la casilla junto a cada una de estas opciones o elija algunas herramientas diferentes,
o ambas. Aquí no hay reglas estrictas y rápidas, porque el proceso de instalación será el mismo para casi
todas las opciones. ¿Listo?
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A continuación, haga clic en el botón Instalar en la esquina inferior izquierda de la ventana.

Eso abrirá otra ventana que confirma lo que estamos a punto de hacer, como esta:
Haga clic en el botón Siguiente y se iniciará el proceso de descarga e instalación; asegúrese

de tener una conexión web antes de comenzar. Ahora se le pedirá que
acepte la licencia de cada uno de los complementos antes de continuar:
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Capítulo 5
Afortunadamente, puede usar la casilla de verificación en la parte inferior para aceptar todas las
licencias simultáneamente.
Experimentará un obstáculo más antes de que pueda finalizar la instalación, ya que Gephi le notificará que
algunos (o todos) los complementos no están firmados. No necesita preocuparse por esto, así que seleccione
el botón Continuar para completar el proceso de instalación.
Una vez que se haya completado el proceso de instalación, se le pedirá que reinicie Gephi para activar con éxito
cada complemento. Puede optar por hacer esto de inmediato o posponerlo hasta más tarde, pero en algún
momento deberá reiniciar la aplicación.
¡Eso es! No es demasiado doloroso, y ahora comenzaremos a explorar nuestras capacidades adicionales en los
capítulos restantes.
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Resumen
Espero que este capítulo le haya brindado una base sólida sobre complementos que podría usar en el
resto de este libro y en sus propias exploraciones de visualización de redes. Ahora debería tener una
mejor comprensión de qué es un complemento y cómo puede mejorar su experiencia Gephi, dónde ubicar
los complementos para descargar e instalar, y cómo ejecutar los procesos de descarga e instalación.
Ahora estamos equipados para seguir adelante y explorar algunas capacidades avanzadas de Gephi.
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Características avanzadas
Hasta este punto del libro, nos hemos asegurado de comprender la funcionalidad básica de
Gephi y cómo podemos usarlo para crear algunos gráficos de red bastante básicos. Ahora es el momento
de explorar algunas de las capacidades más avanzadas, para que no solo podamos crear los gráficos, sino
también interactuar con ellos.
En concreto, vamos a echar un vistazo a las siguientes características:
• Cómo usar las muchas capacidades de filtrado de Gephi para resaltar

atributos dentro del gráfico, así como para generar subconjuntos del gráfico para su posterior
análisis
• Consultar el gráfico usando combinaciones de filtros
• Usar funciones estadísticas para aprender más sobre los datos dentro del gráfico
• Trabajar con funciones de clasificación para aplicar colores personalizados a nodos y bordes,
basado en un criterio seleccionado
Cubriremos mucho terreno en este capítulo, así que empecemos.
filtros
El filtrado en Gephi nos permite manipular nuestros gráficos y realmente comenzar a explorar los datos
subyacentes. En Gephi, los filtros se configuran seleccionando entre una amplia variedad de opciones,
pero los resultados reales no se aplican hasta que ejecutamos el proceso de consulta.
Por lo tanto, puede pensar en filtros y consultas trabajando juntos para proporcionar los resultados que
buscamos. Veamos las diferentes opciones disponibles para filtrar nuestro gráfico. Antes de explorar las
selecciones específicas, recuerde que podemos apilar varios filtros dentro de una sola consulta. Esta capacidad
nos brinda una increíble gama de opciones a medida que comenzamos a pasar a gráficos más complejos.
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Opciones de filtro
Gephi proporciona una gran cantidad de opciones para filtrar datos de gráficos, como se muestra en
la siguiente captura de pantalla:
Tenga en cuenta las múltiples categorías disponibles para configurar los filtros, es decir, Atributos,
Dinámico, Bordes, Operador, Topología y Consultas guardadas. No podemos cubrir todo en este
capítulo, por lo que nos centraremos en algunos filtros específicos, principalmente dentro de las
categorías Atributos y Topología .
Como vimos anteriormente, los filtros y las consultas funcionan en equipo para ayudarnos a filtrar
nuestros datos. Los filtros establecen las condiciones que luego ejecutamos usando las capacidades
de consulta en Gephi. Si bien esto hace que parezca que todo el trabajo se realiza al configurar los
filtros, la consulta también es fundamental para el éxito de nuestros esfuerzos.
Echemos un vistazo más profundo a la sección Atributos probando algunos de los filtros
disponibles. Por cierto, trabajaremos con estos ejemplos utilizando nuestro conjunto de datos
escolar familiar del Capítulo 3, Exploración de opciones de diseño adicionales, visualizado con
el algoritmo gráfico Yifan Hu. Puede elegir otras opciones si lo desea, pero sus resultados
diferirán un poco de lo que veremos en este capítulo.
Usaremos los siguientes filtros en nuestras consultas y aprenderemos cómo nos ayudan a dar
mayor sentido a los datos en nuestro gráfico:
• Igual
• Partición
• Rango de grados
Red de ego
Comencemos usando el filtro Igual.
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Capítulo 6
El filtro Igual
La condición Igual nos permite ubicar atributos gráficos específicos en función de su ID,
etiquetas, tamaño u otros criterios. Este filtro simple es realmente muy poderoso, como lo
demostrarán las siguientes imágenes.
Primero, busque el filtro Igual dentro de la carpeta Atributos y expándalo haciendo clic en el
símbolo + . Tenga en cuenta que tenemos ocho atributos entre los que podemos seleccionar,
dos para Id . y Etiqueta, y uno para Peso, nombre de clase, conteo y duración. Cada uno de
estos valores corresponderá a un nodo o un borde, lo que nos brinda un gran potencial incluso
dentro de este conjunto de datos bastante pequeño. Seleccionemos classname y arrástrelo
hacia abajo a la sección Consultas inmediatamente debajo de los filtros.
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Antes de aplicar el filtrado, comencemos ocultando los bordes en el gráfico. Esto nos
permitirá ver los cambios cuando se aplican los filtros más fácilmente. Si recuerda nuestros
capítulos anteriores, recordará que el ícono de bordes está en la barra de herramientas inferior.
Haga clic en él para ocultar todos los bordes. Debería ver algo como esto:
Puede o no tener colores diferentes para sus nodos; en este caso, mis nodos se clasificaron
por color, según su grado, lo que indica el número de conexiones con otros nodos. Ahora,
supongamos que queremos centrarnos en un conjunto específico de nodos. Sospechamos
que muchos de ustedes han notado el valor 3B en nuestra consulta un momento antes. Esto
permitirá que nuestro filtro resalte solo los nodos del nombre de clase 3B. Haga clic en el botón
Seleccionar en la ventana Consulta y observe lo que sucede:
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Capítulo 6
Observe cómo se desvanecen todos los nodos que no pertenecen a 3B , lo que permite que
solo se destaquen los nodos 3B . Ahora, haga clic en el botón Filtrar y observe los cambios:
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Ahora vemos solo los valores de datos asociados con classname igual a 3B. Para restablecer el gráfico,
simplemente haga clic en Filtrar una vez más y ahora volvemos a nuestro gráfico anterior.
Para eliminar completamente el filtro, haga clic con el botón derecho en el filtro Igual (dentro de la Consulta
ventana), y seleccione la opción Quitar .
Estamos seguros de que ya se está dando cuenta de otros posibles usos de este enfoque.
Retenga esos pensamientos (o escríbalos) para que podamos aprender a usar los filtros de partición,
rango de grados y red Ego.
Trabajar con filtros de partición

Ahora trabajaremos con el filtro Partición. Esta herramienta es muy útil para ayudarnos a ver partes del
gráfico seleccionando valores de atributos específicos. Trabajando con nuestro gráfico existente, agreguemos
la opción Partición a nuestro filtro, usando classname como nuestra variable una vez más.
Una vez que tengamos nuestro filtro en su lugar en la ventana de consulta , puede comenzar a seleccionar uno
o más de los diferentes nombres de clase. Este enfoque facilita la visualización de partes del gráfico a la vez, la
comparación de las estructuras de varios grupos o la visualización de los grupos que tienden a estar cerca.
Continúe y seleccione algunos nombres de clase individuales y vea lo que muestra su gráfico.
Así es como se ve el gráfico usando las clases 1A, 1B, 2A y 2B :
Esto podría ser aún más útil si asociáramos colores únicos con cada grupo, o si tuviéramos alguna otra
característica de identificación que los distinguiera entre sí.
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Capítulo 6
Uso del filtro Rango de grados

Encontrará la opción Rango de grados en la carpeta Topología en Filtros
ventana en el lado derecho del espacio de trabajo de Gephi. Los grados en los gráficos de red se refieren
al número de conexiones que conducen hacia o desde un nodo. Por ejemplo, si un solo nodo tiene 43
conexiones, podemos decir que tiene 43 grados.
En, podemos reducir la complejidad de nuestro gráfico filtrando el número o rango de grados. Por
ejemplo, nuestro gráfico de datos escolares tiene un rango de grados que va desde 18 a 98. Si deseamos
ver solo los nodos más conectados, podemos establecer nuestro filtro en un rango de 80 a 98.
Para hacer esto, simplemente arrastre el filtro hacia abajo a la ventana Consultas y ajuste el rango
deslizando el control izquierdo hasta que alcance un valor de 80. Luego seleccione el botón Filtro y observe
el conjunto de nodos drásticamente reducido en la ventana del gráfico. Ahora tenemos solo 14 nodos de
nuestro conjunto original mucho más grande, y sabemos que estos son los nodos más conectados dentro
de nuestro gráfico.
Podríamos realizar un procedimiento similar para los nodos menos conectados configurando nuestro
rango de 18 a 25. Después de aplicar este filtro, ahora vemos 19 nodos alrededor de los bordes exteriores
del gráfico, que representan los valores menos conectados en el conjunto de datos. Entonces, puede ver
cómo la manipulación de los valores del filtro hace que sea mucho más fácil concentrarse en subconjuntos
específicos de datos dentro del gráfico.
Trabajando con el filtro Ego Network

El filtro Ego Network también se encuentra en la carpeta Topología de la ventana Filtros .
Ego Network simplemente se refiere a aquellos nodos dentro de un rango específico del nodo de
origen. Por ejemplo, todos los nodos conectados directamente a un nodo de origen son parte de Ego
Network para ese nodo a una profundidad de 1. En otras palabras, están a una conexión de distancia.
Para comenzar, arrastre el filtro Ego Network a la ventana Consultas . Observe que el filtro tiene opciones
para ID de nodo y profundidad. Ingrese cualquier ID de nodo del conjunto de datos para comenzar a
aplicar el filtro. Luego, haga clic en Seleccionar y filtrar para ver los resultados en la ventana del gráfico.
Usando el valor de ID de nodo de 1859 y configurando la profundidad en 1, verá una red de
aproximadamente 40 nodos. Tenga en cuenta que tiene la opción de mostrar el nodo de origen si lo
desea; se mostrará en un color diferente al de los nodos conectados.
Por supuesto, podemos ampliar la red de ego configurando la Profundidad en 2 y repitiendo el proceso
haciendo clic en el botón Seleccionar nuevamente. ¡Observe cuán densamente poblado se ha vuelto el
gráfico! Ahora establezca el valor de profundidad en 3 y haga clic en el botón Seleccionar una vez más.
Solo se agregaron algunos nodos adicionales. Hemos aprendido que configurar Ego Network a una
profundidad de 2 conecta el nodo 1859 con prácticamente todos los demás objetos dentro del gráfico. Por
supuesto, en un conjunto de datos mucho más grande, es probable que veamos niveles de profundidad más
altos, pero el principio sigue siendo el mismo.
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Espero que estos ejemplos le hayan brindado una comprensión breve, pero sólida, sobre cómo
implementar filtros y cómo puede trabajar con ellos para mejorar su capacidad de crear gráficos
interesantes y significativos. Hay muchas otras opciones disponibles que no se tratan aquí, pero tómese el
tiempo para experimentar con ellas y visite el sitio de Gephi para obtener más información sobre su uso.
Ahora es el momento de echar un vistazo rápido a las funciones en la ventana Estadísticas .
Estadísticas
Hay más de 10 estadísticas distintas, que podemos ejecutar en nuestros gráficos de red para obtener más
información sobre los patrones dentro de nuestros datos. Encontrará la pestaña Estadísticas junto a
Filtros, como se muestra en la siguiente imagen:
Tenga en cuenta que las estadísticas se dividen aquí en tres grupos, es decir, aquellas enfocadas en la red,
un par dedicado a los nodos y una sola función para medir rutas de borde.
Un cuarto grupo (Dinámico) está disponible para gráficos dinámicos y le permitirá calcular estadísticas
dinámicas. La mayor parte de las estadísticas se ocupan de la estructura general de la red, por lo que
dedicaremos la mayor parte de nuestro tiempo en la siguiente sección.
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Capítulo 6
Trabajar con estadísticas clave

Echemos un vistazo a algunas de las medidas estadísticas más importantes y empecemos a
comprender su significado y lo que nos dicen sobre nuestro gráfico. Examinaremos las siguientes
estadísticas:
• Grado Medio
• Grado medio ponderado
• Densidad gráfica
• Modularidad
• Longitud de ruta promedio
Ejecutar las estadísticas no podría ser más simple; simplemente haga clic en el botón Ejecutar para
cada uno y la estadística se calculará rápidamente. En muchos casos, se presentará una ventana de
resultados que nos brinda un poco de detalle detrás de los números reales. Entonces empecemos.
En términos simples, el grado promedio representa el número promedio de conexiones no

ponderadas en una red. Por ejemplo, supongamos que tenemos una red muy simple compuesta por
cinco nodos con los siguientes atributos:
Nodo Bordes Promedio Peso Peso total

1 4 1 4
2 3 1 3
3 3 1 3
4 4 1 4
5 2 1 2
Cuando sumamos el peso total de los bordes, obtenemos un valor de 16, que luego se divide por el
número de nodos (cinco), lo que nos da 16/5, o 3,2 para una medida de grado promedio.
El Grado Promedio Ponderado en este ejemplo nos daría un valor idéntico, porque todas las
conexiones tienen el mismo peso (1 en este caso). ¿Qué sucedería si se cambiaran algunos de los
pesos para reflejar conexiones más fuertes frente a conexiones más débiles?
Veamos un ejemplo simplificado:
Nodo Bordes Promedio Peso Peso total

1 4 1.5 6
2 3 1 3
3 3 2 6
4 4 3 12
5 2 1 2
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Ahora tenemos un peso de borde total de 29 para nuestra red, lo que da como resultado
un grado promedio de 5.8 (29/5). Esto nos dice que nuestros nodos tienen un mayor grado de
conectividad en comparación con el ejemplo no ponderado anterior. Antes de continuar, destaquemos
una función útil proporcionada por Gephi. Cada vez que calculamos una de estas estadísticas en
nuestro gráfico, Gephi crea y completa un campo en el Laboratorio de datos
pestaña. Esto puede ser muy útil cuando intentamos cuantificar el número de conexiones para
cada nodo o incluso para medidas más avanzadas, como los coeficientes de agrupamiento.
La estadística Graph Density nos proporciona una herramienta para un mayor análisis de
nuestro gráfico. Esta es una medida fácil de interpretar, siendo un valor de 1 un indicador de
una red completamente conectada; todos los nodos están conectados entre sí. Si llegamos a
una medida de 0,213, como hicimos con la red de clases de la escuela, sabemos que
aproximadamente el 21 por ciento de nuestros nodos están conectados entre sí. En nuestro
ejemplo, no sorprende que nuestro resultado esté muy por debajo del máximo, porque podríamos
suponer que existe una interacción limitada entre los miembros de las clases de quinto grado con
las clases de primer grado, y así sucesivamente.
Probemos esta lógica creando un filtro de partición usando los nombres de clase 1B y 2B. Debido
a que estas clases representan clases de primer y segundo grado, anticiparíamos una mayor
densidad de gráficos. Podemos confirmar esto volviendo a ejecutar la función GraphDensity y, por
supuesto, nuestro valor ahora es más sólido, .602 - 60 por ciento de todas las conexiones posibles
que se han realizado dentro de este subconjunto del gráfico.
La función Modularidad proporciona una forma sencilla de determinar el número de

comunidades presentes en un gráfico. Si está familiarizado con el enfoque de análisis de
conglomerados que se utiliza en el análisis estadístico, este concepto le resultará familiar. En el
caso de nuestro gráfico actual, ejecutar esta función con la configuración predeterminada nos
dice que hay cinco comunidades distintas dentro de los datos escolares. Para crear un mayor
número de comunidades, simplemente disminuya el valor de resolución.
La estadística de longitud de ruta promedio proporciona información sobre la interconexión

de nuestro gráfico utilizando algunas medidas, es decir, la longitud de ruta promedio y el
diámetro brindan los resultados que necesitamos comprender. En el caso de que todos los nodos
en un gráfico estén conectados entre sí, tendríamos una longitud de camino promedio igual a 1, así
como un diámetro igual a 1, ya que dos nodos no estarían separados por más de una conexión.
En el caso de nuestro conjunto de datos de clases escolares, esos números cambian a

1,86 para la longitud de ruta promedio y 3 para el diámetro. Esto se puede interpretar de la
siguiente manera: cualquier nodo suele estar a menos de dos grados de cualquier otro nodo y
ningún nodo está separado por más de tres grados. Tal vez recuerde el título de la película
Seis grados de separación; en el gráfico de clases de la escuela, tenemos apenas tres grados de
separación entre los puntos más distantes.
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Capítulo 6
Hay varias estadísticas adicionales que no hemos presentado en este capítulo. Por todos los medios,
tómese el tiempo para jugar con ellos y aprender más sobre su significado a través de Wikipedia, el wiki
de Gephi o una búsqueda general en la web. O bien, puede consultar uno de los libros presentados en el
Capítulo 2, Creación de gráficos de red simples, para obtener una discusión detallada del tema.
Ahora es el momento de pasar a nuestra sección final de este capítulo, donde aprenderemos cómo usar las
funciones de clasificación en Gephi.
clasificaciones
Las clasificaciones nos permiten colorear nuestros gráficos en función de un atributo específico, como
etiquetas, pesos, conteos, grados y más, según los campos disponibles en nuestro conjunto de datos.
Esta capacidad nos permite analizar más a fondo nuestro gráfico usando la poderosa entrada de color.
Usado sabiamente, el resultado es un gráfico que es a la vez fácil de interpretar y agradable de ver.
Para comenzar a trabajar con las clasificaciones, vaya a la pestaña de clasificaciones dentro de Gephi,
que generalmente se encuentra en el lado izquierdo del espacio de trabajo. Después de elegir los
parámetros de clasificación, podrá jugar con la configuración de color para obtener la apariencia que
desea dentro de su gráfico. Para los siguientes ejemplos, usaremos una gradación simple de dos colores,
que va desde un azul muy claro para valores bajos hasta un tono azul más profundo para valores más
altos. Siéntase libre de experimentar para obtener el aspecto deseado.
Ahora, trabajemos con algunos ejemplos, volviendo a nuestro gráfico de clases escolares.
Nos ocuparemos solo de los nodos en los siguientes casos, aunque la clasificación también se
puede aplicar a los bordes.
Hay cuatro métodos que aplicaremos a nuestro gráfico existente:
• Centralidad de intermediación
• Cercanía Centralidad
• La licenciatura
• Excentricidad
La centralidad de intermediación mide el nivel en el que un nodo dado sirve como puente que conecta otros
nodos. Lo que esperaríamos ver en un caso típico es que los nodos en el centro de un gráfico mostrarán
niveles altos en esta medida frente a los nodos perimetrales que normalmente tendrán valores muy bajos,
porque a menudo representan el borde exterior de una red. El diámetro de la red se usa para crear esta
medida, por lo que en el caso de una red con un diámetro muy grande, esperamos un mayor rango de valores
desde muy pequeño (cerca del centro) hasta muy grande (en el borde exterior de la gráfica).
[ 75 ]
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En nuestro ejemplo de clases escolares, vemos un rango de valores que se extiende desde
aproximadamente 2.65 hasta 396 (usando el algoritmo Yifan Hu). También ocultaremos los bordes
para obtener una mayor visibilidad de los nodos. Aquí, vemos nodos muy conectados como símbolos
de color azul más oscuro:
Observe la prevalencia de tonos más oscuros cerca del centro del gráfico, con los nodos del
borde exterior casi blancos. Esto nos dice dónde se encuentran los nodos individuales más
importantes en este gráfico; estos son los estudiantes o profesores con más probabilidades de
proporcionar puentes a otros nodos.
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Capítulo 6
Ahora, emplearemos la medida de centralidad de proximidad. En este caso, anticiparíamos

que nuestros nodos más oscuros en el gráfico anterior probablemente sean los nodos más claros
usando esta clasificación. Ahora estamos identificando la distancia típica entre todos los nodos
en el gráfico, lo que probablemente produzca algo casi opuesto al enfoque de intermediación.
Echemos un vistazo:
¡Exactamente como sospechábamos! Los nodos más oscuros ahora están situados cerca
del perímetro del gráfico, ya que tienen una distancia promedio mayor a cualquier otro nodo.
En nuestro ejemplo escolar, las medidas oscilan entre 1,58 y 2,21, por lo que las diferencias no
son tan significativas. Recuerde que las clases de la escuela representan una red bastante pequeña.
Si aplicamos esta medida a una red social más grande, esperaríamos un rango de valores
mucho mayor.
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Pasemos ahora a la métrica Grado, que debería proporcionar resultados más acordes con nuestro primer
ejemplo. Ahora estamos midiendo el número literal de conexiones entre nodos, por lo que es probable que
el centro del gráfico muestre a los individuos con mayor
número de conexiones. Aquí están los resultados:
Efectivamente, nuevamente vemos los nodos más altamente conectados (azul oscuro) en el centro del
gráfico, con el perímetro poblado por (quizás) estudiantes menos populares. En este caso, nuestros datos
oscilan entre 18 y 98 grados, lo que parece ser una dispersión muy amplia para un conjunto de datos
relativamente pequeño.
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Capítulo 6
Hay una técnica más para aplicar aquí antes de terminar este capítulo.
La excentricidad es una medida de la distancia máxima entre un solo nodo y cualquier otro nodo
en la red. Recuerde que ya aprendimos que el máximo aquí será 3, según el diámetro del gráfico,
por lo que debemos estar preparados para un resultado bastante limitado. Una red social más
extendida proporcionará mucha más dispersión usando este enfoque, pero echemos un vistazo de
todos modos:
Como puede ver, solo tenemos dos colores distintos en este gráfico, con un azul más oscuro
que indica un valor de 3 y los círculos sin sombrear corresponden a un valor de 2. Esto nos muestra
qué nodos requieren un máximo de 3 conexiones para alcanzar la mayor cantidad. nodo distante en
el gráfico, versus aquellos que requieren solo 2 conexiones. Ciertamente, este podría ser un método
muy interesante cuando se usa con un conjunto de datos de redes sociales más amplio, ya que podría
ayudarnos rápidamente a identificar valores atípicos dentro de la red.
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Resumen
Cubrimos bastante terreno en este capítulo, explorando algunas de las capacidades
avanzadas dentro de Gephi. Específicamente, aprendió a usar varias funciones
importantes.
Primero aprendimos a usar varios filtros, incluidos los muy útiles métodos Equal, Partition,
Degree Range y Ego Network.
A continuación, aprendió a usar consultas, que le permiten aplicar uno o más filtros para
seleccionar atributos o variables específicos dentro de su gráfico.
También aprendimos cómo usar las estadísticas, específicamente los cálculos de grado
promedio, grado ponderado promedio, densidad gráfica, modularidad y longitud de ruta
promedio. Cada una de estas funciones nos proporciona información valiosa sobre los datos de
nuestro gráfico.
Finalmente, cubrimos el tema de las clasificaciones, donde aprendimos cómo implementar los
métodos de centralidad de intermediación, centralidad de cercanía, grado y excentricidad.
Cada uno de estos métodos nos brinda una mayor comprensión de los datos de nuestro gráfico,
particularmente a nivel de nodo individual.
Ahora debería tener una sólida comprensión de cómo aprovechar estas potentes funciones y
estar dispuesto a explorar algunos de los otros enfoques específicos que no cubrimos en este
capítulo.
Ahora que tiene la capacidad de usar funciones básicas y avanzadas dentro de Gephi, querrá
comprender cómo tomar sus gráficos individuales e implementarlos fuera de la aplicación Gephi,
como imágenes, archivos PDF o en la Web. Abordaremos esos temas en nuestro próximo capítulo.
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Desplegando Gephi
visualizaciones
Todo lo que hemos hecho hasta ahora se ha ejecutado dentro de Gephi y solo puede ser visto por
alguien con la aplicación Gephi instalada en su computadora. Eso está a punto de cambiar, a medida
que exploramos opciones sobre cómo tomar sus hermosos gráficos y exportarlos, para que otros
puedan ver y aprender de sus esfuerzos.
En este capítulo, aprenderemos cómo hacer lo siguiente:
• Preparar y personalizar nuestra visualización de red para exportar
• Exporte nuestros gráficos en un formato de archivo gráfico para uso futuro dentro de Gephi u
otras herramientas, como Pajek o GraphML
• Exporte nuestros gráficos a formatos PDF, PNG o SVG para usarlos fuera de Gephi
• Use el complemento Seadragon Web Export para crear un archivo visible para la Web
Sabemos que esta es la etapa que muchos de ustedes han estado esperando, así que comencemos.
Personalización de la visualización
Hasta ahora hemos trabajado casi exclusivamente en la pestaña Overview de Gephi, con una breve
incursión en el Data Laboratory. Ahora es el momento de realmente hacer que nuestros gráficos
canten usando la pestaña Vista previa . Piense en la pestaña Información general como nuestro
taller, donde trabajamos tras bambalinas para obtener algo que tenga sentido y cuente una historia.
Mientras tanto, la pestaña Vista previa es donde creamos la versión final de la historia, ajustando
colores, tamaños, fuentes, opacidad y mucho más.
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Implementación de visualizaciones de Gephi
Vamos a comenzar con uno de nuestros gráficos de clasificación del último capítulo,
específicamente el gráfico de Grados, ya que proporciona un rango adecuado de variación de
color para hacer que las cosas sean interesantes. Únase a mí, si lo desea, con su propio gráfico,
o simplemente siga este ejemplo. Una vez que tengamos el gráfico nuevamente en nuestra
ventana de Vista general , seleccione la ventana Vista previa . Debería ver inmediatamente una
versión más atractiva de la misma información (es posible que deba hacer clic en el botón
Actualizar en la parte inferior de la pantalla). La siguiente captura de pantalla muestra lo que
debería ver, suponiendo que haya utilizado el algoritmo Yifan Hu:
Estamos seguros de que notó un par de cosas sobre este gráfico:
1. ¡Nuestros bordes están de vuelta y son curvos!

2. El color de los bordes es consistente con el color del nodo.
Si no está entusiasmado con estos cambios, no tema; es fácil ajustarlos, así como personalizar
otras funciones, como etiquetas, bordes y opacidad. Usaremos este gráfico como nuestro punto de
partida para realizar cualquier cambio.
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Capítulo 7
Personalización de los nodos y etiquetas de nodos

Antes de comenzar a agregar etiquetas y cambiar el tamaño de los nodos, considere que también
puede hacer este tipo de cosas con Adobe Illustrator o su contraparte de código abierto, Inkscape. Si
desea agregar etiquetas para todos los nodos, usar Gephi puede ser su mejor opción.
Gephi permite subconjuntos de nodos, que luego podrían colorearse o etiquetarse, o si desea
concentrarse solo en un puñado de nodos, entonces usar Illustrator o Inkscape puede resultar una mejor
opción. Solo recuerde que necesitará exportar su gráfico como archivo PDF o SVG; el formato PNG no se
puede editar de la misma manera.
Veremos algunos ejemplos de lo que se puede hacer dentro de Gephi, y luego dependerá de usted
determinar su enfoque para la personalización de gráficos.
Para empezar, hemos aplicado un filtro de Partición a los datos, para que podamos ver más de
cerca los cambios que haremos en los nodos. Los siguientes ejemplos usan nombres de clase 1B
y 2B, que en conjunto representan alrededor del 21 por ciento de los valores del gráfico original.
Una vez que se haya aplicado el filtro, volveremos a la pestaña Vista previa para realizar algunos
ajustes. Establezcamos el color del borde igual al principal, reduzcamos la fuente a un tamaño de letra
de 5 puntos y mostremos las etiquetas de los nodos marcando la casilla correspondiente. La siguiente
captura de pantalla muestra el resultado:
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Bastante resbaladizo, ¿no? Por supuesto, las etiquetas en nuestro conjunto de datos son un
poco crípticas (¿quién es #1887?), pero el aspecto general está bastante pulido y comienza a darnos
una idea de los patrones dentro de los datos. Todavía es un poco denso, particularmente en el centro,
por lo que hay algunas mejoras por hacer, pero hemos tenido un buen comienzo.
Una pequeña barra lateral está en orden en este punto. Es importante recordar que la Vista Previa
La pestaña está diseñada para aplicar lo que podría denominarse toques finales. No podemos
mover nodos o bordes manualmente, ni cambiar el algoritmo de diseño, ni aplicar filtros, ni clasificar
los datos. Para realizar cualquiera de estos cambios, siempre necesitaremos volver a la pestaña
Resumen . Aunque es muy fácil alternar entre estas dos vistas, es posible que desee pasar un poco
más de tiempo en la pestaña Vista general , probando diferentes diseños, espaciado, etiquetado, etc.
antes de volver a la pestaña Vista previa para producir su gráfico final. Gephi permite ajustar el tamaño
proporcional de un gráfico dentro de la ventana de vista previa , pero aún puede resultarle fácil hacer
la mayor parte de este trabajo en la ventana de vista general .
Pasemos ahora a aprender más sobre cómo personalizar los bordes y las etiquetas de los bordes para
ayudar a completar nuestra visualización antes de exportarla a otros formatos.
Personalización de los bordes y las etiquetas de los bordes

Supongamos que estamos contentos con nuestro gráfico actual desde la perspectiva del nodo, pero
nos gustaría modificar nuestros bordes. Esto se puede hacer rápida y fácilmente dentro del
Sección Bordes de la pestaña Vista previa . Hagamos un par de cambios en el gráfico dentro
de esta sección.
Primero, comenzaremos reduciendo el peso de nuestros bordes de 1,0 a 0,2, lo que debería ayudar a
eliminar parte del desorden visual que vimos hace un momento. La siguiente captura de pantalla
muestra el resultado:
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Capítulo 7
Eso parece haber ayudado desde un punto de vista estético, porque el centro del gráfico está un
poco más limpio, aunque conservamos todo el contenido informativo del gráfico.
También tenemos la posibilidad de ajustar el color de los bordes. Gephi ofrece las siguientes
opciones:
• Original: utiliza los colores de los bordes de la pestaña Vista general
• Mixto: Esto proporciona una paleta basada en los colores de los nodos
• Origen: colorea el borde según el color del nodo de origen
• Destino: utiliza colores de borde basados en el color del nodo de destino
• Personalizado: Esto le permite especificar su propio color usando una rueda de color
Tenga en cuenta que en un gráfico no dirigido, los métodos Fuente y Destino deberían producir los
mismos resultados.
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También tiene la posibilidad de elegir la forma de sus bordes, usando bordes curvos o rectos. Personalmente,
creemos que los bordes curvos dan un toque de elegancia además de una mayor capacidad para seguir las
conexiones, pero depende completamente de usted elegir cuál se ve mejor para sus gráficos.
También contamos con varias opciones adicionales para etiquetar los bordes.
Recuerde que no teníamos etiquetas de borde como parte de este conjunto de datos, por lo que no aprovecharemos
esta función. Sin embargo, ofreceremos una fuerte advertencia aquí con respecto a las etiquetas de borde: a menudo,
menos es más. Etiquetar todos los bordes tiende a generar gráficos abarrotados que a menudo oscurecen las
relaciones dentro de los datos. Es posible que dediquemos mucho tiempo y esfuerzo a intentar descifrar el significado
del gráfico, todo porque hemos agregado texto innecesario a la visualización. Por lo tanto, proceda con extrema
precaución cada vez que sienta la necesidad de agregar etiquetas de borde. Recuerde, siempre puede realizar un
procesamiento posterior en Illustrator o Inkscape para agregar solo las etiquetas esenciales que pueda necesitar para
su gráfico.
Ahora es el momento de exportar el gráfico, para que los usuarios que no son de Gephi puedan beneficiarse de su
habilidades de visualización.
Exportando el gráfico
Si queremos compartir nuestras visualizaciones, necesitamos tener los medios para exportarlas más allá de Gephi,
para que los usuarios puedan verlas en una variedad de formatos. Hay una pregunta clave que debe hacerse en
este punto: ¿tengo que trabajar más con el gráfico una vez que sale de Gephi? Tu respuesta dictará qué formato eliges
cuando sea el momento de exportar tu trabajo.
Echemos un vistazo a nuestras opciones.
Exportar a un archivo de gráfico

Comencemos con una pregunta: ¿por qué seleccionaríamos esta opción? La razón principal por la que elegiríamos
hacer esto es para garantizar la portabilidad de nuestro gráfico, de modo que no tengamos que volver a crear la rueda
en caso de que elijamos usar una herramienta de visualización diferente.
Es por eso que Gephi ofrece numerosas opciones, que incluyen:
• CSV
• Archivos DL (para UCINET)
• Archivos GDF (para GUESS)
• Archivos GEXF (para Gephi)

• Archivos GML
• Archivos GraphML (para GraphML)
• Archivos NET (para Spider)
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Capítulo 7
Como puede ver, varias otras aplicaciones con funciones similares o relacionadas se incluyen en las
opciones de exportación, lo que convierte a Gephi en una gran herramienta para iniciar nuestra
visualización de red, incluso si elegimos trabajar con otras herramientas. No exploraremos ninguno de
estos formatos o herramientas aquí, pero si tiene curiosidad acerca de ellos, hay más referencias en el
Apéndice, Recursos de visualización de red, de este libro. Tenga en cuenta que es posible que Gephi
no admita algunas de las funciones disponibles en otros programas y que, de la misma manera, es
posible que otros programas no admitan todas las funciones de Gephi.
Para exportar su trabajo a uno de estos formatos, simplemente vaya a Archivo | Exportar |
Grafique la opción de archivo de su barra de menú y luego seleccione el formato de archivo apropiado.
Exportación a formatos de imagen

Si desea compartir su gráfico como una imagen simple, o planea colocarlo en otro software como un
archivo de imagen, puede elegir el tipo de archivo PNG. Esto le brinda una imagen compatible con
la web, fácil de importar a un software de presentación o de documentos, o para incluir en una
galería de imágenes.
Sin embargo, si tiene la intención de realizar un procesamiento adicional en el gráfico en sí,

entonces el formato PNG no es su mejor opción. En estos casos, tiene la opción de exportar su
gráfico como un archivo SVG o el conocido formato PDF de Adobe.
Cada uno de estos le permite abrir el gráfico en Illustrator o Inkscape y comenzar a ajustar colores,
etiquetas, títulos y mejorar su gráfico con texto adicional u otra información. Los archivos SVG también
se muestran mejor en un navegador web que sus equivalentes PNG.
En cualquiera de estos casos, hay dos formas de iniciar su proceso de exportación. El primero es navegar
a Archivo | Exportar | Archivo SVG/PDF/PNG .
La segunda opción es hacer clic en el botón SVG/PDF/PNG en la esquina inferior izquierda del espacio
de trabajo de Gephi.
Una tercera opción es exportar su gráfico a la Web directamente. Hay varios complementos de Gephi
para este propósito; veremos cómo usar Seadragon Web Export. Otras opciones incluyen el visor web
Gexf-JS que se encuentra en https://marketplace.gephi.
org/plugin/gexf-js-web-viewer/ y Sigmajs Exporter en https://
marketplace.gephi.org/plugin/sigmajs-exporter/.
Uso de la exportación web de Seadragon

Para muchos de ustedes, uno de sus objetivos puede ser exportar su gráfico a la Web para compartir sus
conocimientos con otros. Una de las formas de hacer esto con Gephi es a través del complemento
Seadragon Web Export , que toma un archivo gráfico de Gephi y lo envía a un archivo HTML que se
puede cargar en su sitio web o servidor web. Puede encontrar el complemento en https://
marketplace.gephi.org/plugin/seadragon-web-export/.
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Seadragon se describe en Wikipedia de la siguiente manera:
"Seadragon es una tecnología de visualización optimizada para la web que permite navegar
sin problemas por gráficos y fotos, independientemente de su tamaño. Seadragon es la
tecnología que impulsa Silverlight, Pivot, Photosynth de Microsoft y la aplicación multiplataforma
independiente Seadragon para iPhone y iPad".
Para nuestros propósitos, podemos emplear el complemento Seadragon para crear grandes visualizaciones
de nuestros gráficos. Luego, los espectadores pueden acercar y alejar o desplazarse por el gráfico, todo
en un esfuerzo por aprender más sobre la visualización. Crear un tamaño de salida grande para Seadragon
ayuda a distribuir redes que son difíciles de descifrar usando una imagen fija.
Ahora que tenemos los antecedentes generales de Seadragon, procedamos con un ejemplo.
Una vez más, usaremos nuestro gráfico de clases escolares para la exportación, asegurándonos de estar
en la pestaña Vista previa para que nuestras personalizaciones estén disponibles para la exportación. El
primer paso es navegar a Archivo | Exportar | Telaraña de Dragón Marino. Esto abrirá una ventana de
diálogo donde podemos personalizar nuestra salida. La siguiente captura de pantalla muestra lo mismo:
[ 88 ]
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Capítulo 7
Ahora podemos especificar las siguientes opciones:
1. Dónde exportar la visualización.

2. La altura, el ancho y los tamaños de mosaico del gráfico.
3. Los márgenes del gráfico.
Suponiendo que nos sentimos cómodos con la configuración que acabamos de leer, terminaremos con
un archivo HTML de 1000 px por 800 px, con márgenes del 4 por ciento alrededor del perímetro. A
continuación se muestra un vistazo de lo que crearemos al hacer clic en el botón Aceptar (tenga en
cuenta que Chrome no le permitirá ver esto desde un directorio local, solo desde una ubicación web
real, así que use Firefox, Safari, IE u Opera para prueba tu trabajo):
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Observe los controles en la parte inferior derecha de la pantalla. Hay cuatro opciones que tenemos cuando
trabajamos con un gráfico Seadragon:
1. Use el símbolo más para acercar el gráfico
2. Use el símbolo menos para alejar
3. Use el símbolo de inicio para restablecer el gráfico
4. Alternar entre la vista actual y una vista de página completa
También puede usar la rueda de desplazamiento del mouse para acercar o alejar, o mantener presionada la
tecla izquierda del mouse para arrastrar el gráfico a una nueva posición.
Seadragon proporciona opciones adicionales para incrustar su gráfico en una página usando una etiqueta
<div> en HTML. Si planea implementar su gráfico en un servidor web, siga las instrucciones adicionales
disponibles en el sitio de Seadragon Ajax.
Resumen
En este capítulo, aprendió a realizar varias tareas esenciales con Gephi.
Ahora debería poder preparar su gráfico para exportar usando herramientas en la Vista previa
pestaña para modificar nodos, bordes y etiquetas.
Una vez que se ha preparado el gráfico, puede exportar su gráfico a uno de los muchos formatos de archivo
de gráficos, lo que le permitirá continuar su trabajo en Gephi u otro software de gráficos de red.
Otra opción es exportar su gráfico a varios formatos de imagen, incluidos PNG, SVG y PDF. Esto le permitirá
usar los resultados de su gráfico fuera de Gephi, incluso en la web.
También ha aprendido a aprovechar el complemento Seadragon Web Export para crear una versión
interactiva de su gráfico.
Ahora que ha leído cada uno de los capítulos de este libro, espero que se sienta lo suficientemente seguro
como para comenzar a trabajar con sus propios conjuntos de datos, crear sus propios gráficos de red
originales, trabajar con funciones avanzadas, como filtrado y clasificación, y finalmente exportar su gráficos
terminados para que otros los vean.
Consulte la lista de recursos en el Apéndice, Recursos de visualización de red.

Algunos de los enlaces ayudarán a mejorar y reforzar sus habilidades, y otros le servirán de inspiración para
crear sus propios gráficos memorables.
La mejor de las suertes en la creación de sus propias visualizaciones, y espero poder verlas impresas
o en la Web.
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Visualización de red
Recursos
Las siguientes secciones brindan información sobre recursos adicionales que se pueden usar para ayudarlo a
aprovechar al máximo Gephi y la visualización de redes.
Recursos en línea
Hay muchos recursos en línea que lo ayudarán a guiarlo cuando use Gephi o cuando simplemente
desee obtener más información sobre la visualización de redes. Aquí hay una lista de recursos para comenzar:
• Los foros de Gephi se encuentran en https://forum.gephi.org/ y albergan

una comunidad de usuarios activa que puede ayudarlo a responder sus preguntas sobre problemas
o funcionalidades específicos de Gephi.
• La wiki de Gephi en https://wiki.gephi.org/index.php/Main_Page

proporciona información detallada sobre una amplia variedad de temas e incluye manuales de
usuario, información de complementos, detalles de la comunidad y mucho más.
• El blog de Gephi en https://gephi.org/blog/ proporciona actualizaciones periódicas sobre

noticias importantes sobre Gephi.
• Manuel Lima cura el sitio web Complejidad Visual (http://www.

visualcomplexity.com/vc/), un archivo de gráficos de red interesantes proporcionados
por una amplia gama de usuarios. Este es un gran lugar para encontrar inspiración para
sus futuros gráficos.
• El Blog Complejidad y Redes Sociales se encuentra en http://blogs.
iq.harvard.edu/netgov/. Aquí se discute una amplia variedad de temas relacionados con
el análisis de redes.
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Recursos de visualización de red
• El Centro de Investigación de Redes Complejas de la Universidad Northeastern alberga el

BarabasiLab en http://www.barabasilab.com/. Aquí encontrará una variedad de recursos
que incluyen libros, proyectos, sitios externos y mucho más.
• Truthy es un sitio dedicado al análisis de las comunicaciones de Twitter, y es
encontrado en http://truthy.indiana.edu/.
• Coursera (https://www.coursera.org/course/sna) ofrece cursos de Análisis de redes sociales
(SNA) que brindan un enfoque tanto teórico como práctico sobre cómo funcionan las redes
sociales para conectar a nuestra sociedad.
• LinkedIn acoge a varios grupos que se centran en SNA y Gephi,
incluyendo el Grupo de Análisis de Redes Sociales, el grupo de Análisis de Redes
Sociales en Práctica y un grupo Gephi.
Personas que quizás necesites conocer

Aquí hay una lista de las personas que pueden necesitar ayudarlo en su viaje con Gephi:
• Uno de los principales creadores de gráficos en red es Moritz Stefaner

(http://stefaner.eu/), un autoproclamado "operador de verdad y belleza".
Su sitio está lleno de ejemplos inspiradores; muchos de ellos están basados en la red.
• Otro desarrollador de gráficos de red excepcionales es Jan-Willem Tulp en
http://tulpininteractive.com/. Muchas de sus creaciones son ejemplos altamente interactivos
de las relaciones entre entidades.
• Jerome Cukier desarrolla redes interesantes que a menudo son interactivas en su
sitio en http://www.jeromecukier.net/.
• Giorgia Lupi crea gráficos de estilo exquisito que a veces utilizan la red
datos en su sitio web en http://giorgialupi.net/.
• Stefanie Posavec crea notables visualizaciones dibujadas a mano que a menudo se
centran en temas relacionados con la literatura en http://www.itsbeenreal.co.uk/.
Si tiene interés en los aspectos técnicos de los gráficos de red, debe comenzar leyendo la
entrada de Wikipedia sobre teoría de gráficos en http://en.wikipedia.org/
wiki/Graph_theory. Este artículo proporciona información interesante sobre la historia de la teoría
de grafos, además de enlaces que hacen referencia a componentes individuales dentro del tema.
Para obtener más información, puede buscar en la Web utilizando términos como "gráficos
de redes", "gráficos sociales" o "redes sociales".
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Apéndice
Libros
Hay una serie de buenos libros publicados que proporcionan ejemplos de gráficos de red. Aquí
hay algunos para empezar:
• Además de su sitio web mencionado anteriormente, Manuel Lima ha producido un libro con el
mismo título Complejidad Visual . En este volumen, Lima presenta algunos de los mejores
ejemplos de visualizaciones de red y los clasifica en tipos específicos. El libro se puede
encontrar en http://www.amazon.
com/exec/obidos/ASIN/1568989369/visualcompl0f-20/.
• Taschen es una editorial alemana que produce una amplia gama de libros
especializados, a menudo disponibles en formatos grandes. Gráficos de información
(http://www.taschen.com/pages/en/catalogue/design/all/04984/
facts.information_graphics.htm) proporciona una impresionante historia de
visualizaciones gráficas excepcionales, incluidas muchas de la variedad de la red.
• Alberto Cairo es un diseñador gráfico y educador que publicó un
libro titulado The Functional Art que examina el proceso detrás de la creación de
visualizaciones convincentes, incluidas las que involucran redes en http://
www.thefunctionalart.com/.
• Connected es un libro influyente escrito por Nicholas Christakis y James Fowler

que se enfoca en cómo nuestras conexiones influyen en nuestras propias vidas y en las
de los demás. (http://connectedthebook.com/)
• El sitio BarabisiLab también alberga Linked, un libro escrito por Albert-Laszlo Barabasi. Este
libro se enfoca en la interconexión de todas las cosas en nuestra sociedad y cómo se
interrelacionan e influyen en nuestras vidas.
También hay muchos libros que tratan los aspectos más técnicos de la teoría y creación de
grafos. Una simple búsqueda en la web arrojará numerosos resultados si desea comprender las
matemáticas detrás de sus gráficos.
Instrumentos
Además de Gephi, hay muchos kits de herramientas de gráficos de red disponibles en el espacio
de código abierto. La siguiente lista no es exhaustiva, pero proporciona una serie de opciones de
herramientas que también se pueden utilizar para generar gráficos de red:
• NodeXL es un software de gráficos de red basado en Excel disponible en

http://nodexl.codeplex.com/.
• Cytoscape es un software de gráficos de red de código abierto que fue originalmente
diseñado para uso biológico, pero ahora tiene un alcance ampliado. Está disponible en
http://www.cytoscape.org/.
[ 93 ]
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Recursos de visualización de red
• Jung es un marco de gráficos de red de código abierto basado en Java en

http://jung.sourceforge.net/.
• GUESS es un software basado en Python para la exploración de gráficos en
http://graphexploration.cond.org/.
• Pajek es un programa basado en Windows diseñado para el análisis de grandes redes
en http://pajek.imfm.si/doku.php?id=pajek.
• GraphML es uno de los proyectos gráficos más antiguos disponibles, con
menos actualizaciones recientes que la mayoría de las herramientas de
esta lista en http://graphml.graphdrawing.org/.
• D3 es una herramienta basada en JavaScript que contiene algunos componentes basados en la

red http://d3js.org/.
• SigmaJS es una alternativa a D3 que ofrece algunas opciones similares para crear
visualizaciones basadas en red en http://sigmajs.org/.
• Ora es otra herramienta diseñada para análisis de redes y gráficos, y es parte del proyecto
CASOS en Carnegie-Mellon. Puede descargar Ora en http://www.casos.cs.cmu.edu/
projects/ora/.
Hay otras herramientas más allá de esta lista, pero le darán una buena idea de lo que está
sucediendo en el campo de la visualización de redes.
[ 94 ]
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Índice
A D
complemento 55 D3
adobe illustrator 83 alrededor de 94
dirección URL 94
Complemento clasificador alfabético 59
Grado medio estadístico 73
Estadística de longitud de ruta promedio 74 componentes de datos
Estadística de Grado Promedio Ponderado 73 43 importar 52 , 54
requisitos 43, 44
B visualización, en Data Laboratory botón 23, 24
opción de color de fondo 15

BarabasiLab
URL 92
opciones de diseño base

sobre 32 opciones de
diseño forzado 32, 33

Algoritmo de Fruchterman-Reingold 33 Datos del botón Data Laboratory ,
Algoritmo de Yifan Hu 34 visualización en 23, 24
Intermediación Método de centralidad 75 pincel Complemento de ayudante de laboratorio de datos 59
13, 14
Complemento de laboratorio de datos 58
conjunto de datos
C URL 23
icono de color predeterminado
centrar en función gráfica 14
16 opciones de diseño
Disposición circular 36
predeterminadas sobre 22, 24
Cercanía Método de centralidad 77
Force Atlas 2 algoritmo 22, 25, 26
complemento de clústeres 58
Algoritmo Force Atlas 22, 25, 26
Complemento de generadores complejos 59
Algoritmo de Fruchterman-Reingold 22, 26, 27
Blog Complejidad y Redes Sociales
dirección URL 91
Algoritmo Yifan Hu 22, 27, 28
Yifan Hu Algoritmo multinivel 22
Disposición concéntrica 38
Coursera Yifan Hu Algoritmo proporcional 22
dirección URL 92
Grado 20
Filtro de rango de grados
Cytoscape
alrededor de 71 usando 71
alrededor de 9, 93
dirección URL 93
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flecha de selección directa 13

GRAMO
herramienta de arrastre 13
Diseño de doble círculo 37 plugin generador 58
Gephi
Y acerca de 5, 6
opciones de diseño base 32 archivo

método de excentricidad 79 de datos, construcción 45 opciones
etiquetas de borde personalizar de diseño predeterminado 22, 24 descarga
84-86 lápiz de borde 14 bordes 6, 7 mejora, complementos usados 56, 59
alrededor de 11, 43 agregar 46, 47 filtros 65 instalación 7-11 interfaz 11-13
opciones de color 85 personalizar complementos 55, 56 archivo de hoja de cálculo,
15, 16, 84-86 dimensionar 44, 45
usando 48
dirección URL 6
Columnas de la Blog de Gephi

pestaña Bordes 24 dirección URL 91
editar icono 14
Foros de Gephi
diseño efectivo dirección URL 91
seleccionando 40 wiki de gefos

Filtro de red Ego 71 dirección URL 91
Filtro igual 67-70 conjunto Espacio de trabajo Gephi

de datos existente usando alrededor de 18
23 complemento de Ventana de gráficos 18, 19
exportaciones 58 Ventana de diseño 21
Ventana de clasificación 19, 20
F Giorgia Lupi
dirección URL 92
filtros
Función GraphDensity 74
sobre 65
Gráfico Densidad estadística 74 gráfico
opciones 66
de red de archivo de gráfico, exportando
filtros, opción
a 86, 87 función de gráfico 14
Filtro de rango de grados 66
Filtro de red Ego 66
GraphML
Filtro igual 66 alrededor de 94
Filtro de partición 66
dirección URL 94
complemento de filtros
Teoría de grafos
58 opción de fuente 16 dirección URL 92
Algoritmo Force Atlas 2 22 sobre 25, 26
Graphviz 9
Ventana de gráficos 18, 19
URL 25
ADIVINAR
Algoritmo Force Atlas 22 acerca de alrededor de 94
25, 26 opciones de diseño de
dirección URL 94
fuerza 32, 33
Algoritmo de Fruchterman-
Reingold 22, 26, 27, 33
[ 96 ]
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H METRO
herramienta de mapa de calor 14 complemento de métricas 58

Función de modularidad 74
I Estadística de modularidad 74
Stefaner Moritz
gráficos de red de dirección URL 92
formatos de imagen , exportación a 87 mysql 52

complemento de importaciones 58 Datos de la base de
en grado 20 datos MySQL , importación 52, 54
Gráficos de información
dirección URL 93
norte
Instalación de
Inkscape 83, instalación de vecinos 11
Gephi 7-11, instalación del complemento creación de gráficos
de diseño 35, interfaz de complementos de red 23
60-63, Gephi sobre 11, 12 barra de personalización 28
herramientas 13-16 exportación 86
exportación, Seadragon Web Export utilizó
87-90 exportación, a archivo gráfico 86,
j 87 exportación, a formatos de imagen 87 diseño,

personalización 29 nodos, personalización 28
archivo jazz.net 23 recursos en línea 91, 92 libros de referencia 93
Jerome Cukier URL
herramientas 93, 94 visualización de red sobre
92 Jung acerca de
5, 6 personalizar 81, 82 gráfico de red, exportar
94 URL 94 86 función de nodo 14 etiquetas de nodo
personalizar 83, 84 lápiz de nodo 14 nodos 11
sobre 43 añadir 46 personalizar 15, 16, 28, 83, 84
dimensionar 44, 45
L
diseño
personalizado 29
complemento de diseño 58
Disposición circular 36
Diseño concéntrico 38
descarga 35
Diseño de doble círculo 37
instalación 35 ubicación 34
Diseño OpenOrd 39 otras

Columnas de la
opciones 40
pestaña Nodos 23
Disposición del eje radial 37, 38
NodeXL
URL, para descargar 35 usando 35
alrededor de 93
dirección URL 93
Ventana de diseño 21
[ 97 ]
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EL ventana de clasificación 19, 20

herramienta de selección de
recursos en línea, gráfico de red 91 rectángulo 13 libros de referencia, gráfico de red
Diseño OpenOrd 39 93 restablecer icono de colores 15 restablecer
Ahora 94 icono de color de etiqueta 15 restablecer icono
dirección URL 94 de tamaño de etiqueta 15 restablecer icono de
Fuera de Grado 20 etiqueta visible 15
PAGS S
herramienta de pintor 14 Seadragon
Araña sobre 88
sobre 94
opciones 90
dirección URL 94
Seadragon Web Export sobre 59,
filtro de partición 70 87 utilizado, para exportar
lápiz 13, 14 opciones de gráfico de red 87-90 selector 13, 14 función de ruta más
complemento explorar corta 14 mostrar icono de bordes 15 mostrar icono de
57 complementos etiquetas de nodo 15
sobre 55, 56 categorías
58 descargar 60-63
instalar 60-63 Sigma JS 94
URL 94
función de tamaño 15
URL 57 función de modo de tamaño 16
utilizada, para mejorar Gephi 56, 59 herramienta de tamaño 14
complementos, categorías sobre 58 clústeres 58 función de escala de tamaño 16
Análisis de redes sociales (SNA) 92 archivo de

hoja de cálculo creando 48 importando 48-52
Laboratorio de datos 58 guardando 54 usando 48 estadísticas sobre 72
exportaciones 58 filtros 58
generador 58 importaciones
58 maquetación 58 métricas
58 ranking 58 herramientas
58
Grado medio 73
Longitud de ruta promedio 73
Grado medio ponderado 73
Gráfico Densidad 73
R Modularidad 73
Diseño de eje radial 37, complemento

T
de clasificación 38 58 clasificaciones
alrededor de 75-79 tomar captura de pantalla herramienta 15
El arte funcional
Método de centralidad de intermediación 75 pincel de
Cercanía Método de centralidad 75 barra de
Método de grado 75 herramientas URL

Método de excentricidad 75 93 13, 14 bordes, personalización 15, 16
[ 98 ]
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gráfico función 14 EN
nodo función 14 nodos,
personalización 15 nodo, peso 45
personalización 16 lápiz 13,
14 selector 13, 14 Y
Algoritmo Yifan Hu 22
herramientas, gráfico de red 93, 94
acerca de 27, 28, 34
complemento de herramientas 58
veraz configuraciones 34
URL 27
dirección URL 92
Yifan Hu Algoritmo multinivel 22

V Yifan Hu Algoritmo proporcional 22
Complejidad visual
URL 91, 93
[ 99 ]
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Análisis y visualización de gráficos de red con Gephi
Acerca de Packt Publishing

Packt, que se pronuncia 'empaquetado', publicó su primer libro "Dominar phpMyAdmin para una gestión
eficaz de MySQL" en abril de 2004 y, posteriormente, continuó especializándose en la publicación de libros
muy centrados en tecnologías y soluciones específicas.
Nuestros libros y publicaciones comparten las experiencias de sus compañeros profesionales de TI en la

adaptación y personalización de los sistemas, aplicaciones y marcos actuales. Nuestros libros basados en
soluciones le brindan el conocimiento y el poder para personalizar el software y las tecnologías que está utilizando
para realizar el trabajo. Los libros Packt son más específicos y menos generales que los libros de TI que ha visto
en el pasado. Nuestro modelo comercial único nos permite brindarle información más enfocada, brindándole más
de lo que necesita saber y menos de lo que no.
Packt es una compañía editorial moderna pero única, que se enfoca en producir libros innovadores y de
calidad para comunidades de desarrolladores, administradores y novatos por igual. Para obtener más
información, visite nuestro sitio web: www.packtpub.com.
Acerca de Packt Open Source

En 2010, Packt lanzó dos nuevas marcas, Packt Open Source y Packt Enterprise, para continuar con su enfoque
en la especialización. Este libro es parte de la marca Packt Open Source, hogar de libros publicados sobre software
creado en torno a licencias de código abierto, y ofrece información a cualquier persona, desde desarrolladores
avanzados hasta diseñadores web en ciernes. La marca de código abierto también ejecuta el plan de regalías de
código abierto de Packt, mediante el cual Packt otorga una regalía a cada proyecto de código abierto sobre cuyo
software se vende un libro.
Escribiendo para Packt

Damos la bienvenida a todas las consultas de personas interesadas en la autoría. Las propuestas de libros
deben enviarse a author@packtpub.com. Si la idea de su libro aún se encuentra en una etapa inicial y le gustaría
discutirla antes de escribir una propuesta formal de libro, contáctenos; uno de nuestros editores encargados se
pondrá en contacto con usted.
No solo buscamos autores publicados; Si tiene sólidas habilidades técnicas pero no tiene experiencia en escritura,
nuestros editores experimentados pueden ayudarlo a desarrollar una carrera como escritor o simplemente obtener
una recompensa adicional por su experiencia.
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Complejo Cytoscape instantáneo

Procedimientos de análisis de red
ISBN: 978-1-84951-980-9 Rústica: 76 páginas
Utilice Cytoscape para importar, buscar, anotar,

visualizar y analizar redes
1. ¡Aprende algo nuevo en un instante!

Una guía breve, rápida y enfocada que brinda
resultados inmediatos.
2. Importa y exporta redes usando diferentes

formatos
3. Use Vizmapper y diseños para personalizar el

aspecto de sus redes
4. Búsqueda de nodos y aristas de interés
Libro de cocina de gráfico R

Recetas prácticas detalladas para crear los tipos de

gráficos más útiles en R, desde las versiones más simples
hasta las aplicaciones más avanzadas
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visual de datos en R
2. Lleno de consejos prácticos y técnicas para crear

cualquier tipo de gráfico que necesite; no sólo
explicaciones teóricas
3. Todos los ejemplos van acompañados del

imágenes gráficas correspondientes, para que sepa
cómo se ven los resultados
4. Cada receta es independiente y contiene la

explicación completa y código para realizar la tarea de
la manera más eficiente posible
Consulte www.PacktPub.com para obtener información sobre nuestros títulos.
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Visualización de datos: un proceso de

diseño exitoso
Un enfoque de diseño estructurado para equiparlo con

el conocimiento de cómo lograr con éxito cualquier
desafío de visualización de datos de manera eficiente y efectiva
1. Un data portable, versátil y flexible

enfoque de diseño de visualización que lo
ayudará a navegar por el complejo camino hacia el éxito
2. Explica las muchas razones diferentes para crear

visualizaciones e identifica los parámetros clave que
conducen a opciones de diseño muy diferentes.
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visuales y taxonomía de visualización para
brindarle un menú de opciones creativas.
Gráficos y datos HTML5

Libro de recetas de visualización
Aprenda a crear cuadros y gráficos HTML5 interactivos
con canvas, JavaScript y herramientas de código abierto
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scratch con animaciones y eventos integrados
2. Dibuja con canvas y otros elementos html5 que

mejoran tu capacidad de dibujar directamente en
el navegador
3. Trabajar y mejorar las soluciones de gráficos de

terceros existentes, como Google Maps
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Análisis de gráficos de red y

Visualice y analice sus datos rápidamente utilizando gráficos

Análisis y visualización de gráficos de red con Gephi

Copyright © 2013 Packt Publishing

Primera publicación: septiembre de 2013

Referencia de producción: 1170913

Publicado por Packt Publishing Ltd.

Imagen de portada por Abhishek Pandey (abhishek.pandey1210@gmail.com)

Autor Coordinador del proyecto

Revisores Corrector de pruebas

Martín Grandjean Clyde Jenkins

Editor de puesta en marcha

Ken Cherven es un analista de marketing que trabaja en el sector automotriz en Detroit,

Ken también mantiene el sitio visual-baseball.com , donde utiliza herramientas patentadas y de

Finalmente, deseo agradecer a la comunidad de código abierto, quienes colectivamente han

Gracias también al dedicado equipo de Packt Publishing, especialmente a Amey Sawant y

Acerca de los revisores

Martin Grandjean es investigador en historia intelectual contemporánea en la

Su investigación se centra en la estructura de las redes científicas e intelectuales en Europa

Sitio web personal: martingrandjean.ch

Steven P. Sanderson II es un candidato actual a la Maestría en la Facultad de

Steven también está trabajando en Python en un programa que calculará el sentimiento

George G. Vega Yon es un economista chileno que trabaja en el departamento de

Es co-fundador del emprendimiento NodosChile.org Análisis de Redes Sociales, una

Archivos de soporte, libros electrónicos, ofertas

¿Por qué suscribirse?

Acceso gratuito para titulares de cuentas Packt

Capítulo 2: Creación de gráficos de red simples 17

Trabajar con las opciones de diseño predeterminadas 22

Capítulo 3: Exploración de opciones de diseño adicionales 31

Usando los diseños 35

Requisitos de datos básicos 43

Construyendo un archivo de datos en Gephi 45

Uso de archivos de hoja de cálculo en Gephi 48

Acerca de los complementos 55

filtros sesenta y cinco

Capítulo 7: Implementación de visualizaciones de Gephi 81

Apéndice: Recursos de visualización de red 91

Lo que cubre este libro

El Capítulo 2, Creación de gráficos de red simples, le enseñará cómo usar la configuración

El Capítulo 5, Exploración de complementos, le mostrará una serie de complementos que

El Capítulo 7, Implementación de visualizaciones de Gephi, lo ayuda a ir más allá de la simple

El Apéndice, Recursos de visualización de red, es un recurso para ayudar a expandir sus

Lo que necesitas para este libro.

Tiempo de ejecución de Java:

• Gephi versión 0.8.2

para quien es este libro

Las advertencias o notas importantes aparecen en un cuadro como este.

Los consejos y trucos aparecen así.

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• Ir al sitio web de Gephi

• Asegúrese de tener el software y el hardware necesarios para ejecutar Gephi

• Ejecute el proceso de instalación en su computadora portátil o de escritorio

• Inicie el software y verifique que esté funcionando correctamente

• Localizar y comprender la funcionalidad de cada uno de los iconos de la barra de herramientas

1. Navegue al sitio de Gephi en http://gephi.org. Tómate un momento mientras

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