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El triunfo del general liberal significó la expulsion de los frailes de las órdenes regulares y de
los altos jerarcas del clero secular, seguido del cierre de la Universidad. Los liberales
confiscaron todos los volúmenes que se almacenaban en las bibliotecas de los conventos y
crearon su propia institución de estudios superiores: La Academia de Ciencias y Estudios.
Esta nueva Academia estuvo dirigida por el doctor Pedro Molina, y desechó por completo la
educación religiosa de las aulas universitarias.
La Pontificia Universidad se mantuvo como tal hasta la caída del regimen conservador en
1871. Entonces, fue definitivamente clausurada y sustituidas por varias Escuelas
Facultativas que eran totalmente dependientes del Ministerio de Instrucción Púbica.
Inicialmente estaban solamente en la Ciudad de Guatemala, pero luego tuvieron sedes
en Quetzaltenango. Estas facultades totalmente laicas fueron:
Medicina y Farmacia del Centro
Derecho y Notariado del Centro
Ingeniería
Derecho y Notariado de Occidente