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Bioquimia

ISSN: 0185-5751
publicacionesbioquimia@prodigy.net.mx
Sociedad Mexicana de Bioquímica A. C.
México

Rojas Herrera, Rafael Antonio; González Flores, Tania


Detección e identificación de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos
mediante la reacción en cadena de la polimerasa
Bioquimia, vol. 31, núm. 2, abril-junio, 2006, pp. 69-76
Sociedad Mexicana de Bioquímica A. C.
Distrito Federal, México

Disponible en: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=57631205

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Artículo de revisión
Biología molecular

Detección e identificación de bacterias causantes


de enfermedades transmitidas por alimentos mediante
la reacción en cadena de la polimerasa
Rafael Antonio Rojas-Herrera, Tania González-Flores*

RESUMEN ABSTRACT

La lucha contra los microorganismos patógenos, causantes Struggle against food-borne pathogenic microorganisms
de enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) requiere is based on plausible policies for sanitary inspection, thus
de procedimientos adecuados de inspección sanitaria, lo que leading to the development of faster and more effective
ha llevado al desarrollo de métodos cada vez más rápidos y methods for detecting and identifying hazardous bacteria
efectivos para la detección e identificación de bacterias noci- in those areas where biological hazard pose a security
vas en las áreas en las que la seguridad biológica es de mu- problem. Identification techniques based on culture me-
cha importancia. Las técnicas de identificación basadas en thods and phenotypic characteristics of bacteria are tedious
el cultivo y las características fenotípicas de las bacterias and can overtake weeks, making them unpractical for ana-
son laboriosas y pueden requerir varias semanas para obte- lyzing perishable foodstuff such as dairy, meat, poultry
ner resultados, lo cual no resulta viable cuando se analizan and fish. The application of culture-independent methods
alimentos perecederos como los lácteos y la carne fresca. La such as the polymerase chain reaction (PCR) can help to
aplicación de métodos de detección independientes de culti- solve this problem. Current efforts are aimed to the esta-
vo, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) pue- blishment of international standards for the application of
de ayudar a resolver los problemas antes mencionados, aún PCR-based methods for the detection of pathogenic bacte-
cuando es necesario que estos métodos cuenten con una va- ria in foods. In this paper, the usefulness and advantages/
lidación internacional. En el presente trabajo se revisa la disadvantages of PCR as a tool for the identification of
utilidad, ventajas y desventajas de la PCR como herramien- pathogenic bacteria in foodstuff, as well as the new trends
ta para la detección e identificación de bacterias patógenas of its application and current efforts toward international
en muestras de alimentos, así como las nuevas tendencias standardization of protocols are reviewed.
en el uso de estas herramientas moleculares de diagnóstico
y los esfuerzos actuales tendientes a su estandarización in-
ternacional.

Palabras clave: PCR, detección, bacterias patógenas, ali- Key words: PCR, detection, pathogenic bacteria, food.
mentos.

INTRODUCCIÓN sultan extremadamente difíciles de eliminar de los ali-


mentos lo que origina diversas enfermedades en los
Las bacterias pueden ocasionar enormes pérdidas eco- consumidores.
nómicas no sólo porque deterioran los productos ali- Una de las principales fuentes de contagio con bac-
menticios, sino que, además, algunas patógenas re- terias patógenas es el consumo de alimentos contami-

* Unidad Sureste. Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco, A. C. Av. Normalistas 800 S.H.
Colinas de la Normal. Guadalajara, Jalisco, México.

Correspondencia:
Dr. Rafael Antonio Rojas-Herrera. Unidad Sureste. Calle 30 N0. 151 x 7 y 7-A. Colonia García Ginerés. Mérida, Yucatán, México.
97070. e-mail: rrojas@ciatej.net.mx

Recibido: 02-06-2005
Aceptado: 07-02-2006

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Rafael Antonio Rojas-Herrera y col.

nados, entre los que se pueden mencionar pescados y ca, fue descubierta a finales de los años 70 en Cana-
mariscos,1-4 productos cárnicos y avícolas, productos dá. Por otra parte, la cepa enterohemorrágica (EHEC)
lácteos, vegetales,5 huevos frescos6 e incluso la miel de O157:H7 se aisló por primera vez en 1975 y se identi-
abeja.7 Se ha demostrado que los alimentos se pueden ficó en 1982 como un patógeno importante presente
contaminar durante su procesamiento o por el empleo en los alimentos.9 Estas bacterias, además de las cito-
de materia prima contaminada pues algunas de estas toxinas, pueden producir otros factores virulentos
bacterias constituyen parte de la flora normal de aves, como la intimina, la hemolisina y proteínas asocia-
cerdos y ganado. También se ha sugerido la posibili- das a la virulencia.10,11
dad de contaminación en alimentos deshidratados, de- De acuerdo al Servicio de Inspección y Seguridad
bido a un manejo doméstico inadecuado.8 Alimenticia (FSIS: Food Safety Inspection Service)
Las enfermedades trasmitidas por alimentos (ETA) del Departamento de Agricultura de los Estados Uni-
continúan siendo una amenaza a la salud pública en dos (USDA), la presencia de al menos 1 unidad for-
todo el mundo y son una causa importante de morbi- madora de colonias (UFC) de E. coli O157:H7 en la
lidad. Aunque la mayoría son leves y se asocian a sín- carne molida de res constituye un factor de riesgo
tomas gastrointestinales agudos tales como diarrea y para el consumidor,12 lo que implica entonces dispo-
vómito en algunas ocasiones la ETA es mucho más ner de métodos con niveles de sensibilidad adecuados
severa y peligrosa para la vida, especialmente en ni- a estas exigencias.
ños, y la infección puede ocasionar enfermedades cró- Por otra parte, este microorganismo continúa
nicas.5 siendo un desafío a la seguridad alimenticia debido a
En el presente trabajo se revisa la utilidad, venta- la amplia diversidad de tipos dentro de la especie, que
jas y desventajas de la PCR como herramienta para van desde comensales inofensivos hasta patógenos
la detección e identificación de bacterias patógenas humanos. Esta misma situación se observa entre las
en muestras de alimentos, así como las nuevas ten- especies del género Vibrio con algunas cepas que son
dencias en el uso de estas herramientas moleculares utilizadas como probióticos en la alimentación de ca-
de diagnóstico y los esfuerzos actuales tendientes a marones,13 mientras que Vibrio cholerae es el agente
su estandarización internacional. causal del cólera que puede trasmitirse a los huma-
nos por el consumo de pescado o mariscos contami-
ETIOLOGÍA DE LAS ETA nados. En otros géneros, como Bacillus14 y Enteroc-
cocus,15 también se incluyen bacterias útiles en la
En años recientes, la etiología de las ETA ha cam- producción de alimentos y patogénicas para los seres
biando, a la vez han surgido patógenos nuevos o cepas humanos.
mas agresivas y resistentes a los antibióticos. Entre
las enfermedades que son catalogadas como emergen- DETECCIÓN DE PATÓGENOS
tes se incluyen la ocasionada por Escherichia coli en- EN ALIMENTOS
terohemorrágica (particularmente el serovar
O157:H7), Campylobacter jejuni y Salmonella typhi- La detección y la enumeración de microorganismos en
murium del tipo definitivo (DT) 104.5 Las bacterias alimentos o en superficies que tienen contacto con ali-
más frecuentemente asociadas a casos de infecciones mentos constituyen una parte importante de cualquier
por consumo de alimentos contaminados aparecen esquema de control de calidad. Debido a esto es nece-
enlistadas en el cuadro I. La participación de E. coli sario implementar técnicas de detección para efectuar
en las enfermedades humanas ha sido reconocida la vigilancia y el control de dichos microorganismos y
prácticamente desde su descubrimiento. En años re- prevenir las enfermedades que estos producen. El esta-
cientes la industria de alimentos ha reenfocado su blecimiento de medidas de control apropiadas requiere
atención sobre este microorganismo como una causa de métodos confiables de diferenciación entre bacterias
de morbilidad y mortalidad significativa y reconoce patógenas y no patógenas, así como de bacterias ubi-
su valor como un indicador del estado higiénico de cuas presentes en el suelo, el agua y el tracto gastro-
muchos tipos de alimentos. Por esa razón, E. coli es intestinal,16 lo cual implica que deben ser rápidos y
uno de los patógenos que mayor atención han recibi- sensibles pero sobre todo altamente específicos.
do y hacia las cuales se ha dirigido la mayor parte de El interés general en los métodos alternativos de
las investigaciones. detección y/o cuantificación de microorganismos ha
La cepa de E. coli productora de la toxina Shiga sido estimulado en parte por el incremento en la pro-
(STEC), también conocida como E. coli verotoxigéni- ducción de alimentos y por la aplicación de procedi-

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Detección e identificación de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

Cuadro I. Algunos protocolos basados en la reacción en cadena de la polimerasa desarrollados para la detección e identificación
de bacterias patógenas en alimentos.

Trastorno que Posible producto Método


Microorganismo ocasiona portador utilizado Secuencia blanco Referencia

Arcobacter spp. Diarrea, bacteremia Carne de aves ERIC-PCR, Genes 50


RAPD-PCR 16S y 23S.
Bacillus cereus Diarrea, vómitos Arroz, especias, PCR simple Gen gyr B (girasa),
productos lácteos y enterotoxinas y
cárnicos hemolisina. 35
Campylobacter Diarrea Carne de aves, cerdo PCR múltiple, Genes hipO, glyA 51,52
spp. y res, leche cruda PCR semi-anidado y sapB2, fla.
Clostridium Botulismo, Pescado, miel, PCR-ELISA, Regiones de los genes 3,4,7
botulinum vómitos alimentos enlatados PCR simple bont (codifican para las
neurotoxina botulínicas).
Clostridium Diarrea, dolor Carne de res y aves, PCR duplex Gen de la enterotoxina y 41
perfringens abdominal salsas de fosfolipasa.
Escherichia Diarrea, colitis Carne de res y PCR multiple, Genes de toxinas 9,10,31,53-57
coli hemorrágica, productos lácteos H-CM-PCR, Shiga, shiga-like y
síndrome PCR-TR, RT-PCR, verotoxigénica, uidA
hemolítico-urémico QC-PCR ( β -glucouronidasa),
factores de virulencia,
genes del operón rfb.
Listeria spp. Listeriosis Paté, leche, queso PCR múltiple, Detección de factores de 58-60,42
suave, carne, PCR - DGGE, virulencia (gen iap,
mariscos, RT-PCR, PCR hly, inlB, plcA, etc.)
ensalada de col simple, PCR-TR o de proteínas de enlace
(gen fbp).
Salmonella spp. Gastroenteritis Carne de res y aves, PCR simple genes 16S y 23S, 61,42
leche, huevos crudos genes que codifican
para las fimbrias.
Shigella spp. Disentería bacilar, Mayonesa, vegetales PCR combinado gen virA. 62,42
fiebre, calambres crudos, leche, aves, con hibridización
productos lácteos de ADN,
PCR simple
Staphylococcus Intoxicación Leche cruda PCR múltiple-ELISA, Genes que codifican 63-66
aureus estafilocócica PCR múltiple para toxinas pirogénicas.
Vibrio cholerae Cólera Ostras crudas, PCR-TR Secuencia de hemolisina 67
pescado no clásica (hlyA),
proteínas de membrana
(OmpW).
Yersinia Yersinoisis Leche o agua PCR-TR Regiones del gen de 68
enterocolítica contaminada, tofu invasión ail.
canales de cerdo

Abreviaturas:
ERIC = Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus
PCR-TR = PCR en tiempo real
RAPD = Random Amplified Polymorphic DNA
H-CM-PCR = Hibridación-captura magnética-PCR
QC-PCR = PCR competitivo cuantitativo
RT-PCR = PCR transcriptasa reversa
DGGE = Denaturing Gradient Gel Electrophoresis

mientos de análisis de riesgos e identificación y con- identificación y cuantificación de aquellos de interés


trol de puntos críticos (ARICPC) por parte de las em- para el hombre. Entre estos métodos destacan la re-
presas productoras.17 acción en cadena de la polimerasa (PCR).
Los avances en la instrumentación e implementa- La invención de la reacción en cadena de la poli-
ción de los descubrimientos de la bioquímica y la bio- merasa18 permite la amplificación selectiva de secuen-
logía molecular permiten utilizar la información ge- cias específicas de ADN que se encuentran en canti-
nética de los microorganismos como herramientas de dades muy pequeñas. Como su nombre indica, se

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basa en la actividad de la enzima ADN polimerasa blancos para el diseño de cebadores específicos de los
que es capaz de sintetizar una cadena de ADN com- serotipos O11128 y O157,29-31 por mencionar algunos
plementaria a otra ya existente. El método de PCR ejemplos. Los genes del operón rfb también son útiles
utiliza dos secuencias cortas de oligonucleótidos lla- para la identificación y diferenciación de los serogru-
madas iniciadores o cebadores que son complementa- pos A, B, C2 y D de Salmonella.31
rios a los extremos de la región de ADN que se pre-
tende amplificar. Dado que en cada reacción ambas VENTAJAS Y DESVENTAJAS DE LA PCR
cadenas de ADN pueden servir de molde para la sín-
tesis de su cadena complementaria, el número de Las principales ventajas del uso de la PCR en la de-
eventos de replicación está dado por la expresión 2n, tección e identificación de bacterias causantes de
donde n es el número de ciclos de amplificación. Pue- ETA radica en tres aspectos fundamentales: su sensi-
de notarse que después de 20 ciclos se tendrán más de bilidad, su especificidad y su capacidad de procesa-
un millón de copias del ADN original. Una explica- miento de grandes cantidades de muestras.
ción amena y detallada de la PCR se puede encontrar Actualmente existen métodos de PCR establecidos
en Müllis (1999).19 para la detección de bacterias específicas que logran
Uno de los factores que llevan al éxito en la imple- detectar niveles muy bajos de microorganismos, por
mentación de la PCR para la identificación de micro- ejemplo, para E. coli se ha reportado la utilización de
organismos patógenos es la elección correcta de la se- medios de enriquecimiento seguidos de PCR para la
cuencia blanco. Esta secuencia debe permitir la detección de 1 UFC/g de carne de res (15 h de enrique-
identificación del microorganismo de interés indepen- cimiento)9 y de hasta 3 UFC/25 g de carne molida des-
dientemente de la presencia de otras fuentes de ADN pués de un enriquecimiento de 12 h.10 Adicionalmente
(de microorganismos concomitantes o de la muestra estos métodos identifican microorganismos que no
misma). Las diferencias en la secuencia de genes or- pueden ser estudiados por técnicas convencionales o
tólogos pueden servir como herramienta útil en la ti- que no pueden cultivarse en substratos artificiales.32
pificación de diferentes cepas y serotipos de una mis- Por otra parte, la PCR múltiple desarrollada por
ma especie o de especies cercanas filogenéticamente. Chamberlain y cols. (1988),33 permite la detección si-
multánea de diferentes toxinas y/o factores de viru-
SELECCIÓN DE SECUENCIAS BLANCOS lencia en una sola reacción. Paton y Paton (1998)21
Y DISEÑO DE CEBADORES desarrollaron dos estrategias de PCR múltiple para la
detección de stx1, stx2, eaeA y hlyA en un caso y para
Las secuencias más empleadas para el diseño de ceba- regiones del operón rfb de E. coli O111 y O157 en el
dores han sido las relacionadas con los genes que co- otro. Ambos ensayos fueron efectivos para la detec-
difican para toxinas y proteínas antigénicas específi- ción directa y caracterización de 52 cepas de STEC
cas (Cuadro I). (serotipos O), aislados de heces humanas, animales
Para la detección y diagnóstico de E. coli, las se- domésticos y alimentos. La sensibilidad de ambos en-
cuencias blanco por excelencia han sido los genes stx1 sayos fue de 103 UFC.
y stx2 que codifican para las dos variantes de la toxi- El descubrimiento de las ADN polimerasas ter-
na Shiga, STX1 y STX2 respectivamente. La STX1 de moestables34 permitió la automatización del proceso a
E. coli es idéntica a la que produce Shigella dysente- la vez que redujo el tiempo de ejecución y permitió un
riae mientras que la homología entre STX1 y STX2 es aumento significativo en el número de muestras que
de 56%.20 Numerosos autores reportan el uso de es- se pueden procesar.
tas secuencias para el diseño de cebadores específicos El desarrollo de métodos de detección que no re-
para la detección y diagnóstico de STEC, así como de quieren de la separación de los fragmentos mediante
otros genes que codifican para proteínas de virulen- electroforesis ha permitido un aumento considerable
cia accesorias como la eaeA (intimina) y la hlyA (he- en la capacidad de procesamiento de muestras de los
molisina). 11,21-25 protocolos de PCR. Entre estos métodos se pueden
El gen wzy (polimerasa) también puede ser un mencionar aquéllos acoplados a detección con anti-
buen blanco para el diagnóstico de serotipos O de E. cuerpos (ELISA-PCR) y el PCR en tiempo real.
coli, pues posee muy baja homología con las secuen- Entre los factores que limitan la aplicación de la
cias depositadas en las bases de datos, pudiéndose así PCR en la identificación de microorganismos patóge-
diferenciar los serotipos O111, O157 y O113. 26,27 nos en muestras de alimentos destaca la presencia de
Otras regiones del operón rfb han sido usadas como sustancias que pueden ejercer un efecto inhibitorio

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Detección e identificación de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

sobre la reacción. La existencia de tales inhibidores En años recientes se ha desarrollado un proyecto


en muestras de alimentos, clínicas y ambientales ha europeo denominado “Food-PCR” cuyo objetivo es fa-
sido reportada por varios autores4,7,35-38 y revisada por cilitar la implementación de PCR para la detección de
Wilson (1997)39 y pueden actuar a diferentes niveles los patógenos Campylobacter spp. termofílico, E. coli
durante el proceso de extracción y amplificación de O157, Yersinia enterocolítica, Listeria monocytogenes
los ácidos nucleicos y, eventualmente, conducir a la y Salmonella spp., mediante la validación y estanda-
obtención de falsos negativos, 40,41 por lo se deben rización de las metodologías de PCR.47
tomar precauciones para impedir o limitar su efecto Se han realizado algunos intentos de validación de
sobre la reacción.42 Entre los muchos compuestos pruebas de PCR no comerciales, por ejemplo, el grupo
identificados que ejercen un efecto negativo sobre la dirigido por Lübeck (2003) evaluó 17 cebadores y
PCR se pueden citar: la hemoglobina, la lactoferri- tres polimerasas para la detección de Campylobacter
na, 43 los polisacáridos, las grasas, proteínas y iones en alimentos y desarrollaron un método estandariza-
metálicos presentes en las matrices alimenticias,44 ade- do y específico para la detección de tres de las cepas
más, algunas sales usadas comúnmente en los proto- de este microorganismo más frecuentemente aisladas
colos de extracción de ácidos nucleicos también pue- de los alimentos. Estudiaron 15 cebadores de la se-
den inhibir la PCR43 (ver Wilson39 para más detalles). cuencia de 16S rRNA y dos cebadores cuya región
Sin embargo, aunque los genes que codifican para blanco es el gen 23S rRNA, los probaron contra 150
los factores de virulencia de las EHEC pueden ser de- cepas del patógeno y encontraron que el par OTI559/
tectados por PCR con aceptable sensibilidad, esto no 18-1 es selectivo. También llegaron a la conclusión
implica que el factor de virulencia se exprese. A este que la enzima más resistente a los inhibidores pre-
respecto, Kudva y cols. (1997)45 demostraron que no sentes en la carne de pollo fue la Tth.48 Para evaluar
todos los aislamientos stx positivos eran capaces de la reproducibilidad del análisis de PCR desarrollado
expresar la toxina Shiga, mientras que Kehl (2002)20 en el proyecto previo, doce laboratorios participaron
ha señalado que la intimina no es un factor de viru- en un ensayo de validación y concluyen que el PCR
lencia esencial, lo que implica que la detección de ta- diseñado puede ser parte de las bases de una herra-
les secuencias puede conducir a resultados falsos o mienta de búsqueda precisa, estandarizada y sólida
poco confiables. para la determinación de cepas enteropatogénicas de
Finalmente, el método de extracción del ADN in- Campylobacter spp. en alimentos.49
fluye notablemente en la ejecución y sensibilidad de Malorny y cols. (2003) 47 realizaron la validación
la PCR. Por ejemplo, Cornejo y cols. (1998),46 demos- de la metodología de detección de Salmonella entre
traron que con el ADN extraído de muestras de le- 16 laboratorios europeos y encontraron que los ce-
che, utilizando métodos químicos, se obtiene una me- badores más efectivos fueron el 139-141, cuya se-
jor amplificación que cuando el ADN se extrae cuencia blanco es el gen invA. Se probaron 364 ce-
utilizando microesferas de vidrio. Esto indica clara- pas de Salmonella y se obtuvo una inclusividad del
mente la necesidad de estandarizar un método de ex- 99.6% y una exclusividad del 100%, por lo que des-
tracción de ácidos nucleicos considerando la natura- pués de este análisis exhaustivo, el grupo de trabajo
leza de la muestra, para aumentar así la confiabilidad propone utilizar esta metodología como un estándar
de los resultados. internacional.

ESTANDARIZACIÓN Y VALIDACIÓN DE LOS SITUACIÓN ACTUAL DEL USO DE LA PCR


PROTOCOLOS BASADOS EN PCR
Actualmente existen 3 fabricantes de estuches co-
Aunque muchos laboratorios de diagnóstico alrededor merciales basados en PCR para la detección de mi-
del mundo han establecido métodos de PCR para la de- croorganismos causantes de ETA.17 El denominado
tección de patógenos, existen algunos parámetros que BAX® (Qualicon, USA) utiliza reactivos en tabletas
pueden afectar la eficiencia de la reacción, con lo que y un termociclador convencional. Las muestras po-
los resultados de las pruebas desarrolladas o publica- sitivas son visualizadas como bandas en un gel de
das por algún laboratorio en ocasiones pueden ser difí- electroforesis. El sistema no requiere de la extrac-
ciles de reproducir en otros laboratorios. Por lo tanto, ción de ADN. La inclusividad y la exclusividad del
para la adopción exitosa de metodologías de diagnósti- sistema BAX ® alcanzan casi el 100%, significando
co basadas en PCR es necesario contar con pruebas de que las tasas de falso positivo y falso negativo son
validación apropiadas y consensuadas. casi cero. Existen estuches de BAX® para Salmone-

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lla, géneros de Listeria, Listeria monocytogenes y sis rutinario de alimentos. Su incorporación en el


E. coli O157:H7. Las pruebas para Salmonella y E. sector de la industria alimenticia todavía requiere de
coli han recibido el “Status of Performance Tested” la formación del personal técnico y la adaptación de
del Instituto de Investigaciones de la Asociación los protocolos descritos en la bibliografía científica a
Oficial de Químicos Analíticos (AOACRI, por sus la práctica de un laboratorio de análisis.
siglas en inglés).
El segundo método comercial disponible es el estu-
che Probelia (Sanofi, France), el cual emplea PCR REFERENCIAS
convencional seguido de un inmunoensayo y un sis-
1. Autio T, Hielm S, Miettinen M, jöberg A-M, Aarnisalo K,
tema de detección colorimétrica, esta metodología sir- Björkroth J, et al. Sources of Listeria monocytogenes con-
ve para la detección de Salmonella y Listeria. El sis- tamination in a cold-smoked rainbow trout processing
tema intenta eliminar la contaminación del producto plant detected by pulsed-field gel electrophoresis typing.
de PCR al sustituir timina por uracilo durante el Appl Environ Microbiol 1999; 65:150-155.
2. Venkateswaran K, Dohmoto N, Harayama S. Cloning and
protocolo de PCR. nucleotide sequence of the gyrB gene of Vibrio parahaemo-
El último es el TaqMan (Perkin Elmer, USA), el lyticus and its application in detection of this pathogen in
cual usa un sistema novedoso de sondas e incorpo- shrimp. Appl Environ Microbiol 1998;64: 681-687.
ra el marcador TaqMan que no es fluorescente en 3. Hielm S, Björkroth J, Hyytiä E, Korkeala H. Prevalence of
Clostridium botulinum in finnish trout farms: pulsed-
su forma nativa pero la actividad exonucleasa de la field gel electrophoresis typing reveals extensive genetic di-
ADN polimerasa libera un producto fluorescente, el versity among type E isolates. Appl Environ Microbiol
cual es detectado y cuantificado con un sistema es- 1998;64:4161-4167.
pecífico de detección. Los estuches de TaqMan están 4. Fach P, Perelle S, Dilasser F, Grout J, Dargaignaratz C,
Botella L, et al. Detection by PCR-enzyme-linked immuno-
disponibles para Salmonella y están desarrollándo- sorbent assay of Clostridium botulinum in fish and envi-
se los de Listeria y E. coli O157; sin embargo, uno ronmental samples from a coastal area in northern Fran-
de los aspectos más interesantes del TaqMan es su ce. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 5870-5876.
potencial para cuantificar el microorganismo de 5. Blackburn, C y McClure, P. Introduction. En: Blackburn, C y
McClure, P. Foodborne pathogens. Hazards, risk analysis
interés. and control. Boca Raton, FL: CRC Press; 2002. p. 3-12.
6. Agron P, Walker R, Kinde H, Sherilyn J, Hayes D, Wo-
CONCLUSIONES llard J, et al. Identification by subtractive hybridiza-
tion of sequences specific for Salmonella enterica se-
rovar Enteriditis. Appl Environ Microbiol 2002; 67:
Para disminuir el riesgo de infección por patógenos 4984-4991.
se necesita un control microbiológico estricto en la 7. Nevas M, Hielm S, Lindström M, Horn H, Koivulehto K,
cadena de producción de alimentos. La disponibilidad Korkeala H. High prevalence of Clostridium botulinum
de pruebas confiables, rápidas e internacionalmente types A and B in honey samples detected by polymerase
chain reaction. Int J Food Microbiol 2002; 72: 45-52.
aceptadas para la determinación de microorganismos 8. Abushelaibi A, Sofos J, Samelis J, Kendall P. Survival and
patógenos se ha vuelto importante para la industria growth of Salmonella in reconstituted infant cereal hydra-
alimenticia, así como para la regulación de la seguri- ted with water, milk or apple juice and stored at 4°C, 15°C
and 25°C. Food Microbiol 2003; 20: 17-25.
dad alimenticia. La amplificación del ADN mediante
9. Chen J, Johnson R, Griffiths M. Detection of verotoxigenic
la PCR parece ser una herramienta poderosa en el Escherichia coli by magnetic capture-hybridization PCR.
diagnóstico microbiológico. Appl Environ Microbiol 1998; 64: 147-152.
El desarrollo de los métodos basados en el ADN 10. Chen S, Xu R, Yee A, Wu H, Wang C, Read S, et al. An au-
tomated fluorescent PCR method for detection of Shiga
tanto para la detección e identificación/caracteriza-
toxin-producing Escherichia coli in foods. Appl Environ
ción de microorganismos patógenos han proporciona- Microbiol 1998; 64: 4210-4116.
do nuevas herramientas a los microbiólogos de ali- 11. Fagan P, Hornitzky M, Bettelheim K, Djordjevic S. Detec-
mentos y no hay duda que estas investigaciones tion of Shiga-like toxin (stx1 and stx2), intimin (eaeA), and
enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) hemolysin
pueden continuar proporcionando mecanismos analí- (EHEC hlyA) genes in animal feces by multiplex PCR.
ticos significativos que actualmente son difíciles de Appl Environ Microbiol 1999; 65: 868-872.
imaginar. 12. Johnson J, Brooke C, Fritschel S. Comparison of the BAX
A pesar de que la PCR está siendo aplicada amplia- for screening E. coli O157:H7 method with conventional
methods for detection of extremely low levels of Escheri-
mente en la mayoría de laboratorios de investigación chia coli O157:H7 in ground beef. Appl Environ Microbiol
y de que su utilidad como técnica de detección de pa- 1998; 64: 4390-4395.
tógenos en alimentos ha sido demostrada, todavía 13. Vandenberghe J, Verdonck L, Robles-Arozarena R, Rivera
existen reservas respecto a su aplicación en el análi- G, Bolland A, Balladares M, et al. Vibrios associated with

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Detección e identificación de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

Litopenaeus vannamei larvae, postlarvae, roodstock, and locus encoding O157 lipopolysaccharide. J Clin Microbiol
hatchery probionts. Appl Environ Microbiol 1999; 65: 1998; 36: 1801-1804.
2592-2597. 30. Wang L, Reeves P. Organization of Escherichia coli O157
14. Daffonchio D, Borin S, Frova G, Gallo R, Mori E, Fani O antigen gene cluster and identification of its specific ge-
R, et al. A randomly amplified polymorphic DNA marker nes. Infect Immun 1998; 66: 3545-3551.
specific for the Bacillus cereus group is diagnostic for 31. Maurer J, Schmidt D, Petrosko P, Sánchez S, Bolton L, Lee
Bacillus anthracis. Appl Environ Microbiol 1999; 65: M. Development of primers to O-Antigen biosynthesis ge-
1298-1303. nes for specific detection of Escherichia coli O157 by PCR.
15. Eaton T, Gasson M. Molecular screening of Enterococcus Appl Environ Microbiol 1999; 65: 2954-2960.
virulence determinants and potential for genetic exchange 32. Scheu P, Berghof K, Stahl U. Detection of pathogenic and
between food and medical isolates. Appl Environ Micro- spoilage microorganisms in food with the polymerase chain
biol 2001; 67: 1628-1635. reaction. Food Microbiol 1998; 15: 13-31.
16. Coetsier C, Vannuffel P, Blondeel N, Denef J, Cocito C, 33. Chamberlain J, Gibbs R, Rainer J, Nguyen P, Caskey C.
Gala J. Duplex PCR for differential identification of Myco- Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy
bacterium bovis, M. avium, and M. avium subsp. paratu- locus via multiplex DNA amplification. Nucleic Acids Res
berculosis in formalin- fixed paraffin-embedded tissues 1988; 16: 11141-11156.
from cattle. J Clin Microbiol 2000; 38: 3048-3054. 34. Saiki R, Gelfand D, Stoffel S, Scharf S, Higuchi R, Horn G, et
17. Betts R y Blackburn C. Detecting pathogens in food. In: al. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a
Betts, R y Blackburn, C. Foodborne pathogens: Hazards, thermostable DNA polymerase. Science 1988; 239: 487-491.
risk analysis and control. Boca Raton, Fl.: CRC Press; 35. Yamada S, Ohashi E, Agata N, Venkateswaran K. Cloning
2002: 13-52. and nucleotide sequence analysis of gyrB of Bacillus ce-
18. Saiki R, Scharf S, Faloona F, Mullis K, Horn G, Erlich H, reus, B. thuringiensis, B. mycoides, and B. anthracis and
et al. Enzymatic amplification of β-globin genomic sequen- their application to the detection of B. cereus in rice. Appl
ces and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell Environ Microbiol 1999; 65: 1483-1490.
anemia. Science 1985; 230: 1350-1354. 36. Sharma V, Carlson S. Simultaneous detection of Salmone-
19. Mullis K. The unusual origin of the polymerase chain reac- lla strains and Escherichia coli O157:H7 with fluorogenic
tion. Sci Am 1999;36-43. PCR and single-enrichment-broth culture. Appl Environ
20. Kehl S. Role of the laboratory in the diagnosis of enterohe- Microbiol 2000; 66: 5472-5476.
morrhagic Escherichia coli infections. J Clin Microbiol 37. Lindstrom M, Keto R, Markkula A, Nevas M, Hielm S, Kor-
2002; 40: 2711-2715. keala H. Multiplex PCR assay for detection and identifica-
21. Paton A, Paton J. Detection and characterization of shiga tion of Clostridium botulinum Types A, B, E, and F in
toxigenic Escherichia coli by using multiplex PCR assays food and fecal material. Appl Environ Microbiol 2001; 67:
for stx 1 , stx2, eaeA, enterohemorragic E. coli hlyA, 5694-5699.
rfbO111 and rfbO157. J Clin Microbiol 1998; 36: 598-602. 38. Knutsson R, Lofstrom C, Grage H, Hoorfar J, Radstrom
22. Reischl U, Youssef M, Kilwinski J, Lehn N, Zhang W, Kar- P. Modeling of 5' nuclease real-time responses for optimiza-
ch H, et al. Real-time fluorescence PCR assays for detection tion of a high-throughput enrichment PCR procedure for
and characterization of shiga toxin, intimin, and enterohe- Salmonella enterica. J Clin Microbiol 2002; 40: 52-60.
molysin genes from shiga toxin-producing Escherichia 39. Wilson I. Inhibition and facilitation of nucleic acid amplifi-
coli. J Clin Microbiol 2002; 40: 2555-2565. cation. Appl Environ Microbiol 1997; 63: 3741-3751.
23. Paton A, Paton J. Direct detection and characterization of 40. Gentry-Weeks C, Hutcheson H, Kim L, Bolte D, Traub-
shiga toxigenic Escherichia coli by multiplex PCR for Dargatz J, Morley P, et al. Identification of two phylogene-
stx 1, stx2, eae, ehxA, and saa. J Clin Microbiol 2002; 40: tically related organisms from feces by PCR for detection
271-274. of Salmonella spp. J Clin Microbiol 2002; 40: 1487-1492.
24. Wang G, Clark C, Rodgers F. Detection in Escherichia coli 41. Fach P, Popoff M. Detection of enterotoxigenic Clostri-
of the genes encoding the major virulence factors, the ge- dium perfringens in food and fecal samples with a duplex
nes defining the O157:H7 serotype, and components of the PCR and the slide latex agglutination test. Appl Environ
type 2 Shiga toxin family by multiplex PCR. J Clin Micro- Microbiol 1997; 63: 4232-4236.
biol 2002; 40: 3613-3619. 42. Lampel K, Orlandi P, Kornegay L. Improved template pre-
25. Normanno G, Dambrosio P, Quaglia N, Montagna D, paration for PCR-based assays for detection of food-borne
Chiocco D, Celano G. Typing of Escherichia coli O157 bacterial pathogens. Appl Environ Microbiol 2000; 66:
strains isolated from fresh sausage. Food Microbiol 2004; 4539-4542.
21: 79-82. 43. Al-Soud W, Radstrom P. Purification and characterization
26. Paton A, Paton J. Direct detection of shiga toxigenic Es- of PCR-inhibitory components in blood cells. J Clin Micro-
cherichia coli strains belonging to serogroups O111, biol 2001; 39: 485-493.
O157, and O113 by multiplex PCR. J Clin Microbiol 1999; 44. Rossen L, Norskov P, Holmstrom K, Rasmussen O. Inhibi-
37: 3362-3365. tion of PCR by components of food samples, microbiologi-
27. Paton A, Paton J. Molecular characterization of the locus cal diagnosis assays and DNA-extraction solutions. J Food
encoding biosynthesis of the lipopolysaccharide O antigen Microbiol 1992; 17: 37-45.
of Escherichia coli Serotype O113. Infect Immun 1999; 67: 45. Kudva I, Hatfield P, Hovde C. Characterization of Escheri-
5930-5937. chia coli O157:H7 and other Shiga toxin-producing E. coli
28. Wang L, Curd H, Qu W, Reeves P. Sequencing of Escheri- serotypes isolated from sheep. J Clin Microbiol 1997; 35:
chia coli O111 O-antigen gene cluster and identification of 892-899.
O111-specific genes. J Clin Microbiol 1998; 36: 3182-3187. 46. Cornejo B, Sahún-Ruíz A, Suárez-Güemes F, Thornton C,
29. Desmarchelier P, Bilge S, Fegan N, Mills L, Vary J, Tarr P. Ficht T, Adams L. Comparison of C18-carboxypropylbetai-
A PCR specific for Escherichia coli O157 based on the rfb ne and glass bead DNA extraction methods for detection of

Volumen 31 No. 2 Abril-Junio 2006. p. 69-76 75


Rafael Antonio Rojas-Herrera y col.

Mycobacterium bovis in bovine milk samples and analysis 57. McIngvale S, Elhanafi D, Drake M. Optimization of rever-
of samples by PCR. Appl Environ Microbiol 1998; 64: se transcriptase PCR to detect viable Shiga-toxin-produ-
3099-3101. cing Escherichia coli. Appl Environ Microbiol 2002; 68:
47. Malorny B, Hoorfar J, Bunge C, Helmuth R. Multicenter 799-806.
validation of the analytical accuracy of Salmonella PCR: 58. Cocolin L, Rantsiou K, Iacumin L, Cantoni C, Comi G. Di-
Towards an international standard. Appl Environ Micro- rect identification in food samples of Listeria spp. and Lis-
biol 2003; 69: 290-296. teria monocytogenes by molecular methods. Appl Environ
48. Lubeck P, Wolffs P, On S, Ahrens P, Radstrom P, Hoorfar Microbiol 2002; 68: 6273-6282.
J. Toward an international standard for PCR-based detec- 59. Nogva H, Rudi K, Naterstad K, Holck A, Lillehaug D.
tion of food-borne thermotolerant campylobacters: Assay Application of 5'-nuclease PCR for quantitative detection of
development and analytical validation. Appl Environ Mi- Listeria monocytogenes in pure cultures, water, skim milk,
crobiol 2003; 69: 5664-5669. and unpasteurized whole milk. Appl Environ Microbiol
49. Lubeck PS, Cook N, Wagner M, Fach P, Hoorfar J. Toward 2000; 66: 4266-4271.
an international standard for PCR-based detection of 60. Klein P, Juneja V. Sensitive detection of viable Listeria
food-borne thermotolerant campylobacters: Validation in a monocytogenes by reverse transcription-PCR. Appl Envi-
multicenter collaborative trial. Appl Environ Microbiol ron Microbiol 1997; 63: 4441-4448.
2003; 69: 5670-5672. 61. Cohen H, Mechanda S, Lin W. PCR amplification of the
50. Houf K, De Zutter L, Van Hoof J, Vandamme P. Assess- fimA gene sequence of Salmonella typhimurium, a specific
ment of the genetic diversity among arcobacters isolated method for detection of Salmonella spp. Appl Environ Mi-
from poultry products by using two PCR-based typing me- crobiol 1996; 62: 4303-4308.
thods. Appl Environ Microbiol 2002; 68: 2172-2178. 62. Villalobo E, Torres A. PCR for detection of Shigella spp. in
51. Waage A, Vardund T, Lund V, Kapperud G. Detection of mayonnaise. Appl Environ Microbiol 1998; 64: 1242-1245.
small numbers of Campylobacter jejuni and Campylobac- 63. Omoe K, Ishikawa M, Shimoda Y, Hu D, Ueda S, Shina-
ter coli cells in environmental water, sewage, and food gawa K. Detection of seg, seh, and sei genes in Staphylo-
samples by a seminested PCR assay. Appl Environ Micro- coccus aureus isolates and determination of the entero-
biol 1999; 65: 1636-1643. toxin productivities of S. aureus isolates harboring seg,
52. Lai-King N, Bin Kingombe C, Yan W, Taylor D, Hiratsuka seh, or sei genes. J Clin Microbiol 2002; 40: 857-862.
K, Malik N, et al. Specific detection and confirmation of 64. Sharma N, Rees C, Dodd C. Development of a single-
Campylobacter jejuni by DNA hybridization and PCR. reaction multiplex PCR toxin typing assay for Staphylo-
Appl Environ Microbiol 1997; 63: 4558-4563. coccus aureus strains. Appl Environ Microbiol 2000;
53. Venkateswaran K, Kamijoh Y, Ohashi E, Nakanishi H. A 66: 1347-1353.
simple filtration technique to detect enterohemorrhagic Es- 65. Monday S, Bohach G. Use of multiplex PCR to detect clas-
cherichia coli O157:H7 and its toxins in beef by multiplex sical and newly described pyrogenic toxin genes in Sta-
PCR. Appl Environ Microbiol 1997; 63: 4127-4131. phylococcal isolates. J Clin Microbiol 1999;37:3411-3414.
54. Lehmacher A, Meier H, Aleksic S, Bockemühl J. Detection 66. Becker K, Roth R, Peters G. Rapid and specific detection of
of hemolysin variants of shiga toxin-producing Escheri- toxigenic Staphylococcus aureus: Use of two multiplex
chia coli by PCR and culture on vancomycin-cefixime-cef- PCR enzyme immunoassays for amplification and hybridi-
sulodin blood agar. Appl Environ Microbiol 1998; 64: zation of staphylococcal enterotoxin genes, exfoliative toxin
2449-2453. genes, and toxic shock syndrome toxin 1 gene. J Clin Mi-
55. Oberst R, Hays M, Bohra L, Phebus R, Yamashiro C, Pas- crobiol 1998; 36: 2548-2553.
ko-Kolva C, et al. PCR-based DNA amplification and pre- 67. Lyon W. TaqMan PCR for detection of Vibrio cholerae O1,
sumptive detection of Escherichia coli O157:H7 with an O139, Non-O1, and Non-O139 in pure cultures, raw oys-
internal fluorogenic probe and the 5' nuclease (TaqMan) ters, and synthetic seawater. Appl Environ Microbiol
assay. Appl Environ Microbiol 1998; 64: 3389-3396. 2001; 67: 4685-4693.
56. Li W, Drake M. Development of a quantitative competitive 68. Jourdan A, Johnson S, Wesley I. Development of a fluoro-
PCR assay for detection and quantification of Escherichia genic 5' nuclease PCR assay for detection of the ail gene of
coli O157:H7 cells. Appl Environ Microbiol 2001; 67: pathogenic Yersinia enterocolitica. Appl Environ Micro-
3291-3294. biol 2000; 66: 3750-3755.

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