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INVESTIGAR
A
481 ratones silvestres del ancestral "oscuro" y derivado
Aunque un número creciente de estudios adaptación de rasgos en un vertebrado salvaje. Forjar "luz" sitios. Luego, introdujimos de 75 a 100 individuos en
genómicos han identificado genes que estas conexiones mecanicistas ayudará a proporciones iguales sobre la base del sitio de captura (es
contribuyen a la evolución fenotípica (1-3), a comprender las consecuencias evolutivas del cambio decir, oscuro versus claro) a cada uno de los seis recintos
menudo, los mecanismos ecológicos que impulsan ambiental en las poblaciones naturales (7, 8). de campo (tres en cada hábitat) que medían 50 m por 50
la evolución de los rasgos siguen sin ser probados. Aprovechamos las poblaciones de ratones ciervo de my estaban desprovistos de ratones nativos y
Por otro lado, los estudios de campo han documentado la colores crípticos que han evolucionado recientemente ( depredadores terrestres. pero abierto a los depredadores
acción de la selección natural sobre los rasgos (4-6), pero Peromyscus maniculatus) investigar las consecuencias aviares (Fig.1) (18). Entre estos individuos fundadores,
los mecanismos moleculares subyacentes generalmente genéticas de la selección natural divergente. Las colinas identificamos diferencias significativas en cinco rasgos de
se desconocen. Combinamos un experimento de campo de arena de Nebraska se formaron a partir de cuarzo de pigmento (brillo dorsal, croma dorsal, brillo ventral,
de manipulación a gran escala con pruebas genéticas y color claro hace ~ 8.000 a 10.000 años (9). Este hábitat de croma ventral y patrón de cola) entre ratones capturados
bioquímicas de laboratorio para identificar los dunas se diferencia del hábitat circundante en en sitios oscuros versus claros (todos los rasgos: P <
mecanismos ecológicos y moleculares subyacentes. propiedades físicas, sobre todo en el color del suelo. 0,001) (fig. S1). Fenotipos de pigmentos
eran en gran medida independientes, con correlaciones débiles recinto único, no se detectó una selección direccional [~ 1% de tasas de ataque; (14)]. Además, los búhos son
y en su mayoría insignificantes entre los rasgos [coeficiente de significativa en ningún otro rasgo que no fuera el depredadores altamente efectivos de ratones y pueden
determinación (R2) < 0.06 para todos los rasgos] (tabla S1), lo brillo dorsal (tablas S2 y S3). Tampoco hubo evidencia discriminar entre diferentes morfos de color incluso bajo
que sugiere que estos rasgos pueden estar sujetos a una de selección cuadrática o correlacional en los datos condiciones de luz de la luna (12). Durante nuestro
selección independiente. Utilizando un enfoque de marcado- (tablas S4 y S5). Por lo tanto, la selección natural experimento de campo, observamos búhos cazando en los
recaptura, hicimos un seguimiento de la supervivencia de divergente probablemente actuó sobre el brillo sitios experimentales (ocho observaciones durante 70 noches).
estos individuos introducidos durante cinco períodos de dorsal entre los dos tipos de entornos. El trabajo Debido a que los recintos excluyen en gran medida a otros
muestreo de 2 semanas durante 14 meses, momento en el cual previo con ratones modelo de plastilina sugiere depredadores, sugerimos que la asociación significativa entre
la mortalidad alcanzó el 100% en la mayoría de los recintos que la depredación aviar es alta en esta región el brillo dorsal y la supervivencia
(Fig.2, A y B), similar a las tasas de mortalidad en lo salvaje (19).
Debido a que el error de muestreo es inversamente
proporcional al número de sobrevivientes, enfocamos nuestros
análisis en una comparación entre las poblaciones
colonizadoras (punto de tiempo 0) y los sobrevivientes
presentes en el punto de tiempo 1 (~ 3 meses después del
inicio del experimento), cuando las tasas de supervivencia
promedio eran 45%. Independientemente del origen o el
fenotipo de la muestra, las tasas de supervivencia fueron dos
veces más altas en recintos oscuros en comparación con
recintos luminosos (60% frente al 30% en el punto de tiempo
1). Los ratones introducidos en recintos que coincidían con el
es probable que sea impulsado por tasas más altas de procedimiento para determinar cuántos SNP se esperaría siete SNP también exhibieron altos niveles de
depredación aviar en ratones con pigmentación conspicua. que mostraran cambios significativos solo por casualidad. diferenciación entre ratones capturados
En los recintos de luz, los patrones de frecuencia alélica originalmente de hábitats claros y oscuros (Fig. 4B y
Las consecuencias genéticas de la selección sobre cambian enAgutí Los SNP no pudieron distinguirse de la tabla S6). Además, un SNP regulador y elDSer se ha
la pigmentación. neutralidad (Fig. 3C), probablemente debido a la asociado con señales históricas de selección positiva
Para investigar cómo la selección en el brillo dorsal reducción del poder estadístico causado por el bajo en poblaciones de Sand Hills (14, 15).
afecta las frecuencias alélicas en el Agutí locus, número de supervivientes. Por el contrario, en los Para probar si la selección en cada una de estas variantes
generamos datos de polimorfismo con secuenciación recintos oscuros, nuestros resultados rechazan la candidatas podría explicar el número observado de SNP con
enriquecida de (i) una región de 185 kb que abarca hipótesis nula, lo que sugiere que el número de cambios frecuencias genotípicas sesgadas en los supervivientes,
Agutí y todos los elementos regulatorios conocidos y significativos en la frecuencia de los alelos es recalculamos las distribuciones nulas asignando a cada
(ii) ~ 2100 regiones no vinculadas de todo el genoma, cada una incompatible con un modelo estrictamente neutral (Fig. candidato individualmente como nuestro único sitio objetivo
con un promedio de 1,5 kb de longitud [siguiendo (20)], para 3D). Por lo tanto, en los recintos oscuros, encontramos seleccionado. Después de la corrección para múltiples pruebas,
controlar los efectos demográficos. En resumen, secuenciamos cambios de frecuencia alélica en elAgutí locus consistente cada uno de los siete podría explicar el cambio observado en
a los 481 individuos y, después de filtrar, identificamos 2442 y con la selección y, por tanto, los patrones a nivel genético las frecuencias de ingenotipo en los supervivientes (Fig. 4C).
53,507 sitios variables de alta calidad en o cerca delAgutí gen y son paralelos al cambio observado a nivel fenotípico. Por el contrario, un modelo que utiliza el SNP del conjunto de
en todo el genoma, respectivamente. A partir de estos datos, Debido a que no hay recombinación entre loci en una datos de control de todo el genoma con el cambio de
observamos mayores cambios en la frecuencia de los alelos en sola generación, probamos además si la gran cantidad de frecuencia de alelos más significativo no puede explicar los
Agutí con el tiempo en los recintos con luz que en los oscuros, sitios con cambios significativos de frecuencia de alelos patrones observados (fig. S2B). Los análisis de desequilibrio de
consistente con una mayor mortalidad en recintos con luz en los recintos oscuros podría explicarse por respuestas ligamiento (LD) de las siete variantes candidatas identificaron
(Wilcoxon rank sumtest:W = 3.497.200, P <0,001) (fig. S2A). Para correlacionadas en loci vinculados a un número limitado tres bloques de ligamiento (fig. S2C): dos conjuntos de tres SNP
determinar si los cambios en la frecuencia de los alelos enAgutí de SNP bajo selección (18). A partir de los resultados de reguladores físicamente próximos y elDSer, este último
Fig. 3. Cambio de frecuencia alélica en el Agutí lugar. (Ay B) Cambio de frecuencia alélica de la mortalidad durante el experimento en cuantificar las diferencias en el color del pelaje, encontramos queD
los recintos combinados de luz (A) y oscuridad (B). losX El eje representa el cambio en la frecuencia de los alelos entre las Los ratones Ser tenían un pelaje significativamente más ligero que los
poblaciones colonizadoras iniciales y los supervivientes muestreados después de 3 meses. losy El eje representa la probabilidad de ratones que llevaban el WT.PeromyscusAgouti
la distribución de frecuencias de genotipos observadas en los supervivientes, asumiendo un modelo neutral. Todos los puntos rojos ADNc (DSer versus WT, de dos colas t prueba; n = 5, P =
son significativos al nivel del 1%: los puntos rojos claros son significativos debido a un sesgo en la proporción observada de 0,001) (figura 5C). Por lo tanto, laAgutí DLa mutación
heterocigotos, mientras que los puntos rojos oscuros exhiben un sesgo en el número observado de homocigotos. (C y D) Ser por sí sola tiene un efecto medible sobre la
Distribuciones nulas del número de sitios que se espera que muestren un cambio significativo en la frecuencia de los alelos al nivel pigmentación y en la dirección esperada sobre la
del 1% en los recintos combinados de luz (C) y oscuridad (D). Las líneas rojas verticales representan el número observado de sitios base de los datos de asociación genotipo-fenotipo en
con un cambio significativo en la frecuencia de los alelos. Peromyscus poblaciones.
Para caracterizar aún más los efectos fenotípicos de la producción de feomelanina, que a su vez hace que el La luz polarizada del sensor sirve entonces como proxy de
DSer variante, examinamos y luego cuantificamos el cabello luzca más brillante en general. la fuerza de la interacción entre las moléculas. Para un
pigmento en el pelo dorsal. El examen microscópico de los DLa mutación ser se encuentra en una región ligando, usamos la isoforma secretada de la atracción
los pelos individuales reveló que el cabello deDLos altamente conservada del dominio N-terminal de la natural humana (ATRNCE), y para el analito, usamos una
ratones Ser contenían un pigmento cualitativamente más proteína agutí, una región que se une directamente a versión sintética del Peromyscus agouti WT o DSer
claro que el de los ratones WT (Fig. 5B). Luego analizamos la atracción, un receptor transmembrana expresado dominio N-terminal, una región conocida por retener la
el contenido de feomelanina en el cabello mediante el uso en las melanocitos y necesario para la función agutí ( actividad bioquímica completa y unirse a la atracción (26).
de productos de degradación química seguido de 26). Para comprender el mecanismo por el cual DSer Aplicación del WT o DEl dominio N-terminal seragouti a
cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC) (22-25). disminuye la producción de feomelanina, medimos un chip recubierto de atracción produjo sensorgramas
DSermice tenía cantidades significativamente más bajas las interacciones de unión en tiempo real entre las característicos de una interacción biológica, acercándose
de feomelanina (tanto del tipo benzotiazina como del proteínas agutí y atracción mediante el uso de al equilibrio durante varios minutos y disminuyendo
benzotiazol) que el pelo de los ratones WT (DSer versus resonancia de plasmón de superficie (SPR). En SPR, durante el lavado a niveles por encima de la línea de base
WT, de dos colas t prueba; n = 5, P = una molécula (ligando) se inmoviliza en la superficie (Fig. 5D). Sin embargo, encontramos que el dominio N-
0.002) (Fig. 5C y Fig. S3C). Estos resultados indican de un sensor mientras se inyecta un socio potencial terminal de WT mostró una mayor
que elPeromyscus DSer provoca una disminución en de interacción (analito); el ángulo de reflexión de
Discusión
Conocer la fuerza de la selección en la naturaleza es
esencial para predecir las tasas de cambio adaptativo (4,
27-31). Ahora tenemos datos extensos sobre la fuerza de
la selección que actúa sobre los fenotipos (32-34)
y firmas estadísticas de selección histórica en el genoma (
35-38). Sin embargo, persiste la incertidumbre sobre la
magnitud y las causas de los cambios genéticos que
ocurren a medida que las poblaciones evolucionan bajo
nuevas condiciones ecológicas (39-42).
Nuestro diseño experimental imita la colonización
replicada y recíproca de hábitats divergentes por
poblaciones que portan variantes de secuencia que
causan cambios funcionales en un fenotipo adaptado
localmente. Demostramos que cuando se dispone de
una variación genética adecuada, la selección natural
puede resultar en un cambio evolutivo en escalas de
tiempo ecológicas (43). Cambios tanto en nuestro
Fig. 5. Efectos fenotípicos, moleculares y de aptitud de la deleción de serina. (A)Regresión lineal de DSer REFERENCIAS Y NOTAS
genotipos y brillo dorsal; datos agrupados en los seis gabinetes. (B) Líneas emparejadas de transgénicos Mus ( 1. R. Mallarino et al., Nature 539, 518-523 (2016).
en C57BL / 6, un Agutí cepa knockout) expresando el WT (oscuro) o el DSer (ligero) Peromyscus Agouti alelo. Las 2. MA Ilardo et al., Cell 173, 569-580.e15 (2018).
3. D. Bradley et al., Science 358, 925-928 (2017).
imágenes en primer plano muestran la intensidad de la feomelanina en las capas dorsales y los pelos dorsales
4. JG Kingsolver, SE Diamond, AM Siepielski, SM Carlson,
individuales de ratones transgénicos. (C) Brillo dorsal (izquierda) y productos de degradación de feomelanina de Evol. Ecol.26, 1101-1118 (2012).
tipo benzotiazina (derecha) en los ratones transgénicos, medidos con métodos de espectrofotometría y HPLC, 5. O. Lapiedra, TW Schoener, M. Leal, JB Losos, JJ Kolbe,
Ciencias 360, 1017-1020 (2018).
respectivamente. (D) Interacción bioquímica de la atracción y el dominio N-terminal de la Peromyscus WT (azul)
6. SK Auer, CA Dick, NB Metcalfe, DN Reznick,
o el DProteína ser (roja) agutí. Los valores mostrados en unidades de respuesta arbitrarias se han corregido
Nat. Comun.9, 14 (2018).
para la unión inespecífica. (MI) Cambios en aDSer frecuencia de alelos en las tres poblaciones de recintos oscuros 7. RA Bay y col., Am. Nat.189, 463-473 (2017).
replicados. **P < 0,01 8. RD Barrett, HE Hoekstra, Nat. Rev. Genet.12, 767-780
(2011).
interacción con la atracción relativa a la DAlelo Ser entre los seis recintos, pero en promedio fue similar entre 9. DB Loope, J. Swinehart, Great Plains Res. 10, 5-35 (2000).
10. A. Sangrado, Atlas de las colinas de arena (Universidad de
(Fig. 5D). A continuación, estimamos la disociación recintos oscuros y claros (medio de recintos claros = 29,85
Nebraska, Omaha, 1990).
constantes (KD) mediante el análisis de Scatchard de los niveles ± 1,80% SE, medio de recintos oscuros = 25,79 ± 0,68% 11. Dados LR, Universidad de Michigan 15, 1-19 (1941).
de unión en equilibrio a diferentes concentraciones SE). Observamos cambios idiosincrásicos en la frecuencia 12. L. Dice, Universidad de Michigan 34, 1-20 (1947).
traciones y demostró que el dominio WT tiene un de los alelos en los recintos ligeros, con dos de tres 13. CR Linnen, EP Kingsley, JD Jensen, HE Hoekstra,
Ciencias 325, 1095-1098 (2009).
K casi dos veces más pequeñoD que la DDominio Ser recintos que muestran los aumentos esperados en elDSer
14. CR Linnen et al., Science 339, 1312-1316 (2013).
(4.25 × 10-7 frente a 6,94 × 10-7, respectivamente), con alelo, pero el grado de cambio fue menor en todos los 15. SP Pfeifer et al., Mol. Biol. Evol.35, 792-806 (2018).
coherente con el alelo WT que tiene una mayor afinidad casos (cambio de frecuencia de alelo promedio = 0,43 ± 16. M. Manceau, VS Domingues, CR Linnen, EB Rosenblum,
de unión a la atracción (fig. S3D). Juntos, nuestros 0,81% SE). Por el contrario, observamos disminuciones SE Hoekstra, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci.365,
2439-2450 (2010).
experimentos genéticos y bioquímicos indican queDSer significativas en laDAlelo Ser en los tres recintos oscuros
17. Y. Chen, DMJ Duhl, GS Barsh, Genética 144, 265-277 (1996).
causa un cabello pigmentado más claro al disminuir la replicados (cambio de frecuencia de alelo promedio = 6.87 18. Ver materiales complementarios.
fuerza de las interacciones con la atracción, reducir la ± 19. RH Baker, Mamíferos de Michigan (Universidad Estatal de Wayne, Detroit, 1983).
producción de feomelanina y, en última instancia, 2,58% SE) (figura 5E). Este cambio en la frecuencia de los 20. VS Domingues et al., Evolución 66, 3209-3223 (2012).
21. B. Tasic y col., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos108, 7902-7907 (2011).
aumentar el brillo de un ratón.'s capa dorsal. alelos equivale a un coeficiente de selección medio de
22. K. Wakamatsu, S. Ito, JL Rees, Res de células pigmentarias. 15, 225-232
0,32 (± 0,11 EE; unilateralt prueba de coeficientes de (2002).
Cambios en el Agutí DSer alelo a selección en recintos claros frente a oscuros: t = 23. S. Ito y col., Pigment Cell Melanoma Res. 24, 605-613 (2011).
través del espacio y el tiempo 2.990, gl = 2.496, P = 0,037) (tabla S7). Como era de esperar 24. M. d'Ischia y col., Pigment Cell Melanoma Res. 26, 616-633
(2013).
Después de verificar su papel funcional en la variación del dada la selección fenotípica negativa observada en la
25. S. Del Bino y col., Pigment Cell Melanoma Res. 28, 707-717 (2015).
pigmento, a continuación medimos la frecuencia de la pigmentación clara en recintos oscuros, estos resultados 26. L. He y col., Nat. Gineta.27, 40-47 (2001).
Agutí DSer alelo a través de recintos y con el tiempo. genéticos proporcionan evidencia de una selección negativa en 27. PR Grant, BR Grant, Evolución 49, 241-251 (1995).
Para confirmar elAgutí DSer genotipo y para incluir elDAlelo Ser asociado con pigmentación clara sobre sustratos 28. P. Nosil et al., Science 359, 765-770 (2018).
29. M. Bosse et al., Science 358, 365-368 (2017).
individuos con datos faltantes, genotipamos a todos oscuros. Por lo tanto, al documentar el cambio de frecuencia
30. R. Fisher, La teoría genética de la selección natural
los individuos usando un ensayo de Taqman. La de alelos a lo largo del tiempo, demostramos una fuerte (Oxford Univ. Press, 1930).
frecuencia de inicio delDSer alelo variado selección en el nivel genético. 31. R. Bürger, M. Lynch, Evolución 49, 151-163 (1995).
32. JG Kingsolver y col., Am. Nat.157, 245-261 (2001). E. Kay-Delaney, E. Kingsley, J. Kwon, M. Manceau, N. Man in't Veld, los análisis fenotípicos y los datos genómicos recopilados.
33. AM Siepielski, JD DiBattista, SM Carlson, Ecol. Letón.12, H. Metz, J.-M. Lassance, E. Lievens, C. Linnen, N. Rubinstein, SPP y SL realizaron los análisis bioinformáticos. RDHB, SL,
1261-1276 (2009). L. Schmitt, H. Wegener e I. Yen por asistencia sobre el terreno; C. Clabaut, MF y JDJ realizaron los análisis estadísticos. RM realizó los experimentos
34. AM Siepielski y col., Ecol. Letón.dieciséis, 1382-1392 (2013). P. Muralidhar y K. Turner por su asistencia en el laboratorio; Z. Gompert, funcionales, incluidos los experimentos de proteínas con JSD-C. y el análisis
35. M. Nei, Y. Suzuki, M. Nozawa, Annu. Rev. Genomics B. Peterson y J.-M. Lassance para asistencia bioinformática; de melanina con KWRDHB redactó el manuscrito con aportes importantes de
Hum. Gineta.11, 265-289 (2010). S. Badion por su asistencia en programación; J. Demboski, B. Perrett, SL, RM y HEH. Todos los autores contribuyeron con revisiones y aprobaron la
36. R. Nielsen, Annu. Rev. Genet.39, 197-218 (2005). M. Perrett, B. Peterson, J. Ramos, L. Ramos, B. Ward, versión final del manuscrito.Conflicto de intereses: Los autores declaran no
37. JD Jensen, M. Foll, L. Bernatchez, Mol. Ecol.25, 1-4 (2016). J. Wasserman, R. Wasserman y el Museo de Naturaleza y Ciencia de tener intereses económicos en competencia. Disponibilidad de datos y
38. TJ Thurman, RDH Barrett, Mol. Ecol.25, 1429-1448 (2016). Denver por su apoyo logístico; L. M'Gonigle por su ayuda con el materiales: Hemos depositado datos de muestreo, fenotipo y supervivencia
39. P. Librado y col., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos112, análisis de captura-recaptura; y J. Chupasko por su asistencia en el Repositorio Digital Dryad (44) y secuencia de datos en el archivo de
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40. Y. Kim, D. Gulisija, Genética 184, 571-585 (2010). D. Schluter y T. Thurman por sus comentarios sobre el manuscrito.
41. GS Bradburd, PL Ralph, GM Coop, Evolución 67, Fondos: RDHB contó con el apoyo de una beca posdoctoral Banting del El código R que implementa los análisis de captura y recaptura está
3258-3273 (2013). Consejo de Investigación en Ciencias Naturales e Ingeniería de Canadá, una disponible en https://doi.org/10.5281/zenodo.1758243 (45). El código R que
42. S. Peischl et al., Genética 208, 763-777 (2018). beca posdoctoral sobre cuestiones fundamentales en biología evolutiva y una implementa los análisis de distribuciones de genotipos está disponible en
43. AP Hendry, Dinámica ecoevolutiva (Universidad de Princeton
cátedra de investigación de Canadá. CCYX recibió el apoyo de una beca de https://doi.org/10.5281/zenodo.1758243 (46).
Prensa, Princeton, 2017).
posgrado Vanier Canada del Consejo de Investigación de Ciencias Naturales e
44. RDH Barrett, et al., Datos de: Vinculación de una mutación con la Ingeniería de Canadá.
supervivencia en ratones salvajes, Dryad Digital Repository (2018); doi: SL, MF y RM, así como el trabajo de laboratorio, fueron apoyados por una MATERIALES COMPLEMENTARIOS
10.5061 / dríada.60mk699. subvención Sinergia de la Fundación Nacional de Ciencias de Suiza para
45. RDH Barrett, LK M'Gonigle, mouse-recapture-v1.0.0, Versión www.sciencemag.org/content/363/6426/499/suppl/DC1
JDJ, HEH y L. Excoffier. El trabajo de campo fue financiado por la
1.0.0, Zenodo (2018); doi: 10.5281 / zenodo.1758243. Materiales y métodos
National Geographic Society, Putnam Expedition Grants del Harvard
Texto complementario
46. S. Badion, S. Laurent, rsurvival-0.1.0, Versión 0.1.0, Zenodo Museum of Comparative Zoology (MCZ) y Discovery Grant del
(2018); doi: 10.5281 / zenodo.1753895. Higos. S1 a S3
National Engineering and Research Council of Canada para
Tablas S1 a S9
RDHBHEH es un investigador del Instituto Médico Howard
EXPRESIONES DE GRATITUD Referencias (47-64)
Hughes. Contribuciones de autor: RDHB concibe el estudio.
C. Clabaut, J. Gable, E. Hager, G. Hood, E. Jacobs-Palmer, el experimento de campo con CCYXRDHB realizado 10.1126 / science.aav3824
Rowan DH Barrett, Stefan Laurent, Ricardo Mallarino, Susanne P. Pfeifer, Charles CY Xu, Matthieu Foll, Kazumasa
Wakamatsu, Jonathan S. Duke-Cohan, Jeffrey D. Jensen y Hopi E. Hoekstra
SUPLEMENTARIO http://science.sciencemag.org/content/suppl/2019/01/30/363.6426.499.DC1
MATERIALES
RELACIONADO
http://science.sciencemag.org/content/sci/363/6426/452.full
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REFERENCIAS Este artículo cita 58 artículos, 16 de los cuales puede acceder de forma gratuita
http://science.sciencemag.org/content/363/6426/499#BIBL
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