Biología Computacional 6oB

Semestre 6 2021-A

Técnicas de simulación molecular aplicadas en la industria

Samantha Diaz Álvarez

Abril 2021

Facultad de Ciencias, Universidad Autónoma del Estado México, Instituto Literario No. 100. Cp.
50000.

Resumen: En el presente trabajo se llevo a cabo la implementación de técnicas de química

computacional para la simulación de moléculas con aplicación en la industria que a su vez fueron
optimizadas y caracterizadas mediante distintos recursos computacionales entre los cuales se
encuentran, Avogadro, Gaussian, Molden, VMD, Multiwfn, entre otros.

1.Introducción

El uso de distintos compuestos y mezclas en la industria, así como su estudio nos ha permitido
desarrollar optimizaciones de procesos para facilitar y acrecentar el costo de productos. Entre los
compuestos usados en la industria se hizo uso de el propano, El gas propano es un gas licuado que
presenta características muy similares a las del gas butano, un gas no tóxico, incoloro y
prácticamente inodoro con un enorme poder calorífico y transportabilidad resultando más
rentable que otras energías habituales, el agua como uno de los principales recursos en muchos de
los procesos industriales actuales, ya sea para la elaboración de sus productos, y/o para el
mantenimiento de sus materiales y equipos. Todos los sectores industriales hacen uso del agua,
están desde los que elaboran productos alimenticios, hasta los que elaboran aparatos
electrónicos. El metano es utilizado en procesos químicos industriales y puede ser transportado
como líquido refrigerado. En la industria química, el metano es la materia prima elegida para la
producción de hidrógeno, metanol, ácido acético y anhidro acético, lo que nos lleva al ultimo
elemento de estudio el acido acético el cual es uno de los ácidos carboxílicos más utilizados tanto
en la industria química como en la alimentaria. Importante en la producción de acetato de vinilo
monómero, empleado en la fabricación de pinturas, adhesivos y papel, entre otros. La importancia
del estudio y modelación de estos compuestos reside en el entendimiento de su comportamiento
para el aprovechamiento de estos, es por ello que en este trabajo se propone la caracterización de
estas moléculas además de su optimización y el entendimiento de su reactividad.

2.Objetivo

General
Realizar una simulación molecular de moléculas usadas en la industria como el agua, propano,
metano y ácido acético.

Específicos
Optimizar las moléculas de estudio por medio de Gaussian
Modelar moléculas de uso industrial, así como encontrar el nivel de teoría apropiado
Caracterizar descriptores (cálculo de funciones de Fukui y potencial electrostático)
Formar complejos a partir de las cuatro moléculas seleccionadas y optimizarlos
3. Antecedente

En la simulación molecular se pretende anticipar el comportamiento de estructuras moleculares

dentro de los métodos de simulación encontramos distintos métodos como Ab-initio, DPT,
mecánica molecular, dinámica molecular, docking molecular o semi empíricos estos permiten
analizar diferentes tipos de interacciones moleculares en diferentes procesos pueden ser desde
químicos, bioquímicos hasta físicos o biológicos ; existen distintos enforques como la dinámica
molecular o la teoría de funcionales usado en este escrito.

Teoría de funcional de la densidad

La base teórica para la DFT fue dada en 1964 por Hohenberg y Kohn, quienes mostraron que la
energía es un funcional de la densidad y que además la densidad del sistema minimiza este
funcional. El desarrollo más importante fue dado cuando Kohn y Sham demostraron que a partir
de la teoría del funcional de la densidad es posible escribir una ecuación para orbitales de una
partícula, de los cuales se obtiene la densidad.

DFT es un procedimiento variacional alternativo a la solución de la ecuación de Schrödinger, donde

el funcional de la energía electrónica es minimizado con respecto a la densidad electrónica. Es uno
de los métodos más utilizados en los cálculos cuánticos de la estructura electrónica de la materia,
tanto en la física de la materia condensada como en la química cuántica. La importancia de esta
teoría ha ido en incremento, ya que cada día se observa más su uso y es evidente en el número de
publicaciones que se han generado año con año utilizando esta teoría, debido a las facilidades que
brinda

Funciones de Fukui

A partir de la DFT han surgido distintos índices de reactividad uno de ellos es la función de Fukui
que nos permite comparar la reactividad de los sitios de roda una molécula respecto a su
capacidad de aceptar o ceder electrones la función es una medida de como varia la densidad
electrónica respecto al número de electrones en el sistema por lo que presenta discontinuidad
esto se soluciona por medio de diferencias finitas donde se obtienen 3 diferentes funciones
representadas como:

Potencial electrostático

Se define como la energía de interacción de una carga positiva localizada en un punto p con los
núcleos y electrones de la molécula. No tiene en cuenta el efecto de la carga sobre la distribución
electrónica (o de polarización).
4. Metodología

5.Resultados

6.Conclusiones

7.Agradecimientos

REFERENCIAS

Cuando tenemos una molécula y tiene su nube electrónica se genera un potencial eléctrico en la
molécula, donde lo que se busca medir dependerá de la posición y se selecciona un un punto
acercándosele una prueba de carga puntual (carga +) reaccionara el sistema pues se ve atraída a la
carga de prueba a lo negativo, se dice que se “encienden diferentes regiones ”se genera un
potencial electrostática en términos de la cara puntal o protón y la de los electrones, se dice como
está distribuida la carga en una mol en el espacio