Interacciones proteína proteína

Las interacciones entre proteínas son importantes en muchos procesos biológicos. Por ejemplo, las
interacciones proteína-proteína de las moléculas de señalización median el paso al interior de la
célula señales procedentes del exterior. Este proceso, llamado «Transducción de señales», juega
un papel fundamental en muchos procesos biológicos y enfermedades (p. ej. el cáncer). Las
proteínas pueden interactuar durante mucho tiempo para formar parte de un complejo
proteínico; o pueden transportar a otra proteína (por ejemplo, desde el citoplasma al núcleo o
viceversa en el caso de las importinas de los poros nucleares), o pueden interactuar brevemente
con otra proteína para modificarla (por ejemplo, una proteína kinasa puede fosforilar a una
proteína objetivo). Esta modificación de proteínas puede cambiar por sí misma la interacción
proteica. Por ejemplo, algunas proteínas con dominios SH2 solo se unen a proteínas cuando están
fosforiladas en el aminoácido tirosina. En definitiva, las interacciones proteína-proteína tienen una
importancia capital en prácticamente todos los procesos en una célula viva. La información acerca
de esas interacciones mejora nuestro conocimiento sobre las enfermedades y puede proporcionar
las bases para nuevos enfoques de los tratamientos terapéuticos.

Entender la forma en la que interactúan las proteínas y enzimas es un área muy importante a
investigar en la bioquímica y en la biología celular. Con base en esto nuevas áreas de investigación
especializada en el tema han surgido, el estudio del interactoma viene a responder las preguntas
que se plantean científicos tras estudiar genomas y proteomas. En otras palabras, el genoma nos
indica las posibles proteínas que puede sintetizar un organismo en particular, el proteoma
determina las proteínas que son expresadas en un momento concreto bajo condiciones
establecidas y el interactoma como interactúan las proteínas para otorgar funcionalidad y
sincronización de los múltiples procesos de la célula estudiada.

Métodos de investigación

Debido a que las interacciones proteícas son tan importantes, existe una multitud de métodos
para detectarlas.2 Cada uno de los enfoques tiene sus propios pros y contras, especialmente en
cuanto a la sensibilidad y especificidad del método. Una gran sensibilidad significa que muchas de
las interacciones que ocurren en realidad son detectadas por el método, mientras que una gran
especificidad indica que la mayoría de las interacciones detectadas ocurren realmente (pocos
falsos-positivos)

Coinmunoprecipitación: es considerado el mejor ensayo para detectar las interacciones proteína-

proteína, especialmente cuando se realiza con proteínas endógenas (ni sobreexpresadas ni
marcadas). La proteína de interés se aísla con un anticuerpo específico. Las moléculas que
interaccionan con la proteína se identifican posteriormente mediante un Western blot.

Ensayo de doble híbrido en levadura: investiga la interacción entre proteínas de fusión artificiales
en el interior del núcleo de una levadura. Este método puede identificar moléculas que se unen a
una proteína dada de forma inequívoca. No obstante, este método tiene una considerable tasa de
falsos-positivos, lo que hace necesario verificar las interacciones identificadas mediante un ensayo
de coinmunoprecipitación.

Tandem affinity purification (TAP): detecta interacciones en el ambiente celular real (ej. en el
citosol de una célula de mamífero) (Rigaut et al., 1999). Esto supone una gran ventaja comparado
con el ensayo de doble híbrido. Una desventaja importante es que la purificación de proteínas se
realiza mediante dos lavados, de forma que no puede detectar interacciones proteína-proteína
transitorias.

Inmunoprecipitación cuantitativa combinada con knok-out (QUICK - Quantitative

Inmunoprecipitation Combined with Knock-out): se basa en la coinmunoprecipitación, la
espectrometría de masa cuantitativa (SILAC) y la interferencia de ARN (RNA interference - RNAi).
Este método detecta interacción entre proteínas endógenas sin marcar (Selbach and Mann, 2006),
de modo que tiene la misma fiabilidad que la coinmunoprecipitación, aunque depende también de
la disponibilidad de anticuerpos adecuados.

Dual Polarisation Interferometry (DPI): puede usarse para medir interacciones proteína-proteína.
DPI proporciona medidas de tamaño molecular, densidad y masa, en tiempo real y con alta
resolución.

Geles Nativos Blue Native (BN-PAGE): esta metodología se basa en la migración de los complejos
proteicos en geles de poliacrilamida según su peso molecular. Dado que la migración también está
definida por la carga, se utiliza como buffer catódico una solución que contiene azul de coomassie,
el cual otorga carga negativa neta a las proteínas sin desnaturar ni romper sus interacciones con
otras proteínas. Una segunda dimensión desnaturante en geles SDS-PAGE permite separar las
manchas (spots) e identificar posteriormente la identidad de las subunidades componentes del
complejo mediante espectrometría de masas.