INSTITUTO POLITÉCNICO NACIONAL

Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Guanajuato

“La Técnica al Servicio de la Patria” 

INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA

 UA: Tecnologías de Recombinación Genética|   4BV1

Docente: Juan Francisco Sánchez López 

Tarea III departamental:

Metabolómica

Medina Maldonado María de la luz

Fecha de entrega: 16 de junio de 2021.

Según el coordinador de la plataforma de Metabolómica (CIBERDEM) Óscar
Yanes; la metabolómica es una ciencia ómica que, junto con la genómica y
proteómica, contribuyen a la medicina personalizada y su desarrollo.
Su principal objetivo es el estudio del metabolismo a gran escala, para lo cual es
necesario cuantificar e identificar el mayor número de metabolitos que son
pequeñas moléculas como la glucosa, colesterol, aminoácidos o vitaminas, los
cuales se producen al descomponer los alimentos, sustancias químicas o sus
propios tejidos.

Ilustración 1. Infografía de la metabolómica

El análisis del metaboloma que se puede encontrar en muestras orgánicas como
la sangre o la orina podría facilitarnos tanto e diagnóstico de enfermedades como
su pronóstico y así determinar que probabilidades hay de desarrollar ciertas
patologías en el largo plazo.
Los metabolitos resultan ser mejores marcadores para el diagnóstico de
enfermedades incluso mejor que los genes o las proteínas, esto debido a que los
niveles de metabolitos están más cerca del fenotipo; es decir las características
físicas de las personas que son influenciadas por factores ambientales como el
estrés, la dieta, actividad física, hábitos etc.; que nos indican mejor el estado
fisiológico o patológico comparándolo con los niveles de proteínas o la expresión
de un gen. (Yanes, O., 2018)

A pesar del gran interés de muchas ramas de la biología y la biotecnología por

esta ciencia ómica que aún es nueva, la metabolómica no ha evolucionado tan
rápido como la genómica y la proteómica. Esto se debe a varios aspectos del flujo
de trabajo metabolómico, los cuales vienen determinados por las características
físico-químicas de las pequeñas moléculas orgánicas. En esta gran diversidad de
estructuras químicas encontramos metabolitos endógenos que son producidos de
manera natural por un organismo y entre los cuales se incluyen aminoácidos,
ácidos orgánicos, ácidos nucleicos, ácidos grasos, azúcares, vitaminas,
cofactores, pigmentos, antibióticos, etc.; y por otro lado están los exógenos que
provienen de la interacción con el exterior tales como lo son fármacos,
contaminantes ambientales, aditivos alimentarios, toxinas y otros xenobióticos.

Ilustración 2. Descripción del flujo de trabajo en la metabolómica y su huella

La gran diversidad de moléculas refleja una amplia gama de polaridades, pesos

moleculares, grupos funcionales, estabilidad y reactividad química, entre otras
propiedades importantes. Esto nos lleva a tener que utilizar múltiples plataformas y
configuraciones analíticas que maximicen la cobertura del metaboloma analizado,
y desafortunadamente es algo que no ocurre en experimentos de genómica y
proteómica, esta es una de las razones por las cuales no ha evolucionado tan
rápidamente, como se dijo con anterioridad.
Las plataformas tecnológicas más utilizadas para identificar y cuantificar
metabolitos son: la resonancia magnética nuclear (RMN) y la espectrometría de
masas (MS), esta última casi siempre acoplada a técnicas cromatográficas como
la cromatografía líquida (LC-MS), la cromatografía de gases (GC-MS), o en menor
medida la electroforesis capilar (CE-MS). Esta es otra de las razones por las
cuales no ha evolucionado tan rápido la metabólica, pues debido a la gran
diversidad de plataformas analíticas utilizadas y la compleja naturaleza química de
los metabolitos, la identificación de la estructura de estos se ha convertido en uno
de los principales problemas para convertir los datos crudos de RMN y MS en
conocimiento bioquímico.
Pero estas no son las únicas plataformas que se utilizan para cuantificar
metabolitos, a continuación en la tabla 1 podemos ver un resumen comparativo de
las más utilizadas.
Tabla 1. Plataformas tecnológicas más utilizadas para identificar y cuantificar
metabolitos: ventajas y limitaciones
Plataforma Ventajas Limitaciones
GC-MS
Alta producción y
(Cromatografía de Solo se puede aplicar a
sensibilidad analítica.
Gases asociada a compuestos volátiles y
Fácil identificación de
Espectrometría de térmicamente estables
metabolitos.
Masas)
Ofrece muchas variantes Importantes
LC-MS
cromatográficas (RP- requerimientos
(Cromatografía Liquida
C18, HILIC, etc.). bioinformáticos para el
asociada a
Gran cobertura de procesado de datos.
Espectrometría de
metabolitos detectados. La identificación de
Masas)
Alta sensibilidad. metabolitos no es directa
CE- MS Solo aplicable a
(Electroforesis Capilar compuestos polares
Consume muy poca
asociada a cargados.
cantidad de muestra
Espectrometría de Limitada robustez y
Masas) reproducibilidad analítica.
Altamente cuantitativa y
RMN
reproducible.
(Resonancia Magnética Poca sensibilidad
Mínima preparación de la
Nuclear)
muestra.
Permite estudiar la
localización de
MALDI compuestos en tejidos
Poco cuantitativa y
(Matrix-Assited Laser biológicos con
reproducible
Desorption/Ionization) resolución de hasta
10μm.
Análisis muy rápidos.
Aunque la identificación de metabolitos y proteínas se basa en la misma técnica
de espectrometría de masas en tándem (o MS/MS), la diferencia principal está en
el hecho de que los espectros de fragmentación de los metabolitos permanecen
impredecibles en gran medida, a diferencia de los datos de MS/MS para péptidos
y proteínas. A pesar de los estudios hechos para predecir heurísticamente los
patrones de fragmentación in silico, en la práctica diaria las identificaciones de
metabolitos se llevan a cabo comparando la similitud de los valores espectrales
experimentales con los de un estándar puro, normalmente disponible en bases de
datos o adquirido por el propio laboratorio.
Las bases de datos o bibliotecas espectrales públicas son herramientas
indispensables para convertir los datos crudos en identidades de metabolitos, y
por ende en conocimiento bioquímico. Por desgracia, solo un 5-10% de los
metabolitos descritos en el metabolismo y anotados en bases de datos tienen
información espectral, lo que sin duda está dificultando el uso generalizado de la
metabolómica.
La metabólica podría complementar la información bioquímica que se obtiene de
los genes y las proteínas, facilitando la reconstrucción genómica actual del
metabolismo y ampliando nuestra comprensión de la biología celular y fisiología de
los diferentes sistemas biológicos.
Así que el desarrollo de bases de datos espectrales es esencial si queremos que
la metabolómica alcance el estado de madurez de las otras ciencias ómicas.
Una de las principales ventajas de la metabolómica es su capacidad para
determinar el riesgo de padecer ciertas enfermedades, lo que supone importantes
beneficios, tanto a nivel individual, como de ahorro de costes para el sistema de
salud. Pero no es la única ventaja o aplicación, también puede ayudar a la
posibilidad de diseñar dietas personalizadas basadas en el conocimiento de la
interacción de los alimentos con ciertos grupos de metabolitos, como los
triglicéridos y colesteroles. A esto se le suma el hecho de que no se puede
entender nada a nivel de intervención nutricional sin comprender el efecto del
microbioma, porque la mayor parte de la absorción de los nutrientes se produce en
el intestino, y esa absorción viene determinada por la actividad de los microbios
presentes en la flora intestinal.
Con las dietas personalizadas se pueden regular las alteraciones de la microbiota
y aquí es donde participa la metabolómica, pudiendo estudiar la actividad de dicha
microbiota ya que las bacterias que la componen producen una gran cantidad de
metabolitos; y con esto revelar como interaccionan el tipo de alimentación con el
microbioma y esto que efectos provoca en la salud del individuo.
Una tercera pero, no menos importante, aplicación de la metabólica es el uso de
los métodos de las ciencias ómicas que se emplean para evaluar los cambios de
las proteínas y los metabolitos en la enfermedad cardiovascular.
La enfermedad cardiovascular (ECV) es la primera causa de mortalidad y
morbilidad en los países industrializados. La predicción de los eventos
cardiovasculares se basa en el seguimiento de los factores de riesgo
convencionales, como edad, sexo, hábito tabáquico, diabetes mellitus e
hipertensión. Muchos de estos factores de riesgo tienen una prevalencia elevada
en la población, e incluso los mejores algoritmos para los eventos coronarios
agudos han fallado en la predicción de la mayoría de los casos de ECV en los
últimos años .Por lo que la implementación de esta ciencia dentro de la cardiología
sería un gran avance en beneficio de la población.

Bibliografía:
 Patti G.J., Yanes O. et al.: Innovation: Metabolomics: the apogee of the
omics trilogy. Nat Rev Mol Cell Biol 2012; 13 (4): 263-9.
 Margolles B.A., Bargiela, B. R., et al: Técnicas ómicas aplicadas al estudio
de la microbiota (1° ed.). Amazing Books, 2020; Capitulo 3-5. Consultado el
28 de mayo de 2021 en https://books.google.com.mx/books?
id=hZDnDwAAQBAJ&lpg=PP1&dq=libros%20sobre
%20metabolomica&pg=PT4#v=onepage&q&f=false
 Biomarcadores En Enfermedades Cardiovasculares (1.ª ed., p. Capítulo 15
consultado el 2 de junio de 2021 de https://books.google.com.mx/books?
id=18nSDwAAQBAJ&dq=libros+sobre+metabolomica&source=gbs_navlinks
_s). (2020). (1.ª ed.). España: Elsevier Health Sciences.
 Duque, Juan P. (2010). Biotecnología Colección Netbiblio Pocket Innova
(1.ª ed., p. 101, A_2_4 consultado de https://books.google.com.mx/books?
id=77eWLHLyMNcC&printsec=frontcover&hl=es&source=gbs_ge_summary
_r&cad=0#v=onepage&q&f=false). España: Netbiblo.
 Revista Española de Cardiologia, 2013. La proteómica y la metabolómica:
los mecanismos de la enfermedad cardiovascular y el descubrimiento de
biomarcadores. [online] (Vol. 66. Núm. 8.), pp.Páginas 657-661. Available
at: <https://www.revespcardiol.org/es-la-proteomica-metabolomica-
mecanismos-enfermedad-articulo-S0300893213001942> [Accessed 9 June
2021].