4o Curso de Biología Molecular…hacia la Biología Sintética

SECUENCIACION Actividad Lúdica

Registro: 2021-7LR Nombre del asesor: Paulina Ortiz Ramírez

Alumna: Sara Concepción Lopez Rivera

Actividad modificada de American Federation of Teachers, AFL-CIO. DNA Sequencing activity.

Disponible en línea en:
https://sharemylesson.com/teaching-resource/dna-sequencing-activity-149054

INSTRUCCIONES:

I. Elige una de las cadenas que se presentan a continuación:

a) 3´T C G G C A T T A A C C C C C G G G T G T C T A G T C 5´
b) 3´C C A G C C C T A A C C G G C G C A T C G G C A T T A 5´
c) 3´A T C A T G G C A G G C A T C G G C A T T A A C C G G 5´

II. Escribe el cebador (5 ’a 3’) que tenga una longitud de 5 nucleótidos para la cadena que
elegiste. Recuerda el cebador es una cadena complementaria a la cadena molde.
5´A G C C G T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G 3´
5´A G C C G
III. A continuación se muestran diferentes tubos de reacción que contienen ddNTP
marcados por radio fluorescencia de un tipo dado (A,G,C y T), que serán incorporados por
reacciones de polimerización (DNA polimerasa) de DNA a la cadena molde que elegiste,
estos ddNTP una vez en la cadena en crecimiento evitan la inserción de otro ddNTP.
Escribe todas las posibles cadenas complementarias a la cadena molde que elegiste Cuente
la cantidad de nucleótidos en cada fragmento que "sintetizaste" y escríbelo junto al
fragmento.
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Tubo de reacción "A" (contiene dideoxi-adenina)

3´T C G G C A T T A A C C C C C G G G T G T C T A G T C 5´
5´A G C C G T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G 3
/T A - 7 Nucleótidos (TA-1)
/T A A – 8 Nucleótidos (TA-2)
/T A A T T G G G G G C C C A – 19 Nucleótidos (TA-3)
/T A A T T G G G G G C C C A C A- 21 Nucleótidos (TA-4)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A – 23 Nucleótidos (TA-5)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A – 26 Nucletidos (TA-6)

Tubo de reacción "T" (contiene dideoxi-timina)

3´T C G G C A T T A A C C C C C G G G T G T C T A G T C 5´
5´A G C C G T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G 3´
/T – 6 Nucleótidos (TT-1)
/T A A T - 9 Nucleótidos (TT-2)
/T A A T T - 10 Nucleótidos (TT-3)
/T A A T T G G G G C C C A C A G A T – 24 Nucleótidos (TT-4)

Tubo de reacción "C" (contiene dideoxi-citosina)

3´T C G G C A T T A A C C C C C G G G T G T C T A G T C 5´
5´A G C C G T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G 3´
/T A A T T G G G G G C – 16 Nucleótidos (TC-1)
/T A A T T G G G G G C C – 17 Nucleótidos (TC-2)
/T A A T T G G G G G C C C – 18 Nucleótidos (TC-3)
/T A A T T G G G G G C C C A C – 20 Nucleótidos (TC-4)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C – 25 Nucleótidos (TC-5)

Tubo de reacción "G" (contiene dideoxi-guanina)

3´T C G G C A T T A A C C C C C G G G T G T C T A G T C 5´
5´A G C C G T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G 3´
/T A A T T G – 11 Nucleótidos (TG-1)
/T A A T T G G – 12 Nucleótidos (TG-2)
/T A A T T G G G – 13 Nucleótidos (TG-3)
/T A A T T G G G G - 14 Nucleótidos (TG-4)
/T A A T T G G G G G – 15 Nucleótidos (TG-5)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G – 22 Nucleótidos (TG-6)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G – 27 Nucleótidos (TG-7)
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IV. Los tamaños de fragmentos que has sintetizado son diferentes porque cada uno
corresponde a una diferente ubicación de nucleótidos en el ADN a secuenciar. Ahora
enumera los tamaños de los fragmentos en orden, los números deben ser secuenciales de 6
‐‐27 (el tamaño del ADN), recuerda que la posición 1 al 5 es el cebador.
Colocar de menor a mayores nucleótidos todos incluidos las
/T – 6 Nucleótidos (TT-1)
/T A –7 Nucleótidos (TA-1)
/T A A – 8 Nucleótidos (TA-2)
/T A A T – 9 Nucleótidos (TT-2)
/T A A T T – 10 Nucleótidos (TT-3)
/T A A T T G – 11 Nucleótidos (TG-1)
/T A A T T G G – 12 Nucleótidos (TG-2)
/T A A T T G G G – 13 Nucleótidos (TG-3)
/T A A T T G G G G – 14 Nucleótidos (TG-4)
/T A A T T G G G G G – 15 Nucleótidos (TG-5)
/T A A T T G G G G G C – 16 Nucleótidos (TC-1)
/T A A T T G G G G G C C – 17 Nucleótidos (TC-2)
/T A A T T G G G G G C C C – 18 Nucleótidos (TC-3)
/T A A T T G G G G G C C C A – 19 Nucleótidos (TA-3)
/T A A T T G G G G G C C C A C – 20 Nucleótidos (TC-4)
/T A A T T G G G G G C C C A C A– 21 Nucleótidos (TA-4)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G – 22 Nucleótidos (TG-6)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A – 23 Nucleótidos (TA-5)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T – 24 Nucleótidos (TT-4)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C – 25 Nucleótidos (TC-5)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A – 26 Nucletidos (TA-6)
/T A A T T G G G G G C C C A C A G A T C A G – 27 Nucleótidos (TG-7)

V. La siguiente tabla representa el gel de poliacrilamida utilizado en la electroforesis. Tu

tarea es ahora dibujar con colores los fragmentos según su tamaño en los 4 carriles,
correspondientes a los 4 tubos de reacción. El carril PM representa el marcador de peso
molecular, a un costado escribe la secuencia de nucleótidos secuenciada.
 4o Curso de Biología Molecular…hacia la Biología Sintética

PM A C T G
Secuenc
ia
30

TG-7
TA-6
25 TC-5
TT-4
TA-5
TG-6
TA-4
20 TC-4
TA-3
TC-3
TC-2
TC-1
15 TG-5
TG-4
TG-3
TG-2
TG-1
10 TT-3
TT-2
TA-2
TA-1
TT-1
5

1
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VI. Entrega tu "gel" a un compañero que leerá la secuencia de nucleótidos de

la parte inferior hacia arriba. La secuencia que se lea y que escriba será la secuencia de
ADN elegida por ti y que ha sido secuenciada. Anota la secuencia del ADN del gel de tu
compañero:
TAATTGGGGGCCCACAGATCAG 5
´A G C C G

VII. Consulta con tu compañero y asegurate de que la secuencia deducida por ti a partir del
gel es la correcta. SI no es así, ¿qué fue lo que falló?

Si, es correcta.

Literatura consultada
1. American Federation of Teachers, AFL-CIO. Aryal S. 2018. DNA Sequencing- Maxam. Gilbert and
Sanger Dideoxy method. Disponible en línea en . https://microbenotes.com/dna-sequencing-maxam-
gilbert-and-sanger-dideoxy-method

2. DNA Sequencing activity. Disponible en línea en:

3. https://sharemylesson.com/teaching-resource/dna-sequencing-activity-149054

4. Sequencing DNA using dye terminators. The University of Queenslan Australia. Disponible en línea en:
https://di.uq.edu.au/community-and-alumni/sparq-ed/sparq-ed-services/sequencing-dna-using- dye-terminators

5. TheScientist. Exploring life, inspiring innovation. Disponible enlíne en: https://www.the-

scientist.com/biobusiness/dna-sequencing-industry-sets-its-sights-on-the-future-49558