TAXONOMÍA, NOMENCLATURA Y EL

MANUAL DE BERGEY
Objetivo
1. Establecer la importancia de la clasificación de los
microorganismos. .
2. Definir Taxonomía y Filogenia.
3. Señalar el objetivo de Taxonomía.
4. Enumerar los diferentes enfoques de la Taxonomía
bacteriana, señalando su fundamento y aplicaciones.
5. Citar y ordenar jerárquicamente los rangos
taxonómicos.
6. Definir Nomenclatura y señalar su objetivo.
7. Establecer la diferencia entre Taxonomía y
Nomenclatura.
TAXONOMÍA

Taxonomía: ciencia de la clasificación biológica

1. Clasificación: ordenación en diferentes grupos o

taxones en base a semejanzas o parentescos
evolutivos
2. Identificación: ubica a un microorganismo dentro de un
taxon establecido
3. Nomenclatura: asigna un nombre científico en base a
reglas establecidas reconocidas internacionalmente
Taxonomía bacteriana, base: análisis fenotípicos
1. Criterios de clasificación (esquemas de
clasificación)

Sistema Características
Taxonomía polifásica Fenotípicas, filogenéticas, genotípicas

Fenético Similaridad mutua de las

características fenotípicas
Filogenético Comparación en base de relaciones
evolutivas
Genotípico Compara similaridades genéticas
Taxonomía numérica Agrupamiento por métodos numéricos
de unidades taxonómicas en taxa
Taxonomía numérica

• La información sobre las propiedades de un

microorganismo se convierte a una forma adecuada para
el análisis numérico y se compara mediante una
computadora
• Estos valores se arreglan en una matriz de similaridad
Las bacterias se han
reorganizado para
establecer grupos de
cepas similares

Grado de semejanza
• En la matriz cada valor es un coeficiente de similaridad

• Organismos con gran similaridad se agrupan juntos y se

separan de los diferentes.

• Los resultados de este análisis se resumen en un

diagrama llamado dendrograma
• El esquema de clasificación se usa para arreglar los
organismos en grupos.Los grupos se llaman taxa
(taxones)

- La nomenclatura asigna nombres a los grupos taxonómicos.

-La identificación determina si un aislado pertenece a un taxa reconocido

Taxonomía filogenética
• Base: relaciones evolutivas
• Se emplean cronómetros evolutivos
• RNA ribosomal 16S
• O genes housekeeping, proteínas del shock térmico, ATPasa,
Citocromos, recA, sodA, rpoB, cpn60
• Se aprecia el parecido evolutivo en función de las secuencias de los
nucleótidos
• El número de diferencias encontradas es proporcional al número de
cambios en las mutaciones fijas que están presentes en la secuencia
del gen que codifica estos marcadores
• El empleo de estos cronómetros permitió clasificar a los
organismos en el árbol de la vida
• Reinos:
• Bacteria, Achae, Eucaria
• Análisis comparativos de las secuencias de 16SRNA de
miles de microorganismos han demostrado la presencia
de secuencias señal de oligonucleótidos.

• Estas son cortas, conservadas, específicas para grupos

de microorganismos.

• Se han encontrado en Bacteria y raramente o nunca en

Archae.
Taxonomía polifásica
• Estudio de ácidos grasos (FAME) mediante cromatografía
de gases u otra técnica
• 2 bacterias de la misma especie presentan el mismo %
de ácidos grasos.
• Contenido de guanina y citosina del cromosoma
bacteriano
• % de G y C en el DNA genómico
• Bacteria y Archae 20-80%
• 2 bacterias con igual contenido de G+C pueden ser
distintas
• Composición en ácido nucleicos:
• Determinación de la composición en DNA
• DNA contiene: A,T, G, C
• en la doble cadena de DNA
• A se aparea con T
• G con C

• Así:
• Mol% G +C = G + C/G+C+A+T x 100
• Staphylococcus tiene un contenido de G + C de 30 a 48%
• Micrococcus 64-75%

• Micrococcus tienen más características en común

2. Identificación
• Permite ubicar un determinado organismo en un grupo
taxonómico preestablecido.
En la práctica, se puede
• Probar si lo descubierto es un nuevo microorganismo o
no.

• Para la identificación se selecciona el menor número de

caracteres fenotípicos
Identificación
• La primera etapa para
la identificación de un
microorganismo es el
aislamiento de la
colonia pura a partir de
un cultivo primario
• La purificación se logra
haciendo subcultivos.

• Esta técnica permite la

expresión fenotípica y
el crecimiento del
inóculo.
• Se toma una colonia
aislada y se somete a
ensayos de
identificación
 CATEGORÍA CARACTERÍSTICAS
Cultivo Morfología de la colonia (forma, color, tamaño, pigmento)
Morfología Morfología celular, tamaño celular, tipo de flagelo, material de
reserva, tinciones
Fisiología Tolerancia al oxígeno, rango de pH, temperatura óptima, tolerancia
a la salinidad
Bioquímica Utilización del carbono, fermentación u oxidación de carbohidratos
Inhibición Tolerancia a las sales biliares, susceptibilidad a antibióticos
Serológica Aglutinación
Quimiotaxonomía Perfil de ácidos grasos, toxinas, composición celular
Genotípicas Contenido en G + C. Perfil obtenido a partir de una digestión con
enzimas de restricción, sondas de ADN
Filogenéticos Hibridación ADN-ADN, secuencias 16S y 23S del ARNr

Esta matriz indica los distintos ensayos a los que se somete una cepa bacteriana
para su identificación
Características ecológicas
• La capacidad de un microorganismo para colonizar un
ambiente específico.

Algunos microorganismos son similares en muchos

aspectos pero habitan nichos ecológicos diferentes
sugiriendo que no pueden estar relacionados
estrechamente.
Cómo se determinan las características
ecológicas ?
Las características ecológicas se determinan con base en:
• Patrones de ciclos de vida
• Relaciones de simbiosis
• Capacidad para causar enfermedad en un hospedero
particular
• Preferencia de hábitat: temperatura, pH, oxígeno, presión
osmótica
• Muchos requerimientos (se consideran características
fisiológicas.)
Rangos taxonómicos

• Niveles de clasificación, que siguen un orden jerárquico

• Los microorganismos en cada nivel comparten

características específicas
Arquea y Bacteria • DOMINIO

Una especie de procariote • DIVISIÓN (Filo)

Consiste en una colección
• CLASE
de cepas.
• ORDEN
Todos los microorganismos
• FAMILA
de una especie comparten
la misma • GÉNERO
Información genética
• ESPECIE

• SUBESPECIES,
BIOTIPO,FAGOTIPO
• Unidad taxonómica básica: especie
• Especie: colección de cepas similares
.

• Clon: células genéticamente idénticas

Derivadas de una sola célula.
Tipificación
• Permite clasificar la cepa
• Se usan métodos fenotípicos y métodos moleculares
1. Análisis de proteínas
2. Análisis de ADN

Ej: Lactococcus lactis subespecie lactis

Listeria monocytogenes serotipo 4 b
• Categorías de clasificación a nivel de subespecie

Variedades o tipo
• Serovariedad o serotipo (antígenos distintos)
Salmonella serotipo O, Salmonella serotipo H
• Fagovariedad (tipificación por fagos)
• Biotipo (Diferencias bioquímicas y fisiológicas)
Vibrio cholerae biotipo El Tor
• Patovariedad (patogenicidad)
Escherichi coli enteropatogénica EPEC
• Morfovariedad (Diferencias morfológicas)
Candida albicans forma unicelular
Candida albicans forma filamentosa
Ejemplo de una clasificación científica
• (Reino)Dominio:Bacteria
• (División) Filo: Proteobacteria
• Clase:Proteobacteria alfa
• Orden:Rickettsiales
• Familia:Rickettsiaceae
• Género:Rickettsia
• Especie:Rickettsia prowasekii
• da Rocha-Lima, 1916
3. Nomenclatura
• Sistema binomial
• Nombres de género y especie
• Derivados griegos o latinos
• Propiedad descriptiva (apariencia, procedencia,
característica, investigador)
• Se imprimen en letra cursiva
• Nombre del género con Mayúscula
• Nombre de la especie con minúscula (Se
mantiene estable)
• Streptococcus faecalis x Enterococcus faecalis
• Hay nombres informales:
No se escriben siguiendo las reglas de la notación
científica
• Bacterias púrpura
• Espiroquetas
• Bacterias metano-oxidantes
• Bacterias sulfato reductoras
• Bacterias ácido lácticas BAL
• Estafilococos
• Estreptococos
• Coliformes
• Bacilo tuberculoso
• Reglas de nomenclatura bacteriana
• The International Code of nomenclature of
Bacteria
• Normas para designar organismos aislados por
primera vez.
• Rige para Bacteria y Archae
Un nuevo procariote se reconoce después de su
publicación en el
International Journal of systematic and
Evolutionary Microbiology
Colecciones de cultivos TIPO
• Colecciones de microorganismos a disposición de la
comunidad científica
• Recogen, mantienen, suministran microorganismos
• Depósito obligatorio de una cepa microbiana en 2
Descripción de la nueva especie
Patente del proceso industrial en el que intervienen
microorganismos
Colecciones:
• American Type Culture Colection ATCC,
• Colección Española de Cultivos Tipo CECT
• DSM
• Publicación oficial de registro para taxonomía y clasificación
• IJSB
Colecciones de cultivos TIPO
Cepa tipo
• Primera descripción y caracterización taxonómica de una
nueva especie
• Importancia para la clasificación
Cepa neotipo
• Sustituye a la cepa tipo
• Idéntica a la cepa tipo
Cepa de referencia
• Motivos comparativos hasta designación de cepa tipo o
neotipo por Comités de Taxonomía
Colección española de cultivos tipo
Preparación de líófilos (liofilizados) de microorganismos
¿Qué no es una cepa tipo?

La cepa tipo no es el representante modelo de una especie, como algunos mal

interpretan.

¿Qué es una cepa tipo?

Una cepa tipo es el aislamiento original de una bacteria o arquea

depositado en una colección de cultivo oficial, obtenido en cultivo puro.

Importancia de la cepa tipo

La cepa tipo juega un papel esencial en la definición

filogenética y taxonómica de bacterias y arqueas, y
permite asignar relaciones evolutivas e identificar nuevas especies.

Para definir una nueva especie microbiana es obligatorio

su depósito en una colección de cultivo oficial, que permita verificar los resultados
y ampliar su estudio conforme la tecnología avanza, empleando el mismo material
biológico original.
En España la Colección Española de Cultivo Tipo (CECT) se encuentra en la
Universidad de Valencia.
 Manual de Bergey ( Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology,

• En este Manual, desde 1923 se describen ampliamente

las características taxonómicas,ecológicas, fisiológicas y
los hábitats de los grupos individuales de procariotes, así
como una clasificación natural que refleja su historia
evolutiva.
La novena edición del Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology

Contiene mucha información derivada de los cuatro

volúmenes del Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology,

Trata específicamente de un aspecto de taxonomía

bacteriana: la identificación de las bacterias.

Además, ha sido actualizado con los diversos cambios de nomenclatura y nuevos taxones que han
sido descritos desde que los volúmenes del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology fueron
publicados
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology
Second Edition
Release 1.0, Abril 2001
• Dominio Eubacteria Filum Aquificae (5
géneros)
Filum Thermotogae (5 géneros)
Filum Thermodesulfobacteria (1 género)
Filum "Deinococcus-Thermus" (3 géneros).
Filum Chrysiogenetes (1 género)
Filum Chloroflexi (5 géneros)
Filum Thermomicrobia (1 género)
Filum Nitrospira (4 géneros)
Filum Deferribacteres (5 géneros)
Filum Cyanobacteria (57 géneros)
Filum Chlorobi (5 géneros)
Filum Proteobacteria (441 géneros) Clase
Alphaproteobacteria
Clase Betaproteobacteria
Clase Gammaproteobacteria
Clase Deltaproteobacteria
Clase Epsilonproteobacteria
• Filum Firmicutes (184 géneros) Clase
Clostridia
Clase Mollicutes
Clase Bacilli
• Filum Actinobacteria (139 géneros)
Filum Planctomycetes (4 géneros)
Filum Chlamydiae (5 géneros)
Filum Spirochaetes (13 géneros)
Filum Fibrobacteres (1 género)
Filum Acidobacteria (3 géneros)
Filum Bacteroidetes (53 géneros)
• Clase Bacteroidetes
Clase Flavobacteria
Clase Sphingobacteria Filum
• Fusobacteria (7 géneros)
Filum Verrucomicrobia (3 géneros)
Filum Dictyoglomus (1 género