Las líneas de investigación de la Uptaeb se basan en

 Tecnologías y Gestión de Información y Comunicación;

 Gestión Organizacional como parte del nuevo modelo social para el
Desarrollo Territorial;
 Calidad, Ambiente y Seguridad en la Producción de Bienes y
Servicios; Calidad, Ambiente y Seguridad en la Producción
Alimentaria y Agroindustrial;
 Planificación Turística, Deporte y Recreación para el Desarrollo
Territorial y la Gestión del conocimiento en el proceso educativo para
el Desarrollo Territorial.