BASES BIOLÓGICAS

Las bases de datos biológicas se han convertido en un instrumento importante para

ayudar a los científicos a comprender y explicar una serie de fenómenos biológicos
desde la estructura biomolecular y su interacción, hasta el metabolismo completo de los
organismos y a la comprensión de la evolución de las especies. Este conocimiento
ayuda a facilitar la lucha contra las enfermedades, ayuda en el desarrollo de
medicamentos, y en el descubrimiento de las relaciones básicas entre las especies en la
historia de la vida.

El conocimiento biológico se distribuye entre múltiples bases de datos generales y

especializadas. Esto a veces hace que sea difícil garantizar la coherencia de la
información. Las bases de datos biológicas tienen referencias cruzadas con otras bases
de datos con el número de acceso como una forma de vincular sus conocimientos
relacionados con el conjunto.

Un recurso importante para la búsqueda de bases de datos biológicos es un tema anual

de la revista Nucleic Acids Research (NAR). Un artículo acerca de las bases de datos en
NAR está disponible gratuitamente y se clasifican muchas de las bases de datos en línea
a disposición del público relacionadas con la biología y bioinformática.

Bases de datos de secuencias

Uno de los tipos de bases de datos más usuales en bioinformática, son las bases de
datos de secuencias. Estas son una gran colección de secuencias de ADN, proteínas y
otras, que son almacenadas en computadoras. Una base de datos puede incluir
secuencias de un sólo organismo, como la base da datos que contiene todas las proteínas
de la Saccharomyces cerevisiae, o puede incluir secuencias de todos los organismo cuyo
ADN ha sido secuenciado.

Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia,

estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias que contienen datos
e hipótesis derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones,
relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en
enfermedades, etc.

Problemas por los formatos de entrada

Un problema fundamental en todas las grandes bases de datos genómicas es que los
registros provienen de una gran variedad de fuentes, desde investigadores individuales
hasta grandes centros de secuenciamiento. Como resultado, las secuencias mismas y
principalmente las anotaciones biológicas adjuntas a estas secuencias, varían
notablemente en calidad. También hay mucha redundancia ya que muchos laboratorios
ingresan a menudo secuencias que son idénticas o muy similares a otras en la base de
datos.

Muchas anotaciones no están basadas en experimentos de laboratorio sino en resultados

de búsquedas de secuencias similares de secuencias previamente anotadas. Por
supuesto, una vez que una secuencia es anotada basándose en su similitud con otra,
puede servir como base para futuras anotaciones. Esto conduce al problema de las
anotaciones transitivas, porque puede haber varias de esas secuencias transferidas por
similitud de secuencia entre una base de datos de registro real y la información
experimental de laboratorio. Por lo tanto, siempre hay observar el sentido biológico de
las anotaciones en las principales bases de datos de secuencias con un considerable
grado de escepticismo, a menos que pueda ser verificada por referencias a artículos
publicados con la descripción de la alta calidad de los datos experimentales, o al menos
por referencia a una secuencia de la base de datos arreglada por un humano.

Principales bases de datos

De nucleótidos

La colaboración de las tres bases de datos más importantes hace posible acceder a casi
toda la información de secuencias de ADN desde cualquiera de sus tres sedes:

 EMBL-BANK en el Instituto europeo de Bioinformática (EBI)

o Enlace externo: EMBL-BANK
 DNA Data Bank of Japan (DDBJ) en el Centro de Información Biológica
(CIB)
o Enlace externo: DDBJ
 GenBank en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI)
o Enlace externo: GenBank Entrez Nucleotide

Si bien son mantenidas por distintos organismos en distintos países, existe una
coordinación entre las distintas bases. Una secuencia enviada a cualquiera de las bases
se verá reflejada en las otras dos en aproximadamente una semana, ya que esa es la
frecuencia de actualización entre las distintas bases genéticas. Por este motivo es
indistinto que base se use para enviar nuevas secuencias, aunque normalmente los
europeos utilizan EMBL-BANK y los americanos GenBank.

De proteínas

Bases de datos de secuencias de aminoácidos.

 Swiss-Prot contiene secuencias anotadas o comentadas, es decir, cada secuencia

ha sido revisada, documentada y enlazada a otras bases de datos.
o Enlace externo: Swissprot en el EBI, Swissprot en Expasy
 TrEMBL por Translation of EMBL Nucleotide Sequence Database incluye la
traducción de todas las secuencias codificantes derivadas del (EMBL-BANK) y
que todavía no han podido ser anotadas en Swiss-Prot.
o Enlace externo: TrEMBL
 PIR por Protein Information Resource está dividida en cuatro sub-bases que
tienen un nivel de anotación decreciente.
o Enlace externo: PIR
 ENZYME enlaza la clasificación de actividades enzimáticas completa a las
secuencias de Swiss-Prot.
o Enlace externo: ENZYME
 PROSITE contiene información sobre la estructura secundaria de proteínas,
familias, dominios, etc.
o Enlace externo: PROSITE
  InterPro integra la información de diversas bases de datos de estructura
secundaria como PROSITE, proporcionando enlaces a otras bases de datos e
información más extensa.
o Enlace externo: INTERPRO
 Protein Data Bank (PDB) es la base de datos de estructura terciaria 3-D de
proteínas que han sido cristalizadas.
o Enlace externo: PDB

De genomas

 Ensembl integra genomas eucariotas grandes, por el momemto contiene genoma

humano, ratón, rata, fugu, zebrafish, mosquito, Drosophila, C. elegans, y C.
briggsae.
o Enlace externo: Ensembl
 Genomes server y TIGR son portales con información o enlaces de todos los
genomas secuenciados por el momento, desde virus a humanos.
o Enlace externo: Genome Server
o Enlace externo: TIGR
 Wormbase es el portal del genoma de gusano C. elegans.
o Enlace externo: Wormbase
 Flybase es el portal de la mosca del vinagre Drosophila melanogaster.
o Enlace externo: Flybase

Otras

 Taxonomy es el portal de clasificación taxonómica de organismos

o Enlace externo: Taxonomy Browser
 Pubmed da acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional
de Medicina (NLM), con enlaces a artículos completos
o Enlace externo: PubMed
 OMIM por Online Mendelian Inheritance in Man es un catálogo de genes
humanos relacionados con informaciones genéticas.
o Enlace externo: OMIM
 Xenobase es el portal del organismo modelo Xenopus laevis
o Enlace externo: Xenbase
 TAIR (The Arabidopsis Information Resource) es el portal de la planta
modelo Arabidopsis thaliana
o Enlace externo: Arabidopsis
 GYPSY, base de datos de elementos genéticos móviles.
o Enlace externo: The GYPSY Database of Mobile Genetic Elements
 SALES MINERALES

Las sales minerales son moléculas inorgánicas de fácil ionización en presencia de agua
y que en los seres vivos aparecen tanto precipitadas, como disueltas, como cristales o
unidas a otras biomolecular.

Las sales minerales disueltas en agua siempre están ionizadas. Estas sales tienen función
estructural y funciones de regulación del pH, de la presión osmótica y de reacciones
bioquímicas, en las que intervienen iones específicos. Participan en reacciones químicas
a niveles electrolíticos.

Sales minerales en los seres vivos

Los procesos vitales requieren la presencia de ciertas sales bajo la forma de iones como
los cloruros, los carbonatos y los sulfatos.

 Las sales minerales se pueden encontrar en los seres vivos de tres formas:

Precipitadas

Constituyen

 Silicatos: caparazones de algunos organismos (diatomeas), espículas de algunas

esponjas y estructura de sostén en algunos vegetales (gramíneas).
 Carbonato cálcico: caparazones de algunos protozoos marinos, esqueletos
externos de corales, moluscos y artrópodos, así como estructuras duras.
 Fosfato de calcio: esqueleto de vertebrados.

En forma precipitada, las sales minerales, forman estructuras duras, que proporcionan
estructura o protección al ser que las posee. También actúan con función reguladora.
Ejemplo: Otolitos

Ionizadas

Las sales disueltas en agua manifiestan cargas positivas o negativas. Los cationes más
abundantes en la composición de los seres vivos son Na+, K+, Ca2+, Mg2+, NH4+. Los
aniones más representativos en la composición de los seres vivos son Cl−, PO43−, CO32−,
HCO3−. Las sales disueltas en agua pueden realizar funciones tales como:

 Mantener el grado de salinidad.

 Amortiguar cambios de pH, mediante el efecto tampón.
 Controlar la contracción muscular.
 Producir gradientes electroquímicos.
 Estabilizar dispersiones coloidales.
 Intervienen en el equilibrio osmótico.

Asociadas a moléculas orgánicas

Dentro de este grupo se encuentran las fosfoproteínas, los fosfolípidos y fosfoglicéridos

Los iones de las sales pueden asociarse a moléculas, realizando funciones que tanto el
ion como la molécula no realizarían por separado.

De tal manera que las sales minerales están asociadas a las móléculas orgánicas y
suborganicas.

Función de las sales minerales

Al igual de las vitaminas, no aportan energía sino que cumplen otras funciones:

 Forman parte de la estructura ósea y dental (calcio, fósforo, magnesio y flúor).

 Regulan el balance del agua dentro y fuera de las células (electrolitos). También
conocido como proceso de Ósmosis.
 Intervienen en la excitabilidad nerviosa y en la actividad muscular (calcio,
magnesio).
 Permiten la entrada de sustancias a las células (la glucosa necesita del sodio para
poder ser aprovechada como fuente de energía a nivel celular).
 Colaboran en procesos metabólicos (el cromo es necesario para el
funcionamiento de la insulina, el selenio participa como un antioxidante).
 Intervienen en el buen funcionamiento del sistema inmunológico (zinc, selenio,
cobre).
 Además, forman parte de moléculas de gran tamaño como la hemoglobina de la
sangre y la clorofila en los vegetales.

Fuentes alimentarias de minerales

 Calcio: Leche y derivados, frutos secos , legumbres y otros.

 Fósforo : Carnes, pescados , leche , legumbres y otros.
 Hierro: Carnes, hígado, legumbres, frutos secos, entre otros.
 Flúor: Pescado de mar, agua potable .
 Yodo: Pescado, sal yodada .
 Zinc: Carne, pescado, huevos, cereales integrales, legumbres.
 Magnesio: Carne, verduras, hortalizas, legumbres, frutas, leche.