características generales

Unidad básica de toda proteína

Estructuran moléculas de mayor peso molecular
Son precursores para que se formen otro tipo de moléculas
Funcionan como neuro transmisores, compuestos químicos que permiten la comunicación a nivel de nuestro organismo
Moléculas de transporte
aminoácidos estructura básica
- tiene un carbono con hibridación sp3 Cuando se habla de carbono quiral se habla de
- a la derecha un grupo acido carboxílico un carbono con hibridación sp3 unido a 4
átomos/grupos distintos
-al lado izquierdo un grupo amino
Centro esterogenico
- arriba o abajo se puede dibujar un hidrogeno y al lado contrario un grupo R
Carbono quiral

Centro de simetría

La razón de que R ≠ H es que deja de ser quiral si tiene 2 hidrógenos

Aminoácidos esenciales
Casi todos tienen un centro quiral, excepto la glicina, que es el único aminoácido donde su carbono central o carbono alfa, es el único
que no es ópticamente activo
*cisteina
Tengo que fijarme en R, porque en función al grupo R, los aminoácidos se van a clasificar en
- Alifáticos, que se caracterizan por que en el grupo R es carbono-hidrogeno, no tiene mas funcionalidades
 - Con contenido de azufre, destaca la cisteína, tiene el grupo tiol o mercaptano, es importante por que forma puentes
disulfuro que es importante para la estructuración de proteínas
¿tiene propiedades acido-base adicional?

Pregunta de prueba
La particularidad de la isoleucina es que tiene 2 carbonos quirales
El cuadrado que tiene el carbono significa que hay un carbono quiral adicional

Cuantos carbonos se pueden generar de esa molécula

R= se pueden generar 4 isómeros de esta molécula
Continuación de clasificación de aminoácidos

Su importancia es que la presencia de grupos aromáticos nos permite cuantificar proteínas, por que estos son sensibles a la luz y
generan una respuesta principalmente radiación UV
La presencia de estos anillos aromáticos hace que la luz, que tiene determinadas características (como longitudes de onda),
colocamos una muestra y la irradiamos con longitud de onda (energía), si hay una interacción entre la muestra y la longitud de onda,
la podemos observar y por lo tanto podemos cuantificarla y es proporcional a la concentración de la especie

Lo que se hace en el laboratorio hacemos una curva de calibración y medimos absorbancia en relación a la concentración de la
especie y queda un grafico

*la longitud de onda es determinada para cada grupo funcional*

Espectrofotometría, sustancia que muestra un color en la zona visible de la luz
“Aminoácidos aromáticos se caracterizan por que tienen el grupo benceno en su estructura”
Triptófano*
Aminoácido cíclico

Treonina
Tiene un carbono quiral adicional
Aminoácidos neutros
¿Qué grupo funcional en el grupo R tienen los ácidos neutros?

R=CONH2, que es el grupo amida, que es un derivado de acido carboxílico, no tiene propiedades acido-base y es importante
porque las proteínas se unen a través de esta funcionalidad

Aminoácidos tipo acido y tipo base

Los aminoácidos ácidos se caracterizan porque el grupo R tiene propiedades acidas
COO-, que tiene la funcionalidad acido carboxílico, es un acido débil pero contribuye al pH
Aminoácidos básicos, lo que se protona es un nitrógeno
Los aminoácidos al menos van a tener un grupo acido y un grupo amida, porque hay grupos donde el grupo R también tiene
propiedades acido-base
Por cada uno de estos grupos que pueden ser acido o base puedo tener un valor asociado de pKa (antilog de la constante de acidez)

pKa1, que corresponde al acido carboxílico

pKa2, perteneciente al grupo amino
Si el grupo R es sensible al pH, puedo tener un pKa3
En algunas condiciones se va a comportar como acido y en otras condiciones se va a comportar como base
Puede existir una especie llamada switerion, que es cuando un acido esta cargado pero la carga neta es 0, pero la molécula esta
cargada

OJO con las cargas

El grupo amino se puede representar de varias formas dependiendo de como reacciona

puede pasar de NH2 + H+ a NH3 o viceversa

Se usa en cálculo de punto isoeléctrico, que es como en función del pH los aminoácidos cambian de carga

no existe nada mas que esto

➢ Equilibrios en función del pH

Si cambia la carga de un aminoácido, significa que, en un péptido, una estructura que está unida por más aminoácidos, el pH de esa
sustancia también va a cambiar
➢ Ejemplo de cómo afecta el pH a una proteína, es coagular la leche, calentar leche y echarle acido (ej: limón), si cambiamos el
pH se generan dispersiones que causan que el sólido que esta disperso se atraen y queda desastre
➢ Modifican el pH, para modificar la estructura, para crear queso
de aminoácidos simples
Los aminoácidos son sensibles al pH, es decir, dependiendo del pH en el que se encuentren los aminoácidos pueden tener una carga
distinta
Aminoácidos van a tener como mínimo dos grupos sensibles al pH que son antagonistas uno es la parte acida (asociada a acido
carboxílico) y otro es la parte básica (asociada a la parte de amina)
Determinamos el pH en procesos de valoración
➢ Determinar el contenido de ácido acético de una muestra, para esto ocupo una bureta con la muestra y le aplico lo contrario a
lo que quiero cuantificar
➢ Si quiero cuantificar un ácido, aplico una base y neutralizar la concentración de lo que quiero cuantificar
➢ Cambios en los puntos de equivalencia
Especies que se usan en punto isoeléctrico

Nos vamos a mover de un pH extremadamente acido a un pH básico

Aquí partimos de un aminoácido neutral

Tomamos el aminoacido y cargamos el grupo amino

Escribimos un valor de equilibrio químico por cada valor de pKa, todo aminoácido tiene mínimo 2 equilibrios
Estrategia
pH extremadamente bajo con alta concentración de protones se carga en la amina
Aminoácidos en un medio extremadamente bajo, el ácido carboxílico pierde el protón
Como se mueven los aminoácidos en un campo eléctrico con un gel

➢ tiene carga neta -1, si yo tengo eso y aplico un campo eléctrico ese aminoácido se mueve hacia el lado
contrario, si tenia carga negativa se va a mover hacia el ánodo, porque tiene carga neta positiva
➢ pH intermedio, con carga neta 0, que es el punto isoeléctrico
➢ cuando el pH es bajo, carga positiva esta carga se va a mover hacia la parte con carga negativa

Ejercicio tipo prueba

Dibujo la estructura del aminoacido

Identificar los grupos que son sensibles al pH

como son 2 grupos sensibles al pH, tengo dos valores de pKa

Columna pI de la tabla es el valor del punto isoeléctrico

Según la tabla el valor de pKa del grupo acido carboxílico es 2,36 y el pKa del grupo amino es 9,64 y el grupo R no es sensible al pH
(no tiene valor en la tabla)
a. pI: punto isoeléctrico, que es una molécula cargada, pero que la carga neta es 0
b. A pH alto, lo hacemos planteando equilibrios, el grupo que se ve afectado es el grupo amino, lo que le pasa es que se
protona y queda con carga positiva
c. Planteamos los equilibrios químicos, partimos del más bajo al más alto
➢ En este caso el pKa mas bajo esta asociado al acido carboxílico

➢ Ahora seguimos con el pKa mas alto que es el del grupo amino

Coloco la carga neta de las moléculas

Cuando tengo 2 valores de pKa puedo hacer

 Esto significa que cuando tengo pH 6 la especie mayoritaria es

¿Cuál es la especie predominante a pH 1,5?

Cuando me preguntan por pH me guio por el valor de pKa, que se va a transformar en valor de pH, por lo tanto en este caso
la especie predominante a pH 1,5 es

Calcular el punto isoeléctrico del acido aspártico

- Anotar los valores de pKa
Acido carboxílico: 2,09
Grupo amino: 9,82
Grupo R: 3,86

- Ordenar los valores de pKa de menor a mayor

2,09 < 7,86 < 9,82

- Vemos la estructura del grupo R CH2COOH

- Asigno los grupos pKa a los grupos sensible al pH

Escribimos los equilibrios químicos, como son 3 valores de pKa, planteamos 3 equilibrios y usamos los valores de pKa
de menor a mayor (2,09 < 7,86 < 9,82)
- Planteo todos los equilibrios existentes, ubico la especie de carga neta 0, al identificarlo tomo los valores que estén a la
izquierda y a la derecha
Estructura

Escribimos el primer equilibrio

Segundo equilibrio

Tercer equililibrio

Veo las cargas

 Identifico el switerion y tomos los valores de pKa que lo rodean para calcular el punto isoeléctrico

Por lo tanto, ocupo los valores de pKa

¿Cuál es la carga neta del aminoacido a 4,98? Es 0

Ejercicio con tirosina, lo pregunto en prueba del año pasado
De aminoácidos con grupos carboxílicos, grupo amino, fenoles o dioles en el grupo R
En esos casos el punto isoeléctrico es más complicado
Se escriben los distintos equilibrios químicos en función a los distintos valores de pKa y se ve como va cambiando la sensibilidad
Procedimiento:
Se identifica al switerion, y según donde este ubicado se usan los valores de pKa que están a la izquierda y a la derecha y esos
valores se van a usar para calcular el punto isoeléctrico (pI)
➢ En el acido glutámico (glutamato)
Por cada valor de pKa se escribe un equilibrio químico

Recordar que vamos desde pH acido a pH básico

➢ En la histidina
Este clasificado como aminoácido básico porque, el grupo R tiene un grupo amino y ese grupo amino es sensible al pH
Se protona y queda como NH+
Cuando parto en grupo básico

Destaca como se protona el nitrógeno que esta indicado con la flecha

Ejemplo tipo prueba: Calcular el punto isoeléctrico de la lisina
Tomar en cuenta que partimos desde un medio extremadamente acido con muchos protones y me muevo hacia une
medio extremadamente básico con muchos iones hidroxilo
En este caso las aminas son las que se cargan

Un NH3 esta unido al carbono alfa y otro NH3 esta unido al grupo lateral
Recordar que los dos están protonados
Primer equilibrio

pKa= 2,18. Corresponde a un grupo CO2 H , lo que significa que ese grupo en el equilibrio se va a desprotonar, genera
una carga negativa
segundo equilibrio

Corresponde al grupo amino unido al carbono alfa, lo que significa que ese carbono va a cambiar su carga a la única
posibilidad que es NH2
Tercer equilibrio
El 𝑁𝐻3 indicado con la flecha pasa a ser 𝑁𝐻2

Como ya tenemos planteados todos los equilibrios, calculamos las cargas e identificamos el switerion

Ocupamos las cargas que están alrededor del switerion para calcular pI (8,95 y 10,53)
8,95 + 10,53
pI = = 9,74
2
recordar que pI es lo mismo que pH
Caso particular: dioles
La cisteína en el grupo R tiene un grupo SH, que es tiol, el hidrogeno indicado se comporta como proton y se desprotona

Si le coloco agua es H3 O+

La mayoría de los aminoácidos tienen actividad óptica, carbonos quirales, excepto la glicina
➢ Indicar la configuración R o S de las siguientes moléculas

Para entender la estructura del enlace peptídicos

Los enlaces peptídicos se forman cuando se unen químicamente a través de un enlace covalente aminoácidos
Se forma cuando reaccionan una especie ácida con un grupo amino
Por cada unión de un enlace peptídico se libera una molécula de agua
Dibujando los pares de electrones libres
El enlace peptídico es un enlace muy estable

no pertenece al enlace simple, por que es mas corto que un enlace simple, pero tampoco tiene
la longitud de un enlace doble
Efecto push-up, por el efecto de empujar y subir, porque el oxígeno es un átomo electronegativo lo que nos lleva a pensar que los
electrones del enlace del carbono van a estar más cerca del oxígeno, al hacer ese movimiento el carbono queda deficiente en
electrones, por lo tanto queda con una carga positiva
El nitrógeno tiene dos pares de electrones a los lados de los cuales puede donar en la dirección indicada por la flecha, y se genera
una estructura resonante

Por balance de cargas oxigeno como queda con mucha carga, queda con carga negativa y el nitrogeno queda con carga positiva

La unión carbono-hidrogeno hace que la molécula se mueva, que sucede en torno a los enlaces simples, ese giro esta prohibido en
este enlace, ya que el enlace peptídico es un enlace rígido
Esto es fundamental para explicar la estructura de las proteínas
Enlace peptídico tiene una naturaleza de enlace simple y doble enlace
Como el enlace es rígido se dice que esta en el plano, es una estructura planal, esto es lo que le da la rigidez (hace que no tenga
gira)
Cuando se empiezan a unir los aminoácidos, los puedo identificar cada uno de ellos como residuo de aminoacido
Cada sección que va formando primero un péptido y después una proteína, cada uno de ellos se conoce como residuo
➢ Si tengo un péptido con 10 residuos significa que tengo 10 aminoácidos unidos entre si a través de enlace peptídico
Por cada enlace peptídico se forma una molécula de agua
Cuando tenemos un péptido o una proteína en medio acido y se le aplica agua el enlace peptídico se rompe y es mediado por agua
(hidrolisis)
➢ Comer una proteína de alto peso molecular y digerirla en el estomago
Si no existiera la hidrolisis no podríamos absorber aminoácidos
Enlace peptídico es un grupo funcional amida

En la prueba me puede pedir armar un péptido

 ➢ En el ejemplo cada línea es un enlace peptídico

La cisteína es una molécula muy importante por que los grupos SH se unen químicamente, de un aminoácido a otro que pueden estar
lejanos y se forma un enlace químico covalente de primer grado, que es responsable de la estructura de las proteínas
Se usa amoniaco para romper ese enlace
➢ Ejercicio en la guía, me dan distintos aminoácidos tengo que dibujar el péptido correspondiente a esa secuencia
Dibujo la estructura del péptido que se forma, que se unen a través de enlaces peptídicos

Para calcular el punto

isoeléctrico, primero
identifico los grupos
sensibles al pH, grupo
amino a la izquierda y
grupo acido carboxílico
a la derecha
Esto es la estructura simple, en un lado colocamos el grupo amino libre y el grupo acido carboxílico en el otro lado, y dibujo una línea
que va a representar a la cadena principal

En este péptido tengo 4 grupos sensibles al pH

Voy a la tabla y busco los valores de pKa que necesito

Glicina no aporta ningún grupo sensible al pH, la glicina es terminal por lo tanto
En este caso voy a tener que dibujar 4 equilibrios químicos por que tengo 4 valores de pKa asociados a este péptido
Empiezo en un medio extremadamente acido por lo tanto se protonan los grupos amino (que son 2), queda con carga +2
Si empiezo en un ambiente extremadamente básico, se ven afectados en la carga los grupos ácidos carboxílico que también son 2
queda con carga -2
Para calcular el pI tomo los pKa de los equilibrios que están alrededor del switerion
➢ Ejemplo tipo prueba

¿Cuántos enlaces peptídicos tiene?

R: tengo 6 residuos, por lo tanto, le resto 1 y quedan 5 enlaces peptídicos y se liberaron 5 moléculas de agua

Para resolver este ejercicio tomar en cuenta