Bioquímica. Tercer Parcial. Clase 3.

Ciclo de Krebs

Un ciclo es una secuencia de eventos que se repiten de una manera sistemática (existen una serie de pasos) con
una finalidad determinada. En el caso de los ciclos bioquímicos, este cumple diferentes funciones como: 1)- flujo y
generación de energía. 2)- Síntesis de biomoléculas. 3)- Degradación de biomoléculas. 4)- Producción de moléculas
de desecho (ej: el ciclo de la urea).

El ciclo de Krebs es el centro de las rutas metabólicas, donde a partir de Acetil-CoA, se generarán coenzimas
reductivas que irán a la cadena transportadora de electrones para producir ATP. El Acetil CoA que ingresa al ciclo
de Krebs proviene de la glicólisis, de la beta oxidación de los ácidos grasos y de los cuerpos cetónicos.

Desde el punto de vista bioquímico, la respiración celular se define como un conjunto de procesos moleculares a
través de los cuales la célula consume oxígeno y produce CO2.

Fases de la respiración celular

Oxidación de moléculas orgánicas hasta A.CoA.

Los aminoácidos, ácidos grasos y carbohidratos
se degradan y producen A CoA que luego
entrarán al ciclo de Krebs.

Oxidación del A. CoA a CO2. La energía se

conserva como NADH+ + H+ y FADH2. Esta
segunda fase es en sí el Ciclo de Krebs.

Los electrones van a la cadena transportadora

de electrones para la producción de energía
(generación de ATP).

Proceso de Piruvato a Acetil-CoA

El Acetil CoA proveniente de la

glicólisis es producto de la
descarboxilación del piruvato. Esta
descarboxilación es realizada por el
complejo Piruvato Deshidrogenasa.
Este complejo está constituido por 3
enzimas denominadas E1, E2, E3 y por
5 cofactores. Las enzimas del
complejo piruvato deshidrogenasa van a captar los hidrogeniones y se van a transformar en NADH. Toda esta
reacción desde el punto de vista termodinámico es unidireccional, exergónica y espontánea.

Complejo Multienzimático de la Piruvato Deshidrogenasa

El complejo piruvato deshidrogenasa va a estar constituida por 3 enzimas, las cuales son:

1. E1: También llamada piruvato deshidrogenasa propiamente dicha o Piruvato Descarboxilasa. Se encarga de
quitar grupos carboxilos.
2. E2: También llamada Dihidrolipoil Transacetilasa y se encarga de transferir grupos acetilos.
3. E3: También llamada Dihidrolipoil Deshidrogenasa.

El complejo piruvato deshidrogenasa también posee 5 cofactores los cuales son: TPP (Pirofosfato de Tiamina), FAD,
NAD, CoA y Lipoamida.

Ella tiene 60 sub. De

E2 por cada 30 sub de
E1 por cada 6 sub de
E3. Proporción
enzimática

Enzimas asociadas.
NO forman parte
del complejo
multienzimático

 PDK: Piruvato deshidrogenasa Kinasa: Se encuentra fuertemente unida para formar parte del complejo
PDH, y regula la actividad catalítica del PDH mediante un proceso de fosforilación.
 PDP: Piruvato deshidrogenasa fosfatasa: PDP se encuentra unida de forma lábil al complejo PDH, y regula
la actividad catalítica de PDH mediante un proceso de desfororilación de la forma fosforilada.
 PDX1: Proteína de unión a E3: Regula la actividad de PDH de una forma aun no clarificada, mediante su
unión a E3.
Conenzimas del complejo Multienzimático de la Piruvato Deshidrogenasa

 Coenzima A: Esta compuesta por un fosfoadenosin disfosfato, ácido pantoténico y la B-mercaptoetilamina

(la cual va a tener un grupo sulfhidrilo o –SH que será el grupo reactivo de esa molécula). El grupo tiol (-SH)
es crítico como portador de grupos acilo y por su energía libre estándar elevada, los tioesteres tienen un
alto potencial de transferencia y pueden donar sus grupos acilos.

 Ácido Lipoico o Lipoato: El ácido lipoico tiene dos átomos de azufre que pueden estar oxidados o
reducidos. Esa facilidad de oxidarse
o reducirse provoca que este grupo
sea capaz de aceptar el grupo
acetilo que viene de la molécula del
piruvato.
 Mecanismo de acción de la Piruvato Deshidrogenasa (PASO A PASO)

 PASO 1: El Carbono 1 del piruvato es liberado en forma de CO2 (ocurre una descarboxilación) y el Carbono
2 se enlaza al Pirofosfato de Tiamina (TTP) de la Enzima E1 de la PDH en forma de grupo Hidroxietil. Este es
el paso más lento, limitante y donde se da la especificidad por sustrato de la reacción.
 PASO 2: El grupo Hidroxietilo es oxidado y los electrones removidos son transferidos al enlace s-s del ácido
lipoico de la E2 y el acetilo es transferido a uno de los grupos sulfhidrilos del ácido lipóico.
 PASO 3: El grupo acetilo es liberado al medio y se va a unir a la CoA-SH para formar acetil-CoA.
 PASO 4 y 5: A partir de aquí lo que se hace es regenerar la enzima. Los Grupos sulfihidrilos del ácido lipoico
se encuentran reducidos, y esos equivalentes de reducción (H) van a pasar al FAD que se encuentra en E3
para formar FADH2. Luego ese FADH2 pasa sus equivalentes de reducción al NAD y se forma NADH+ H+.
Luego de esto, la enzima queda libre para volver a ejercer su mecanismo de acción con otro piruvato.

Regulación del complejo Multienzimático Piruvato Deshidrogenasa

 Modificación covalente reversible: La fosforilación la cataliza la piruvato deshidrogenasa quinasa, sobre

tres restos de SER del componente E1, que fosforilada es inactiva.
 Inhibición alostérica por metabolitos: El complejo enzimático está inhibido por ATP y activado por AMP. El
E2 está inhibido por Acetil-CoA y activado por CoASH. El E3 está regulado por los niveles de NADH +
H+/NAD+.
Ciclo de Krebs- Paso a Paso: En el ciclo de Krebs se generan 3 moléculas de NADH, 1 molécula de FADH2 y
genera un GTP que es equivalente a un ATP. Es importante la creación de NADH ya que ellos llevan los equivalentes
de reducción a la cadena transportadora de electrones.

1. Síntesis de Citrato: En este paso se observa como el Acetil CoA (2 átomos de C) se condensa con
el Oxaloacetato (4 átomos de C)
para sintetizar o formar citrato.
Esta reacción ocurre gracias a una
enzima llamada Citrato Sintasa.
En la reacción hay presencia de
agua y liberación de un CoA-SH.
Esta reacción es irreversible,
espontánea y exergónica. Cuando
existe hidrolisis de un enlace Tioester del Acetil CoA hay mucha liberación de energía la cual será
usada por la enzima citrato sintasa para producir o sintetizar el citrato. Esta reacción es una
Condensación Aldólica (se toman 2 moléculas de aldehído o cetona, se condensan y forman un ß
Hidroxialdehido (aldol) que sería el citrato.

2. Transformación del Citrato en Isocitrato (Reacción de Isomerización): En esta reacción el citrato

se convierte en su isómero
llamado Isocitrato. Esta
reacción ocurre gracias a
una deshidratación y luego
una posterior Hidratación y
 el compuesto intermediario será una Cis-Aconitato. El delta G es alto, pero como el isocitrato es
fuertemente jalado para la próxima reacción, la reacción en sí va dirigida hacia la derecha. La
enzima que realiza la hidratación y deshidratación en esta reacción se llama Aconitasa.

3. Descarboxilación Oxidativa del Isocitrato: El isocitrato por una enzima llamada Isocitrato
deshidrogenasa, forma el α-
cetoglutarato. En esta reacción se
libera un CO2, y el NAD adquiere
un hidrógeno para convertirse en
una coenzima reducida llamada
NADH. Existen 2 isoformas de
isocitrato deshidrogenasa: una que
requiere NAD (en mitocondria) y
otra NADP (en mitocondria y citosol).

4. Descarboxilación Oxidativa del α cetoglutarato: En esta reacción el α cetoglutarato origina

Succinyl-CoA por medio del
complejo enzimático α
cetoglutarato deshidrogenasa
(este complejo funciona igual al de
la piruvato deshidrogenasa),
produciendo una descarboxilación
y un NADH. En la reacción,
específicamente en el carbono 3,
sale un CO2 y se enlaza una CoA.

5. Conversión del Succinil CoA a Succinato: El succinil CoA por medio de una Tioquinasa o Succinil-
CoA Sintetasa forma succinato. En
esta reacción ocurre la salida de la
CoA y se sintetiza GTP. Ocurre
fosforilación a nivel de sustrato. La
energía de la CoA se utiliza para la
síntesis de GTP. Ese GTP sintetizado
se puede transformar en ATP por
medio de una Nucleósido difosfato
quinasa.
 Síntesis de GTP por la Succinil CoA Sintetasa

1) El grupo fosforilo sustituye a la

CoA del Succinil CoA enlazado a la
enzima

2) El Succinilfosfato dona su grupo

fosforilo a la Histidina de la enzima y
se libera el succinato

3) El Grupo fosforilo es
transferido desde la Histidina
al GDP para generar GTP

6. Oxidación del Succinato: El succinato por acción de una enzima llamada Succinato
deshidrogenasa, se convierte en
fumarato. En esta reacción se sintetiza
un FADH2 que irá a la cadena
transportadora de electrones. En el
fumarato se crea un doble enlace entre
en carbono 2 y 3, ya que no tiene los
hidrógenos que existían en el succinato.
 7. Hidratación del Fumarato: El fumarato por acción de una fumarato hidratasa o fumarasa pasa a
malato. En esta reacción se incluye una molécula
de agua.

8. Oxidación del Malato: El malato, por acción de una enzima llamada malato deshidrogenasa pasa
a oxaloacetato. En esta reacción se
forma NADH + H+. Aunque esta reacción
no es termodinámicamente favorable,
tiene lugar porque el oxaloacetato es
rápidamente removido por la citrato
sintasa.

___________________________________________________________________
Estequiometría

Acetil-CoA + 3NAD+ + FAD+ + GDP + Pi + 2H20  2 CO2 + CoA-SH + 3 NADH + FADH2 +GTP + 3H+

Balance Energético

La energía de las oxidaciones del ciclo se conserva con eficiencia en coenzimas reducidas (NADH y FADH)
y con la producción de 1 GTP.

En cada vuelta del ciclo se produce:

 En el ciclo se producen 3 NADH y por cada NADH se producen 3 ATP = 9 ATP

 1 FADH2 produce 2 ATP x 1 en el ciclo = 2 ATP
 1 GTP es análogo a 1 ATP x 1 en el ciclo = 1 ATP

TOTAL por cada vuelta del ciclo 12 ATP

Recordar que la descarboxilación del piruvato produce NADH+ + H+

Factores que modulan o regulan la activación del ciclo de Krebs

1. Disponibilidad de sustratos: Se activa ciclo de Krebs después de comer. Los sustratos que
producen Acetil-CoA será glucosa y los ácidos grasos.
2. Inhibición por acumulación de productos: Cuando se acumula mucho NADH y FADH producidas
en el ciclo de Krebs.
3. Modulación alostérica

Fluoroacetato inhibe a
la acotinasa

¿Qué quiere decir que el ciclo de Krebs es anfibólico?

Quiere decir que en este ciclo confluyen rutas catabólicas y anabólicas. Proporciona moléculas para la
biosíntesis de otros compuestos y es alimentada por otras rutas que reponen a sus intermediarios.

Es anabólico porque por ejemplo el Oxaloacetato puede sufrir una transaminación y ser capaz de aceptar
un grupo amino para transformarse en un aspartato e ir a la síntesis de otros compuestos. El citrato
puede ir dirigido a la síntesis de ácidos grasos.

¿Qué se entiende por “reacciones anapleróticas” del ciclo de Krebs?

Son reacciones que reponen los intermediarios del ciclo de Krebs que han sido utilizados en las rutas
biosintéticas, con la finalidad de dar continuidad al ciclo.