 Artículo principal: Conspiraciones del 11-S

Desde que se produjeron los atentados han surgido varias hipótesis a las que se suele agrupar bajo la denominación de
teorías conspirativas, que sostienen que las conclusiones alcanzadas en la investigación oficial no resultan consistentes
con los hechos.
En general, en estas teorías se cuestionan la posibilidad de que un Boeing 757 hubiera embestido contra el Pentágono;
que las Torres Gemelas o la Torre Nº 7 del World Trade Center hubieran podido derrumbarse como lo hicieron a raíz del
impacto de los aviones, y no como consecuencia de la colocación de cargas explosivas, en una demolición hecha a
control remoto; que en el vuelo 93 de United hubiera existido un enfrentamiento entre los pasajeros y los terroristas,
etc. Por lo general, estos autores afirman haber encontrado incongruencias que ponen en duda toda la versión
gubernamental. Algunas de las supuestas inconsistencias que los críticos mencionan serían el hecho de que, en teoría,
era imposible que un avión pudiera acercarse al Pentágono sin accionar las defensas antiaéreas o que el FBI hubiese
localizado el pasaporte intacto de uno de los terroristas dentro de los restos humeantes del World Trade Center.122
Otras incongruencias están basadas en las irregularidades económicas acaecidas, antes, durante y después de los
atentados.En cuanto a los autores, algunas de estas teorías sostienen que algunos miembros del gobierno de los Estados
Unidos conocían los planes de atentar contra las torres gemelas pero no hicieron nada para impedirlos. Otras llegan
incluso a acusar directamente al propio gobierno de Estados Unidos de planear y ejecutar los atentados.Entre los
principales opositores a la versión dada por el gobierno estadounidense se encuentra el periodista francés y director de
la web de izquierda Red Voltaire Thierry Meyssan, quien escribió un libro titulado La gran impostura. En su trabajo,
Meyssan exhibe una serie de razones y argumentos por los que, según él, no es posible dar por cierta la versión
gubernamental.Otro de los más acérrimos críticos es el profesor estadounidense David Ray Griffin, autor del libro
Desenmascarando el 11-S123 donde hace un análisis punto por punto de los hechos ocurridos el 11 de septiembre de
2001. Griffin afirma haber encontrado al menos 115 fallos lógicos graves124 en la versión oficial de los atentados.125