Estructura Del Genoma Humano y Mecanismos de Expresión Génica-2017

CERTIFICADO EN GENÉTICA MÉDICA
CONCEPTOS GENERALES DE GENÉTICA HUMANA
ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO Y

MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA
Nuria Paricio Ortiz

Departamento de Genética
1
Estructura del genoma humano
1. ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO
2

El genoma es el contenido total de DNA de la célula (genoma nuclear y mitocondrial)
Genoma
mitocondrial
1981
https://www.mitomap.org/MITOMAP
3
El proyecto genoma humano (I)
Human Genome Project (HGP) Timeline
4
El proyecto genoma humano (II)
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index 5
El proyecto genoma humano (III)
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index 6
Características generales del genoma humano
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index
Non-coding Genes + regulatory regions
Coding
* 7
DNA repetido en el genoma humano
Familias génicas
agrupadas en tándem
dispersas en el
genoma
8
DNA repetido en tándem
*Satélite gamma 220 regiones pericentroméricas de los crom. 8, X e Y

(GC-rich) 9
DNA repetido en tándem: DNA satélite

B
A
* Localización: regiones centroméricas (satélite α) y

pericentroméricas (A)
* Centrómero: estructura esencial para la segregación
cromosómica (B)
* El DNA pericentromérico
y centromérico de
mamíferos se transcribe
en diferentes contextos
celulares (C)
Eymery et al. 2009 Saksouk et al. 2015

10
DNA repetido en tándem: DNA minisatélite (I)

TELÓMEROS: Extremos de los cromosomas
Mantenimiento de la longitud
de los cromosomas lineales
Protección de los extremos de los cromosomas
De Lange 2009 11
DNA repetido en tándem: DNA minisatélite (II)
DNA minisatélite hipervariable (VNTRs: variable number of tandem repeats)
 Repeticiones en tándem de secuencias de tamaño moderado ( 60 pb)

 Ricas en GC
 Distribuidas por todo el genoma (regiones subteloméricas)
 Frecuentes y altamente polimórficas (en cuanto al nº de repeticiones)
Identidad genética (DNA fingerprinting)

12
DNA repetido en tándem: DNA minisatélite (III)

Detección del polimorfismo: Southern blot + hibridación con sonda específica
Sonda monolocus
Sonda multilocus
13
DNA repetido en tándem: DNA microsatélite (I)
DNA microsatélite (STRs: short tandem repeats; SSR: simple sequence repeats)
 Repeticiones en tándem de secuencias muy simples (2-7 pb)

 Distribuidas por todo el genoma
 Frecuentes y altamente polimórficas
Identidad genética (DNA fingerprinting)

14
DNA repetido en tándem: DNA microsatélite (II)

Detección del polimorfismo:
PCR + electroforesis en gel PCR multiplex + electroforesis capilar
15
DNA repetido en tándem: DNA microsatélite (III)

Implicaciones de las secuencias microsatélites en Medicina
En 1991 se descubrió un nuevo mecanismo responsable de ciertas enfermedades hereditarias en el hombre 
Expansiones de trinucleótidos (exones, intrones o regiones UTR de genes)
También repeticiones de
tetra o pentanucleótidos
16
DNA repetido y disperso en el genoma: elementos transponibles (I)
secuencias derivadas de
procesos de transposición
LINES:
Long Interspersed Nuclear Elements
SINES:
Short Interspersed Nuclear Elements
* Retrotransposones
17
DNA repetido y disperso en el genoma: elementos transponibles (II)
Interrupción de genes Transducción en 3’ (nuevos genes)
Efectos de LINE-1
en el genoma humano
Reordenaciones Cambios en la expresión génica
18
Pseudogenes procesados
* Se pueden reactivar si se insertan cerca de un promotor (retrogenes)
19
Pseudogenes (I)
Clasificación de los pseudogenes
Li et al. 2013
20
Pseudogenes (II)
Posibles funciones de los pseudogenes
Li et al. 2013 21
Genes de RNAs no codificantes (I)
Esteller 2011 22
Genes de RNAs no codificantes (II)
Esteller 2011
23
Mecanismos de expresión génica
2. MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA
24
Expresión génica (I)
25
Expresión génica (II)
Dogma central de la biología molecular
26
Transcripción: modificaciones de la cromatina (I)
Nucleosoma:
200 pb (147 pb + linker)
octámero de histonas
H2A, H2B, H3, H4 (2X)
Modificación de histonas
Un patrón particular de modificación de histonas es característico de genes activos o
potencialmente activos
(código de las histonas)
acetilación (lisinas)
ubiquitinación/sumolización (lisinas)
fosforilación (serinas)
metilación (lisinas, argininas)
otras:
27
Transcripción: modificaciones de la cromatina (II)

Metilación del DNA
• La metilación juega un papel importante en la
regulación de la estructura de la cromatina
• Sobre todo en citosinas (CpG)
En general: Metilación = inactivación

No metilación (o infra) = activación
Complejos remodeladores de la cromatina
• Modifican el estado de la cromatina al desplazar

nucleosomas o alterar su estructura
• Función dependiente de ATP (actividad ATPasa)
DBP: Proteína de unión a DNA 28

Transcripción: promotores, enhancers, silenciadores y aislantes (I)

Núcleo del promotor y elementos proximales (promotor regulador)
Secuencias posibles en
el núcleo del promotor
XCPE1/2
CpG CpG
29
Transcripción: promotores, enhancers, silenciadores y aislantes (II)

Elementos distales
Enhancers o amplificadores :
• Son elementos distales (10-50 kb)

• Carecen de actividad promotora
• Activan la expresión de genes
• En 5’, 3’ y en intrones
• Pueden controlar grupos de genes
• Unión de proteínas específicas
• Los silenciadores tienen las mismas características
pero reprimen la expresión génica
• Los aislantes limitan la acción de enhancers y
silenciadores
30
Procesado de los mRNAs: capping en 5’
* Durante la transcripción (25-30 nt)

* Si el proceso no ocurre, la transcripción
se interrumpe  checkpoint
Funciones de la caperuza en 5’:
* Reconocimiento por el ribosoma

* Protección contra exonucleasas
* Eficiencia del transporte al citoplasma
(Hce)
(Hcm)
CTD: dominio Ct de la RNApol II, CBC: complejo de unión a cap

31
Procesado de los mRNAs: eliminación de intrones (splicing)
AG espliceosoma
AG El espliceosoma está formado por:
RNAs (56-217 pb) ricos en U

snRNPs (U1, U2, U4, U5, U6)
proteínas asociadas p.e. Sm
otras proteínas p.e. SR
32
Procesado de los mRNAs: splicing alternativo (I)

Un pre-mRNA puede ser procesado de formas distintas dando lugar a RNAm maduros diferentes
33
Procesado de los mRNAs: splicing alternativo (II)
Ejemplo:
gen -tropomiosina
Elementos implicados: secuencias reguladoras y factores proteicos (activadores o represores)
Matera y Wang 2014
Las secuencias reconocidas por esos factores pueden estar en exones (ESE, ESS: exonic splicing
enhancers or suppresors) o en intrones (ISS, ISE: intronic splicing enhancers or suppresors)
34
Procesado de los mRNAs: splicing alternativo (III)
Factores de procesado: activadores o represores

35
Procesado de los mRNAs: poliadenilación en 3’
AAUAAA=señal de poliadenilación
CPSF=factor de especificidad de corte

y poliadenilación (nucleasa)
CstF=factor de estimulación del corte
PAP=polimerasa poli-A
CFs=factores de corte
Funciones de la cola poliA:
* Estabilidad del RNAm

* Regular la eficiencia de la traducción
CPSF CstF * Eficiencia del transporte al citoplasma
5’ 3’ 5’ 3’
AAUAAA G/U
polimerasa
poli-A
Asociado con el final de la transcripción
5’ (A)200 3’ Degradación
(Rat1) (se desestabiliza el complejo)
No todos los RNAm se poliadenilan (p.e. RNAm de histonas) 36

Acoplamiento de transcripción y procesado
CTD: dominio Ct de la RNApol II 37

Transporte del mRNA al citoplasma
Vihandha et al. 2015

38
Traducción (I)
39
Traducción (II)
1) Inicio (hasta la formación del complejo de iniciación)
TC
IF1, 1A: reclutamiento TC y scanning

IF2: une tRNAiMet a 40S (GTPasa)
IF3: unión mRNA al complejo 43S
IF4s: facilitan unión mRNA (cap)
IF5: estimula hidrólisis GTP (eIF2)
¿reconocimiento codón inicio?
IF5B: promueve unión de 60S (GTPasa)
Secuencia Kozak: GCCA/GCCAUGG TC: ternary complex, PIC: preinitiation complex, IC: initiation complex
40
Traducción (III)
EF
1α
2) Elongación (hasta la formación del EF

1α
último enlace peptídico)
EF1α: transporte del aminoacil-tRNA al ribosoma

EF2: translocación EF2
3) Terminación (liberación del polipéptido

y separación subunidades del ribosoma)
RF
RF
RF: reconocimiento de
codones de parada y
liberación de la proteína
rotura enlace
peptídico
Sitios en el ribosoma: A (aminoacil), P (peptidil) y E (exit o salida) 41
Modificaciones postraduccionales de las proteínas

Algunas proteínas tienen que ser modificadas para ser funcionales
42
Expresión génica en el genoma humano
43
Las mutaciones pueden ocurrir en diferentes regiones de los genes
44
Las mutaciones pueden afectar

diferentes etapas durante
la expresión génica
45
Anexo 1
Principales características del genoma humano
46
Anexo 2.1
El proyecto ENCODE (I)
http://encodeproject.org/ENCODE/
http://www.nature.com/encode/#/threads
2012 47
Anexo 2.2
El proyecto ENCODE (II)
2012
• El 80.4% del genoma humano participa al menos en un proceso bioquímico asociado a RNA o cromatina en
al menos un tipo celular.
• Muchos SNPs asociados con enfermedades por GWAS se localizan en elementos funcionales no
codificantes, en o cerca de regiones definidas por ENCODE que están fuera de genes que codifican proteinas.
• Alrededor del 75% del genoma se transcribe en algún momento y tipo celular, y los genes están entrelazados
de forma que se sintetizan transcritos solapantes de ambas cadenas de DNA. Estos descubrimientos obligan a
replantear la definición de gen y de la mínima unidad de la herencia.
48
Anexo 3.1
The Roadmap Epigenomics project (I)
2015
http://www.roadmapepigenomics.org/
49
Anexo 3.2
The Roadmap Epigenomics project (II)
• Se identificaron diferencias epigenómicas asociadas con diferenciación celular en distintos tejidos

• También se identificaron marcas epigenómicas diferenciales en tejidos relevantes para algunas enfermedades
humanas,que proporcionan información sobre las bases moleculares de dichas enfermedades
50
1. ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO

2. MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA
Nuria Paricio Ortiz

Departamento de Genética
51

Estructura Del Genoma Humano y Mecanismos de Expresión Génica-2017

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