Bioquímica III

Determinación de DEM
Resumen Commented [DV1]: El resumen es una breve explicación
de lo que se trata el paper, en esta se debe describir en unas
El presente trabajo intenta determinar de manera experimental el diámetro efectivo de una molécula pocas líneas
(DEM) de Lucifer Yellow mediante dos aproximaciones, una aproximación basada en teoría • ¿de qué se trata el paper?
experimental y una aproximación basada en los cálculos de un software (ChemSketch ACD/Labs). Los • ¿Cómo se realizó la investigación presentada en el
paper?
resultados de DEM obtenidos por cada una de estas aproximaciones son 6.4421 Å y 14.951 Å • ¿Qué resultados se obtuvo?
respectivamente, mientras que los datos experimentales mostrados en bibliografía indican que el El resumen siempre se escribirá al final de la redacción del
DEM de una molécula de Lucifer Yellow es de 8.920 Å aproximadamente. paper

geometría de una molécula. Programas como

Introducción
Una de las aplicaciones menos extendidas en el
estudio de la química espacial es la
determinación del tamaño que presentan las
moléculas, conocido mejor como diámetro
efectivo de molécula (DEM) (Hosokawa, Naito,
Nogi, & Yokoyama, 2008). El DEM es una
aproximación matemática al considerar la
distancia más larga entre dos átomos
superficiales dentro de una molécula como el
diámetro de una esfera que encapsula dicha
molécula (Winiwarter, Ridderström, & Zamora,
2007).
Una de las metodologías más extendidas al
momento de determinar el DEM de una
molécula, es la aproximación de Schomaker y
Stevenson, la cual establece que la distancia
entre dos átomos es igual a la suma de sus
radios menos la diferencia de sus
electronegatividades, multiplicado por una
constante denominada la constante de
Schomaker & Stevenson, la cual tiene un valor
aproximado de 0.09 pm (Schomaker &
Stevenson, 1941):
MolView, PyMOL & POV-Ray son softwares de
código abierto basados en Phyton que
permiten anexar bases de datos con medidas
del distanciamiento entre dos átomos
determinados y calcular el DEM de manera
más sencilla (Mohamadi, Richards, Guida,
Liskamp, & Lipton, 1990)
Metodología
Para determinar el diámetro efectivo de una
molécula de Lucifer Yellow se determinó el
camino de enlace más largo y se determinó la
distancia entre cada par de átomos que se
encuentran en dicho camino tal y como se
muestra en la Figura 1.
Commented [DV2]: La introducción es una pequeña
revisión bibliográfica de todos los temas involucrados en el
desarrollo del paper. Aquí se hablará de trabajos similares y
sus resultados, de teorías o aproximaciones. Es decir, toda la
teoría que el lector necesite para entender el tema.
Por ejemplo, si se va a hablar de encontrar el diámetro de
molécula, se debe mencionar los métodos que se usan
normalmente para determinar el diámetro.
Commented [DV3]: Toda idea que no sea de su autoría, es
decir toda expresión, concepto o planteamiento que ustedes
pongan en el paper debe tener una cita apropiada y ésta
debe reflejarse en la bibliografía
Commented [DV5]: La metodología va a describir cómo se
realizó la experimentación dentro del paper, aquí ustedes
deben poner en detalle que es lo que hicieron y que
materiales o recursos utilizaron para realizar la investigación

𝑑𝐴𝐵 = 𝑟𝐴 + 𝑟𝐵 − 𝐶 |𝐴 − 𝐵 | Equ. 1 Commented [DV4]: Las figuras, ilustraciones, tablas y

Mediante esta ecuación es posible determinar
el DEM de cualquier partícula, partiendo de la
geometría espacial que ésta presente al ir
determinando la distancia entre dos átomos.
Así mismo se puede realizar dicho cálculo con
una mayor facilidad al utilizar software
especializado en la determinación de la
Figura 1. Determinación del camino de enlace en una
molécula de Lucifer Yellow
Las distancias intermoleculares fueron
calculadas de dos formas: haciendo uso de la
Equ. 1 y utilizando el complemento de
ecuaciones deben ser numeradas y puestas en orden acorde
a como aparecen en el paper
Las ecuaciones deben identificarse al lado derecho.
Las figuras e ilustraciones deben identificarse con un título
justo debajo de la figura
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Determinación de DEM
tamaño de molécula del software La diferencia entre los valores encontrados con
ChemSketch ACD/Labs. la Ecuación 1 y mediante análisis con el
software pueden deberse a que el análisis
Resultados y Discusión computacional del software toma en cuenta Commented [DV6]: Los resultados y discusión es la parte
bases de datos antes que interacciones reales más importante del paper, porque aquí muestran que tan
Las distancias que conforman el camino de buenos son para inferir nuevo conocimiento a partir de
enlace más largo en la molécula de Lucifer mientras que la expresión de Schomaker y datos que han recopilado durante la investigación.
Yellow se muestran en la Tabla 1. Stevenson, al ser una ecuación empírica Los resultados se presentan en forma de figuras, tablas,
basada en la experimentación, toma dichas gráficos o simplemente mencionando los resultados que han
Tabla 1. Distancias atómicas dentro de la molécula de obtenido. Eso sí, se deben mencionar qué significan para
interacciones en forma de la constante C. ustedes esos resultados, lo mejor es contrastar con datos en
Lucifer Yellow
bibliografía o con resultados de otras investigaciones y tratar
de llegar a una conclusión en base a comparaciones.
Distancia
Ecuación 1 Software References
[pm] [Å] Hosokawa, M., Naito, M., Nogi, K., & Commented [DV9]: Deben utilizar su mentalidad científica
para discutir correctamente los resultados en un paper,
d1 50.9244 1.054 Yokoyama, T. (2008). Dispersion hagan uso de más bibliografía y de comparaciones con otros
d2 71.0000 1.419 Control of Al2O3 Nanoparticles in artículos y/o datos
d3 69.9559 1.379 Ethanol. In Nanoparticle Technology Commented [DV7]: Los gráficos y figuras siempre tienen
d4 69.9559 1.381
Handbook (pp. 527-530). Ney York - una pequeña descripción denominada “título de la figura”
d5 71.0000 1.424 inmediatamente después de la figura (abajo), sin embargo,
USA: Elsevier Science.
d6 69.9559 2.480 las tablas suelen tener el “título de tabla” en la parte
d7 69.000 2.403 superior de la misma
Mohamadi, F., Richards, N., Guida, W.,
d8 86.9973 1.749 Liskamp, R., & Lipton, M. (1990).
d9 85.4226 1.662 Macromodel—an integrated software Commented [DV8]: El formato de la table debe ser lo más
sencillo posible, muchas veces la tabla sólo presenta tres
system for modeling organic and líneas, una indicando el inicio, otra indicando el fin de la
Al momento de calcular el DEM utilizando
bioorganic molecules using molecular tabla y la tercera en medio de la tabla indicando dónde
ambos métodos se obtiene que al utilizar la terminan los encabezados de la tabla y dónde empiezan los
mechanics. Journal of Computational
fórmula de Schomaker y Stevenson (Equ. 1) el datos
Chemistry, 440-467.
resultado es de 644.21 pm (6.4421 Å).
Mientras que si se determina el DEM mediante PubChem. (2020). PubChem Lucifer Yellow
los resultados obtenidos por el software el Compound. Retrieved from Pubchem:
resultado es de 1495.1 pm (14.951 Å). Esta https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/co
diferencia en los valores arrojados por mpound/Lucifer-
diferentes métodos hace pensar que al usar la yellow#section=Computed-Properties
expresión de Schomaker y Stevenson se
Schomaker, V., & Stevenson, D. (1941). Some
omiten ciertas interacciones que el software si
Revisions of the Covalent Radii and
logra tener en cuenta debido a su avanzada
the Additivity Rule for the Lengths of
capacidad computacional, sin embargo si se
Partially Ionic Single Covalent Bonds.
contrasta estos valores con los hallados en
Journal of American Chemistry
bibliografía, se encuentra que la superficie
Society, 37-40.
topológica de una molécula de Lucifer Yellow
es de 250 Å2 (2.5E6 pm2) (PubChem, 2020), lo Winiwarter, S., Ridderström, M., & Zamora, I.
que indica que el DEM experimental es de (2007). Use of Molecular Descriptors
8.290 Å (829 pm), un valor muy parecido al for Absorption, Distribution,
encontrado mediante la fórmula de Metabolism, and Excretion
Schomaker y Stevenson. Predictions. In J. Taylor, & D. Triggle,
Comprehensive Medicinal Chemistry II
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Determinación de DEM
(pp. 531-544). New York - USA:
Elsevier Science.