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En 1770, el virrey Manuel Amat y Juniet, crea el Real Convictorio de San Carlos.
En sus aulas se educarán los principales gestores y pensadores de la
independencia. En 1821 se realiza la Independencia del Perú, el rector Ignacio
Mier tomó el juramento nacional. El primer Congreso del país fue instalado con
mayoría de diputados sanmarquinos. El primer Congreso tuvo dos sedes: el local
de San Juan de la Penitencia y el Tribunal de la Inquisición. Luego San Marcos
donó su local y ahí se construyó el actual Palacio Legislativo.
En 1867, la sede de la universidad se traslada al Convictorio de San Carlos. En
1876 se fundó la Escuela de Ingenieros, hoy Universidad Nacional de Ingeniería,
en el local de San Marcos, empezó a funcionar con profesores sanmarquinos. En
1917, San Marcos dio su aprobación para la creación de la Universidad Católica.
En 1924, un grupo de estudiantes sanmarquinos crea la Federación Universitaria
de Fútbol, hoy Club Universitario de Deportes. En 1935, la Facultad de Teología
se independiza de San Marcos y continúa de manera independiente. Con esto la
Facultad de Letras y Ciencias Humanas se convierte en la facultad más antigua de
la universidad.