EL MICROBIOMA HUMANO SANO

los seres humanos son prácticamente idénticos en su composición genética, sin embargo, la
pequeñas diferencias en nuestro ADn dan lugar a una enorme diversidad fenotípica en toda
la población humana. Por el contario el metagenoma (el contenido total de ADN de los
microbios que habitan nuestros cuerpos) es bastante más variable
Los seres humanos han evolucionado conjuntamente con los billones de microbios que
habitan nuestros cuerpos y que crean ecosistemas adaptativos complejos, específicos del
hábitat del cuerpo, LA DISBIOSIS en el microbioma se han asociado con numerosas
enfermedades, incluida la enfermedad inflamatoria intestinal, la esclerosis múltiple, la
diabetes tipo 1-2, las alergias, el asma, el autismo y el cáncer

La Disbiosis: una perturbación que se aparta de una ecología por lo demás

equilibrada, para prolongar, exacerbar o inducir un efecto perjudicial para la salud

los microbiomas muestran regularmente un alto grado de diversidad interpersonal incluso

en ausencia de enfermedad. Esto complica la identificación de componentes microbianos
simples o desequilibrios que causan enfermedad o reflejan un estado de enfermedad,
además un microbioma sano puede caracterizarse aún más por su comportamiento a
lo largo del tiempo; intuitivamente, un microbioma asociado a la salud debe tener un grado
de resistencia a cambios externos (por ejemplo, dietéticos o farmacéuticos) o internos (por
ejemplo, relacionados con la edad o la deriva estocástica). Por lo tanto, la resistencia de un
microbioma al estrés y la perturbación y su capacidad para recuperarse posteriormente a
un perfil funcional saludable se encuentran entre las propiedades potenciales que
caracterizan a un microbioma saludable
La E. coli es un miembro abundante y frecuente del microbioma intestinal humano, Otras
bacterias prevalentes pero de menor abundancia incluyeron miembros de los géneros
Bifidobacterium , Eubacterium , Lactobacillus y Streptococcus , así como anaerobios
facultativos como Escherichia
Además, Las técnicas independientes del cultivo, como la secuenciación de ADN y la
hibridación in situ por fluorescencia (FISH) , están ahora muy extendidas y su
democratización ha permitido interrogar directamente el contenido de ADN de las muestras
microbianas, Los primeros estudios que utilizaron FISH dirigidos al gen de ARN
ribosómico 16S sugirieron que al menos dos tercios de las bacterias intestinales en una
cohorte de Europa occidental podrían atribuirse a un conjunto de seis grupos en
aproximadamente el nivel de especie / género: dos Bacteroides , dos Clostridium ,
Streptococcus / Lactococcus y Eubacteriumrectale

El ecosistema del colon

ha sido el hábitat corporal más estudiado ya que cuenta con una notable diversidad entre las
personas y una biomasa microbiana (recuento de células), En la actualidad, se han
caracterizado más de 1000 especies de bacterias intestinales, a filogenia molecular ha
llevado a la reclasificación de muchas de estas especies en los últimos 20 años. De
particular interés, especies dentro de Bacteroides, previamente considerado el género
bacteriano más prevalente y abundante en el intestino, se han reclasificado en cinco
géneros: Alistipes, Prevotella , Paraprevotella , Parabacteroides y Odoribacter
  Los microbiomas intestinales sanos evaluados mediante secuenciación están dominados
sistemáticamente por bacterias de dos filos: Bacteroidetes y Firmicutes 
 Los sitios orales albergan microbiomas particularmente diversos, de complejidad similar
al microbioma intestinal y tienden a estar dominados por Streptococcus spp
 Los sitios de la piel difieren principalmente con las propiedades locales de la piel (seca
versus húmeda versus sebácea) y están colonizadas principalmente por Corynebacterium,
Propionibacterium y Staphylococcus
 La vagina sana contiene uno de los ecosistemas microbianos más notablemente
estructurados, con al menos cinco tipos de comunidades reproducibles, o "tipos de estados
comunitarios", cada uno dominado por una sola especie de Lactobacillus ( L. crispatus ,
L. iners , L. jensenii , o L. gasseri ) o por una mezcla de otros microbios, incluida
Gardnerella

Varios hábitats corporales importantes tienden a tener una biomasa microbiana

particularmente baja en individuos sanos y, por lo tanto, son más difíciles de caracterizar.
El pulmón, por ejemplo, es casi estéril en ausencia de infección o enfermedad crónica,
Asimismo, la leche materna y la placenta son de interés para el establecimiento temprano
tanto de un microbioma sano como de la posible sangre circulante o tejido microbiomas
para el control inmunológico normal de los oportunistas.

ARCHAEA, VIRUS, HONGOS Y OTROS EUCARIOTAS

el microbioma humano abarca el árbol de la vida y, por lo tanto, incluye arqueas, virus y
eucariotas. Se ha identificado una pequeña cantidad de géneros de arqueas en el
microbioma humano sano, principalmente en el intestino:
ARQUEAS
Las especies del género Methanobrevibacter son las más prevalentes, se ha encontrado que
se adapta bien al intestino humano, optimizando la digestión de los polisacáridos de la dieta
por otros microbios y adaptando su expresión génica en presencia de bacterias intestinales
comunes como Bacteroides thetaiotaomicron
VIROMA
Con la naturaleza hipervariable de los virus, se espera que cada persona albergue un viroma
único , que consiste principalmente en bacteriófagos, Con la naturaleza hipervariable de los
virus, se espera que cada persona albergue un viroma único
Aunque los microorganismos eucariotas más conocidos que se encuentran en el cuerpo
humano (principalmente hongos y protistas) son típicamente patógenos, es importante
recordar que muchos de estos eucariotas, en particular Candida , Malassezia y
Saccharomyces , son omnipresentes incluso en poblaciones sanas, las interacciones trasn-
reino son responsables de al menos parte del equilibrio ecológico e inmunologico del
microbiano sano ejemplo:
1. existe una competencia aparente entre bacterias y hongos a través de ambientes
bioquímicos de la piel
2. en el control de hongos por Lactobacillus en el intestino y la vagina
3. Aunque existen pocos ejemplos, se han encontrado relaciones mutualistas directas
entre humanos y hongos, de las cuales la mejor caracterizada involucra la levadura
probiótica Saccharomyces boulardii , originalmente aislada para combatir el cólera 
4. Algunos protozoos son incluso habitantes habituales de microbiomas sanos
ejemplo; la presencia de algunos protozoos, como el Blastocystis común , se ha
asociado con un riesgo reducido de enfermedad gastrointestinal
5. Por último, aunque los eucariotas multicelulares, como los helmintos,
generalmente se han eliminado de los microbiomas intestinales en las culturas
occidentales, han sido un componente del microbioma intestinal durante una parte
importante de nuestra historia evolutiva reciente 
VARIACIÓN GEOGRÁFICA EN EL MICROBIOMA SANO
Los estudios que contrastan los microbiomas intestinales de diferentes países han
identificado diferencias sistemáticas en la composición microbiana, entre los posibles
impulsores de esta variación, se ha sugerido que la dieta es un factor importante, junto con
otros factores como la geografía, las exposiciones en la vida temprana y la genética
Especies como Bacteroides coprocola y Prevotella copri muestran las mayores diferencias
y variantes a nivel de cepa en genes de resistencia a antibióticos que abarcan poblaciones 
ESTABLECIMIENTO DEL MICROBIOMA Y COLONIZACIÓN TEMPRANA
La introducción y persistencia microbiana es un proceso semi-estocástico influenciado por
muchos elementos ejemplo; sólo después de los primeros años de vida. 
El enriquecimiento del microbioma intestinal infantil para simbiontes como;
Bacteroides , Parabacteroides , Clostridium , Lactobacillus , Bifidobacterium y Faecalibac
teri m prausnitzii proporciona varios determinantes de un microbioma saludable. Una
vez establecidos, estos son los principales productores de ácidos grasos de cadena corta
(AGCC), una fuente importante de energía a partir de carbohidratos no digeribles, son
imunomoduladores e inhiben patogenis comunes y se creen que tiene propiedades
supresoras de tumores
El modo de parto puede afectar el establecimiento temprano de la microbiota de modo
que la cesárea se asocia con el enriquecimiento de oportunistas,
incluidos Haemophilus spp., Enterobacter cancerogenus / E. hormaechei , Veillonella
dispar / V. parvula [ 78 ] y Staphylococcus, Estos microbios continúan persistiendo al
menos durante el primer año de vida y posiblemente contribuyan a la carga de infección
infantil.
la lactancia (como primera dieta) favorece ciertos clados microbianos Por ejemplo, los
oligosacáridos de la leche humana (HMO) pueden ser utilizados como única fuente de
carbono por sólo un puñado de especies de Bifidobacterium y Bacteroides 
otros ejemplos:

SEÑAS DE IDENTIDAD DE LA SALUD

Núcleo funcional: una definicion de un microbioma sano “central” podría incluir

combinaciones de familias de genes microbianos específicos, modulos metabólicos y vias
reguladoras que en conjunto promueven una ecología estable asociada al hospedador
Este núcleo incluye funciones de al menos tres grupos:
1. primero, y más simplemente, las funciones de limpieza necesarias para toda la vida
microbiana, como la transcripción y traducción, la producción de energía y los
componentes estructurales
2. En segundo lugar, este núcleo incluye procesos que son específicos de los
microbiomas asociados con humanos en los hábitats de los sitios corporales, como
la adhesión a las superficies de las células del huésped y la producción de
compuestos implicados en la interacción huésped-microbio (incluidas las vitaminas
esenciales, como la vitamina K, y los inmunoestimuladores compuestos)
3. Tercero, los diferentes hábitats corporales tienen cada uno sus propias funciones
básicas especializadas. Por ejemplo, en el intestino, las funciones centrales incluyen
la biodegradación de glucosaminoglicanos, la producción de varios ácidos grasos de
cadena corta, el enriquecimiento de lipopolisacáridos específicos y la producción de
vitaminas y aminoácidos esenciales 

ECOLOGÍA COMUNITARIA SALUDABLE

La alta diversidad se ha asociado generalmente con la salud y la estabilidad temporal, Por el

contrario, una relativa falta de diversidad es evidente en el microbioma intestinal en
enfermedades que van desde la obesidad hasta la enfermedad inflamatoria intestinal y los
tipos 1 y 2 de diabetes; y en el microbioma de la piel en la dermatitis atópica y la psoriasis.
Los antibióticos también provocan una reducción drástica de la diversidad del microbioma
con una dinámica de recuperación muy variable, lo que potencialmente debilita la
capacidad de la comunidad para excluir patógenos. Esto puede despejar el camino para la
infección por patobiontes, “miembros normales de la comunidad microbiana que se
vuelven perjudiciales bajo perturbación”, como Candida albicans
Sin embargo, el principio de que una alta diversidad es "saludable" no se aplica a
todos los sitios del cuerpo, ya que la diversidad en el microbioma vaginal puede asociarse
con vaginosis bacteriana, neoplasia intraepitelial cervical (un crecimiento anormal en el
cuello uterino), parto prematuro e inflamación 
se ha planteado la hipótesis de que la
diversidad microbiana intestinal
constantemente reducida de los países
“hipótesis de la desaparición del microbioma”
desarrollados puede explicar las tasas de
enfermedades crónicas más altas en
comparación con las observadas en los
países en desarrollo y las sociedades
primitivas 
RESISTENCIA, RESILIENCIA Y ESTABILIDAD

Otros sellos distintivos de la salud desde la perspectiva de la ecología microbiana son la

capacidad de resistir las perturbaciones (que pueden resultar de la entrada de un patógeno,
la alteración de la dieta o la medicación) y volver a un estado saludable después. Estas
propiedades se han denominado resistencia y resiliencia.