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ESTRUCTURA DEL GENOMA

HUMANO Y MECANISMOS DE
EXPRESIÓN GÉNICA
MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES DE GENÉTICA HUMANA

TÍTULO DE EXPERTO UNIVERSITARIO EN MEDICINA GENÉTICA Y GENÓMICA 2019


Material didáctico: Módulo 1- Clase1

Material didáctico creado por Mar Benito, MSc https://www.linkedin.com/in/marbenito/


ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO Y MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA
Material didáctico: Módulo 1 – Clase 1

MÓDULO 1: CONCEPTOS GENERALES DE GENÉTICA HUMANA

1.1- ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO Y MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA.


Profesor: Dra. Nuria Paricio Ortiz

ÍNDICE

1.-ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO................………………………………………………..……........1

1.1.- Genoma mitocondrial………………………………………………………….…….........................1

1.2.- Genoma nuclear.………………………………………………………………….…….........................1

1.3.- Tipos de secuencias del genoma humano..…………………………….……........................2

2.-MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA.................……………………………………………….……......10

2.1.-Modificaciones a nivel de transcripción..……………………………..……….....................11

2.2.-Modificaciones a nivel de procesado de RNA..………………….………….......................14

2.3.-Modificaciones a nivel de traducción..………………………………….….….......................17

2.4.-Mutaciones en regiones implicadas en la expresión de genes...….…......................18

Anexo 1. Características del genoma...................……………………………………………….......................19

Anexo 2. Proyecto ENCODE..............................................................................................................................19

Anexo 3. Proyecto Epigenoma.........................................................................................................................20

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ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO Y MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA
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1.-ESTRUCTURA DEL GENOMA HUMANO


El GENOMA es el contenido total de ADN presente en una célula. El genoma humano consta
de 2 tipos, el genoma nuclear y el genoma mitocondrial.

1.1 Genoma mitocondrial

Fue la primera parte del genoma humano de la que se conoció la secuencia, en 1981. Este
genoma incluido dentro de las mitocondrias está constituido por una molécula de ADN
circular de cadena doble y de 16.6 kb de longitud (de tamaño muy pequeño comparado
con el genoma nuclear que en total tiene 3100 millones de pb ). Contiene 37 genes, de los
cuales 2 tienen información para codificar ARN ribosómico (ARNr), 22 para ARN de
transferencia (ARNt), y 13 para proteínas necesarias para el funcionamiento de la
mitocondria. El resto de proteínas necesarias para la mitocondria procede del genoma
nuclear.

Es necesario comentar que el 97% del genoma mitocondrial es codificante y tiene una
transcripción policistrónica, es decir, se transcribe en forma de un transcrito continuo. Más
información sobre el ADN mitocondrial se puede encontrar en la página web
http://www.mitomap.org.

En el año 1988, se descubrió que en el genoma mitocondrial existían algunas mutaciones


en genes causantes de enfermedades humanas y hereditarias, como por ejemplo la
Neuropatía Óptica Hereditaria de Leber (LHON). Esta es una enfermedad mitocondrial
neurodegenerativa que afecta al nervio óptico y que se caracteriza por una pérdida súbita
de la visión en los adultos jóvenes portadores. No se conoce con exactitud su prevalencia,
pero está estimada en torno a 1/15.000 – 1/50.000 en todo el mundo. Como hemos
comentado, la LHON está causada por mutaciones en el ADN mitocondrial (ADNmt), en las
que más del 90% ocurren en las posiciones 11778, 3460 o 14484. Todas producen
alteraciones en los genes MT-ND1, MT-ND4 y MT-ND6 del complejo I de la cadena
respiratoria mitocondrial, y se transmite de forma materna, ya que el ADN mitocondrial se
transmite exclusivamente de esta manera.

DIAPOSITIVA 3: Estructura del genoma humano.

1.2 Genoma nuclear

El genoma nuclear se refiere al conjunto de información genética contenida en los


cromosomas (22 autosomas y 2 cromosomas sexuales), que tiene una longitud de unos
3100 millones de pares de bases. En los años 90 se inició el Proyecto Genoma Humano, con
el objetivo de secuenciar el ADN nuclear, que culminó en 2001 con el primer borrador de la
secuencia del genoma humano, que contenía el 92% del genoma total, las regiones
eucromáticas. En 2003 se publicó la secuencia completa. El primer borrador de 2001 se
consiguió por la competición entre dos grupos de investigadores, uno formado por un

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consorcio público y otro de la empresa privada, lo que llevó a acelerar un poco el proceso
de su publicación, sin que la secuencia del genoma estuviera totalmente corregida. Desde
entonces hasta ahora toda la información del genoma humano ha ido actualizándose
constantemente. En la página web http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html
está toda la información más actualizada sobre este proyecto, así como toda la que
actualmente se posee sobre el genoma humano, por ejemplo, la secuencia de todos los
cromosomas humanos, información sobre genes concretos, información sobre
gen/secuencia nucleotídica/estructura Exón-Intrón/número de transcritos y cuáles
son/codificación de proteínas y dominios estructurales, etc. También hay información
sobre el genoma de organismos relacionados como el de chimpancé, el de neanderthal,
ratón, etc. que sirven para hacer estudios de genómica comparativa. También se presenta
información sobre la expresión y regulación de los genes, variantes en determinados
genes, etc. Actualmente se está trabajando con la versión 94, y la última actualización es
del 2018. La última secuencia tiene 3.1 Mb. Esta secuencia es de alta calidad, y se han
excluido algunas regiones con repeticiones muy variables y las regiones
pseudoautosómicas de los cromosomas X e Y. Esta página web también nos da información
sobre los contajes de genes, a día de hoy hay 20.338 genes codificantes.

DIAPOSITIVAS 4 Y 5. El proyecto Genoma Humano

1.3 Tipos de secuencias del genoma humano


El genoma humano posee 20.338 genes codificantes para proteínas, 22.521 genes que
especifican ARN funcionales por sí mismos (largos > 200 nucleótidos y cortos <200
nucleótidos), 2.222 miscelania (ARNs pequeños como por ejemplo los que forman parte
del spliceosoma), más de 15.000 pseudogenes (copias de genes activos, que se han
inactivado durante la evolución) y más de 200.000 transcritos. El porcentaje de genoma
humano que codifica proteína es sólo de un 1.5-2%.

Existen dos tipos de secuencias en el genoma humano:

- <50% del ADN son secuencias de copia única, que corresponden a genes que
codifican proteínas, intrones y secuencias reguladoras.

- > 50% secuencias repetidas ó ADN repetido, en las cuales podemos encontrar dos
categorías:
1) Secuencias derivadas del proceso de transposición, elementos transponibles, 45% del
genoma: LINES, SINES, elementos similares a retrovirus y transposones de ADN.

2) Repeticiones de secuencias muy sencillas y cortas, repetidas miles de veces. Estos dos
tipos de secuencias no tienen una función conocida, pero se les da importancia ya que

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ofrecen una gran fuente de variabilidad para dar lugar a la evolución, tienen relevancia en
medicina, y han servido para hacer estudios genéticos.

3) Duplicaciones segmentales, que son fragmentos de cromosomas que están repetidos en


el mismo cromosoma o en otras partes del genoma.

Vamos a hablar de:


- los tipos de secuencias repetidas
- los genes no codificantes
- los pseudogenes

DIAPOSITIVAS 6 Y 7:

Características generales del genoma


humano y ADN repetido en el
genoma humano.

EL ADN repetido se puede dividir en secuencias en tándem, es decir dispuestas una al lado
de la otra, o secuencias dispersas por todo el genoma (la mayoría son retrotransposones).

A) ADN repetido en tándem:

Dentro de los ADNs repetidos en tándem, vamos a hablar de tres tipos, el ADN satélite, los
minisatélites y los microsatélites, cuya diferencia viene determinada por la longitud de la
región que contiene las secuencias repetidas en tándem, no por la longitud de la secuencia
que se repite.

1) ADN satélite: son aquellos ADNs cuyas repeticiones ocupan regiones que tienen
cientos de Kb. Se suelen encontrar asociadas a regiones heterocromáticas, en las
regiones centroméricas y pericentroméricas de los cromosomas. Existen diferentes
familias como el satélite alfa, beta, gamma, 1, 2 y 3, y satélites localizados en el
cromosoma Y.
2) ADN minisatélites: repeticiones que ocupan regiones mucho más pequeñas (0.1-20
Kb). Hay dos familias, la familia telomérica, y la de los minisatélites hipervariables,
que suelen estar en regiones subteloméricas.
3) ADN microsatélites: repeticiones que ocupan regiones menores de 100 bp. Las
secuencias que se repiten también son cortas 1-7 pb, y se encuentran dispersas en
todos los cromosomas.

DIAPOSITIVA 8:

DNA repetido en tándem

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1) ADN satélite:

Es el ADN más variado ya que está constituido por muchas familias tales como , ,
satélite 1, 2 y 3, y algunos satélites específicos del cromosoma Y. Estas secuencias tienen
una localización bastante específica, se encuentran sobre todo en las regiones
centroméricas y en las regiones pericentroméricas. La longitud del fragmento que se repite
es diferente en cada familia.

En la diapositiva 9, vemos un fragmento del cromosoma 9 humano y uno del cromosoma


21, donde la constricción representa el centrómero, y la mayor parte de la región
centromérica está formada por satélites tipo  (alfoide). El resto de satélites , 1, 2 y 3,
están localizados en la región pericentromérica. La importancia de las secuencias alfoides
radica en que están implicadas de manera notable en la formación del centrómero, que es
una estructura esencial para la segregación cromosómica durante la mitosis y la meiosis.

La secuencia alfa tiene una longitud de 171 pb y en ella hay una región de reconocimiento
(CENP-B) de una histona específica de los centrómeros, Cen H3 (variante de la Histona
H3), con la que interaccionan los microtúbulos del huso acromático, que son las
estructuras que hacen que la segregación cromosómica se de de forma correcta. En este
aspecto se recalca que las regiones que contienen estas secuencias satélites son
heterocromáticas y esto siempre se asocia con ADN silenciado (ADN que no se expresa).
Pero hace unos 6 años se encontraron transcritos procedentes de regiones centroméricas y
pericentroméricas del ADN satélite en ratones y en humanos. Parece ser que este ADN se
transcribe en ciertas circunstancias, concretamente en los procesos de diferenciación,
desarrollo, senescencia, estrés y en algunos tipos de cáncer, pero no se sabe cuál es la
función de estos tránscritos.

DIAPOSITIVA 9:

DNA repetido en tándem: DNA satélite.

2) ADN minisatélites

Existen dos familias: la familia de minisatélites teloméricos que forma parte de los
telómeros (extremos de los cromosomas), y las secuencias denominadas ADN
minisatélites hipervariables o VNTR, que pueden estar en diferentes regiones, pero que
normalmente se encuentran en regiones subteloméricas.

Los telómeros son estructuras de los extremos del cromosoma formadas por una
secuencia de 6 bp (TTAGGG) repetidas miles de veces, que tienen una longitud de 2-100
Kb. Realizan principalmente dos funciones, la primera es proteger a los extremos de los
cromosomas de la degradación por parte de las nucleasas, a través de su reconocimiento
por un complejo proteico llamado Selterina.

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Los telómeros son secuencias de ADN de cadena doble hasta un cierto punto, que luego
continúa con una protuberancia de cadena sencilla de 50-500 nucleótidos de largo, y rica
en Gs, extremo 3'. En el complejo de la Selterina encontramos 3 tipos de proteínas: TRF1 y
TRF2 que interaccionan con el ADN de cadena doble, POT1 que interacciona con la
secuencia de cadena sencilla, y luego una serie de proteínas que hacen de puente entre los
dos tipos anteriores. El reconocimiento por parte de muchos complejos de Selterina
permite la formación de unas estructuras llamadas Lazos T (teloméricos), que protegen al
telómero de la degradación (ver diapositiva 10).

La segunda función de los telómeros es mantener la longitud de los cromosomas lineales,


ya que estos se acortan con el tiempo debido al proceso de replicación, en las células
somáticas. En cambio, en células germinales, células altamente proliferativas, y algunas
células embrionarias, la enzima telomerasa alarga los cromosomas a través de estas
secuencias porque contiene una secuencia de ARN de unos 150 nucleótidos,
complementaria a la secuencia de cadena sencilla que sobresale de los telómeros. La
telomerasa se empareja en el extremo 3' con la secuencia complementaria al ARN de su
centro activo, y hace una copia en ADN del ARN, alargando el extremo 3' de cadena
sencilla. Después una ADN polimerasa es capaz de rellenar el hueco de cadena sencilla,
evitando que los cromosomas se acorten en cada proceso de replicación (ver diapositiva
10).

Las secuencias hipervariables VNTR, o Variable Number of Tandem Repeats, son secuencias
de un tamaño medio, unos 60 pb, ricas en GC, que se repiten a lo largo del genoma hasta
ocupar una región de 20Kb, se encuentran preferentemente en las regiones
subteloméricas. Son muy frecuentes (30.000 VNTR repartidos por todo el genoma) y
altamente polimórficas en cuanto a la secuencia que presentan y en cuanto al número de
repeticiones. Cada uno de nosotros tenemos en nuestros cromosomas un número diferente
de repeticiones, son multialélicos. Su función es desconocida, pero tienen su importancia
ya que son puntos calientes de recombinación, con lo cual hacen que se incremente la
variabilidad de los genomas. Pero sobretodo sirven para la realización de estudios de
Identidad Genética (o DNA fingerprinting), ya que cada uno de nosotros posee un número
de repeticiones específico para cada uno de los locus VNTRs. Estas repeticiones son más
estables que los microsatélites, pero pueden cambiar de una generación a otra.

DIAPOSITIVAS 10 Y 11:

DNA repetido en tándem: DNA


minisatélite.

La detección de polimorfismos en los locus VNTR se realiza mediante la técnica Southern


Blot. Brevemente, se extrae el ADN genómico, se corta con enzimas de restricción en las
regiones flanqueantes de los loci VNTR, y ese ADN se separa por electroforesis en gel de
agarosa, así los fragmentos quedan separados por tamaño. Después se transfieren a un
filtro y se hibridan con una sonda específica que reconoce esas secuencias repetidas (ver

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diapositiva 12). Se usa principalmente para Genética Forense, y Determinación del


parentesco.

En la diapositiva 12 se muestra un caso real de determinación de un agresor sexual.


Tenemos el ADN de la víctima, el ADN de dos sospechosos, células de la víctima y ADN
extraído del esperma que se encontró en la víctima después de la agresión. Se lleva a cabo
el estudio como se ha especificado y se obtiene un patrón de bandas diferente para cada
individuo analizado. El patrón del ADN del esperma coincide con el del sospechoso1. Lo
que se puede asegurar es que el otro sospechoso no es el culpable, para determinar que el
culpable es el sospechoso1, se tienen que hacer estudios estadísticos teniendo en cuenta la
frecuencia de ese alelo en la población.

Se ha visto que hay VNTRs que se encuentran en diferentes lugares del genoma pero que
tienen secuencias muy relacionadas, de forma que con una sola sonda se pueden detectar
varios loci a la vez, a estas se les denomina sondas multilocus. Las que solo reconocen una
secuencia VNTRs son las monolocus. Las sondas multilocus son útiles porque al obtenerse
varias bandas por individuo, es más difícil que dos individuos coincidan en todas estas
bandas. En la diapositiva 12 también se pone un ejemplo de este tipo, aquí se ve que la
prueba recogida en la escena del crimen coincide con el patrón del sospechoso1. En este
caso es más probable que el sospechoso1 sea el culpable, porque tenemos un rastro de
bandas que coinciden.

DIAPOSITIVA 12:

DNA repetido en tándem: DNA minisatélite.

3) ADN microsatélites

También denominados STR o SSR (Short Tandem Repeats o Simple Sequence Repeats). Son
secuencias más cortas (de 2-7 pb) que abarcan regiones de unos 100 pb, distribuidas por
todo el genoma, polimórficas y que también se usan para experimentos de DNA
fingerprinting. Se han encontrado unos 200.000 loci microsatélites en todo el genoma
humano. La detección del polimorfismo se realiza mediante PCR, se amplifican las regiones
correspondientes a ese STR, con cebadores específicos para la secuencia flanqueante de la
repetición. Se obtienen fragmentos amplificados de diferente longitud dependiendo del
número de repeticiones que tengamos. Para cada individuo también observaremos dos
bandas correspondientes al alelo de cada cromosoma. Para la detección de varios loci STR
a la vez, se realiza una PCR multiplex. Se usan distintos cebadores para detectar distintos
STRs, marcados con diferentes fluorocromos (fluorescencia). Se detectan los fragmentos
por electroforesis capilar y por láser, pudiendo ver el perfil simultáneo de varios loci STR
para un individuo (ver diapositiva 14). Cada pico de la detección por láser representa uno
de los fragmentos, cuando solo vemos un pico es que el individuo es homocigoto para ese
microsatélite, y si hay dos picos es que es heterocigoto.

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Estas técnicas se utilizan más hoy en día para la identificación genética porque se necesita
una cantidad muy pequeña de ADN (nanogramos) comparado con la técnica anterior de
Southern Blot (microgramos). En una escena forense normalmente tenemos restos con
muy poca cantidad de ADN.

DIAPOSITIVAS 13 Y 14:

DNA repetido en tándem: DNA


microsatélite.

Las secuencias microsatélite son muy relevantes en Biomedicina, ya que se ha visto que
pueden estar relacionadas con enfermedades. Las regiones que contienen estas secuencias
pueden estar localizadas en genes (regiones codificantes, regiones no traducidas, intrones,
etc.) de personas sanas con una longitud determinada, pero en algunas enfermedades
estos microsatélites tienen una expansión, es decir, se incrementa la longitud de dichas
repeticiones. Por ejemplo, en la enfermedad de Huntington se produce una repetición de
un trinucleótido CAG en un gen que codifica para la proteína Huntingtina. Los alelos
normales tienen 6-35 repeticiones, pero cuando hay más de 36 repeticiones, el individuo
tienen muchas posibilidades de desarrollar la enfermedad. De 27 a 36 repeticiones el
individuo tiene un fenotipo normal, pero el triplete puede expandirse en la siguiente
generación. De 36 a 40 repeticiones se da una penetrancia incompleta, es decir, no todos
los individuos presentan los síntomas, pero en la siguiente generación seguro que se
manifestará la enfermedad. Con más de 40 repeticiones se presenta la enfermedad.
El triplete CAG codifica una glutamina, así, si hay muchas repeticiones encontramos un
número muy grande de glutaminas, lo que hace que estas proteínas se agreguen entre ellas
y pierdan su función.

Las enfermedades que tienen las repeticiones en una zona codificante se llaman PoliQ. En
este tipo de enfermedades el mayor número de repeticiones está asociado con una mayor
agresividad y aparición más temprana de los síntomas.

Se han encontrado otras enfermedades provocadas por expansiones de trinucleótidos en


regiones no traducidas, por ejemplo en la región 3' o 5', o en regiones intrónicas. En el
síndrome del X frágil la expansión se encuentra en una zona no traducida, en la distrofia
miotónica está en la región 3' no traducida, y en la ataxia de Friedreich está en una región
intrónica.

También se pueden dar enfermedades producidas por repeticiones de tetranulceótidos


(distrofia miotónica 2) y pentanucleótidos (ataxia espinocerebelar 10).

En la diapositiva 15 se muestra una tabla con las enfermedades producidas por


expansiones de trinucleótidos.

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DIAPOSITIVA 15:

DNA repetido en tándem: DNA microsatélite (III).

B) DNA repetido y disperso en el genoma

Elementos transponibles:

Estos elementos constituyen el 45% del genoma. Son secuencias derivadas de la


transposición, que son capaces de cambiar su posición en el genoma. En la diapositiva 16
vemos varios tipos de estos elementos transponibles que se han detectado en el genoma
humano, y el número de copias que se han encontrado de cada uno de ellos. La mayor
parte pertenece a la familia de los retrotransposones, dentro de los que se encuentran las
familias LINE, SINE y retrovirus-like (LTR). En el genoma humanos los LINE y los SINE son
los únicos activos.

Un transposón de ADN es una secuencia que cambia de posición en el genoma, un


retrotransposón también cambia de posición pero a través de un intermediario de ARN, es
decir, el retrotransposón se transcribe, da lugar a un transcrito, el transcrito se copia a
ADN mediante la acción de una transcriptasa reversa codificada por él mismo, y ese ADN
es el que se inserta en una nueva región del genoma.

A los transposones de ADN en humanos se les denomina fósiles porque son incapaces de
replicarse para movilizarse en el genoma. Aunque hasta hace relativamente poco tiempo
han tenido que se móviles, porque por ejemplo, de MER1 tenemos 213.000 copias en todo
el genoma.

DIAPOSITIVA 16:

ADN repetido y disperso en el genoma:


elementos transponibles (I).

En el genoma humano, los retrotransposones más abundantes son LINE-1 (Long


Interspersed Nuclear Elements), que son muy activos y se mueven constantemente en el
genoma. Tenemos más de medio millón de copias de LINE-1 dispersas por nuestro
genoma, pero solo unas 100 son activas. Los elementos LINE-1 se mueven de la siguiente
manera: primero se expresan, es decir se genera un ARNm que codifica una serie de
proteínas, de las que la más importante es una transcriptasa reversa (capaz de sintetizar
una copia de ADN a partir de un ARN). El ARNm es traducido e inmediatamente es copiado
por esa transcriptasa reversa a ADN. Esa secuencia de ADN es la que se integra en otro
punto del genoma por la acción de la endonucleasa (ver diapositiva 16). Lo que se integra
no es el propio elemento, sino una copia que se ha generado a partir de la expresión de ese
elemento.

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Otra familia importante es la de los elementos Alu, retrotransposones más cortos que han
perdido la capacidad de codificar proteínas, con lo que por ellos mismos no pueden
moverse a lo largo del genoma. Lo que hacen es utilizar la transcriptasa reversa de los
LINE-1. Al ser pequeños su transposición es muy activa, tenemos más de un millón de
copias en nuestro genoma.

Los elementos transponibles al insertarse en regiones del genoma pueden interrumpir


genes, provocar reordenaciones cromosómicas por recombinación homóloga entre ellos, y
movilizar algunos exones de genes que están cercanos al sitio de inserción, por lo que el
exón se inserta en un gen distinto, y por tanto, crean nuevos genes. Por último estos
elementos pueden también influir en la expresión de genes que estén cerca del sitio de
inserción.

En la diapositiva 17 se muestra un paciente con hemofilia A causada por una inserción de


una elemento LINE-1 en la región codificante del factor de coagulación VIII.

DIAPOSITIVA 17:

ADN repetido y disperso en el genoma:


elementos transponibles (II).

Pseudogenes procesados: la transcriptasa reversa de los elementos transponibles LINE


puede actuar sobre un transcrito de un gen ajeno a los retrotransposones, se genera una
copia de ADN complementario (ADNc), y se introduce en otra región del genoma,
formando un pseudogen. Esto se da de forma común. Este pseudogen no tiene promotor y
por tanto no es activo, además está procesado porque no tiene ningún intrón. Pueden ir
acumulando mutaciones. Si estos pseudogenes procesados se insertan cerca de un
promotor de otro gen, se podrían reactivar dando lugar a lo que se llama retrogenes. En la
diapositiva 18 se muestran ejemplos de este tipo de genes.

DIAPOSITIVA 18:

Pseudogenes procesados

Pseudogenes

Son genes inactivados por la aparición de mutaciones (pseudogenes unitarios). En muchas


ocasiones se producen tras un proceso de duplicación genómica (pseudogenes
duplicados), por lo que seguimos teniendo el gen normal activo y una copia inactiva.
Siempre se había pensado que estos pseudogenes eran ADN basura, es decir que no tenían
ninguna función, pero recientemente se ha visto que los pseudogenes duplicados son

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transcripcionalmente activos y son capaces de regular la expresión de los genes de los que
proceden. Se han encontrado casos de pseudogenes que se transcriben en la dirección
contraria del gen original dando lugar a una regulación antisentido, también se puede dar
competencia entre los dos ARNs para disminuir los niveles de un determinado transcrito,
por otra parte los transcritos de los pseudogenes pueden generar ARNs de doble cadena
que silencian genes con secuencias similares. Se han encontrado pseudogenes que pueden
regular la expresión tanto de genes supresores de tumores como de protoncogenes.

DIAPOSITIVAS 19 Y 20:

Pseudogenes

Genes que especifican ARNs no codificantes

Existen más genes cuyos productos son ARNs funcionales que genes que codifican para
proteínas. Estos ARNs funcionales están implicados en la síntesis de proteínas, en la
maduración del ARN, en el control de la transposición o en el control de la expresión
génica. Los más conocidos son los microARNs y piwiARNs de cadena corta (20-30 bp),
pero también existen de cadena mediana (hasta 200 bp), y los de cadena larga (long non-
coding RNA >200 bp). Cabe destacar que los microARNs y piwiARNs están implicados en la
regulación de la expresión génica, y que se ha visto que una desregulación de estos genes
está implicada en muchas patologías, especialmente en cáncer. La desregulación puede ser
por silenciamiento o disminución de la expresión del ARN, también por mutaciones,
sobreexpresión o deleciones genómicas. El ARNXIST es capaz de inactivar el cromosoma X
para el efecto de la compensación de dosis.

DIAPOSITIVAS 21 Y 22:

Genes de ARNs no codificantes

2.-MECANISMOS DE EXPRESIÓN GÉNICA


Aquí vamos a hablar de como se expresan los genes que codifican proteínas y como se
regula su expresión. Para que un gen se pueda expresar tienen que tener una región
promotora, donde se va a unir la ARN polimerasa. Cada gen codificante está constituido
por exones (regiones que tienen capacidad codificante) e intrones (regiones sin capacidad
codificante). Los transcritos tienen que ser procesados, es decir los intrones tienen que ser
eliminados, a la vez que se van formando. También hay unas modificaciones necesarias

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para que los transcritos puedan servir de molde para la traducción, que son la adición de
una caperuza en 5' y la adición de una cola de poly A en 3'. Todos estos procesos suceden
al mismo tiempo que se da la transcripción.

El dogma central de la biología molecular es el siguiente:

la información contenida en el ADN se transcribe a ARN, en algunos casos ese ARN ya es


funcional y en otros se traduce a proteínas. Todos estos procesos son bastante complejos y
se regulan en muchos puntos.

La regulación de la expresión génica es un proceso muy complejo en el cual se producen


una serie de modificaciones a distintos niveles:

a) a nivel de la transcripción, ya que tiene que modificarse la estructura tridimensional del


ADN, para ello son necesarios algunos cambios epigenéticos, es decir, modificaciones
químicas de las proteínas y del ADN que forman parte de la cromatina. Una vez estas
modificaciones se han producido, se tiene que dar una interacción correcta de factores de
transcripción junto con la ARN polimerasa y el ADN, y en algunos casos también ocurren
interacciones ADN-microARN.

b) a nivel de procesado del ARN, ya que se genera un mensajero primario y no maduro del
cual, gracias al splicing alternativo, se pueden obtener diferentes transcritos maduros que
darán lugar a diferentes proteínas.

c) a nivel de traducción, ya que las formas de ARN mensajero generadas tienen que
traducirse a proteínas. Además ciertas proteínas deben sufrir modificaciones post-
traduccionales para ser funcionales. Estas modificaciones pueden dar lugar a diferentes
proteínas maduras.

DIAPOSITIVAS 24 Y 25:

Expresión génica

2.1.-Modificaciones a nivel de la transcripción


La transcripción comienza con una modificación tridimensional de la cromatina. El ADN
está unido a unas proteínas, las histonas, formando los nucleosomas, que son octámeros
con 4 tipos de histonas diferentes (H3, H4, H2A y H2B), sobre los que se enrolla el ADN
dando dos vueltas (200 pb). Las histonas y el ADN interaccionan de forma muy intensa,
debido a la carga positiva de estas, se han encontrado 14 puntos de interacción con el ADN,
lo que hace que sea una de las estructuras más estables de la naturaleza. Además, las colas
N terminales de las histonas se proyectan hacia fuera del ADN, estos residuos pueden ser
modificados químicamente de muchas formas (acetilación, ubiquitinación, sumolización,
fosforilación, metilación) (ver diapositiva 28), lo que puede hacer que las histonas dejen de

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interaccionar tan fuertemente con el ADN o que interaccionen de manera todavía más
fuerte, permitiendo la accesibilidad o no del ADN. Hay un patrón particular de
modificación de histonas característico de genes activos o de genes inactivos, es lo que se
denomina el código de histonas. En los genes activos la unión de ADN e histonas es más
laxa, es lo que se conoce como cambios epigenéticos. Se sabe que cuando hay altos niveles
de acetilación de las histonas los genes suelen estar activos, pero lo normal es que haya
una combinación de modificaciones químicas que determinarán si el gen es activo o
inactivo.

El ADN también puede sufrir directamente modificaciones químicas que lo harán más o
menos accesible. La modificación más frecuente en el ADN es la metilación sobre las
citosinas de la cromatina dentro del par CG (CpG). Se estima que el 2-7% de las citosinas
en mamíferos se encuentran metiladas. Cuando el ADN está muy metilado, es inactivo y
para que se produzca la activación de los genes se tiene que dar una inframetilación.
Muchas veces las metilaciones en las citosinas impiden que las proteínas específicas
implicadas en la transcripción o factores de transcripción se unan a las regiones
promotoras. También pueden reclutar una serie de enzimas (MBP) que hacen que no se
puedan unir los factores de transcripción, u otras que provocan modificaciones en las
histonas asociadas con ADN inactivo. La metilación en las regiones internas de los genes
puede impedir el avance del aparato transcripcional.

Para que un gen se exprese el ADN tiene que estar poco metilado, y las colas de las
histonas tienen que ser propias de ADN activo, además el promotor tiene que estar
expuesto. Para ello actúan los Complejos Remodeladores de la Cromatina, que mediante
consumo de ATP modifican el estado de la cromatina desplazando los nucleosomas o
alterando su estructura. Esto lo pueden llevar a cabo desenrollando el ADN de los
nucleosomas, movilizando a los nucleosomas o eliminándolos, introduciendo variantes de
histonas que permiten que los nucleosomas estén relajados, etc. Cuando el gen ya se ha
expresado los complejos remodeladores también pueden volver a compactar la cromatina.

En el caso de las variantes de histonas, por ejemplo, H2Z es una variante de H2A que está
asociada a genes activos, mientras que la variante H3.3 está asociada con activación
transcripcional. Cuando estas histonas se introducen en el nucleosoma, substituyendo a las
histonas anteriores, hacen que la unión con el ADN sea más laxa y que los genes puedan
expresarse.

En la diapositiva 29 se muestra un resumen de todas las modificaciones epigenéticas que


hacen que los genes se expresen o no: metilación del ADN, modificaciones de histonas e
introducción de variantes de histonas. Estas modificaciones hacen que la unión entre
proteínas y ADN sea más laxa, o reclutan a proteínas que ayudan a compactar más la
cromatina o a hacerla más laxa para que el complejo transcripcional pueda unirse.

Hay modificaciones de histonas asociadas con genes inactivos como la metilación de la


lisina 9 o de la lisina 27, mientras que hay otras asociadas con genes activos como la
metilación de la lisina 36 o la acetilación de cualquier histona.

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DIAPOSITIVAS 26-29: Transcripción: modificadores de la cromatina

La importancia de todo esto es que las secuencias que son necesarias para que los genes se
transcriban estén accesibles para que la transcripción se pueda producir. Estas secuencias
importantes para la transcripción son las regiones Promotoras.

El núcleo del promotor es una secuencia del ADN a la cual se une la ARN polimerasa II en
colaboración con factores de transcripción generales (TFIID, TATA binding protein, etc.)
que la reclutan a esa zona. En los promotores de genes humanos puede haber diferentes
tipos de secuencias. La más conocida es la caja TATA, aunque la mayoría de los genes
humanos no la tienen, y las más abundantes son las islas CpG (regiones ricas en C y G), en
las que las citosinas pueden estar o no metiladas. Estas secuencias se encuentran cerca del
punto de inicio de la transcripción, 40 pb por delante o por detrás de este.

También se necesitan elementos proximales, localizados como mucho a 100 pb del inicio
de transcripción, que forman el promotor regulador. Son secuencias reguladoras
reconocidas por proteínas que aumentan la eficacia del ensamblaje del complejo de
transcripción. Estas proteínas ejercen su función interaccionando con la propia ARN
polimerasa o con los factores de transcripción generales.

En la transcripción también son importantes los elementos distales, los llamados


Enhancers y Silenciadores. Son secuencias que influyen en la transcripción de los genes
actuando a distancias muy amplias de dichos genes (del orden de Kb, hasta unos 50 kb de
distancia hacia 3’ o 5’ e incluso en intrones). Los Enhancers o Amplificadores
aumentan/promueven la expresión y la transcripción de los genes, aunque por sí mismos
no tienen actividad promotora. Otras secuencias se denominan Silenciadores o Represores
y actúan silenciando a los genes desde la distancia como en el caso anterior.

Se han llevado a cabo una serie de experimentos para determinar como funcionan estas
secuencias (ver diapositiva 31). Cuando solo hay un promotor se da la transcripción a nivel
basal (a), si no hay promotor no se da transcripción (b), si hay un enhancer sin promotor
tampoco hay transcripción (c), si hay un enhancer cerca o lejos de un promotor, se da la
transcripción a niveles importantes.

Los enhancers actúan por la unión de proteínas específicas que forman una especie de lazo
para interaccionar con la ARN polimerasa y con la maquinaria de transcripción,
aumentando así la tasa y la eficiencia de este proceso. Los silenciadores tienen las mismas
características y actúan igual que los enhancers, pero inhibiendo la transcripción. Estos dos
tipos de elementos pueden actuar incluso estando por detrás del inicio de transcripción o
en intrones, y pueden controlar varios genes de forma coordinada.

Los aislantes o insulators son secuencias que sirven para restringir o limitar la acción de
enhancers y silenciadores, de manera que no influyan sobre otros genes que no son los

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suyos (ver diapositiva 31). Los silenciadores también sirven para separar regiones activas
de la cromatina, de otras no activas.

Mutaciones en las secuencias reguladoras proximales o distales o en la región promotora,


harán que un gen cambie su expresión.

DIAPOSITIVA 30 Y 31:

Transcripción: Promotores,
Enhancers, Silenciadores y
Aislantes.

2.2.-Modificaciones a nivel de procesado de ARN

Al comienzo de la transcripción se producen unas modificaciones de los transcritos que se


van generando en el extremo 5’ y en el interior de los genes.

La primera modificación es la adición de la caperuza en 5’. Esta estructura es una guanina


metilada que se añade al extremo 5’ del transcrito, y que no estaba presente en el ADN
molde. Se añade mediante un enlace entre el C 5' del primer nucleótido y el C 5' de la
guanina, que quedan separados por tres grupos fosfato. Tiene una función esencial para el
ARN mensajero (ARNm) ya que permite que sea reconocido por el ribosoma, lo protege
frente a exonucleasas (gracias a unas proteínas que se unen a la caperuza), y además
aumenta su eficiencia de ser transportado al citoplasma para su traducción. Esta adición se
produce al principio, cuando el transcrito tiene unos 25-30 nucleótidos de longitud. En
este momento la transcripción para mediante la acción de las proteínas NELF y DSIF, y se
da el reclutamiento de las enzimas responsables de la adición de la caperuza 5', una
guanidil transferasa y una guanina7-metiltransferasa. Estas dos enzimas se encontraban
unidas al extremo C terminal de la ARN polimerasa (dominio CTD fosforilado) desde el
inicio de la transcripción. Cuando se ha añadido la metilguanosina, se recluta la proteína P-
TEFb, que es una kinasa encargada de fosforilar de nuevo el dominio CTD de la ARN
polimerasa. En este momento las enzimas unidas al dominio C terminal se sueltan, a la vez
que se sueltan las que paraban la transcripción, y así esta puede seguir con el proceso de
elongación. Este punto es un check point o punto de control, es decir, si la adición de la
caperuza no se produce correctamente, la transcripción es abortada. Para seguir con el
proceso de elongación se tiene que unir el complejo CBC.

DIAPOSITIVA 32:

Procesado de los ARNms: capping en 5’.

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La segunda modificación es la eliminación de los intrones, lo que se denomina Splicing,


Ayuste o corte y empalme. Los genes eucariotas se dividen en regiones codificantes
(exones) y no codificantes (intrones). Los intrones tienen secuencias que han de ser
eliminadas del transcrito primario para obtener el ARNm maduro. El intrón está marcado
por una serie de secuencias consenso, en el extremo 5' está la región 5' de splicing, en el 3'
la secuencia 3' de splicing y en el interior del gen una secuencia de ramificación. Estas
secuencias son reconocidas por un complejo llamado Espliceosoma(o procesasoma o
ayusteosoma), formado por ARNs muy cortos y ricos en U (U1, U2, U4, U5, U6) asociados a
ribo-nucleoproteínas, y a otras proteínas. Los intrones se eliminan mediante el
reconocimiento de esas secuencias, permitiendo la unión de los exones en el proceso de
transcripción. Esto ocurre a la vez que se va dando la transcripción, no cuando ha acabado.

DIAPOSITIVA 33:

Procesado de los mRNAs: eliminación

de intrones (splicing)

Los intrones no siempre se eliminan de la misma forma, un ARNm primario puede dar
lugar a varios y distintos ARNm maduros con diferentes combinaciones de exones, esto
provoca la gran variedad de proteínas existentes y se conoce como Splicing Alternativo. Se
considera que el 90% de los genes humanos sufren splicing alternativo. Un ejemplo de
splicing alternativo es el de la alfa-tropomiosina. En este caso, el ARNm es diferente según
el tipo celular. Así, a partir de un mismo gen se obtienen diferentes proteínas (diapositiva
35). Existen exones constitutivos, que se encuentran en todas las proteínas, y exones
alternativos, que solo están en algunas.

En la diapositiva 34 se muestran los diferentes tipos de splicing que se pueden dar. En la


diapositiva 35 se muestra el splicing alternativo del gen de la alfa-tropomiosina según en
tejido en que se vaya a expresar.

Este proceso se da por la presencia en los propios genes de una serie de secuencias
reguladoras, que pueden estar en exones (ESE, ESS) o en intrones (ISS, ISE), y que son
reconocidas por proteínas que activan o reprimen el splicing, siendo reconocidas o no por
el spliceosoma. Estos sitios de reconocimiento suelen ser específicos de tejido, de esta
manera en cada tipo de tejido se produciría una proteína diferente. En la diapositiva 36 se
muestra como actúan estos activadores y los represores del splicing.

DIAPOSITIVAS 34- 36: Procesado de los mRNAs: splicing alternativo.

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La tercera modificación es la poliadenilación en 3’, es decir, la adición de una cola polyA.


Para que esto se de, se necesitan dos secuencias fundamentales en el ARNm que se está
transcribiendo, la señal de poliadenilación AAUAAA, y una secuencia rica de Uracilos y
Guaninas. El complejo Factor de Especificidad de Corte y Poliadenilación (CPSF) se une a la
señal de poliadenilación, y la secuencia rica en G y U se une al factor de estimulación de
corte (CstF), también se reclutan una polimerasa poli A y varios factores de corte. A
continuación se da un corte, unos 50 nucelótidos por detrás de la señal de poliadenilación,
por parte del CPSF. En el extremo 3’ del fragmento del transcrito se añade la cola polyA
(unos 200 nucleótidos de A) por la acción de una polimerasa poli-A (PAP) para que se
forme el transcrito maduro. El otro fragmento se degrada por la acción de las exonucleasas
(Rat1) en dirección 5'3'. Cuando esta exonucleasa llega al sitio donde todavía se está
transcribiendo el ADN, se produce el desensamblaje del complejo de transcripción y la
finalización de la misma. La poliadenilación está relacionada con el final de la
transcripción. La cola Poli-A añadida permite proteger al transcrito frente a la acción de las
exonucleasas, regular la eficiencia de la traducción y además mejorar la eficiencia del
transporte del ARNm al citoplasma. No todos los ARNms presentarán cola Poli-A, por
ejemplo no lo presentan los ARNms que codifican para las proteínas Histonas, pero tienen
otros sistemas para proteger los extremos 3'.

Según lo comentado hasta ahora, es evidente que existe un acoplamiento entre la


transcripción y el procesado de los transcritos para que estos sean funcionales (ver
diapositiva 38).

DIAPOSITIVAS 37 Y 38:

Procesado de los mRNAs:


poliadenilación en 3’ y
Acoplamiento de transcripción y
procesado.

En el transporte del transcrito (ARNm) al citoplasma, el transcrito generado está


completamente cubierto por proteínas, entre las que se encuentra el complejo TREX. Así, el
transcrito es dirigido al poro nuclear, por donde atravesará la membrana nuclear, mientras
que el complejo TREX se queda siempre en el núcleo. Una vez en el citoplasma, los ARNm
son interceptados por unas proteínas esenciales para el inicio de la traducción, los factores
de iniciación.

DIAPOSITIVA 39:

Transporte del mRNA al citoplasma.

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2.3.-Modificaciones a nivel de traducción

La traducción de un transcrito específico se da por la acción de los ribosomas, los cuales


están formados por dos subunidades. Además se necesitan una serie de proteínas
específicas como son los factores de iniciación, los factores de elongación y los factores de
terminación, y una serie de ARNt cargados con los aminoácidos necesarios. Las dos
subunidades del ribosoma están normalmente separadas, y solo se ensamblan cuando se
va a dar la traducción.

El proceso de iniciación de la traducción es bastante complejo y es el punto de regulación


en la mayoría de los genes. Siempre tienen que estar presentes los siguientes elementos:
un ribosoma completo y un ARNm molde con un codón de inicio (AUG) que siempre
codifica para una metionina. El ribosoma recluta un ARNt que lleva la metionina (primer
aminoácido que se une a la proteína en eucariotas). Este ARNt se une a la subunidad
pequeña del ribosoma (complejo de preiniciación), y se recluta el ARNm con factores de
iniciación que reconocen la caperuza 5’ y la cola poli A y GTP. A continuación comienza el
proceso de scanning para la búsqueda del codón de inicio de la traducción, que está
embebido en la secuencia Kozak GCCA/GCCAUGG. Así, se genera el Complejo de
preiniciación abierto en el que se encuentra el ARNt, la metionina colocada encima del
codón de inicio y la subunidad pequeña del ribosoma. Una vez se añade la subunidad
grande del ribosoma el complejo de preiniciación se cierra y comienza el proceso de
elongación.

DIAPOSITIVAS 40 Y 41:
Traducción (I y II)

En la fase de elongación se necesitan factores de elongación, se van incorporando nuevos


ARNt cargados con los aminoácidos que van siendo reconocidos por los sucesivos codones
después del de inicio. Los aminoácidos que se van incorporando se unen a los otros por
enlaces peptídicos. El ribosoma se va trasladando al extremo 3’ para ir reclutando
aminoácidos a los demás codones.

El ejemplo que ilustra los diferentes factores de elongación que participan se encuentra en
la diapositiva 42. Como se puede ver hay 3 sitios activos en el ribosoma, el sitio peptidil
(P), el sitio aminoacil (A) y el sitio de salida (E). El primer ARNt con la meteonina se une al
sitio P, el factor de elongación EF1 alfa lleva el siguiente ARNt cargado con el aminoácido
correspondiente al siguiente codón al sitio A, a continuación se produce un enlace
peptídico entre los dos aminoácidos que se quedan en el sitio aminoacil. Después se da un
proceso de translocación y el ribosoma se mueve tres nucleótidos hacia la derecha (3') del
transcrito, quedando el sitio A vacío de nuevo. La translocación la lleva a cabo el factor de

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elongación EF2, mediante la hidrólisis de un GTP. Ahora se puede volver a repetir el suceso
anterior para ir añadiendo aminoácidos a la nueva proteína.

La traducción termina cuando el siguiente codón que aparece dentro del ribosoma es un
codón de parada, que no especifica ningún aminoácido, por tanto no va a ser reconocido
por ningún ARNt sino por Factores de Terminación (-RF- Release Factors) de la traducción.
Esto permite el desensamblaje del ribosoma y la liberación del péptido que ya está
sintetizado. Para profundizar en este tema podéis consultar libros generales de Genética y
Biología Molecular.

DIAPOSITIVA 42:

Traducción (III)

Las proteínas recién sintetizadas pueden sufrir modificaciones postraduccionales para ser
funcionales o para ser transportadas a un compartimento celular donde ejercerán su
función.

DIAPOSITIVA 43:

Modificaciones postraduccionales de las


proteínas.

En total el genoma tiene unos 20.000 genes que codifican para proteínas, y que pueden dar
unos 100.000 transcritos diferentes, de los que se pueden obtener 1.000.000 de proteínas
diferentes.

DIAPOSITIVA 44:

Expresión génica en el genoma humano

2.4.-Mutaciones en regiones implicadas en la expresión de genes

Las mutaciones pueden ocurrir en regiones esenciales de los genes implicadas en su


expresión, por ejemplo en el promotor (importante para la expresión), en la 5’ UTR
(importante para iniciar la traducción en el proceso de Scanning), en los exones (producirá
una alteración en la capacidad codificante del gen), en los intrones (se modificará su

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eliminación), o en las señales de poliadenilación (el tránscrito no sería transportado de


forma eficaz). Además estas mutaciones pueden afectar a las distintas etapas de la
expresión génica como se ilustra en la diapositiva 45. En definitiva, todas la partes del gen
son importantes, porque cada una tiene una función determinada.

DIAPOSITIVAS 45 Y 46:

Mutaciones

ANEXO 1

Podéis consultar las principales características del genoma humano en la diapositiva 46.

DIAPOSITIVA 47:

Principales características del genoma


humano.

ANEXO 2-Proyecto ENCODE

Este proyecto se inició en el año 2003 como continuación a los resultados obtenidos en el
proyecto Genoma Humano, donde se evidenciaba que sólo el 1.5-2 % del genoma humano
era codificante, y sus resultados se publicaron en 2012. Con el proyecto ENCODE
(Enciclopedia de elementos de ADN) se pretendía dilucidar qué función tenía el resto de
genoma “basura”. El objetivo era analizar 150 líneas celulares que crecen fácilmente en el
laboratorio, para identificar secuencias o elementos de ADN que fueran funcionales. Los
experimentos de expresión de genes eran principalmente el mapeo de regiones en las que
el ADN estaba metilado, regiones con modificaciones de la cromatina (histonas), regiones
hipersensibles a la ADNasa (desnudas de nucleosomas, que están siendo expresadas),
sitios de unión a factores de transcripción, elementos enhancers, promotores, y todos los
transcritos que se podían generar en las líneas celulares, es decir, todos los ELEMENTOS
FUNCIONALES DEL GENOMA. Se definieron los elementos funcionales del genoma como
segmentos que dieran lugar a productos detectables (proteínas o tránscritos) o a firmas
bioquímicas reproducibles

Se extraen de este proyecto tan ambicioso, tres conclusiones principales:

1.- El 80.4% del genoma humano participa al menos en un proceso bioquímico asociado a
ARN o a cromatina en al menos un tipo celular. En el 80% del genoma hay algún elemento
funcional presente, no todo es ADN basura.
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2.- Muchos polimorfismos de nucleótido sencillo (SNPs) asociados a enfermedades por


estudios a escala genómica (GWAS), que no estaban localizados en ningún gen concreto ni
región codificante, se han mapeado en algunos de estos elementos funcionales del genoma.

3.- Alrededor del 75% del genoma se transcribe en algún momento y tipo celular. Por otra
parte, los genes están entrelazados de forma que se sintetizan transcritos solapantes de
ambas cadenas de DNA. Estos descubrimientos obligan a replantear la definición de gen y
de la mínima unidad de la herencia.

DIAPOSITIVAS 48 Y 49:

El proyecto ENCODE.

ANEXO 3. El proyecto Epigenoma

Los resultados de este proyecto se publicaron en 2015, y se pueden encontrar en la web


http://www.roadmapepigenomics.org/. Se repitieron los experimentos que se habían
hecho en el proyecto ENCODE, utilizando células de diferentes tipos extraídas de muestras
humanas. En la diapositiva 51 se muestran todos los tejidos que se utilizaron. Se quería ver
las diferencias epigenéticas entre las diferentes células y tejidos

La información que se obtuvo confirmó muchas cosas que ya se sabían del proyecto
ENCODE, en tejidos humanos.

Las conclusiones que se sacaron fueron:

 Todas las células del cuerpo humano tienen el mismo genoma pero diferentes
epigenomas (modificaciones del ADN y de las histonas).

 Cuando las células madre se diferencian hacia un tejido cambia su epigenoma y la


dinámica de las marcas epigenómicas permite establecer relaciones significativas
entre tipos celulares, tejidos y linajes.

 Variaciones genéticas asociadas a enfermedades, como mutaciones y


polimorfismos, tienen un efecto sobre los patrones epigenéticos en tejidos
relevantes para las mismas.

DIAPOSITIVAS 50 Y 51

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