 ¿Cuáles serían los métodos que utilizaría para este caso?

Métodos constructores:

Crearía estos métodos teniendo en cuenta que requiero crear varios objetos, entre ellos
serían, de diferentes clases y evidentemente manejando las herencias respectivas,
poliforsmismo,etc.:

public Alumnos(String Alumnos) {

this. Alumnos = Alumnos;
}

Crearía una lista para las asignaturas como método set de

entrada.

public Asignaturas(String code, String name, Integer creditos) {

this.code = code;
this.name = name;
this. creditos = creditos;
}

public notas( Int calificacion) {

this. calificacion = calificacion;

Adicionalmente métodos de notas que se pueden instanciar en

las asignaturas con el fin de saber si perdió o paso según los
créditos para cada asignatura.

public int resultado() {

// método que da el valor de la coordenada de asignatura, que
me permita saber si el estudiante tuvo el puntaje para pasar la
asignatura o no, con una condicional, con el cual puede llamar
al metodo notas() y compararlo con la lista de asignaturas y
determinarle las variables para pasar esta materia y que me
retorne un valor para cada nota dependiendo la asignatura//
return x;
}

Después implementaría métodos de acceso get.

Con el fin de que me devuelvan los valores de cada objeto
creado y cumplan con las condiciones que le envié.

 ¿Cómo cree que deben aplicarse estos métodos?

Estos métodos se aplicarían directamente a las clases, según su relación con el objeto

A esto se les determinaría eventos a cada elemento(button,label,scroball,etc.),con el fin

de ser mas intuitiva la manera de tener la información para el usuario final.

Dependiendo que desee el usuario final se crearían más métodos con el fin de ser un
aplicativo altamente robusto y fácil de usar que es la finalizada de todo aplicativo.

 ¿Cuándo cree que se podrían sobrecargar estos métodos?

public notas( Int calificacion) {

this. calificacion = calificacion;

public notas( doublé calificacion) {

this. calificacion = calificacion;

Esta sería una forma de sobrecargar los métodos abriendo varios métodos,
polimorfismo(subclases o en las mismas clases) pero dándole parámetros de
entrada muy diferentes como(int,boolean,String,char,etc),esto hace que se
sobrecarguen los métodos.