Ernst Haeckel nació el 16 de febrero de 1834 en Potsdam.Hijo de Carl Gottlob Haeckel
y Charlotte Sethe.Doctorado por la Universidad de Berlín en 1857, se dedicó brevemente a la medicina antes de trabajar como profesor de anatomía comparada en la Universidad de Jena.Ernst Haeckel se dedicó al estudio de los invertebrados marinos en Italia.En 1866 conoció a Charles Darwin volviéndose uno de los partidarios más decididos de la doctrina evolutiva en el continente. Desde 1866 hasta 1867, realizó un viaje a las Islas Canarias con Hermann Fol.Realizó grandes generalizaciones sobre Anatomía Animal Comparada y embriología, vistas desde un aspecto evolucionista. Así en 1866 basándose en las reglas de Von Baer y en los fenómenos descritos por Meckel y Serres, enunció la ley Biogenética fundamental, según la cual "La ontogenia es una corta recapitulación de la filogenia". Según Ernst Haeckel, cada animal recorre a lo largo de su desarrollo embrionario todas las fases evolutivas que le han llevado a ocupar su lugar en el orden natural. Así, un feto humano comienza su desarrollo como una simple célula, exactamente del mismo modo en que debió comenzar la vida. Unos ocho días más tarde, la célula se ha convertido en una esfera hueca (la blástula) cuya morfología es similar a la de las esponjas. Seguidamente, la invaginación del embrión produce una estructura de dos capas en forma de copa (la gástrula) que recuerda a los celentéreos, como los corales y las medusas. Luego el embrión humano comienza a alargarse y, en treinta días, atraviesa fases en las que presenta agallas, cola y extremidades similares a aletas, típicas de los peces y los anfibios. Pronto, el embrión adopta una forma claramente propia de los mamíferos, pero hasta dos meses más tarde no se aprecia claramente que es un primate.Aplicando la ley Biogenética, Ernst Haeckel propuso en 1874 la hipótesis de la Gastrea, en donde consideró que el antecesor de todos los metazoarios estaba formado por dos capas (ectodermo y endodermo) de forma similar al estadio de gástrula del desarrollo embrionario, mediante el cual surgiría el endodermo por una invaginación de la blástula, según esta hipótesis, el estado diploblástico de la ontogenia ha sido considerado como una repetición de esta forma ancestral. Este concepto, si bien de una forma modificada sigue teniendo aceptación. En 1874, basándose en los trabajos desarrollados por Kovaleuvskij ubicó la posición taxonómica del phylium Chordata. A pesar de que hay mucho de verdad en esta idea, la más famosa de sus conjeturas, el intento por parte de Haeckel de reconstruir los linajes evolutivos sobre la base del desarrollo embrionario le condujo a filogenias que, como hoy sabemos, eran totalmente incorrectas. Sin embargo, muchas de sus deducciones se anticiparon al desarrollo de la biología moderna. Consideraba la psicología como una rama de la fisiología; inventó el término ecología para hacer referencia al estudio de la interacción entre los animales, y propuso que la selección sexual (la elección de los machos por parte de las hembras) había conducido a la evolución de dimorfismos sexuales tan llamativos como la cola del pavo real y los cuernos del alce.En 1867, se casó con Agnes Huschke. Su hijo Walter nació en 1868, sus hijas Elizabeth en 1871 y Emma en 1873. Ernst Haeckel murió en Jena el 9 de agosto de 1919.