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UNIDAD 2 FASE 5 ESTUDIO DE CASO 5

JOHAN FERNANDO VARGAS SUAREZ

CÓDIGO: 1036935666

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD

203022-18 ORGANISMOS TRANSGÉNICOS

JULIANA RIVERA

NOVIEMBRE 2020
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1. ¿Qué significa el acrónimo CRISPR? Son secuencias o repeticiones polindrómicas

agrupadas que reciben este nombre por sus siglas en inglés (Clustered Regulary interspaced

Polindromic Repeats) es una herramienta de origen microbiano y de gran importancia en la

ingeniería genética, toma segmentos de ADN de los fagos para y los almacena como archivos,

para posteriores ataques del mismo enemigo[ CITATION Lop15 \l 9226 ]

2. ¿Cuál es la función biológica del sistema CRISPR/Cas en las células

procariotas? Esta herramienta les permite a los microorganismos tomar fragmentos de

información (Ácidos nucleicos) del ataque de organismos invasores, los fragmentos serán

guardados en archivos de memoria los cuales serán utilizados mas adelante, al presentarse un

nuevo ataque con estos archivos se reconoce los invasores y a si poder atacar al invasor cortando

sus ácidos nucleicos en sitios reconocidos.[ CITATION Lop15 \l 9226 ]

3. ¿Qué es un motivo adyacente de protoespaciador (PAM, del inglés

Protospacer adjacent motif)? Este es un componente del virus o del plásmido invasor,

está compuesto por una secuencia de ADN en el cual se encuentran 2-6 pares de base posterior a

la secuencia del ADN dirigida por la nucleasa Cas9

4. “sgRNA” es la abreviatura que hace referencia a una molécula sintética de ARN

guía de cadena sencilla. ¿Cuál es la función de sgRNA en el Sistema CRISPR/Cas? Por

favor apóyese de imágenes para explicar dicha función tal claramente como le sea posible.
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Estos son fragmentos cortos de ARN guías (ARNgs) codifican la información de edición

y son transcriptos desde los maxi círculos y los mini círculos

Los tracRNA y crRNA son unidos y convertidos en un solo RNA los cuales son llamados

sgRNA a esta molécula se une las Cas alineándose, al entrar una molécula ajena a la célula, esta

formación identifica la molécula exógena buscando los elementos de reconocimiento, al

identificar los elementos de unión entra en función Cas generando cortes a la molécula de DNA

y a si desactivar la amenaza.[ CITATION MCh18 \l 9226 ]

5. OsSEC3A, una subunidad importante del complejo de exocisto en el arroz. ¿Cuál

es la función del complejo de exocisto a nivel celular? El complejo exocisto es un complejo

proteico octamérico el cual está estrechamente relacionado con la exocitosis, la exocitosis es el

proceso en el que la célula expulsa el contenido de sus vesículas hacia la zona extracelular. Su

función a nivel celular es regular la exocitosis y fijar las vesículas en la membrana plasmática. El

gen OsSEC3A es una subunidad muy importante en el complejo de exocisto en las plantas de

arroz, este gen tiene la capacidad de participar en el complejo de exocistos e interactuar con otras

sub unidades.[ CITATION Lop18 \l 9226 ]

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6. Escriba la secuencia PAM utilizada por los investigadores para lograr la

interrupción del gen OsSEC3A.

secuencia PAM de interrupción (TGG)

7. Escriba la secuencia objetivo de edición ubicada en la vecindad del PAM.

(TTATTTCGAATGATCCTAG)

8. Mencione 2 características fenotípicas presentes en las plantas de arroz OsSEC3A

mutantes. En las plantas mutantes de OsSEC3A presentaron caracteres fenotípicos como el

enanismo y manchas necróticas, estas manchas necróticas se deben a muerte celular.

[ CITATION Man18 \l 9226 ]. ¿Puede cada una de estas características favorecer o

desfavorecer la producción de arroz? ¿si o no? y, ¿por qué? Estas características

desfavorecen en la producción de arroz, debido a que lo mencionado por los autores de

“Disruption of OsSEC3A increases the content of salicylic acid and induces plant defense

responses in rice” encontraron que estas plantas mutantes presentaron varias características en

disminución como “ Altura de la planta, longitud de la panícula, numero de tallos, peso de mil

granos y la fertilidad presente en las espigas” estos factores mencionados anteriormente

presentaron gran porcentaje de disminución frente a la comparación de las plantas silvestres,

también se observo que presentan alto grado de resistencia a enfermedades ya que después de la
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aparición de la manchas necróticas se empezó a notar mejor acumulación de SA en las plantas

mutantes OsSEC3A [ CITATION Man18 \l 9226 ]

9. Mencione 3 razones, por las que la tecnología CRISPR/Cas9 fue preferida por los

investigadores con respecto a las tecnologías de recombinación genética y mutagénesis

convencional. Estas razones deben tener soporte documental científico. Para ello, refiérase

a la base de datos Science Direct desde la página de la biblioteca de la UNAD (enlace para

ingresar al recurso de la biblioteca:

https://stadium.unad.edu.co/ y al buscador académico (enlace para ingresar al

buscador: https://scholar.google.es/) y garantice la selección de 3 documentos relacionados

con CRISPR/Cas9 y sus ventajas competitivas. Lea y extraiga las 3 razones para usted, más

importantes. Por favor tenga adherencia a las normas APA para las citaciones

correspondientes.

CRISPR/Cas 9 es un novedoso método de edición genética en el cual se pueden realizar

modificaciones genéticas de gran cantidad de células, en el trabajo “Nuevos modelos

transgénicos para el estudio de la enfermedad de Parkinson basados en sistemas de edición con

nucleasas” este sistema contiene secuencias cortas e individuales formadas por 20-25pb las

cuales son encargadas de direccionar a la nucleasa Cas 9 a unas secuencias especificas invasoras

de ADN exógeno, Cas 9 corta estas secuencias con gran precisión [ CITATION Cot20 \l 9226 ]

la utilización de esta herramienta le permitió reactivar células por medio de la

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CRISPR/Cas 9 es una herramienta que se ha extendido en diversos campos entre ellos

encontramos el campo agrícola con edición de plantas, una de sus grandes ventajas es la

regulación de la expresión génica y visualización in vivo de la cromatina. Uno de los ejemplos

claros de la aplicación de esta herramienta en la edición de plantas en la transformación genética

de Agrobacterium tumefaciens La cual se ha logrado con diversas especies de plantas en las

cuales se han incorporado un numero bajo de copias del gen de interés esto hace de esta

herramienta un método de bajo costo y de gran aplicación [ CITATION Con18 \l 9226 ]

(Perspectiva futura) La herramienta CRISPR/Cas9 se puede convertir en una gran

herramienta de edición genética, en la actualidad hay una gran preocupación por la alta descarga

de agroquímicos en diversos cultivos, estas descargas afectan el entorno, ambiental y la salud

humana. Con CRISPR podemos empezar a implementar soluciones e insertar genes que otorguen

resistencia a diversas plagas en múltiples cultivos, pero esto es algo que se debe evaluar a gran

dimensión su efecto en campos abiertos y otra gran barrera que habría de vencer es la opinión

publica donde algunos ven la edición genética de plantas con recelo.[ CITATION Lop18 \l

9226 ]

10. ¿Para qué sirve la herramienta web CRISPR-P 20

(http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/ la herramienta CRISPR web sirve para la

elaboración y diseño de sgRNA en plantas estos diseños se elaboran por medio de computadoras

donde sus errores son mínimos. Esta herramienta posee los siguientes beneficios. Los diseños de

sgRNA son compatibles con 49 genomas de plantas. Mejora el sistema de puntuación de los

sgRNA para la eficiencia dentro del objetivo. Una gran ventaja que presenta CRISPR 2.0, es su
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compatibilidad con sistemas como CRISPR/Cas, Cpf1, algunas endonucleasas Cas9 CRISPR 2.0

proporciona análisis completos de las secuencias guías, lo cual destaca las opciones de,

contenido de GC, sitios de las endonucleasas de restricción, secuencias de micro homología las

cuales flanquea el sitio de dirección y por ultimo estructuras secundarias de sgRNA Identifica

sgRNA a partir de secuencias personalizadas o cargar secuencias del genoma personalizadas e

identificar sgRNA

11. ¿Cuál es el flujo de trabajo que debe aplicarse para emplear la herramienta web

CRISPR-P 2?0? Escriba los 6 pasos.

1 RD-Buil (Genoma de referencia y anotación genética)

2 UD-Buil Datos de secuencia o alineación del usuario

3 Base de datos (referencia sgRNA, posición relativa de puntuación en el objetivo,

posición fuera del objetivo de puntuación)

4 PL-Search (lista de genes análogos, modo de búsqueda)

DB-Search (lista de genes, modo de búsqueda)

5 Resultados (1 los ARNsg Comunes para los paralogos, 2 los ARNsg específicos para

cada gen, y 3 los ARNsg que existen en la UD se marcan como “UD”)

6 resultados (los ARNsg específicos en RD-UD, los ARNsg comunes en ambas bases de

datos)
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Estudio de caso B:

Científicos de una empresa japonesa, crearon la primera rosa del mundo con pigmento

para color azul. Anteriormente, rosas de coloración azul ya eran producidas a través de cruces

selectivos, pero no eran consideradas azules verdaderas. La técnica utilizada consistió en extraer

el gen de la enzima que produce el pigmento azul de una flor llamada

“pensamiento” e incorporarlo al genoma de la rosa para que produzca el

color azul

1 ¿Cuáles fueron las especies de flores que utilizaron los investigadores para aislar

el gen que participa en la biosíntesis del color azul?

Los investigadores primero seleccionaron rosas de color rosa y malva mediante

observación visual, estas flores ya se había estudiado que contenían el gen F3’5’H que expresaba

delfinidina (44%), pero esta no era suficiente para dar un color azul, a si que se uso solo la

variedad Malva “lavande”

2 ¿Cuál es el gen encargado en participar en la biosíntesis del color azul? ¿Qué

proteína se traduce a partir de este gen? El color azul en las rosas se logra obtener mediante

el reemplazo funcional del gen endógeno DFR en una expresión baja y sobre expresar el gen

DFR del iris in vivo, adicional a esto la expresión del gen F3’5’H. se logró sustituir la síntesis de

Cianidina y reemplazarla por síntesis de delfinidina.

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3 ¿Para desarrollar esta rosa transgénica fue necesario recurrir al Silenciamiento

genético, la recombinación genética o ambos? Explique su respuesta. En el desarrollo de esta

rosa transgénica solo se recurrió al silenciamiento genético donde se silenció un gen que

expresaba una función enzimática de la planta, se optó por hacer expresión de otro gen el cual

traducía y expresaba una característica fenotípica deseable, la cual es la acumulación de

delfinidina que otorgaba color azul a las plantas.

4 ¿Cuál fue el método de transformación que emplearon para la obtención de esta

planta transgénica? El método de trasformación fue la clonación de genes biosintéticos, el cual

es una técnica de la biología molecular donde se ensamblan moléculas de ADN para ser

multiplicadas en organismos receptores de allí se obtiene gran cantidad de copias.

5 En este experimento existió un gen marcador de selección. ¿por qué es necesario

utilizar un gen marcador de selección? y ¿cuál es el gen marcador de selección que se

utilizó para la producción de la rosa “Applause”?

Los genes marcadores son muy importantes gracias a que con ellos se puede rastrear la

herencia de algún gen en específico de interés, estos pueden formar parte de un gen o no formar

ninguna función específica. Los marcadores genéticos son segmentos o partes de ADN con una

ubicación especifica en el cromosoma. En el trabajo “La ingeniería de la vía biosintética de

flavonoides de rosas generó con éxito flores de tonalidad azul que acumulan delfinidina” se

utilizó el gen marcador (Neomicina transferasa II, NPTII)

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6 ¿Sería posible que esta rosa transgénica sea obtenida mediante la tecnología

CRISPR/Cas9? Explique el porqué de su respuesta.

No seria posible ya que la herramienta CRISPR/Cas 9 no sintetiza, en su proceso

CRISPR se encarga de reconocer y almacenar segmentos de ADN exógenos memorizándolos

para un fututo ataque, posterior a esto es una enzima que se encarga de destruir fracciones de

ADN para evitar que se sinteticen en el organismo

¿Es ético que los investigadores modifiquen genéticamente los organismos?

Me parece ético que se apliquen este tipo de tecnologías sin que se atente contra la

biodiversidad del planeta, y sin olvidar las plantas primarias o plantas no transgénicas ya que

gracias a ellas y a la investigación que se ha venido desarrollando en ellas se han podido llegar a

grandes logros, esto no solo se debe ver como comercio también es importante mencionar que

gracias a este tipo de investigaciones, se han podido detectar productos o moléculas beneficiosas

para el ser humano.

Referencias

Concepción-Hernández, M. (2018). CRISPR/Cas: aplicaciones y perspectivas para el

mejoramiento. Biotecnologia Vegetal .

Cota coronado , J., Sandoval Avila , S., Gaytan Avila , Y., Diaz , N., Bega Ruiz , B., Padilla

Camberos , E., & Diaz Martinez , N. (2020). Nuevos modelos transgénicos para el

estudio de la. Neurologia .

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Lopez Casillas , F. (2015). CRISPR el sueño divino echo realidad . Revista de la faculta de

medicina .

Lopez Marquez, D., R. Bejarano , E., & Luna, A. (2018). El sistema CRISPR/Cas, un poderoso

aliado aen la lucha contra los organismos fitopatogenos. Soceidad Española de

FZitopatologia .

M. Chavez , V., & Jacobo . (2018). El sistema de edicion genetica CRISPR/Cas y su uso como

antimicrobiano especifico. Revista especializada en Ciencias Quimico- Biologicas.

Man , J., Chen, J., Wang , M., Ren , Y., Wang, S., Lei, C., . . . Sodmergen. (2018). Disruption of

OsSEC3A increases the content of salicylic acid. Journal of Experimental Botany .

Katsumoto, Y., Fukuchi-Mizutani, M., Fukui, Y., Brugliera, F., Holton, T. A., Karan, M.,

… Tanaka, Y. (2007). Engineering of the Rose Flavonoid Biosynthetic Pathway Successfully

Generated Blue-Hued Flowers Accumulating Delphinidin. Plant and Cell Physiology, 48(11),

1589-1600. https://doi.org/10.1093/pcp/pcm131. Recuperado

de https://bibliotecavirtual.unad.edu.co/login?url=http://search.ebscohost.com/login.aspx?

direct=true&db=edsbas&AN=edsbas.E743BAD2&lang=es&site=eds-live&scope=site.