MATEO GUTIERREZ ROJAS

250181023

ASIGNATURA
SISTEMAS DE PRODUCCION PECUARIA 1

DOCENTE:
HERNANDO GUZMAN CAICEDO
UNIDAD CENTRAL DEL VALLE DEL CAUCA

FACULTAD DE INGENIERÍA

INGENIERÍA AGROPECUARIA

TULUÁ, VALLE DEL CAUCA.

2020
Perspectivas actuales del tracto gastrointestinal del pollo y su
microbioma
Daniel Borda-Molina, Jana Seifert, Amélia Camarinha-Silva 

Las comunidades microbianas que habitan el tracto gastrointestinal (TGI) de los pollos son
esenciales para la homeopatía intestinal.

A lo largo de los últimos años, se han utilizado tecnologías de secuenciación de alto

rendimiento para analizar las bacterias
comunidades que colonizan las diferentes secciones del intestino de los pollos. Las
metodologías más comunes están dirigidas
secuenciación de amplicones seguida de secuenciación de escopeta de metagenoma, así
como metaproteómica que apunta a una amplia
una variedad de temas tales como efectos dietéticos, enfermedades animales,
comportamiento de las aves y genética del hospedador. Sin embargo, el respectivo
Los análisis positivos se encuentran todavía en sus inicios y en la actualidad falta
información sobre la actividad y
Caracterización funcional de las comunidades microbianas intestinales. En el futuro, el uso
de enfoques multiómicos
puede mejorar la investigación relacionada con la producción de pollos, la salud animal y
también la salud pública. Además, las combinaciones
con otras disciplinas como la genómica, la inmunología y la fisiología puede tener el
potencial de dilucidar la definición de una microbiota intestinal "sana".

Microbioma
Tracto gastrointestinal
Ómicas
Interacción microbioma-huésped

1. Introducción
La población cada vez aumenta su número y por ende se exige más la producción de carne
de pollo para cubrir las necesidades humanas.
Pero por eso se tiene que tener en cuenta las normas de bioseguridad para poder producir de
forma adecuada la carne de pollo.

El crecimiento solo es factible con estrategias adecuadas para el control de enfermedades y

prevención para minimizar el impacto de infecciones bacterianas, parasitarias o virales
de los animales y simultáneamente reducir daño y desperdicio de recursos.
Criadores de pollos enfocados en alto rendimiento, crecimiento rápido, pechuga
rendimiento de carne, eficiencia de las tasas de conversión alimenticia, calidad esquelética,
corazón y la funcionalidad pulmonar y también en la producción y calidad del huevo.
Buscando los rasgos fenotípicos preferidos y seleccionando los más supe-
Los individuos anteriores influyeron en la genética de los animales
Sin embargo, la selección, para un solo rasgo también puede afectar otros rasgos. Por
ejemplo, pollo de engorde los pollos que fueron seleccionados para la producción de carne
ganaron un cuerpo más alto peso (3 kg) en 42 días. Por otro lado, ascitis y / o
se produjo cojera en los animales. Por lo tanto, una selección equilibrada en
los diferentes rasgos pueden mejorar el bienestar de los animales.
Además de la cría y la selección, la nutrición optimizada de los pollos de engorde
Los pollos son un componente fundamental de la producción avícola eficiente.
El forraje de los animales representa el 70% de los costos totales en la producción de pollo.
y las dietas de aves de corral son caras ya que la producción de huevos y carne requieren
altas cantidades de fuentes de energía y proteínas. Las dietas contienen
energía y proteínas, suplementos minerales, aminoácidos específicos y vitaminas
minutos en una formulación definida que proporciona todos los nutrientes necesarios para
la salud de las aves y rendimiento adecuado. Dietas con minerales desequilibrados
la suplementación puede provocar problemas de salud y resultar en ineficacia
uso de los recursos naturales. En consecuencia, grandes cantidades de valiosos
nutrientes como nitrógeno, fósforo (P), calcio (Ca) y zinc obtienen
perdido por la defecación y la micción.
Los microorganismos intestinales son los principales responsables de la degradación de
sustratos complejos tales como polisacáridos sin almidón que requieren
enzimas hidrolíticas altamente especializadas.

 El descubrimiento de nuevas enzimas Las herramientas matic dependen de datos

metagenómicos, por ejemplo, del pollo ciegos.

 Recientemente, se ha aislado un gen de xilanasa del ciego de pollo

expresado y sobreexpresado que enfatiza el potencial para el desarrollo
Opción de aditivos para piensos nuevos y optimizados para aplicaciones industriales.
Interacciones cercanas entre el microbioma intestinal y los animales '
La dieta está bien establecida, ya que se sabe que los factores dietéticos alteran
la microbiota intestinal. Las bacterias son capaces de hidrolizar indigeribles.

carbohidratos y polisacáridos que permiten una mayor fermentación por

otros miembros del ecosistema intestinal que producen grasas de cadena corta
ácidos (AGCC) que a su vez están disponibles para el huésped.
Además, los microorganismos que crecen en la cama de las aves tienen una influencia
en el microbioma intestinal y puede constituir una fuente de infección.
Desde el primer día de vida, los pollitos comienzan a picotear e ingerir material de cama.
riales que incluyen los microorganismos adheridos que generalmente se detectan en
heces y suelo. De esta forma, se pueden transferir microbios de otros hábitats.
al tracto gastrointestinal. Estudios anteriores han demostrado que Salmonella y Clostridium
perfringens disminuyen en abundancia en la basura reutilizada
y Campylobacter jejuni y Escherichia coli se vuelven más frecuentes
[ 7 ]. Wang y col. comparó la microbiota de la arena fresca y reutilizada y
sus efectos sobre la microbiota intestinal de los pollos encontrando un aumento de
bacterias halotolerantes / alcalifílicas en la basura reutilizada y un efecto más fuerte
de la camada en la microbiota del íleon en comparación con el ciego
microbiota. Muestras cecales de aves jóvenes criadas en basura reutilizada mostraron
una mayor diversidad bacteriana en comparación con los animales maduros que
se mantuvieron en las mismas condiciones. La reutilización de la basura es un
práctica en la producción de pollos de engorde. A pesar de los estudios que muestran que la
basura reutilizada
no presenta mayores abundancias de C. perfringens o Salmonella, pollos criados en cama
fresca revelaron una creciente colonización con beneficiosos Lactobacillus spp. El manejo
adecuado de la basura puede reducir actividad patógena, promover un microbioma
intestinal equilibrado y mejorar el estado de salud de los pollos.
Esta revisión se centrará en las metodologías que se utilizaron en el
años pasados para caracterizar las comunidades microbianas dentro del
intestino de los pollos para proporcionar información sobre los efectos de diferentes
alimentos estrategias y genética del huésped en el microbiana intestinal. Nueva perspectiva
aclarará aspectos aún desconocidos del microbiana intestinal de los pollos.

2. Explorando la composición y función del pollo

Microbiana intestinal

2.1. Secuenciación de amplicones dirigida del gen de rRNA 16S

La secuenciación de próxima generación revolucionó la caracterización de

comunidades microbianas. Los estudios respectivos se basan principalmente en am-
plificando las pequeñas subunidades del gen ribosómico 16S de Bacteria y Ar-
chaea, el gen ARNr 18S de especies eucariotas y el
Regiones del espaciador transcrito interno ribosómico (ITS) de Hongos. En
De esta manera, la caracterización profunda de las comunidades microbianas y la
cuantificación de abundancias relativas de los diferentes microorganismos puede ser
logrado. La mayoría de los estudios disponibles apuntan al ARNr 16S bacteriano
gene. Aunque este método se ha utilizado en otras disciplinas científicas
plinas durante varios años, el primer estudio que caracteriza el gas de los pollos
microbiota trointestinal se publicó en 2011.El gen de ARNr 16S
comprende nueve regiones hipervariables. Sin embargo, hasta ahora microbiano
Los estudios del intestino de los pollos cubrieron las V1 – V3, V3 – V4, V4 – V5
Regiones V1, V3 o V4.
Las tecnologías de secuenciación de
elección son Roche 454-pirosecuenciación, Illumina MiSeq, HiSeq e Ion
Sistemas PGM. Procesamiento bioinformático de las secuencias generadas
se puede lograr empleando plataformas de código abierto como QIIME
y mothur que, para realizar asignaciones taxonómicas,
dependen de bases de datos públicas como GreenGenes, los datos ribosomales-
proyecto base (PDR) y SILVA. Este último representa el más
base de datos reciente. Algoritmos de predicción funcional como PICRUSt y
Tax4Fun se puede utilizar para obtener más información del ARNr 16S
datos de secuenciación de genes. PICRUSt se basa en la base de datos GreenGenes
y utiliza un algoritmo con precisión probada con respecto a humanos, suelos
y tripas de mamíferos. Sin embargo, la base de datos de GreenGenes fue
última actualización en 2013. Tax4Fun emplea la base de datos SILVA y reclama
para alcanzar mayores correlaciones con respecto a las predicciones funcionales desde
la asociación de enlace se basa en el vecino más cercano con un mínimo
similitud de secuencia. A pesar de la información prometedora que puede obtenerse
debido al procesamiento de predicción funcional, se recomienda precaución cuando
sacar conclusiones sólidas, ya que hay un gran número de operaciones
Unidades taxonómicas (OTU) que no se pueden asignar a un género específico y
ni siquiera a nivel familia. Además, los enfoques respectivos
debe validarse minuciosamente, en particular para las especies de aves, ya que
su organismo desviado puede implicar diferentes funciones y asociaciones
entre microorganismos y el hospedador.
Más de 900 especies bacterianas habitan el TGI de pollos de engorde
involucrado en la digestión de los alimentos, descomposición de toxinas, estimulación del
sistema inmunológico, exclusión de patógenos y actividad endocrina. 

 A medida que el alimento se ingiere y se mueve el TGI, diferentes grupos de microbios

inician la digestión. Los pollos' GIT se divide en tres partes: el segmento superior, el
intestino delgado y intestino grueso que son colonizados por microbios en toda su longitud.
Debido a la enorme diversificación de cada sección GIT, se componen
estudiados como ecosistemas independientes. Sin embargo, se sabe que
las diferentes secciones están muy interconectadas y, por lo tanto, también influyen
composición comunitaria de cada uno. Variaciones con respecto al protocoles para la
extracción de ADN, elección de las regiones del gen de ARNr 16S amplificado
y la caracterización general de la comunidad microbiana hacen comparación
entre estudios difícil. El diseño del estudio influye fuertemente en la
perfiles microbianos de cada sección intestinal debido a las diferencias entre
aves individuales, especies, género, edad, genética, dietas y alojamiento.
Los estudios de microbiota en pollos individuales mostraron un alto
variación individual, sin tener en cuenta la composición idéntica de la dieta o
condiciones de vivienda [ 5 , 13 , 16 ].
En el cultivo, se inicia la descomposición del almidón y la fermentación del lactato.
atado por varios Lactobacillus sp. y Bi fi dobacterium sp. así como por
miembros de la familia Enterobacteriaceae que también fueron detectados
dentro de esta sección [ 28 ]. Los lactobacilos también aparecen en gran abundancia en
el proventrículo y la molleja. La absorción de nutrientes ocurre en el
íleon que exhibe un alto número de Lactobacillus sp. y a un menor
extender bacterias con actividades productoras de butirato como Clostridium ,
Streptococcus y Enterococcus [ 28 ]. Fermentación y digestión de compuestos
Se producen sustratos complejos como celulosa, almidón y otros polisacáridos.
en el ciego, que es la sección intestinal más diversa caracterizada por
el tiempo de retención de alimento más largo (12-20 h). Por el contrario, sólo 2,5 h se
recuperan
necesario para atravesar las partes superiores del intestino [ 36 ]. El mas
abundantes familias dentro del ciego son Clostridiaceae, Bacteroidaceae,
Productores de lactobacillaceae y butirato como Lachnospiraceae. El cae-
el semen está altamente dominado por bacterias y exhibiciones aún no caracterizadas
las concentraciones más altas de ácidos grasos de cadena corta (AGCC) [ 28 ]. Como
los pollos de engorde envejecen, su microbiota cecal se vuelve más diversa. De 50
géneros detectados en el día cero después de la eclosión aumentaron los géneros cecales
por encima de 200 el día 42 después de la eclosión [ 29 ]. Se producen fluctuaciones
temporales
particularmente en la microbiota fecal debido al vaciado aleatorio de la
Sección GIT [ 30 ].
Estudios previos de pollos de engorde centrados en muestras de lumen
descuidar la mucosa que se compone principalmente de mucinas y glucanos
que promueven la colonización por distintos grupos de microorganismos.
Los estudios en humanos, ratones, ratas, macacos, cerdos y vacas mostraron una
divergencia
diferencia entre las estructuras de microbiota asociadas a la mucosa y la luz
[ 38-41 ]. En contraste con el flujo continuo de nutrientes en la luz,
Se espera que la mucosa muestre un equilibrio de nutrientes más estable.
que puede representar un criterio selectivo para ciertas especies bacterianas
[ 39 ]. Una comparación reciente entre la luz y la mucosa asociada
Los microorganismos revelaron una riqueza de comunidades microbianas mucho mayor.
en la mucosa, particularmente en el íleon y el ciego de pollos de engorde
[ 13 ]. Pseudomonas spp. se detectaron en la mucosa ileal pero no en la
lumen. Estas especies tienen la capacidad de hidrolizar el fitato, degradar
almidón y en los suelos se sabe que mejoran la disponibilidad de fósforo vegetal
habilidad [ 31 ]. Especies pertenecientes a los géneros de Clostridium XI y
Ralstonia estuvo presente en mayor abundancia en las muestras de mucosa, mientras que
Lactobacillus sp. eran tres veces más abundantes en la luz ileal.
La gran abundancia de especies comensales de Clostridium XI podría inducir una
mayor translocación bacteriana de la mucosa ileal a la linfa

ganglios que desencadenan una respuesta inmunitaria inflamatoria en el sistema linfático

tejidos como se describió anteriormente para cerdos [ 32 ]. El ciego es el más di-
sección de la tripa del verso y distintas estructuras comunitarias se observaron en
las muestras de luz y mucosa. Mientras que los géneros Anaeroplasma ,
Oscillibacter , Papillibacter , Peptococcus y Subdoligranulum fueron más
abundantes en la luz, Lactobacillus , Ruminococcus , Turicibacter , Clos-
tridium XlVa y Clostridium XlVb se detectaron en mayor abundancia
en la mucosa. Estas observaciones enfatizaron la importancia del estudio
las variaciones entre las comunidades bacterianas de la luz y
mucosa en las diferentes secciones del TGI para mejorar nuestra
comprensión de las interacciones huésped-microbio.
La mayoría de los estudios se basan en la secuenciación del gen ARNr 16S dirigido
efectos demostrados de suplementos dietéticos específicos sobre la microbiota
ota: probióticos, prebióticos y simbióticos [ 14 , 33 , 34 ]; Ca, P, fitasas
[ 13 , 28 , 35 ] y butirato de sodio [ 17 ]. Otros estudios caracterizaron la
diferentes secciones del TGI de pollos de engorde bajo diferentes condiciones de análisis
rendimiento de las aves [ 36-38 ], aditivos antimicrobianos para piensos [ 11 , 39 , 40 ],
género [ 41 ], enfermedad [ 42 ], genética del huésped [ 18 , 41 ], diversidad microbiana
espacial
sidad [ 30 , 43 ] y aroma de carne [ 33 ]. Sin embargo, esta es solo una escasa descripción
ción de la complejidad y variabilidad que existe dentro de los
diversas condiciones de alimentación y manejo en la producción animal.
Además, estas investigaciones no pudieron acceder a los perfiles funcionales
y la actividad de las respectivas microbiotas.

2.2. Secuenciación de escopeta metagenómica

Metagenómica, como procedimiento para describir la colección de genomas
y genes correspondientes de un ecosistema dado, permite la caracterización
zation de la funcionalidad bacteriana potencial en entornos específicos
[ 44 ]. Solo unos pocos estudios de metagenómica hicieron el esfuerzo de
responder a la
pregunta: ¿Qué están haciendo realmente los microorganismos en los pollos?
GIT? ( Tabla 1 ). Los estudios respectivos emplearon Roche 454-
pirosecuenciación y plataformas Illumina MiSeq o HiSeq [ 11 , 45 ] para ob-
contener la información de secuencia respectiva. Se espera que en el futuro
Actualmente, más estudios se basarán en la tecnología Illumina, ya que otorga
una
tratamiento más conveniente de los errores de secuenciación a través de la
computación
enfoques nacionales [ 19 ] que incluyen también una mayor cobertura y
rendimiento
que reducen los errores sistemáticos y los costes [ 46 ]. Análisis bioinformáticos
incluir el ensamblaje de la secuencia usando la herramienta de ensamblaje Velvet (CLC
banco de trabajo, Newbler versión 3.0, BaseSpace) o anotación automática
por MG-RAST. La herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST) se utiliza
para
definir grupos funcionales y taxones bacterianos. Posteriormente, la función genética
pueden analizarse utilizando la Enciclopedia de genes y
Genomas (KEGG) o grupo de genes ortólogos (COG). Hasta ahora,
Los estudios de metagenómica del TGI de los pollos se han centrado en
funciones del ciego [ 5 ], los mecanismos de respuesta al desafío por
patógenos [ 45 ], el papel destacado de la microbiota con respecto al rendimiento
parámetros de mance [ 47 ], comparaciones entre líneas grasas y magras [ 15 ],
representación del viruloma [ 45 , 48 , 49 ] y de genes de resistencia a antibióticos
[ 50 , 51 ] ( Tabla 1 ). Para obtener información sobre la distribución taxonómica
de las comunidades microbianas, los estudios se centraron en las
los filotipos prevalentes que representan la composición génica funcional de
el metagenoma. Los filotipos cecales más abundantes pertenecen a
los filos de Firmicutes (44-55%) y Bacteroidetes (22-42%) [ 45 ],
seguido por el phyla poco abundante de Actinobacteria, Chlorobi,
Deferribacterias, Fusobacterias, Proteobacterias y Verrucomicrobia
[ 45 ]. El análisis de las etiquetas de genes ambientales (EGT) reveló que
aproximadamente el 1% de las secuencias pertenecen a Archaea, principalmente a
Euryarchaeota pero también a Eukaryota, Fungi y Viridiplantae [ 45 ].El metagenoma cecal
de pollos desafiado por Campylobacterjejuni reveló que los elementos móviles eran un
factor que contribuía alos componentes funcionales de la microbiota y que estos genesse
asociaron con agrupaciones de virulencia de acuerdo con el entorno[ 45 ].El ciego consta de
dos sacos ciegos anóxicos largos que albergan uncrobiota dominada por el metabolismo de
los carbohidratos con menor ocurrenciarencia de genes respiratorios [ 45 ]. Vías de
fermentación en esteLa sección GIT conduce a la producción de ácidos grasos de cadena
corta (AGCC),que son absorbidos y asimilados por el anfitrión [ 52 ]. Sargentoet al. [ 5 ]
identificó genes productores de butirato para enzimas como 3-hidroxibutiril-CoA
deshidrogenasa, fosfato butiril transferasay butirato quinasa. Además, la acetato-CoA
transferasa responsable desíntesis de acetato y grupos de genes que codifican beta, gammay
subunidades delta de metilmalonil-CoA descarboxilasa, que esimplicados en la formación
de propionato, se encontraron presentes [ 5 ].Doce hidrogenasas de captación putativas
producidas por Megamonas ,También se identificaron Helicobacter y Campylobacter en el
ciego. losLos autores especularon que las respectivas hidrogenasas tienen el potencialpara
servir como sumideros de hidrógeno que facilitan la producción de succinato [ 5 ].
Altoproporciones de las secuencias metagenómicas codificadas para glicosilodominios
hidrolasa de glucanasas, que actúan sobre oligosacáridos yson producidos por bacterias
pertenecientes a Negativicutes y Lentisphaera,y además de endoglucanasas que degradan
polímeros como la celulosay xilano, sintetizado por Actinobacteria, Clostridia y
Bacteroidia[ 5 ]. Además, los genes implicados en el metabolismo y la virulencia de la
pared celularse encontraron presentes [ 45 ]. En cuanto a la suplementación conantibióticos,
se informó que las dietas que contienen monensina y antibióticosLos promotores de
crecimiento óticos no influyen en los aspectos funcionales más amplios.clasificación de los
microbios presentes en el ciego en comparación concontrolar las dietas. Sin embargo, una
combinación de monensina con virginiamicinay la tilosina aumentó la presencia de
sistemas de secreción conjugativa,específicamente para los tipos de plásmidos que se
encuentran comúnmente en E. coli . Sin embargo, antiLos genes de resistencia biótica
también estaban presentes en el control y el tratamiento.grupos [ 11 ]. Como los
experimentos se llevan a cabo habitualmente ene instalaciones animales controladas,
conclusiones sobre la resistencia a los antibióticosdebe indicarse con cuidado. Una
comparación de metagenomas de heces.de pollos, cerdos y humanos mostró una alta
homología con la tetraciclinagenes ( tet A) y la presencia de combinaciones de genes de
resistencias individualeselementos tancia, que codifican la resistencia a los betalactámicos,
aminoglu-cósidos, macrólidos y multifármacos [ 51 ]. Estos hallazgos demostraronque
existe un riesgo potencial en la diseminación de la resistencia a antibióticosentre los
animales de cría y los seres humanos, por lo tanto, estoslas mentalidades deben
considerarse con cautela.Los análisis metagenómicos de muestras fecales encontraron que
las Proteobacteriasser el filo más abundante (47-79%) seguido de Firmicutes(12-28%) y
Bacteroidetes (7-27%) [ 50 , 53 ]. Animales con mucha alimentacióntasa de conversión
(FCR) exhibió una mayor abundancia de los géneros deAcinetobacter , Bacteroides ,
Streptococcus , Clostridium y Lactobacillusmientras que en los animales de baja FCR,
Escherichia , Shigella y Salmonella fueronmás abundante [ 53 ]. Con respecto a las líneas
lean, el mismo estudio reveló unaenriquecimiento de funciones microbianas en cuatro
clases de la categoría trans-puerto y metabolismo de los grupos de grupos ortólogos:
aminoácidos,nucleótidos, coenzimas y lípidos [ 54 ]. Otro estudio apoyó queLas líneas
magras muestran un aumento en el almacenamiento de lípidos, incluido el
peroxisoma.receptor activado (PPAR) y el ciclo del citrato, que unifica el carbo-
metabolismo de hidratos, lípidos y proteínas [ 15 ]. Las mismas funciones fuerondetectado
en estudios humanos que relacionaron el microbioma con el desarrollomento y progresión
de la obesidad, además de la actividad citrato sintasa[ 15 , 55 , 56 ]. La cantidad limitada de
estudios y muestras que se hananalizado hasta ahora revela que los enfoques
metagenómicos aún no estánvadeable para un gran porcentaje de grupos que estudian el
TGI de las gallinas.Sin embargo, se necesita investigación adicional, ya que las
comunidades microbianastienen un impacto en el metabolismo de los pollos, la homeostasis
inmunológicay resistencia a la colonización.2.3. MetaproteómicaLos avances en la
secuenciación de ADN y ARN provocaron un impulso en ladisciplina de la
metaproteómica. La mayor disponibilidad de secuenciadosgenomas y metagenomas
promueve la identificación y el carácterización de un mayor número de proteínas que se
expresan pormicroorganismos en una muestra determinada. Estudios metaproteómicos
delLos intestinos de los pollos apenas están disponibles en la literatura. Hasta ahora solodos
estudios aplicaron esta técnica para caracterizar la adaptación dela microbiota
gastrointestinal de los pollos a un desafío específico [ 57 , 58 ]( Tabla 1 ).Otro estudio de
Polansky et al. investigó el ciego de las gallinasmicrobioma tras la inoculación con
extractos cecales de pollosde diferentes edades, con el fin de dilucidar los patrones de
colonización ydictar los géneros probióticos más prometedores para la colonización cecal
depollos recién nacidos [ 59 ].Tang y col. estudiaron dos muestras fecales de leghorn
blanco de 18 semanaspollos [ 57 ] identificando 3673 proteínas de 799 géneros diferentes.
losEl género bacteriano más abundante fue Lactobacillus (11% del total de
proteínas)seguido de Clostridium (4% de las proteínas totales) y Streptococcus (2%
deproteínas totales). Los hallazgos no pudieron correlacionarse con el 16SAnálisis de
secuenciación de genes de ARNr que exhibió mayor abundancia deClostridiales (25% de
las secuencias totales), Bacteroidaceae (21% de las secuencias totales)secuencias) y
Lactobacillaceae (19% del total de secuencias). GroEL, unproteína relacionada con el
estrés, fue la proteína más abundante seguida degliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa,
que es una enzima clave englucólisis y gluconeogénesis [ 57 ].El segundo estudio de
Tilocca et al. investigó la influencia desuplementar el fósforo (P) inorgánico y / o fitasas
microbianassobre la formación de fosfatos de inositol y el microbioma intestinal[ 58 ]. Se
tomaron muestras y se combinaron los contenidos de cultivos y ciegos de 48 animales.por
corral y tratamiento dietético resultando en 24 muestras analizadas. UNASe identificaron
un total de 381 proteínas bacterianas en el cultivo con la mayoríaproteínas identificadas que
se asignan a la familia Lactobacillaceae,sin tener en cuenta los tratamientos dietéticos. En
dietas suplementadas con P, laaumento del número de proteínas pertenecientes a la familia
Veillonellaceae[ 58 ]. En el ciego se identificaron un total de 1719 proteínas.
Sincronización de proteínasThesized por especies de la familia Eubacteriaceae apareció
enabundancia en dietas suplementadas con P, mientras que las proteínas delLa familia
Bacteroidaceae aumentó en abundancia. La cantidad de proteínasde la familia
Ruminococcaceae fue mayor en dietas con microbiossuplementación con fitasa. La falta de
suplementos de P y fitasa microbianaLa tación causó una comunidad microbiana estresada
con ocurrencia exclusivarencia de categorías COG en abundancias relativas bajas, mientras
que P yLa suplementación con fitasa microbiana mostró una microbiota prósperaconjunto.
Los autores identificaron un bajo número de proteínas del huésped enel buche (248) y en el
ciego (405), enfatizando que una precisaLa preparación de la muestra es esencial para
enriquecer proteínas de micro-organismos para mejorar el número de proteínas totales
detectadas por masametaproteómica basada en espectrometría [ 58 ]. La figura 1 muestra
una comparaciónde las familias bacterianas detectadas en muestras cecales de
idénticasdietas basales mediante secuenciación de amplicones dirigida [ 13 ] y
metaproteómica[ 58 ]. Hubo una gran discrepancia en la relativa abundancia de
identidadesfamilias fied. Ruminococcaceae, Lachnospiraceae,
Erysipelotrichaceae,Peptococcaceae, Anaeroplasmataceae y Carnobacteriaceae
fuerondetectado en mayor abundancia por secuenciación de amplicones dirigida,mientras
que Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Eubacteriaceae, Streptococcaceaey
Succinovibrionaceae resultaron ser más abundantes en elestudio metaproteómico. Sesgos
metodológicos como números variablesde copias del gen de ARNr 16S y una mayor
sensibilidad del objetivoenfoque de secuenciación de amplicones con respecto a especies
poco abundantes comoasí como la falta de secuencias genómicas en las bases de datos
requeridas para proteomicenfoques [ 57 , 58 ] podrían ser una explicación de estos
resultados.La ventaja de la metaproteómica y también de la metatranscriptómica espara
obtener conocimientos más precisos sobre las funciones reales realizadas
pormicroorganismos de un microbioma, especialmente cuando se compara con el bastante

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Perspectivas actuales del tracto gastrointestinal del pollo ySu microbiomaDaniel Borda-Molina,
Jana Seifert, Amélia Camarinha-Silva ⁎Instituto de Ciencia Animal, Universidad de Hohenheim,
70599 Stuttgart, Alemaniaresumeninformación del artículoHistoria del artículo:Recibido el 27 de
octubre de 2017Recibido en forma revisada el 9 de marzo de 2018Aceptado el 12 de marzo de
2018On-line el 15 de marzo de 2018Las comunidades microbianas que habitan el tracto
gastrointestinal (TGI) de los pollos son esenciales para la homeopatía intestinal.estasis, el
metabolismo del huésped y afectan la fisiología y la salud de los animales. Desempeñan un papel
importante en los nutrientesdigestión, inhibición de patógenos e interactuar con el sistema
inmunológico asociado al intestino.A lo largo de los últimos años, se han utilizado tecnologías de
secuenciación de alto rendimiento para analizar las bacteriascomunidades que colonizan las
diferentes secciones del intestino de los pollos. Las metodologías más comunes están
dirigidassecuenciación de amplicones seguida de secuenciación de escopeta de metagenoma, así
como metaproteómica que apunta a una ampliauna variedad de temas tales como efectos
dietéticos, enfermedades animales, comportamiento de las aves y genética del hospedador. Sin
embargo, el respectivoLos análisis positivos se encuentran todavía en sus inicios y en la actualidad
falta información sobre la actividad yCaracterización funcional de las comunidades microbianas
intestinales. En el futuro, el uso de enfoques multiómicospuede mejorar la investigación
relacionada con la producción de pollos, la salud animal y también la salud pública. Además, las
combinacionescon otras disciplinas como la genómica, la inmunología y la fisiología puede tener el
potencial de dilucidar la def-inición de una microbiota intestinal "sana".© 2018 Los Autores.
Publicado por Elsevier BV en nombre de Research Network of Computational and
StructuralBiotecnología. Este es un artículo de acceso abierto bajo la licencia CC BY
( http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ).Palabras clave:Pollos para asarMicrobiomaTracto
gastrointestinalÓmicasInteracción microbioma-huésped1. IntroducciónLa población mundial
aumenta continuamente y se estima quecomprenden alrededor de 9,6 mil millones de individuos
para 2050. En consecuencia,La producción de prueba se ha intensificado durante los últimos años
y se prevé queproducir alrededor de 130 millones de toneladas de carne de pollo en 2020 (OCDE /
FAO)para satisfacer las demandas de una población mundial en crecimiento. Tan extremoEl
crecimiento solo es factible con estrategias adecuadas para el control de enfermedades
yprevención para minimizar el impacto de infecciones bacterianas, parasitarias o viralesde los
animales y simultáneamente reducirdaño y desperdicio de recursos.Criadores de pollos enfocados
en alto rendimiento, crecimiento rápido, pechugarendimiento de carne, eficiencia de las tasas de
conversión alimenticia, calidad esquelética, corazóny la funcionalidad pulmonar y también en la
producción y calidad del huevo.Buscando los rasgos fenotípicos preferidos y seleccionando los más
supe-Los individuos anteriores influyeron en la genética de los animales [ 1 ]. Sin embargo, la
seleccinpara un solo rasgo también puede afectar otros rasgos. Por ejemplo, pollo de engordelos
pollos que fueron seleccionados para la producción de carne ganaron un cuerpo más altopeso (~ 3
kg) en 42 días. Por otro lado, ascitis y / ose produjo cojera en los animales [ 2 ]. Por lo tanto, una
selección equilibrada enlos diferentes rasgos pueden mejorar el bienestar de los animales.Además
de la cría y la selección, la nutrición optimizada de los pollos de engordeLos pollos son un
componente fundamental de la producción avícola eficiente.El forraje de los animales representa
el 70% de los costos totales en la producción de pollo.[ 3 ] y las dietas de aves de corral son caras
ya que la producción de huevos y carneción requieren altas cantidades de fuentes de energía y
proteínas. Las dietas contienenenergía y proteínas, suplementos minerales, aminoácidos
específicos y vitaminasminutos en una formulación definida que proporciona todos los nutrientes
necesarios para lasalud de las aves y rendimiento adecuado. Dietas con minerales
desequilibradosla suplementación puede provocar problemas de salud y resultar en ineficaciauso
de los recursos naturales. En consecuencia, grandes cantidades de valiososnutrientes como
nitrógeno, fósforo (P), calcio (Ca) y zinc obtienenperdido por la defecación y la micción [ 4 ].Los
microorganismos intestinales son los principales responsables de la degradación desustratos
complejos tales como polisacáridos sin almidón que requierenenzimas hidrolíticas altamente
especializadas [ 5 ]. El descubrimiento de nuevas enzimasLas herramientas matic dependen de
datos metagenómicos, por ejemplo, del pollociegos. Recientemente, se ha aislado un gen de
xilanasa del ciego de polloexpresado y sobreexpresado que enfatiza el potencial para el
desarrolloOpción de aditivos para piensos nuevos y optimizados para aplicaciones industriales
[ 6 ].Interacciones cercanas entre el microbioma intestinal y los animales 'La dieta está bien
establecida, ya que se sabe que los factores dietéticos alteranla microbiota intestinal. Las bacterias
son capaces de hidrolizar indigeribles.Revista de biotecnología computacional y estructural 16
(2018) 131-139⁎ Autor para correspondencia en: Universidad de Hohenheim, Instituto de Ciencia
Animal, Emil-Wolff-Str. 10, 70599 Stuttgart, Alemania.Dirección de correo electrónico:
amelia.silva@uni-hohenheim.de (A. Camarinha-
Silva).https://doi.org/10.1016/j.csbj.2018.03.0022001-0370 / © 2018 Los Autores. Publicado por
Elsevier BV en nombre de Research Network of Computational and Structural Biotechnology. Este
es un artículo de acceso abierto bajo CC BYlicencia
( http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ).Listas de contenido disponibles en
ScienceDirectpágina de inicio de la revista: www.elsevier.com/locate/csbj

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carbohidratos y polisacáridos que permiten una mayor fermentación porotros miembros del
ecosistema intestinal que producen grasas de cadena cortaácidos (AGCC) que a su vez están
disponibles para el huésped.Además, los microorganismos que crecen en la cama de las aves
tienen una influenciaen el microbioma intestinal y puede constituir una fuente de infección.Desde
el primer día de vida, los pollitos comienzan a picotear e ingerir material de cama.riales que
incluyen los microorganismos adheridos que generalmente se detectan enheces y suelo. De esta
forma, se pueden transferir microbios de otros hábitats.al tracto gastrointestinal [ 7 ]. Estudios
anteriores han demostrado que Salmo-nella y Clostridium perfringens disminuyen en abundancia
en la basura reutilizaday Campylobacter jejuni y Escherichia coli se vuelven más frecuentes[ 7 ].
Wang y col. comparó la microbiota de la arena fresca y reutilizada ysus efectos sobre la microbiota
intestinal de los pollos encontrando un aumento debacterias halotolerantes / alcalifílicas en la
basura reutilizada y un efecto más fuertede la camada en la microbiota del íleon en comparación
con el ciegomicrobiota. Muestras cecales de aves jóvenes criadas en basura reutilizada
mostraronuna mayor diversidad bacteriana en comparación con los animales maduros quese
mantuvieron en las mismas condiciones. La reutilización de la basura es unpráctica en la
producción de pollos de engorde. A pesar de los estudios que muestran que la basura
reutilizadano presenta mayores abundancias de C. perfringens o Salmonella [ 8 ],pollos criados en
cama fresca revelaron una creciente colonización conbeneficiosos Lactobacillus spp. [ 9 ]. El
manejo adecuado de la basura puede reduciractividad patógena, promover un microbioma
intestinal equilibrado y mejorarel estado de salud de los pollos.Esta revisión se centrará en las
metodologías que se utilizaron en elaños pasados para caracterizar las comunidades microbianas
dentro delintestino de los pollos para proporcionar información sobre los efectos de diferentes
alimentosestrategias y genética del huésped en el microbioma intestinal. Nuevas
perspectivasaclarará aspectos aún desconocidos del microbioma intestinal de los pollos.2.
Explorando la composición y función del polloMicrobioma intestinal2.1. Secuenciación de
amplicones dirigida del gen de rRNA 16SLa secuenciación de próxima generación revolucionó la
caracterización decomunidades microbianas. Los estudios respectivos se basan principalmente en
am-plificando las pequeñas subunidades del gen ribosómico 16S de Bacteria y Ar-chaea, el gen
ARNr 18S de especies eucariotas y elRegiones del espaciador transcrito interno ribosómico (ITS) de
Hongos [ 10 ]. EnDe esta manera, la caracterización profunda de las comunidades microbianas y la
cuantificacióncación de abundancias relativas de los diferentes microorganismos puede
serlogrado. La mayoría de los estudios disponibles apuntan al ARNr 16S bacterianogene. Aunque
este método se ha utilizado en otras disciplinas científicasplinas durante varios años, el primer
estudio que caracteriza el gas de los pollosmicrobiota trointestinal se publicó en 2011 [ 11 ]. El gen
de ARNr 16Scomprende nueve regiones hipervariables [ 12 ]. Sin embargo, hasta ahora
microbianoLos estudios del intestino de los pollos cubrieron las V1 – V3, V3 – V4, V4 – V5Regiones
V1, V3 o V4 [ 5 , 7 , 11 , 13-18 ]. Las tecnologías de secuenciación deelección son Roche 454-
pirosecuenciación, Illumina MiSeq, HiSeq e IonSistemas PGM [ 19 ]. Procesamiento bioinformático
de las secuencias generadasse puede lograr empleando plataformas de código abierto como
QIIME[ 20 ] y mothur [ 21 ] que, para realizar asignaciones taxonómicas,dependen de bases de
datos públicas como GreenGenes [ 22 ], los datos ribosomales-proyecto base (PDR) [ 23 ] y SILVA
[ 24 ]. Este último representa el másbase de datos reciente. Algoritmos de predicción funcional
como PICRUSt yTax4Fun se puede utilizar para obtener más información del ARNr 16Sdatos de
secuenciación de genes. PICRUSt se basa en la base de datos GreenGenesy utiliza un algoritmo con
precisión probada con respecto a humanos, suelosy tripas de mamíferos [ 25 ]. Sin embargo, la
base de datos de GreenGenes fueúltima actualización en 2013. Tax4Fun emplea la base de datos
SILVA y reclamapara alcanzar mayores correlaciones con respecto a las predicciones funcionales
desdela asociación de enlace se basa en el vecino más cercano con un mínimosimilitud de
secuencia. A pesar de la información prometedora que puede obtenersedebido al procesamiento
de predicción funcional, se recomienda precaución cuandosacar conclusiones sólidas, ya que hay
un gran número de operacionesUnidades taxonómicas (OTU) que no se pueden asignar a un
género específico yni siquiera a nivel familiar [ 31 ]. Además, los enfoques respectivosdebe
validarse minuciosamente, en particular para las especies de aves, ya quesu organismo desviado
puede implicar diferentes funciones y asociacionesentre microorganismos y el hospedador.Más de
900 especies bacterianas habitan el TGI de pollos de engordeinvolucrado en la digestión de los
alimentos, descomposición de toxinas, estimulación delsistema inmunológico, exclusión de
patógenos y actividad endocrina. Interac-Las relaciones entre microorganismos y el TGI influyen en
la estabilidad delcomunidades microbianas, la salud de los animales, el crecimiento y
consecuentementetambién las tasas de conversión de piensos [ 26 ]. A medida que el alimento se
ingiere y se mueveel TGI, diferentes grupos de microbios inician la digestión. Los pollos'GIT se
divide en tres partes: el segmento superior, el intestino delgado yintestino grueso que son
colonizados por microbios en toda su longitud.Debido a la enorme diversificación de cada sección
GIT, se componenestudiados como ecosistemas independientes. Sin embargo, se sabe quelas
diferentes secciones están muy interconectadas y, por lo tanto, también influyencomposición
comunitaria de cada uno [ 27 ]. Variaciones con respecto al pro-tocoles para la extracción de ADN,
elección de las regiones del gen de ARNr 16S amplificadoy la caracterización general de la
comunidad microbiana hacen comparaciónentre estudios difícil. El diseño del estudio influye
fuertemente en laperfiles microbianos de cada sección intestinal debido a las diferencias
entreaves individuales, especies, género, edad, genética, dietas y alojamiento.Los estudios de
microbiota en pollos individuales mostraron un altovariación individual, sin tener en cuenta la
composición idéntica de la dieta ocondiciones de vivienda [ 5 , 13 , 16 ].En el cultivo, se inicia la
descomposición del almidón y la fermentación del lactato.atado por varios Lactobacillus sp. y Bi fi
dobacterium sp. así como pormiembros de la familia Enterobacteriaceae que también fueron
detectadosdentro de esta sección [ 28 ]. Los lactobacilos también aparecen en gran abundancia
enel proventrículo y la molleja. La absorción de nutrientes ocurre en elíleon que exhibe un alto
número de Lactobacillus sp. y a un menorextender bacterias con actividades productoras de
butirato como Clostridium ,Streptococcus y Enterococcus [ 28 ]. Fermentación y digestión de
compuestosSe producen sustratos complejos como celulosa, almidón y otros polisacáridos.en el
ciego, que es la sección intestinal más diversa caracterizada porel tiempo de retención de alimento
más largo (12-20 h). Por el contrario, sólo 2,5 h se recuperannecesario para atravesar las partes
superiores del intestino [ 36 ]. El masabundantes familias dentro del ciego son Clostridiaceae,
Bacteroidaceae,Productores de lactobacillaceae y butirato como Lachnospiraceae. El cae-el semen
está altamente dominado por bacterias y exhibiciones aún no caracterizadaslas concentraciones
más altas de ácidos grasos de cadena corta (AGCC) [ 28 ]. Comolos pollos de engorde envejecen, su
microbiota cecal se vuelve más diversa. De 50géneros detectados en el día cero después de la
eclosión aumentaron los géneros cecalespor encima de 200 el día 42 después de la eclosión [ 29 ].
Se producen fluctuaciones temporalesparticularmente en la microbiota fecal debido al vaciado
aleatorio de laSección GIT [ 30 ].Estudios previos de pollos de engorde centrados en muestras de
lumendescuidar la mucosa que se compone principalmente de mucinas y glucanosque promueven
la colonización por distintos grupos de microorganismos.Los estudios en humanos, ratones, ratas,
macacos, cerdos y vacas mostraron una divergenciadiferencia entre las estructuras de microbiota
asociadas a la mucosa y la luz[ 38-41 ]. En contraste con el flujo continuo de nutrientes en la luz,Se
espera que la mucosa muestre un equilibrio de nutrientes más estable.que puede representar un
criterio selectivo para ciertas especies bacterianas[ 39 ]. Una comparación reciente entre la luz y la
mucosa asociadaLos microorganismos revelaron una riqueza de comunidades microbianas mucho
mayor.en la mucosa, particularmente en el íleon y el ciego de pollos de engorde[ 13 ].
Pseudomonas spp. se detectaron en la mucosa ileal pero no en lalumen. Estas especies tienen la
capacidad de hidrolizar el fitato, degradaralmidón y en los suelos se sabe que mejoran la
disponibilidad de fósforo vegetalhabilidad [ 31 ]. Especies pertenecientes a los géneros de
Clostridium XI yRalstonia estuvo presente en mayor abundancia en las muestras de mucosa,
mientras queLactobacillus sp. eran tres veces más abundantes en la luz ileal.La gran abundancia de
especies comensales de Clostridium XI podría inducir unamayor translocación bacteriana de la
mucosa ileal a la linfa132D. Borda-Molina y col. / Computacional y Biotecnología estructural Diario
16 (2018) 131 - 139

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ganglios que desencadenan una respuesta inmunitaria inflamatoria en el sistema linfáticotejidos

como se describió anteriormente para cerdos [ 32 ]. El ciego es el más di-sección de la tripa del
verso y distintas estructuras comunitarias se observaron enlas muestras de luz y mucosa. Mientras
que los géneros Anaeroplasma ,Oscillibacter , Papillibacter , Peptococcus y Subdoligranulum
fueron másabundantes en la luz, Lactobacillus , Ruminococcus , Turicibacter , Clos-tridium XlVa y
Clostridium XlVb se detectaron en mayor abundanciaen la mucosa. Estas observaciones
enfatizaron la importancia del estudiolas variaciones entre las comunidades bacterianas de la luz
ymucosa en las diferentes secciones del TGI para mejorar nuestracomprensión de las interacciones
huésped-microbio.La mayoría de los estudios se basan en la secuenciación del gen ARNr 16S
dirigidoefectos demostrados de suplementos dietéticos específicos sobre la microbiotaota:
probióticos, prebióticos y simbióticos [ 14 , 33 , 34 ]; Ca, P, fitasas[ 13 , 28 , 35 ] y butirato de sodio
[ 17 ]. Otros estudios caracterizaron ladiferentes secciones del TGI de pollos de engorde bajo
diferentes condiciones de análisisrendimiento de las aves [ 36-38 ], aditivos antimicrobianos para
piensos [ 11 , 39 , 40 ],género [ 41 ], enfermedad [ 42 ], genética del huésped [ 18 , 41 ], diversidad
microbiana espacialsidad [ 30 , 43 ] y aroma de carne [ 33 ]. Sin embargo, esta es solo una escasa
descripciónción de la complejidad y variabilidad que existe dentro de losdiversas condiciones de
alimentación y manejo en la producción animal.Además, estas investigaciones no pudieron
acceder a los perfiles funcionalesy la actividad de las respectivas microbiotas.2.2. Secuenciación de
escopeta metagenómicaMetagenómica, como procedimiento para describir la colección de
genomasy genes correspondientes de un ecosistema dado, permite la caracterizaciónzation de la
funcionalidad bacteriana potencial en entornos específicos[ 44 ]. Solo unos pocos estudios de
metagenómica hicieron el esfuerzo de responder a lapregunta: ¿Qué están haciendo realmente los
microorganismos en los pollos?GIT? ( Tabla 1 ). Los estudios respectivos emplearon Roche 454-
pirosecuenciación y plataformas Illumina MiSeq o HiSeq [ 11 , 45 ] para ob-contener la información
de secuencia respectiva. Se espera que en el futuroActualmente, más estudios se basarán en la
tecnología Illumina, ya que otorga unatratamiento más conveniente de los errores de
secuenciación a través de la computaciónenfoques nacionales [ 19 ] que incluyen también una
mayor cobertura y rendimientoque reducen los errores sistemáticos y los costes [ 46 ]. Análisis
bioinformáticosincluir el ensamblaje de la secuencia usando la herramienta de ensamblaje Velvet
(CLCbanco de trabajo, Newbler versión 3.0, BaseSpace) o anotación automáticapor MG-RAST. La
herramienta básica de búsqueda de alineación local (BLAST) se utiliza paradefinir grupos
funcionales y taxones bacterianos. Posteriormente, la función genéticapueden analizarse
utilizando la Enciclopedia de genes yGenomas (KEGG) o grupo de genes ortólogos (COG). Hasta
ahora,Los estudios de metagenómica del TGI de los pollos se han centrado enfunciones del ciego
[ 5 ], los mecanismos de respuesta al desafío porpatógenos [ 45 ], el papel destacado de la
microbiota con respecto al rendimientoparámetros de mance [ 47 ], comparaciones entre líneas
grasas y magras [ 15 ],representación del viruloma [ 45 , 48 , 49 ] y de genes de resistencia a
antibióticos[ 50 , 51 ] ( Tabla 1 ). Para obtener información sobre la distribución taxonómicade las
comunidades microbianas, los estudios se centraron en laslos filotipos prevalentes que
representan la composición génica funcional deel metagenoma. Los filotipos cecales más
abundantes pertenecen alos filos de Firmicutes (44-55%) y Bacteroidetes (22-42%) [ 45 ],seguido
por el phyla poco abundante de Actinobacteria, Chlorobi,Deferribacterias, Fusobacterias,
Proteobacterias y Verrucomicrobia[ 45 ]. El análisis de las etiquetas de genes ambientales (EGT)
reveló queaproximadamente el 1% de las secuencias pertenecen a Archaea, principalmente atabla
1Resumen de los estudios que investigan el microbioma del pollo con respecto a la influencia del
impacto de la alimentación con las metodologías metagenómica y
metaproteómica.MetagenomadetallesEnfoque del estudioDietaGITseccionesNúmero
demuestrasMuestreohoraReferenciaSecuenciación GS-FLXLecturas: 1.291.219AV. longitud: 234–
399 bpEfectos de los niveles subterapéuticos de virginiay tilosina y la monensina coccidial
enComposición de bacterias del pollo.ciego (metagenómica y 16S)7 d de dieta basal seguida
desuplementación con: Monensinsodio, Monensina sódica +virginiamicina o fosfato de
tilosinaCaecaMuestras agrupadaspor tratamiento0 d, 7 d, 14 d y35 d Ross × Rosspollos[ 11 ]
Illumina MiSeq2000Lecturas: 81.772.788AV. longitud: 110 pbElucidación de las funciones del
ciego.microbiota y caracterización de laperfil de la comunidad (metagenómicay 16S)Dieta a base
de trigo con 5% de maízCaeca2042 días de Rosspollos de engorde[ 5 ]Illumina HiSeq2000Lecturas:
52.485.882AV. longitud: 100 pbEstudiar si la variación de la gordura está relacionada con
lacomposición del metagenoma microbiano intestinal.Se emplearon líneas magras y magras.Dieta
comercialHeces29Líneas gordas y magras.Semanas 37 a 40[ 54 ]Illumina HiSeq2000Lecturas: 37,9
millones(por muestra)AV. longitud: 100 pbComparación de dos líneas de pollos (grasay delgado).
Comprender la influencia delhospedar en la microbiota intestinalDieta comercialHeces635
semanas[ 15 ]Illumina HiSeq 2000AV. longitud: 100 pbAnotación de genes de resistencia a
antibióticos demetagenoma de cerdo, pollo y humanoy su co-ocurrencia con asociadoselementos
genéticosDieta comercialHeces820 d y 80 d[ 51 ]454 secuenciaciónLecturas: 24–30 millonesAV.
longitud: 100 pbContenido genético funcional y filotipocaracterización antes y despuésinoculación
con Campylobacter jejuniDieta comercial y 14 díasdespués de la eclosión, un grupo fue
desafiadocon 10 ^ 5 UFC de C. jejuniCaeca228 días (14 días dedesafío)[ 45 ]Secuenciación GS-
FLXLee: 94,926 (FCR bajo);63.891 (FCR alto)AV. longitud: 227 pbCaracterización de heces de aves
de corralmicrobioma de alimentación baja y altapollos de engorde con índice de conversión
(FCR)Dieta comercialHecesMuestras agrupadaspara alto yFCR bajo49 d pollocepa MI[ 53 ]Illumina
HiSeq 2000Lecturas: 4.737.146Investigar la ocurrencia, diversidad yabundancia de genes de
resistencia a antibióticos enheces de ponedoras y pollos de engordeDieta
comercialHecesMuestras agrupadas 6 semanas de pollos de engorde y52 semanas gallinas
ponedoras[ 50 ]MetaproteómicaComposición microbiana en el sanotripa de polloPienso para aves
de corral no medicado de AttleeHecesMuestras agrupadas 18 semanas blancopollos leghorn[ 57 ]
Efecto dietético del fósforo mineral yfitasa microbiana3 dietas con P de origen vegetal (BD−),3
dietas con suplemento de P (BD +).BD− y BD + complementados con 0, 500y 12.500 U / kg de fitasa
de E. coliCosechaCaecaMuestras agrupadaspor tratamiento25 d pollos Ross308[ 58 ]133D. Borda-
Molina y col. / Computacional y Biotecnología estructural Diario 16 (2018) 131 - 139

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Euryarchaeota pero también a Eukaryota, Fungi y Viridiplantae [ 45 ].El metagenoma cecal de

pollos desafiado por Campylobacterjejuni reveló que los elementos móviles eran un factor que
contribuía alos componentes funcionales de la microbiota y que estos genesse asociaron con
agrupaciones de virulencia de acuerdo con el entorno[ 45 ].El ciego consta de dos sacos ciegos
anóxicos largos que albergan uncrobiota dominada por el metabolismo de los carbohidratos con
menor ocurrenciarencia de genes respiratorios [ 45 ]. Vías de fermentación en esteLa sección GIT
conduce a la producción de ácidos grasos de cadena corta (AGCC),que son absorbidos y asimilados
por el anfitrión [ 52 ]. Sargentoet al. [ 5 ] identificó genes productores de butirato para enzimas
como 3-hidroxibutiril-CoA deshidrogenasa, fosfato butiril transferasay butirato quinasa. Además,
la acetato-CoA transferasa responsable desíntesis de acetato y grupos de genes que codifican
beta, gammay subunidades delta de metilmalonil-CoA descarboxilasa, que esimplicados en la
formación de propionato, se encontraron presentes [ 5 ].Doce hidrogenasas de captación
putativas producidas por Megamonas ,También se identificaron Helicobacter y Campylobacter en
el ciego. losLos autores especularon que las respectivas hidrogenasas tienen el potencialpara
servir como sumideros de hidrógeno que facilitan la producción de succinato [ 5 ].
Altoproporciones de las secuencias metagenómicas codificadas para glicosilodominios hidrolasa
de glucanasas, que actúan sobre oligosacáridos yson producidos por bacterias pertenecientes a
Negativicutes y Lentisphaera,y además de endoglucanasas que degradan polímeros como la
celulosay xilano, sintetizado por Actinobacteria, Clostridia y Bacteroidia[ 5 ]. Además, los genes
implicados en el metabolismo y la virulencia de la pared celularse encontraron presentes [ 45 ]. En
cuanto a la suplementación conantibióticos, se informó que las dietas que contienen monensina y
antibióticosLos promotores de crecimiento óticos no influyen en los aspectos funcionales más
amplios.clasificación de los microbios presentes en el ciego en comparación concontrolar las
dietas. Sin embargo, una combinación de monensina con virginiamicinay la tilosina aumentó la
presencia de sistemas de secreción conjugativa,específicamente para los tipos de plásmidos que se
encuentran comúnmente en E. coli . Sin embargo, antiLos genes de resistencia biótica también
estaban presentes en el control y el tratamiento.grupos [ 11 ]. Como los experimentos se llevan a
cabo habitualmente ene instalaciones animales controladas, conclusiones sobre la resistencia a los
antibióticosdebe indicarse con cuidado. Una comparación de metagenomas de heces.de pollos,
cerdos y humanos mostró una alta homología con la tetraciclinagenes ( tet A) y la presencia de
combinaciones de genes de resistencias individualeselementos tancia, que codifican la resistencia
a los betalactámicos, aminoglu-cósidos, macrólidos y multifármacos [ 51 ]. Estos hallazgos
demostraronque existe un riesgo potencial en la diseminación de la resistencia a antibióticosentre
los animales de cría y los seres humanos, por lo tanto, estoslas mentalidades deben considerarse
con cautela.Los análisis metagenómicos de muestras fecales encontraron que las
Proteobacteriasser el filo más abundante (47-79%) seguido de Firmicutes(12-28%) y Bacteroidetes
(7-27%) [ 50 , 53 ]. Animales con mucha alimentacióntasa de conversión (FCR) exhibió una mayor
abundancia de los géneros deAcinetobacter , Bacteroides , Streptococcus , Clostridium y
Lactobacillusmientras que en los animales de baja FCR, Escherichia , Shigella y Salmonella
fueronmás abundante [ 53 ]. Con respecto a las líneas lean, el mismo estudio reveló
unaenriquecimiento de funciones microbianas en cuatro clases de la categoría trans-puerto y
metabolismo de los grupos de grupos ortólogos: aminoácidos,nucleótidos, coenzimas y lípidos [ 54
]. Otro estudio apoyó queLas líneas magras muestran un aumento en el almacenamiento de
lípidos, incluido el peroxisoma.receptor activado (PPAR) y el ciclo del citrato, que unifica el carbo-
metabolismo de hidratos, lípidos y proteínas [ 15 ]. Las mismas funciones fuerondetectado en
estudios humanos que relacionaron el microbioma con el desarrollomento y progresión de la
obesidad, además de la actividad citrato sintasa[ 15 , 55 , 56 ]. La cantidad limitada de estudios y
muestras que se hananalizado hasta ahora revela que los enfoques metagenómicos aún no
estánvadeable para un gran porcentaje de grupos que estudian el TGI de las gallinas.Sin embargo,
se necesita investigación adicional, ya que las comunidades microbianastienen un impacto en el
metabolismo de los pollos, la homeostasis inmunológicay resistencia a la colonización.2.3.
MetaproteómicaLos avances en la secuenciación de ADN y ARN provocaron un impulso en
ladisciplina de la metaproteómica. La mayor disponibilidad de secuenciadosgenomas y
metagenomas promueve la identificación y el carácterización de un mayor número de proteínas
que se expresan pormicroorganismos en una muestra determinada. Estudios metaproteómicos
delLos intestinos de los pollos apenas están disponibles en la literatura. Hasta ahora solodos
estudios aplicaron esta técnica para caracterizar la adaptación dela microbiota gastrointestinal de
los pollos a un desafío específico [ 57 , 58 ]( Tabla 1 ).Otro estudio de Polansky et al. investigó el
ciego de las gallinasmicrobioma tras la inoculación con extractos cecales de pollosde diferentes
edades, con el fin de dilucidar los patrones de colonización ydictar los géneros probióticos más
prometedores para la colonización cecal depollos recién nacidos [ 59 ].Tang y col. estudiaron dos
muestras fecales de leghorn blanco de 18 semanaspollos [ 57 ] identificando 3673 proteínas de
799 géneros diferentes. losEl género bacteriano más abundante fue Lactobacillus (11% del total de
proteínas)seguido de Clostridium (4% de las proteínas totales) y Streptococcus (2% deproteínas
totales). Los hallazgos no pudieron correlacionarse con el 16SAnálisis de secuenciación de genes
de ARNr que exhibió mayor abundancia deClostridiales (25% de las secuencias totales),
Bacteroidaceae (21% de las secuencias totales)secuencias) y Lactobacillaceae (19% del total de
secuencias). GroEL, unproteína relacionada con el estrés, fue la proteína más abundante seguida
degliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa, que es una enzima clave englucólisis y
gluconeogénesis [ 57 ].El segundo estudio de Tilocca et al. investigó la influencia desuplementar el
fósforo (P) inorgánico y / o fitasas microbianassobre la formación de fosfatos de inositol y el
microbioma intestinal[ 58 ]. Se tomaron muestras y se combinaron los contenidos de cultivos y
ciegos de 48 animales.por corral y tratamiento dietético resultando en 24 muestras analizadas.
UNASe identificaron un total de 381 proteínas bacterianas en el cultivo con la mayoríaproteínas
identificadas que se asignan a la familia Lactobacillaceae,sin tener en cuenta los tratamientos
dietéticos. En dietas suplementadas con P, laaumento del número de proteínas pertenecientes a la
familia Veillonellaceae[ 58 ]. En el ciego se identificaron un total de 1719 proteínas. Sincronización
de proteínasThesized por especies de la familia Eubacteriaceae apareció enabundancia en dietas
suplementadas con P, mientras que las proteínas delLa familia Bacteroidaceae aumentó en
abundancia. La cantidad de proteínasde la familia Ruminococcaceae fue mayor en dietas con
microbiossuplementación con fitasa. La falta de suplementos de P y fitasa microbianaLa tación
causó una comunidad microbiana estresada con ocurrencia exclusivarencia de categorías COG en
abundancias relativas bajas, mientras que P yLa suplementación con fitasa microbiana mostró una
microbiota prósperaconjunto. Los autores identificaron un bajo número de proteínas del huésped
enel buche (248) y en el ciego (405), enfatizando que una precisaLa preparación de la muestra es
esencial para enriquecer proteínas de micro-organismos para mejorar el número de proteínas
totales detectadas por masametaproteómica basada en espectrometría [ 58 ]. La figura 1 muestra
una comparaciónde las familias bacterianas detectadas en muestras cecales de idénticasdietas
basales mediante secuenciación de amplicones dirigida [ 13 ] y metaproteómica[ 58 ]. Hubo una
gran discrepancia en la relativa abundancia de identidadesfamilias fied. Ruminococcaceae,
Lachnospiraceae, Erysipelotrichaceae,Peptococcaceae, Anaeroplasmataceae y Carnobacteriaceae
fuerondetectado en mayor abundancia por secuenciación de amplicones dirigida,mientras que
Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Eubacteriaceae, Streptococcaceaey Succinovibrionaceae
resultaron ser más abundantes en elestudio metaproteómico. Sesgos metodológicos como
números variablesde copias del gen de ARNr 16S y una mayor sensibilidad del objetivoenfoque de
secuenciación de amplicones con respecto a especies poco abundantes comoasí como la falta de
secuencias genómicas en las bases de datos requeridas para proteomicenfoques [ 57 , 58 ] podrían
ser una explicación de estos resultados.La ventaja de la metaproteómica y también de la
metatranscriptómica espara obtener conocimientos más precisos sobre las funciones reales
realizadas pormicroorganismos de un microbioma, especialmente cuando se compara con el
bastante
Fig. 1. Familias con más del 1% de abundancia obtenida del contenido de ciego con el gen 16S
rRNA [13] y análisis metaproteómico [58]

predicciones vagas basadas en genes de ARNr 16S o metagenómica. Además de-La coextracción de
ARN o proteínas del huésped también puede ser beneficiosapara obtener información
concomitante sobre el estado del anfitrión, aunque un altoLa cantidad de estas biomoléculas del
huésped puede claramente perjudicar el análisis deel microbioma. Por lo tanto, un flujo de trabajo
metodológico equilibrado debeestablecerse para la correcta aplicación de las respectivas meta-
ómicasenfoques.

3. La alimentación de pollo y está influencia sobre la microbiota

La nutrición de los pollos se basa en dietas vegetales que se complementancontiene una variedad
de aminoácidos, minerales, vitaminas, enzimas,pre, pro y antibióticos para mejorar el rendimiento
del crecimiento. El respectivoLos suplementos nutricionales pueden reemplazar los nutrientes o
mejorar la accesibilidad denutrientes que no son fácilmente asimilados por los animales debido a
laing digestibilidad de los sustratos. El uso de un alto porcentaje de animalesLa proteína se evita
en las dietas de pollo porque aumenta la abundancia.de Clostridium perfringens en el TGI, que es
un factor predisponente paraenteritis necrótica en pollos [ 60 ]. La prohibición de los antibióticos
como pro-motores de la Unión Europea y su potencial restricción en otrospaíses [ 61 ]
intensificaron la búsqueda de alternativas para mejorar el crecimientorendimiento y para evitar un
aumento de enfermedades animales como necrótica en-teritis, disbiosis intestinal, diarrea,
pérdida de apetito y desregulación delsistema inmunológico [ 62 ].Las dietas de aves de corral
tienen un impacto tremendo en el microbioma intestinal enen cuanto a diversidad y composición.
Variando las composiciones dietéticasinfluir en el rendimiento del crecimiento en el período de
crecimiento intensivo. CerealLos tipos comprenden diferentes concentraciones de polisacárido
soluble no almidóncáridos (NSP) como arabinoxilanos que se encuentran en concentraciones más
altasen el trigo en comparación con el maíz [ 63 ]. Dietas con altos niveles deNSP, como las dietas a
base de cebada, centeno y trigo, mejoran la viscosidad de la luz.ingesta, aumentan el tiempo de
retención del alimento y reducen la digestibilidad de los nutrientes[ 64 ]. El tiempo de retención
corto selecciona bacterias de crecimiento bastante rápido queadherirse al epitelio [ 65 ]. Tales
condiciones favorecen la colonización deClostridium perfringens y provocan la aparición de
enteritis necróticaenfermedad [ 65 ]. La inclusión de aditivos alimentarios en la dieta ayuda a la
modulaciónlación del microbioma intestinal estimulando el crecimiento de microor-ganismos que
mejoran la salud intestinal. Particularmente, las enzimas xilanasay se sabe que la β-glucanasa
fomenta el crecimiento de bacterias del ácido láctico.Esas bacterias tienen la capacidad de
adherirse al epitelio intestinal ycompetir con los patógenos por su colonización mientras
disminuye el lumenviscosidad [ 65 , 66 ].Altas cantidades de ácido fítico en dietas a base de plantas
y piensos derivados.animales y la presencia limitada de fitasa endógena en la mucosa GITcosa de
los pollos conduce a la suplementación con fitasas microbianasque son muy beneficiosos ya que
catalizan la hidrólisis del fosfatogrupos del anillo de inositol [ 67 ]. En sustratos como la torta de
colza,La suplementación con fitasa mejora la aparente digestión total de proteínas.ibilidad [ 68 ].
Durante los últimos años se han diseñado varios estudios paraAbordar la influencia de la
suplementación con fitasa en la disponibilidad.e interacción con P y Ca con respecto a las
comunidades microbianasy para cumplir con los requisitos de los animales. Dietas suplementadas
con micro-fitasas biales aumentan la liberación de P y Ca del fitato y por lo tantoreducir la
suplementación de fosfato inorgánico y Ca requeridoen dietas para aves de corral [ 35 ]. En el
cultivo, la fitasa promueve la abundancia deAeromonadaceae y Flavobacteriaceae al tiempo que
reduce la dominanciade Lactobacillus [ 69 ]. Además, los recuentos de bacterias DAPI revelaron
quela presencia de fitasa en la dieta, con niveles adecuados o deficientes deCa y P, aumenta el
número total de bacterias [ 35 ]. Suplemento de fitasamentación aumenta la abundancia de
Lactobacillus sp., Clostridiumleptum y Enterococcus sp. en el íleon [ 35 ]. Fosfato monocálcico,un
compuesto inorgánico generalmente agregado a las dietas, aumenta la presenciade miembros del
orden Clostridiales y la familia Bacteroidaceae[ 69 ].Ácidos orgánicos, como ácido acético, ácido
propiónico y ácido butírico[ 70 ], se utilizaron para estimular selectivamente la permanencia de
beneficiososespecies bacterianas y varios estudios informaron fluctuaciones con respecto
aganancia de peso, consumo de alimento y tasa de conversión alimenticia [ 71-74 ]. SodioEl
butirato es un suplemento dietético común y se transforma en butírico.ácido por el metabolismo
del pollo. Afecta el desarrollo del intestino.epitelio y promueve la presencia de bacterias
simbióticas. Una disminuciónEl pH del cultivo y la molleja favorece el establecimiento de la
producción de ácido láctico.bacterias inductoras que incluyen Lactobacillus spp. y Bi fi
dobacterium spp.[ 75 , 76 ], al tiempo que reduce la colonización por bacterias dañinas
comoSalmonella enterica y Campylobacter jejuni [ 77 ].Los prebióticos son oligosacáridos no
digeribles que muestran un resultado positivoefecto sobre el huésped estimulando el crecimiento
de ciertas bacterias. Ellossirven como fuente de nutrientes para microbios comensales y pueden
inducir a errorBacterias patógenas para unirse al oligosacárido y ser excretadas.antes de adherirse
a la mucosa y causar infecciones [ 78 ]. Xilo Los oligosacáridos son productos de la degradación
hidrolítica dearabinoxilanos y se han utilizado en dietas para pollos de engorde como prebióticos.
SuLas funciones principales están asociadas con el incremento de la longitud de las vellosidades
enel íleon y la promoción de grupos microbianos beneficiosos en el TGI.En el colon, los
xilooligosacáridos aumentan la presencia de Lactobacillusy en el ciego el grupo de Clostridium XIVa
que se sabe que poseegenes relacionados con la producción de butirato, como la coenzima A de
butiriloy acetato CoA transferasa [ 79 ]. Otra fuente de oligosacáridos enincluye los derivados del
expeller de palmiste. Se asume quemejora las respuestas inmunes debido al aumento de IgA e
IgMjunto con la promoción de Bi fi dobacterium y una reducción de Salmo-nella [ 80 ].
Alternativamente, lactulosa, un prebiótico de disacárido sintético,puede estimular el crecimiento
de Lactobacillus y Bi fi dobacterium yinduce una actividad procarcinogénica basada en enzimas
como la azoreductasao 7-alfa-deshidroxilasa [ 81 ]. Prebióticos producidos a partir de células de
levaduray las paredes celulares se utilizan debido al efecto positivo sobre la salud intestinal y
lamodulación de crobiota. Beta-D-glucano y manano-oligosacáridos,componentes de este
suplemento, se unen al receptor manosa-fimbrias específicas de tipo 1 y previenen la colonización
de patógenos mientras favorecening el género Faecalibacterium que se asocia comúnmente con el
intestinosalud [ 82 ].Los probióticos son microorganismos vivos que mejoran la salud intestinal
yrendimiento animal si se agrega a las dietas en cantidades adecuadas. Estaslos microorganismos
compiten con las bacterias patógenas por los sitios de adhesiónen el epitelio intestinal [ 83 ].

Además, los mecanismos de acciónde los probióticos consisten en la mejora de la actividad de

loszimas como proteasas, lipasas y amilasas [ 84 ], la mejora deultraestructura de la mucosa,
aumentando así también la absorción de nutrientes [ 85 ].El uso del probiótico Lactobacillus
plantarum P-8 en dietas para pollos de engordemejora la respuesta inmune, el aumento de peso,
la eficiencia alimentaria y la alimentaciónconsumo. Además, la actividad metabólica y la utilización
de nutrientes son importantes.probado y además, la composición microbiana fecal se
modula[ 62 ]. La suplementación con Enterococcus faecium (0,5% de la dieta total)induce los
recuentos microbianos de Salmonella y aumenta el peso corporalganancia y rendimiento de la
masa muscular [ 85 ]. Bacillus sp. se puede entregar enpiensos granulados debido a su estabilidad
y resistencia al calor que mejorala producción de enzimas como proteasas, amilasas y lipasas posi-
influir de forma significativa en el rendimiento del crecimiento. Además, Bacillus sp., También im-
pactar la microestructura del intestino delgado con un aumento de vellosidadesaltura y recuentos
de Lactobacillus y Bi fi dobacterium en el ciego. Su apoyoLa plementación disminuye la presencia
de bacterias dañinas como E. coli.y Salmonella sp. [ 86 ].Los simbióticos combinan los efectos de
los prebióticos y los probióticos. Tales mezclasmejorar la implantación y supervivencia de las
bacterias suplementadas enel GIT [ 87 ]. Los simbióticos mostraron una gran eficacia en la
reducción deC. jejuni , que causa zoonosis con frecuencia y provoca una fuerte
inflamaciónrespuesta matoria [ 88 ]. La combinación de Bi fi dobacterium longum PCB133con un
xilooligosacárido (XOS) redujo con éxito la carga de Cam-pylobacter spp. y C. jejuni [ 89 ]. Se ha
demostrado que la entregade simbióticos mediante tecnología in ovo [ 90 ] puede modular la
expresión génicaniveles en tejidos inmunológicos y estructuras intestinales. La inoculación
degalactooligosacáridos y L. salivarius o rafinosa y L. plantarum enarrugado la superficie
absorbente del duodeno y yeyuno [ 91 , 92 ].Los metabolitos sintetizados a partir de probióticos se
denominan“Postbióticos” y representan una alternativa ya que ejercen los efectos positivosefecto
de los probióticos sin aplicar células vivas [ 93 ]. Como ejemplo,Lactobacillus sp., Son capaces de
producir ácidos orgánicos y bacteriocinas.que promueven la presencia de bacterias del ácido
láctico. En consecuencia, hayes una disminución del pH y el recuento de enterobacterias, una
intensificación deExpresión de ARNm IGF1 que es un indicador de la composición
corporal,crecimiento, deposición de grasas y actividades metabólicas, y gen de ARNm GHRque
juega un papel como mediador del tamaño corporal [ 93 ].Suplementos dietéticos innovadores,
anunciados como ambientalsolución amigable, aparecen en el mercado con un costo menor.
Lombrizla comida puede afectar positivamente el rendimiento del crecimiento de los pollos,
yaumenta las concentraciones de Ca y P en la sangre [ 94 ]. OtroLa intervención dietética incluye la
adición de suero en polvo seco, un co-producto de la industria del queso, actuando como
prebiótico para la microflora intestinal debidoa su alto contenido de lactosa y calidad proteica, y
exhibiendo una posi-Influencia positiva en el rendimiento de las aves desde las primeras hasta las
últimas etapas de crecimiento[ 14 ]. Los aceites esenciales de orégano y laurel se están explorando
debido a sucaracterísticas antioxidantes y antimicrobianas y la digestión mejoradaibilidad basada
en la estimulación de enzimas endógenas, ab-sorción e inhibición de olores y amoniaco [ 95 ].
Estos compuestosTambién se demostró que aumentan el peso corporal y la FCR y exhibenmenor
mortalidad en comparación con el grupo de control. En íleon y ciegoscum, modulan la microbiota
hacia un aumento de Lactobacillusy recuentos de bi fi dobacterias . Los aceites esenciales de
orégano y laurel mejoranaltura de las vellosidades, capacidad antioxidante de la carne de pechuga
y muslo [ 95 ]. Más-una resina de la planta Boswellia serrata fue aprobada como ad-ditivo en la
producción avícola y exhibió capacidades terapéuticasincluyendo efectos antiinflamatorios y
antibacterianos que estabilizanlas funciones intestinales. Se logró una mejor eficiencia
digestivaconsiderando materia seca y orgánica y un aumento del género deSe observaron
Lactobacillus y Enterococcus [ 96 ].

4. Perspectivas futuras
El estado actual de los conocimientos sobre el intestino de los pollosmicrobiota se basa
principalmente en el inventario general de la población bacterianaulaciones. Las variaciones de las
estructuras comunitarias fueron principalmentecon respecto a las diferentes estrategias de
alimentación y la influencia deespecies patógenas, pero surge la pregunta de si los resultados
obtenidos por nu-mero estudios son comparables entre sí. Aunque los experimentos
soncomúnmente estandarizado y basado en razas idénticas como Ross 308pollos de engorde, hay
mucha desviación en cuanto al procesamiento posteriorcomo extracción de ADN y selección de la
región variable para amplificación.Los diferentes protocolos de laboratorio conducen a resultados
incomparables. Por tanto, una normaprotocolo estandarizado como está disponible en la
investigación de la microbiota humana debeestablecerse en la investigación del microbioma del
pollo para obtenerconjuntos de datos. Otro tema relacionado con el diseño experimental es la
combinaciónde muestras de diferentes animales lo que concierne a numerosos estudios.Borda-
Molina y col. [ 13 ] informó una alta individualidad de la microbiotaestructura de aves individuales
a pesar de que los animales se originarondel mismo criador y se alojaron en las mismas
condiciones.En consecuencia, la combinación de muestras puede imitar cambios en la
microbiota.composición que de otro modo no sería visible. Respecto al sam-procedimiento de
pliegue en sí, el estudio mencionado anteriormente también enfatizó elimportancia de tomar
muestras de la mucosa y la luz digerida por separado para obteneruna representación más
completa de la microbiota. Una combinación con unLa funcionalidad predictiva puede representar
los procesos microbianos que se ejecutanen la interfaz del huésped e identificar los
microorganismos que son másrelevante para el animal huésped. Esto puede representar un punto
de partida para promoverestudiar la interacción entre la microbiota y el huésped.Hasta ahora, los
estudios de la microbiota del pollo se realizan principalmente utilizandoSecuenciación y
metaproteómica del amplicón del gen del ARNr 16S. El uso demetatranscriptómica y
metabolómica, y la combinación de todas sontodavía al principio, pero tienen el potencial de pasar
de la predicciónanálisis efectivos a descripciones más precisas de la actividad microbiana realities.
Otro tema importante es la colección limitada de cultivos de cepas.habitando el GIT de pollos. Un
aumento de cultivos bacterianos y suLa caracterización genética y bioquímica apoyaría
fuertemente laEvaluación de datos ómicos. Para alcanzar esto, las estrategias de cultivo deben
sercreados que consideran la demanda de co-cultivo o sub-estratos como se hizo para el ratón y
los seres humanos [ 97 ] ( Fig. 2 ).Hasta ahora, el enfoque principal de la investigación de la
microbiota en pollos ha estado encomprender cómo la microbiota está cambiando bajo una
alimentación definidaestrategias y cómo esto influye en el desempeño de los pollos de engorde
ylas gallinas ponedoras. Otro enfoque es el control de patógenos en producción.condiciones.
Tanto para intereses como para muchos otros, los pollos gnotobióticospodría ser de gran
importancia. Están disponibles y ya se utilizan paraestudiar la expresión de las enzimas del
huésped [ 98 ]. Aunque el manejo de pollos gnotobióticos también es un desafío, incluidos hechos
como más rápidocrecimiento, mayor ingesta calórica, motilidad intestinal anormal, intestino más
delgadopared o alta relación urea / ácido úrico en heces y metabolismo y reciclajede ácidos
biliares [ 99-102 ], deben usarse para la infección y la digestión de alimentosestudios con
estructuras definidas de cultivos microbianos para obtener más informaciónmiras en la función del
microbioma y la interacción con elacoger en el futuro.
Fig. 2. Resumen de los factores que afectan la salud, el bienestar y el rendimiento de los pollos y

perspectivas de futuro en el análisis del microbioma del pollo.

Agradecimientos