Manuales de Instalacion y Uso - Cassia - SpBioCAN

BOLIVIA | COLOMBIA | ECUADOR | PERÚ
Guía de instalación de software base

para Nodos nacionales
Taller Regional de capacitación en

Herramientas para la gestión de información
sobre Biodiversidad y Medio Ambiente en la
región Amazónica
Programa BioCAN
Plataforma de Información Regional Ambiental Amazónica, PIRAA 1
Contenido
Introducción ....................................................................................................................................................... 3
Instalación del Motor de la base de datos ......................................................................................................... 4
Software adicional ......................................................................................................................................... 6
Crear las Bases de datos ................................................................................................................................ 7
Instalación de la Máquina virtual ....................................................................................................................... 8
Instalación del contenedor de aplicaciones ..................................................................................................... 12
Despliegue de aplicaciones .............................................................................................................................. 13
Prueba de funcionamiento de CASSIA ......................................................................................................... 15
Preparación de CASSIA para iniciar tareas de documentación de metadatos ............................................ 15
Antes de empezar ........................................................................................................................................ 18
Definir estructura de carpetas ................................................................................................................. 19
Habilitar estándares de trabajo ............................................................................................................... 19
Preparar perfiles de documentación ....................................................................................................... 21
Crear un metadato sobre plantilla base .................................................................................................. 25
Integrar etiquetas para facilitar el uso de la plantilla base...................................................................... 27
Recomendación para el uso de valores estándar .................................................................................... 28
Crear entidades ........................................................................................................................................ 34
Habilitar el perfil de búsquedas ............................................................................................................... 34
Categorización de metadatos .................................................................................................................. 43
Prueba de funcionamiento de SpBioCAN ................................................................................................ 48
Antes de empezar ........................................................................................................................................ 50
Recomendación para el uso de valores estándar .................................................................................... 52
Definir jerarquía taxonómica ....................................................................................................................... 54
Crear su primera ficha de especies .......................................................................................................... 55
Asociar imágenes a una ficha de especies ............................................................................................... 60
Categorización de especies ...................................................................................................................... 62
Relación entre las Fichas de especies y los metadatos ............................................................................ 62
Anexo. Instalación de PostGIS...................................................................................................................... 63
Programa BioCAN
Introducción
Este documento contiene las instrucciones para poner en marcha el Catalogador SIB sobre Información
ambiental, CASSIA, y el Servicio de documentación de Fichas de especies, SpBioCAN. Contiene los pasos
para realizar la instalación de la Base de datos, el contenedor de aplicaciones y realizar el despliegue de las
herramientas mencionadas.
Las instrucciones están dirigidas al Líder temático del Nodo de la PIRAA quien deberá disponer los
aplicativos de forma que puedan ser empleados por sus socios o colaboradores, e iniciar los procesos de
documentación de metadatos y fichas de especies.
Este material contiene las prácticas a desarrollar en el “Taller regional de capacitación en herramientas
para la gestión de información sobre biodiversidad y medio ambiente en la región Amazónica” (12 y 15 de
junio de 2012), el cual tiene los siguientes objetivos:
• Transferir conocimientos sobre el uso de técnicas, herramientas informáticas y estándares que

contribuyan a mejorar el acceso, uso y manejo de información ambiental y sobre biodiversidad
de la región amazónica.
• Promover el mejoramiento de tareas de identificación, documentación y difusión de
• información ambiental y sobre biodiversidad, mediante el uso de buenas prácticas y la promoción
de procedimientos de gestión de información.
• Generar espacios de socialización y discusión sobre la importancia del uso de estándares y
herramientas.
Recuerde que en el marco de la PIRAA se espera que cada país establezca un nodo central y un nodo local
en la Amazonía que sirva como punto replicador de información que esté accesible a las comunidades
locales de la Amazonía.
Programa BioCAN
Instalación del Motor de la base de datos
De doble clic en el archivo postgresql-8.4.11-2-windows.exe que se encuentra en su carpeta “instaladores”

para poner en funcionamiento el servicio PostgreSQL en la versión 8.4. Se presentará la primera ventana de
bienvenida que se muestra a continuación:
El instalador le solicitará que confirme la ruta de instalación del motor de la base de datos. De clic en el
botón “Siguiente”
Posteriormente se solicitará la contraseña para el superusuario de PostgreSQL que tendrá el acceso

completo a las bases de datos y con el cual podrá realizar las tareas de administración. Ingrese la
contraseña. Confírmela y de clic en el botón “Siguiente”.
Programa BioCAN
A continuación deberá confirmar el número del puerto desde el cual se atenderán las peticiones de
consulta de datos por las aplicaciones. Por defecto el puerto es el 5432.
Confirme la configuración regional a emplear:
Con esta información, se iniciará el proceso de descompresión de archivos e instalación en la máquina:

Programa BioCAN
Finalmente se le notificará sobre la finalización del proceso.
Software adicional
Dentro de los servicios contemplados en los Nodos de la PIRAA se encuentra la consulta de información
geográfica y la documentación de Metadatos geográficos. PostgreSQL ofrece un plug in adicional llamado
PostGIS con el cual se gestionan las GeoDataBases. Como anexo a este documento se encuentran sus pasos
de instalación.
Programa BioCAN
Crear las Bases de datos
Una vez instalado PostgreSQL, en el menú de inicio de equipo aparecerá el icono de acceso a pgAdminIII.
Este le permitirá acceder a un gestor de bases de datos como se muestra a continuación:
De doble clic sobre “PostgreSQL8.4”. En este momento pgAdminIII le solicitará la contraseña del
superusuario definido en el momento de la instalación:
Sobre el icono “Databases” de clic derecho para acceder al menú de opciones, y de clic en “New Database”:
Programa BioCAN
Ingrese el nombre de la Base de datos para CASSIA e indique que su propietario (Owner) es postgres. Para
esta práctica usaremos como nombre cassia
Repita el procedimiento para crear la base de datos de SpBioCAN.
Instalación de la Máquina virtual
De doble clic en el archivo jdk-6u26-windows-i586.exe que se La plataforma Java es el nombre de un

entorno o plataforma de computación,
encuentra en su carpeta “instaladores” para habilitar la maquina virtual capaz de ejecutar aplicaciones
de Java en su equipo. El instalador contiene el JDK (Java Development desarrolladas usando el lenguaje de
Kit,) y la maquina virtual o JRE (Java Runtime Environment), último que programación Java. En este caso, la
es requerido para que las aplicaciones funcionen. plataforma no es un hardware
específico o un sistema operativo, sino
Dicha maquina virtual o JRE se encargará de interpretar la lógica de los más bien una máquina virtual
encargada de la ejecución de las
aplicativos que estarán disponibles en los portales nacionales de la
aplicaciones, y un conjunto de
región amazónica (La maquina virtual interpreta y ejecuta instrucciones bibliotecas estándar que ofrecen una
expresadas en un código binario el cual es generado por el compilador funcionalidad común.
del lenguaje Java).
Programa BioCAN
El instalador le solicitará que confirme la ruta de instalación. De clic en el botón “Siguiente”. (Para esta
práctica se usará la ruta c:\java\jdk.1.6.0_26 sin embargo su administrador elegirá la mejor ruta de
instalación en su servidor de producción).
Posteriormente se le solicitará la ruta de instalación del JRE. De clic en el botón “Siguiente”
Finalmente se le notificará sobre la finalización del proceso.
Programa BioCAN
Definición de variables de entorno
El siguiente paso es notificarle al Sistema operativo de su equipo (Windows) que hemos hecho estas
instalaciones, e indicarle dónde se encuentran los ejecutables. Para ello se emplean las variables de
entorno, las cuales se configuran en el Panel de Control, en la opción “Sistema”
De clic en “Configuración avanzada del sistema”
Programa BioCAN
De clic en el botón “Variables de entorno” y defina las variables JAVA_HOME y el CLASSPATH indicando las
rutas en las que se dejó instalada la máquina virtual:
Programa BioCAN
Instalación del contenedor de aplicaciones
De doble clic en el archivo apache-tomcat-6.0.35.zip que se encuentra en su carpeta “instaladores” para

descomprimir sus archivos y habilitar el contenedor de aplicaciones web, que para nuestro caso será
Apache Tomcat en su versión 6.0.
Para facilidad haga la descompresión en la raíz de su disco duro C: o D:. Una vez realizado este paso,
igualmente es necesario indicarle a Windows sobre la existencia de este software, por lo que se requiere la
definición de otra variable de entorno, CATALINA_HOME.
Para poner en marcha Tomcat ingrese a la ruta C:\apache-tomcat-6.0.35\bin y de clic sobre el archivo
startup.bat
Programa BioCAN
El sistema lanzará una consola en la que es posible monitorear las actividades de las aplicaciones, y que
para el caso de esta práctica nos notificará sobre la disponibilidad del servicio. Observe que cuando termine
presentará un mensaje al final de la consola que dice “Server startup in 4648 ms”
Si no se presentan problemas, ya será posible verificar que Tomcat está funcionando ingresando a la
dirección http://localhost:8080 . A continuación se muestra la página de inicio de Tomcat.
Despliegue de aplicaciones
Para poner en marcha el Catalogador de metadatos CASSIA y el servicio de documentación de fichas de
especies SpBioCAN debe detener Tomcat dando clic en el archivo shutdown.bat. Posteriormente copie los
Programa BioCAN
archivos cassia.war y spbiocan.war que se encuentran en la carpeta “instaladores” y péguelos en la ruta
C:\apache-tomcat-6.0.35\webapps
Finalmente debe iniciar de nuevo Tomcat para hacer el despliegue. Para ello ingrese a la ruta C:\apache-
tomcat-6.0.35\bin y de clic sobre el archivo startup.bat
CASSIA es una aplicación desarrollada por el Equipo coordinador del Sistema de Información
sobre Biodiversidad de Colombia, desarrollada para la documentación o creación de metadatos y
usada para incluir los metadatos en el Catálogo Nacional de Metadatos de Colombia.
Con Cassia se pueden crear múltiples perfiles de documentación o plantillas basados en

estándares (actualmente están disponibles en Cassia, ISO19139, FGDC, NBII, Dublin core-ETN,
SIB, entre otros) para describir diferentes tipos de conjuntos de datos sobre biodiversidad como
bases de datos, mapas, reportes, colecciones biológicas, listas, etc.
SpBioCAN es una herramienta web generada en el marco del Programa BioCAN para promover
la documentación de fichas de especies biológicas en los países de la Comunidad Andina. Su
funcionamiento se basa en la lógica implementada en el Catalogador SIB de Información
Ambiental, CASSIA y por tanto se constituye en un subproducto de éste.
SpBioCAN funciona bajo el uso del estándar Plinian Core, y por tanto permite integrar
información y generar insumos útiles para la generación de propuestas de medidas de
conservación que sirvan para desarrollar proyectos de manejo de especies. Además de ello sirve
para dar a conocer a públicos amplios, las principales características de las especies y ofrecer a
autoridades ambientales y transfronterizas elementos para ejecutar acciones de control.
Programa BioCAN
Prueba de funcionamiento de CASSIA
Una vez ha reiniciado Tomcat podrá observar que se han creado carpetas con el mismo nombre de los
archivos .war dentro de la carpeta webapps. Es decir, deberán existir dos carpetas adicionales: cassia y
spbiocan.
A continuación haremos las pruebas de funcionamiento y configuración de CASSIA. Ingrese a la URL

http://localhost:8080/cassia/ En este momento deberá responderle una página como la que se muestra a
continuación:
Preparación de CASSIA para iniciar tareas de documentación de metadatos
A continuación debe indicar el motor de la base de datos a emplear. En nuestro caso será PostgreSQL.
Recuerde que en el momento de su instalación creamos dos bases de datos una llamada cassia. Dicho
nombre debe ingresarse en el campo “URL de la Base de Datos”, indicar el nombre de usuario y contraseña,
y dar clic en el botón “Validar BD”, como se muestra a continuación:
El sistema le presentará un mensaje indicando el resultado de la operación.
Programa BioCAN
De clic en el botón Ok, en ese momento el sistema creará las tablas en la base de datos y cargará los datos
necesarios para el funcionamiento del sistema.
A continuación se observa cómo la base de datos cassia ha sido modificada y se han generado las tablas
requeridas para su funcionamiento.
Una vez termina esta carga y es la primera vez que se instala Cassia se pedirá la información de inicio como
son: la Entidad donde se está instalando el aplicativo y los datos del SuperAdministrador como se muestra
en la siguiente pantalla:
Programa BioCAN
Ingrese los datos marcados con asterisco, una vez finalice de clic en el botón “Finalizar configuración”. Al
hacer esto el sistema ha quedado configurado y se mostrará la siguiente pantalla:
Una vez ha finalizado la configuración, podrá ingresar en Cassia. Deberá ingresar con el login (email) del
usuario superadministrador y el password ingresado en el paso anterior.
Programa BioCAN
Antes de empezar
Como SuperAdmisnitrador usted debe realizar varias tareas antes de liberar CASSIA para iniciar la
documentación de metadatos. Tenga en cuenta que su rol es muy importante para ajustar CASSIA de
acuerdo a las necesidades de estandarización de su Organización (Nodo). A continuación se presenta un
diagrama con los principales pasos:
Notas:
Programa BioCAN
Definir estructura de carpetas
La creación de carpetas, se refieren al árbol o estructura que servirá para la organización de los metadatos
de forma que les facilite a los usuarios comprender y acceder a la información, así como ayudarles a
correlacionar el contenido del metadato con sus necesidades. Se sugiere el uso de temáticas para nombrar
las carpetas o las diferentes dependencias de su organización.
Para poder crear la estructura de carpetas ingrese al menú “Metadatos”, “Crear carpetas”. Se visualizara la
siguiente pantalla, en donde usted deberá ingresar el nombre de la carpeta y dar clic en el botón “Registrar
recurso”. El sistema le confirmará la creación de la carpeta.
Si usted desea anidar la carpeta a una existente (hacer una subcarpeta), seleccione el cuadro de opción “Es
carpeta hija”. El sistema le presentará la estructura de archivos actual, de forma que usted elija la carpeta
padre. El sistema le confirmará la creación de la carpeta.
Habilitar estándares de trabajo
Para efectos de trabajo en los nodos de la PIRAA se trabajará con dos estándares: i) Estándar para la
documentación de metadatos de conjuntos de datos relacionados con biodiversidad y ii) Dublin core. Estos
se encuentran precargados en CASSIA y sólo deberá habilitarlos mediante la opción “Precargar estándar”.
Programa BioCAN
El Estándar para la documentación de metadatos de conjuntos de datos relacionados con biodiversidad o
SIB2, contiene las siguientes secciones:
Sección
Identificación
Sección
Coberturas
Sección
Responsable
de la
información Obligatorio
Metadatos Sección
Condicionales
Referencias
cruzadas
Opcionales
Sección
Información
de
distribución
Sección de
Referencia
de metadatos
Gráfica 1. Secciones del estándar para la documentación de metadatos. Fuente: Sistema de Información sobre Biodiversidad de
Colombia
Para habilitarlo ingrese al Menú “Configuración”, “Estándares”, “Precargar estándar”
Despliegue la lista desplegable “Estándares disponibles”, seleccione “SIB2” y de clic en el botón “Precargar
estándar”. El sistema generará el perfil de documentación a partir de los atributos del estándar. Nota:
Dicho perfil deberá ser preparado para que su presentación sea lo más clara posible para los
colaboradores y socios que participarán en la documentación de metadatos.
Programa BioCAN
Repita los pasos anteriores para habilitar el estándar Dublin core.
El estándar Dublin Core será empleado para documentar de forma sencilla y genérica recursos digitales
como son: fotografías, documentos, informes, libros, revistas, entre otros. Una vez habilitado el sistema
generará el perfil de documentación a partir de los atributos del estándar.
Preparar perfiles de documentación
Un perfil de documentación está basado en un estándar y permite definir qué atributos del estándar se
deben documentar y qué tipo de dato se desea manejar por cada atributo. Para ver los atributos del perfil y
definir los niveles de obligatoriedad en el diligenciamiento de cada atributo ingrese al menú
“Configuración”, “Perfiles de documentación”, “Editar”.
El sistema le presentará los perfiles disponibles. Cassia ofrece por defecto un perfil de “Busqueda” y el
“Perfil OAI”, pero podrá observar que además están los perfiles asociados a los estándares que hemos
habilitado. De clic en el botón “Editar” del Perfil SIB2.
Programa BioCAN
Al dar clic sobre el botón editar aparecerá un listado de los atributos o elementos de datos que conforman
el estándar.
A través de esta funcionalidad podrá modificar la información de los atributos indicando el tipo de datos,
las ocurrencias máximas o mínimas permitidas y el nivel de obligatoriedad de diligenciamiento:
Tipo del atributo: String, Date, Integer, time, DateTime

Ocurrencias mínimas
Ocurrencias máximas (0 indica que no tiene límite)
Condición: Tipo de obligatoriedad, es usado para manejar en la edición del conjunto colores que
representan dicha obligatoriedad.
Obligatoria, color Rojo

Condicional, color Naranja
Opcional, color Verde
A continuación se presenta un ejempló de cómo dicha tipología se refleja en el formulario de captura:
Programa BioCAN
En la siguiente tabla se presenta una recomendación para definir los niveles de obligatoriedad de los
atributos del estándar SIB2.
Sección - atributo Recomendación

Gcitaciones
responsable_cit Obligatorio
fecha_publicacion Condicional
titulo_documento Obligatorio
publicador_cit Opcional
tipo_citacion Obligatorio
direccion_url_cit Condicional
otros_detalles_cit Opcional
gdescripcion
resumen Obligatorio
palabra_clave_res Obligatorio
Gherramientas
descripcion_herramienta Opcional
acceso_herramientas Opcional
Gestado
progreso_es Obligatorio
frecuencia_actualizacion Obligatorio
Guso
condiciones_acceso_uso Obligatorio
condiciones_uso Obligatorio
creditos_uso Condicional
gcoberturas_temporales
fecha_inicio Obligatorio
fecha_fin Obligatorio
gcoberturas_geograficas
descripcion_cg Obligatorio
coordenada_oriente Obligatorio
coordenada_oriente Obligatorio
coordenada_norte Obligatorio
coordenada_sur Obligatorio
Centroide Condicional
Latitud Obligatorio
Longitud Obligatorio
gcoberturas_taxonomicas Condicional
Programa BioCAN
palabra_clave Obligatorio
total_taxones Obligatorio
integridad_tax Obligatorio
gsistemas_taxonomia Condicional
autor_st Obligatorio
fecha_st Obligatorio
titulo_st Obligatorio
tipo_citacion_st Obligatorio
xtipo_citacion Obligatorio
modificaciones Condicional
Gevidencias Condicional
tipo_evidencia Obligatorio
adicional_ev Obligatorio
sresponsables Obligatorio
organizacion_resp Obligatorio
persona_resp Condicional
cargo_resp Obligatorio
correo_eresp Obligatorio
otros_datos_resp Opcional
acrónimo Condicional
dir_fisica Condicional
ciudad_municipio Condicional
sub_administrativa Condicional
país Obligatorio
fax_contacto Condicional
fax_contacto Condicional
horario_contacto Condicional
sref_cruz
autor_rc Obligatorio
fecha_publicacion_rc Obligatorio
titulo_rc Obligatorio
tipo_citacion_rc Obligatorio
xtipo_citacion Obligatorio
Edición Condicional
volumen Condicional
serie Condicional
numero Condicional
pagina Condicional
url Condicional
fecha_consulta Condicional
fecha_actualizacion Condicional
tipo_relacion_rc Obligatoria
sinformacion_distribucion
descripcion_distribucion Obligatorio
instrucciones_dist Obligatorio
direccion_url_dist Condicional
contacto_repositorio_datos Obligatorio
sinformacion_metadatos
Programa BioCAN
fecha_creacion_mt Obligatorio
fecha_revision_mt Obligatorio
fecha_nextactualiza_mt Obligatorio
estandar_mt Obligatorio
version Obligatorio
Notas:
Nota: En el marco de la PIRAA es muy importante que todos los nodos usen la misma obligatoriedad en los
atributos, ya que así será posible garantizar los resultados en las búsquedas que se realicen de acuerdo a un
atributo.
Crear un metadato sobre plantilla base
Para crear nuestro primer metadato ingrese al menú “Metadatos”, “Conjuntos de datos”, “Nuevo”
El sistema le mostrará la estructura de carpetas disponibles, con el fin de que usted seleccione la ubicación
de su interés dando clic sobre la carpeta. Ingrese el Nombre del metadato, indique el Perfil de
documentación a emplear (Perfil SIB2) y de clic en el botón “Crear conjunto”
El sistema le presentará un mensaje indicando que el Conjunto se ha creado correctamente. De clic en el

botón OK
Para iniciar la documentación del metadato búsquelo en el árbol de carpetas y de Doble clic sobre el
nombre del metadato. El sistema le mostrará la siguiente pantalla:
Programa BioCAN
Nota: Observe que las etiquetas de los
atributos tienen caracteres especiales y es un
poco compleja su interpretación. Es por ello
que el Perfil debe ser personalizado asignando
Etiquetas que den claridad sobre el significado
de los atributos
Repita la creación de un metadato empleando el Perfil Dublin Core
Notas:
Programa BioCAN
Integrar etiquetas para facilitar el uso de la plantilla base
Como se mencionó anteriormente CASSIA generará automáticamente los perfiles de documentación por
cada estándar que usted habilite (Pero, si usted agrega un nuevo estándar, usted debe crear el perfil de
documentación).
Como se mostró anteriormente los nombres de algunos atributos de un Perfil no son intuitivos, por ello es
necesario que usted defina etiquetas entendibles para todos los atributos de los perfiles a usar y si
considera necesario deberá agregar Textos de ayuda que le permitan a un catalogador (documentador)
tener la certeza de lo que debe colocarse en el atributo.
Para definir las etiquetas de un perfil ingrese al menú “Configuración”, “perfiles de documentación”
“Etiquetas”
De clic sobre el botón “Editar etiquetas” del Perfil SIB2
Se presentará un formulario con los atributos del perfil y campos para definir la Etiqueta, y si considera
necesario, definir un Texto de ayuda sobre el contenido que debe ser ingresado por el catalogador.
Programa BioCAN
Cuando finalice de clic en el botón “Actualizar etiquetas”, regrese al Árbol de carpetas y de doble clic en su
metadato. Podrá observar que ahora el formulario contiene las etiquetas que usted ingreso.
Recomendación para el uso de valores estándar
Los valores estándar se refieren a los conjuntos de términos con los cuales el aplicativo construirá las listas
de selección (listas controladas) que aparecerán en los formularios de captura.
Generalmente se definen valores estándar para tipo de citaciones (bases de datos, catálogos, informes,
gacetero, tabla de datos, libros, etc), posibles estados de los conjuntos (Terminado, En proceso,
Desconocido, Planeado), tipos de evidencia (Exicado, audio, videos, ejemplares, muestras de tejido,
fotografías, imagen de sensor remoto), entre otros.
Para definir los valores estándar de un perfil de documentación ingrese al menú “Configuración”, “Perfiles
de documentación”, “Valores estándar”
Programa BioCAN
El sistema le presentará el listado de perfiles. De clic en el botón “Valores estándar”.
Procedimiento para la definición de valores estándar para la sección de Identificación:
La primera parte del formulario de documentación un metadato es sobre su Identificación. Allí se

encuentra el atributo “tipo_citación” que es empleado para determinar el Tipo de citación que es el
conjunto de datos.
De clic sobre el botón “Editar valores” del campo “xtipo_citación” y agregue los términos que se muestran
a continuación en el campo “Dominio”.
Programa BioCAN
De clic en el botón “Adicionar” por cada termino.
Cuando termine de ingresar los términos de clic en el botón “Cerrar”.
Tipo de conjunto de dato Regrese al Árbol de carpetas y de doble clic en su metadato. Podrá observar
que ahora el formulario ofrece una lista desplegable en el atributo “Tipo
citación” con los términos que usted ingresó.
Programa BioCAN
Realice el mismo procedimiento para los siguientes campos:
Progreso: Frecuencia de mantenimiento y actualización:

Estado de avance en el que está el conjunto de datos. Periodicidad con la cual se realizarán cambios o
actualizaciones al conjunto de datos
Condiciones de acceso: Condiciones de uso:

Requisitos legales para acceder al conjunto de datos Requisitos legales para el uso del conjunto de datos
Coberturas taxonómicas: tipo de citación

En esta sección se documentan los aspectos taxonómicos más relevantes del conjunto
de datos, los cuales se obtienen de referencias bibliográficas sobre el sistema de
clasificación.
Regrese al árbol de carpetas y de doble clic en su metadato. Al realizar la edición podrá
observar que ahora el formulario ofrece una lista desplegable en el atributo “Tipo
citación” con los términos que usted ingresó.
Programa BioCAN
Tipo de evidencia: Referencia cruzada: Tipo de citación
Tipo de relación con el conjunto de datos: Nombre del estándar de metadatos:
Hasta este punto, la herramienta ha sido preparada para iniciar el proceso de documentación. Ejemplo:
REIGISTRO DE METADATOS
Programa BioCAN
Notas:
A continuación se hará entrega de ejemplos de metadatos para que usted realice la documentación en la
herramienta.
Programa BioCAN
Crear entidades
Este módulo permite crear un banco de entidades de las cuales el nodo espera recibir colaboración. Este
paso es necesario dado que el Super Adminsitrador deberá crear usuarios asociados a dichas entidades.
Para esto deberá ir al menú “Administración”, “Administración de entidades” y diligenciar el formulario.
Habilitar el perfil de búsquedas
El paso siguiente es preparar Cassia para que el público general pueda hacer consultas sobre la información
del nodo (http://localhost:8080/cassia/busqueda/). Ninguna funcionalidad de búsqueda funcionará si no
realiza las homologaciones desde los Perfiles de documentación habilitados (En nuestro caso SIB2 y Dublin
core) hacia el “Perfil de Búsquedas” (precargado en el sistema).
CASSIA 2.2 tiene integrado un Perfil de Búsquedas conformado por atributos que usted debe
mapear/vincular con los atributos de cada perfil de documentación. De esta manera no importará los
nombres de los atributos de un dato específico en un perfil (cobertura_geo, cob_geografica, c_geogr) pues
Cassia hará la búsqueda sin importar el perfil en el que haya sido documentado el metadato.
Los atributos del Perfil de Búsquedas son:
PalabrasClaves,
Resumen
Titulo
Autor
CoberturaGeografica
CoberturaTemporal
Programa BioCAN
CondicionesAcceso
FechaDocumentacionMetadatos
Aunque esta tarea puede ser un poco tediosa, es indispensable y muy útil para proveer flexibilidad en las
búsquedas sin importar el perfil en el que se encuentren documentados los metadatos.
Para hacer la homologación con el “Perfil de Búsquedas” de clic en el menú “Configuración”,

“Homologación”, “Nueva”.
Siga los siguientes pasos:
Nombre: Ingrese el nombre que le dará a la homologación.

Tipo: Seleccione la opción “Para busquedas”.
Perfil origen: seleccione el perfil de documentación
Perfil destino: seleccione “Perfil busqueda”
De clic en el botón “Cargar perfiles”. El sistema cargará los atributos del perfil de documentación
seleccionado en el panel izquierdo y en el derecho los atributos del Perfil de búsqueda.
De clic sobre el atributo del perfil de documentación que Cassia usará para las búsquedas y arrástrelo hasta
el atributo equivalente del Perfil de búsquedas.
Programa BioCAN
Repita esta acción hasta completar todos los atributos del Perfil de búsqueda y de clic en el botón “Crear
homologación”.
Repita el proceso de homologación desde Perfil Dublin core al Perfil de búsqueda
Programa BioCAN
Para comprender la utilidad de esta homologación, ingrese el término “Guaviare” en los dos metadatos
creados.
En el metadato creado bajo el perfil SIB2 ingrese el término “Guaviare” en el Campo “Descripción
de la extensión geográfica”. De clic en el botón “Cerrar” para gustar el cambio.
En el metadato creado bajo el perfil Dublin core ingrese el término “Guaviare” en el Campo
“county”. De clic en el botón “Cerrar” para guardar el cambio.
Abra una nueva pestaña de su Explorador de Internet e ingrese a la URL

http://localhost:8080/cassia/busqueda/ . El sistema le presentará el siguiente formulario.
En el campo “Tipos de búsqueda” seleccione la opción “Perfil busqueda” e ingrese el término “Guaviare” en
el campo “CoberturaGeografica”.
De clic en el botón “Buscar”. El sistema deberá mostrarle los resultados como se muestra a continuación:
Programa BioCAN
Para ver el metadato completo de clic en el botón “Detalle” que acompaña el metadato de su interés. Allí
podrá además descargar el metadato en PDF con toda su información.
Programa BioCAN
En caso de querer personalizar nuevas opciones de búsqueda, usted puede definir un nuevo perfil de
búsqueda, con los atributos de su interés. Para ello usted deberá usar el “Perfil Vacio”.
A continuación se muestra el proceso para que CASSIA realice búsquedas únicamente en los atributos
relacionados con información taxonómica. De clic en el menú “Perfiles de documentación”, “Nuevo”.
Ingrese los datos solicitados:
Nombre: Nombre de la homologación, para el ejemplo se usará como nombre

“BusquedaTaxonomica”
Tipo: seleccione la opción “Para búsqueda”
Estado: marque el estado de su perfil como “ACTIVO”
Estándar: Seleccione la opción “Estándar Vacío”, el cual le servirá como plantilla pues este estándar
cuenta con un único elemento raíz al que posteriormente usted podrá agregar los atributos de su
reporte.
De clic en el botón “Cargar estándar” y luego en el botón “Crear perfil”
Programa BioCAN
De clic en el menú “Configuración”, “Perfiles de documentación”, “Editar”, y seleccione el perfil
recientemente creado y de clic en “Editar”.
De clic sobre el botón “Adicionar hijo” de atributo “metadata” e ingrese el nombre de su campo de
búsqueda.
Cuando termine de clic en el botón “Actualizar perfil”
Una vez creada la plantilla se deben hacer las homologaciones entre los perfiles de documentación y el
perfil de búsqueda. A continuación se muestra cómo hacer la homologación de atributos desde el Perfil
SIB2 contra BusquedaTaxonomica
De clic en el menú “Configuración”, “Homologación”, “Nueva”.
De un nombre a la homologación (sib2_busTaxonomica), indique que será una homologación “Para

búsquedas”, seleccione como perfil origen “Pefil SIB” y como perfil destino “BusquedaTaxonomica”.
Arrastre los atributos del estándar origen hasta el atributo equivalente del Perfil BusqTaxonomica.
Programa BioCAN
De clic en el botón “Crear homologación”.
Repita el proceso de homologación desde Perfil Dublin Core al Perfil BusquedaTaxonomica
Para ver el resultado realice el siguiente ejercicio:
En el metadato creado bajo el perfil SIB2 ingrese el término “arecaceae” en el Campo “palabras
clave” de la sección cobertura taxonómica. De clic en el botón “Cerrar” para gustar el cambio.
En el metadato creado bajo el perfil Dublin core ingrese el término “arecaceae” en el Campo
“Palabras clave”. De clic en el botón “Cerrar” para gustar el cambio.
Ingrese a la URL http://localhost:8080/cassia/busqueda/
El sistema deberá presentarle los resultados como se muestra a continuación:
Programa BioCAN
Notas:
Programa BioCAN
Categorización de metadatos
Como se ha mencionado CASSIA es primordialmente un aplicativo para la documentación de metadatos, sin

embargo la versión 2.2 pone a disposición un nuevo módulo para realizar la Categorización de los conjuntos
de datos registrados y poder generar estadísticas sobre fortalezas y vacios de información en temáticas de
investigación. Dichas estadísticas serán de utilidad tanto a nivel nacional como regional, es por ello que al
iniciar el Taller los países realizaron una selección de términos de categorización que emplearemos en esta
sección.
CASSIA 2.2 tiene por defecto este modulo deshabilitado. Para ponerlo en funcionamiento de clic en el
menú “Administración”, “Administración de parámetros”
De clic en el botón “Editar” que se encuentra acompañando el parámetro “MODULO_CATEGORIZACION”.

Los campos que se encuentran en la parte superior de la pantalla se cargarán con la información actual.
Coloque true en el campo “Valor” y de clic en el botón “Guardar”
De esta forma el módulo quedará disponible para construir las listas de términos con las que se generarán
estadísticas y hará que cada metadato esté acompañado de un botón “Categorizar”.
La construcción de categorizaciones se basa en el uso de términos que deberán ser asignados a los
metadatos de acuerdo a su contenido. Existirán categorizaciones de dos tipos:
Programa BioCAN
• de términos Excluyentes
• de términos No excluyentes
Para esta práctica emplearemos los “Ejes transversales del Convenio sobre Diversidad Biológica” para
construir una lista de Categorización:
• Acceso a recursos genéticos y distribución de beneficios

• Diversidad biológica y cambio climático
• Incentivos
• Enfoque Ecosistémico
• Estrategia Global Para la Conservación de Plantas
• Iniciativa Global Taxonómica
• Evaluación de Impacto
• Especies exóticas invasoras
• Reparación y compensación
• Áreas Protegidas
• Educación y conciencia pública
• Uso sustentable de la biodiversidad
• Diversidad biológica y turismo
• Transferencia de Tecnología
• Conocimiento tradicional (Art. 8j)
De estos términos uno o varios pueden servir para calificar el contenido de un metadato, es decir que este
listado atenderá a una “Categorización de términos No Exlcuyente”. Por ejemplo:
Base de datos de Plantas de un Herbario • Estrategia Global Para la Conservación de Plantas

• Iniciativa Global Taxonómica
Base de datos de áreas protegidas • Áreas Protegidas
Base de datos de concesiones de • Áreas Protegidas
ecoturismo en áreas protegidas • Educación y conciencia pública
• Diversidad biológica y turismo
Base de datos de licencias ambientales • Evaluación de Impacto
• Uso sustentable de la biodiversidad
Así mismo generaremos una categorización llamada “Naturaleza de la entidad” con el fin de conocer de
dónde provienen los datos:
• Empresa privada
• Universidad pública
• Universidad privada
• Autoridad ambiental
• Organización No Gubernamental , ONG
• Centro de investigación público
• Centro de investigación privado
Para ingresar al módulo de clic en el menú “Metadatos”, “Categorización”, “Crear”
Programa BioCAN
El sistema presentará un formulario en el que deberá ingresar: el Nombre de la categoría, los términos e
indicar que la categoría será Excluyente o no.
Ingrese cada término en el campo “Agregar término” y de clic en el botón “Agregar”. Repita esta acción
hasta completar la lista.
De clic en “Es una categoría de términos No excluyentes”
De clic en el botón “Registrar”
Regrese al Árbol de carpetas y de doble clic en su metadato. Podrá observar que ahora el formulario ofrece
un botón “Categorizar”. De clic en él y asigne los términos que mejor describen el contenido del metadato.
Cuando finalice de clic en el botón “Guardar”
Programa BioCAN
Repita el proceso para al menos 3 metadatos más.
Al realizar el proceso de categorización se puede obtener un reporte con cifras. Para generarlo de clic en el
menú “Metadatos”, luego en “Categorización” y finalmente en “Reportes”
Se abrirá una ventana la cual cuenta con dos pestañas, en la primera encontrara las cifras de información
no excluyente y en la segunda de información excluyente. Debe escoger una categoría para poder ver las
cifras.
Después de escoger la categoría, la aplicación le generará un reporte en el cual usted puede ver:
Programa BioCAN
El número total de metadatos registrados, el número de metadatos categorizados y la cantidad de
metadatos asociado a un término de categorización, como se muestra en la siguiente imagen.
Notas:
Programa BioCAN
Prueba de funcionamiento de SpBioCAN
SpBioCAN es la herramienta con la que se realizará la gestión de información de fichas de especies. Su

funcionamiento está basado en CASSIA, razón por la que muchas funcionalidades se comportarán de
manera similar.
Para poner SpBioCAN en funcionamiento debe indicar el nombre del motor de la base de datos a emplear.
En nuestro caso será PostgreSQL. Recuerde que en el momento de su instalación creamos dos bases de
datos una llamada spbiocan. Dicho nombre debe ingresarse en el campo “URL de la Base de Datos”, indicar
el nombre de usuario y contraseña, y dar clic en el botón “Validar BD”:
De clic en el botón “Ok”, en ese momento el sistema creará las tablas en la base de datos y cargará los
datos necesarios para su funcionamiento. Una vez termina esta carga y es la primera vez que se instala
SpBioCAN se pedirá la información de inicio como son: la Entidad donde se está instalando el aplicativo y
los datos del SuperAdministrador como se muestra en la siguiente pantalla:
Programa BioCAN
Una vez ha finalizado la configuración, podrá ingresar en SpBioCAN a través del enlace
http://localhost:8080/SpBioCAN . Deberá ingresar con el login (email) del usuario superadministrador y el
password ingresado en el paso anterior.
Al ingresar SpBioCAN se mostrará de la siguiente manera:
Programa BioCAN
Antes de empezar
Como SuperAdmisnitrador usted debe realizar varias tareas antes de liberar SpBioCAN para iniciar la
documentación de fichas de especies. A continuación se presenta un diagrama con los principales pasos:
Notas:
Programa BioCAN
En el proceso de construcción de fichas se espera que cada especie esté acompañada de una o varias
imágenes del Individuo completo, partes del cuerpo relevantes para su identificación, ilustraciones
científicas, mapas de distribución, etc. Para ello es necesario indicar la carpeta en la que quedarán
almacenadas las imágenes.
De clic en el menú “Configuración”, “Parámetros”.
De clic en el botón “Editar” que se encuentra acompañando el parámetro “RUTA_ADJUNTOS”. Los campos
que se encuentran en la parte superior de la pantalla se cargarán con la información actual. Coloque la ruta
del disco en el campo “Valor” y de clic en el botón “Guardar”
Adicional a ello deberá indicar cuáles son los atributos del perfil Plinian core que servirán para almacenar
archivos adjuntos.
Para ello de clic en el menú “Configuración”, “Perfiles de documentación”, “Editar”.
De clic en el botón “Editar” que acompaña al Perfil PlinianCore Especies BioCAN. El sistema le presentará
todos los atributos. Diríjase a la parte inferior del perfil a la sección Otros y modifique el tipo de
Componente para los atributos: Imagen, Video, Mapa y Sonido
Programa BioCAN
De clic en “Actualizar perfil”
Recomendación para el uso de valores estándar

Recuerde que los valores estándar se refieren a los dominios y listas de selección que aparecerán en los
formularios de captura. En SpBioCAN los emplearemos para los siguientes atributos:
Información de usos: Estado de conservación según categorías UICN
Estado CITES : Información de alerta:

Información del apéndice cites en el cual está la Información que indique por que la especie puede ser
especie. vulnerable a una explotación.
Programa BioCAN
Factores de amenaza:
Medidas de conservación:
Programa BioCAN
Definir jerarquía taxonómica
La creación de la jerarquía taxonómica se refiere a la estructura en niveles (árbol) que servirá para la
organización de fichas de especies. Para poder crear la estructura jerárquica ingrese al menú “Fichas”,
“Jerarquía taxonómica”, “Crear nivel jerárquico”.
Se visualizara la siguiente pantalla. Usted deberá ingresar el nombre del nivel y dar clic en el botón
“Registrar jerarquía taxonómica”. El sistema le confirmará la creación del nuevo nivel.
Si usted desea anidar el nivel jerárquico a uno existente, seleccione el cuadro de opción “Es un nivel
jerárquico hijo”. El sistema le presentará la jerarquía actual, de forma que usted elija el nivel padre. El
sistema le confirmará la creación del nuevo nivel.
Programa BioCAN
Crear su primera ficha de especies
Para crear nuestra primera Ficha ingrese al menú “Fichas”, “Especie”, “Nueva”
El sistema le mostrará la estructura jerárquica disponible, con el fin de que usted seleccione la ubicación de
su interés dando clic sobre las carpetas. Ingrese el Nombre de la especie, indique el Perfil de
documentación a emplear (Perfil PlinianCore Eespecies BioCAN) y de clic en el botón “Crear especie”
El sistema le presentará un mensaje indicando que la Especie se ha creado correctamente. De clic en el

botón OK
Para iniciar la documentación de la ficha, búsquela en el árbol jerárquico y de Doble clic sobre el nombre de
la especie. El sistema le mostrará la pantalla que se presenta a continuación:
Programa BioCAN
De clic sobre el botón “Editar información de la especie”. El sistema le presentará el formulario listo para su
edición:
A continuación se presenta casi la totalidad del formulario de registro de fichas propuesto en el marco de la
PIRAA. Se sugiere consultar información en fuentes como:
Centros de información de Trabajos de grado, informes técnicos, libros rojos, reportes de

autoridades ambientales y científicas ONGs especializadas en la investigación de especies
Autoridades ambientales Principales problemáticas encontradas sobre uso indiscriminado
de una especie, actividades humanas que están impactando su
hábitat, y acciones de prevención o experiencias exitosas de
manejo, control y vigilancia realizadas por parte de una entidad,
que a su vez puede ser útil para replicar en otra entidad.
Colecciones biológicas y herbarios Rangos de distribución de especies
Memorias de eventos académicos Propuestas de estrategias de manejo y conservación de una
especie, materiales y artículos científicos resultantes de procesos
de investigación (referencias bibliográficas), bases de datos
especializadas e información de expertos
Memorias de talleres con actores Propuestas para atender problemáticas puntuales de una especie
locales en una región y experiencias de participación comunitaria en
procesos de conservación.
Programa BioCAN
Notas:
Programa BioCAN
Programa BioCAN
Programa BioCAN
REIGISTRO DE FICHAS
Notas:
A continuación se hará entrega de ejemplos de fichas de especies para que usted realice la documentación
en la herramienta.
Asociar imágenes a una ficha de especies
Observe que la parte final del formulario para construcción de fichas se encuentra la sección “Otros” que
está relacionado con archivos multimedia de apoyo. Usted podrá agregar cuantas imágenes sean
necesarias. Para ello de clic en el botón “Adjuntos” que acompaña los atributos: Imagen, Video, Mapa, y
Sonido.
El sistema le presentará la siguiente pantalla. De clic en el botón “Asociar un archivo”
El sistema le presentará un cuadro de dialogo que le permitirá buscar la imagen de la especie, o del archivo
que desee asociar. Cuando lo encuentre, selecciónelo y de clic en el botón “Cargar Archivo”
Programa BioCAN
Cuando finalice de agregar archivos de clic en el botón “Cerrar”. El formulario de la ficha mostrará una vista
previa de la imagen.
Finalmente cuando termine de ingresar toda la información de la especie de clic en el Botón “Registrar” o
en el botón “Cerrar”
Programa BioCAN
Categorización de especies
SpBioCAN pone a disposición también un módulo para realizar la categorización de las especies registradas1
y generar estadísticas sobre:
• vacíos de información en grupos biológicos

• especies que cuentan con planes nacionales de manejo
• especies documentadas en libros rojos
• número de especies endémicas amazónicas por país
• especies con regímenes de uso
Dichas estadísticas serán de utilidad tanto a nivel nacional como regional, es por ello que al iniciar el Taller
los países realizaron una selección de términos de categorización que emplearemos en esta sección.
Relación entre las Fichas de especies y los metadatos
Cuando finalice la documentación de un número determinado de fichas de especies, debe generarse un

metadato de acuerdo al grupo de organismos y por categorías, es decir, debe hacerse el metadato del
conjunto de fichas de aves migratorias o el metadato del conjunto de fichas de plantas invasoras. Estos se
deben documentar en la herramienta Cassia en el perfil de documentación de conjuntos de datos
relacionados con biodiversidad y medio ambiente denominado, SIB2.
1
Esta funcionalidad se da porque SpBioCAN está basada en CASSIA, herramienta para la documentación de
metadatos desarrollada por el Instituto Alexander von Humboldt, Colombia.
Programa BioCAN
Anexo. Instalación de PostGIS
Programa BioCAN
Programa BioCAN
|
Programa BioCAN
Programa BioCAN
Programa BioCAN

Manuales de Instalacion y Uso - Cassia - SpBioCAN

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Con Cassia se pueden crear múltiples perfiles de documentación o plantillas basados en

A continuación haremos las pruebas de funcionamiento y configuración de CASSIA. Ingrese a la URL

Preparación de CASSIA para iniciar tareas de documentación de metadatos

El sistema le presentará un mensaje indicando el resultado de la operación.

Habilitar estándares de trabajo

Para habilitarlo ingrese al Menú “Configuración”, “Estándares”, “Precargar estándar”

Preparar perfiles de documentación

Tipo del atributo: String, Date, Integer, time, DateTime

Obligatoria, color Rojo

A continuación se presenta un ejempló de cómo dicha tipología se refleja en el formulario de captura:

Sección - atributo Recomendación

Crear un metadato sobre plantilla base

El sistema le presentará un mensaje indicando que el Conjunto se ha creado correctamente. De clic en el

Repita la creación de un metadato empleando el Perfil Dublin Core

De clic sobre el botón “Editar etiquetas” del Perfil SIB2

Recomendación para el uso de valores estándar

Procedimiento para la definición de valores estándar para la sección de Identificación:

La primera parte del formulario de documentación un metadato es sobre su Identificación. Allí se

Cuando termine de ingresar los términos de clic en el botón “Cerrar”.

Progreso: Frecuencia de mantenimiento y actualización:

Condiciones de acceso: Condiciones de uso:

Coberturas taxonómicas: tipo de citación

Tipo de relación con el conjunto de datos: Nombre del estándar de metadatos:

Para esto deberá ir al menú “Administración”, “Administración de entidades” y diligenciar el formulario.

Habilitar el perfil de búsquedas

Los atributos del Perfil de Búsquedas son:

Para hacer la homologación con el “Perfil de Búsquedas” de clic en el menú “Configuración”,

Siga los siguientes pasos:

Nombre: Ingrese el nombre que le dará a la homologación.

Repita el proceso de homologación desde Perfil Dublin core al Perfil de búsqueda

Abra una nueva pestaña de su Explorador de Internet e ingrese a la URL

Ingrese los datos solicitados:

Nombre: Nombre de la homologación, para el ejemplo se usará como nombre

Tipo: seleccione la opción “Para búsqueda”

Estado: marque el estado de su perfil como “ACTIVO”

De clic en el botón “Cargar estándar” y luego en el botón “Crear perfil”

Cuando termine de clic en el botón “Actualizar perfil”

De clic en el menú “Configuración”, “Homologación”, “Nueva”.

De un nombre a la homologación (sib2_busTaxonomica), indique que será una homologación “Para

Repita el proceso de homologación desde Perfil Dublin Core al Perfil BusquedaTaxonomica

Para ver el resultado realice el siguiente ejercicio:

Ingrese a la URL http://localhost:8080/cassia/busqueda/

El sistema deberá presentarle los resultados como se muestra a continuación:

Como se ha mencionado CASSIA es primordialmente un aplicativo para la documentación de metadatos, sin

De clic en el botón “Editar” que se encuentra acompañando el parámetro “MODULO_CATEGORIZACION”.

• Acceso a recursos genéticos y distribución de beneficios

Base de datos de Plantas de un Herbario • Estrategia Global Para la Conservación de Plantas

Para ingresar al módulo de clic en el menú “Metadatos”, “Categorización”, “Crear”