08 El Splicing

El Splicing
Dr. Alfonso C. Martínez-Conde Ibáñez
Genética Molecular Humana
PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN. ES PROPIEDAD DE LAB314.COM
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular

Facultad de Medicina
Universidad Complutense de Madrid. Curso 2018 - 2019
Realizado por Dr. A. Martínez-Conde & Dra P. Mayor Dep. Bioquímica y Biología Molecular Fac. Medicina Universidad Complutense de Madrid. © Prohibida la copia total o parcial
En la Región Codificadora del gen se alternan exones e intrones. En el transcrito
primario también aparecerán exones e intrones. Casi todos los genes humanos de la
clase 2 tienen exones e intrones. Su existencia permite que cada gen codifique para
más de un mRNA y por lo tanto para varias proteínas diferentes (isoformas proteicas o
isoproteínas).
+1
E I E I E I E I E
E I E I E I E I E
Transcrito Primario
La región codificadora de todos los genes empieza en el start site, que es también la
primera base del primer exón (E1) y termina en un exón. Por ello, el número de exones
supera en la unidad al número de intrones. Tanto los exones como los intrones se
numeran consecutivamente (E1, E2, E3, E4, E5 …. e I1, I2, I3, I4 …).
+1
E1 I1 E2 I2 E3 I3 E4 I4 E5
GEN / DNA
E1 I1 E2 I2 E3 I3 E4 I4 E5
Transcrito Primario / RNA
La cola Poly (A) es estabilizada mientras está en el nucleo por la proteína PABP 2. Los
transcritos forman complejos denominados hnRNPs al unirse a un grupo de más de 20
proteínas diferentes denominadas HNRNPs.
HNRNPs PABP 2
Algunas HNRNPs:
HNRNPA0, HNRNPA1, HNRNPL, HNRNP, HNRNPQ,HNRNPR, HNRNPU,

HNRNPC, HNRNPAB, HNRNPM, HNRNPK.
Las HNRNPs van a dirigir procesos específicos de splicing alternativo y de RNA editing
INTRONES U2
La estructura de un intron típico denominado tipo U2 es la que vemos a continuación.

Empiezan con un par 5´ GT para el DNA (GU para el RNA) y terminan con un par 3´
AG. Cerca del extremo 3´ tienen una secuencia rica en bases pirimidínicas y upstream
de esta secuencia pirimidínica está el branch point que consiste en una A en una
secuencia consenso.
INTRÓN TIPO U2
EXÓN EXÓN
AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G
5´ GT Branch point Pirimidinas AG 3´
El spliceosoma U2 está formados por 5 snRNPs y la proteína asociada a U2
denominada U2AF que se asocian al hnRNA.
Las snRNPs U1, U2, U4, U5 y U6 están formadas por snRNAs y varias subunidades
proteicas.
Los Spliceosomas están constituidos por unas 80 subunidades proteicas.
I GU A AG II
+U1 +U2 +U2AF
I U1 U2 U2AF
II
+U4 +U5 +U6

I
I
U2 U2AF
II
U2AF II
U2
U1 U4
U1
U6
Segunda Transesterificación
INTRÓN TIPO U2
EXÓN EXÓN
AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G
Primera Transesterificación
La primera transesterificación se realiza entre el enlace fosfodiester C3´ – P – C5´ de la
unión Exón I - Intrón I y el C2ÓH de la Adenosina del Branch Point.
I C3´- P - C5´
A C3´- P - C5´ II
OH
I
C3´- OH A C3´- P - C5´ II
P
C5´
La segunda transesterificación se realiza entre el enlace fosfodiester C3´ – P – C5´ de
la unión Intrón I – Exón II y el C3ÓH del Exón I.
I C3´- OH A C3´- P - C5´ II
P
C5´
OH
I C3´- P - C5´ II
A C3´-
P
C5´ lariat
Por otro lado, aunque el spliceosoma U2 es el más abundante en humano, existe otro tipo de
spliceosomas, que recibe el nombre de U12,
I I
U2AF II II
U2 U12U6atac
U4 U4atac
U1 U11
U6
Spliceosoma U2 Spliceosoma U12
Comparten la snurp U5
Existe una clasificación de los intrones en varios grupos (I, II, III y nucleares o IV) que se refiere
al conjunto de los organismos vivos. Esta clasificación no tiene ninguna utilidad en humano, por
diferentes motivos.
Por un lado, el DNA mitocondrial humano carece de intrones. En los genes nucleares de la clase
III codificadores de los tRNAS existen intrones en algunas de las secuencias de tRNA, pero son
eliminados por procesos enzimáticos sin el auxilio de spliceosomas.
Los intrones de los genes de la clase 2 eran considerados estructuralmente uniformes, pero
actualmente se reconocen varios tipos.
Tras el intron “común” denominado U2 ( GT – AG) se encontró un tipo de intron reconocido por el
spliceosoma U12 o intron AT – AC.
Intron U2 AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G
Intron U12 ATATCCTTT TCCTTAACT YAC G
Sin embargo, como se observa en el dibujo, estos intrones se diferencian en otros aspectos
estructurales.
Actualmente sabemos que existe otro tipo de intron cortado por U12 en que los pares 5ý 3´ son
GT y AG. Por ello hablamos de U12atac y U12gtag. A esto hay que añadir la existencia de
intrones con estructura tipo U2 en que los pares 5ý 3´ son AT y AC.
Intron U2 AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G
Intron U12gtag GTATCCTTT TCCTTAACT YAG G
Intron U12atac ATATCCTTT TCCTTAACT YAC G
Esto hace que se pueda hablar de dos tipos de intrones, caracterizados por mecanismos de
splicing diferentes ( U2 y U12 ) que reconocen secuencias conservadas.
Podemos ver los diferentes tipos de intrones en genes humanos de la clase 2 que se
conocen, si accedemos a una base de datos de intrones: http://genome.imim.es/cgi-bin/u12db/u12db.cgi
TSS
E1 E2 E3 E4 E5
GEN GENÓMICO
TSS
E1 E2 E3 E4 E5
TRANSCRITO PRIMARIO
TSS
PolyA
+
mRNA
AUG UAA, UAG, UGA
TSS
5´ UTR CDS / ORF 3´ UTR PolyA
mRNA
CADENA POLIPEPTÍDICA
AUG UAA, UAG, UGA
TSS
5´ UTR CDS / ORF 3´ UTR PolyA
mRNA
CADENA POLIPEPTÍDICA
El ORFoma es el conjunto de CDSs / ORFs de la especie. En la página de la Universidad de

Harvard dedicada a ello podemos encontrar una base de hORFs completos de unos 10,000 genes
con multiples splicing variantes: http://horfdb.dfci.harvard.edu/index.php?page=toolsdata.
Veamos una ORF. Por ejemplo la ORF de la variante 2 del gen de la hGH:
Escribimos GH2 en la caja: http://horfdb.dfci.harvard.edu/index.php?page=orfsearch y vemos que

nos proporciona una ORF de 654 nucleotidos que comienza por ATG (triplete start) y termina con
TAG (triplete stop).
Si tenemos un mRNA (cDNA) podemos buscar su ORF mediante un programa adecuado como el
ORF Finder.

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Transcrito Primario / RNA

HNRNPA0, HNRNPA1, HNRNPL, HNRNP, HNRNPQ,HNRNPR, HNRNPU,

La estructura de un intron típico denominado tipo U2 es la que vemos a continuación.

AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G

5´ GT Branch point Pirimidinas AG 3´

Los Spliceosomas están constituidos por unas 80 subunidades proteicas.

+U1 +U2 +U2AF

+U4 +U5 +U6

AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G

I C3´- OH A C3´- P - C5´ II

Spliceosoma U2 Spliceosoma U12

Intron U2 AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G

Intron U12 ATATCCTTT TCCTTAACT YAC G

Intron U2 AG GTRAGT CTRACT Y(n) YAG G

Intron U12gtag GTATCCTTT TCCTTAACT YAG G

Intron U12atac ATATCCTTT TCCTTAACT YAC G

5´ UTR CDS / ORF 3´ UTR PolyA

5´ UTR CDS / ORF 3´ UTR PolyA

El ORFoma es el conjunto de CDSs / ORFs de la especie. En la página de la Universidad de

Escribimos GH2 en la caja: http://horfdb.dfci.harvard.edu/index.php?page=orfsearch y vemos que

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