Presentado por Mauricio Peñuela

Acinonyx jubatus
Acinonyx jubatus
 Introducción
• Hasta finales del siglo XIX los guepardos se encontraban a
través de África y Asia
• Hoy solo quedan poblaciones fragmentadas en ambos
continentes, se considera una especie genéticamente
depurada (Cuello de botella en Pleistoceno 10000-12000 a)
• Decline en sus poblaciones, poca evidencia que apunte a
depresión consanguínea, causa principal “el ser humano”
• Bajos números en poblaciones asiáticas, en el pasado se
contaban por miles (Irán, Pakistán, Península Arábiga, India)
• Akbar El Grande 1556 1605
 Introducción
• Hasta hace poco solo se habían inventariado algunas
poblaciones subsaharianas e individuos de Argelia con
marcadores moleculares
• Aun no se conoce la relación entre los guepardos de África y
Asia
• En este estudio se investiga la filogeografía, estructura
genética e historia evolutiva de poblaciones recientes y
extintas
• Particular interés en la población de Irán, ¿fue su aislamiento
causado por el hombre? u ocurrió antes de él?
• ¿Cuales son los grupos genéticos existentes y como puede
ayudar esta información a su preservación?
Materiales y Métodos
Muestras
Muestras
 Extracción de ADN y RTPCR
• Se siguieron protocolos independientes para heces, huesos, pelo,
sangre y demás tejidos
ADN antiguo ----------------------------------------------------------------------------
• Se extrajo un fragmento de ADNm de 150 pb con 14 sitios
informativos de la NADH deshidrogenasa Subunidad 5 y la región
control MT-ND5.
• Se amplificaron para 2 individuos medievales y 14 de museo
• LightCycler FastStart DNA MasterPLUS, SYBR Green I mix (Roche
Diagnostics GmbH)
• Se caracterizaron los productos con curvas de disociación usando
como referencia un individuo de Namibia. Los productos se
corrieron en geles de agarosa, fueron purificados y secuenciados en
ambas direcciones
 Secuenciación y genotipado
• Un total de 62 productos de PCR de guepardos modernos y 16
antiguos fueron secuenciados para MT-ND5 [nt 12657–13087
cytochrome b (MT-CB; nt15940–16173) y MT-CR sin
secuencias repetidas. Un concatenado total de 915 pb
IRÁN INDEL
 A. j. venaticus

A. j. soemmeringii

A. j. raineji

A. j. jubatus
 Secuenciación y genotipado
• 60 individuos modernos y 7 antiguos fueron genotipados con
20 marcadores microsatélites (Electroferogramas)
FCA005, FCA008, FCA014, FCA026, FCA069, FCA078, FCA085,
FCA096, FCA097, FCA105, FCA126, FCA133, FCA171, FCA212,
FCA214, FCA220, FCA224, FCA230, FCA247, FCA310
 Análisis de datos
Secuencias mitocondriales depositadas en el GenBank
• Alineadas con Code Aligner
• Diversidad haplotípica mitocondrial Hd
• Diversidad nucleotídica π
• Análisis de estructura bayesiano con BAPS 5.2
Para microsatélites se estimó con MSAnalyzer 4.05
• Polimorfismos promedio
• Frecuencias alélicas
• Heterocigosidad esperada (Significancia con WilconxonTest, R)
• Fst pareados
• Distancias genéticas de Goldstein 1995
• Alelos compartidos entre individuos con Populations 1.2.30
• AMOVA con los grupos definidos en el PCA, se uso Arlequin 3.5
• Análisis de estructura adicional con ACP en 3D en Genetix 4.05
 Análisis de datos
Secuencias mitocondriales
• Árboles de (NJ) se generaron con la proporción de alelos
compartidos PHYLIP 3.69 visualizados en FigTree v1.3.1.

Tiempos de divergencia
• N =67 con mt(915pb) y 18 loci nucleares
• La delección de 3pb fue considerada como un evento evolutivo
• Puma concolor como grupo externo
• Máxima verosimilitud usando el modelo HKY (Trans/Transv)
• Se ajustó un reloj molecular y se utilizaron diferentes tasas de
sustitución (humanos y mamíferos)
 Resultados
• Se identificaron 29 sitios polimorficos y una deleción de 3 pb
• 18 haplotipos (Hd = 0.909, SD= 0.013, π = 0.00659, SD = 0.0035
• Los sitios más polimórficos n=7 fueron detectados en África
SyE, contrario a n=3 y n= 2 de AN y Asia, lo mismo para Hd y π
A. j. venaticus

A. j. soemmeringii

A. j. raineyi

A. j. jubatus
 A. j. venaticus

A. j. soemmeringii

A. j. raineji

A. j. jubatus
 Resultados
• Se definieron 4 agrupaciones con el ADN mitocondrial, sin
embargo los microsatélites permitieron diferenciar
estructuración en las poblaciones del sur y noreste de África
• AMOVA = 22,7% de la variación ocurre entre poblaciones
“Subespecies”
 Divergencia
Fragmento mitocondrial 915 pb, A. j. soemmeringii y A. j. jubatus
• DA (4.41) = 41 900 a
• Gaggiotti & Excoffier (2000) = 32 170 a
• Usando ambos = 55 085 a

Modelo IMa
A. j. venaticus y A. j. jubatus A. j. soemmeringii y A. j. jubatus
= 44 403 a = 72 296 a
Modelo convencional de aislamiento
A. j. venaticus y A. j. jubatus A. j. soemmeringii y A. j. jubatus
=42 120 a = 66 698 a
 Divergencia
Usando marcadores microsatélites, distancia
con tasas de mutación humanas (2.05x10-3) y (5.6x10-4)
A. j. venaticus y A. j. jubatus = 6 700 a y 24 700 a

Usando las tasas promedio de mutación en mamíferos 2.5x10-4

=67 400 a

Usando la tasa de mutación humana más rápida = 3 200 a

Pero incrementa cuando aplicamos el promedio más rápido para
mamíferos =32 400 a
Aplicando el modelo para diferencia de frecuencias Dsw con las tasas de
mutaciones humanas y para mamíferos se obtuvo
4 700 a, 17 300 a y 47 200 a
y para A. j. soemmeringii y A. j. jubatus
1 600 y 15 600
 Discusión
• Los datos muestran una gran variación genética en todas las
poblaciones de guepardos
• Probablemente a que se incuyeron individuos de poblaciones
nunca antes estudiadas
• La diversidad nucleotídica π 0.66% es más alta que la reportada
para tigres 0.18% y pumas 0.32%, siendo similar a la de jaguaes
0.77% y menor que la de leopardos 1.21%
• La diversidad nuclear (microsatelites) He = 0.766 es comparable
con la encontrada en otras especies (todos los loci
polimorficos)
• Los guepardos iraníes pudieron haber divergido de un cuello de
botella ancestral
• Las agrupaciones sugieren que las poblaciones de EA se
derivaron recientemente como las de los leones
 Discusión
• No se encontró evidencia de reciente flujo génico entre
poblaciones
• Existe una aparente monofilia en el linaje asiático
• Análisis morfológicos de los huesos fósiles de irán e India no los
distinguen de los ancestros africanos, los análisis moleculares si
• Se propuso previamente las subespecies de NA y Asia como
una sola, los datos moleculares demostraron que eran linajes
muy distantes
• Se comprobó que esta separación existe desde hace milenios,
por lo tanto el hombre no tuvo intervención
• Los tiempos de divergencia variaron considerablemente en
orden de magnitud, se recomienda a los conservacionistas no
tomar decisiones basándose solo en estas estimaciones