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Bogotá D.C., URGENTE

Asunto: Consulta sobre liquidación, reconocimiento y prescripción de

Incapacidades - Radicado 201842300724002

Respetada señora:

Procedente del Departamento Administrativo de la Función Pública, hemos recibido su

comunicación, mediante la cual plantea una serie de interrogantes relacionados con el
reconocimiento y pago de las incapacidades de los servidores públicos que laboran en dicha
entidad. Al respecto y previa transcripción de cada uno de sus interrogantes, nos permitimos
señalar:

1. “(…) Cuál es el termino de prescripción de cobro de la prestación económica por parte de la

entidad?”

Frente al término de prescripción para el pago de las prestaciones económicas, debe tenerse en
cuenta lo previsto en el artículo 28 de la Ley 1438 de 20111, el cual dispone:

“Artículo 28. Prescripción del derecho a solicitar reembolso de prestaciones económicas. El

derecho de los empleadores de solicitar a las Entidades Promotoras de Salud el reembolso del valor
de las prestaciones económicas prescribe en el término de tres (3) años contados a partir de la fecha
en que el empleador hizo el pago correspondiente al trabajador”.

2. “¿Cuál es la norma que reglamenta el plazo para que la EPS realice el reconocimiento
económico al empleador de las incapacidades?”

3. “¿Es procedente deducir de las planillas de liquidación de aportes de las cotizaciones en salud
a las EPS los valores de las incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad
y/o paternidad?”

De otro lado, en cuanto sus preguntas 2 y 3, vale la pena traer en cita el procedimiento para el pago
de las prestaciones económicas (recobro) como lo son: La incapacidad y licencias de maternidad o
paternidad a los aportantes o empleadores, el cual se encuentra previsto en el artículo 2.2.3.1 del
Decreto 780 de 20162, que reza:

“Artículo 2.2.3.1 Pago de prestaciones económicas. A partir de la fecha de entrada en vigencia de

las cuentas maestras de recaudo, los aportantes y trabajadores independientes, no podrán deducir de

1
Por medio de la cual se reforma el Sistema General de Seguridad Social en Salud y se dictan otras disposiciones.
2
Por medio del cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social
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las cotizaciones en salud, los valores correspondientes a incapacidades por enfermedad general y
licencias de maternidad y/o paternidad. (Subrayas fuera de texto)

El pago de estas prestaciones económicas al aportante, será realizado directamente por la EPS
y EOC, a través de reconocimiento directo o transferencia electrónica en un plazo no mayor a cinco (5)
días hábiles contados a partir de la autorización de la prestación económica por parte de la EPS o EOC.
La revisión y liquidación de las solicitudes de reconocimiento de prestaciones económicas se efectuara
dentro de los quince (15) días hábiles siguientes a la solicitud del aportante. (Negrilla fuera de texto)

En todo caso, para la autorización y pago de las prestaciones económicas, las EPS y las EOC deberán
verificar la cotización al Régimen Contributivo del SGSSS, efectuada por el aportante beneficiario de
las mismas.

Parágrafo 1. La EPS o la EOC que no cumpla con el plazo definido para el trámite y pago de las
prestaciones económicas, deberá realizar el reconocimiento y pago de intereses moratorios al
aportante, de acuerdo con lo definido en el artículo 4 del Decreto Ley 1281 de 2002.

Parágrafo 2. De presentarse incumplimiento del pago de las prestaciones económicas por parte de la
EPS o EOC, el aportante deberá informar a la Superintendencia Nacional de Salud, para que de
acuerdo con sus competencias, esta entidad adelante las acciones a que hubiere lugar.

Conforme a lo expuesto y frente a lo consultado en el punto 2, una vez revisada y liquidada la

prestación económica, para lo cual la EPS tiene un plazo de quince (15) días hábiles, el pago deberá
realizarse al aportante dentro de los cinco (5) días hábiles siguientes a su autorización.

Ahora bien, frente a la posibilidad de deducir de las planillas de liquidación de aportes, los valores
correspondientes a las incapacidades, la norma antes transcrita, restringue dicha posibilidad al
señalar: “(…) los aportantes y trabajadores independientes, no podrán deducir de las cotizaciones
en salud, los valores correspondientes a incapacidades por enfermedad general y licencias de
maternidad y/o paternidad.”

4. “Debe el empleador realizar el pago de incapacidad durante el pago de la nómina, o debe

hacerlo una vez la EPS gire el valor económico de la incapacidad”.

Con el fin de dar respuesta a su interrogante, vale la pena traer a colación lo dispuesto por la Corte
Constitucional en Sentencia T – 140 de 2016, en donde reitera lo expresado en Sentencia T – 311
de 1996, al referirse al objeto del pago de las incapacidades, de la siguiente manera:

“(…)

No obstante, tratándose de incapacidades laborales la Corte ha entendido que estos pagos se

constituyen en el medio de subsistencia de la persona que como consecuencia de una

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afectación en su estado de salud ha visto reducida la capacidad de procurarse por sus propios medios
los recursos para su subsistencia y la de su familia3. Sobre este particular, esta Corporación manifestó:

“El pago de incapacidades laborales sustituye al salario durante el tiempo en que el trabajador
permanece retirado de sus labores por enfermedad debidamente certificada, según las
disposiciones legales. Entonces, no solamente se constituye en una forma de remuneración del
trabajo sino en garantía para la salud del trabajador, quien podrá recuperarse satisfactoriamente,
como lo exige su dignidad humana, sin tener que preocuparse por reincorporarse de manera
anticipada a sus actividades habituales con el objeto de ganar, por días laborados, su sustento y el
de su familia” (Negrilla fuera de texto).

(…)”

Teniendo en cuenta lo anterior y en especial la previsión normativa contenida en el artículo 28 de la

Ley 1438 de 2011, antes reseñado, en donde se establece que el empleador tiene el derecho de
solicitar a las EPS el reembolso del pago de las prestaciones económicas, es dable concluir que la
incapacidad tiene por objeto suplir el salario del trabajador que ha sido incapacitado, razón por la
que resulta lógico que en cumplimiento de dicha premisa, sea el empleador quien realice el pago
de la incapacidad, para que luego sea reconocida a este por la respectiva EPS, conforme lo previsto
en el artículo 2.2.3.1 del Decreto 780 de 2016.

5. “¿Los dos días que debe asumir el empleador de una incapacidad deben pagarse al 100 % al
trabajador o se liquida al 66.66% del salario base?”

6. “¿La liquidación de la EPS a partir del tercer día que asume la incapacidad la debe liquidar al
66.66%?”

7. “¿Existe un cálculo diferente al 66.66%, para la liquidación de las incapacidades para cada
EPS? Esto obedece a que el pago que hace las EPS de las incapacidades aplicando el 66.66%
nunca coincide con la liquidación que hace la Personería, dando liquidación por debajo o
superior al valor liquidado por la entidad”.

Con el fin de dar respuesta a sus interrogantes 5, 6 y 7, a continuación nos permitimos relacionar
las disposiciones que regulan el pago de la incapacidad general, así:

La Ley 100 de 19934 en su artículo 206, establece que el Régimen Contributivo del Sistema General
de Seguridad Social en Salud - SGSSS, reconocerá las incapacidades por Enfermedad General, de
conformidad con las disposiciones legales vigentes.

3
Sentencias T-786 de 2009, T 263 de 2012, T-777 de 2013, T-097 de 2015
4
Por la cual se crea el Sistema de Seguridad Social integral y se dictan otras disposiciones.

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El auxilio por incapacidad se define como el reconocimiento de la prestación de tipo económico y
pago de la misma que hacen las Entidades Promotoras de Salud -EPS-, a sus afiliados cotizantes
no pensionados, por todo el tiempo que estén inhabilitados física o mentalmente para desempeñar
en forma temporal su profesión u oficio habitual.

En tal sentido, y tratándose de los servidores públicos, durante los períodos de incapacidad derivada
por enfermedad general, el afiliado cotizante percibe un auxilio monetario a cargo del SGSSS, que
se liquida con base en el salario que devenga, a razón de las 2/3 partes por los primeros 90 días y
½ por los otros 90, conforme a lo dispuesto en el literal b) del artículo 18 del Decreto Ley 3135 de
19685.

Así mismo, los artículos 2.2.5.5.10 y 2.2.5.5.13 del Decreto 1083 de 20156, frente al reconocimiento
de las incapacidades por enfermedad general, disponen:

“Artículo 2.2.5.5.10. Licencias por enfermedad, maternidad o paternidad. Las licencias por
enfermedad, maternidad o paternidad de los servidores públicos se rigen por las normas del régimen
de Seguridad Social, en los términos de la Ley 100 de 1993, la Ley 755 de 2002, la Ley 1822 de 2017
y demás disposiciones que las reglamenten, modifiquen, adicionen o sustituyan.(…)” (Negrilla fuera de
texto)

“Artículo 2.2.5.5.13 Prestaciones económicas derivadas de las licencias por enfermedad y riesgos
laborales y de la licencia de maternidad o paternidad. Durante la licencia por enfermedad general o
profesional, maternidad o paternidad el empleado tiene derecho a las prestaciones económicas
señaladas en la normativa que las regula, las cuales estarán a cargo de la entidad de seguridad social
competente.

Cuando la licencia por enfermedad general sea igual o inferior a dos (2) días se remunerará con el
100% del salario que perciba el servidor. A partir del tercer día la licencia por enfermedad genera
vacancia temporal en el empleo y se remunerará de conformidad con las normas de Seguridad Social
en Salud”.

En este sentido y por regla general del –SGSSS-, la incapacidad será reconocida por la EPS una
vez ésta es expedida por el profesional adscrito o perteneciente a la misma, caso en cual, dicha
entidad deberá reconocer la prestación económica derivada de la incapacidad por enfermedad
general, en la medida en que se haya cotizado en los términos previstos en el artículo 2.1.13.4 del
Decreto 780 de 20167, el cual reza:

5 Por el cual se prevé la integración de la seguridad social entre el sector público y el privado y se regula el régimen prestacional de los
empleados públicos y trabajadores oficiales.
6
Por medio del cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector de Función Pública
7
Por medio de/cual se expide el Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social

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“Artículo 2.1.13.4 Incapacidad por enfermedad general. Para el reconocimiento y pago de la
prestación económica de la incapacidad por enfermedad general, conforme a las disposiciones
laborales vigentes, se requerirá que los afiliados cotizantes hubieren efectuado aportes por un mínimo
de cuatro (4) semanas.

No habrá lugar al reconocimiento de la prestación económica de la incapacidad por enfermedad general

con cargo a los recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud, cuando éstas se originen en
tratamientos con fines estéticos o se encuentran excluidos del plan de beneficios y sus complicaciones”.

Sobre el particular, el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 ibídem, dispone: “En el Sistema General de
Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones
económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad
general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día y de conformidad con la
normatividad vigente”.

Así las cosas, en cuanto a su pregunta 5, los dos primeros días se pagarán al 100% de acuerdo a
lo establecido en el artículo 2.2.5.5.13, del Decreto 1083 de 2015.

En este orden de ideas y frente al punto seis de su comunicación, el reconocimiento de la

incapacidad a partir del tercer día se realizará a razón de las 2/3 partes (66.66%) por los primeros
90 días y ½ por los otros 90, conforme a lo dispuesto en el literal b) del artículo 18 del Decreto Ley
3135 de 1968, antes citado.

De acuerdo a lo anterior y respecto a su pregunta 7, no existe un cálculo diferente para que las
Entidades Promotoras de Salud, realicen el pago y reconocimiento de la prestación económica
derivada de la incapacidad por enfermedad general , sin embargo, si presenta inconvenientes con
la EPS para el pago de las prestaciones económicas, podrá acudir a la Superintendencia Nacional
de Salud, entidad que en el marco de su función jurisdiccional, la cual se encuentra establecida en
el literal g) del artículo 418 de la Ley 1122 de 20079, adicionado por el artículo 12610 de la Ley 1438

8
“Artículo 41. Función jurisdiccional de la Superintendencia Nacional de Salud. Con el fin de garantizar la efectiva prestación del derecho
a la salud de los usuarios del Sistema General de Seguridad Social en Salud y en ejercicio del artículo 116 de la Constitución Política, la
Superintendencia Nacional de Salud podrá conocer y fallar en derecho, con carácter definitivo y con las
facultades propias de un juez, en los siguientes asuntos:

(…)

c) Conflictos que se susciten en materia de multiafiliación dentro del Sistema General de Seguridad Social en Salud;

(…)”
9
“Por la cual se hacen algunas modificaciones en el Sistema General de Seguridad Social en Salud y se dictan otras disposiciones”.
10
“Artículo 126. función jurisdiccional de la superintendencia nacional de salud. Adiciónense los literales e), f) y g), al artículo 41 de la
Ley 1122 de 2007, así: (…)

g) Conocer y decidir sobre el reconocimiento y pago de las prestaciones económicas por parte de las EPS o del empleador”.
(Subrayas fuera te texto)
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de 2011 , podrá dirimir los conflictos que se susciten entre las Entidades Promotoras de Salud y
los aportantes.

8. “¿Cuáles son los factores y prestaciones sociales que se deben tener en cuenta para liquidar
y cotizar los aportes en salud y pensión?”

Ahora bien, en lo que respecta a los factores salariales para realizar las cotizaciones a los sistemas
de pensiones y salud, se tiene lo siguiente:

En pensiones, el inciso tercero del artículo 18 de la Ley 100 de 199312, disposición reiterada a su
vez en el inciso 3° del artículo 5 de la Ley 797 de 200313, establece que para los servidores públicos
la base de cotización se calcula conforme su salario mensual, el cual será el que señale el Gobierno
de conformidad con lo indicado en la Ley 4° de 199214.

En materia de salud, el inciso tercero del artículo 2.2.1.1.2.1. del Decreto 780 de 2016, prevé que
para los servidores públicos las cotizaciones se calcularán con base en lo dispuesto en el artículo 6
del Decreto 691 de 199415 y las demás normas que lo modifiquen o adicionen, regulación ésta que
fue modificada por el Decreto 115816 del mismo año, el cual actualmente se encuentra compilado
en el Decreto 1833 de 201617.

Hechas las precisiones anteriores, debe indicarse que la norma que regula qué factores salariales
se tendrán en cuenta para liquidar los aportes al Sistema General de Seguridad Social Integral para
el trabajador del sector público, es el Decreto 1833 de 2016, disposición que en su artículo 2.2.3.1.3,
estableció los siguientes:

“Artículo 2.2.3.1.3. Base de cotización para los servidores públicos. El salario mensual base para
calcular las cotizaciones al sistema general de pensiones de los servidores públicos incorporados al
mismo estará constituido por los siguientes factores:

1. La asignación básica mensual.

11
“Por medio de la cual se reforma el Sistema General de Seguridad Social en Salud y se dictan otras disposiciones”.
12
Por la cual se crea el sistema de seguridad social integral y se dictan otras disposiciones
13
por la cual se reforman algunas disposiciones del Sistema General de Pensiones previsto en la Ley 100 de 1993 y se adoptan
disposiciones sobre los Regímenes Pensionales Exceptuados y Especiales.
14
Ley 4° de 1992. Mediante la cual se señalan las normas, objetivos y criterios que debe observar el Gobierno Nacional para la fijación del
régimen salarial y prestacional de los empleados públicos, de los miembros del Congreso Nacional y de la Fuerza Pública y para la fijación
de las prestaciones sociales de los Trabajadores Oficiales y se dictan otras disposiciones, de conformidad con lo establecido en el artículo
150, numeral 19, literales e) y f) de la Constitución Política.
15
Por el cual se incorporan los servidores públicos al Sistema General de Pensiones y se dictan otras disposiciones.
16
Por el cual se modifica el artículo 6 del decreto 691 de 1994
17
Por medio del cual se compilan las normas del Sistema General de Pensiones
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2. Los gastos de representación.

3. La prima técnica, cuando sea factor de salario.

4. Las primas de antigüedad, ascensional de capacitación cuando sean factor de salario.

5. La remuneración por trabajo dominical o festivo.

6. La remuneración por trabajo suplementario o de horas extras, o realizado en jornada nocturna.

7. La bonificación por servicios prestados”.

El anterior concepto tiene los efectos determinados en el artículo 28 del Código de Procedimiento
Administrativo y de lo Contencioso Administrativo, sustituido en su título II, por el artículo 1 de la Ley
1755 de 201518.

Cordialmente,

EDILFONSO MORALES GONZALEZ

Coordinador Grupo de Consultas
Dirección Jurídica
Elaboró: Johanna M.
Revisó/Aprobó: E. Morales
C:\Users\Jmayorgaa\Documents\Consultas\TEMAS\Incapacidades y Licencias\201842300724002 Consulta Personería incpacidades servidores publicos.docx

18
Por medio de la cual se regula el derecho fundamental de petición y se sustituye el Titulo del Código de Procedimiento Administrativo
y de lo Contencioso Administrativo.
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