Bioquimica de PDF

c A p i T u L o 3
AMINOAclDOS
Y PROTErNAS
_uu,vse mencion6 en el capftulo 1, las ccSlulas utilizan ener-

general bacia el desorden. Ninglio tipo de molecula
que las protefnas para mediar las reacciones y formar
en los organismos. Las proteinas son los "caba-
el nombre de "protefna", derivado del vo-

"que ocupa el primer lugar". Su sugerencia
y deducciones bechas por el quimico bolan-
capaz de extraer substancias ricas en ni-
tanto animales como vegetales y habia
de sus otras propiedades, debian ser iru-
tan amplia y su abundancia en los
ccSlulas es, en realidad, proteinas.
69
70 Aminoacidos y prote/nos
La gran diversidad de reacciones qufmicas que ocurren dentro de la celula deben

llevarse a cabo dentro de los estrechos Ifmites de temperatura, pH, etc., en los que
la celula realiza su actividad. La celula no tiene la opci6n de utilizar los extremos
de temperatura 0 pH para facilitar una reacci6n . En su lugar, se utilizan catalizado-
res de reacciones especfficas. Virtualmente, todos los catalizadores importantes de la
celula son protefnas: las enzimas. Las enzimas, por supuesto, se unen a las moleculas
sobre las que acruan, pero tambien las transforman, rompiendo y formando enlaces
covalentes y no covalentes. No hay duda que sin las enzimas no habrfa metabolis-
mo. El capftulo 4 de esta obra esta dedicado al estudio de las enzimas, las protefnas
catalfticas.
Algunas protefnas facilitan el movimiento de los compuestos a traves de las mem-
branas celulares. El movimiento puede ser pasivo, la conducci6n de la substancia
a traves de la membrana de una soluci6n de mayor concentraci6n a una de menor
concentraci6n. Sin embargo, con frecuencia el transporte es activo. En un proceso
que requiere energfa, una substancia se mueve en contra de su gradiente de concen-
traci6n. La conducci6n y el transporte implican uni6n y contribuyen a procesos tales
como la absorci6n de nutrimentos y la conducci6n nerviosa. En el capftulo 8 se es-
tudian algunos de estos procesos con mayor detalle.
La contracci6n es, por supuesto, una propiedad de los musculos. Los musculos
son principalmente protefna, y es el movirniento deslizante de las protefnas del mus-
culo, una respecto de la otra, 10 que determina la contracci6n de este. Algunas pro-
tefnas contribuyen al movimiento y la coordinaci6n directamente a traves de su
contracci6n.
Las protefnas de reserva de las semillas suministran gran parte del nitr6geno y
energfa necesarios para mantener el crecimiento de la planta hasta que este pueda
ser sostenido por la fotosfntesis. Las prolaminas, las protefnas de reserva mas abun-
dantes de los cereales, representan una fracci6n importante de las protefnas consu-
midas por el hombre y los animales domesticos. La colagena, una protefna fibrosa
de la piel y los huesos, es s610 un ejemplo de las muchas protefnas estructurales.
De esta manera, las protefnas influyen sobre casi cualquier faceta de la actividad
de la celula.
~ ~ ) ~
3.2 LAS PROTEINAS COMO POLIMEROS DE AMINOACIDOS
La abundancia de las protefnas y su contenido relativamente alto de nitr6geno, apro-
ximadamente entre el 15 y el 18 % por peso, hicieron que los primeros bioqufmicos
centraran su atenci6n en ellas. El nitr6geno es un componente esencial de las protef-
nas debido a que estas son polfmeros de aminoacidos. Los arninoacidos de las pro-
tefnas tienen un atomo central de carbono, designado carbona a, al que se halla
unido tanto un grupo carboxilo como un grupo amino, el grupo a-amino. La f6rmu-
H
H
R-o-COOH I
R-C-COOH
I
NH 2
NH2
Modelo de barras y esferas F6rmula de proyecci6n de Fischer
ESTRUCTURA 3.1
Las protein as como polimeros de amino6cidos 71
la general de un aminmicido que se presenta naturalmente puede representarse me-
diante una formula modificada de barras y esferas 0 la f6rmula de proyeccion de
Fischer (estructura 3.1).
Dado que el grupo amino esta en el atomo de carbono adyacente al grupo carbo-
xilo, los aminoacidos que tienen esta formula genera! se conocen como a-aminoacidos.
Tambien es evidente que si en esta estructura R no es igua! a H, el atomo de carbono
a es asimetrico . Es decir, al igual que los azucares descritos en la seccion 2.2, los
a-aminoacidos son compuestos quirales u "opticamente activos". Es bien sabido
que todos los aminoacidos que ocurren naturalmente encontrados en protefnas tienen
la misma configuracion.
Con respecto a! compuesto de referencia para los carbohidratos, el D-gliceral-
dehfdo, los aminoacidos que se presentan en las protefnas tienen la configuracion
opuesta 0 L. Esta relaci6n se muestra en la estructura 3.2 donde, en el modelo de
barras y esferas y la proyeccion de Fischer, el grupo amino de la L-serina esta a la
izquierda cuando el grupo carboxilo se escribe en la parte superior de la formula.
Uno de los primeros logros en bioqufmica fue la conversion de la L-serina en
L-gliceraldehfdo mediante una serie de reacciones qufmicas que no modificaban la
configuracion del atomo de carbono a . De esta manera se establecio la configura-
cion absoluta de la L-serina. Otros aminoacidos se comparan con la L-serina como
compuesto de referencia para determinar la configuracion absoluta en torno al ato-
mo de carbono a. (Cuando se habla de la configuracion absoluta de la L-serina en
vez de la rotaci6n optica real del aminoacido, suele utilizarse la notacion Ls).
Modelo de barras
y esferas
HtrOH
CH 2 0H
COO- CHO
I
+ I
H N-C-H H-C-OH
F6rmula de 3 I I
proyeccion de Fischer CH 2 0H CH 2 0H
L-Serina D-Gliceraldehrdo
ESTRUCTURA 3.2
Al comparar cuidadosamente la formula general de la estructura 3.1 con la de

la estructura 3.2, se encuentra que el aminoacido representado en la estructura 3.1
tiene tambien la configuracion L; si R = - CH 2 0H, la formula general se con-
vierte en L-serina. N6tese que el grupo amino esta por debajo del atomo de carbono
a en la estructura de un L-aminoacido cuando el grupo carboxilo se escribe a la
derecha en la formula de proyeccion .
Como en el caso de los carbohidratos, es importante sefialar que el uso de las
convenciones L y D se refiere solo a la configuracion relativa de estos compuestos
y no proporciona informacion alguna respecto a la direccion en la que estos com-
puestos opticamente activos desvfan la luz polarizada.
Notese que los aminoacidos se representan en diferentes formas ionicas en las
estructuras 3.1 y 3.2. Como se describe en el recuadro 3.A, la forma zwitterionica
del aminoacido, como se muestra en la estructura 3.2, representa mas cercanamen-
te el estado de ionizaci6n de los aminoacidos en soluciones de pH neutro.
72 Amino6cidos y protein as
RECUADRO 3.A AMINOAclDOS COMO ZWITTERIONES (IONES DIPOLARES)
Considerese el aminoacido alanina, en el cual el grupo R es un grupo metilo . Puesto que este aminoacido
posee un grupo amino y un grupo carboxilo, debe reaccionar con acidos y a\calis. Dichos compuestos
se conocen como substancias anfotericas. Si una muestra s61ida de aIanina se disuelve en agua, el pH
de esta soll!ci6n sera casi neutro. Si se colocan electrodos en la soluci6n y se hace pasar una diferencia de
potencial a traves de ellos, el aminoacido no migrara en el campo electrico . Estos resultados concuerdan
con la representaci6n del aminoacido como una molecula neutra y sin carga electrica. Sin embargo, 10
mismo ocurre si la ·alanina se representa como un zwitterion. Esta f6rmula, propuesta inicialmente por
Bjerrum en 1923, muestra al grupo carboxilo disociado y al grupo amino protonado. EI termino zwitterion
deriva del aleman "zwitter", que significa "hibrido". De esta manera, el zwitterion es un hibrido de
gropos i6nicos positivos y negativos, como se indica a continuaci6n.
H H
I I
CH ·-C--COOH CH - C--COo -
, I , I
NH 2 +NH,
Alanina Alanina
(sin cargal (zwitterion)
En teorfa, ambas estructuras podrfan originar las mismas curvas de titulaci6n (veanse las secciones 1.9
y 1.10 para una descripci6n de las curvas de titulaci6n de los acidos carboxilicos y alquil aminas). Es
indudable que las mismas formas se observaran en los extremos de pH : el ani6n carboxilato y la amina
no protonada a un pH elevado y los grupos amino y carboxilo protonados a un pH bajo. Si se titulan con
NaOH O.IM, 20 ml de alanina O.IM (2 moles) en soluci6n , se obtiene una curva con un pK" de 9.7.
Cuando se han aiiadido 10 ml de NaOH O.IM (1 miliequivalente, que corresponde a la mitad del numero
de moles de alanina), el pH debe corresponder al pKa . Esto significa que, a un pH de 9.7, algun grupo
capaz de Iiberar protones para reaccionar con el a\caIi aiiadido es semineutralizado. De modo similar,
si se aiiade HCl O.IM ala soluci6n de alanina, se obtiene la otra mitad de la curva de titulaci6n y se a\canza
el pH que corresponde a un pKa de 2.3 cuando se han aiiadido 10 ml de HCI O.IM. La curva de titula-
ci6n para la forma de zwitterion de la alanina es la siguiente:
14 ,--- -- / H
13 I
;
CH3 - ~-COO-
12
11 ./ NH,
10
9 ~ K. - ]
i.--'
"'"
pH
8 /
7 I
6
"H IV
I . '" IV
5 ~H
4
V
rn= --
3
2
/ ' i--"
.3
H
I
CH 3 -
r -COOH 20 10
O.IM HCI(ml)
o 10
O. IM NaOH(ml)
20
NH;
+- -.
Las siguientes f6rmulas representan las reacciones de ionizaci6n de proceso de titulaci6n.
Las proteinas como polimeros de amino6cidos 73
Observese que en este esquema puede considerarse que el grupo carboxilato es titulado por el acido y
el grupo amino protonado por la base. Los pKa observados en la curva de titulacion concuerdan con esta
representaci6n debido a que, como se indic6 en el capftulo 1, los grupos carboxilo de los acidos organicos
se disocian dentro de la escala de pH de 3 a 5, mientras que las alquil aminas protonadas son acidos debiles
con valores de pKa dentro del rango de 9 a 11. Naturalmente los protones tienen la capacidad de migrar
facilmente , y de igual modo debe considerarse que tanto el zwitterion como la estructura correspondiente
no ionizada de la alanina contribuyen a la estructura de este aminoacido en soluci6n a un pH neutro; la
forma de zwitterion contribuye en mayor proporcion.
Otras propiedades de los aminoacidos concuerdan con la estructura de zwitterion a un pH neutro . Se han
obtenido pruebas adicionales de que el grupo ex amino esta protonado a un pH neutro titulando el aminoa-
cido en formaldehfdo. EI forrnaldehfdo reacciona con el grupo amino sin carga para producir una mezcla
de los derivados de monohidroximetilo y dihidroximetilo.
H H
i HCHO HCHO I
R- C- COO - ----'> R--- C- COO -
1
I
N N,
H' H HOC H, 'CH IOH
Los grupos hidroximetilo de estas aminas secundarias y terciarias muestran afinidad por los electrones.
De esta manera, dichos compuestos son bases mas debiles (0 acidos mas fuertes) que las aminas no deriva-
das correspondientes. Lo anterior se manifiesta en la curva de titulaci6n mediante una disminuci6n del
valor del pKa para el grupo amino en presencia del formaldehfdo, como 10 indica la curva de titulacion
punteada que se muestra a continuaci6n.
14
~,- ....
IT
pH
13
12
11
~
L_
t-
10 I·..
9
8
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4
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2
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".. - 1.-,(
pK = 2.3
I--i-
~
--
20 10 o 10 20
..--
O.IM Hel afiadido (ml)
--.
O.IM NaOH afiadido (ml)
Observese que solo es afectado ellado de pH elevado de la curva de titulacion. No se sabe que el formal-
dehfdo reaccione con los grupos carboxilo en las condiciones del proceso de titulaci6n. Por tanto, el grupo
amino (y no el grupo carboxilo) es titulado a un pH alto, como 10 requiere la estructura zwitterionica a
un pH neutro .
Los aminoacidos , con ciertas excepciones, por 10 general son solubles en agua y bast ante insolubles en
disolventes organicos no polares como eter, cloroformo y acetona. Esta observaci6n no concuerda con
las propiedades conocidas de los acidos carboxflicos protonados y las aminas organicas no protonadas.
Los acidos carboxflicos alifaticos y aromaticos , en particular los que tienen varios atomos de carbono,
poseen una solubilidad limitada en agua, pero son facilmente solubles en disolventes organicos. De manera
semejante, las aminas superiores son por 10 general solubles en disolventes organic os pero no en agua.
74 Amino6cidos y protefnos
Los aminoacidos en forma cristalina tienen temperaturas altas de fusi6n que suelen causar descomposi-
cion, mientras que las temperaturas de fusi6n de las aminas y acidos carboxflicos s6lidos son por 10 general
bajos y bien definidos. De esta forma , los aminoacidos cristalinos se funden como si fueran i6nicos y
no neutros . La gran solubilidad en agua de la mayorfa de los aminoacidos y el comportamiento de fusi6n
de sus s6lidos cristalinos concuerda con la estructura zwitteri6nica que predomina tanto en soluci6n como
en el estado s6lido.
Otra prueba de la naturaleza zwitteri6nica de todos los aminoacidos se encuentra en sus propiedades es-
pectroscopicas, los efectos sobre la constante dielectrica de las soluciones acuosas y las titulaciones en
disolventes organicos .
EI que las unidades estructurales basicas de las protefnas sea el a-aminoacido

se demuestra facilmente hidrolizando protefnas purificadas mediante procedimien-
tos qufmicos 0 enzimaticos. Por ejemplo, una protefna puede ser hidrolizada total-
mente 0 casi por completo hasta sus aminoacidos componentes en un perfodo de
18 a 24 horas mediante la acci6n de HCI 6N a 110°C en un tuba sellado. En estas
condiciones, se obtienen con buen rendimiento 17 de los 20 aminOlicidos comunes
de una protefna. Aislar 17 aminoacidos distintos de un hidrolizado mediante crista-
lizaci6n y otras tecnicas ciasicas de qufmiea organica fue un importante avance de
los primeros bioqufmicos. En el recuadro 3.B se describe un procedirniento moderno
de mieroanalisis de aminOlicidos mediante cromatograffa de intercambio i6nieo. El
analisis de los aminoacidos, que da las cantidades relativas de los aminoacidos que
resisten el procedimiento de hidr6lisis, es un paso importante en la caracterizaci6n
preliminar de una proteina recien purificada.
RECUADRO 3.B ANALISIS DE AMINOACIDOS

...-/
Un paso de rutina y con frecuencia esencial en la caracterizaci6n de una protefna es la determinaci6n de
las cantidades molares relativas de sus residuos de aminmicidos, esto es, un alllilisis de aminoacidos. Las
tecnicas actuales que se emplean para el analisis de aminoacidos destruyen la muestra debido a que se
requiere hidrolizar la protefna hasta sus aminoacidos componentes. Uno de los requisitos necesarios para
que el metodo de hidr6lisis sea uti! es que sea 10 bastante vigoroso para dejar intacta s610 una porci6n
insignificante de los enlaces peptfdicos de la protefna, pero que al mismo tiempo sea suficientemente mo-
derado para preservar los aminoacidos resultantes . Ningun proceso de hidr6lisis satisface completamente
estos requisitos. Los grupos carboxamido de la asparagina y la glutamina son en general mas sensibles
al proceso de hidr6lisis (para dar el acido carboxflico correspondiente) que los enlaces peptfdicos, de tal
forma que el analisis subsecuente da s610 la suma de los residuos de asparagina y acido aspartico y la
suma de los residuos de glutamina y acido glutamico de la protefna, no las cantidades individuales de estos
residuos de aminoacidos.
En un experimento tfpico de hidr6lisis, se calientan a 110 0 durante 6 a 96 horas alfcuotas de la muestra

de protefna en Hel 6N en tuhos sellados. Se utilizan varios perfodos de hidrolisis para compensar la alta resistencia
a la hidr6lisis mostrada por los enlaces peptfdicos de residuos alifaticos como la leucina y la isoleucina
y la sensibilidad a la destrucci6n que presentan la serina y la treonina. Los val ores obtenidos en los analisis
subsecuentes de los aminoacidos se extrapolan a perfodos largos de hidr6lisis en el caso de aminoacidos
alifa:ticos y a perfodos cortos en el caso de la serina y la treonina. EI triptOfano se destruye en HCI 6N
a 110 0 , a menos que se afiada un agente reductor como el acido tioglic6lico durante la hidr6lisis.
EI HCI se elimina mediante evaporaci6n al vacfo, quedando los aminoacidos como sus sales de acido cIor-
hfdrico. Estas se disuelven y se colocan en una columna de cromatograffa para separarias. La columna
Los proteinos como polimeros de omino6cidos 75
de cromatograffa es un tuho, por 10 general mucho mas largo que su diametro, que posee en sus dos extremos
o en uno solo un disco poroso, como se indica en el esquema. La columna esta !lena de esferas muy pequenas
(la " resina de cromatograffa " ) compuestas de un material que muestra una afinidad diferencial por las
sustancias que van a separarse , aminoacidos en este caso. En el esquema se observa un lecho de resina
empacado en una columna de cromatograffa. Las flechas indican la direcci6n del flujo de la soluci6n de
eluci6n. Contrariamente a como se ilustra, las resinas reales para cromatograffa son muy finas, de modo
que el diametro de las esferas es mucho mas pequeno que el diametro de la columna .
Resina para cromatograffa
Los aminoacidos se separan con mas frecuencia sobre una resina para cromatograffa que es poliestireno
sulfonado . La cromatograffa se lIeva a cabo en soluciones amortiguadoras de pH bajo, de 3 a 6.5 . Esto
mantiene a los aminoacidos como cationes debido a que sus grupos amino y carboxilo estan parcial 0 total-
mente protonados. Dado que los acidos sulf6nicos son acidos fuertes, los grupos sulfonilo , -SO ]; retie-
nen su carga negativa aun por debajo de un pH de 3. La representaci6n de una porcion de la estructura
de un poliestireno sulfonado, insoluble y unido por enlaces transversales es:
Los cationes de aminoacidos se unen a la resina electrostaticamente. El proceso de eluci6n de los aminoa-
cidos (de otros iones) a partir de una resina i6nica por competencia con soluciones amortiguadoras salinas
que se hacen pasar a traves de la columna de cromatograffa se conoce como " cromatograffa de intercam-
bio ionico". Sin embargo, dado que tanto la matriz de poliestireno de la resina como los grupos R de
muchos de los aminoacidos son no polares, el proceso de separacion de aminoacidos es afectado no s6lo
por la cromatograffa de intercambio i6nico, sino tambien por la absorcion a la matriz de la resina.
El "analizador de aminoacidos" es un aparato integrado que combina la columna de cromatograffa, bom-

bas, valvulas, cronometros, detectores fotometricos, fluorometricos 0 de ambos tipos , circuitos electroni-
cos y dispositivos para registrar automaticamente e incluso hacer caIculos preliminares del proceso de
76 Aminoocidos y proteinos
separaci6n. A continuaci6n se muestra un ejemplo de un "cromatograma" producido por un analiza-

dor de aminOlicidos para la cromatograffa de un hidrolizado de protefna sobre una resina de poliestireno
sulfonado.
pH 3.2 pH 4.3 pH 5.3
La abscisa es el tiempo transcurrido despues de que la muestra se introdujo en la corriente de lfquido bom-
beado a traves de la columna. Dado que la bomba opera a una velocidad de flujo cons~ante, la abscisa
tambien es proporcional al volumen que ha pasado a traves de la columna despues de q4~ la muestra fue
aplicada. La ordenada es proporcional a la concentraci6n del aminoacido que se esta eluyendo, siendo
esta proporcionalidad similar (pero no identica) para la mayoria de los aminoacidos . La proporcionalidad
existente entre la senal (en Ja ordenada) y la cantidad de cad a aminoacido, asi como el tiempo reque-
rido para eluir cada aminoacido son establecidos por la aplicaci6n de estandares, es decir, cantidades
conocidas de aminoacidos aplicados individualmente 0 en pequenos grupos a la columna en corridas se-
paradas.
La cromatografia suele llevarse a cabo utilizando soluciones amortiguadoras de citrato como soluci6n de
eluci6n. Por 10 comun se utilizan dos 0 tres soluciones amortiguadoras, la primera con un pH tan bajo
como 3 y la ultima con un pH tan alto como 6.5. Al pH mas bajo, todos los aminoacidos de la proteina
se unen a la columna. Los aminoacidos basicos, lisina, histidina y arginina, se uniran tan firmemente que
no seran eluidos en un periodo razonable si no se cambia la soluci6n amortiguadora de eluci6n. N6tese
que puede explicarse racionalmente el orden de eluci6n de los aminoacidos, cuando menos en parte, to-
mando en cuenta la carga y polaridad de cada aminoacido . Los acidos aspartico y glutamico son aminoaci-
dos acidos polares y, en consecuencia, deben tener poca afinidad por la resina acida no polar. Los arninoacidos
de carga neutra, empezando con la treonina y la serina, eluyen generalmente en orden de polaridad decre-
ciente. Los aminoacidos basicos se eluyen al ultimo, s610 despues de que ha aumentado el pH de la solu-
ci6n amortiguadora de eluci6n.
En un intento por conservar muestras de protefnas valiosas, se ha hecho un esfuerzo considerable por de-
sarrollar metodos sensibles para detectar aminoacidos. EI reactivo de ninhidrina es la base de un analisis
colorimetrico cuantitativo para aminoacidos. La forma deshidratada de este reactivo tiene la capacidad
de formar una base de Schiff con el grupo a -amino de los aminoacidos y en soluci6n caliente, debilmente
acida, promueve la descarboxilaci6n de la porci6n aminoacidica de la base de Schiff. La disociaci6n de
un aldehfdo deja una amina primaria que puede reaccionar con la forma reducida de la ninhidrina, la hi-
drindantina, para dar el "purpura de Ruhemann" de color azul intenso.
Las proteinas como po/imeros de aminoacidos 77
H,O
-_\."--~. c»:: 0
o
Ninhidrina
H
I
R-C-COO '-
I
NH ;
H~N_b_coo __~/",-CO_2-+
~I
o R
o}N.¢o 0- 0
Purpura de
Ruhemann
En un analizador de aminoacidos, la corriente que sale de la columna de cromatograffa se mezcla con

otra corriente de Jfquido, una soluci6n de ninhidrina e hidrindantina, catalizadores de la reacci6n de la
ninhidrina y la sustancia amortiguadora . En el proceso conocido como derivaci6n de postcolumna , dichas
corrientes se hacen pasar a traves de una larga espiral de tubos finos inmersos en un banD de agua caliente
donde ocurre la reacci6n de la ninhidrina. La corriente que sale de la espiral se hace pasar a traves de
una "celda de flujo" que posee una longitud de trayectoria 6ptica grande. Dicha celda esta en un fot6me-
tro especial disenado para detectar cuantitativamente el derivado azul con gran sensibilidad. EI producto
de color azul intenso es general mente caracterfstico de aquellos aminoacidos que tienen grupos a-amino.
Sin embargo, la prolina y el aminoacido mas raro hidroxiprolina , que son aminas secundarias , dan pro-
ductos de color amarillo al reaccionar con la ninhidrina. Estos iminoacidos requieren un detector ajustado
a una longitud de onda de 440 nm , mientras que los productos de reacci6n de los aminoacidos con la ninhi-
drina se detectan a 570 nm. Dado que las aminas primarias y los a-aminoacidos reaccionan con dicho
reactivo, la lisina da un color mas intenso que otros aminoacidos.
Otros dos reactivos que se utili zan ampliamente para detectar aminoacidos son el o-ftalaldehfdo y la fluo-
rescamina. Cada uno de estos reactivos produce un derivado fluorescente cuando reacciona con aminas
primarias alifaticas. El proceso de detecci6n, desde luego, requiere un fluor6metro.
o
II
I
(X
~
CH
CH
II
o
o-Ftalaldehido Fluorescamina
78 Aminoacidos y protefnos
Utilizando la instrumentaci6n habitual, puede determinarse la composici6n de aminmicidos con menos de

1 nanomol (10 - 9 moles) de protefna.
Los primeros investigadores pensaban, a partir de ciertas propiedades ffsicas de

las protefnas, que estas debfan ser substancias de alto peso molecular. Las substan-
cias de este tipo ya eran bien conocidas en el laboratorio de qufmica. Constituyen
ejemplos los alquitranes que se acumulan en algunas reacciones y las substancias
coloidales formadas por un arco electrico entre dos electrodos de metal en agua.
Dichas substancias de alto peso molecular se dice que son "polidispersas" debido
a que son en realidad mezclas de compuestos de estructura qufmica relacionada pero
de tamafio bastante variable. Los alquitranes y las substancias coloidales, asf como
la hemoglobina y algunas otras protefnas transportadoras de oxfgeno, fueron estu-
diadas aplicando fuertes campos centrffugos a sus soluciones 0 suspensiones. El ta-
mafio relativamente grande de las moleculas de alquitranes y protefnas 0 los agregados
en substancias coloidales hacfa que se movie ran mucho mas rapidamente que los
solutos de bajo peso molecular (como las sales) en el campo centrffugo. Sin embar-
go, las protefnas purificadas como la hemoglobina se comportaban de manera muy
distinta a los alquitranes y coloides. Solo las protefnas migraban en el campo centrf-
fugo en tal forma que permitfan obtener una zona de frontera clara y bien definida. Esto
se observ~ debido a que las protefnas son compuesto, de alto peso molecular, 10
que significa que tienen una compo sic ion atomica dtfinida. Cada componente de
un alquitran 0 coloide tiene una velocidad de sedimentacion caracterfstica en el campo
centrffugo. Sin embargo, dado que los componentes son de diferente tamafio, no
puede observarse un limite bien definido para dichas substancias.
La composicion atomica de la hemoglobina, sin incluir su grupo hemo acarrea-
dor de oxfgeno es
C2796 H 45920S32Ns12SS
Esta composicion atomica es tfpica de las moleculas protefnicas, que en general

tienen del 30 al 33% de C, casi el 50% de H, del 9 al 11 % de 0 y del 7 al 9%
de N, con pequefias cantidades de S. El estudiante debe comparar estos porcentajes
atomicos con los de los carbohidratos (vease el capftulo 2).
3.3 ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEiNAS

La estructura covalente de una protefna es esencialmente lineal. Los aminoacidos
se unen entre sf para formar una cadena, el punto de union es el enlace peptfdico.
El enlace peptfdico es simplemente un enlace amfdico entre el carbo no del grupo
carbonilo de un aminmicido y el nitrogeno del grupo amino de otro.
o
II
- C-N-
I
H
Conceptualmente, puede considerarse que la formaci on del enlace peptfdico resulta

de la eliminacion de dos protones y un ,itomo de oxfgeno (es decir, una molecula de
agua) de un par de aminoacidos. En la reaccion que se muestra a continuacion,
Estructuro primo rio de los proteinos 79
FIGURA 3.1 Estructura generalizada de una cadena polipeptfdica que muestra 10

union de los residuos de amin06cidos adyacentes a troves de enlaces peptfdicos.
puede considerarse que el .Homo de oxfgeno ha sido removido del grupo carboxOico
del aminmicido 1 y dos protones del grupo alquil amonio del aminoacido 2.
Rj R2
I I
+H 3 N-CH-COO- + +H 3 N-CH-COO---
El caracter polipeptidico de una protefna se muestra en la figura 3.1. Es eviden-

te, que no existe un limite teorico para el peso molecular que puede a1canzar dicha
estructura de cadena, por 10 que las protefnas varfan en peso molecular de unos cuan-
tos miles a algunos millones. Cuando un aminoacido se ha incorporado a una cadena
polipeptfdica, se habla de un "residuo de aminoacido", en vez de simplemente un
aminoacido . La razon de esto es que el agua ha sido "separada" en el proceso de
formacion del enlace peptfdico, de modo que el sobrante no corresponde a la estruc-
tura completa de un aminoacido.
Veinte distintos residuos de aminoacidos determinan la gran diversidad de es-
tructuras de las protefnas. Exceptuando al iminoacido prolina (cuya estructura se
describe mas adelante), todos los aminoacidos son a-aminoacidos, 10 que significa
que difieren solo en el grupo R. El peso promedio de un residuo aminoacido de
una protefna es aproximadamente 110, 10 que quiere decir que las proteinas tienen
de tan solo algunas decimas hasta alrededor de diez mil residuos aminoacidos.
La estructura primaria de una proteina es simplemente el orden que tienen los
residuos de aminoacidos en la cadena polipeptfdica. En 10 que resta de esta seccion
se dan las estructuras de los 20 aminoacidos mas comunes en las protefnas, asf como
la de algunos aminoacidos menos comunes. Estos se c1asifican de acuerdo con la
naturaleza qufmica (alifatica, aromatic a , heterocic1ica) de sus grupos R en subc1a-
ses apropiadas. Sin embargo, mas importante es la c1asificacion basada en la polaridad
del residuo 0 grupo R debido a que sub ray a la posible funcion que puede tener cad a
uno de los diferentes aminoacidos en las proteinas, asi como sus posibles contribucio-
nes al plegamiento de la cadena polipeptidica. En esta c1asificacion, los 20 aminoacidos
comtinmente encontrados en las proteinas pueden describirse como:
1. No pol ares 0 hidrofobos.

2. Polares pero sin carga.
3. Polares debido a una carga negativa al pH fisiologico de 7.
4. Polares debido a una carga positiva al pH fisiologico.
Hidr6fobo significa "que tiene repulsion al agua". Es un termino utilizado para

describir porciones de moleculas 0 compuestos de hidrocarburos alifaticos y aro-
maticos, u otros grupos quimicos, que comparten la caracterfstica de tener una 50-
lubilidad en agua muy limitada.
80 Aminoacidos y proteinos
1. Aminoticidos con grupos R hidr6fobos 0 no polares. Este grupo incluye ami-

nmicidos con residuos tanto alifliticos (alanina, valina, leucina, isoleucina, metioni-
na) como aromliticos (fenilalanina y triptofano) que logicamente tienen un canicter
hidr6fobo . Uno de los aminmicidos, la prolina, destaca por el hecho de que su atomo
de nitrogeno existe como una amina secundaria en lugar de una amina primaria. Por
consiguiente, es en realidad un iminoacido en vez de un aminmicido.
H
~
H
I CH 3" CH 3" I
CH - C- COO - CH-C- COO - CH - CH -C- COO -
3 I / I / 2 I
+ NH 3 CH 3 +NH CH 3 +NH
3 3
Ls·Alanina Ls Leucina
H2C- -CH 2
o-
I I ~
H 2C" +,,/CH - COO -
N \ j CH 2 -9- COO -
H2 +NH 3
Ls·lsoleucina Ls·Prolina Ls·Fenilalanina
~CH2-9-COO-
~N ) +NH 3
H
Ls· Triptolano
2. Aminoticidos con grupos R polares pero sin carga. La mayorfa de estos ami-
noacidos poseen residuos R polares que pueden participar en la formacion de puentes
de hidrogeno. El puente de hidrogeno es un enlace altamente ionico que se forma
cuando dos heteroatomos, por 10 general oxfgeno 0 nitrogeno, pero ocasionalmente
azufre, comparten un proton (veanse las secciones 1.4 y 3.9). Varios de los aminoa-
cidos de este grupo poseen un grupo hidroxilo (serina, treonina y tirosina) 0 sulfhi-
drilo (cistefna), mientras que dos (asparagina y glutamina) tienen grupos amida. La
glicina, que carece de grupo R, se incluye dentro de este grupo a causa de su natura-
leza polar definida, una propiedad que posee debido a que sus grupos carbonilo y
amino nitrogenados constituyen una gran proporcion de la masa de la molecula de gli-
cina. En este grupo se incluyen compuestos tanto alifliticos como aromaticos (tirosina).
H H H
I
H-C- COO - HO - CH -
I
C- COO-
CH 3"CH - I
C- COO-
I 2 I / I
+NH 3 +NH 3 HO +NH 3
Glici na Serina Ls Treonina
H H
I I
HS - CH - C- COO- NH - C- CH - CH - C- COO-
2 I 2 II 2 2 I
~ NH 3 o +NH 3
Ls·Cisteina Ls·Glutamina
H
I
NH - C- CH - C-COO -
2 II 2 I
o +NH J
LsTirosina Ls-Asparagina
Modificaciones de los aminoocidos 81
3. Aminoacidos con grupos R cargados positivamente. Tres aminOllcidos se in-
cluyen en este grupo. La Iisina, con su grupo €-amino secundario (pK = 10.5), se
encontrani en una proporcion mayor del 50% en el estado cargado positivamente a
cualquier pH por debajo del pKa de ese grupo. Tambien se incluyen aquf la argini-
na, que posee una funcion guanidinio fuertemente basica (pKa = 12.5), Y la histi-
dina, con su grupo imidazol debilmente basico (pKa = 6.0). Notese que la histidina
es el unico aminoacido que tiene un proton que se disocia en la gama de pH neutro.
Es esta caracterfstica 10 que permite que ciertos residuos de histidina tengan una
funcion importante en las actividades catalfticas de algunas enzimas.
H
I
+NHJ-CH2-CH2- CH2- CH2-Y-COO-
+NH J
Ls·Lisina
H H
I
NH - C- NH-CH -
2 II 2
CH -CH -C-COO-
2 2 I
HC=C-CH 2 -6-coo-
I-I I I
+NH 2 +NH 3 HN"""C/ NH +NH J
H
LsArginina LsHistidina
4. Aminoacidos con grupos R cargados negativamente. Este grupo incluye los

dos aminoacidos dicarboxflicos, acido aspartico y acido glutlimico. A un pH neu-
tro, sus grupos carboxilo secundarios con pKa2 de 3.9 y 4.3 , respectivamente, se
disocian, dando una carga neta de -1 para estos compuestos.
H H
I I
- OOC- CH - C-COO - - OOC- CH - CH - C- COO-
2 I 2 2 I
+NH J +NH 3
Ls·Acido aspMico Ls·Acido glutamico
Estos 20 aminoacidos constituyen la gran mayorfa de los aminoacidos de las protefnas

de bacterias, plantas y animales , 10 que ilustra la unidad de los sistemas vivos de
nuestro planeta. AI parecer, las 20 cadenas laterales generan una diversidad sufi-
ciente de reactividades y con formaciones qufmicas de la cadena polipeptfdica, de
modo que solo estos aminoacidos se requieren en la mayorfa de las protefnas. Los
20 aminoacidos comunes de las protefnas tienen una serie estandar de abreviaturas
de tres y una sola letra que se utilizan para escribir las secuencias de aminoacidos de
las cadenas polipeptfdicas (tabla 3.1).
3.4 MODIFICACIONES DE LOS AMINOACIDOS QUE

OCURREN NATURALMENTE EN LAS PROTEiNAS
Existen ciertos aminoacidos con una distribucion menos amplia pero no obstante
importantes que se encuentran solo en algunas protefnas, aunque en ocasiones cons-
tituyen un gran porcentaje de los residuos de esas escasas protefnas. Estos aminoa-
cidos adicionales se forman por modificaci6n de los 20 aminoacidos comunes de las
protefnas, por 10 general una vez que la cadena polipeptfdica ha sido sintetizada (vease
la parte III).
82 Aminoacidos y protefnos
Tabla 3.1 Notaciones para los 20 amin06cidos

comunes de las proteinas
Simbolo de Sfmbolo de una
Amin06cido Ires lelras sola lelra
Alanina Ala A
Valina Val V
Leucina Leu L
Isoleucina lie I
. Prolina Pro P
Fenilalanina Phe F
Triptofano Trp W
Metionina Met M
Glicina Gly G
Serina Ser S
Treonina Thr T
Cistefna Cys C
Glutamina Gin Q
Asparagina Asn N
Tirosina Tyr Y
Lisina Lys K
Arginina Arg R
Histidina His H
Aspartato Asp D
Glutamato Glu E
El grupo sulfhidrilo de la cistefna experimenta reacciones tfpicas del grupo - SH

tanto en el aminoacido libre como en las protefnas. La mas comun de dichas reac-
ciones es la reacci6n oxidativa reversible con otra molecula de cistefna para formar
el derivado bisulfuro llamado cistina. La cistina se forma facilmente exponiendo
una soluci6n de cistefna al oxfgeno. La cistefna se regenera agregando un agente
reductor adecuado a la soluci6n de cistina. En la estructura de las protefnas, se en-
. cuentran a menudo puentes disulfuro entre dos residuos de cistefna en una cadena
polipeptfdica, especialmente en protefnas que son secretadas en el ambiente extra-
celular donde los requerirnientos de estabilidad pueden ser particularmente riguro-
sos. Por ejemplo, la enzima ribonucleasa pancreoitica de bovino que degrada el acido
ribonucleico contiene cuatro puentes bisulfuro entre cuatro pares de residuos de cis-
teina. En la estructura que se muestra a continuaci6n puede observarse un puente
bisulfuro que une dos porciones de una cadena polipeptfdica (0 incluso dos cadenas
polipeptidicas) :
o
II
- NH-CH- C-N H-
I
CH2
I
s- s
I
CH2
I
-NH- CH-C-N H-
II
o
Modificaciones de lo s amin06cidos 83
Un segundo tipo de modificacion de la cistefna ocurre en el citocromo c, una pro-
tefna transportadora de electrones (capftulo 14) que posee un grupo hemo quelante
de hierro. EI citocromo c (seccion 3.14.2) tiene una funcion crucial en las reaccio-
nes biologicas de oxidorreduccion . A diferencia de muchas otras protefnas con
grupo hemo como la hemoglobina, el citocromo c une covalentemente su grupo
hemo . Dos residuos de cistefna se unen a este grupo funcional a traves de enlaces
tioeter.
Un segundo ejemplo de aminoacido que se encuentra modificado en algunas pro-
tefnas es la prolina, que se convierte en hidroxiprolina. La hidroxiprolina tiene una
distribucion limitada en la naturaleza, pero constituye mas del 12 % de la estructura
de la colagena, una protefna estructural importante de los animales . La hidroxipro-
lina es tambien un componente importante de la protefna extensina de la pared celu-
OH
I
HC--CH2 H H
I I I I
H 2C", +/ CH - COO - +NH -CH - C- CH -C H -C-COO-
N 1 2 I 2 2 I
H2 OH +NH3
Ls-Hidroxiprolina Ls-Hldroxilisina
(eritro-4-hidroxi-Ls-prolin a) (eritro-5-hidroxi'L s-lisina)
lar vegetal y algunas atras protefnas vegetales que parecen intervenir en la respuesta
de las plantas a los agentes patogenos. El segundo aminoacido esquematizado aquf
tambien , la hidroxilisina , es tambien un componente de la colagena.
Residuos especfficos de serina, treonina 0 tirosina, e incluso de arginina 0 histi-
dina de ciertas protefnas, pueden fosforilarse en reacciones catalizadas por enzi-
mas. A continuacion se dan los ejemplos de un residuo de fosfoserina y un residuo
de fosfohistidina como parte de cadenas polipeptfdicas:
CH -N-P02 -
P0 2-
I
o
3 < CH=C
I 3
I I
CH 2 CH 2
I I
- NH-CH -COO- -NH-CH-COO-
Los enlaces P-N son por 10 general inestables , y un residuo de fosfohistidina no

es la excepc ion; es un intermediario inestable en ciertas reacciones de fosforilacion
catalizadas enzimaticamente. Los enlaces P-O son en general mucho mas esta-
bles. Cuando se fosforila un residuo de serina especffico de la enzima glucogeno
fosforilasa que degrada al glucogeno, por introduccion del grupo fosforilo ioniza-
do, - OP0 1;- la enzima se convierte en una forma que es mucho mas activa en
condiciones fisiologicas. Se conocen muchos otros ejemplos de regulacion de la ac-
tividad enzimatica 0 de otro tipo en las protefnas por fosforilacion , incluyendo las
protefnas que se unen al acido desoxirribonucleico y la enzima glicolftica fosfoglu-
comutasa. La protefna de la leche , casefna, contiene muchos residuos de serina fos-
forilados.
La acetilacion es otra modificacion qufmica que puede dar como resultado la al-
teracion de la funcion de una protefna. A continuaci6n se muestra un residuo de
lisina acetilado.
84 Aminoacidos y proteinas
Algunas protefnas son acetiladas en el grupo amino terminal .

ORO
II II II
CH,-C-NH-CH-C-NH-
De manera similar, la cadena polipeptfdica de las protefnas de algunas bacterias co-

mienza con un residuo de formil-metionina, que es una modificaci6n que ocurre
en el momento de la sfntesis de un polipeptido en vez de posteriormente (capitulo
20). La metilaci6n de los grupos amino es tambien una modificaci6n importante de
ciertas protefnas.
Una de las modificaciones mas importantes y que ocurren con mayor frecuencia
en los aminoacidos de las protefnas es una de un ca~r significativamente mas
complejo. Se trata de la glicosilacion, la uni6n covalente de monosacaridos y oligo-
sacaridos (secciones 2.5 y 2.6) a las protefnas. El conjugado resultante, en el que
la proporci6n de protefnas a oligosacaridos es por 10 general mayor de 1, se conoce
como glicoproteina. La porci6n de carbohidratos de la glicoprotefna puede propor-
cionarle a la protefna propiedades especiales, como las regiones polares localizadas
de las protefnas de la superficie celular. Las porciones de carbohidratos de las pro-
tefnas anticongelantes de ciertos peces del Antartico son esenciales para su funci6n.
Las glicoprotefnas imparten propiedades de viscosidad y lubricaci6n a los fluidos
y articulaciones del cuerpo. Arabinosa, fucosa, galactosa, glucosa, manosa y xilo-
sa; los aminoazucares acetilados N-acetilgalactosamina, N-acetilglucosamina y acido
N-acetilneuramfnico; y varios acidos ur6nicos se han encontrado como componen-
tes de las glicoprotefnas. A causa de su complejidad, determinar la estructura exacta
de las glicoprotefnas se encuentra entre los problemas tecnicos mas diffciles de la
bioqufmica moderna.
En este texto no se entrara en detalles sobre la estructura de las glicoprotefnas,
y s610 se danin algunos ejemplos de los tipos de enlace conocidos entre las protefnas y
los carbohidratos. Los ejemplos de la figura 3.2 corresponden a: a) substancias de
eritrocitos humanos del grupo sangufneo ABO, b) inmunoglobulinas (secci6n 3.14.4)
y c) la protefna extensina de la pared celular vegetal. N6tese que en la mayorfa de
los ejemplos, otros residuos de monosacaridos se uniran al monosacarido mostrado
para formar cadenas laterales de oligosacaridos y que s610 ciertos residuos de seri-
na, treonina, asparagina y otros residuos de una glicoprotefna determinada lleva-
ran en realidad dicha cadena lateral de oligosacaridos.
3.5 AMINOACIDOS NO PROTEiNICOS
Los aminoacidos que tienen la configuraci6n D existen tambien en el enlace peptfdico

en la naturaleza, pero no como componentes de macromoleculas protefnicas. Su pre-
sencia parece limitarse a peptidos cfc1icos mas pequeiios 0 como componentes de
peptidoglicanos (complejos covalentes de polipeptidos y polisacaridos en los que
estos forman la mayor parte del conjugado) de paredes celulares bacterianas. El an-
Amin06cidos no proteinicos 85
H HN"
#C-CH 3
of'
a) Residua de a-D-N-acetilgalactapiranasil-seril
CH 20H H \ =0
N, /CH 2, /
C CH
II \H
° /
H HN "
#C- CH3
Of'
b) Residua de (:l-D-N-acetilglucapiranasil-asparaginil FIGURA 3_2 Ejemplos de enlaces cova-
lentes entre amino6cidos y carbohidratos
que se han encontrado en glicoproter-
nas . a) Enlace O-glicosrdico entre la N-
acetilgalactosamina y un residuo de
serina, b) enlace N-glicosrdico entre la
N-acetilglucosamina y un residuo de as-
paragina, c) enlace O-glicosrdico entre
H OH la arabinosa y un residuo de hidroxi-
c) Residua de (:l-L-arabinafuranasil-hidraxiprolil prolina.
tibi6tico gramicidina-S (estructura 3.3) es un ejemplo de peptido que contiene dos

residuos de un D-aminoacido, D-fenilalanina (v ease tambien la secci6n 20.4).
>L~
70rn D.P~
L·Va! L-Pra
I I
L-Pro
'" D-P~ >orn/

L-Leu
L-Val
Gramicidina-S
ESTRUCTURA 3.3
La gramicidina-S contiene tambien el aminoacido no protefnico L-ornitina, que es
un intermediario metab61ico importante en la sfntesis de aminoacidos y otros com-
puestos.
H
I
+H3N-(CH2)3-C-COO-
I
NHt
Ls-Ornitina
86 Aminoacidos. y prote/nos
La D-valina ocurre en fa actinomicina D, un potente inhibidor de la sintesis de RNA ,

mientras que la D-alanina y el acido D-glutamico se encuentran en el peptidoglica-
no de la pared celular de las bacterias grampositivas (seccion 2.8) .
Un isomero de la alanina, la (J-alanina, se encuentra libre en la naturaleza y como
un componente de la vitamina acido pantotenico, la coenzima A y una protein a aca-
rreadora de acilos (capitulo 5). La amina cuaternaria creatina, un derivado de la
glicina, tiene una funcion fundamental en el proceso de almacenamiento de energia
en los vertebrados, donde es fosforilada y convertida en fosfato de creatina (capitu-
lo 9).
H2N-C=NH!
I
+H 3 N-CH 2-CH 2-COO- CH 3-N-CH 2-COO-
/3·Alanina Creatina
Aparte de estos aminoacidos no proteinicos, para los que se han descrito funcio-
nes metabolicas, se han detectado como pJJlductos naturales varios cientos de otros
aminoacidos no protefnicos. Las plantas superiores son una fuente particularmente
rica de estos aminoacidos. Sin embargo, a diferencia de los aminmicidos descritos
con anterioridad, estos compuestos no ocurren ampliamente, sino que esrnn limitados
a una sola especie 0 unas pocas especies de un mismo genero. Estos aminoaci-
dos no proteinicos se relacionan por 10 general con los aminoacidos proteinicos como
homologos 0 derivados sustituidos. De esta manera, el acido L-azetidina-2-carbmu1i-
co, un homologo de la prolina, abarca el 50% del nitrogeno presente en el rizoma
del sello de Salomon (Polygonatum multiflorum). La orcilalanina (2,4-dihidroxi-6-me-
til fenil-L-alanina), presente en la semilla de la neguilla 0 candileja, Agrostemma
githago, puede considerarse como una fenilalanina 0 una tirosina sustituida.
OH
HO- Q - 'CH
_ " 2
-~-COO-
1
+NH
CH 3 3
Acido azetidina·2·carboxflico Orcil·LS·alanina
Un grupo particularmente interesante de aminoacidos no proteinicos se encuen-

tra entre las opinas, que se forman en los tumores inducidos en las plantas por la
bacteria de la agalla de la corona, Agrobacterium tumefaciens (vease el recuadro
22.A). Algunas opinas son conjugados de aminoacidos proteinicos y a-cetoacidos.
La octopina, por ejemplo, es un conjugado de acido pinivico y arginina. Tiene dos
centros quirales: uno derivado de arginina en la configuracion L y el otro de acido
pinivico en la configuracion D.
NH2 H
I I
+N H2=C- NH -CH 2-CH 2 -CH 2 -?-COOH
NH
I
CH -C-COOH
3 I
H
Octopina
Caracteristicas quimicas de los amin06cidos y de 10 cadena polipeptidica 87
Estos y muchos otros aminOlicidos no protefnicos que existen en la naturaleza
se estan estudiando hoy en dfa para aprender mas acerca de las condiciones en las
que se forman y su funcion en el organismo en el que se encuentran. En el capitulo
17 se mencionan otros aspectos de los aminoacidos no protefnicos .
3.6 CARACTERiSTICAS QUiMICAS DE LOS

AMINOACIDOS Y DE LA CADENA POLIPEPTiDICA
En el proceso de sintesis de una cadena polipeptfdica, puede considerarse que cada

enlace peptfdico consume un grupo a-amino y un grupo a-carboxilo. Puesto que
una cadena polipeptfdica que carece de grupo de bloqueo terminal tiene un enlace
peptfdico menos que el mimero de residuos aminoacidos, un grupo a-amino y un
grupo a-carboxilo quedan en los extremos de la cadena. Estos definen el grup" amino
terminal 0 extremo amino y el grupo carboxilo terminal 0 extremo carboxilo
de la cadena polipeptfdica, respectivamente. Por acuerdo, la cadena polipeptidica
se escribe con el grupo amino terminal a la izquierda y el grupo carboxilo terminal
a la derecha. Para simplificar su representaci6n, se utilizan abreviaturas de tres le-
tras para los residuos de aminoacidos. Por ejemplo,
H2N -Gly-Asp-Tyr-Ser-COOH
o simplemente Gly-Asp-Tyr-Ser
para los cuales la estructura completa correspondiente es
o
COOH
I
CH 2 0
¢ CH 2 0
OH
I
CH 2
1\ I 1\ I 1\ I
H2N-CH2-C-NH-CH-C-NH-CH-C-NH-CH-COOH
El termino general para una cadena polipeptfdica corta del tipo indicado anterior-
mente es el de oJigopeptido. En la secci6n 3.7 se estudian algunos oligopeptidos
biol6gicamente activos, y el oligopeptido cfclico gramicidina S ya se ha descrito
en la secci6n 3.5. Dicho oligopeptido cfclico carece de grupo amino 0 carboxilo
terminales, pero la polaridad amino-carboxilo es sin embargo inherente a la estruc-
tura de la gramicidina S. Corresponde a la direcci6n de las manecillas del reloj mos-
trada en la estructura 3.3. El estudiante puede encontrar que resultarfa provechoso
trazar una formula estructural mas completa para la gramicidina S.
3.6.1 IONIZACION DE LAS CADENAS LATERALES

DE AMINOAclDOS
En el recuadro 3. A se describen las reacciones de asociaci6n y disociaci6n de proto-
nes de los grupos a-amino y a-carboxilo libres de los aminoacidos. Los grupos
a-amino y a-caboxilo de los aminoacidos libres tienen por 10 general val ores de
pKa dentro de los lfmites de 1.7 a 2.4 Y de 9 all, respectivamente. Cuando estos
grupos participan en la formaci6n de un enlace peptidico, por supuesto, ya no se
ionizan en la gama de pH neutro, y s6lo los residuos amino y carboxilo terminales
14
13
12
11
10
V p rc3
~
~ 9.
"
9
pH iI'
8
7
6
5
V
,)
4
3
2
1
/ I-""" pK =
-
.1
i--""
)
".. pK = ~.9
o 20 40 60
NaOH 0.1M (ml)
FIGURA 3.3 Curvo de tituloci6n obtenido cuondo se titulon 20

ml de clorhidrato de 6cido osp6rtico 0.1 M con NoOH 0 . 1M
de la cadena polipeptidica estanin disponibles para la titulaci6n en el intervalo de

pH de 1 a 12. Sin embargo, algunos aminOlicidos (secci6n 3.3) tienen grupos ioni-
zables adicionales.
Los aminOlicidos que tienen mas de un grupo amino 0 carboxilo tendran valores
de pKa correspondientes, y los residuos ionizables de la cadena lateral pueden con-
tribuir a la carga i6nica de un peptido 0 polipeptido que contengan tales residuos. De
esta forma, el pKa del grupo a-carboxilo del acido aspartico es 2. 1, mientras que el
pKa del grupo {3-carboxilo es 3.9. El pKa para el grupo amino es 9.8. En la figura
3.3 se muestra la curva de titulaci6n del acido aspartico. Dependiendo del pH, pue-
den predominar diferentes especies de acido aspartico. Tres ejemplos se muestran a
continuaci6n. La estructura de la izquierda predominara a un pH de 1, mientras que
la estructura del centro predominara a un pH de 3. Sin embargo, la situaci6n es
un poco mas complicada de 10 que podria parecer en un principio. A un pH de 3,
la estructura de la derecha mostrara una proporci6n menor pero perceptible, del acido
aspartico.
Se sugiere al estudiante que escriba las estructuras de las especies de acido aspartico
que predominarian a un pH de 7 y de 11. EI acido glutamico se comporta de manera
similar, con un pKa de casi 4.3 para el grupo "),-carboxilo. De esta forma, tanto el
acido aspartico como el acido glutamico tienen un grupo carboxilo ionizable que
se encuentra libre cuando estos aminoacidos forman parte de una cadena polipep-
tidica.
El grupo €-amino de la lisina tiene un pKa de aproximadamente 10.8. Los ato-
mos de nitr6geno del anillo heterociclico de la histidina se comportan como una ba-
se de Br6nsted. EI pKa para la protonaci6n del anillo de histidina en la histidina
libre es de 6.0. Un grupo guanidino organico, como el que po see la arginina, es
Caracteristicas quimicas de los amin06cidos y de la cadena polipeptidica 89
muy basico y por 10 tanto esta protonado por completo en condiciones fisio16gicas .
EI pKa del grupo guanidinio de la arginina es de 12.5.
Otros grupos ionizables de las cadenas laterales de aminoacidos son el hidroxilo fe-
nolico (pKa = lOA) de la tirosina y el grupo sulfhidrilo de la cistefna (pKa de 8.2).
COO- COO-
+ I + I
H N-C-H~H N-C-H+W
3 I 3 I
CH 2 CH 2
I I
SH S-
Los valores de pKa dados aquf son para los grupos ionizables de las cadenas la-
terales de aminoacidos fibres. Estos, por supuesto, se alteran cuando el aminoacido
se incorpora a una cadena polipeptfdica, como se describe en la seccion 3.8.
3.6.2 OTRAS REACCIONES DE LAS CADENAS LATERALES

DE AMINOACIDOS
Los aminoacidos no solo actlian como electrolitos, sino que intervienen tambien en
reacciones que son caracterfsticas de los grupos organicos funcionales de las cade-
nas laterales de aminoacidos y los grupos a-amino y a-carboxilo. Los bioqufmicos
suelen sacar provecho de la reactividad de los grupos organicos funcionales de las
protefnas para aprender ace rca de la estructura y funcion de estas. Un reactivo para
formar derivados de protefnas historicamente muy importante es ell-fluoro-2,4-dini-
trobenceno. Este reactivo se abrevia como FDNB. Con frecuencia se Ie conoce como
reactivo de Sanger, en honor de F. Sanger, quien 10 utilizo para determinar la se-
cuencia de aminoacidos de la insulina, la primera protefna en ser analizada de esta
manera. La reaccion del FDNB con un aminoacido sencillo libre es
N0 2 N0 2
NO 2 -O-~
-
F+H 2 N-CH-CO
I 2
H-NO 2 -O-~
-
N-CH-CO
H
I 2
H+HF
R R
En esta reaccion , el micleo coloreado de dinitrobenceno se une al atomo de nitroge-
no del aminoacido para producir un derivado amarillo, el derivado 2,4-dinitrofenil
o DNP-aminoacido. El compuesto FDNB reaccionara con el grupo amino libre del
extremo amino de un polipeptido, asf como tambien con los grupos amino de los
aminoacidos libres. El enlace C-N que se forma es por 10 general mucho mas esta-
ble que un enlace peptfdico. De esta forma, haciendo reaccionar una protefna nativa
o un polipeptido intacto con el FDNB, hidrolizando la protefna en ~cido y a.islando
los DNP-aminoacidos coloreados, puede identificarse el grupo ammo termmal del
aminoacido en una cadena polipeptfdica. El grupo E-amino de la lisina y algunos
otros grupos funcionales de las cadenas laterales reaccionaran tambien con el FDNB .
Sin embargo, despues de la hidrolisis, solo el derivado del grupo amino terminal
del aminmicido original tendni su grupo a-amino bloqueado; asimismo, tales DNP-
a aminoacidos pueden separarse de los otros derivados de DNP mediante procedi-
mientos de extraccion simple. Con cualquiera de los varios metodos cromatograiicos
se podra identificar a los DNP-a aminoacidos .
Los grupos amino tanto de aminoacidos lib res como de cadenas peptfdicas reac-
cionaran con otro reactivo que sirve para identificar el aminoacido del grupo amino
terminal: el c1oruro de dansilo (cioruro de 5-dimetilamino-naftaleno-l-sulfonil).
EI derivado, un dansil aminmicido, es altamente fluorescente y en consecuencia
detectable en cantidades diminutas. La gran sensibilidad de la deteccion hace que
el cioruro de dansilo se prefiera sobre el FDNB cuando solo se dispone de cantida-
des muy pequeiias de prot~ 0 peptidos para el analisis.
CH 3 CH 3 CH 3 CH 3
~~~
yV yv + HCI
o=s=o O=S=O
I I
CI NH-CH-C0 2 H
I
R
Cloruro de dansilo Oerivado dansil aminoacido
Tanto el FDNB como el cioruro de dansilo permiten determinar unicamente el

aminoacido del grupo amino terminal. La reaccion bien conocida de los isotiociana-
tos con las aminas fue modificada ingeniosamente por Per Edman para degradar
una cadena polipeptfdica en cicios, liberando un derivado del siguiente residuo de
aminoacido del grupo amino terminal en cada cicio sin degradar la cadena polipep-
tfdica restante. En el recuadro 3.C se describe un instrumento automatizado que
lleva a cabo estos cicios bajo el control de la maquina con tal eficiencia y precision
que se ha podido determinar la secuencia de mas de 60 residuos de aminoacidos
del grupo amino terminal en un solo analisis. Por supuesto, la mayorfa de las protef-
nas tienen mas de 60 residuos de aminmicidos y muchos de los analisis automatiza-
dos solo permiten determinar menos de 60 residuos. Para obtener toda la secuencia
de aminoacidos de una cadena polipeptfdica, es necesario cortar la cadena en resi-
duos especificos para obtener fragmentos especificos que sean apropiados para rea-
lizar la determinacion automatizada de la secuencia de aminoacidos. Cortar en
diferentes puntos con diferentes reactivos crea grupos de fragmentos que se trasla-
pan. A partir de la secuencia de aminoacidos de dos grupos de fragmentos que se
traslapan, el investigador es capaz de deducir toda la secuencia de aminoacidos de
la cadena polipeptfdica. Enseguida, se describen dos de los diversos procedimientos
que se han desarrollado para obtener grupos de peptidos grandes a partir de un poli-
peptido.
RECUADRO 3.C DETERMINACION AUTOMATIZADA DE LA SECUENCIA

DE AMINOACIDOS DE PROTEiNAS Y PEPTIDOS
Edman obtuvo derivados de los grupos amino de las protefnas con fenilisotiocianato conocido como reactive de
Edman. Los grupos ex-amino y 8-amino (de residuos de lisina) reaccionan con este reactive para formar
Caracteristicas quimicas de los amin06cidos y de 10 cadena polipeptidica 91
los derivados de feniltiocarbamoilo. Sin embargo, s610 los derivados a-amino son capaces de sufrir una
reacci6n de ciclizaci6n que permite la separaci6n e identificaci6n repetidas de los residuos de amino:kidos
a partir del grupo amino terminal de una protefna 0 peptido. La serie de reacciones se muestra mas adelante.
La primera etapa es la reacci6n de acoplamiento. Un ataque nucleofflico de los grupos amino de la protef-
na sobre el fenilisotiocianato genera el feniltiocarbamoilo derivado. En presencia de acido anhidro, el de-
rivado a-amino interviene en una reacci6n de ciclizaci6n que rompe el enlace peptfdico y expone el segundo
aminoacido de la cadena polipeptfdica como nuevo residuo amino terminal. El derivado cfclico se separa
del polipeptido y se convierte en el derivado de feniltiohidantofna del aminoacido mediante incubaci6n
en acido acuoso. La identidad de este "PTH-aminoacido" se determina mediante cromatograffa. EI poli-
peptido, ahora con un residuo de aminoacido menos, se somete de nuevo a la reacci6n de acoplamiento, y
el amilisis continua.
De suma importancia para la fase de ciclizaci6n es el usa de acido anhidro. Si dicha etapa ocurriera en
presencia de agua, tendrfa lugar la hidr6lisis de los enlaces peptfdicos catalizada por acido. EI acido debe
mantenerse tan seco que incluso los grupos carboxamido de la asparagina y la glutamina queden intactos.
R 0 R 0 R 0 R 0
,1" ,2" ,3" ,4" ...
Q
: : : ,. . I + H N-CH-C-NH-CH-C-NH-CH-C-NH-CH-C-
N
2
C
"
S
"
Fenilisoanhidro
0 \
'I
" -
'\
S R
,1"
0 R
,2"
NH-C-NH-CH-C-NH-CH-:-C-NH-CH-C-NH-CH-C- . . .
0
(Derivado de ien!ltlocarbamo!lo)
R
,3"
0 R4
'"
0
f/XOOH
Q
(anhidro)
NH
, o o o
HC-S + H N-CH-C-NH-CH-C-NH-CH-C- .. .
f \ 2 " " "
HN" / O=C
CH
,
R)
AI siguiente
cicio de reacci6n
Oerivado de ieniltiohidantofna
del aminoacido
amino terminal
92 Amino6cidos y proteinos
Cuando se lleva a cabo adecuadamente, la degradaci6n de Edman libera residuos de PTH-asparagina y

PTH-glutamina en los ciclos esperados.
Cuando se desarroll6 por vez primera, el procedimiento de Edman se llev6 a cabo manualmente como
un experimento ordinario. Hace casi 20 aiios se introdujeron aparatos y procedimientos para realizar la
determinaci6n automatizada de la secuencia de aminOlicidos . Desde entonces han aparecido muchos pro-
cedimientos y refinamientos aiternativos , con la mejora de metodologfas para una escala menor, mismos
que aumentan la eficiencia de los ciclos (" rendimiento repetitivo", la fracci6n de moleculas a partir de
las cuales el residuo amino terminal es liberado como el derivado de PTH en cada ciclo) y la capacidad
de analizar protefnas muy pequeiias 0 muy hidr6fobas que resistfan el amilisis en los primeros procedi-
mientos automatizados. Una m:iquina automatizada para determinar la secuencia de aminoacidos de pro-
tefnas y peptidos se conoce por 10 general como "secuenciador" 0 "secuenciador de protefnas".
EI secuenciador posee ventajas que van mas alla del ahorro de trabajo y la operaci6n puntual. Los procedi-
mientos de Edman tienen muchas etapas que 10s)1acen propensos a errores. EI secuenciador puede progra-
marse para llevar a cabo mas de 50 operacioneS por ciclo, todas ellas controladas por circuitos electr6nicos
confiables. En varios de los pasos deben excluirse rigurosamente el oxfgeno, el agua 0 ambos . Esto se
logra en dicho aparato utilizando una camara de reacci6n cerrada que puede llenarse de gas inerte. EI
control de la temperatura se lleva a cabo facilmente en dicho aparato automatizado.
En un secuenciador de "fase gaseosa" recientemente creado, la muestra se inmoviliza en una pelfcula

de polfmero cati6nico que se ha depositado en la matriz de un fiitro de fibra de vidrio de aproximadamente
12 rum de diametro. El disco de fibra de vidrio se monta en una camara de 0.05 ml de volumen con cone-
xi ones que permiten que los Jfquidos y gases sean forzados a traves del disco. EI fenilisotiocianato se intro-
duce en soluci6n de heptano, en la cualla protefna es insoluble. Despues de evaporar el heptano, el filtro
se expone no a la base Jfquida, sino a un vapor de trimetilamina y agua . De esta forma, la reacci6n de
acoplamiento ocurre sin que se corra el riesgo de que se pierda la protefna por su disoluci6n en la soluci6n
basica acuosa. Despues, se elimina el exceso de fenilisotiocianato con un chorro de heptano. La reacci6n
de ciclizaci6n ocurre a medida que el disco se expone a vapores de acido trifluoroacetico anhidro. EI deri-
vado de aminoacido fluye hacia un tuba colector de 0.3 ml en una corriente de disolvente organico. EI
disco se sec a despues y puede ya utilizarse en un segundo ciclo de acoplamiento. Estas y otras caracterfsti-
cas permiten llevar a cabo, en condiciones 6ptimas, 25 ciclos de analisis en 0.1 nmoles de protefna con
un rendimiento repetitivo de mas del 95 %. De esta manera pueden obtenerse datos de la secuencia de
aminoacidos con tan s610 5 p.g de una protefna de peso molecular de 50000.
3.6 .3 ROMPIMIENTO ESPECfFICO DE LAS CADENAS POLIPEPTfDICAS

El nombre general para una enzima que cataliza la hidr6lisis de las protefnas es el
de proteinasa. La tripsina, proteinasa pancrelitica de bovino, prefiere las cadenas
polipeptfdicas desdobladas (es decir, "desnaturalizadas") como sustratos y rompe-
d dichas cadenas en el lado del carboxilo de los residuos de lisina y arginina. De
esta forma, la degradaci6n completa del sustrato dani una serie de peptidos, los ' 'pep-
tidos trfpticos", que poseen residuos de lisina 0 arginina como extremos carboxilo
terminales, excepto en el caso del peptido que deriva del extremo carboxilo del po-
lipeptido original. Asimismo, pueden obtenerse lisina y arginina libres si los resi-
duos de estos aminoacidos se encuentran adyacentes en alguna 0 varias posiciones
en la secuencia. La abundancia de estos residuos de aminoacidos en las protefnas
es tal que los peptidos trfpticos tendran, en promedio, s6lo alrededor de ocho resi-
duos. Esto es muy poco para aprovechar la capacidad de una secuenciacion auto-
matizada. La ruptura solo en los residuos de arginina dani un promedio mas favora-
ble de casi 20 residuos por peptido y, por supuesto, reducira tambien el numero
de peptidos que deben purificarse y someterse al proceso automatizado de secuen-
ciacion.
Caracterfsticas qufmicas de los aminoacidos y de la cadena po/ipepfidica 93
La acilaci6n de los residuos de lisina restringe la ruptura por la tripsina a los
residuos de arginina. Un agente acilante util es el anhldrido maleico, cuya reacci6n
con un residuo de lisina se muestra a continuaci6n.
o
II
NH+
I 3
HN-C,,- coo-
CH 2
I
CH 2
CH=C'H
I I
CH 2 CH 2
I I
CH 2 CH 2
I I
CH 0 CH 0
I 2 II I 2 II
-NH-CH-C- -NH-CH-C-
EI grupo a-amino de la cadena polipeptida tambien es acilado por el anhf-

drido maleico. Sin embargo, el anhfdrido maleico es uno de los reactivos para
formar derivados de protefnas mas especffico; del mismo modo, su reacci6n con
olros residuos de aminoacidos puede mantenerse hasta niveles virtualmente inde-
tectables en condiciones controladas. Otra ventaja del anhfdrido maleico es que
su reacci6n es reversible en acido. Esto permite al investigador tratar con acido
un peptido purificado derivado de la degradacion de la protefna malelizada con
tripsina y hacer que sea atacado por esta enzima a nivel de los residuos de lisina
regenerados .
El rompimiento especffico de un polipeptido tambien puede llevarse a cabo quf-
micamente. El reactivo de rompimiento qufmico mas eficaz y mas ampliamente uti-
lizado es el bromuro de cian6geno, Br-C=N . El bromuro de cian6geno rompe
en el extremo carboxilo de los residuos de metionina. En promedio, la metionina
representa e14% 0 menos de los residuos de aminoacidos de las protefnas. De este
modo, los peptidos derivados del tratamiento con este reactivo deben tener, en pro-
medio, alrededor de 25 residuos. El bromuro de cian6geno reacciona con el grupo
tioeter de la metionina, alquilandola con un grupo ciano . El ion sulfonio reactivo
que se forma interviene en una serie de reacciones que implican simultaneamente
ciclizaci6n y rompimiento del enlace peptfdico. De esta manera, se obtiene un nuevo
grupo amino terminal que puede someterse al proceso automatizado de determi-
naci6n de la secuencia . EI nuevo extrema carboxilo es una lactona de homoserina.
(Una lactona es un ester cfclico de acido carboxflico .) La reacci6n completa es la
siguiente:
CH 3
I
S
I
CH 2
I
?H2 ~
-NH-CH-C-NH-CH-C-
f ~
+ BrC=N---
CH 2
C'H ' " R 0
I 2 /0 + I I
-NH-CH-C + H3 N-CH-C- + H3C-S-C=N + HBr
~
o
94 Amino6cidos y proteinas
3.7 OliGOPEPTIDOS BIOLOGICAMENTE ACTIVOS

Un oligopeptido, como ya se defini6 en la secci6n 3.6, es simplemente un polipepti-
do corto. Esta formado por un pequeno numero de aminoacidos, a veces expresado
arbitrariamente como diez 0 menos residuos, unidos por enlaces peptfdicos . Dos
aminoacidos unidos por un enlace peptfdico forman un dipeptido; un peptido que
contiene tres aminoacidos es un tripeptido, y asf sucesivamente. En ocasiones, el
termino oligopeptido es sustituido por el de "peptido". En este capftulo se estudia
una propiedad qufmica de los peptidos y despues la estructura de algunos peptidos
biol6gicamente activos.
Al igual que un a -aminoacido, un peptido tiene un grupo a-amino y un grupo
a -carboxilo. Es interesante destacar los cambios en los valores del pKa de estos gru-
pos que ocurren cuando se incorporan residuos de aminoacidos a un oligopeptido.
De esta manera, en peptidos pequenos, el grupo a-carboxilo tiene por 10 general
un pKa en el intervalod~a 4, 10 que indica que es menos acido que el grupo a-
carboxilo de un aminoacido libre (pKa entre 1.7 Y 2.4). En un peptido, el grupo
a -carboxilo ya no presenta un grupo a-amino proton ado en su vecindad inmediata,
10 que hace mas diffcil eliminar un proton del grupo carboxilo. De esta forma, el
grupo a -carboxilo se convierte en un acido mas debil. De manera similar, el grupo
a-amino de un peptido se convierte en una base debil, con un pKa dentro de los
Ifmites de 7.5 a 8.5. Estos valores estan fuera del intervalo de 9 a 11 observado
en los grupos a -amino de los aminoacidos libres.
Los peptidos funcionan como hormonas, antibi6ticos, toxinas e intermediarios
metab6licos. Un ejemplo de peptido metab6licamente importante es el glutati6n. El
glutati6n es un tripeptido que se encuentra en todas partes en la naturaleza y que
en los mamfferos es necesario para evitar el dana oxidativo de los eritrocitos. Posee
una estructura que difiere de la de un peptido estandar y que se utiliza para i1ustrar
el procedimiento empleado para nombrar un peptido simple (estructura 3.4). El nom-
bre qufmico del glutati6n es ,),-glutamilcisteinilglicina. El sufijo -il denota un resi-
duo de aminoacido cuyo grupo carboxilo se une en forma de enlace peptfdico al
grupo amino del siguiente aminoacido del peptido . En el caso de peptidos que con-
tienen acido glutamico (0 aspartico), debe identificarse el grupo carboxilo que in-
terviene en el enlace peptfdico. En el glutati6n, es el grupo ,),-carboxilo el que se
une en el enlace peptfdico. Es evidente que la anterior es una situaci6n poco co-
rriente, ya que cuando el acido glutamico (0 aspartico) forma parte de las protefnas,
es el grupo a-carboxilo el que interviene en el enlace peptfdico. Cuando no se anota
el prefijo, se sobreentiende que se trata de un enlace a.
o 0
II II
HOOC-CH-CH -CH -C-NH-CH-C-NH-CH -COOH
I 2 2 I 2
NH 2 CH 2
I .
SH
'Y-Glutaminilcisteinilglicina
(Glutati6n)
ESTRUCTURA 3.4
Oligopeptidos biologicamente activos 95
Un grupo muy importante de peptidos que se encuentran naturalmente es el de
las hormonas peptfdicas, mismas que efectuan la comunicacion intercelular y entre
los organos. Asimismo, se conocen decenas de grupos de hormonas peptfdicas. La
vasopresina y la oxitocina son nonapeptidos que se forman en la glandula pituitaria
y pueden asumir una estructura cfc1ica formando puentes disulfuro entre la cistefna
amino terminal y una cistefna del interior del peptido. Siete de los nueve aminoaci-
dos de los dos peptidos son identicos. Sin embargo, los efectos fisiologicos son bas-
tante distintos. La oxitocina causa la contraccion del musculo liso, mientras que la
vasopresina aumenta la presion sangufnea al constreiiir los vasos sangufneos peri fe-
ricos. A continuacion se da la estructura de estas hormonas peptfdicas. Resulta de
gran utilidad que el estudiante identifique el grupo amino terminal y siga el curso
de las cadenas peptfdicas de dichas hormonas. Notese que el grupo carboxilo termi-
nal de estos peptidos es la amida de la glicina. La amidacion del grupo carboxilo
terminal es casi desconocida entre las protefnas, pero ocurre con frecuencia en los
peptidos que existen naturalmente. La proteccion contra el efecto de las proteinasas
del tipo de la carboxipeptidasa es una funcion posible. La insulina, producida por
el pancreas, es una hormona que consta de dos cadenas polipeptfdicas que contienen
un total de 51 residuos de aminoacidos. La sfntesis de las hormonas peptfdicas men-
cionadas en este parrafo se realiza mediante prote6lisis de precursores polipeptidos,
como se discute en las secciones 3. 15 Y 20. 12.
Varios antibioticos son peptidos de estructura comparativamente simple y se sinte-
tizan mediante mecanismos que difieren de los de la sfntesis de protefnas. La grami-
cidina (estructura 3.3) y tirocidina son ejemplos de dichos compuestos. La biosfntesis
de la gramicidina se estudia en el capftulo 20. La penicilina, otro antibiotico, po see
los residuos de aminoacidos valina y cistefna, pero estos no esmn unidos por enla-
ces peptfdicos. En su lugar, se encuentra un anillo de azufre y una estructura anular
tensa de cuatro miembros.
Los peptidos sinteticos tambien muestran actividad biologica. Un ejemplo particu-
larmente simple es el edulcorante artificial Aspartame. El Aspartame es el L-
aspartil-L-fenilalanil-metil ester. Es aproximadamente 200 veces mas dulce que la
sacarosa y se considera que carece del sabor desagradable asociado con otros edul-
corantes artificiales .
Hoy en dfa, es posible sintetizar peptidos con fines de investigacion (recuadro
3.D) . Estos se emplean en estudios sobre actividad hormonal, como sustratos de
enzimas y como "inmunogenos", substancias capaces de inducir la formacion de
anti cuerpos cuando se inyectan en animales (veanse las secciones 3. 11 y 22.1). A
veces, se han podido determinar porciones de la estructura de una protefna rara me-
diante el analisis de su gene 0 por analisis de microsecuencia (recuadro 3.C), pero
las cantidades existentes de la protefna no permiten la induccion de anticuerpos. Con
frecuencia, un peptido sintetico que corresponde a la region carboxilo terminal de
la protefna 0 a las porciones hidrofilas de la cadena polipeptfdica inducira los anti-
cuerpos deseados. Por 10 general, el peptido sintetico se conjuga con una protefna
como la albumina serica para aumentar la eficiencia de la produccion de anticuerpos.
Penicilina G
(Bencil penicil ina)
C6 H 4 0H C6 HS
I I
NH2 0 CH 2 0 CH 2
I II I II I
CH -c-CH- C-NH-CH - C- NH - CH
I 2 I
s c= o
I I
s 0 0 NH
I II II I
CH2-C H- NH-C- 9H-NH-C-C H- (CH2)2- CONH2
CH 2
I
CONH 2
C=O
o 0
CH 2 -N" II II
CH - C-NH - CH-C-NH-CH - CONH
I / I 2 2
CH 2- CH 2 CH NH
I 2 II
CH2 - CH2- NH - C-NH2
Vasopresina
10 9 8 7 6
Tirocidina
Formos que osumen los proteinos 97
3.8 FORMAS QUE ASUMEN LAS PROTEiNAS

Hasta este punto, las protefnas se han estudiado principalmente en terminos de su
estructura covalente, la cadena polipeptida. La esencia de la funcion de una protef-
na, asf como la diversidad de funciones que desempefian las protefnas, reside en
su capacidad para poner en contacto de manera tridimensional residuos de aminoa-
cidos que se encuentran alejados a 10 largo de la cadena peptfdica. Las protefnas
no solo tienen una estructura co valente definida, determinada por el orden de los
aminoacidos a 10 largo de la cadena polipeptida, sino tambien una estructura tridi-
mensional definida. Como se sefiala en la seccion 3.15, la estructura tridimensional
de las protefnas tambien es determinada principalmente por la secuencia de los resi-
RECUADRO 3.0 SiNTESIS DE UN POLIPEPTIDO SOBRE UN SOPORTE SOLIDO
La sfntesis qllfmica de lin polipeptido es lin estlldio relacionado con el uso de grupos protectores. Los
grupos protectores deben utilizarse no solo para bloquear las cadenas laterales de aminoacidos reactivos
como las de lisina, cistefna y tirosina , sino tambien para dirigir la adicion ordenada de residuos aminoaci-
dos. Dichos grupos seiialan que deben emplearse varios pasos y metodos de purificacion qufmicos para
cada nuevo residuo de aminoacido introducido. En tal caso, se obtienen grandes beneficios del uso de
un soporte solido insoluble para la cadena polipeptfdica incipiente .
Al final de este recuadro se encuentra un esquema para la sfntesis qufmica de una cadena polipeptfdica.
EI procedimiento consiste en aiiadir un residuo de aminoacido, con su grupo amino bloqueado y su grupo
carboxilo activado, al grupo amino de un peptido 0 residuo de aminoacido que este unido a un poifmero
por el extrema carboxilo . Esta reaccion fundamental, que en el cuadro corresponde ala segunda reaccion
y se localiza en la parte central del esquema, hace que la cadena polipeptfdica crezca, en un residuo por
cicio, desde su extrema carboxilo terminal hacia su grupo amino terminal.
EI aminoacido que sera el residuo carboxilo terminal del polipeptido final entra a la reaccion unido al
polfmero mediante un enlace ester. EI siglliente aminoacido entra a la reaccion como derivado de amid a
"t-BOC" del polipeptido. EI grupo t-BOC, abreviatura del nombre qufmico "butil-oxicarbonil-terciario",
es (CH 3 hC-O- (CO)- . EI derivado t-BOC del aminoacido reacciona con la diciclohexilcarbodiimida
(DCC) en una solucion de dimetilformamida para dar un ester activo. Elste reacciona con el grupo amino
del peptido 0 aminoacido ligado al polfmero, tambien en dimetilformamida, para dar el compuesto muy
estable diciclohexil urea y el peptido con un nuevo enlace peptfdico. Los procesos de activacion y acopla-
miento ocurren en una sola etapa experimental, 10 que simplifica la sfntesis.
La incubacion de la resina con una sol ucion de HCI en acido acetico anhidro elimina al grupo t-BOC sin
hidrolizar al enlace ester con el poifmero de soporte. La purificacion subsecuente del peptido intermedia-
rio se logra sencillamente lavando las esferas del polfmero con los disolventes apropiados . EI polfmero
queda entonces !isto para incubarse junto con el derivado de t-BOC del siguiente aminoacido que va a
aiiadirse, en una solucion de DCC y formamida. Obviamente, los grupos protectores que se utilicen para
los grupos R de los aminoacidos deben tener la capacidad de resistir ·muchos ciclos de exposicion a las
condiciones utilizadas para el acoplamiento y liberacion subsecuente del grupo t-BOC. Para separar el
peptido de la resina y todos los grupos protectores del grupo R, se emplea otra serie de condiciones .
Las etapas que se acaban de describir se han automatizado utilizando valvulas y circuitos electronicos para
introducir una solucion tras otra en un recipiente de reaccion que contiene las esferas de poifmero. En
general, la mayor parte de la sfntesis qufmica de peptidos se !leva a cabo a traves de procedimientos auto-
matizados.
CH 3 0
I II
CH -C-O-C-NH-
3 I H-COOH + Q-N=C=N-Q
CH 3 Diciclohexilcarbo-
diimida
Demetil-
formamida
u-'!
R 0
In II ~
H2N-CH-C-O-CH 2 polrmero
Dimetilformamida
CH 3 0 ORO
. I II II In II . ~
CH -C-O-C-NH- -C-NH-CH-C-O-CH2~ polrmero
3 I
CH 3
Diciclohexilurea
oII Rn
I 0II
H-C-NH-CH-C-O-CH 2
-01
~
-
j polrmero
duos de aminOlicidos. La estabilidad de estas estructuras tridimensionales es el re-

sultado de enlaces no covalentes (seccionese 3.11 y 3.12). La posicion que guardan
los grupos funcionales reactivos respecto de otros en un ambiente de polaridad con-
trolada permite que las proteinas se unan especificamente a otras moleculas para
transformarse en catalizadores y llevar a cabo otras funciones.
La forma general de la mayoria de las proteinas es globular, 10 que significa que
son aproximadamente esfericas. La tecnica conocida como cristalograffa de rayos X
Formos que osumen los proteinos 99
proporciona infonnaci6n sobre la estructura tridimensional de las proteinas glo-
bulares y otras macromoleculas que pueden cristalizarse 0 disponerse de otra manera
en secuencias ordenadas. Este metoda complejo y laborioso ha revelado la estructu-
ra tridimensional de varias decenas de protefnas globulares con resoluci6n suficiente
como para poder localizar todos los ,!tomos no prot6nicos. A partir de los resulta-
dos obtenidos con la cristalograffa de rayos X, asf como de otros datos, parece ser
que el interior de una protefna globular esta tan atestado de residuos de aminoacidos
como aminoacidos hay en los cristales de estos.
Casi el 75 % del espacio interior libre queda comprendido dentro de las superfi-
cies en las que se espera haya contacto entre los atomos no unidos de los residuos
de aminoacidos. El 25 % restante del volumen interior esta subdividido en espacios
que, con pocas excepciones, son demasiado pequeiios para acomodar una molecula
de agua. EI disolvente en el que la protefna globular se disuelve parece penetrar
en la mayorfa de los casos s610 una corta distancia desde la superficie de la protefna.
Dado que la mayorfa de las cadenas laterales de aminoacidos son no polares, el
interior de la molecula de protefna es predominantemente apolar. En realidad, la
polaridad de un residuo aminoacido es un buen indicador de su localizaci6n en
la estructura tridimensional de la molecula, con los aminoacidos pol ares limitados
principalmente al exterior. Cuando la cadena lateral de un aminoacido polar se 10-
caliza en el interior de una protefna, debe tenerse en mente la posibilidad de una
importancia funcional. La presencia de cadenas laterales de aminoacidos hidr6fobos
en la superficie de una protefna puede indicar su uni6n con lfpidos u otras substancias
hidrOfobas, quiza en una membrana 0 en la superficie de otra protefna.
No todas las protefnas son globulares. Un grupo importante de proteinas fibro-
sas es el de las queratinas, que son los principales componentes del pelo, picos,
uiias y garras, escamas, astas, pezuiias y lana. Las colagenas de la piel, cartflago y
hueso, ya mencionadas en la secci6n 3.4, son tambien protefnas fibrosas y casi el
6% de su masa y hasta una tercera parte del contenido total de protefnas . Las cola-
genas son glicoprotefnas compuestas principalmente de glicina, prolina, hidroxiprolina
y alanina. Asimismo, las colagenas forman una triple helice (figura 3.4 y secci6n
3.10) y estan unidas por enlaces transversales que dan como resultado un material
rfgido e inextensible. La seda y las protefnas contractiles tropomiosina y paramiosi-
na son otros ejemplos de protefnas fibrosas.
Algunas protefnas no son ni globulares ni fibrosas. La miosina, una protefna del
musculo que funciona tambien en algunos sistemas no contnictiles, es una de las
protefnas mas grandes que se conocen, ya que posee mas de 1700 residuos de ami-
noacidos en su cadena polipeptfdica. La miosina no es una protefna fibrosa. Sin em-
FIGURA 3 .4 Trip le helice de la colagena. Cada cadena fo rma

una helice "izquierda" extendida . Las tres cadenas se entrelazan
formando una heli ce con giro a la derecha. EI curso de una de
elias se indica mediante la linea discontinua.
100 Aminoocidos y protein as
bargo, es mucho menos compacta que una protefna globular y parece asumir una
conformacion extend ida en solucion.
Los grupos amino y carboxilo terminales de la cadena polipeptfdica y las cade-
nas laterales de aminoacidos ionizables tienen el potencial de contribuir a la carga
total de una proteina en solucion y de participar en las funciones de la protefna.
Una de las consecuencias del plegamiento especffico de una cadena polipeptfdica
es que los val ores del pKa de estos grupos funcionales de las protefnas suelen des-
viarse significativamente de los valores observados para los aminoacidos libres. En
la seccion anterior se sefialaron las diferencias de pKa que ocurren cuando los gru-
pos a-amino a-carboxilo 0 ambos corresponden a peptidos, en vez de a aminoacidos
libres. Un factor de mayor importancia todavfa para determinar los valores de pKa
de grupos terminales y cadenas laterales, especialmente con respecto a la funcion de
una protefna, es el nuevo ambiente que encuentra un residuo de aminoacido cuando
se incorpora a una proteina plegada. En un ambiente hidrOfobo en el interior de
una protefna, e incluso cerca.de-su superficie, la ionizacion ocurre con menos facili-
dad, y los valores del pKa varfan con respecto a sus valores en solucion libre. Asi-
mismo, varios grupos ionizables muy proximos entre sf influiran mutuamente sobre
los valores de pKa tanto en ambientes polares como no polares. Los valores del
pKa de los grupos carboxilo (a, (3 y 1') de las protefnas caen por 10 general dentro
de la escala de 2 a 5.5. Las ionizaciones de los residuos de tirosina e histidina de
las protefnas son sujeto de estudio especial debido a que pueden detectarse me-
diante tecnicas espectroscopicas. Se ha observado que los grupos hidroxilo de la
tirosina tienen valores de pKa de 9 a 12 y los grupos imidazol de la histidina valores
de 5 a 8.
La desviacion de los valores del pKa de los valores encontrados para los ami-
noacidos lib res indica que el ambiente existente en el interior de una protefna puede
tener un poderoso efecto sobre la reactividad de los grupos funcionales de las cadenas
laterales. Del mismo modo, residuos de aminoacidos especfficos de moleculas de
proteina participan en reacciones quimicas que los aminoacidos libres presentan solo
en grado limitado 0 indetectable. Par ejemplo, los residuos individuales de serina
y cisteina de ciertas proteinasas forman esteres y tioesteres, respectivamente, con
los extremos carboxilo de los peptidos durante la accion de la proteinasa, como se
indica en la seccion 4.5. En el caso de los aminoacidos libres en solucion, el equili-
brio de dicha reaccion de esterificacion se encuentra con mucho hacia el lado de
la hidrolisis: alcohol 0 sulfhidrilo libres y acido carboxflico libre, 10 que indica que
las condiciones dentro de la molecula de protefna deben ser muy distintas de las
condiciones en soluci6n.
La histidina, con su solitario par de electrones en el nitrogeno del anillo, suele
funcionar como un catalizador acido-base eficiente, una propiedad que apenas se
manifiesta en la condicion de aminoacido libre. La histidina funciona tambien como
ligante de metales en las proteinas que contienen hierro, hemoglobina y citocromo
c. Como se describio en la seccion 3.4, el nitrogeno N-l del anillo de imidazol
de la histidina puede fosforilarse para formar un enlace N-P de alta energia, como
ocurre en algunas proteinas de transporte (vease la seccion 8.12). La lis ina interviene
estrechamente en la union del fosfato de piridoxal, acido lipoico y biotina (v ease el
capitulo 1) y, al igual que la serina y la histidina, es el componente del sitio activo
de ciertas enzimas, como la aldolasa del musculo. Otros aminoacidos que se sabe
presentan reactividades poco comunes cuando participan en la funcion de una pro-
teina son los acidos aspartico y glutamico, la arginina, tirosina y metionina y los
grupos amino y carboxilo terminales.
Carga ianica de las moleculas de proteina 101
3.9 CARGA IONICA DE LAS MOLECULA"S DE PROTEiNA
Puesto que una proteina puede tener residuos de aminmicidos ionizados cargados
tanto positiva como negativamente, la carga neta de una proteina puede ser negativa
o positiva. 0 bien puede ocurrir que la proteina carezca de carga neta, dependiendo
de los valores del pKa de los grupos implicados y el pH de la soluci6n . El pH al
cual la proteina carece de carga electrica neta se denomina punto isoelectrico, 0
pI. En soluciones con un pH superior al punto isoelectrico, la protefna tendni una
carga negativa neta; a un pH menor, estani cargada positivamente. Mayor numero
de proteinas tienen valores de pI menores de 7 que mayores de este valor, de manera
que la mayoria de ellas estan cargadas negativamente a un pH neutro. Una tecnica
que aprovecha la carga i6nica de una molecula de proteina es la el~ctroforesis, que
se describe en el recuadro 3.E.
RECUADRO 3.E ELECTROFORESIS DE PROTEiNAS EN GEL

DE POLIACRILAMIDA
Es posible que los bioqufmicos analicen las protefnas con mas frecuencia mediante la electroforesis en
gel de poliacrilamida que con cualquier otra tecnica individual. Este procedimiento es tan comtin que mu-
chas veces se utilizan las siglas PAGE (del ingles polyacrylamide gel electrophoresis; electroforesis en
gel de poliacrilamida) sin hacer una definici6n previa (iun procedimiento que no es recomendable!). La
PAGE requiere un equipo sencillo y reactivos relativamente de poco costo, pero proporciona una resolu-
ci6n notable de mezclas complejas. Fundamentalmente, es un metoda analftico, pero la PAGE preparato-
ria se emplea para purificar pequefias muestras, por ejemplo, para el analisis de aminoacidos (recuadro
3.B) y la determinaci6n parcial de la secuencia de aminoacidos de una protefna (recuadro 3.C) . La PAGE
se utiliza tan ampliamente y con frecuencia se entiende de manera tan incompleta que es menester ocupar
aquf el espacio necesario para dar algunos de sus detalles y su fundamento te6rico.
La electroforesis es la migraci6n de moleculas cargadas en soluci6n a causa de la influencia de un campo

electrico aplicado externamente. En la electroforesis en gel de poliacrilamida, las moleculas que se estan
analizando migran en un campo electrico que se aplica sobre la soluci6n acuosa que queda atrapada en
la matriz del gel. La acrilamida y la metilen-bis-acrilamida son los compuestos a partir de los cuales se
polimeriza un gel de poliacrilamida.
NH2
I
CH 2=CH-C=O
Acri lamida
NH-CH -NH
I 2 I
CH 2=CH-C=O O=C-CH=CH 2
Metilen·bis·acrilamida
La acrilamida y concentraciones bajas de metilen-bis-acrilamida se disuelven en la soluci6n amortiguada

en la cual tendra lugar la electroforesis. Los compuestos que se descomponen en radicales libres inician
la reacci6n de polimerizaci6n, la cual produce cadenas largas de poliacrilamida que se unen transversal-
mente a traves de la introducci6n ocasional en la cadena de residuos de metilen-bis-acrilamida en lugar
de residuos de acrilamida.
102 Amino6cidos y prote /nos
NH2
I
c= o
Las cadenas lineales de poliacrilamida, no unidas por enlaces transversales, producen una soluci6n visco-
sa. La uni6n de estas cadenas mediante enlaces transversales a causa de la incorporaci6n de residuos de
metilen-bis-acrilamida hace que todas las cadenas existentes en la soluci6n formen parte de un numero
muy pequeno de moleculas 0 de una sola moIecula. Estas moleculas ramificadas muy grandes y la soluci6n
acuosa que atrapan constituyen el gel de pOI~rilamida claro y ehistico.
En un experimento de electroforesis en gel, el gel de poliacrilamida tiene dos importantes funciones: esta-
bilizar el sistema ante el efecto de las perturbaciones convectivas y formar poros, es decir, vfas de acceso,
a traves del gel. EI flujo de corriente electrica durante la electroforesis genera calor, el cual se disipa mas
rapidamente en los margenes que en el interior de la soluci6n. Los gradientes de temperatura generados
por la disipaci6n irregular del calor causaran convecci6n en una soluci6n que no sea un gel. Un gel virtual-
mente elimina la mezcla por convecci6n. En la segunda funci6n del gel, los poros retardan mas el movi-
miento de las moleculas grandes que el de las moleculas pequenas.
Existen varios geles que son adecuados para realizar experimentos de electroforesis estabilizada, pero en
general s610 los de poliacrilamida y agarosa (recuadro 6.C) se utili zan ampliamente. Los poros de los
genes de agarosa son por 10 general mas grandes que los de los geles de poliacrilamida, de aquf que
los geles de agarosa se utilicen para la electroforesis de acidos nucleicos y de las protefnas de mayor tama-
no. Las ventajas del gel de poliacrilamida incluyen la matriz hidrofflica (debida a los grupos carboximido)
y, para una determinada concentraci6n de gel, la distribuci6n al parecer uniforme de tamanos de poro
en todo el gel.
En el esquema que se muestra a continuaci6n se observa la ubicaci6n del gel y los recipientes de los elec-
trodos en un experimento tfpico de electroforesis en gel. EI espesor del gel va de una fracci6n de milfmetro
a varios milfmetros y es polimerizado entre dos placas de vidrio. De esta forma, el gel esta Iimitado al
frente y por detras por placas de vidrio, que se mantienen separadas a una distancia uniforme por "separa-
dores" que definen tambien los lfmites del gel. Las placas de vidrio y los separadores se encuentran
conectados a los reservorios superior e inferior de tal forma que el gel esta en contacto con la soluci6n
amortiguadora de los recipientes.
Cada electrodo, generalmente un alambre de platino, facilita una reacci6n de electr6lisis en el reclplente
correspondiente. Cuando el sistema se conecta a una fuente de corriente directa, se Iibera oxfgeno en el
anodo (electrodo positivo) e hidr6geno en el catodo. EI voltaje aplicado es en general de 50 a algunos
cientos de voltios, dependiendo del gel y de las sustancias amortiguadoras utilizadas. Los electrodos y
las reacciones electr6dicas sirven para convertir el flujo de electrones proveniente de la fuente de energfa
en un flujo de iones en los recipientes y el gel. EI calor generado en el gel por el flujo de la corriente
irradia rapidamente a traves del vidrio debido a su gran area superficial y porque el gel tiene poco espesor.
La gran eficiencia de la PAGE no s610 se debe a las propiedades del gel de poliacrilamida, sino tambien
a la disposici6n especial de los geles y las soluciones amortiguadoras . Como se muestra en la figura,
en realidad se utilizan dos geles: un "gel de desplazamiento" que esta en la parte de ahajo y en contacto
con un " gel de hacinamiento" . EI gel de hacinamiento tiene "pozos 0 cavidades", que son depresiones
rectangulares de unos pocos milfmetros de ancho y que se mantienen en su sitio cuando el gel es vertido.
Cargo ionica de las moleculas de protefna 103
Catodo
hacinamiento
tris-HCI, pH 6.7
Gel de
desplazamiento
tris-HCI, pH 8.9
Dicho gel se vierte solo poco antes de la electroforesis a fin de evitar la difusion excesiva de las sustancias
amortiguadoras entre los geles de hacinamiento y de desplazamiento.
EI sistema mostrado es adecuado para proteinas anionicas con valores de pI menores de 6. Las tres subs-
tancias amortiguadoras de este sistema son el amortiguador del gel de desplazamiento de pH 8.9, el amor-
tiguador del gel de hacinamiento de pH 6.7 y el amortiguador del electrodo superior. Las muestras que
van a analizarse son soluciones de proteina y sacarosa 0 glicerol preparadas en el amortiguador del gel
de hacinamiento. Las muestras se aplican con una pipeta fina en las depresiones del gel de hacinamiento.
La solucion de la muestra desplaza de la depresion al amortiguador del electrodo superior y permanece
en el fonda de la cavidad ya que posee una densidad mayor a causa del glicerol 0 de la sacarosa.
Una vez que las muestras estan en las cavidades y se conecta la fuente de potencia y se aplica el voltaje,
la combinacion de los dos geles y las tres soluciones amortiguadoras causa un efecto sorprendente. Con-
forme las protefnas anionicas descienden en el gel de hacinamiento, alcanzan una concentracion mayor
que cuando estuvieron en la solucion de la muestra. Puede esperarse que una proteina aplicada como una
solucion de 0.1 mg/rn1 con una altura de liquido de varios rum se concentre hasta algunas decimas de
mg/ml, 10 cual corresponde a una zona de apenas 0 .02 rum de espesor en direccion vertical sobre el gel.
i,Que hace que las protefnas se concentren en mayor grado? EI efecto se atribuye en parte al retraso en
la velocidad de migracion de la proteina a medida que las moleculas de esta llegan al gel de hacinamiento .
Sin embargo, el efecto mas importante se deriva del valor del pH del gel de hacinamiento y la composicion
de las soluciones amortiguadoras del electrodo superior y de dicho gel. A continuacion se da una razon
que explica la accion de dichas soluciones.
Un sistema disefiado para analizar protefnas anionicas general mente solo tendra un cation en las solucio-
nes, cation que forma parte del sistema amortiguador. En el presente ejemplo, el cation es la forma protonada
de la alquil amina "Tris" . El nombre Tris deriva del compuesto "Tris-hidroximetilaminometano" , desig-
nado mas sistematicamente como 2-amino-2-hidroximetil-propano-1 ,3-diol. El pKa del Tris a la tempe-
ratura ambiente es de casi 8.1, de modo que amortiguara eficazmente al gel de desplazamiento. El efecto
amortiguador del gel de hacinamiento (pH 6.7) y de las soluciones de muestra sera menos eficaz (secci6n
1.14) . Evidentemente, la forma protonada del Tris ascendera hacia el catodo en el sistema ilustrado.
El sistema tiene dos aniones: cloruro y glicinato (el ani6n carboxilato, forn.a amina no protonada de la
glicina, vease el recuadro 3.A). Los iones cloruro presentan una mayor movilidad (velocidad de migra-
ci6n hacia el anodo por unidad de campo electrico) que los iones glicinato . La soluci6n amortiguadora
del electrodo superior de Tris-glicina (que, en efecto, contiene aniones de glicinato y cationes de Tris
protonados) funciona como un generador de io~ glicinato. Los iones glicinato, en rapido equilibrio con
la glicina zwitteri6nica, descienden en el gel de Ilacinamiento y por ultimo en el gel de desplazamiento,
siguiendo a los iones cloruro hacia el anodo. En el gel de hacinamiento de pH 6.7, la mayoria de los anio-
nes glicinato son protonados para formar zwitteriones de glicina . Estos carecen de carga neta y por 10
tanto no migran en el campo electrico. De esta manera, la movilidad real de la mezcla de glicina y glicina-
to es muy pequeiia. En el gel de hacinamiento, las proteinas ani6nicas de la muestra presentan movilidades
intermedias entre las de los iones cloruro y las del par glicina-glicinato. Dado que la corriente i6nica debe
ser uniforme en todo el gel, el resultado es que los iones cloruro son seguidos por las proteinas y estas
a su vez son seguidas por la mezcla de glicina y glicinato. La gran diferencia que existe entre las movilida-
des de los iones cloruro y el par gliciria-glicinato hace que las protefnas queden atrapadas en una zona
muy estrecha.
Un cambio radical ocurre cuando la zona estrecha de proteinas y el componente arrastrado de glicina y
glicinato llegan hasta el gel de desplazamiento de pH 8.9, el cual por razones complejas aumenta en reali-
dad hasta alcanzar un pH de casi 9.3. A este pH, se forma una proporci6n mucho mayor de aniones glici-
nato, 10 cua! puede verificar el estudiante utilizando la ecuaci6n de Henderson-Hasselbalch (secci6n 1.11). El
nuevo par de glicina y glicinato muestra una movilidad superior a la de las protefnas ani6nicas, y las pro-
tefnas, en realidad, estan siendo retardadas aun mas por la mayor concentraci6n de la poliacrilamida en
el gel de desplazamiento, en comparaci6n con la menor concentraci6n del gel de hacinamiento. De esta
forma, las protefnas quedan detras de la zona interfacial entre los iones cloruro y el par de glicina y glicinato
y son liberadas de la condici6n de hacinamiento. Despues se separan en el gel de desplazarniento, siendo
determinadas sus movilidades por la combinaci6n de la carga negativa de la protefna y las dimensiones
de esta. Por supuesto, cuanto mas grande es la proteina, mayor es el grado en el que el gel de poliacrilami-
da retarda su movilidad.
Obviamente, el experimentador puede alterar las separaciones logradas en la PAGE ajustando la concen-
traci6n del gel de poliacrilamida y el pH del gel de desplazamiento. Cuando los iones glicinato han llegado
al fonda del gel, la fuente de potencia se desconecta y el gel se extrae del aparato. La inmersi6n del gel
en una soluci6n de colorante especffico de proteinas que no se une al gel de poliacrilamida revela la locali-
zaci6n de las zonas de proteina. A la derecha de la figura se representa una porci6n del gel teiiido. La
ubicaci6n de las zonas se determina mediante fotografia 0 midiendo las distancias desde la zona interfacial
que separa los dos tipos de gel.
Una de las caracterfsticas que Ie interesa determinar a un investigador en una

protefna recien descubierta es su masa. Cuando se logra determinar toda la secuen-
cia de aminoacidos, es po sible determinar el peso molecular exacto de la protefna
sumando los pesos de los residuos de aminoacidos componentes. Sin embargo, en
Carga ianica de las moleculas de protefna 105
general solo se cuenta con esta informacion en las ultimas etapas de caracterizaci6n
de la protefna. Es sorprendente que la tecrucll d~ electroforesis en gel de poliacrilamida
(recuadro 3.E), que depende de la carga de la molecula de protefna, proporcione
RECUADRO 3.F DETERMINACION DEL PESO MOLECULAR I)E

PROTEiNAS MEDIANTE ELECTROFORESIS EN GEL DE POLIACRILAMIDA
En el recuadro 3.E se describi6 c6mo se Ileva a cabo un experimento de electroforesis en gel de poliacrila-
mida (PAGE) y c6mo La carga y eL tamano de la molecula de protefna afectan la distancia que recorre
esta ultima. Dos variantes del procedimiento de PAGE les permiten a los bioqufmicos obtener informa-
ci6n sobre el tamaiio de una molecula de protefna 0 una cadena polipeptfdica independientemente de su
carga electrica. Ambos procedimientos requieren estimaciones reproducibles de las distancias que una de-
terminada zona de protefna ha recorrido a traves del gel. Es por esta raz6n que suele aiiadirse un "coloran-
te de rastreo" ala muestra de protefna. Por ejemplo, el colorante azul de bromofenilo tiene una movilidad
menor a la de los iones cloruro, pero mayor que la del componente de glicina y glicinato en todos los
valores de pH encontrados en el gel descrito en el recuadro 3.E. Por tanto, dicho colorante marcara los
Ifmites entre los iones cloruro y el par glicina-glicinato. La movilidad relativa 0 Rm de cualquier zona
de protefna se define como la relaci6n de dos distancias. Para calcularla, se divide la distancia que la zona de
protefna ha migrado desde la zona interfacial, entre los geles de hacinamiento y de desplazamiento, entre
la distancia que el colorante de rastreo ha recorrido desde dicha zona. Los val ores de Rm van de 0 a 1.
En la gnffica A se demuestra que el logaritmo de Rm para una protefna dada esta relacionado linea1mente
con la concentraci6n del gel. La pendiente y la intersecci6n de la Ifnea dependen del tamaiio y carga de
la protefna y, como consecuencia, seran en general distintas para diferentes protefnas. En realidad, en
el caso de muchas protefnas, la pendiente de dicha Ifnea (grafica A) es proporcional al peso molecular
de la proteina (grafica B). Este ultimo resultado depende de que las proteinas tengan una conformaci6n
similar, puesto que la concentraci6n del gel influye sobre la movilidad de la proteina de acuerdo a las
dimensiones y no ala masa de esta. S610 si las conformaciones de las protefnas son similares, las dimen-
siones de las diferentes moleculas de proteina estaran igualmente relacionadas con el peso molecular de
las mismas. Por fortuna, esta situaci6n es aplicable, cuando menos en una primera aproximaci6n, a la
mayorfa de las proteinas globulares (secci6n 3.8). Al analizar tanto "protefnas eShindar" de peso molecu-
lar conocido como protefnas de peso molecular desconocido que hayan sido seleccionadas adecuadamente
en el mismo grupo de geles, el investigador obtiene datos similares a los mostrados en las graficas A y
B Y puede estimar el peso molecular de las proteinas de peso molecular desconocido.
A partir de la grafica B, puede concluirse que las proteinas 1 y 2 tienen pesos moleculares similares. Si
con el sistema de PAGE se estan analizando proteinas ani6nicas, se concluye con base en la grafica A
que la protefna 1 tiene una carga ligeramente mas negativa que la proteina 2. Esta situaci6n es caracterfsti-
ca de las isoproteinas (isoenzimas si las protefnas son enzimas; vease la secci6n 4.12) . Las isoproteinas
son muy similares entre si en cuanto a tamaiio y estructura, pero pueden diferir en carga neta. Con fre-
cuencia, esto refleja genes distintos pero estrechamente relacionados que codifican para las proteinas, pero
tambien son posibles la modificaci6n diferencial de los residuos aminoacidos y varias otras explicaciones.
N6tese la relaci6n que existe entre las protefnas 3 y 4. La protefna 4 se comporta como si fuera mas peque-
iia, pero muestra una carga menos negativa que la protefna 3. EI analisis en un gel de poliacrilamida de
aproximadamente 9% no serfa suficiente para determinar estas dos protefnas, 10 cual subraya la importan-
cia de utilizar varias concentraciones de gel cuando se desee determinar la pureza de una preparaci6n de
protefna.
En la segunda variante de la tecnica de PAGE, con frecuencia abreviada "SDS-PAGE", las proteinas
de la muestra se calientan en una soluci6n del detergente dodecil sulfato de sodio (SDS), y este se incorpora
al gel para electroforesis y a los amortiguadores de los electrodos. El dodecil sulfato desnaturaliza las
proteinas y forma un complejo alargado unido no covalentemente con cada molecula de proteina. Al pare-
cer, el tamaiio del complejo esta determinado principalmente por la longitud de la cadena polipeptfdica
Grafica A Grafica B
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Concentraci6n de gel, en g/dl Peso molecular de la proteina (M)
que forma el nuc1eo del complejo. En estos complej~yIa relaci6n entre la masa del dodecil sulfato y la
de la protefna es mayor que 1 y en general varfa poco con la secuencia de aminOlicidos de la cadena poli-
peptfdica. EI resultado es que la carga negativa del complejo es determinada principalmente por el tamafio
de la cadena de la protefna.
Dado que la contribuci6n que hacen las cadenas laterales de aminoacidos a la carga de la molecula es
por 10 general insignificante en los complejos de dodecil sulfato y protefna, la relaci6n entre carga y masa
de dichos complejos es casi independiente del tamafio de la cadena polipeptfdica. Si estan libres en solu-
ci6n, dichos complejos mostrarfan movilidades electroforeticas similares. Sin embargo, en un gel, los
complejos grandes presentan un retraso significativamente mayor en sus movilidades que los complejos
pequefios; asimismo, las separaciones observadas en un experimento de SDS-PAGE dependen estricta-
mente del tamafio de la cadena polipeptfdica en el caso de muchas protefnas . En consecuencia, una simple
grafica de Rm contra el log de M para una sola concentraci6n de gel (grafica C) suele ser suficiente para
dar una estimaci6n del peso molecular de la cadena polipeptfdica.
Se ha determinado el peso molecular de un mayor numero de cadenas polipeptfdicas mediante el procedi-

miento de SDS-PAGE que con cualquier otro metodo. Aunque en general los resultados a1canzan una pre-
cisi6n de algunos miles en el caso de protefnas globulares solubles "tfpicas" de peso molecular de 15 000
o mas, las protefnas pequefias, glicoprotefnas y algunas otras protefnas migran "anormalmente", por 10
que dicho metodo, en efecto, da estimaciones err6neas del peso molecular de estas protefnas. Asimismo,
mediante la tecnica de SDS-PAGE no es posible estimar el peso molecular de una protefna que tenga mas
de una cadena polipeptfdica, a menos que se conozca el numero de cadenas de la protefna.
Grafica C
o
LogM
Plegamiento de las cadenas polipeptidas 107
asimismo informaci6n sobre el tamafio de una molecula de protefna. De hecho, dado

que es una tecnica sencilla y econ6mica, la electroforesis en gel se utiliza comun-
mente para determinar el peso molecular de una protefna, en particular en las etapas
preliminares de la caracterizaci6n de la misma. La metodologfa de dicha tecnica
se describe en el recuadro 3.F. Sin embargo, ellector debe tener en cuenta que los
pesos moleculares estimados a partir de la electro fore sis en gel son s6lo eso, esti-
maciones. Dichas estimaciones se basan en la comparaci6n de la movilidad de las
protefnas bajo estudio y otras protefnas de peso molecular conocido. La determina-
ci6n de la secuencia de aminoacidos y ciertos metodos ffsicos como la sedimenta-
ci6n y difusi6n, que no se describinin aquf, dan estimaciones mas confiables acerca
del peso molecular.
3.10 PLEGAMIENTO DE LAS CADENAS POLIPEPTIDAS

Para ayudar a definir una macromolecula compleja como una protefna en terminos
descriptivos, se consideran cuatro niveles estructurales:
1. Estructura primaria. EI concepto de la estructura primaria de una protefna

ya se dio en la secci6n 3.3. Se defini6 como la secuencia lineal de residuos de ami-
noacidos en la cadena polipeptfdica. En esta estructura esta implfcito el enlace pep-
tfdico que se forma entre cada uno de los aminoacidos (figura 3.1), pero no incluye
ninguna otra fuerza 0 enlace.
2. Estructura secundaria. Este termino se refiere a los patrones de plegamiento
regulares de porciones contiguas de la cadena polipeptfdica. La a -helice y la lamina
f3-plegada constituyen ejemplos, los que se describen a continuaci6n.
3. Estructura terciaria. Este termino se refiere a la estructura tridimensional,
en particular los enlaces que se forman entre residuos de aminoacidos que estan rlis-
tantes entre sf en la cadena polipeptfdica y el arreglo de los elementos de la estructura
secundaria con respecto uno al otro. EI termino de estructura terciaria se aplica i\
las protefnas globulares, rara vez a las protefnas fibrosas.
EI termino conformacion se refiere a las estructuras secundaria y terciaria con-
juntamente, es decir, el patr6n de plegamiento de la cadena polipeptfdica y todos
los contactos que ocurren entre las cadenas laterales de los aminoacidos de esa ca-
dena polipeptfdica.
4. Estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria define la estructura que re-
sulta de las interacciones entre las unidades polipeptfdicas individuales de una pro-
tefna que contiene mas de una subunidad. De este modo, la enzima fosforilasa a
contiene dos subunidades identicas que solas son cataliticamente inactivas, pero cuan-
FIGURA 3.5 Drmero de una proterna, mostrando 10 estructura cua-

tern aria de una proterna globu lar formada par dos protomeros.
do se unen en un dimero, forman la enzima activa, como se muestra en la figura

3.5 . Este tipo de estructura se denomina estructura cuaternaria homogenea; si
las subunidades son distintas, se obtiene una estructura cuaternaria heterogenea.
Otro termino utilizado para describir las subunidades de una proteina semejante es
el de protomero, y una proteina formada por mas de un protomero es una protefna
oligomerica. En terminos especificos, la hemoglobina es una proteina oligomerica
que posee una estructura cuaternaria heterogenea, ya que consta de dos protomeros
de cadena 0( identicos y dos protomeros iMnticos de cadena (es decir, 0(2 (32). La
estructura cuaternaria se estudia con mas detalle en la seccion 3.14.
3.11 ELEMENTOS DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA

El reconocimiento de la estructura secundaria particular de una molecula de proteina
se logra en general considerando unicamente la columna vertebral del polipeptido,
sin analizar las cadenas laterales de los aminoacidos. Esto se logra debido a que
las estructuras secundarias son estabilizadas por puentes de hidrogeno (vease la sec-
cion 1.4) entre los grupos jnrlda y carbonilo de la columna vertebral del polipeptido
y, en general, no por enlaces entre las cadenas laterales. En general, se reconocen
tres c1ases de estructuras secundarias: helices, laminas y dobleces. Estas estructuras
deben su existencia no solo a los puentes de hidrogeno de la cadena polipeptfdica,
sino tambien a limitaciones estericas en las rotaciones de los enlaces de esta.
En enlace peptidico, que es un enlace de imida (amida sustituida), tiene una es-
tructura plana. La razen de esto es que los electrones estan deslocalizados en el en-
lace de amida, 10 que da al enlace C-N un caracter considerable de doble enlace
(que se estima es de casi eI40%), como 10 demuestran las estructuras de resonancia.
De esta forma, el enlace peptfdico plano puede representarse como
/
Los seis atomos dentro del plano se relacionan entre sf mediante longitudes y angu-
los de enlace que varian poco de un residuo de aminoacido a otro.
Elementos de 10 estructuro secundorio 109
Solo tres de estos enlaces forman parte de la cadena peptfdica: el enlace entre el
carbono ex y el carbono carbonilo, el enlace C-N y el enlace del nitrogeno de la
imida al carbono ex. Dado que el caracter de doble enlace del enlace C-N limita
la rotacion alrededor de este, solo los enlaces primero y ultimo pueden rotar. Los
angulos de rotacion if; y ¢, que establecen las posiciones relativas de cualquier par
de pianos de amida sucesivos a 10 largo de la cadena polipeptfdica, se definen en
la figura 3.6. Los atomos de carbo no ex pueden considerarse como los centros de
rotacion de los pianos de amida adyacentes.
Existe una consecuencia geometrica definida de fijar todos los valores de if; de
una cadena a un valor y todos los angulos ¢ a otro valor: la cadena asumira una
configuracion helicoidal 0, cuando menos, una de las dos formas degeneradas que
se obtienen al proyectar una helice en un plano: una estructura circular 0 en zig-zag.
+ Helice Cfrculo Zig·zag
De esta forma, si el obstaculo esterico a la rotacion limita los valores de if; y

de ¢ a un intervalo estrecho, se debe favorecer una de las estructuras regulares an-
teriores. Conocer los valores de rotacion de if; y de ¢ para una serie de residuos
de aminoacidos contiguos definini total mente la estructura secundaria de la region
correspondiente de la cadena polipeptfdica. De las alternativas posibles para una
estructura secundaria, es evidente que el cfrculo queda descartado para cadenas po-
lipeptfdicas de longitud indefinida. Las tres estructuras secundarias regulares mas
abundantes que se encuentran real mente en las protefnas son la helice ex, la lamina
{3 plegada paralela y la lamina (3 plegada antiparalela; las laminas plegadas se for-
man de cadenas polipeptfdicas de conformacion en zig-zag . La helice ex se representa
en las figuras 3.7 y 3.8, y las estructuras de lamina plegada se muestran en las figu-
ras 3.9 y 3.10.
3. 1 1. 1 LA HELICE a
La helice ex de una protefna es una helice con giro a la derecha, 10 que significa
\ que la cadena gira en el sentido de las manecillas del reloj con forme se observa ha-
cia abajo a 10 largo del eje de la helice el avance de la cadena polipeptfdica. La
helice ex tiene 3.6 residuos de aminoacidos por vuelta y es estabilizada por puentes
de hidrogeno casi rectos entre un grupo imida (-NH-) de la cadena polipeptfdica
y un grupo carbonilo (-CO-) en una posicion cuatro residuos adelante en la mis-
rna cadena (figura 3.8) . Debido a que de esta forma cualquier grupo -NH- y
-CO- puede formar un puente de hidrogeno recto , la helice ex es especialmente
bien estabilizada. En estas condiciones, los val ores de ¢ van de 113 a 132 0 y los
valores de if; de 123 a 136 0 , intervalos de angulos que en particular resultan esteri-
camente favorecidos de acuerdo a estudios tanto teoricos como experimentales.
Aunque la helice ex se caracteriza por la posicion de los atomos de la cadena poli-
peptfdica, las cadenas laterales de aminoacidos afectan la probabilidad de que se
encuentre una secuencia dada de residuos de aminoacidos en una helice ex. Dado
que el atomo de carbo no a es el punto de rotacion de la cadena, los grupos R asocia-
dos con dicho atomo afectan estericamente los pianos de las amidas adyacentes. Los
residuos de glicina no favorecen la formacion de la helice a debido a que la cadena
110 Aminoacidos y proteinas
FIGURA 3.6 Rotaciones permitidas en torno a los enlaces

de una cadena polipeptfdica. Se definen dos angulos rota-
torios de enlace: 1/; para el enlace entre el carbono ex y el
carbo no carbonilo y ¢ para el enlace entre el nitrogeno de
la imida y el carbo no ex. (Fuente: reimpreso de R. E. Dicker-
son e I. Geis, The Structure and Action of Proteins. Menlo Park,
Calif.: W. A. Benjamin, Inc., © 1969 por I. Geis).
lateral , meramente un solo atomo de hidrogeno, es demasiado pequefia para restrin-

gir los angulos lj; y rf> a aquellos apropiados para una helice ex. La cadena polipeptf-
dica es demasiado flexible en un residuo de glicina. En contraste, la estructura en
anillo de un residuo de prolina restringe tanto los val ores de lj; y rf> que no pueden
asumir los valores necesarios para la helice ex. Asimismo, se considera que los resi-
duos tanto de glicina como de prolina son "rompedores de helice". Los aminoaci-
dos acido glutamico, leucina , metionina , fenilalanina y algunos otros residuos de
aminoacidos ocurren muy frecuentemente en las helices de este tipo y se considera
que son residuos promotores de la helice ex. Sin duda, otros residuos de aminoaci-
Elementos de la estructura secunda ria 111
r-
Quinta
vuelta
Cuarta
vuelta
18 residuos Third ,
27 A
tllrn
Segunda
vuella ...
~
t
Avance per vuella
Primera de 5.4 A
vuelta
.....
FIGURA 3.7 Representacion de una cadena polipeptrdica en una configuracion

de a-helice. Los drculos en gris indican otomos que eston detros del p lano de
la hoja. Los drculos claros representan otomos que eston por arriba del plano de
la misma (Fuente: tomada de L. Pauling y R. B. Corey, Memorias de la Internatio-
nal Wool Texti le Research Conference, B, 249, 1955, como se encuentro esque-
matizado en C. B. Anfinsen, The Molecular Basis of Evolution, Nueva York: Wiley,
1959, pogo 101).
dos influyen en la formacion de la helice a, pero las relaciones son aparentemente

mas complejas.
3. 11.2 LAMINAS {3 PLEGADAS

En la figura 3.9 se muestran todos los Momos de las laminas plegadas como si estu-
vieran limitados a un plano, para representar c1aramente los puentes de hidrogeno. En
realidad, las estructuras de lamina {J plegada que se han observado en las protefnas
y se han predicho teoricamente no tienen sus Momos restringidos exactamente al
mismo plano . Como 10 indica su nombre, las laminas se pliegan como se muestra
en la figura 3. 10. Los atomos se situan en un plano plegado y las cadenas laterales
de residuos sucesivos a 10 largo de la cadena polipeptfdica sobresalen alternadamen-
te por arriba y por debajo del plano general de la estructura. Las estructuras de la-
mina {J plegada, al igual que la helice IX, permiten la formacion del maximo numero
de puentes de hidrogeno entre los grupos carbonilo e imida de la columna vertebral
del polipeptido, y ademas dichos enlaces son 10 bastante rectos para ser estables. Las
112 Amino6cidos y prote/nos
FIGURA 3 .8 a-helice "derecha". EI puente de

hidr6geno entre la columna ve rtebral de cada re-
siduo y el cuarto residuo a 10 largo de la cadena
polipeptrdica se representa mediante lineas de
puntos paralelas.Se indican los carbonos a , los
6tomos de nitr6geno de los peptidos y los 6tomos
de oxigeno.
laminas (3 plegadas observadas en la estructura de las protefnas no s610 son pi ega-

das , sino que tambien estan ligeramente torcidas. Esto se predice cuando se consi-
deran detalladamente las restricciones estericas impuestas sobre los enlaces de la
cadena polipeptfdica.
3.1 1.3 OCURRENCIA DE LAS ESTRUCTURAS SECUNDARIAS

EN LAS PROTEINAS
Las estructuras de lamina (3 plegada y helice a se encuentran en protefnas tanto fi-
brosas como globulares. La ocurrencia amplia y Jrecuente de las estructuras de helice
CY. y lamina (3 plegada parece deberse a la combinaci6n de la disposici6n esterica-
Elementos de 10 estruduro secundorio 113
Lamina (3 pJegada de cadena paraJeJa (queratina estirada)
C-R R-C C-R R-C

0=1 \N-H-.o=d
R_<N-H..O=\C-R R)=--·
c=o---H-I .. -
H-N' "C= O·- -H-l
-t---
\-R R-d >-R
/ \
O=C N-H---O=C
>-H-- -O=c(
R-C C-R R
\ C= 0- --H-N/ ---
H-N / "I C=O---H-N
\-R R-C >-R

I \
O=C
R-c!
"'N-H---O=<I
\-R
N-H---O=C
R
J----
Lamina (3 pJegada antiparaJeJa (seda)
FIGURA 3_9 Disposicion de las cadenas polipeptfdicas

y los puentes de hidrogeno en las laminas {3 plegadas de
cadena paralela y antiparalela.
mente favorecida de La cadena poLipeptfdica y La formaci6n de puentes de hidr6geno

favorabLes. En unas pocas protefnas existe en pequeiios segmentos una helice, co-
nocida como htSlice 3 10 , que es menos estable que una htSlice cx_ De igual modo,
son te6ricamente posibles algunos otros tipos de helices_ Asimismo, se han observado
FIGURA 3.10 Disposicion de las cadenas polipeptfdicas en una lamina {3 plegada

antiparalela. No se muestra el giro de esta lamina.
laminas {3 plegadas planas y desenrolladas, pero son raras y no se conoce ningun

otro tipo de estructura laminar regular.
La a-queratina y la paramiosina son ejemplos de protefnas 'ftbrosas que poseen
estructuras de helice a. Las laminas {3 plegadas paralelas y anhparalelas forman,
respectivamente, las estructuras de las protefnas fibrosas {3-queratina y seda. Estas
protefnas fibrosas tienen tramos muy largos de la cadena polipeptfdica completa-
mente plegados formando las estructuras secundarias mencionadas. En las protefnas
globulares, las estructuras individuales de helice a y lamina {3 plegada son mas pe-
queiias que las de las protefnas fibrosas. Solo se han detectado unos pocos segmen-
tos a-helicoidales de mas de 20 residuos en las protefnas giobuiares, con una longitud
promedio de casi 11 residuos 0 tres vueltas de la helice. Rara vez mas de 10 residuos
de aminoacidos contiguos participan en un segmento de estructura de lamina {3 ple-
gada de una protefna globular. No obstante, estas estructuras secundarias contribu-
yen en forma importante a la estructura de la protefna globular, como 10 indica el
contenido helice a de varias protefnas en la figura 3.11. Los ejemplos de estructura
de lamina plegada en protefnas globulares incluyen una lamina {3 plegada anti para-
lela de seis filamentos que representa una parte importante de la estructura de la
proteinasa quimotripsina pancreatica de bovino. En la enzima glutation reductasa ,
se encuentra una lamina {3 plegada paralela de cuatro filamentos.
El ultimo elemento de la estructura secundaria que se considerara aquf es la vuelta
o giro de inversion. Una vuelta de inversion hace que la cadena polipeptfdica in-
vierta su direccion, como es posible que ocurra en la superficie de una protefna. En
la figura 3.12 se muestra un tipo de vuelta de inversion. Un residuo de glicina esta
ala mitad de este tipo de vuelta, como 10 requieren las restricciones estericas . Ob-
servese que la vuelta de inversion esta cerrada por un puente de hidrogeno entre
un atomo de nitrogeno de la imida y el oxfgeno del grupo carbonilo del polipeptido.
La proteina fibrosa colagena (seccion 3.8 y figura 3.4) forma una helice de giro
a la izquierda muy extendida (en contraste con la compacta helice a de giro a la
derecha). Tres de estas helices "izquierdas" extendidas paralelamente se enroll an
Elementos de 10 estructura secundorio 115
Mioglobina
Hemoglobina
Lisozima
Subtilisina
~ carboxiPeptidasall • • • • • • • • • •
'ii) Anhidrasa
~ p~:~~~nica
Citocromo c
Ribonucleasa
Quimotripsina
o 25 50 75 100
Helice (%)
FIGURA 3.11 Porcentaje de residuos de aminoacidos que forman parte de las a-heli-
ces de varias proteinas .
entre sf para formar una superhelice "derecha" que es estabilizada por puentes de
hidrogeno intercatenarios, La composicion de aminmicidos de ia coiligena es poco
comtin, ya que consta de un 25% de giicina y otro 25% de prolina e hidroxiprolina,
Debido a este alto contenido de glicina y pro lin a no se forma una heiice <x, La su-
perhelice de ia coiligena no se forma en otras protefnas debido a que requiere un
residuo de giicina en cada tercera posicion de la cadena polipeptfdica para iograr
estabiiidad. Esta secuencia de aminoacidos es caracterfstica s610 de la coiagena. En
otras protefnas fibrosas como ia <x-caratina y la tropomiosina se encuentra un dife-
rente tipo de superhelice, formado por espiraies de helices <x. Las estructuras espe-
ciales de estas protefnas fibrosas se denominan a veces "estructuras supersecundarias"
FIGURA 3.12 Ejemplo de una vuelta inver-

sa, una estructura secundaria que se ha ob-
servado en la estructura de las proteinas
globulares.
116 Amino6cidos y protefnas
debido a que representan un nivel estructural que parece ser intermedio entre las
estructuras secundaria y terciaria.
3. 12 ESTRUCTURA TERCIARIA Y LAS FUERZAS

QUE LA MANTIENEN
Ya se ha sefialado la importancia de los efectos esteric's y los puentes de hidr6geno
para mantener las estructuras secundarias de las protefnas. Estbs facto res contribu-
yen tambien a la estabilidad de la estructura terciaria, esto es, a las interacciones
de largo alcance entre los residuos de aminmicidos en las estructuras tridimensiona-
les de las protefnas . Los puentes de hidr6geno de las estructuras tanto secundaria
como terciaria son estabilizados en el interior no polar de la molecula de protefna
debido a que tienen cierto canicter i6nico. La atracci6n entre cargas electricas opuestas
aumenta a medida que disminuye la con stante dielectrica del medio. Se considera
que el puente bisulfuro, que ya se describi6 en la secci6n 3.4, forma parte de la
estructura terciaria. Por ultimo, las estructuras terciarias tambien son mantenidas
por otros enlaces i6nicos y fuerzas hidr6fobas. Estos se indican esquematicamente
en la figura 3.13.
Los enlaces i6nicos resultan de la asociaci6n electrostatica de los residuos ioni-
zados de carga i6nica opuesta, favorecida en general por el ambiente interior no
polar de la protefna.
FIGURA 3.13 Enlaces disulfuro y algunos tipos de enlaces no covalentes que estabi-
lizan la estructura terciaria de una proteina . a) Enlaces i6nicos formados por interac-
ciones electrostaticas. b) Puente de hidr6geno entre diferentes atomos de cadenas
laterales y entre una cadena lateral y la columna vertebral del polipeptido . c) Interac-
ciones hidr6fobas entre cadenas laterales no polares. d) Enlaces bisulfuro.
Subestructuros de los proteinos globu/ores 11 7
Las fuerzas hidr6fobas son de origen menos obvio que las otras fuerzas descritas
anteriormente. Una fuerza hidr6foba origina una asociaci6n energeticamente favo-
rable de dos 0 mas cadenas laterales de aminoacidos hidr6fobos en el interior de la
protefna. La transferencia de estas cadenas laterales hidr6fobas del interior de la pro-
tefna al ambiente acuoso que rodea a esta no es energeticamente favorable. Puesto
que la transferencia de residuos del interior de una molecula de proteina al disol-
vente circundante es exactamente 10 que ocurre durante la desnaturalizaci6n (des-
plegamiento) de esta, la fuerza hidrofoba estabiliza a la protefna. Este efecto de
estabilizacion esrn relacionado probablemente con un aumento desfavorable en el
orden, es decir, una disminucion de la entropfa, que se espera acompanara a una
transicion hacia la fase acuosa. EI agua es un disolvente altamente asociado (sec-
cion 1.4), y po see un porcentaje significativo de sus moleculas unidas por puentes
de hidrogeno en una disposicion tetraedrica caracterfstica del hielo. La introduccion de
una molecula no polar en el agua aumenta el orden en la distribucion de las molecu-
las de agua que circundan inmediatamente a la molecula no polar. La estructura en
forma de jaula que se forma tendra una entropfa menor respecto al grueso de las
moleculas de agua, dando un valor de energfa libre positivo (es decir, desfavorable)
en la soluci6n aun cuando la entalpfa sea ligeramente negativa. En consecuencia,
las cadenas laterales de aminoacidos no polares tienden a permanecer en el interior
de la molecula de protefna, ya que son favorecidas en esta ubicacion por la fuerza
hidr6foba.
3.13 SUBESTRUCTURAS DE LAS PROTEiNAS GLOBULARES

En secciones anteriores se describieron los tipos de estructuras secundarias y un
principio general de la estructura de las protefnas globulares, el interior grandemente
no polar de la molecula. En esta seccion se describiran brevemente algunos otros
aspectos del plegamiento de la cadena polipeptfdica en las protefnas globulares.
1. El numero de helices ex y laminas {3 plegadas varfa ampliamente de una pro-

tefna a otra. La protefna muscular mioglobina que se une al oxfgeno tiene una canti-
dad considerable de helices ex, mientras que la proteinasa quimotripsina ex consta
principalmente de laminas {3 plegadas. Muchas protefnas tienen cantidades conside-
rabies de helices ex y laminas {3 plegadas. Los ejemplos incluyen varias enzimas que
catalizan las etapas del metabolismo de azucares fosforilados 0 de acidos organicos,
como la triosa fosfato isomerasa y la lactato deshidrogenasa. En estas moleculas, la
cadena polipeptfdica tiende a plegarse de tal manera que las helices ex y las laminas
{3 plegadas se alternan a 10 largo de la cadena. En varios otros grupos de protefnas,
estas estructuras estan segregadas en diferentes porciones de la molecula.
2. Las conformaciones conocidas de la cadena polipeptfdica no forman nudos.
Esto significa que si se tomara la molecula por sus extremos amino y carboxilo y
se estirara, se obtendrfa la cadena polipeptfdica lineal. Asimismo, la cadena poli-
peptfdica no esta enrollada como una bola de estambre. En lugar de ello, dicha
cadena en general va de una superficie de la molecula a otra, donde invierte su curso.
3. Quiza el concepto general mas util de la estructura de una proteina globular
sea el del dominio. En ocasiones, las moleculas de protefna muestran regiones casi
planares que tienen pocas intrusiones de estructura protefnica, como se muestra en
la figura 3.14. Estas regiones de espacio casi libre dividen a la molecula de protefna
en dominios. Los dominios se observan particularmente en las moleculas de inmu-
118 Amino6cidos y protein as
36
FIGURA 3.14 Esquema de la molecula de a-quimotripsina que

muestra la separacion entre los dos dominios y el sitio activo. Solo
se esquematiza el curso de la cadena polipeptrdica, representa-
do por las posiciones de los 6tomos de carbono a.
noglobulina, como se indica a continuacion y se ilustra en la figura 3.19. En otras

moleculas de protefna, los dominios son menos evidentes y son mas bien un tema
de conjetura 0 definicion. Las pruebas estadfsticas que analizan la densidad de po-
blaciones atomicas en torno a cada residuo aminoacido en la estructura tridimensio-
nal detectan a veces dominios que no son aparentes al observar el modelo de la
estructura de una protefna. Con frecuencia, el curso de la cadena polipeptfdica aban-
dona un dominio pasando a un segundo y, despues de que se ha formado el segundo
dominio, vuelve al primero, estableciendo dos conexiones entre los dos dominios. La
mayorfa de los dominios reconocidos tienen entre 100 y 200 residuos de aminoaci-
dos, aunque se han identificado dominios mas grandes y mas pequefios.
Los dominios parecen tener un significado tanto estructural como evolutivo. El
centro activo de una enzima es la region localizada de la molecula en la que la enzima
se une y acrua sobre sus sustratos. Los centros activos suelen formarse en la zona
de union de dos 0 mas dominios de una enzima. En la figura 3.14 se muestra un
esquema de la quimotripsina a de bovino que revela la separacion entre sus dos
dominios y su relacion con el centro activo de la enzima.
Estructuras de proteinos especificos 119
Se ha postulado que los dominios facilitan la evolucion de las protefnas al pro-

porcionar secuencias " preformadas" de aminmicidos que asumiran una conforma-
cion estable, proporcionanin una funcion especffica 0 ambas cosas. La enzima
piruvato cinasa posee un dominio que se asemeja bastante a un dominio de la triosa
fosfato isomerasa y a otro dominio que podrfa haber sido "tornado prestado" de
cualquiera de las varias deshidrogenasas . La implicacion es que ciertos segmentos
de genes se duplicaron, translocaron y unieron , y que los nuevos genes asf formados
se retuvieron si representaban una adaptacion favorable para el organismo.
La enzima fosfofructocinasa, que tiene una funcion clave en el metabolismo de
los carbohidratos, proporciona un buen ejemplo de la probable duplicacion geneti-
ca. Las fosfofructocinasas de algunos mamfferos y bacterias son tetnimeros homo-
geneos, pero la enzima de mamfferos tiene casi dos veces el tamaiio de la enzima
bacteriana. Las mitades amino y carboxilo terminales del protomero de mamffero
y el protomero bacteriano tienen secuencias homologas de arninmicidos. De esta for-
ma, las dos mitades de la enzima de mamffero parecen ser "superdominios" rela-
cionados. Las enzimas tanto bacteriana como de mamffero tienen el mismo numero
de centros activos, cuatro por tetnimero. Sin embargo, la fructosa bifosfato activa
ala enzima de mamffero, pero no a la enzima bacteriana. Los sitios de activacion
de esta pudieron haber evolucionado de los centros activos "extra" que habrfan es-
tado presentes en una enzima que resulto de la duplicacion del gene bacteriano.
3.14 ESTRUCTURAS DE PROTEiNAS ESPECiFICAS

En esta seccion se estudianin algunas propiedades especiales de cinco protefnas se-
leccionadas: queratina de la lana, citocromo c, hemoglobina, inmunoglobulina
G y ribulosa-bifosfato carboxilasa, como ejemplo de la diversidad de estructura
y funcion que presentan estas macromoleculas.
3.14.1 QUERATINA DE LA LANA

Como se mencion6 en la seccion 3.11, las protefnas fibrosas adoptan tres disposi-
ciones en su cadena polipeptfdica para satisfacer las necesidades estructurales de
los tejidos: Mlice a, lamina {3 plegada y, en el caso de la colagena, triple helice.
Las fibras de lana se han estudiado ampliamente con el uso de varias tecnicas ffsicas
que incluyen difraccion de rayos X y microscopfa electronica. La estructura secun-
daria de la queratina a de la lana es una helice a con giro a la derecha. Tres de
estas helices forman una espiral "izquierda" Hamada protofibrilla. La estructura
de esta se muestra esquematicamente en la figura 3.15.
La protofibrilla es estabilizada por puentes bisulfuro transversales. A su vez, las
protofibrillas se enroHan para formar estructuras mas complejas en forma de cable,
llamadas microfibrillas, que tienen un diametro de casi 8 nm. Varios cientos de rni-
FIGU RA 3.15 Estructura de una proto-

fibrilla de la queratina IX de lana . Se
muestran tres helices IX enrolladas en una
super helice "izquierda" lIamada pro-
tofibrilla, que es estabilizada por enla-
ces bisulfuro.
crofibrillas similares esmn embebidas en una matriz protefnica amorfa para formar
una macrofibrilla. En una ceIula se forman numerosas macrofibrillas y se orientan
en una estructura paralela, filamentosa y alargada para formar la fibra completa de
lana conforme las celulas van muriendo. De esta manera, una fibra de lana consta
de un mimero muy grande de cadenas polipeptfdicas que se unen entre sf a traves de
puentes de hidrogeno y puentes bisulfuro transversales, asf como de una matriz
protefnica insoluble. El proceso de impartirle al cabello un "ondulado permanen-
te" consiste en 1a reduccion de los puentes bisulfuro y 1a reoxidacion de estos una
vez que el cabello se ha moldeado en la forma deseada.
Cuando la queratina a se expone a calor humedo y se estira, se convierte en una
forma estructural distinta denominada queratina (3 . En estas condiciones, los puen-
tes de hidrogeno que estabilizan la estructura de helice a se rompen y se origina
una estructura de lamina (3 plegada paralela. La capacidad que tienen las mismas
cadenas polipeptfdicas de adoptar dos conformaciones muy distintas en diferentes
condiciones ha contribuido al conocimiento de ambas estructuras.
3.14.2 CITOCROMO c
El citocromo c es una protefna pequefia, abundante, estable y coloreada presente
en la maquinaria productora de energfa de todas las celulas aerobias. Estos atributos
han hecho que dicha molecula sea una de las primeras protefnas globulares que se
estudiaron y con mayor detalle. El unico atomo de hierro de esta protefna alterna
entre los estados de oxidacion Fell y FeIII cuando interviene en el transporte de
electrones. Ya se ha estudiado el enlace covalente del grupo hemo que contiene hie-
rro, mediante enlaces tioeter con dos residuos de cistefna de la protefna. Como se
muestra en la figura 3.16, el atomo de hierro del grupo hemo tambien se une en
lados opuestos del plano de dicho grupo a un nitrogeno de histidina y un azufre de
metionina. Residuos de aminOlicidos hidrofobicos revisten la cavidad de la estructu-
ra del citocromo c en la cual se encuentra el grupo hemo.
De esta manera, el grupo hemo esm en una posicion central en la estructura del
citocromo c que su remocion produce el desdoblamiento de la cadena polipeptfdica.
Si los cristales del citocromo c oxidado (FellI) son reducidos, el cristal se rompe,
10 que indica que cualquier cambio de estado de oxidacion del atomo de hierro altera
notablemente la conformacion de la protefna. Las moleculas de citocromo c de ani-
males, plantas, hongos y bacterias tienen de 104 a 111 residuos de aminOlicidos,
35 de los cuales son invariables de una especie a otra. La capacidad transportadora
de electrones del citocromo c puede estudiarse in vitro incubando esta protefna jun-
to con la enzima citocromo oxidasa. El citocromo c y la citocromo oxidasa del mismo
organismo 0 de organismos muy poco emparentados funcionan igualmente bien en
este experimento, 10 que indica que cada combinacion de residuos de aminOlicidos
variables e invariables satisface las necesidades funcionales de la reaccion de oxida-
cion del citocromo c.
Dado que el citocromo c parece tener la misma 0 una funcion muy similar en
un grupo muy diverso de organismos, y debido a varias otras propiedades, las va-
riaciones en la secuencia de aminoacidos de esta molecula se han tornado como base
de un arbol filogenetico. En este arbol, los organismos mas estrechamente empa-
rentados muestran las diferencias mas pequefias en la secuencia de aminOlicidos de
su citocromo c. Aunque dicho arbol generalmente se asemeja a arboles basados en
criterios clasicos como la morfologia, los miembros de algunos generos distintos
de mamfferos muestran una mayor similitud en las secuencias de aminoacidos de
Estructuras de proteinas especificas 121
(a)
(c) (b)
CH 3
"-CH-S-CH 2
FIGURA 3.16 EI citocromo c y su grupo hemo. a) Disposicion general de la cadena

polipeptfdica, mostrando 10 cavidad donde se encuentra el grupo hemo. (Fuente: Mo-
dificado de T. Takano y colaboradores, Journal of Biological Chemistry, Vol. 248 (1973),
pog o 5244); b) estructura del grupo hemo del citocromo C; c) vista perpendicular 01
plano del grupo hemo, mostrando el enlace del otomo de hierro del grupo hemo con
residuos de histidina y de metionina.
su citocromo c que los miembros de un solo genero de anfibios. Las filogenias basadas
en la secuencia de aminmicidos proporcionan de esta manera una medida adicional
del parentesco de los organismos. Las secuencias de aminoacidos son particular-
mente valiosas para establecer relaciones distantes .
3.14.3 HEMOGLOBI NA
La protefna transportadora de oxfgeno de los eritrocitos, la hemoglobina, fue una
de las primeras protefnas en ser purificada en grandes cantidades, de cientos de gra-
mos, debido a que existe ya parcialmente purificada en los eritrocitos y se encuentra
en la sangre humana a una concentracion de casi 150 gil. Gracias a su abundancia
y a algunas otras propiedades favorables, los bioqufmicos y los investigadores que
emplean la cristalograffa de rayos X han aprendido mas sobre esta protefna que de
cualquier otra. La hemoglobina, abreviada a veces Hb, explica casi el 98 % de la
capacidad acarreadora de oxfgeno de la sangre, aproximadamente 200 ml de oxfgeno
gaseoso por litro de sangre. La porcion protefnica, 0 "globina" de la hemoglobina,
controla la afinidad de esta molecula por el oxfgeno. Esto es ilJstrado por las hemo-
globinas de organismos que viven en condiciones de muy baja!c:oncentracion de oxf-
geno, como los vermes intestinales parasitos. Dichas hemoglohlnas se unen al oxfgeno
con una firmeza mil veces mayor que la hemoglobina de los mamfferos, aunque
todas tienen el mismo grupo hemo. El atomo de hierro del grupo hemo se une a
un residuo de histidina en uno de los lados del plano de dicho grupo. Cuando la
molecula de hemoglobina se oxigena, el atomo de hierro se une al oxfgeno en el
lado opuesto del grupo hemo , en una depresion que existe en la superficie de la
molecula de hemoglobina. Dicho atomo permanece en el estado Fell durante los
procesos de oxigenacion y desoxigenacion.
En la figura 3.17 se muestra la curva de union con el oxfgeno de la hemoglobina
J humana normal, es decir la hemoglobina A, un tetramero (X2(32 que se une a cuatro
moleculas de oxfgeno. En dicha figura, la concentracion de oxfgeno se expresa como
presion de oxfgeno, que serfa aproximadamente 0.21 atmosferas a nivel del mar,
pero menor en promedio en los pulmones y todavfa menor en el tejido muscular.
Asimismo, se presenta la curva para la mioglobina, abreviada Mb, una protefna muscu-
lar estrechamente emparentada con la hemoglobina que consta de una sola cadena
polipeptfdica. Para semisaturar (50%) la mioglobina se requiere una concentracion
de oxfgeno mucho menor que en el caso de la hemoglobina. Esto indica la mayor
afinidad de la mioglobina por el oxfgeno, 10 que es un requisito ya que esta molecula
Musculo Pulmones
100
~
...
80 /~
c:
-0
FIGURA 3.17 Comparacion del proce-
.~
I
I so de union del oxfgeno par la hemog lo-
60
::J
1&
Q)
/ bina (curva con Ifneas discontinuas ) en
condiciones encontradas en los eritroci-
LI
Q)
40 tos, y por la miog lobina . Un va lor de
~
Q)
100% de saturacion con oxfgeno co-
~ 20 rresponde a un mol de oxfgeno unido
0
c..
(Mb(02)) y cuatro moles de oxfgeno
0.16 unido (Hb(02)4) para la mioglobina y 10
Presi6n de oxfgeno, atm6sferas hemog lobina, respectivamente.
Estructuras de proteinas especfficas 123
se va a unir al oxfgeno a concentraciones que hacen que la hemoglobina 10 libere.

N6tese que las curvas de uni6n al oxfgeno de la figura 3.17 muestran que una pe-
queiia disminuci6n en la tensi6n de oxfgeno por abajo de su valor promedio en el
musculo causa una liberacion de oxfgeno mucho mayor en la hemoglobina que en
la mioglobina, tendiendo a mantener de esta forma la velocidad de transferencia del
oxfgeno a la mioglobina.
La forma de la curva de union del oxfgeno a la mioglobina indica una gran afini-
dad por este elemento gaseoso y un proceso de saturacion simple caracterfstico de
una sola constante de equilibrio para la union del oxfgeno. La curva de la hemoglo-
bina, por el contrario, muestra una menor afinidad por el oxfgeno a bajas concen-
traciones de este gas y un cambio nipido de afinidad a 10 largo del intervale de
concentraciones de oxfgeno presentes en el musculo. Es obvio que se requieren
varias constantes de equilibrio para explicar la curva de union del oxfgeno a la he-
moglobina. Las diferencias entre la hemoglobina y la mioglobina son impercepti-
bles: los protomeros a y {3 de 141 y 146 residuos de aminoacidos, asf como la
molecula de mioglobina de 153 residuos, son similares en cuanto a conformacion
y secuencia de aminoacidos. La clave de la diferencia de comportamiento de ambas
moleculas es la estructura tetramerica (de cuatro protomeros) a2 {32 de la hemoglo-
bina, en particular las interacciones entre los protomeros. Esto es ilustrado por las
curvas de union al oxfgeno de los protomeros a 0 (3 de la hemoglobina purificada,
las cuales se asemejan a la de la mioglobina. El ensamblaje en una estructura tetra-
merica es, por sf mismo, insuficiente para explicar las diferencias. Es de esperarse
que una curva de union al oxfgeno para un tetramero de mioglobina en el cual los
"prot6meros" no interacttian sea igual a la obtenida para la cadena polipeptfdica
sencilla y ordinaria de la mioglobina. La "comunicacion" entre los protomeros
de la hemoglobina, dependiendo de su estado de oxigenacion, suprime la afinidad de
la desoxihemoglobina por el oxfgeno y hace que la afinidad de los protomeros no
unidos aumente considerablemente, una vez que uno 0 varios de los protomeros de
una molecula dada se han unido al oxfgeno. Se dice que este comportamiento es
alosterico yes caracterfstico de varias enzimas, como se describe en la seccion 4.12.
Una consecuencia de la union alosterica del oxfgeno por la hemoglobina es que
los estados de oxigenacion intermedios, Hb(02)' Hb(02h Y Hb(02h, aparecen muy
poco en soluciones de hemoglobina parcialmente oxigenada, la cual es principal-
mente Hb y Hb(02k La base de esto es un cambio en las posiciones relativas de
los protomeros, como se muestra en la figura 3.18, la cual indica contactos solidos
entre los pares de subunidades a-{3. La asociacion del par al -{31 con el par ar{32
es mas debil que la asociacion dentro de estos pares. De esta forma, la ultima aso-
ciacion permanece relativamente rfgida en la desoxihemoglobina hacia oxihemoglo-
bina de transicion. EI par ar{32 se muestra en la figura 3.18 en la misma posicion
para la desoxihemoglobina y la oxihemoglobina, mientras que el par al-{31 ha gi-
rado en direccion contraria al sentido de las manecillas del reloj despues de la oxi-
genacion. La disposicion de los protomeros en la hemoglobina oxigenada hace que
los grupos heme tengan una mayor afinidad por el oxfgeno de 10 que permite el
arreglo de aquellos en la desoxihemoglobina. Es importante recordar que la hemo-
globina puede asumir ya sea la conformacion de desoxihemoglobina 0 de oxihemo-
globina en cualquiera de los cinco estados de oxigenacion, de Hb a Hb(02k Sin
embargo, en ausencia de oxfgeno el equilibrio favorece bastante a la desoxihemo-
globina. Cuando un protomero forma un ligante con el oxfgeno, el equilibrio cambia
a favor del arreglo de oxihemoglobina en la figura 3.18, 10 que aumenta la afinidad
de los grupos heme de los tres protomeros restantes por el oxfgeno. Cada union
124 Aminoacidos y protefnas
\ I FIGURA 3.18 Cambio estructu ral de

la hemoglobina despues de su oxige-
naci6n . En la figura se muestra la dis-
posici6n tetraedrica de las subunidades
de hemoglobina (XI Y {31 estrechamen-
te asociadas entre sf, y situadas por
{31 debajo de las subunidades (X2 y {32, las
cuales tambien estan estrechamente
unidas. No se muestra la estrecha
uni6n entre (X1-{31 Y (X2-{32. En lugar de
ello, se dej6 un espacio entre los prot6-
meros para hacer el esquema mas claro.
sucesiva del oxfgeno para formar Hb(02h. Hb(02h Y finalmente Hb(02)4 desvfa
min mas el equilibrio a favor del arreglo de la oxihemoglobina de los protomeros.
l,Como se realiza el cambio de equilibrio a favor de la forma de oxihemoglobi-
na? En la hemoglobina que no tiene ligante, el atomo de hierro del grupo hemo se
encuentra ligeramente fuera del plano del anillo de porfirina, hacia el lado de la
histidina. En la oxigenacion, el atomo de hierro y su ligante de histidina se aproxi-
man al plano de la porfirina. Esto da como resultado una serie de cambios en la
conformacion de la cadena polipeptfdica que favorece a la disposicion en oxihemo-
globina de los protomeros.
EI oxfgeno no es el unico ligante de la hemoglobina que puede desviar el equilibrio
entre el arreglo de los prot6meros. EI acido carboxilico fosforilado - bifosfo-
FIGURA 3.19 Esquema de la estructura de las moleculas de in-

munoglobulina G. Dos cadenas ligeras (L) Y dos cadenas pasa-
das (H) se unen mediante puentes bisulfuro para formar una
molecula en forma de Y.
Estructuras de prateinos especificos 125
glicerato, los iones cloruro, los protones y el bi6xido de carbona son ligantes fisio-
16gicamente importantes de la hemoglobina. Todos ellos se unen mas firmemente
a la desoxihemoglobina que a la oxihemoglobina, favoreciendo asf la forma de de-
soxihemoglobina. En la secci6n 1.15 se estudiaron ya algunos aspectos de la uni6n
de los protones ("efecto de Bohr").
Las propiedades de mutantes de la hemoglobina humana que ocurren naturalmente
han contribuido al conocimiento de la funci6n de esta protefna. Alrededor de 200
mutaciones de esta naturaleza se han podido caracterizar con respecto a los cambios
en la secuencia de aminoacidos que, en la mayorfa de los casos, son sustituciones
de un solo aminoacido, asf como en relaci6n a la uni6n de la molecula con el oxfge-
no. Un ejemplo 10 constituye la hemoglobina Philly, en la cual el residuo de Tyr35
de la cadena (3 (es decir, un residuo de tirosina en la posici6n 35 del grupo amino
terminal) es sustituido por el aminoacido Phe35. La perdida del grupo hidroxilo de
la tirosina disminuye la formaci6n de puentes de hidr6geno entre los protomeros.
La hemoglobina Philly tiene una curva de union al oxfgeno similar a la de la mio-
globina y no se une al 2,3-bifosfoglicerato ni presenta el efecto de Bohr. Parece
estar anclada en la disposicion en oxihemoglobina de los protomeros aun en au sen-
cia de oxigeno. El hexafosfato de inositol, un anaIogo del 2,3-bifosfoglicerato con
carga mas negativa, es capaz de unirse a la hemoglobina Philly. Esto restaura la
curva normal de union al oxfgeno que es caracterfstica de la hemoglobina A, quiza
al reestablecer las conexiones entre los protomeros que se perdieron debido a la sus-
titucion de la tirosina por la fenilalanina.
3.14.4 INMUNOGLOBULINA G
Las inmunoglobulinas son grupos de protefnas de vertebrados estructuralmente re-
lacionadas que incluyen a los anticuerpos del sistema inmune. Las moleculas de
inmunoglobulina G (IgG) son protefnas sericas que se combinan con antfgenos:
protefnas, polisacaridos u otras macromoleculas extrafias que representan una ame-
naza potencial para el organismo a causa de su presencia en el cuerpo. La estructura
cuaternaria de una molecula de IgG posee cuatro cadenas polipeptfdicas: dos "ca-
denas ligeras" de casi 215 residuos de aminoacidos y dos "cadenas pesadas" de
menos de 500 residuos de aminoacidos. Estas cuatro cadenas polipeptfdicas estan
unidas por puentes disulfuro y forman 12 dominios, como se muestra en la figura
3.19. La articulacion de la moh~cula en forma de Y proporciona flexibilidad, de
modo que los dos sitios de combinacion, que se localizan en el extrema de cada
brazo de la Y y se unen al antfgeno, no tienen que localizarse a una distancia fija.
Dado que existen dos sitios de reconocimiento del antfgeno, se formaran redes
de cadenas anticuerpo-antfgeno cuando los anti cuerpos reaccionan con antfgenos que
tienen mas de un sitio reconocido por los anticuerpos. En general, dichas redes son
insolubles. La deteccion de un precipitado por cualquiera de varios metodos consti-
tuye un ensayo de la actividad del anticuerpo. La reaccion tambien puede ser una
prueba de la presencia de antfgenos especfficos, 10 que proporciona muchos tipos
de ensayos que son iltiles en medicina, agricultura y otras areas de estudio (vease
el recuadro 4.E). En el cuerpo, los complejos anticuerpo-antfgeno, solubles 0 inso-
lubles, que se forman cuando las moleculas de IgG se unen a las moleculas de antf-
geno son reconocidos por otros elementos del sistema inmune que los inactivan y
eliminan.
Cada sitio de combinacion se forma en la zona interfacial de dos dominios amino
terminales, uno de una cadena ligera y el otro de una cadena pesada . De esta mane-
/
ra, cada una de las cuatro cadenas polipeptfdicas po see regiones variables llamadas
dominios variables VL y VH , de casi 100 residuos de aminoacidos que forman los
sitios de combinacion en los extremos superiores de los dos brazos de la Y. La se-
cuencia de aminoacidos de las regiones variables difiere en cada tipo de molecula
de IgG, de acuerdo con los sitios antigenicos que puede reconocer y con los que
puede unirse. El resto de la molecula solo muestra pocas variaciones en diferentes
moleculas de IgG. Los sitios que se combinan con los antfgenos se sefialan con fle-
chas en la figura 3. 19. Ciertas regiones localizadas dentro de los dominios varia-
bles, que corresponden en parte a aquellos residuos que en realidad se unen con
las moleculas de antfgeno, se denominan "hipervariables" debido a la gran varia-
cion observada con respecto a la especificidad de la molecula de IgG por el antfgeno.
La porcion constante de la molecula de IgG tiene cadenas laterales de carbohidratos
unidas covalentemente, formando una glicoprotefna. Las inmunoglobulinas, cada
una de las cuales es especffica para un grupo muy limitado de antfgenos, son sinteti-
zadas por un mecanismo muy complejo que se describe en parte en el capftulo 22.
3.14.5 RIBULOSA-BIFOSFATO CARBOXILASA

Esta secci6n concluira con una nota sobre la enzirna ribulosa-bifosfato carboxila-
sa. En las plantas, esta protefna cataliza la reaccion de la ribulosa-l,5-bifosfato
con el bioxido de carbo no para producir dos moleculas de 3-fosfoglicerato en la
reaccion de "fijacion del bioxido de carbono" mas irnportante. La ribulosa-bifosfato
carboxilasa existe en concentraciones tan altas en las plantas que es sin duda la pro-
tefna mas abundante en la biosfera. Tiene una estructura cuaternaria interesante con
ocho protomeros pequefios de 100 residuos de aminoacidos y ocho protomeros gran-
des de casi 500 residuos de aminoacidos, dispuestos como se muestra en la figura
3.20. La funcion de esta importante enzima se estudia en el capftulo 15.
EL PROCESO POR EL CUAL LAS PROTEiNAS

ASUMEN SU FORMA
La funcion y formas similares de las protefnas que tienen secuencias de aminoaci-
dos similares, como la hemoglobina y la mioglobina, implican una relacion causal
entre la secuencia de aminoacidos y la conformacion de la protefna. Se podrfa pensar
que la conformacion de una protefna esta determinada por su secuencia de aminoa-
cidos si el plegamiento de la cadena polipeptfdica es un proceso espontaneo, es de-
cir, si la protefna plegada tiene una energfa menor que la protefna desdoblada y existe
una "vfa cinetica" para que la cadena polipeptfdica desdoblada a1cance la confor-
mac ion "nativa". Asimismo, la protefna podrfa sintetizarse sobre 0 dentro de una
estructura de soporte 0 armaz6n de la celula que despues serfa removido. Dicha
protefna no tendrfa necesariamente una energfa menor en su estado plegado en com-
FIGURA 3.20 Estructura cuaternaria de

10 ribulosa-bifosfato carboxilasa mostra-
do en dos vistas. Esta molecula tiene 8
protomeros pequeiios y 8 grandes, re-
presentados como esferas pequeiias y
.... grandes respectivamente .
Proceso por el cual las protein as asumen su forma 727
Urea
Mercaptanos ~
Ribonucleasa nativa
Ribonucleasa desdoblada
1
Eliminar
Elimin~
mercaptano
urea
Eliminar
urea
1 Eliminar
mercaptano
1
Ribonucleasa "embroliada" Ribonucieasa renaturalizada
FIGURA 3.21 Desnaturalizaci6n y renaturalizaci6n de la ribonucleasa pancreatica .
paraci6n con un estado desdoblado y completamente desnaturalizado. En realidad,

no es necesario hacer una elecci6n entre estas alternativas. Se conocen ambos tipos
de plegamiento en las proteinas .
e. Anfinsen y sus colegas demostraron que la cadena polipeptidica desdoblada
y desnaturalizada de la enzima ribonucleasa pancrelitica de bovino que degrada al
acido ribonucleico se pliega espontaneamente para originar la enzima activa . En
el procedimiento mostrado en la figura 3.21, la enzima nativa purificada se incub6
en una soluci6n concentrada de urea con mercaptanos organicos (compuestos R-
SH). Las soluciones concentradas de urea son mejores disolventes que el agua pura
para compuestos de baja polaridad . De esta manera , el efecto estabilizador de las
fuerzas hidrOfobas existentes en el interior de una protefna globular disminuye 0
se pierde en una soluci6n concentrada de urea, la cual puede disolver las cadenas
laterales de aminoacidos hidrOfobos. La ribonucleasa tiene ocho residuos de cisteina
que forman cuatro puentes disulfuro en la enzima nativa. La combinaci6n de una
soluci6n de urea 8M con un exceso de mercaptano (como mercaptoetanol) desnatu-
raliza la ribonucleasa en la primera etapa de la figura 3.21, dando ocho residuos
de cisteina en la forma reducida. La muestra se dividi6 en dos partes para comparar
los efectos de eliminar primero la urea 0 el mercaptano. El hecho de remover primero
la urea permite que la cadena polipeptfdica se pliegue adoptando casi su conforma-

cion adecuada, pero los residuos de cistefna permanecen reducidos. La oxidacion
de los residuos de cistefna en residuos de cistina restablece la conformacion nativa.
La oxidacion de dich(>s residuos antes de remover la urea causa su apareamiento
al azar, 10 que origin:} una "ribonuc1easa revuelta".
La protefna desnaturalizada, cuando se separo de la urea, no mostro actividad
enzimatica alguna que pudiera detectarse. Sin embargo, la oxidacion de los mercap-
tanos en presencia de oxfgeno permitio que se volvieran a formar los puentes disul-
furo al cabo de pocos minutos y, casi simultaneamente, que apareciera la actividad
de la ribonuc1easa. Esta ribonuc1easa regenerada era indistinguible de la ribonuc1easa
nativa con respecto a actividad enzimatica y caracterfsticas ffsicas, inc1uyendo la
disposicion adecuada de los residuos de cistefna en los cuatro puentes bisulfuro. Si
la formacion de los puentes bisulfuro fuera aleatoria, en vez de estar determinada
por el plegamiento de la cadena polipeptfdica, solo se esperarfa que el 1 % de las
moleculas tuviera todos los puentes disulfuro adecuados. Mediante este y varios otros
procedimientos similares se han podido regenerar protefnas activas despues de ha-
ber sido desnaturalizadas con varios reactivos. Asimismo, se ha podido renaturalizar
la IgG de cuatro cadenas polipeptfdicas e inc1uso partlculas mas complejas que con-
tienen protefnas, inc1uyendo partfculas virales. Sin embargo, no todas las protefnas
pueden someterse al proceso de desnaturalizacion-renaturalizacion.
La insulina es una hormona peptfdica que po see dos cadenas polipeptfdicas. La
cadena A de 21 residuos de aminoacidos se une mediante dos puentes bisulfuro a
la cadena B de 30 residuos de aminoacidos, misma que tiene un puente bisulfuro
en su interior. Cuando se sometio al proceso de desnaturalizacion y renaturaliza-
cion, lainsulina recupero tan solo un bajo porcentaje de su actividad original y la
mayorfa de las moleculas mostraron puentes bisulfuro impropios. l.Por que la insu-
lina resistio las condiciones de renaturalizacion que habfan sido efectivas en el caso
de protefnas mucho mas complejas? Cuando se sintetizan inicialmente, las dos ca-
denas polipeptfdicas de la insulina forman parte de una cadena . La proinsulina, re-
presentada en la figura 3.22 y que resulta de la proteolisis especffica de un precursor
ligeramente mas grande, tiene en su grupo amino terminal la cadena B y en su grupo
carboxilo terminalla cadena A. Entre ambas hay una secuencia de 33 residuos de
I.s
B A
s
Is
c
FIGURA 3.22 Estructura de la proinsulina. Se muestran las ca-

denas A y B de la molecula de insulina madura y la cadena
C de la proinsulina .
Problemas de repaso 729
aminoacidos designadas como cadena C, y que carece de residuos de cistefna. En
las celulas de los islotes del pancreas, donde se sintetiza la insulina, las proteinasas
rompen la proinsulina para producir insulina. Como es de esperarse, la proinsulina
puede renaturalizarse facilmente despues de haber sido desnaturalizada en condi-
ciones similares a las descritas anteriormente para la ribonucIeasa pancreaticr.
EI peptido C de la insulina puede considerarse como un armazon 0 estructura de
soporte para el plegamiento adecuado de la insulina. La separacion de este peptido
de la proinsulina produce insulina, pero esta insulina nativa biologicamente activa
no puede plegarse en su conformacion de energfa mas baja a causa de que despues
de haber sido desnaturalizada, se renaturaliza solo a un grado muy limitado. De
manera similar, la quimotripsina ex desnaturalizada, una enzima de tres cadenas (fi-
gura 3.14; seccion 4.13 y tabla 4.3) se renaturaliza solo a un grado limitado, mien-
tras que su precursor de una sola cadena, el ex quimotripsinogeno, se repliega
eficazmente. Se conocen ejemplos mucho mas elaborados de estructuras de soporte
en el ensamblaje de la estructura de las protefnas. EI ensamblaje del bacteri6fago T4
(un virus que infecta bacterias) no solo requiere los polipeptidos existentes en las par-
tfculas de bacteriofago maduras, sino tambien los productos protefnicos de otros genes
del bacteri6fago T4 que funcionan enzimaticamente, como estructuras 0 como ambas.
Puesto que much as protefnas tienen la capacidad de plegarse adecuadamente a
partir de la cadena polipeptfdica desdoblada, los bioqufmicos han desarrollado algo-
ritmos matematicos (reglas de computacion) en un intento por predecir la confor-
macion de una protefna a partir de su secuencia de aminoacidos. En algunas protefnas
se ha podido predecir con exito ciertas porciones de la estructura plegada, pero hasta
ahora no se ha podido predecir la estructura tridimensional completa de una molecula
de protefna utilizando unicamente tecnicas de computacion. EI valor de algoritmos
que permitan hacer predicciones total mente exactas sera inmenso. La magnitud del
esfuerzo necesario para determinar la secuencia de aminoacidos de una cadena poli-
peptfdica, especial mente si deriva de secuencias de nucIeotidos (capftulo 6), es una
fraccion muy pequeiia del esfuerzo requerido para localizar los atomos en los cris-
tales de la protefna mediante tecnicas de difraccion de rayos X. Predecir el plega-
miento de una protefna requerira un conocimiento teorico mayor del que actualmente
se tiene no s610 de la energetica de la protefna plegada, sino tambien de la dinamica
del proceso de plegamiento. A partir de un fundamento teorico exitoso debe fluir
tambien informacion sobre la dinamica de la funcion de las protefnas, especialmente
la catalisis, el tema de estudio del siguiente capitulo.
BIBLIOGRAFiA
1. T. E. Creighton, Proteins . San Francisco, Calif.: Freeman, 1984.

2. A. Fersht, Enzyme Structure and Mechanism. San Francisco, Calif.: Freeman, 1977.
3. T. Palmer, Understanding Enzymes. New York: Wiley, 1985.
4. R. E. Dickerson and 1. Geis, Hemoglobin: Structure, Function, Evolution and Pathology.
Menlo Park, Calif.: Benjamin/Cummings, 1983.
PROBLEMAS DE REPASO
1. Se encontr6 que una hormona es un peptido basico pequeno. A partir de la informaci6n
que se da a continuaci6n, representar la estructura mas probable de dicho peptido .
130 Aminoacidos y prote/nos
a) Una muestra del peptido se hidroliz6 en una soluci6n de HCI 6N que contenfa acido
tioglic61ico, como se indica en el recuadro 3. B. Se encontraron cantidades equimolares
de arginina, metionina y tirosina.
b) Una segunda muestra del peptido se trat6 con el reactivo de Sanger, purific6 e hidroliz6
en soluci6n acida. Los compuestos N,O-bis-DNP-tirosina y O-DNP-tirosina fueron
los unicos productos teiiidos recuperados y se encontraron en cantidades molares casi
iguales.
c) La digesti6n del peptido original con tripsina Iiber6 arginina y un nuevo peptido.
d) El tratamiento de la hormona peptfdica con bromuro de cian6geno Iiber6 tirosinilho-
moserina lactona y un peptido basico .
2. (,Cual es la carga i6nica neta esperada a un pH neutro para el peptido Tyr-Lys-Cys-

Ala-Asp-His-G1y?
3. Se encontr6 que una protefna contenfa 0 .29% en peso de residuos de triptofano . Calcular
el peso molecular mfnimo de la protefna. El peso molecular del triptofano Iibre es de 204 .
4. (,Que se entiende por las estructuras " primaria " , "secundaria", "terciaria" y "cuater-
naria" de una protefna?
5. Escribir las estructuras de cuatro 0 mas modificaciones qufmicas posibles del peptido que
se muestra a continuaci6n, utilizando para ello modificaciones conocidas que ocurran na-
turalmente en los residuos de aminoacidos de las protefnas para guiar su elecci6n.
Met-Lys-Tyr-Asn-Ser-Thr-Ser-Cys-His-Gly

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c A p i T u L o 3

_uu,vse mencion6 en el capftulo 1, las ccSlulas utilizan ener-

el nombre de "protefna", derivado del vo-

La gran diversidad de reacciones qufmicas que ocurren dentro de la celula deben

Al comparar cuidadosamente la formula general de la estructura 3.1 con la de

RECUADRO 3.A AMINOAclDOS COMO ZWITTERIONES (IONES DIPOLARES)

EI que las unidades estructurales basicas de las protefnas sea el a-aminoacido

RECUADRO 3.B ANALISIS DE AMINOACIDOS

En un experimento tfpico de hidr6lisis, se calientan a 110 0 durante 6 a 96 horas alfcuotas de la muestra

Resina para cromatograffa

El "analizador de aminoacidos" es un aparato integrado que combina la columna de cromatograffa, bom-

separaci6n. A continuaci6n se muestra un ejemplo de un "cromatograma" producido por un analiza-

pH 3.2 pH 4.3 pH 5.3

En un analizador de aminoacidos, la corriente que sale de la columna de cromatograffa se mezcla con

Utilizando la instrumentaci6n habitual, puede determinarse la composici6n de aminmicidos con menos de

Los primeros investigadores pensaban, a partir de ciertas propiedades ffsicas de

Esta composicion atomica es tfpica de las moleculas protefnicas, que en general

3.3 ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEiNAS

Conceptualmente, puede considerarse que la formaci on del enlace peptfdico resulta

FIGURA 3.1 Estructura generalizada de una cadena polipeptfdica que muestra 10

El caracter polipeptidico de una protefna se muestra en la figura 3.1. Es eviden-

1. No pol ares 0 hidrofobos.

Hidr6fobo significa "que tiene repulsion al agua". Es un termino utilizado para

1. Aminoticidos con grupos R hidr6fobos 0 no polares. Este grupo incluye ami-

4. Aminoacidos con grupos R cargados negativamente. Este grupo incluye los

Estos 20 aminoacidos constituyen la gran mayorfa de los aminoacidos de las protefnas

3.4 MODIFICACIONES DE LOS AMINOACIDOS QUE

Tabla 3.1 Notaciones para los 20 amin06cidos

El grupo sulfhidrilo de la cistefna experimenta reacciones tfpicas del grupo - SH

Los enlaces P-N son por 10 general inestables , y un residuo de fosfohistidina no

Algunas protefnas son acetiladas en el grupo amino terminal .

De manera similar, la cadena polipeptfdica de las protefnas de algunas bacterias co-

3.5 AMINOACIDOS NO PROTEiNICOS

Los aminoacidos que tienen la configuraci6n D existen tambien en el enlace peptfdico

tibi6tico gramicidina-S (estructura 3.3) es un ejemplo de peptido que contiene dos

'" D-P~ >orn/

La D-valina ocurre en fa actinomicina D, un potente inhibidor de la sintesis de RNA ,

Acido azetidina·2·carboxflico Orcil·LS·alanina

Un grupo particularmente interesante de aminoacidos no proteinicos se encuen-

3.6 CARACTERiSTICAS QUiMICAS DE LOS

En el proceso de sintesis de una cadena polipeptfdica, puede considerarse que cada

para los cuales la estructura completa correspondiente es

3.6.1 IONIZACION DE LAS CADENAS LATERALES

FIGURA 3.3 Curvo de tituloci6n obtenido cuondo se titulon 20

de la cadena polipeptidica estanin disponibles para la titulaci6n en el intervalo de

3.6.2 OTRAS REACCIONES DE LAS CADENAS LATERALES

Tanto el FDNB como el cioruro de dansilo permiten determinar unicamente el

RECUADRO 3.C DETERMINACION AUTOMATIZADA DE LA SECUENCIA

Cuando se lleva a cabo adecuadamente, la degradaci6n de Edman libera residuos de PTH-asparagina y

En un secuenciador de "fase gaseosa" recientemente creado, la muestra se inmoviliza en una pelfcula

3.6 .3 ROMPIMIENTO ESPECfFICO DE LAS CADENAS POLIPEPTfDICAS

EI grupo a-amino de la cadena polipeptida tambien es acilado por el anhf-

3.7 OliGOPEPTIDOS BIOLOGICAMENTE ACTIVOS

3.8 FORMAS QUE ASUMEN LAS PROTEiNAS

RECUADRO 3.0 SiNTESIS DE UN POLIPEPTIDO SOBRE UN SOPORTE SOLIDO

duos de aminOlicidos. La estabilidad de estas estructuras tridimensionales es el re-

FIGURA 3 .4 Trip le helice de la colagena. Cada cadena fo rma

3.9 CARGA IONICA DE LAS MOLECULA"S DE PROTEiNA

RECUADRO 3.E ELECTROFORESIS DE PROTEiNAS EN GEL

La electroforesis es la migraci6n de moleculas cargadas en soluci6n a causa de la influencia de un campo

La acrilamida y concentraciones bajas de metilen-bis-acrilamida se disuelven en la soluci6n amortiguada

Una de las caracterfsticas que Ie interesa determinar a un investigador en una

RECUADRO 3.F DETERMINACION DEL PESO MOLECULAR I)E