INSTITUTO TECNOLÓGICO SUPERIOR DE IRAPUATO

INGENIERÍA BIOQUÍMICA
SEPTIMO SEMESTRE
DOCENTE: DRA. VARINA LÓPEZ RAMÍREZ
MATERIA: BIOINFORMÁTICA.
INTEGRANTES DEL EQUIPO:
 MONTES ARIAS DENNISSE.
 RUBIO SANCHEZ PAULINA ALEJANDRA.
MONTES ARIAS DENNISSE
RUBIO SÁNCHEZ PAULINA ALEJANDRA
Agile protein interactome Human interactome
HINT Interactome INSIDER STRING
data server project
Compilación de Centro integrativo de Base de datos de Es una herramienta web Sitio web que presenta
interacciones proteína- información estructural y interacciones proteína- interactiva de una compilación de
proteína de 8 bases de genómica para la exploración proteína conocidas y bioinformática desarrollada conjuntos de datos PPI
interactoma. funcional de mutaciones de previstas. Las interacciones para integrar y analizar en humanos a escala de
enfermedades humanas incluyen asociaciones una plataforma unificada y proteoma. Donde se
Descripción

utilizando el primer directas (físicas) e indirectas comparativa la información encuentran disponibles

interactoma humano (funcionales); provienen de sobre interacciones todos los PPI
estructuralmente resuelto, de la predicción computacional, proteína-proteína identificados en pantallas
escala múltiple y de proteína. de la transferencia de demostrada por métodos que utilizan diferentes
conocimiento entre experimentales específicos isoformas de proteínas del
organismos y de a pequeña o gran escala. mismo gen generado por
interacciones agregadas de el empalme alternativo.
otras bases de datos
(primarias).
La página de inicio es muy La página de inicio muestra La página de inicio muestra La página de inicio muestra La página de inicio nos
simple al ingresar, lo cuatro opciones información acerca de cuatro opciones de muestra visión, métodos y
primero que observas es la 1. Visualizar residuos de STRING, e inmediatamente búsqueda: noticias. En la parte
barra en donde se interfaz. se observa el botón de 1. Interactomas. superior aparecen botones
proporciona el nombre del búsqueda, además de 2. Búsqueda de una de búsqueda, de descarga
inicioPágina de

2. Explorar mutaciones de
gen o el ID, debajo elijes el la enfermedad. observar en la parte superior proteína. de datos, información
organismo en el que derecha las opciones, de: 3. Búsqueda a partir de sobre el sitio y contacto.
3. Estudiar perfiles de
deseas conocer la descargar, ayuda, datos y una lista de proteínas.
mutación.
información, la manera en búsqueda nuevamente. 4. Búsqueda de
la que quieres que se 4. Visualización de publicaciones.
codifique la información y la interactomas. También nos permite
calidad, en la que deseas buscar directamente en
el interactoma. el directorio de
organismos.
Las 8 bases de interactoma Proporciona interacciones STRING importa Proporciona diferentes IntAct, Strings, NCBI
son: BioGRID, MINT, proteína-proteína binarias de conocimiento de asociación bases de datos: PubMed, Gene, Human Protein
iRefWeb, DIP, IntAct, alta calidad de 7 bases de de proteínas de bases de UniProt, BioPlex, BioGRID, Atlas, Ensembl Gene
HPRD, MIPS y el PDB . interactoma: BioGRID , MINT datos de interacción física y IntAct, DIP, HPRD, PDB y Cards y Uniprot
datosBases de

,iRefWeb ,DIP ,IntAct, HPRD bases de datos de MINT.

y, MIPS. conocimiento de ruta
biológica curada MINT ,
HPRD , BIND , DIP ,
BioGRID , KEGG , Reactome
, IntAct , EcoCyc , NCI-
Nature Pathway Interaction
Database , GO.
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Las interacciones se filtran Las interacciones se filtran Se muestran interacciones APID se centra únicamente Existe la opción de
de forma sistemática y de forma sistemática y directas (físicas), así como en la generación y entrega obtener interactomas
manual para eliminar manual para eliminar interacciones indirectas de compendios unificados donde solo se muestra las
interacciones erróneas y de interacciones erróneas y de (funcionales), siempre que de interacciones físicas interacciones entre las
baja calidad, y se baja calidad. ambas sean específicas y proteína-proteína proteínas de consulta y la
actualizan todas las biológicamente significativas. conocidas y probadas opción que solo muestra
noches. Además String recopila y experimentalmente. Se interacciones directas con
Interacciones

reevalua los datos proporcionan las las proteínas de consulta.

experimentales disponibles interacciones de proteínas,
sobre las interacciones incluidos los niveles de
proteína-proteína, e importa calidad asociados con el
rutas conocidas y complejos número de experimentos,
de proteínas de bases de métodos y publicaciones
datos seleccionadas. que informan cada
interacción, y se organizan
en interactomas por
organismo, asignados a
sus respectivos proteomas.
Proporcion información de Proporciona información de La base de datos STRING Proporciona una colección Además de identificar
interactomas de estos interactomas de estos actualmente cubre 9643763 completa y curada de sistemáticamente los IBP
organismos modelo organismos modelo proteínas de 2031 interactomas de proteínas de forma experimental,
altamente estudiados: altamente estudiados: organismos. para más de 1100 especies HuRI también incluye los
daproporcionaInformación

H.sapiens, S. cerevisiae, S. A.thaliana, S. cerevisiae , C. Proporciona información de con más de 500 IBP de alta calidad
pombe, M.musculus, D. elegans , D. melanogaster , interactomas de estos interacciones derivadas de comparable extraída de la
melanogaster, C. elegans, M. musculus , S. pombe y E. organismos modelo la integración de literatura. Este
A. thaliana, B. subtilis, B. coli . altamente estudiados: Homo interacciones físicas subconjunto de PPI
tauro, E. coli, R. sapiens, mus proteína a proteína. curados por la literatura
norvegicus, O. sativa, musculus,arabidopsis comprende actualmente
thaliana, saccharomyces 13030 PPI que involucran
cerevisiae, escherichia coli, 6087 proteínas.
caenorhabditis elegans, Tota la información
rattus norvegicus, drosophila proporcionada
melanogaster, bacillus corresponde
subtilis, pseudomonas exclusivamente al ser
aeruginosa. humano.
¿Cómo realizar

Para realizar la búsqueda
del interactoma se escribe
el nombre del gen o el ID
de este (pueden ser
máximo 10 genes) y se
envía la información para
esperar resultados.
Para realizar la búsqueda, se
escribe el nombre del gen o
proteína, en la barra ubicada
en la parte inferior izquierda
de la pantalla, llamada
“Búsqueda por identificador
de genes o proteínas”, se
envía la información y se
esperan resultados.
Para realizar la búsqueda del Para realizar la búsqueda Para realizar búsquedas
interactoma, se pulsa el de un interactoma se nos colocamos en el
botón de búsqueda la página selecciona el organismo de motor de búsqueda y
te redirigirá a una página en interés y se ajusta el nivel como query se inserta el
donde se muestran las de calidad y posteriormente ID del gen de interés y
siguientes opciones de se descarga. seleccionamos los filtros
búsqueda: de búsqueda. Query-query
Proteína por nombre, Para buscar el interactoma solo muestra las
proteína por secuencia, de una proteína se busca interacciones entre las
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proteínas múltiples, en el menú “One protein”, proteínas de consulta y
secuencias múltiples, se selecciona la proteína query-interactor solo
proteínas con valores / de interés y se ajustan muestra interacciones
búsquedas?

En los resultados se
observa el interactoma, en
donde se especifica el
Resultados
En los resultados, se
observan tres columnas. Las
cuales son: los genes y sus
rangos, organismos, familias filtros de calidad que directas con las proteínas
de proteínas ("COG"), corresponden al número de consulta.
ejemplos, entrada aleatoria. mínimo de evidencias
De acuerdo a las experimentales y permite
necesidades del construir una red de
investigador, se realizara la interacción.
búsqueda correspondiente.
En los resultados, se En los resultados de En los resultados se
observa el interactoma, con búsquedas de proteína observa el interactoma, en
distintos colores cada gen, arroja una tabla que donde se especifica el

nombre de la proteína de
interés, el organismo donde
esta y el número total de
interacciones encontradas.
En el interactoma, se
coloca el cursor en cada
gen y se observa con que
genes se relaciona
Interactoma
interacciones, el interactoma debajo de este se muestran contiene hipervínculos con nombre de la proteína de
y la mutación de algunas 6 pestañas las cuales son: el nombre de la proteína, interés en el centro y
enfermedades relacionadas. espectadores, leyenda, método de análisis, arroja una tabla que
configuración, análisis, referencia de la publicación muestra el interactor
exportación y racimos. y la base de datos de A,interactor B, la
donde se extrajo. puntuación y el conjunto
de datos de referencia.
En el interactoma, se coloca En el interactoma al Permite visualizar el En el interactoma al
el cursor en cada gen y se seleccionar alguna proteína interactoma con 5 distintos seleccionar alguna
observa la dirección directa arroja un recuadro con diseños de red los cuales proteína arroja un
del mismo con otros genes. información de la proteína, pude modificar el usuario, recuadro ocn información

directamente. Los genes se su ID, organismo, acciones y los cuales son: Circular, adicional que incluye
presentan 3 colores una imagen de la estructura cuadrícula, concéntrico, descripción,
distintos, el color azul tridimensional. “arbor” y “cose”. También comportamiento y número
indica la interacción binaria, permite al usuario de interacciones.
el rojo la interacción co- seleccionar los colores que
complejo y el morado la desee.
interacción binaria y co-
compleja.
Debajo del interactoma, No da la opción de descarga. Sí permite realizar descargas Proporciona la opción de Sí permite realizar
Descargas

proporciona la opción de desde el sitio web descarga de intercactomas. descargas desde el sitio
descargar el número de web.
interactores.
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Al final de la página se Del lado izquierdo del Debajo del interactoma en el En el interactoma se hace Podemos filtrar la
puede observar el nombre interactoma (en la primer apartado de leyenda se click en el gen de interés y información de acuerdo a
de todos los genes de columna), se observan las muestra la simbología de los en la parte inferior aparece tejidos en la parte de
interacción que al interacciones entre genes y nodos(representan una tabla con información filtros para que solo
Información adicional

seleccionarlos se redirigen al lado de estas hay un proteínas) y de los bordes adicional que contiene el ID muestre proteínas que se
a una pagína llamada rectangulo que es de distinto (los cuales representan de uniprot, nombre del gen, sabe que se expresan en
“gene cards”, que brinda color para los genes, el asociaciones proteína- descripción e interacciones. los tejidos seleccionados.
información acerca del rectángulo verde (PDB) proteína). También muestra También se puede
mismo. muestra la interfaz de co- información del organismo seleccionar un límite de
cristal disponible, el de estudio y socios puntaje para filtrar los PPI
rectángulo verde claro (I3D) funcionales pronosticados. de los resultados que
muestra el modelo de muestran un puntaje por
homología disponible y el debajo de ese umbral.
recuadro azul (ECLAIR)
muestra la interfaz prevista.
Al lado del nombre de los Al seleccionar alguna de las Al seleccionar alguna de las No direcciona a Nos brinda la opción de
genes se encuentra el interacciones, estas redirigen interacciones, estas redirigen hipervínculos al seleccionar redireccionarnos a los
código de evidencia de a una página en la cual se a Uniprot, ref sec y kegg interacciones. siguientes enlaces
cada gen, cuando se especifica información de los externos: gProfiler,
selecciona dicho código se genes como su nombre, Reactome, GeneMania,
redirige a una página proteína, la longitud, los Pathway Commons,
llamada “ontobee”, el cual aminoácidos. También es DAVID, Strings y
es un servidor que tiene posible detectar los residuos cBioPortal.
como objetivo facilitar el de la interfaz en los genes
intercambio de datos que interactuan utilizando
ontológicos, visualización, estructuras de co-cristal o
consulta, integración y ECLAIR.
análisis.
Al final se encuentra el ID Del lado izquierdo (en la En la sección de análisis Permite realizar un mapeo En la esquina superior
de Pubmed que a tercer columna) se puede podemos visualizar las interactivo de las derecha se muestra el
seleccionarlo redirige a observar las mutaciones de estadísticas de nuestra anotaciones funcionales de icono de resumen donde
artículos de interés acerca los genes en ciertas búsqueda, lo cual incluye los 'nodos' en la red, que nos muestra datos
del gen. enfermedades, en las cuales información de Proceso permite la identificación de estadísticos de nuestra
existen tres filtros: HGMD, biológico, función molecular, nodos con funciones búsqueda que incluye
clinVar y COSMIC (las componente celular, compartidas. Este mapeo cantidad de proteínas,
cuales son bases de datos), publicaciones de referencia, utiliza anotaciones a cuatro cantidad de interacciones
también está la opción “all” palabras clave de uniport y espacios funcionales y grado medio de nodo.
en la que te aparecen todas dominios de proteínas de biológicos: Ontología
las enfermedades. Se Pfam. génica, InterPro, Pfam y
selecciona cualquier Reactome. Todas las redes
enfermedad y en el producidas con esta
interactioma los genes herramienta se pueden
relacionados con esta se exportar como figuras (.jpg,
ponen en color rojo. .png) o como archivos
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planos (.txt) para leerse
utilizando otro software
para visualización o
análisis de gráficos.
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Referencias

 Alonso-Lopez, D., Gutiérrez, M. A., Lopes, K. P., Prieto, C., Santamaría, R., & De Las Rivas, J. (2016). APID interactomes:
providing proteome-based interactomes with controlled quality for multiple species and derived networks. Nucleic acids
research, 44(W1), W529-W535.
 Das J and Yu H. (2012). HINT: High-quality protein interactomes and their applications in understanding human disease. BMC
Systems Biology;6(1):92.
 MJ Meyer, JF Beltrán, S Liang, R Fragoza, A Rumack, J Liang, X Wei, H Yu - Nature Methods. (2018). Interactome INSIDER: a
structural interactome browser for genomic studies.
 STRING v11: protein-protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide
experimental datasets. Nucleic Acids Res. 2019 Jan; 47:D607-613.PubMed
 Szklarczyk, D., Morris, J. H., Cook, H., Kuhn, M., Wyder, S., Simonovic, M., ... & Jensen, L. J. (2016). The STRING database in
2017: quality-controlled protein–protein association networks, made broadly accessible. Nucleic acids research, gkw937.

ANEXO

1. Uso de HINT:
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2. Uso de Interactome INSIDER

3. Uso de STRING
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4. Uso de APID

5. Uso de HuRI
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