Primero ante España y luego en varias ocasiones durante el siglo XIX, buscó separarse de

Colombia y sus denominaciones que le sucederían. Tras su independencia de España, Panamá

no se sentía una plaza lo suficientemente fuerte para mantener su soberanía, por tanto decide
unirse a la Gran Colombia, compuesto en la época po r las actuales Colombia, Venezuela y
Ecuador.

Cuando Venezuela y Ecuador deciden consolidarse

como estados independientes, y se reorganizan los
territorios restantes bajo la República de la Nueva
Granada, Panamá empieza a cuestionarse su
permanencia como provincia. Es en ese momento
surgen los movimientos separatistas y los conflictos
entre Panamá y el lejano gobierno bogotano.

En 1840 Panamá aún pertenecía a la Nueva Granada, a pesar que Venezuela y Ecuador se habían
separado de la Gran Colombia en 1831. El istmo de Panamá ya había intentado en dos ocasiones
separarse de la confederación; la primera ocasión fue en septiembre de 1830 cuando el General
José Domingo Espinar logró dicho objetivo, aún con la desaprobación de Simón Bolívar. Esta
secesión fue sofocada en julio de 1831 bajo las
órdenes del General Juan Eligio Alzuru, poco días
después, el mismo aprovechó la situación para hacer
una segunda secesión que separaba al Istmo de
Colombia, erigiéndose como dictador hasta que fue
vencido y ejecutado por el General Tomás Herrera a
finales de agosto del mismo año. José Domingo Espinar

En 1846, Nueva Granada cede la soberanía del istmo de Panamá al ascendente expansionismo
norteamericano mediante el Tratado Mallarino-Bidlack, y por el contrato Stephens-Paredes
celebrado en 1850 entre ambas naciones se construye el primer ferrocarril interoceánico.