CARACTERIZACIÓN METAGENÒMICA DEL SUELO DEL RIO MANZANARES

DE LA CIUDAD DE SANTA MARTA: UN GRAN DESAFÍO PARA EL

RECONOCIMIENTO DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS Y SU
DESARROLLO EN AMBIENTE ACUÁTICO CON FUERTE INTERVENCIÓN
HUMANA.

Barrios, B. Cadena, D. Guardiola, J. Maiguel, N. Montero, F.

Estudiantes de pregrado de Biología. Facultad de Ciencias Básicas. Universidad del Magdalena.

1. Resumen

El suelo es un sistema complejo que alberga una gran cantidad y diversidad de

microorganismos. Hasta hace poco, solo se podía tener acceso al estudio de un pequeño
porcentaje de la microbiota que habita en este ecosistema. Actualmente, con la metagenòmica se
ha logrado conocer y estudiar en más detalle todo ese material genómico desconocido. Se han
descubierto nuevas moléculas con aplicaciones biotecnológicas y se ha profundizado en
entender mejor las diferentes interacciones microbiológicas en diversos ambientes, algunos con
características extremas. En este trabajo se analizaron los trabajos más recientes en el área de la
metagenòmica, con énfasis en aquellos relacionados con el suelo. Asimismo, se describen los
logros alcanzados por el proyecto Metacontrol (metagenòmica de suelos supresores de
enfermedades), y finalmente, proponemos los diferentes desafíos que ha de superar la
metagenòmica, así como las nuevas oportunidades biotecnológicas que surgen con esta nueva
ciencia.

2. Introducción

La metagenòmica es una ciencia que surge como una rama de las ciencias genómicas, la cual se
refiere al estudio del metagenoma de un nicho en particular (Handelsman, 2004; Riesenfeld et
al., 2004). El metagenoma se puede definir como el total de ADN de una muestra ambiental.
Hasta el momento, se han investigado metagenomas de diversos ambientes, incluyendo
ecosistemas acuáticos, minas, suelos agrícolas y forestales, entre otros (Rondón et al., 2000;
Wang et al., 2000; Lee et al., 2004; Tyson et al., 2004; Craig et al., 2009). Lo relevante de estos
estudios es que cada uno de ellos ha mostrado diferentes aspectos para estudiar y analizar. En
algunos casos, se han descubierto novedosos elementos genéticos que podrían tener aplicación
en la industria (Rondón et al., 2000; Wang et al., 2009), mientras que en otros, han aportado
novedosos aspectos de la ecología microbiana en un ecosistema en particular (Tyson et al.,
2004). Mediante técnicas convencionales de cultivo en laboratorio se ha estudiado la diversidad
microbiana y sus metabolitos. En particular, se ha propuesto que entre 80-90% de los
microorganismos que habitan el suelo son desconocidos (Alexander 1977). Esto representa una
limitante para descubrir el verdadero potencial genético de estos sistemas. Al estudiar el
metagenoma de un ambiente en particular, es muy probable que este consista en gran parte de
bacterias u otros organismos no cultivables; solo conocemos una pequeña proporción de estos,
los cuales podemos reproducir en condiciones de laboratorio (Handelsman 2004; Riesenfeld et
al., 2004). De esta manera, el ADN meta genómico se puede clonar en vectores y expresar en
diversos huéspedes procariontes, dependiendo de los objetivos del estudio (Rondón et al., 2000;
Wang et al., 2000). Todo este material genético podría codificar nuevas o mejores actividades
Metabólicas. De la misma manera, se pueden emplear métodos de secuenciación masiva que
generaran genomas completos de organismos no cultivables (Handelsman, 2004; Tyson et al.,
2004).

3. Planteamiento del problema

Los problemas ambientales que afectan a las cuencas hidrográficas en Colombia tienen
múltiples causas, una de ellas es la ausencia de una cultura ambiental en las comunidades que
viven o frecuentan zonas aledañas a las corrientes hídricas. El suelo es uno de los ambientes
donde se presentan muchos desafíos, que lo hacen al mismo tiempo interesante para ser
estudiado. Un solo gramo de suelo puede contener miles de especies de organismos
procariontes, la mayoría de los cuales reside en la superficie terrestre, para su identificación la
metagenòmica aplica un conjunto de tecnologías genómicas y herramientas bioinformáticas para
acceder directamente al contenido genético de comunidades enteras de organismos. Estos
métodos “omics” (metagenòmica, metatranscriptòmica, metaproteòmica, metametabolòmica) se
han utilizado para describir la estructura taxonómica de las comunidades microbianas en
diferentes entornos y para descubrir nuevos genes y enzimas de interés industrial y médico.
Estas nuevas herramientas nos permiten una mejor comprensión de la diversidad taxonómica
microbiana de una comunidad así como establecer su función a los fines de responder a las
siguientes preguntas ‘‘.quiénes están allí?'' y ‘‘.qué están haciendo?''.

4. Justificación
El Río Manzanares, a pesar de su corta longitud de cuenca, atraviesa en su trayecto una variedad
de ecosistemas, desde un bosque muy húmedo bajo y hasta un bosque espinoso tropical, lo cual
favorece ecológicamente al valle porque contribuye de forma positiva a la regulación del clima
y del agua en la región (Hincapié y Atencio, 2002). El Río Manzanares representa la principal
fuente de suministro de agua potable para la ciudad de Santa Marta y de agua para el riego de
las zonas de cultivos ubicadas en las estribaciones de la Sierra Nevada de Santa Marta (Parodi et
al., 1996). La contaminación de la cuenca baja del Río Manzanares se debe a diversos factores,
entre los cuales se mencionan el crecimiento acelerado de la población en el último siglo, la
falta de infraestructura para el saneamiento de aguas residuales (vertidas sin ningún tratamiento
al Río Manzanares), factores contaminantes que están relacionados con la inadecuada
disposición de residuos sólidos, la dinámica hidráulica del río y la utilización de pesticidas y
fertilizantes agrícolas que contribuyen al detrimento de la calidad del agua. Tanto las aguas
residuales domésticas como las industriales poseen características físico-químicas y biológicas
que al ser vertidas continuamente al río sin ningún tipo de tratamiento causan una sobrecarga de
la capacidad de autopurificación del cuerpo hídrico, ocasionando efectos negativos, como por
ejemplo la disminución del nivel de oxígeno disuelto y la muerte de la biota acuática (Guizao y
Díaz, 2007).

5. Objetivos

5.1 Objetivo general

A nivel de objetivo general, para este proyecto en el rio manzanares con su estudio
metagenòmico con fin de conocer la comunidad microbiana de ese medio acuático el cual está
en decadencia y por medio de este proceso revolucionario dará la riqueza de distribución de
dichas comunidades junto con su capacidad y función metabólica, para poder así ir
construyendo el banco de ADN lo cual dicha información que proporcionaría las bibliotecas
metagenómicas, enriqueciendo el conocimiento y, por tanto, las aplicaciones prácticas en
diversos campos como la industria, la investigación y la sostenibilidad de este medio ambiente.

5.2 Objetivos específicos

 Analizar la dinámica de las comunidades bacterianas e identificar bacterias que

son de interés ecológico y biotecnológico.

 Establecer las diferencias en el uso y la capacidad biodegradadora estudiada en

diferentes microorganismos presentes en el rio manzanares, profundizando
posteriormente en el estudio de aquel que resulte más susceptible al ataque en el
estudio preliminar.

6. Metodología
6.1Área de estudio

El estudio se llevará a cabo en la cuenca del Río Manzanares que se nace en la vertiente noreste
de la Sierra Nevada en la cuchilla de San Lorenzo a 2300 msnm y desemboca en el Mar Caribe
en la playa de los cocos de la bahía de Santa Marta. Entre los meses de enero hasta abril del
2020, la principal zona de interés es parte de la cuenca baja del Río Manzanares. Las estaciones
de muestreo se situaran en seis sitios de la cuenca baja del río, entre el balneario del
corregimiento de Bonda y las principales quebradas tributarias de la cuenca baja del río.

6.2Fase de campo

La selección de los puntos de muestreos es una decisión muy importante al momento de la toma
de las muestras. Para el efecto, se tendrán en cuenta las normas técnicas respectivas y las
recomendaciones establecidas en la guía metodológica de la política nacional del recurso hídrico
y la metodología general para la presentación de estudios ambientales del Ministerio de
Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial – MAVDT (MAVDT, 2010). También se tendrán
 los criterios de la comunidad y los puntos de mayor captación cerca de las veredas y
asentamientos humanos. El monitoreo del recurso hídrico durara cuatro meses (enero, febrero,
marzo y abril del 2020). Se tomara como referencia la guía para el Monitoreo y Seguimiento
del agua (IDEAM, 2004). Las muestras en campo se almacenaran en recipientes de
polipropileno de 600 ml, con tapa del mismo material para el caso de parámetros
fisicoquímicos. Los frascos se purgaran con solución ácida para eliminar cualquier material
indeseado, luego serán lavados con agua desionizada y secados a 70°C en estufa tipo horno
marca Memmert. Para las muestras de los análisis microbiológicos se utilizaran frascos de
vidrio de 250 ml y cierre hermético, previamente esterilizados. Las muestras se recolectaran a
30 cm de profundidad, abriendo el recipiente dentro de la columna de agua para evitar
contaminación. Simultáneamente se procederá a la toma de muestras para los análisis
fisicoquímicos. Luego se rotularan los envases con el sitio, fecha, hora y otros datos adicionales
referentes al punto de muestreo. Posteriormente se refrigeran a 4°C hasta la llegada al
laboratorio, donde se analizaran inmediatamente.

6.3 Fase de laboratorio

Teniendo en cuenta el protocolo general de análisis del metagenòma de una muestra de suelo.
(I) En un primer paso se aísla el suelo que se desea estudiar y se extrae el ADN metagenómico
(II). Posteriormente se puede analizar la diversidad microbiana a través de la amplificación de
los genes ribosomales 16S y/o llevar a cabo la restricción del ADN, así como su clonación en
vectores (III). Finalmente se realiza la búsqueda de funciones o actividades enzimáticas (IV).
Con las herramientas que provee la metagenòmica se pretende acelerar el descubrimiento de
nuevos compuestos con diversas actividades.

Imagen tomada de articulo (Metagenómica de suelos: grandes desafíos y nuevas oportunidades biotecnológicas) REVISTA
INTERNACIONAL DE BOTÁNICA EXPERIMENTAL.
7. Resultados esperados

 Identificar la diversidad de poblaciones microbianas presente en este ecosistema.

 Lograr la selección de algún huésped que cumpla con los parámetros requeridos, para
posteriormente aplicar el procedimiento expuesto en la fase de laboratorio.

 Reducción de microorganismos contaminantes del recurso hídrico.

 Mejoramiento de la calidad del agua.

 Actualizar bancos de ADN (biblioteca metagenòmica) para Colombia.

8. Bibliografía

Alexander, M. (1977). Introduction to soil microbiology. John Wiley & Sons, New York. p.
472.

Borja, I. R., Fontalvo, J. A. L., & Obregón, W. P. (2011). Calidad sanitaria de las fuentes
hídricas de la cuenca baja del río Manzanares, Santa Marta, Colombia. Intropica, 51-62.

Craig, J.W., F.Y. Chang y S.F. Brady (2009). Natural products from environmental DNA hosted
in Ralstonia metallidurans. ACS Chemical Biology 4: 23-28.

De arco Rodriguez, E., & De león Pérez, D. (2006). Caracterización hidrológica de la cuenca
del río manzanares y evaluación de su disponibilidad hídrica (Doctoral dissertation,
Universidad del Magdalena).

De Raimondi, S. G. Metagenómica: más allá del genoma de los microorganismos. Bitácora

Digital, 1(2).

García-Cruz, N. U., & Aguirre-Macedo, M. L. (2014). Biodegradación de petróleo por

bacterias: algunos casos de estudio en el Golfo de México. Capítulo, 35, 651-662.

Guizao, J. y J. Díaz. 2007. Simulación de la calidad del agua del Río Manzanares utilizando el
modelo Qual2k. Universidad del Magdalena, Tesis de grado, Programa de Ingeniería Ambiental
y Sanitaria. Santa Marta, 49 p.

Handelsman, J. (2004). Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms.

Microbiology and Molecular Biology Reviews 68: 669-685.

Hernández-León, R., Velázquez-Sepúlveda, I., Orozco-Mosqueda, M. C., & Santoyo, G. (2010).

Metagenómica de suelos: grandes desafíos y nuevas oportunidades biotecnológicas. Phyton
(Buenos Aires), 79(2), 133-139.

Hincapié, L. y M. Atencio. 2002. Descripción de los residuos sólidos arrastrados por el río
Manzanares a la Bahía de Santa Marta. Universidad del Magdalena, Tesis de grado,
Especialización en Ciencias Ambientales. Santa Marta, 83 p.
Lee SW, K. Won, H.K. Lim, J.C. Kim, G.J. Choi, y K.Y. Cho (2004). Screening for novel
lipolytic enzymes from uncultured soil microorganisms. Applied Microbiology and
Biotechnology 65: 720-726.

Martín Peraza, A. (2017). Estudio preliminar de la biodegradación de plásticos por bacterias

marinas.

Parodi, H., J. Serrano y M. Canchano. 1996. Influencia del río Manzanares sobre la Bahía de
Santa Marta. Monografía de especialista en Ciencias Ambientales, Universidad del Magdalena,
Santa Marta, 79 p.

Plata, Á. M., & Ibarra Vega, D. (2016). Percepción local del estado ambiental en la cuenca baja
del río Manzanares. Revista Luna Azul, (42).

Riesenfeld, C.S., P.D. Schloss y J. Handelsman (2004). Metagenomics: Genomic Analysis of

Microbial Communities. Annual Review of Genetics 38: 525-552.

Rondon, M.R., P.R. August, A.D. Bettermann, S.F. Brady, T.H. Grossman, M.R. Liles, K.A.
Loiacono, B.A. Lynch, I.A. Mc Neil, C. Minor, Ch.L. Tiong, M. Gilman, M.S. Osburne, J.
Clardy, J. Handelsman y R.M. Goodman (2000). Cloning the soil metagenome: a strategy for
accessing the genetic and functional diversity of uncultured microorganisms.

Tyson, G.W., J. Chapman, P. Hugenholtz, E.E. Allen, R.J. Ram, P.M. Richardson, V.V.
Solovyev, E.M. Rubin, D.S. Rokhsar y J.F. Banfield (2004). Community structure. Nature 428:
37-43.

Wang, G.Y., E. Graziani, B. Waters, W. Pan, X. Li, J. McDermott, G. Meurer, G. Saxena, R.J.
Andersen y J. Davies (2000). Novel natural products from soil DNA libraries in a streptomycete
host. Organic Letters 2: 2401-2404.