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En comparación con las heparinas de bajo peso molecular (por ejemplo, enoxaparina, dalteparina),
la actividad anticoagulante de la heparina no fraccionada (HNF) es más heterogéneo debido a que
sólo un tercio de las moléculas de HNF tiene actividad anticoagulante mediada por ATIII. Además
el perfil anticoagulante de la heparina no fraccionada se ve influida por la longitud de la cadena de
las moléculas, y el aclaramiento de HNF se ve afectada por su tamaño molecular (por ejemplo,
especies de mayor peso molecular se eliminan más rápidamente que las especies de peso
molecular inferior). Se necesita aproximadamente 20 veces más heparina para inactivar la
trombina unida a la fibrina (es decir, la superficie) que a la trombina libre. Además, la heparina /
ATIII no es capaz de inactivar el factor Xa ligado a las superficies de fosfolípidos dentro del
complejo de protrombinasa. La incapacidad de la heparina para inactivar la trombina unida a la
superficie y el factor Xa puede explicar su eficacia limitada en pacientes con angina inestable,
angioplastia coronaria de alto riesgo, y trombólisis coronaria.
Debido a que la heparina no puede lisar los coágulos existentes, puede ocurrir la extensión del
coágulo por lo que es importante alcanzar concentraciones terapéuticas de heparina rápidamente.