PROCESOS BASICOS CON MAXENT

http://desarrollosgeomaticos.blogspot.com.co/2011/02/intr
oducion-en-los-procesos-de.html

INTRODUCCIN
En los procesos de modelacin de nichos es importante poder determinar su
distribucin espacial dentro de un territorio para poder generar iniciativas de
conservacin de las especies. Para lo cual requerimos de una herramienta
indispensable para la elaboracin de estos modelos como lo es el algoritmo de
Mxima Entropa o MAXENT.

El propsito del siguiente escrito es mostrar los diferentes pasos para la

elaboracin de un modelo a partir de datos bioclimticos utilizando el software
Maximum Entropy Species Distribution Modeling Version 3.3.3e desarrollado
por (Steven J. Phillips, Robert P. Anderson, Robert E. Schapire).

A continuacin se mostrara los diferentes procesos por los cuales se debe llevar
los procesos de modelacin por medio de MAXENT, se iniciara por la preparacin
de la informacin ya que este utiliza formatos especiales para el clculo de
distribucin de especies.

PREPARACIN ENTRADA DE DATOS:

Iniciaremos con la descarga de los datos necesarios para la elaboracin de

nuestro modelo de distribucin, por medio de la pagina
web www.wordclim.orgdescargaremos las coberturas en formato raster de los
factores bioclimticos.

(Pagina web www.worldclim.org)

Dentro de la pgina encontramos diferentes tipos de variables como lo son las

temperaturas mnimas, mximas y medianas, tambin las precipitaciones, altitud y
Blioclima, la cual usaremos dentro de nuestro ejercicio.

Descargamos la cobertura de Bioclima 30 arc-seconds (~1 km) en formato para

ESRi grid. Como los datos pertenecen a la totalidad del mundo este archivo es bastante
pesado 1.8 GB.

Descargado el archivo de Bioclima procederemos a hacer una preparacin de

estos datos por medio del programa Arcgis 9.3.

Abrimos el programa y despegamos las coberturas en formato raster de Bioclima,

al cargar los datos se puede apreciar que cada corresponde a una escala de
valores diferentes, en nuestro caso las capas de Bioclima contiene 19 capas de
informacin.
 (Capa Raster Bioclima 1 vista general)
Se cargan las capas una por una debido a que la generacin de las pirmides se
tarda un poco. Luego de cargada procedemos a cortar la zona que necesitamos
para realizar el estudio, para esto cargaremos un shape de municipios de
Colombia para usarla como mascara y hacer el corte segn su forma.

(Capa Raster Bioclima + Mascara)

PROCEDIMIENTO CORTE DE RASTER EN ARCGIS :

Para cortar el raster con la forma del shape nos situamos en el ArcToolsBox en la
herramienta Spatial Analyst Tools -> Extraction -> Extraction By Mask.

Esto nos despliega una ventana donde ingresamos la capa raster, la mscara y un
directorio de salida.
 (Corte por Mascara de cobertura Raster)

Procedemos a cortar todas las coberturas raster con el fin de minimizar tamao de
los archivos y su extensin, tambin minimizara el proceso de modelado dentro
del MAXENT.

(Salida del Corte)

Teniendo cortadas las coberturas raster procedemos a hacer una conversin del
raster tipo grid a la extensin que utiliza MAXENT que es .asc el cual es un tipo
de archivo de texto ASCII.

Para convertir el raster nos ubicamos en el ArcToolsBox -> Conversion Tools ->
Raster to ASCII. Esto nos despliega el asistente para conversin.
 (Conversin de Raster a ASCII)

Seleccionamos el archivo raster a convertir y seleccionamos la carpeta donde

guardara la salida, en el tipo de extensin seleccionamos .asc en lugar de txt y
salvamos -> ok; estos archivos generados se les pierde la proyeccin por tanto se
deben de reproyectar a WGS84 por medio de DataMagnamentTools->Proyections
and Transformations->Proyect.

Teniendo cortadas y convertidas las coberturas raster a las extensiones

necesarias para utilizarlas en el MAXENT procedemos a preparar los puntos a los
cuales se les va a hacer el modelo de distribucin, estos se pueden exportar de
una capa shape de puntos georreferenciados pues se supone que son la
ubicacin espacial de las especies dentro del rea de estudio.

Para el ejercicio se tomara un shape de puntos distribuidos a lo largo del

departamento del valle la cual es nuestra rea de estudio. Cargamos los puntos y
procedemos a abrir la tabla de atributos con el fin de adicionarle las coordenadas
de los mismos en campos nuevos que se llamaran LONGITUD Y LATITUD
respectivamente.
 (rea de estudio y puntos de ubicacin de especies)

PREPARACIN ARCHIVO DE PUNTOS:

Para el clculo de las coordenadas de cada uno de los puntos debemos tener
proyectados nuestros puntos sobre un sistema de coordenadas, las coberturas
raster se encuentran sobre el sistema WGS84, por tanto nuestros puntos tambin
deben estarlo luego en la tabla de atributos seleccionamos Options -> addField y
lo nombramos como Longitud, as de la misma manera creamos el campo Latitud.
Procedemos a calcular las coordenadas, nos situamos en el campo Longitud y
damos click derecho y seleccionamos calcular geometra.

(Calculo de Coordenadas puntos especies)

En el cuadro que se despliega seleccionamos x para las longitudes y las y para

las latitudes. Teniendo las coordenadas dentro de la tabla de atributos del shape
de puntos procedemos a exportarlo por medio de Options -> Export ubicado en la
tabla de atributos. La tabla generada esta con extensin .dbf este archivo lo
abrimos en el Excel y lo modificaremos segn las especificaciones que trae el
MAXENT en su tutorial.
Ejemplo:
Especies, Long, Lat

Cabeza Azul Vireo, -89.9, 48.6

BobaAlcaudn, -87.15, 34.95

Para efectos del presente escrito tomo una especie de orqudea llamada
vanillaodorata, las coordenadas no son reales en su ubicacin, los puntos fueron
generados al azar dentro del modelo de sombras del valle, el cual esta
georreferenciado en WGS84.
 (Archivo plano de coordenadas y especie a calcular distribucin)

Los datos se guardan en formato .csv separado por comas como se muestra en la
imagen adjunta.

Teniendo los archivos preparados segn las especificaciones dentro del MAXET
iniciaremos el proceso de clculo dentro del software Mxima Entropy Especies
Distribution v 3.3.3e.

MODELADO CON MAXENT

Descargamos el programa MAXENT de la pagina

webhttp://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

Este est compuesto por 3 archivos: maxent.jar, maxent.dos y un archivo

readme.txt, para ejecutar el programa seleccionamos el .jar y se despliega la
ventana principal del MAXENT.

(Entorno grafico de MAXENT 3.3.3e)

En la casilla de la izquierda samples ingresamos los datos de los puntos en

formato csv con la respectiva especie o taxn. En la casilla de la derecha se
ingresan los layer ambientales como el Bioclima que descargamos de la pagina
worldclim, estos layer deben ser los que se transformaron a formato ASCII, se
selecciona el directorio y se cargan.

Debajo tenemos varias opciones para el despliegue de los datos:

Create responce curve: crea grfico que muestra cmo predecir la probabilidad
relativa de ocurrencia dependiendo de los valores de cada variable ambiental

Make picture of prediction: crea un archivo .png para cada grid de salida

Do jackknife to mesure variable importance: medida de importancia

de cada variable del entorno mediante la capacitacin a cada
variable mediombiental primero se omite, a continuacin, utilizar de forma aislada.

Output format:

Lgica: para la salida lgica, las probabilidades son entre (0 o 1), pero a escalas de
una manera no lineal con el fin de facilitar su interpretacin. Si hay presencias tpicas
utilizadas durante el entrenamiento son las condiciones ambientales donde la
probabilidad de presencia es de alrededor de 0.5, entonces la salida de logstica se
puede interpretar como la probabilidad predicha de la presencia (de lo contrario se
puede interpretar como la idoneidad relativa). Si p (x) es la salida deprimas para las
condiciones ambientales x, el valor logsticacorrespondiente cp (x) / (1 + cp (x)) para
un determinado valor de c (es decir, la exponencial de la entropa de la distribucin
deprimas).

Acumulative: Para el formato de salida acumulada, el valor en una celda de la

cuadrcula es la suma de las probabilidades de todas
las cuadrculas sin probabilidad ms alta que la celda de la cuadrcula, por
100. Por ejemplo, la celda de la cuadrcula que se predice que tienen las mejores
condiciones para las especies, segn el modelo, tendr un valor acumulado de
100, mientras que los valores acumulados cercanos a 0 indican las predicciones de las
condiciones son inadecuadas.

Raw: Para la salida RAW, los valores de salida son las probabilidades (entre 0 y 1) de
tal manera que la suma sobre todas las celdas que se utilizan durante el
entrenamiento: 1. Los valores tpicos son extremadamente pequeos.

Output File Types: el MAXENT utiliza las extensiones .asc, mxe, grd, bil, las
cuales son formatos raster de salida de informacin.

Output Directory: ubicacin del directorio de salida de los resultados del

modelamiento.
Projection layer directory/file: Ubicacin del directorio con la informacin de la
proyeccin de los layer medioambientales.

(Preparacin para la realizacin del modelo de mxima entropa)

SETTINGS

(Parametros de MAXENT)

Pestaa Basic tiene casillas con opciones basicas de ejecucin del modelo, la ms
importante es el tipo de replica a ejecutar, el programa cuenta con:

Crossvalidate o validacin cruzada

Bootstrap u oreja

Subsample o sub muestra

(Opciones bsicas para el modelamiento)

CROSSVALIDATE: Muestra dividida en pliegues de repeticiones, cada pliegue es

usado cada vez por los dato dentro de la prueba.

BOOTSTRAP: Conjunto seleccionado de muestras replicadas por muestreo con

remplazo.

SUBSAMPLE: Muestras similares a la configuracin elegida, se elimina el

porcentaje de pruebas al azar sin remplazo que se utilizara para la revaluacin.

(Parametros avanzados de MAXENT)

Pestaa Advanaced o avanzado son opciones avanzadas de configuracin para la

ejecucin del modelo antropico el tem ms importante es el de Apply threshold
rules o aplicacin de reglas del umbral.

El cual sirve para generar una red de salida binaria en la adiccin a la red regular
de prediccin, utilizar el nombre completo de las normas de umbral en la salida
HTML Maxent como el argumento lo establece.

Dentro de la casilla se encuentran varias clases de argumento para escoger la

regla de umbral segn sea nuestra necesidad, por ejemplo el valore fijo
acumulado sea igual a 1, 5 o 10.
 (parametros experimentales)

Pestaa Experimental es para aadir parmetros segn la necesidad del usuario.

Explicados los diferentes componentes dentro del entorno grafico del MXENT
podemos dejar por defecto las opciones dentro de los settings y dar click en el
botn de Run con el cual se inicia el proceso de modelado, los resultados
obtenidos se podrn observar en un archivo html donde se consignara las graficas
y los clculos estadsticos de la probabilidad de la mxima entropa de la especie
consultada.

CONCLUSIONES :

Para la elaboracin de modelos con el algoritmo de mxima entropa se debe

tener claro los conceptos de probabilidad estadstica de una distribucin espacial
con el fin de poder escoger correctamente las caractersticas necesarias para la
generacin del modelo. La explicacin del algoritmo esta explicado en la ayuda
dentro del programa.

Es necesario realizar la preparacin de los datos de entrada para que el programa

funciones correctamente y genere la informacin correcta.

Publicado por macross en 14:50

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10 comentarios:
1.

Crtalo15 de enero de 2012, 7:53

Muchas gracias por el tutorial la verdad era lo que estaba buscando pues no hay ni
videos tutoriales en youtube para el uso de maxent. Pero te agradecera que
pudieras subir algun video tutorial que es mas prctico. Saludos
Responder

2.

HEPTOR22 de octubre de 2012, 12:17

gracias por este aporte... :)

Responder

3.

Aprendiz Tcnico en sistemas13 de mayo de 2013, 20:40

Excelente, gracias por publicarlo

Responder

4.

Aprendiz Tcnico en sistemas13 de mayo de 2013, 20:43

Hola, quisiera hacerte una consulta,

estoy haciendo el procedimiento anterior,
voy a incluir una capa de cobertura vegetal
Corine, pero no he podido colocar el tamao
de la Celda al rasterizar, el tamao que quiero
colocar es : 0,0083, que es el tamao de celdas
de las capas de Bioclim.
Te agradezco si me puedes ayudar, estoy usando
ArcGIS para rasterizar.
Responder

5.

Carlos Z25 de enero de 2014, 9:40

Este comentario ha sido eliminado por el autor.

Responder

6.

Carlos Z25 de enero de 2014, 9:42

 Hola. No logro que MaxEnt cargue las capas con la info bioclimtica, si bien stas
tienen formato ASC. Qu puede generar este problema y cmo corregirlo?. En
los tutoriales no se especifican muy bien las caractersticas de los archivos ms
all del formato requerido. No s qu hacer y me urge avanzar con la aplicacin de
este software. Muchas gracias.....Ayudaaaa!......
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7.

Richard Diaz15 de agosto de 2015, 0:57

Hola, me podrias facilitar el instalador de este programa, te lo agradecere mucho.

saludos.
Responder
Respuestas

1.
Sandra Estrada11 de octubre de 2016, 15:27

https://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/
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8.

Ricardo Ortis26 de diciembre de 2016, 16:32

Este comentario ha sido eliminado por el autor.

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9.

Ricardo Ortis26 de diciembre de 2016, 16:36

ola, gostaria sabe qual a finalidade da Funo de "replica" na aba bsica

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