AMINOCIDOS

PPTIDOS
Y
PROTEINAS

M. EN C. ISRAEL VELZQUEZ MARTNEZ

1
 AMINOCIDOS, PPTIDOS Y PROTENAS.

Los aminocidos, como su nombre lo indica, son bifuncionales. Contienen un grupo amino bsico y un
grupo carboxlico cido.

NH2
H
O
R OH
N
H
OH
O
Un -aminocido primario L-Prolina
Un -aminocido secundario

Con fines de clasificacin, las cadenas con menos de 50 aminocidos se llaman polipptidos, mientras
que el trmino protena se reserva a cadenas mas largas.

O O O
O
H3C
OH
+ H2N H3C
OH NH
OH
NH2 NH2

Alanina Glicina un dipptido (un enlace amida)

Un polipptido (muchos enlaces amida).

Estructura de los aminocidos.

Como los aminocidos contienen un grupo cido y un grupo bsico, experimentan una reaccin cido-
base intramolecular y se encuentran principalmente en la forma de un in dipolar, o Zwitterion (del
alemn zwitter, hbrido):
O O

H3C H3C
-
OH O
+
H2N H H3N H
Alanina (sin carga) (zwitterion)

2
Los iones dipolo (zwitterions) de los aminocidos son sales internas y por ello tienen muchas de las
propiedades fsicas asociadas con las sales. Poseen momentos dipolares grandes, son solubles en agua
e insolubles en hidrocarburos, y son sustancias cristalinas con puntos de fusin altos. Adems los
aminocidos son Anfteros: pueden reaccionar como cidos o como bases, dependiendo de las
circunstancias.

En solucin cida

En solucin bsica

En la siguiente tabla se representan las estructuras de los 20 aminocidos que se que encuentran en las
protenas. Todos son -aminocidos. Diecinueve de los 20 aminocidos son aminas primarias, RNH2,
y slo difieren en la naturaleza del sustityete unido al carbono , llamado Cadena lateral.

Cadena lateral

Un -aminocido primario Prolina,

Un -aminocido secundario
Adems de los 20 aminocidos que se encuentran en las protenas, hay otros aminocidos que no son
protenas y que tienen importancia biolgica.
-
O O
I
O
HO I +
O NH3
+ HS
H3N -
O
- I O
O +
NH3
I
cido -aminobutrico Homocsteina Tiroxina

3
 ESTRUCTURA DE LOS AMINOCIDOS.

Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.

COOH NH3+ cad. lat. H2O, g/dL
a 25C
Aminocidos Neutros.
O

H3C
OH

Alanina Ala (A) 89 NH2 2.34 9.69 --- 6.01 17 297 d

O

H2N
OH

Asparagina Asn (N) 132 O NH2 2.02 8.80 --- 5.41 2.4 236
O

HS OH

Cistena Cys (C) 121 NH2 1.96 10.28 8.18 5.07 Muy ---
Soluble
NH2 O

O OH

Glutamina Gln (Q) 146 NH2 2.17 9.13 --- 5.65 3.6 186
O

H2N
Glicina Gly (G) 75 OH 2.34 9.60 --- 5.97 25 233 d
CH3 O

H3C
OH

Isoleucina Ile (I) 131 NH2 2.36 9.60 --- 6.02 4 284
O

H3C
OH

CH3 NH2
Leucina Leu (L) 131 2.36 9.60 --- 5.98 2 337
O

S
H3C OH

NH2
Metionina Met (M) 149 2.28 9.21 --- 5.74 3 283

4
Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
COOH NH3+ cad. lat. H2O, g/dL
a 25C

Aminocidos Neutros cont

O

OH

NH2
Fenilalanina Phe (F) 165 1.83 9.13 --- 5.48 3 283
O
H
N
OH

Prolina Pro (P) 115 1.99 10.60 --- 6.30 162 220
O

HO OH

Serina Ser (S) 105 NH2

2.21 9.15 --- 5.88 5 228
CH3 O

HO OH

Treonina Thr (T) 119 NH2

2.09 9.10 --- 5.60 Muy 257
Soluble
O

OH

NH2
Triptofano Trp (W) 204 NH
2.83 9.39 --- 5.89 1 289

OH

Tirosina Tyr (Y) 181 NH2 2.20 9.11 10.07 5.66 0.04 344
HO

CH3 O

H3C OH

Valina Val (V) 117 NH2 2.32 9.62 --- 5.96 9 315

5
Nombre Abreviaturas PM Estructura pKa pKa pKa PI Sol. P.f.
+
COOH NH3 cad. lat. H2O, g/dL
a 25C

Aminocidos cidos.
O

cido HO
asprtico Asp (D) 133 OH 1.88 9.60 3.65 2.77 0.4 269
O NH2

O O
cido
glutmico Glu (E) 147 HO OH 2.19 9.67 4.25 3.22 0.7 247
NH2

NH2 O

Aminocidos bsicos.
HN NH OH

Arginina Arg (R) 174 NH2 2.17 9.04 12.48 10.76 15 230 d
O
H
N
OH

NH2
Histidina His (H) 155 N 1.82 9.17 6.00 7.59 0.4 287

H2N
OH

Lisina Lis (K) 146 NH2 2.18 8.95 10.53 9.74 Muy 255
Soluble

Problema 1. Cuntos de los aminocidos que se muestran en la tabla contienen anillos aromticos?
Cuntos contienen azufre? Cuntos contienen alcoholes? Cuntos contienen cadenas laterales
hidrocarbonadas?

Con excepcin de la glicina, los carbonos de los -aminocidos son centros quirales. Por lo tanto, son
posibles dos formas enantiomricas, pero la naturaleza slo utiliza una para la construccin de las
protenas. En las proyecciones de Fischer, los aminocidos que se encuentran en forma natural se
representan colocando el grupo COOH en la parte superior y la cadena lateral abajo, como se dibuja
un carbohidrato, y luego se coloca el grupo NH2 a la izquierda. Debido a la similitud estereoqumica
con los azcares L, llamamos a los -aminocidos que se encuentran en forma natural como
aminocidos L.

6
 CHO COOH CHO COOH

H OH H NH2 HO H H2N H

CH2OH R CH2OH R

D-gliceraldehdo D-aminocido L-gliceraldehdo L-aminocido

Problema 2. Dieciocho de los 19 L-aminocidos tienen configuracin S en el carbono . La csteina

es el nico L-aminocido con una configuracin R. Explique la razn.

Problema 3. El aminocido Treonina, cido (2S, 3R)-2-amino-3-hidroxibutanoico tiene dos centros

quirales. Dibuje una proyeccin de Fischer para la Treonina. Cuntos estereoismeros podran
existir? Dibuje las proyecciones de Fischer e identifique los centros quirales como R o S.

Problema 4. Dibuje formulas con enlaces de cua (tetradricas) y proyecciones de fischer que
representen la configuracin de los tomos de carbono de la L-valina, L-leucina y L-isoleucina.

Aminocidos esenciales.

Son aminocidos que el organismo no puede sintetizar.

Reaccin de transaminacin.

COOH COOH COOH COOH

Enzimas transaminasas
H2N H + O O H2N H
(muchos pasos) +
R R1 R R1
Aminocido cetocido cetocido aminocido
Antiguo antiguo nuevo nuevo

Fenilcetonuria.

O O

OH OH
Enzimas
NH2 NH2
HO

7
REACCIN DE TRANSAMINACIN.

Un interesante el papel de las iminas como intermediarios es el de la reaccin de transaminacin, de

importancia biolgica. La transaminacin es un proceso por el cual se transfiere un grupo amino de
una molcula a otra. En los sistemas biolgicos el grupo amino de un aminocido se transfiere al
grupo carbonilo de otra molcula. La secuencia, es promovida por una enzima, la transaminasa, es un
mtodo de formacin de nuevos aminocidos.

NH2
O O
O
H3C glutamato
+ HO OH transaminasa
OH
O

Alanina cido--cetoglutrico.

O O O

H3C
HO OH
O
+
HO NH2

cido pirvico cido glutmico

Todas las transaminasas importantes parecen compartir la misma coenzima, el fosfato de piridoxal.
Las coenzimas son pequeos constituyentes no protenicos de las enzimas, con frecuencia
indispensables para la actividad enzimtica.
O H

OH
O
HO P
O
HO
N CH3

Fosfato de piridoxal.

La transaminacin biolgica no es la simple transferencia de un grupo amino de una molcula a otra.

El grupo carbonilo de la coenzima piridoxal forma primero una imina con el grupo amino del
aminocido donador. La reaccin subsiguiente de este aducto con el compuesto carbonlico
receptor conduce a la formacin de un nuevo aminocido, regenerndose el fragmento de piridoxal.
El piridoxal es el transportador del grupo amino de un reactivo a otro. La secuencia, de numerosos
pasos, supone una serie de adiciones e isomerizaciones reversibles.

8
 Mecanismo general de una reaccin de transaminacin.

O R OH PRP N R

+ H2O
+ H
PRP H
H2N O O OH

PRP
PRP N R N R

H
H H
O OH O OH

PRP N R PRP NH2 R

H + H2O H + O
H H
OH
O OH

O PRP
PRP NH2 N R1
R1

H
+ O H + H2O

H H
OH O OH

PRP PRP N R1
N R1

H
H
H
O OH
O OH

PRP N R1 H2N R1
PRP O

+ H2O +
H H
O OH O OH

PRP = fosfato de piridoxal.

9
 Reaccin de transaminacin catalizada por la Aspartato aminotransferasa.

H3C CH3 H3C CH3

N B:
-
O O
O O
H H
P OH -
-
O O
- O -
O O O
- paso lento
+ O NH2 +
N CH3 O NH
H -
O
O
P OH
- O
O

+
N CH3
H

H3C CH3 aldimina

O
O
+
B - O
O -
- O
O O
- -
H O
-
+
+ O
O NH O NH
-
O -
O O O
O O
P OH H2O
P OH
- O O +
O - NH3
O
-
O
N CH3 + O
N CH3
H P OH
H
- O
quinoide O

+
H3C CH3 N CH3
H
+
NH3 B:
-
O
O O O
H
P OH
- O O H3C
-
O H3C O
+ - +
N CH3 O NH
H -
O
O
P OH
- O
O

H3C CH3 +
N CH3
+ H
B
O
O O
H
H3C H3C
- H3C -
O -
O
O
+ +
NH +
NH H3C CH3 NH3
-
O -
O O
O NH2 H3C CH3
P OH P OH
- O O +
O - NH
O
-
O
N CH3 + O
N CH3
H P OH
H
- O
O

+
N CH3
H

10
 ACIDEZ, BASICIDAD Y pKa.

Lewis.
cido: acepta electrones.
Base: cede electrones.

Brosnted-Lowry.
cido: cede protones
Base: recibe protones.

H-A + H2O H3O+ + A-

cido Base cido base
conjugado conjugada

Keq = [H3O+][A-]
[HA][H2O]

La concentracin del agua permanece casi constante. [H2O]= 55.6 M a 25C.

Ka = Keq [H2O] = [H3O+][A-]

[HA]

log Ka = log [H3O+][A-]

[HA]

log Ka = log [H3O+] + log [A-]

[HA]

- log Ka = - log [H3O+] - log [A-]

[HA]

pKa = pH log [A-]

[HA]

pH pKa = log [A-]

[HA]

pH = pKa + log [A-]

[HA]

Ecuacin de Henderson Hasselbalch.

11
 Un cido ms fuerte (de mayor Ka) tiene pKa menor.
Un cido ms dbil (de menor Ka) tiene mayor pKa.

Compuesto en una solucin de pH por debajo del pKa se encuentra protonado (ionizado).
Compuesto en una solucin de pH por encima del pKa se encuentre no protonado (no ionizado).

Factores que afectan el pKa:

Efecto resonante.
Efecto inductivo y electrosttico.
Efecto estrico.
Puentes de hidrgeno intramoleculares.
Hibridacin.

Efecto inductivo.

O O O O O
O
Cl
O 2N Cl
OH OH OH F 3C OH
H3C OH OH
Cl
Cl Cl
Cl
pKa: 4.5 1.68 2.8 1.3 0.9 0

Efecto resonante
+ + +
O NH3 NH3 NH3
O O O
H3C R1
R1 O
H3C OH OH R O
R
NO2
+
N
-
O O
pKa: 4.5 16 11 19.20 1.11 2.5 4.60

Efecto estrico
O
CH3
O H3C
H3C
OH
CH3
H3C OH H3C
H3C
CH3

pKa: 4.5 7.0

12
 Puentes de hidrgeno.
O O

OH OH

HO OH
pKa: 4.5 3.0
pKa: 9.3 13.4

Hibridacin.
H3C

+
+ H3C C NH
HN
+
H3C CH3 N
H
pKa: 9.8 5.2 - 10

AMINOCIDOS.
INFLUENCIA DE LA CADENA LATERAL.

O
O O
H H
N OH N
OH OH
NH2
NH2
NH N

pKa: 1.99 pKa: 2.83 pKa: 1.82

pKa: 10.60 pKa: 9.39 pKa: 9.17
pKa: - - - pKa: 6.00

O NH2 O

HO
OH HN NH OH

O NH2 NH2

pKa: 1.88 pKa: 2.17

pKa: 9.60 pKa: 9.04
pKa: 3.65 pKa: 12.48

13
Problema 5. Pronostique los productos de reaccin de: (a) prolina, (b) tirosina, (c) arginina y (d)
triptofano con un exceso de HCl; y con un exceso de NaOH.

Problema 6. Escriba las formulas estructurales para las siguientes ecuaciones:

(a) fenilalanina con un equivalente de NaOH.

(b) Producto de (a) con un equivalente de HCl.
(c) Producto de (a) con dos equivalentes de HCl.

PUNTO ISOELCTRICO.

pH bajo pH alto
(protonado) (desprotonado)

Punto Isoelctrico
PI = pKa1 + pKa2
2
Zwitterion neutro.

El punto isoelctrico (PI) de un aminocido depende de su estructura; y es el promedio de las dos

constantes de disociacin cida que incluyen el zwitterion neutro. En cuanto a los aminocidos con
una cadena lateral que sea un cido fuerte o un cido dbil, el PI es el promedio de los dos valores de
pKa ms bajos. En el caso de los aminocidos con una cadena lateral bsica, el PI es el promedio de
los dos valores de pKa ms altos.

Aminocido cido Aminocido neutro Aminocido bsico

cido asprtico. Alanina Lisina

14
As como los aminocidos tienen sus PI, las protenas tambin tienen un PI global debido a los
numerosos residuos cidos o bsicos que pueden contener.

Aprovechamos la ventaja de las diferencias de puntos isoelctricos para separar una mezcla de
aminocidos (o una mezcla de protenas) en sus constituyentes puros mediante la tcnica de la
Electroforesis.

Tira de papel a pH = 6.02

Cuando se aplica un potencial elctrico, los aminocidos con cargas negativas (los que se han
desprotonado a causa de que el pH del buffer es ms alto que sus PI) migra lentamente hacia el
electrodo positivo. Al mismo tiempo que los aminocidos con cagas positivas (los que se han
protonado porque el pH del buffer es menor que su PI) migran hacia el electrodo negativo.

Los diferentes aminocidos migran a diferentes velocidades, lo que depende de sus puntos
isoelctricos y del pH del buffer acuoso. As es posible separar una mezcla de diversos aminocidos.

Problema 7. Para las siguientes mezclas de aminocidos, prediga usted la direccin y la velocidad
relativa de migracin de cada componente:

(a) valina, cido glutmico e histidina a pH= 7.6

(b) glicina, fenilalanina y serina a pH= 5.7
(c) glicina, fenilalanina y serina a pH= 5.5
(d) glicina, fenilalanina y serina a pH= 6.0

Problema 8. La glicina, al igual que la alanina tiene un punto isoelctrico de 6.0. Trace estructuras de
las formas predominantes de la glicina a pH= 2.0, 6.0 y 10.0.

Problema 9. Cmo podra explicar el hecho de que el triptofano tenga menor punto isoelctrico que
la histidina, pese a que ambos tienen tomos de nitrgeno en el anillo de cinco miembros? Cual
nitrgeno del anillo de cinco miembros de la histidina es ms bsico?

15
Un aminocido reacciona con dos equivalentes del hidrato de ninhidrina, para dar el prpura de
Ruhemann, un producto azul-violeta. Esta reaccin se emplea como ensayo para detectar la presencia
de aminocidos en una muestra desconocida.
O O

-
OH R O

OH
O +
+
H3N O
O O
H2O
ninhidrina
-
O O

H
N
+ R
+ CO 2
+ H2O
O
O O

prpura de Ruhemann.

Si se conocen los valores exactos de pKa para los sitios cidos de un aminocido, se puede calcular los
porcentajes de las formas protonadas, neutra y desprotonadas en una solucin a un pH dado utilizando
la estuacin de Henderson-Hasselbalch:

pH pKa = log [A-]

[HA]

pH = pKa + log [A-]

[HA]

Para ver como se utiliza la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, encontremos las especies que estn
presentes en una solucin 1M de alanina a pH= 9.00. de acuerdo a los valores antes mencionados, la
alanina protonada tiene un pKa1 de 2.34, y la alanina neutra tiene un pKa2 de 9.69:

-
H3C OH H3C O
+
+ H2O + H3O

H3N
+
O H3N
+
O pKa1= 2.34

- -
H3C O H3C O
+
+ H3O
+
+ H2O
pKa2= 9.69
H3N O H2N O

16
Como el pH de nuestra solucin est mucho ms cerca del pKa2 que del pKa1, necesitamos usar pKa2
para nuestros clculos. De acuerdo a la ecuacin de Henderson-Hasselbalch, tenemos:

log [A-] = pH pKa = 9.0 9.69 = - 0.69

[HA]

De tal modo que [A-] = antilog (-0.69) = 0.20

[HA]

Adems, sabemos que: [A-] + [HA] = 100% (1.0 M)

[HA]= 83% y [A-] = 17%

Se pueden efectuar clculos similares a otro pH, con lo que se llega a la curva de titulacin siguiente:

Problema 10. La Treonina tiene un pKa1 = 2.1 y un pKa2 = 9.1. Utilice la ecuacin de Henderson-
Hasselbalch para calcular la proporcin de formas protonadas y desprotonadas a pH= 1.5 y pH = 10.0.

17
 SNTESIS DE AMINOCIDOS.

1. Sntesis de Strecker.

aldehdo -aminonitrilo -aminocido

O C N
+ OH
NH4Cl / KCN H3O

H H2O NH2 NH2

Fenilacetaldehdo -aminonitrilo (R,S)-fenilalanina (53%)

Problema 11. El aminocido poco comn conocido como L-Dopa (3,4-dihidroxifenilalanina) es un

frmaco til contra el mal de Parkinson. Indique cmo podra sintetizarse a partir de 3,4-
dihidroxifenilacetaldehdo.

2. Aminacin de cidos -halogenados.

Uno de los mtodos ms antiguos comienza con la -bromacin de un cido carboxlico por
tratamiento con Br2 y PBr3 (La reaccin de Hell-Volhard-Zelinsky). La sustitucin del -bromo cido
con amoniaco produce un -aminocido.

cido 4-metilpentanico
cido 2-bromo-4-
metilpentanico (R,S)-leucina 45%

Problema 12. Indique como podran obtenerse los siguientes aminocidos a partir de los cidos
carboxlicos apropiados:
(a) Valina
(b) Fenilalanina
(c) Alanina
(d) Serina

18
3. Sntesis de Gabriel.
Glicina

Cloroacetato de etilo
Ftalimida
potsica

Glicina cido ftlico

(85%)

Fenilalanina
O

CH3 CH3
- +
N K
O O O O

Br Br
O
O O CH3 O O CH3
CCl4 DMF
Br
malonato de dietilo

O O

CO2C2H5
+
1) NaOEt / EtOH H3O
N CH N C

CO2C2H5 2) C6H5CH2Cl (CO2C2H5) 2

calor
O O

O O

N CH KOH / H2O OH

O NH2
o NH2NH2
O HO
Fenilalanina
cido Glutmico

19
 O O

CO2C2H5 CH2CH2CO2C2H5 +
1) NaOEt / EtOH H3 O
N CH N C

CO2C2H5 2) CH2=CHCO2C2H5 (CO2C2H5)2 calor

O O

O
OH OH
CH2CH2CO2C2H5

N CH KOH / H2O
O O
O
o NH2NH2
O HO NH2

4. Sntesis del amidomalonato

cido (R,S)-asprtico
(55%)
Acetamidomalonato 3 EtOH + CO2 + CH3COOH
de dietilo

Problema 13. Indique los halogenuros de alquilo necesarios para producir los siguientes -
aminocidos por el mtodo de sntesis amidomalnica.
(a) leucina (b) Histidina (c) Triptofano (d) Metionina

Problema 14. La serina puede sintetizarse por una simple variacin del mtodo amidomalnico
utilizando formaldehdo en vez de halogenuro de alquilo. Cmo podra lograrse esto?

5. Aminacin reductiva de -cetocidos: Biosntesis.

O O O O
L-glutamato
HO OH NH3 deshidrogenasa
+ HO OH
O NADH
NH2
cido--cetoglutrico.
cido glutmico

O O H3C O
NH3

H3C OH NaBH4 H2N OH

20
 cido pirvico (R,S)-Alanina

Problema 15. Proponga una sntesis para cada uno de los siguientes aminocidos partiendo del
malonato de dietilo: Valina, Metionina y cido asprtico.

Problema 16. La prolina puede prepararse por una secuencia que utiliza ftalimida, malonato de dietilo
y 1,3-dibromopropano. Indique los pasos de esta sntesis.

Sntesis Enantioselectiva de aminocidos.

La sntesis de -aminocidos a partir de un precursor aquiral por cualquiera de los mtodos descritos
produce una mezcla racmica (una mezcla racmica en partes iguales de enantimeros R y S).
Existen dos mtodos para obtener aminocidos enantomricamente puros. Una manera consiste en
resolver la mezcla racmica en sus enantimeros puros. Sin embargo un mtodo mejor consiste en usar
una sntesis enantioselectiva para preparar directamente slo el enantimero S deseado.

Resolucin de aminocidos R, S.

La resolucin puede hacerse al convertir el aminocido en su amida y permitiendo que el aminocido

racmico intervenga en una reaccin cido-base con un solo enantimero de una amina quiral. Se
forman dos sales diasteromricas que luego se separan y se vuelven a convertir en el aminocido por
hidrlisis del grupo amida.

Mezcla de Mezcla de
enantimeros de enantimeros de Mezcla de sales
aminocidos aminocidos diasteromricas

Las enzimas catalizan selectivamente la hidrlisis de amidas formadas de L-aminocidos (S).

Mezcla de Mezcla de
enantimeros de enantimeros de Aminocido S Aminocido R
aminocidos aminocidos
21
Se utiliza una aminoacilasa obtenida de rion de cerdo.

Sntesis enantioselectiva de aminocidos.

Se utiliza un catalizador en una reaccin quiral que contenga temporalmente una molcula de sustrato
en un ambiente asimtrico. Mientras se encuentra en este ambiente, el sustrato puede estar ms abierto
a reaccionar de un lado que en el otro, lo que lleva a un exceso del producto enantiomrico sobre el
otro.

William Knowles descubri hace algunos aos que los -aminocidos pueden prepararse
enantioselectivamente mediante la hidrogenacin de un cido Z enamido con un catalizador de
hidrogenacin quiral.

cido Z enamido S-fenilalanina 98.7%

El catalizador ms efectivo para la sntesis enantioselectiva son los complejos de coordinacin de

Rodio (I) con ciclooctadieno (COD) y una difosfina quiral como el (R,R)-1,2-bis(o-
anisilfenilfosfonio)etano, el llamado ligando DiPAMP.

22
 PPTIDOS Y PROTENAS.

Las protenas y los pptidos son polmeros de aminocidos en los cuales las unidades individuales de
aminocidos, llamados residuos, estn unidas mediante enlaces amida, o uniones peptdicas.

Alanina (Ala)

Alanilserina (Ala-Ser)

Serina (Ser)

Aminocido N terminal Aminocido C terminal

La larga secuencia repetida de enlaces peptdicos forman una cadena, la estructura primaria o
esqueleto de las protenas. Por convencion siempre se escriben los pptidos con el aminocido N-
terminal a la izquierda y el aminocido C-terminal a la derecha. El nombre del pptido se indica
utilizando las abreviaturas para cada aminocido.

23
 Bradiquinina

H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH

R-P-P-G-F-S-P-F-R

Problema 17. Nombre los seis posibles tripptidos isomricos con valina, tirosina y glicina. Utilice la
notacin corta de tres letras para cada aminocido.

Problema 18. Trace la estructura completa de H-Met-Pro-Val-Gli-His-OH

ENLACE COVALENTE EN LOS PPTIDOS.

Consecuencias de la resonancia:
Estabilidad del enlace
Menor basicidad del tomo de nitrgeno
Rotacin restringida del enlace C-N (carcter de doble enlace)

Configuracin Trans.

24
En los pptidos se encuentra un segundo tipo de uniones covalentes cuando se forma un enlace
disulfuro RS-SR entre dos redisuos de Cisterna. El enlace disulfuro se forma con facilidad por medio
de la oxidacin suave de los tioles RSH y se rompen con facilidad mediante una reduccin suave.

Oxidacin
moderada

Csteina Cistina

Oxidacin moderada de tioles con Bromo.

- -
HO S R
- Br Br
R SH R S R S S R
Br R S
H2O

Los enlaces disulfuro contribuyen a la forma (estructura) de un polipptido.

Oxitocina

25
 DETERMINACIN DE LA ESTRUCTURA DE LOS PPTIDO:
ANLISIS DE LOS AMINOCIDOS

Cules aminocidos estn presentes? Cuntos hay de cada uno? Cul es la secuencia de
aminocidos de la cadena peptdica?

Las respuestas a las dos primeras preguntas se obtienen con un Analizador de aminocidos.

William Stein y Standford Moore.

Mezcla equimolecular
Estndar de 17 -
aminocidos.

26
 DETERMINACIN DE LA SECUENCIA DE UN PPTIDO.

1.- Hidrlisis de los enlaces disulfuro RS-SR con cido perfrmico.

2.- Hidrlisis del pptido con HCl 6M por 24 horas.
3.- Analizador de aminocidos.

2-mercaptoetanol

cido iodoactico

27
 cido cisteico

cido cisteico

DETERMINACIN DE LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS EN PPTIDOS:

DETERMINACIN DE RESIDUOS N-TERMINALES.

DEGRADACIN DE EDMAN.

Isocianato de fenilo
Reactivo de Edman

pptido sin el amino cido

derivado de N-terminal original
tiazolinona

28
 La transposicin de la anilinotiazolinona en medio cido acuoso
produce el derivado final N-feniltiohidantoina (PTH).

PTH se identifica por

cromatografa

Los pptidos de cadena acortada se vuelven a someter en forma automtica a otro ciclo de la
Degradacin de Edman.
La determinacin de la secuencia completa de protenas por este mtodo es poco prctica a causa de la
formacin de subproductos indeseables que limita el mtodo a un mximo de 50 ciclos.

MTODO DE SANGER

N-aminocidos

2,4-dinitrofluorobenceno polipptido
(DNFB)

Polipptido marcado

Mezcla de
Aminocido N-terminal resto de
marcado. aminocidos
Separado e identificado 29
El mtodo de Sanger no es tan utilizado como el de Edman.

Dadas las limitaciones de los mtodos de Edman y Sanger; primero se rompe una cadena peptdica
larga por medio de una hidrlisis parcial en varios fragmentos ms pequeos, se determina la
secuencia de cada fragmento y stos se ajustan haciendo coincidir los extremos que se traslapan.

HIDRLISIS ENZIMTICAS.

Enzima Especificidad

Tripsina hidrlisis carboxilo de aminocidos bsicos: Arginina y Lisina.

Quimiotripsina hidrlisis carboxilo de aminocidos arilo: Fenilalanina, Tirosina y Triptofano.
Elastasa hidrlisis carboxilo de aminocidos pequeos: Glicina y alanina.

Carboxipeptidasa A Remueve el aminocido C-terminal

Carboxipeptidasa B Remueve los aminocidos C-terminal Arginina y Lisina solamente.

Val Phe Leu Met Tyr Pro Gly Trp Cys Glu Asp Ile Lys Ser Arg His

Quimiotripsina rompe estos enlaces Tripsina rompe estos enlaces.

HIDRLISIS PARCIAL

1. Un anlisis de los aminocidos de la angiotensina II revelara la presencia de ocho aminocidos

diferentes: Arg, Asp, His, Ile, Fen, Pro, Tir y Val en cantidades equimoleculares.

2. Un anlisis de extremos N-terminales por el mtodo de Edman indicara que la angiotensina II

tiene un residuo de cido asprtico en el extremo N-terminal.

3. La hidrlisis parcial de la angiotensina II con cido clorhdrico diluido producira los siguientes
fragmentos, cuya secuencia puede ser determinada por Degradacin de Edman:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
d. H-Pro-Fen-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
30
4. Traslapando las regiones que se superponen de los fragmentos se obtiene la secuencia completa de
aminocidos en la angiotensina II:

a. H-Asp-Arg-Val-OH
c. H-Arg-Val-Tir-OH
e. H-Val-Tir-Ile-OH
b. H-Ile-His-Pro-OH
d. H-Pro-Fen-OH

H-Asp-Arg-Val-Tir-Ile-His-Pro-Fen-OH

Problema 19. Cual es la estructura de un pentapptido que da los siguientes tripptidos cuando se
hidroliza parcialmente?

Gli-glu-arg, glu-arg-gli, arg-gli-fen

Problema 20. Qu fragmentos resultaran si se rompiera la Angiotensina II con tripsina en un caso, y

con quimiotripsina en otro?.

Problema 21. Dibuje la estructura del derivado PTH que se puede formar por la degradacin de
Edman de la Angiotensina II.

Problema 22. Indique la secuencia de los hexapptidos que producen los siguientes fragmentos por
hidrlisis parcial con cido:

(a) Arg,Gli,Ile,Leu,Pro,Val forman H-Pro-Leu-Gli-OH, H-Arg-Pro-OH, H-Gli-Ile-Val-OH

(b) Asp,Leu,Met,Trp, Val2 forman H-Val-Leu-OH, H-Val-Met-Trp-OH, H-Trp-Asp-Val-OH

DETERMINACIN DE RESIDUOS C-TERMINALES.

carboxipeptidasa

31
Problema 23. Se encuentra que un hexapptido con la composicin Arg, Gli, Leu, Pro tiene prolina en
los extremos C y N. La hidrlisis parcial produce los siguientes fragmentos:

H-Gli-Pro-Arg-OH H-Arg-Pro-OH H-Pro-Leu-Gli-OH

Cul es la estructura del hexapptido?

Problema 24. Proponga dos estructuras para un tripptido que por hidrlisis se descompone en Leu,
Ala, y Fen pero que no reacciona con carboxipeptidasa ni con fenilisotiocianato.

El bromuro de ciangeno hidroliza el enlace peptdico de la Metionina.

H Ala Lys Phe Asp Met Val Arg Trp OH

BrCN rompe este enlace.

Mecanismo de la hidrlisis del enlace peptdico por bromuro de ciangeno.

32
 SNTESIS DE PPTIDOS.

Aunque las amidas simples suelen formarse por la reaccin entre aminas y cloruros de cidos, la
sntesis de los pptidos es ms difcil porque se deben de formar muchos enlaces amida diferentes en
orden especfico y no aleatoriamente.

2 sitios de unin + 2 sitios de unin = 4 productos distintos.

La solucin al problema de la especificidad es la proteccin.

33
 Proteccin

NH2

Alanina 1. Formacin de
la amida

2. Desproteccin

Proteccin

COOH

Leucina

GRUPOS PROTECTORES EN LA SNTESIS DE PPTIDOS.

Nombre Estructura Abreviatura Reactivo Eliminacin

Grupos Protectores de aminas.

O O

Benciloxicarbonilo R O Z- , CBZ- Cl O H2 / Pd-C

HBr, HF, HCl

CH3
H3C
O H3C
CH3 O O H3C
H3C CH3
tert-Butoxicarbonilo R O
Boc- CF3COOH
CH3 O O O
CH3
HCl gas
BF3 / Et2O / THF
O H3C O H3C

CN CN
R O Cl O
Ciano-t-butoxicarbonilo CH3 Cyoc- CH3 NaOH / THF

34

O
O
9-Fluorenilmetoxicarbonil Fmoc- Piperidina

O O

p-Toluensulfonilo R S CH3 Tos- Cl S CH3 Na / NH3

O O

Grupos protectores de cidos carboxlicos.

Ester RO- ROH / H+ H2O / NaOH

R3O+X- H3O+

Preparacin de Carbamatos para proteccin del grupo amino.

carbamato
O

OH
OH - HCl
Cl O H2N O NH
+ O
O
O
del Cl2C=O y C6H5CH2OH Glicina Glicina-CBZ
O
O
ZBC NH OH ZBC NH O
- HCl
+ Cl O CH3 O
O O CH3

Glicina protegida Cloroformiato de etilo grupo ster activado

O
O
O

O NH O OH
O +
CH3 NH2
O

35

O
 fenilalanina

Gly-Phe con el grupo amino protegido

Eliminacin del grupo protector carbamato

O O
HN HN
H2, Pd / C CH3
O NH OH CO2 H2N OH
O O

ter-butoxicarbonilamida (BOC)

Alanina dicarbonato de di-ter-butilo BOC-Ala

Fluorenilmetoxcarbonilamida

cloroformiato de aminocido. (cadena aminocido- FMoc

9-fluorenilmetilo lateral protegida si es protegido (estable en cidos)
necesario) 36
 (Grupo 9-fluorenilmetoxicarbonilo)
Desproteccin. (ruptura del grupo FMoc)

producto
piperidina aminocido libre secundario

Proteccin del grupo carboxilo de un aminocido por formacin de un ster.

Leucinato de metilo

Leucina Leucina

Leucinato de bencilo

FORMACIN DEL ENLAC PEPTDICO.

Cloroformiato de bencilo

37
 Anhdrido mixto de Ala-CBZ

EL USO DE AGENTES ACOPLANTES (ACTIVANTES DEL COOH).

a) Carbonildiimidazol (CDI)

O
O R1
O O R1 CO2
O R O
R
NH +
OH N N N
+ NH2 CH3
N NH-protegido O
NH-protegido N NH
calor
CH3

b) Diciclohexilcarbodiimida (DCC)

O
O O R1
R1
R O
R O
OH NH
N C N NH2 CH3
+ + HN NH
NH-protegido NH-protegido O C
calor H3C
O

38
 c) N-(3-dimetilaminopropil)-N-etilcarbodiimida. (EDCI EDAC)

O
H3C
O
R1
N
O O R1
R
OH H3C
NH2 CH3 R O
+ N C N NH
NH-protegido
CH3 calor +
NH-protegido O
H3C
O

H3C C
N NH NH

CH3
CH3

d) Hexafluorofosfato de (benzotriazol-1-il-oxi)tripirrolidinfosfonio. (PyBOP)

O
R
F O R
O
O F F
N R O
P- H2N CH3
R NH
+ N F F
OH F
calor HN O
N
protegido CH3
HN
protegido O

N +
P N

Resumen de 5 pasos para la sntesis de H-Ala-Leu-OH

1. Proteger el grupo amino de la leucina como su derivado BOC

H-Ala-OH + bicarbonato de di-tert-butilo BOC-Ala-OH

2. Proteger el grupo carbonilo de la leucina como su ster metlico

39
 H-Leu-OH + CH3OH H-Leu-OCH3

3. Acoplar los dos aminocidos protegidos usando DCC

BOC-Ala-OH + H-Leu-OCH3 BOC-Ala-Leu-OCH3

4. Retirar el grupo protector BOC por tratamiento cido

BOC-Ala-Leu-OCH3 + CF3COOH H-Ala-Leu-OCH3

5. Retirar el ster metlico por hidrlisis bsica:

H-Ala-Leu-OCH3 + NaOH / H2O H-Ala-Leu-OH

Problema 25. Indique el mecanismo de la formacin de un derivado BOC para la reaccin de Tirosina
con bicarbonato de di-ter-butilo.

Problema 26. Escriba los cinco pasos que se requieren para la sntesis de H-Leu-Ala-OH a partir de
alanina y leucina.

Problema 27. Cmo podran prepararse los siguientes tripptidos?

(a) H-Leu-Ala-Gli-OH
(b) H-Gli-Leu-Ala-OH
(c) H-Ala-Gli-Leu-OH

cadena A
21 aminocidos

cadena B
30 aminocidos

insulina

40
La insulina esta compuesta por dos cadenas que suman un total de 51 aminocidos unidos pos dos
puentes disulfuro. Frederick Sanger determin su estructura y recibi el premio Nobel en Qumica en
1958 por su trabajo.

SNTESIS DE PPTIDOS AUTOMATIZADA:

TCNICA DE FASE SLIDA DE MERREFIELD.

La sntesis de pptidos se efecta sobre esferas slidas de poliestireno, preparado de un modo tal que
por cada 100 anillos de benceno uno lleve un grupo clorometilo:

CH3 CH3

CH CH2 HC CH2 CH CH2 CH CH2 CH

CH3
H3C

Cl Cl

Sntesis de un tripptido utilizando la Fase slida de Merrifield.

Aminocido N-protegido

41
 2 Aminocido N-protegido 2 Aminocido N-protegido
y COOH activado

Dipptido
protegido

Dipptido-Resina

3 Aminocido
N-protegido y
COOH
activado
3 Aminocido N-protegido

Tripptido protegido

42
 Tripptido-Resina

polmero
Tripptido libre

Problema 28. La importancia del rendimiento en cada paso de la sntesis de un pptido es muy
grande. La preparacin de un decapptido puede implicar de 30 a 40 reacciones qumicas. Suponiendo
que cada paso pueda realizarse con un rendimiento del 90%, calcule el rendimiento global de una
secuencia de 40 pasos.

PROTENAS.

9 Estructura primaria y secundaria

9 Estructura terciaria y cuaternaria
9 Clasificacin y funciones de protenas
9 Enzimas
9 Desnaturalizacin de protenas

ESTRUCTURA PRIMARIA.

Se refiere a la secuencia en la que estn unidos los aminocidos.

43
Estructura primaria de la bradiquinina:

H-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-OH

OXITOCINA

VASOPRESINA

44
 ESTRUCTRURA SECUNDARIA.

Es la orientacin relativa de los tomos del

esqueleto (backbone): tomos que forman en
enlace peptdico.

Depende de:
La regin planar en cada enlace peptdico.
La formacin de puentes de hidrgeno.
Separacin adecuada de grupos R (cadenas
laterales de los aminocidos)

HELICE ALFA

Cada oxgeno est unido con un puente de hidrgeno al amino cido del siguiente giro de la hlice.
(Prolina rompe las hlices alfa)

45
 Vista lateral vista superior

HOJA PLEGADA (LMINA) BETA

Cada carbonilo en un enlace peptdico est unido con un puente de hidrgeno al grupo H-N de un
amino cido de una cadena adyacente.

46
Dos o ms cadenas peptdicas pueden alinearse formando la lmina

Orientacin de los puentes de hidrgeno en las lminas Beta

47
 Tipos de Laminas Beta

ESTRUCTURA TERCIARIA.

48
Describe el enrollamiento de toda la protena en una forma tridimensional (3D).

Factores que determinan la estructura terciaria:

Interacciones hidrfobos de las cadenas laterales.
Puentes disulfuro.
Puentes de hidrgeno.
Grupos prostticos.

Puede haber combinaciones de Hlices y lminas .

ESTRUCTURA CUATERNARIA.

49
Describe como se unen las molculas de protenas diferentes en grandes estructuras agregadas.

CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS (COMPOSICIN)

Protenas simples
Constituidas nicamente por amino cidos
Protenas conjugadas
Constituidas por amino cidos y otros compuestos.
Glicoprotenas (carbohidratos)
Lipopoprotenas (grasas)
Nucleoprotenas (cido ribonucleico)
Fosfoprotenas (steres de fosfato)
Metaloprotenas (hierro)

PROTENAS CONJUGADAS:

Globulina (glicoprotena)
Interfern (glicoprotena)
Casena (fosfoprotena)
Ferritina (metaloprotena)
Hemoglobina (metaloprotena)

CLASES CONFORMACIONALES DE PROTINAS.

50
 Protenas fibrosas (insolubles)
Colgeno: tejido conectivo, tendones
Queratina: cabello, uas, piel
Elastina: tejido conectivo elstico
Protenas globulares (solubles)
Insulina: hormona reguladora del metabolismo de la glucosa
Mioglobina: transporte de oxgeno
Ribonucleasa: controla la sntesis del RNA

ALGUNAS FUNCIONES BIOLGICAS DE LAS PROTENAS.

Enzimas (catalizadores biolgicos)

Hormonas (insulina)
Protenas protectoras (anticuerpos)
Protenas de almacenamiento (casena)
Protenas estructurales (queratina, elastina)
Protenas de transporte (hemoglobina)

ENZIMAS.

Casi todas son globulares

Algunas son conjugadas:
La parte no proteica se llama cofactor
La parte proteica se llama apoenzima
Cofactor + apoenzima = holoenzima
Son especficas

Posible mecanismo de accin de la quimiotripsina.

51
Posible mecanismo de accin de la tripsina.

52
DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS.

53
Es la alteracin de la estructura terciaria. La estructura primaria no se altera.

ESTRUCTURAS DE PROTENAS EN INTERNET.

Protein Data Bank

http://www.rcsb.org/pdb/

54
Problema 29. se cree que la descarboxilacin de los -cetocidos catalizada por tiamina se inicia con
la eliminacin de un tomo de hidrgeno cido del anillo de tiazol de la tiamina.

H3C H3C

CH3 CH3
H3C + H3C + +
N N
+ H
-
S C S

H
a. Por qu es cido este hidrgeno?
b. Proponga un mecanismo para la descarboxilacin del cido pirvico (CH3COCO2H) mediante
tiamina. Se sabe que el intermedio final es la especie A.
H3C

CH3
H3C +
A= N

S
H3C
C
OH
H

La vitamina cido lipoico es una coenzima en la conversin de A y CoA en acetil coenzima A.

indique de que manera el intermedio A puede justificar la formacin de acetil coenzima A a partir del
piruvato inicial.

(CH2)4 CO 2H

55