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RESUMEN
Uno de los ms importantes aportes a la biologa ha sido el reconocimiento del ADN como la molcula de la
vida. El estudio de sus propiedades fisicoqumicas y biolgicas ha desarrollado, en menos de 50 aos, un enfoque
totalmente novedoso en lo referente al origen, flujo y almacenamiento de la informacin gentica en todo ser
vivo. Debido a que en el ADN se encuentran cifradas las instrucciones que definen las caractersticas propias de
cada organismo, diversas tecnologas y sistemas de anlisis se han desarrollado para la caracterizacin de esta
molcula. Los resultados de tales estudios demuestran que caractersticas como la resistencia a enfermedades,
potencialidades de produccin, tamao y color de los frutos, entre otros, son debidas a la expresin de la informacin
gentica y su interaccin con el medio ambiente. La aplicacin de este conocimiento se ha convertido en una
herramienta fundamental en programas de mejoramiento gentico. Por lo tanto, en la presente revisin se presentan
conceptos bsicos y explicaciones de los mtodos utilizados para la extraccin de esa informacin gentica
empleando, como ejemplo, el protocolo usado para el aislamiento de ADN de palma de aceite (Elaeis guineensis
Jacq.). Se espera que esta revisin sea el comienzo de una serie de artculos en los que se ver el vertiginoso
desarrollo de la gentica y la biotecnologa en los ltimos aos y la importancia de aplicar las tcnicas moleculares
en palma de aceite.
SUMMARY
One of the most important contributions to biology has been the recognition of the DNA as the lifes molecule.
The study of its physicochemical and biological properties has developed, in less than 50 years, a complete different approach in relation to the origin, flux, and storage of genetic information in all known living-forms. Because
inside the DNA molecule are ciphered the instructions that define all the characteristics of any organism, several
technologies and systems of data analysis have been developed for the characterization of this molecule. The
results of such studies have demonstrated that characters such as resistance against diseases, productivity potential, size and colour of fruits are due to the expression of genetic information and its interaction with the environment. Nowadays, the use of this knowledge is a fundamental tool in breeding programms. In this review, some
basic concepts and explanations about methods currently used for DNA extraction, in particular the protocol used
for oil palm, are presented. This review will be the starting point of a series of papers related with the importance
of applying molecular techniques in oil palm.
Palabras Claves: Biologa molecular, Palma de aceite, ADN, Marcadores moleculares.
1 PhD. Investigador Titular. Laboratorio de Marcadores Moleculares, rea de Fisiologa y Mejoramiento. Cenipalma.
Calle 21 No. 42C-47, Bogot, Colombia. E-mail: pedro.rocha@cenipalma.org.
P. J. Rocha S.
INTRODUCCIN
Las caractersticas fisiolgicas y
bioqumicas de todo ser vivo estn
contenidas en sus respectivos
genomas (ver glosario). Los genomas de bacterias, hongos, plantas,
animales y algunos virus estn
compuestos por molculas de cido
desoxirribonuclico (comnmente
llamado ADN). El ADN es una
estructura qumica cuyos elementos fundamentales (nucletidos) se
organizan de manera lineal
generando enormes secuencias de
informacin (Fig. 1, Tabla 1). La
informacin que define y codifica
un carcter determinado se
denomina gen (Lewin 1995). Los
genes se organizan linealmente y
se agrupan formando estructuras
llamadas cromosomas, los cuales
pueden ser vistos bajo el microscopio durante ciertas etapas del
ciclo de vida de la clula.
Los genes que posee un individuo
en su genoma definen su genotipo.
La expresin del genotipo es
afectada en gran medida por el
medio ambiente, determinando as
la apariencia o rendimiento de un
individuo (fenotipo). La gentica
estudia cmo el genotipo y el
Tabla 1. Variacin del tamao del genoma para algunos genomas vegetales. (basado en Bennet y Leitch 2001).
Nombre comn
Trigo
Tabaco
Caa de azcar
Maz
Caf
Palma de aceite
Papa
Yuca
Frjol
Arroz
Uva
Arabidopsis
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PALMAS
Nombre cientfico
Triticum aestivum L.
Nicotiana tabacum L.
Saccharum officinarum L.
Zea mays L.
Coffea arabiga L.
Elaeis guineensis Jacq.
Solanum tuberosum L.
Manihot esculenta Krantz
Phaseolus vulgaris L.
Oryza sativa L.
Vitis vinifera L.
Arabidopsis thaliana
Nmero de
cromosomas
16.978.500
5.733.000
3.969.000
2.670.500
1.176.000
980.000
858.000
808.500
588.000
490.000
417.000
171.500
42
48
80
20
44
32
24
72
22
24
38
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PALMAS
Tabla 2. Algunos agentes contaminantes en preparaciones de ADN y alternativas para su extraccin (basado en
Sambrook et al. 2001; Taylor et al. 1993; Rogers y Bendich 1988).
Contaminante
Polisacridos
Lpidos y grasas
Tratamiento
Uso de detergentes (CTAB).
Incubacin enzimtica (con lipasas).
Uso de detergentes (SDS, Triton).
Tratamiento con cloroformo, alcohol isoamlico.
Protenas
Pigmentos
Uso de alcoholes.
ARN
Alcoholes
Compuestos fenlicos
Detergentes
Sales
Slidos insolubles
PROTOCOLO DE EXTRACCIN DE
ADN DE PALMA DE ACEITE
(CENIPALMA)
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PALMAS
18. Aadir 0,5 ml de agua destilada estril y resuspender el botn de ADN agitando suavemente.
19. Aadir 0,1 ml de una solucin de ARNasa de
0,1 mg/ml. Incubar durante una hora a 37C.
20. Almacenar el ADN extrado a 4C si se va a
utilizar en menos de tres das. Alternativamente, el almacenamiento por largos
perodos puede realizarse a 20C.
Con la aplicacin de este protocolo, se considera
una buena extraccin aquella que presenta niveles
muy bajos de agentes contaminantes y permite
obtener alrededor de 80 mg de ADN por cada
gramo de tejido foliar utilizado. Una muestra de
ADN con estas caractersticas puede almacenarse
durante varios aos a bajas temperaturas sin perder
sus caractersticas fsicoqumicas ni biolgicas.
VERIFICACIN DE LA CALIDAD Y
LA CANTIDAD DE UNA
PREPARACIN DE ADN
El ADN que ha sido extrado de un tejido debe ser
cuantificado y su calidad verificada. El mtodo ms
empleado para la determinacin simultnea de
estas caractersticas es la electroforesis en gel de
agarosa (Fig. 3). Esta tcnica se fundamenta en la
migracin de las molculas de ADN, a travs de
una matriz gelatinosa, debida a la aplicacin de
un campo elctrico. La deteccin visual del ADN
se lleva a cabo utilizando una sustancia sensible a
la luz ultravioleta, el bromuro de etidio (Sambrook
et al. 2002). Este compuesto es un agente carcinognico que actua intercalndose dentro de la doble
hlice del ADN.
La cuantificacin tambin se puede realizar
empleando un espectrofotmetro, el cual detecta
la radiacin emitida por las bases nitrogenadas
presentes en el ADN luego de ser excitadas con luz
de 260 nm. De igual manera se puede emplear un
fluormetro, el cual cuantifica la emisin de
energa de los compuestos qumicos (fluorocromos)
que se intercalan dentro del ADN.
CONSIDERACIONES FINALES
El desarrollo de la gentica y la biotecnologa ha
sido vertiginoso en los ltimos aos y ha hecho
Tabla 3. Caractersticas y funciones de algunos de los reactivos empleados en la extraccin de ADN proveniente de
diversas fuentes vegetales (Sambrook et al., 2001).
Reactivo
Tris (hidroximetil amino metano)
EDTA (cido etilendiamintetractico)
Caracterstica
Tampn biolgico
Agente quelante
Funcin
Estabiliza el pH de la solucin (entre 7,0 y 8,0)
Atrapa los iones magnesio presentes en el medio
para evitar la accin de enzimas que degradan al
ADN.
Cloruro de sodio.
Sal
Cloruro de potasio
Sal
Acetato de sodio
Sal
Precipita al ADN.
Acetato de potasio
Sal
Precipita protenas.
Fenol
Solvente orgnico
(TXICO)
Denatura protenas.
Cloroformo
Solvente orgnico
(TXICO)
Denatura protenas.
Remueve lpidos.
Solubiliza al fenol y lo elimina de la solucin.
Detergente aninico
(TXICO)
Detergente aninico
Inhibe hexoquinasas.
Solubiliza protenas y membranas.
Detergente catinico
Solubiliza polisacridos.
Triton X-100
Detergente
-Mercaptoetanol
Antioxidante
DTT (ditiothreitol)
Antioxidante
Octanol:isoamilalcohol
Alcoholes
Etanol
Alcohol
Agente antioxidante.
Disminuye la formacin de espumas e interfases.
Elimina compuestos fenlicos que pueden
inhibir la actividad de enzimas.
Precipita cidos nuclicos.
Detergente
Isopropanol
Alcohol
ARNasa
Enzima
Degrada ARN.
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(A)
(B)
(C)
(D)
Figura 3. Electroforegramas de preparaciones de ADN proveniente de diversas palmas de aceite. Se muestran geles de
agarosa al 0,8%, teidos con bromuro de etidio. (A) ADN de buena calidad. (B) ADN con impurezas. (C) ADN
con presencia de ARN contaminante. (D) ADN degradado por accin mecnica o presencia de ADNasas.
Registros tomados del centro de documentacin de geles del Laboratorio de Marcadores Moleculares de
Cenipalma.
AGRADECIMIENTOS
BIBLIOGRAFA
BENNET, M.D.; LEITCH, IJ. 2001. Angiosperm DNA C-values database (release 3.1, Sept. 2001). http://
www.rbgkew.org.uk/cval/homepage.html
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PALMAS
GLOSARIO
ADN: (cido desoxirribonuclico). Es la molcula responsable de almacenar todas las
caractersticas (genes) de un individuo y transmitirlas a su descendencia. Qumicamente es
una estructura qumica compleja cuyos componentes (denominados nucletidos) se organizan
de manera lineal, generando enormes secuencias de informacin.
Cromosoma: Es un paquete de genes y ADN presente en el ncleo de una clula. Diferentes
clases de organismos tienen diferentes nmeros de cromosomas. El ser humano, por ejemplo,
tiene 23 pares de cromosomas, mientras la palma de aceite tiene 32 pares. Cada miembro del
par de cromosomas es aportado por el padre y por la madre del individuo.
Fenotipo: Es el resultado de la expresin del genotipo, es decir, es la apariencia externa de
un individuo. Tambin se expresa como el resultado de la influencia del medio ambiente
sobre el genotipo.
Gen: Es un fragmento de ADN que codifica para una caracterstica determinada. En otros
trminos, es la unidad fsica y funcional de la herencia pasada directamente de los padres a
su descendencia. Por ejemplo, caractersticas tales como color, altura y forma estn codificadas
por uno o ms genes.
Genoma: Es la dotacin gentica completa de cada ser vivo. En otros trminos, es la coleccin
de informacin hereditaria que un individuo ha recibido de sus progenitores.
Genotipo: Representa los genes transportados por un individuo.
Marcador Gentico o Marcador Molecular: Es un segmento de ADN que puede ser
identificado y localizado fsicamente sobre un cromosoma y cuya herencia puede ser seguida.
Un marcador puede ser un gen, o puede ser una seccin de ADN sin funcin conocida.
Ejemplos de tcnicas que generan marcadores moleculares son los RFLP, RAPD y AFLP, entre
otros.
AFLP = Polimorfismos en la longitud de fragmentos amplicados.
RAPD = Polimorfismos de ADN amplificados aleatoriamente.
RFLP = Polimorfismos en la longitud de fragmentos de restriccin.
Mapeo de genes: Es un mtodo de anlisis que permite la determinacin de las posiciones
relativas de los genes en un cromosoma y las distancias entre ellos. La representacin grfica
que muestra las localizaciones fsicas de los genes y marcadores en cada cromosoma se
denomina mapa fsico.
Nucletido: Es el componente estructural bsico del ADN. Qumicamente es una molcula
compuesta por una base nitrogenada, un azcar de cinco carbonos y un grupo fosfato. Debido
a que el ADN es una doble hlice, su longitud se mide en pares de nucletidos (o pares de
bases).
Secuenciacin: Es una tcnica que permite conocer el orden de los nucletidos en una
molcula de ADN
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