Las protenas son polmeros alfa- aminocidos. En los genes estn
codificados veinte aminocidos distintos que se incorporan en las protenas; todos son enantiomeros l. existen otros aminocidos (no proteicos) y tambin hay aminocidos modificados que se hallan en las protenas. La variedad de cadenas laterales (hidrfilas, hidrfobas, acidas, bsicas, neutras) permite una gran complejidad funcional en las protenas. Es posible realizar variaciones adicionales modificando algunos aminocidos despus de que se han incorporado a las protenas. La presencia de cargas + y en las cadenas laterales hacen que las protenas sean polianflitos. Los oligopptidos y los polipeptidos se forman por la polimerizacin de aminocidos mediante enlaces pptidicos. El enlace peptidico es casi planar, y la forma trans es la favorecida. Este enlace es metaestable y puede hidrolizarse fcilmente en presencia de catalizadores. La secuencia definida y nica de los aminocidos en cada protena constituye su estructura primaria, dictada por un gen. Algunas protenas contienen varias cadenas polipeptidicas, que se mantienen juntas por fuerzas covalentes o no covalentes. Las protenas se sintetizan en la clula por un proceso dependiente de ATP denominado traduccin. El ARN mensajero correspondiente a una protena se adhiere a una partcula denominada ribosoma. Cada aminocido especifico se acopla a una determinada molcula de t ARN. Un triplete anticodn del t ARN se una a un triplete codn correspondiente en el m ARN. A medida de que el ribosoma se mueve a lo largo del m ARN, los aminocidos se transfieren, uno a uno, a la cadena est limitada por tripletes especficos de iniciacin y parada en el cdigo gentico. Incluso cuando ya se ha completado la traduccin, la molcula proteica puede seguir modificndose de modo covalente, por la fragmentacin de porciones concretas o por la modificacin de algunas cadenas laterales de aminocidos.
Las molculas proteicas se organizan de manera caracterstica en distintos
niveles. El primer nivel, o nivel primario, es la secuencia de aminocidos, dictada por el gen. Esta secuencia, a su vez, determina el plegado local (estructura secundaria) y la organizacin en estructuras multiples subunidades (estructura cuaternaria). De las muchas estructuras secundarias concebibles, solo un pequeo numero son posibles estricamente y pueden estabilizarse mediante enlaces de hidrogeno. Tambin existen estructuras que permiten que una cadena polipeptidica realice giros bruscos. Las protenas pueden agruparse en dos grandes categoras: fibrosas y globulares. Las protenas fibrosas son alargadas, habitualmente de estructura secundaria regular, y desempean funciones estructurales en la
clula y el organismo, como las queratinas, las fibroinas, el colgeno y la
elastina. Las protenas globulares presentan estructuras terciarias ms complejas y se pliegan en formas compactas que suelen contener dominios definidos. Se han identificado diversas clases de plegados terciarios, como los haces de hlices alfa, lminas beta enrolladas y los cilindros beta. Diversos factores determinan la estabilidad de las protenas globulares: la entropa conformacional, la entalpia debida a los enlaces no covalentes internos, el efecto hidrfobo y los enlaces disulfuro. En la clula, las protenas denominadas chaperoninas ayudan a impedir la formacin de estructuras incorrectas o interacciones no deseadas. Incluso cuando estn plegadas, las protenas globulares son estructuras dinmicas que experimentan diversos tipos de movimientos internos. La mayor parte de los organismos necesitan oxigeno. Los vertebrados utilizan la hemoglobina para el transporte de oxigeno y la mioglobina para el almacenamiento del mismo. En estas protenas, el oxigeno esta unido una Fe(II)-porfirina(hemo); el hemo se transporta en un bolsillo hidrfobo, que inhibe la oxidacin del hierro. La mioglobina lleva un nico lugar de unin de oxigeno, y por consiguiente, presenta una curva de unin hiperblica no cooperativa. La hemoglobina une el oxigeno de manera cooperativa, con una curva de unin sigmoidea que da lugar a una transferencia mas eficiente. Esta cooperatividad la consigue al ser una protena tetramrica alostrica. La unin del oxigeno a los lugares de la hemoglobina da lugar a las modificaciones de la estructura terciaria. La hemoglobina y la mioglobina, al igual que otras protenas, evolucionan mediante mutaciones, duplicaciones y recombinaciones de sus genes.