Documentos de Académico
Documentos de Profesional
Documentos de Cultura
Introduccin
General
Estructura de Protenas
Quimica Biolgica 2014
Clase
1:
2:
3:
Bibliografia:
La estructura de Protenas en QB
Enfoque reduccionista
Enfoque Fenomenolgico
Bottom-up
Top-Down
Enfoque
Dialctico e Interdisciplinario
Qumica
Biologa
Estructural
BioquimicaBiol Mol
Informtica
H=E
plasma
membrane
AC
GDP GTP
GTP
GDP
cytosol
ATP cAMP + PP i
Power-point Biology!
Realidad?
Estructura de Protenas
Objetivos de la Clase:
Un poco de Repaso
de Termodinmica
Energa
A dnde va el sistema?
F = -E/r
Un poco de repaso S y G
S = Entropa, Qu es?
S es: desorden, numero de conformaciones accesibles,
distribucin de estados
G?
Unidades y magnitudes?
Tipos de interacciones
Interaccin de Van der Waals (vdw) o fuerzas
de london (dbil) Ej: Asociar 1 Metileno a una
cadena aliftica H = -0.5 kcal/mol
y el efecto
hidrofbico?
Tipos de interacciones:
Interaccin u efecto hidrofbico
El efecto hidrfobico es una de las interacciones ms
importantes para la estructura de protenas
Surge NO de la interaccin entre grupos hidrofbicos,
sino cmo consecuencia de la estructura del Agua
Transferencia efectiva de un Metileno del agua a un
medio hidrofbico resulta en G -1 kcal/mol
G<0
Exclusin de Agua!
Estructura Primaria
La clave esta en el R
alifticos
L
hidrofbicos
C S+S
I
M
Muy pequeos
pequeos
S
N
D
CSH
T
F
K
W
E
R
aromaticos
cargados
positivos
polares
LAG
SVE
I T
RD
KPN
FQY
MH
CW
Media 322
aminocido
s
Estructura
Secundaria
Estructura Secundaria
ngulo diedro
(Cai-C-N-Cai+1)
C i
C
N
C i+1
Slo GLY
Todos
no GLY
La glicina presenta
mucha libertad
conformacional
El anlisis revela la
presencia de zonas
diferencias asociadas a
diferentes conformaciones
BII
L
BI BIII
Col
NO local
Cundo ms de 5 residuos se encuentran en conformacin extendida
/-180/180 , y estos se asociacian con otra cadena se forman PtesH
entre las cadenas dando lugar a una hoja- .
Las cadenas pueden correr en el mismo sentido (paralelas) o en sentido
opuesto (antiparalelas)
Las antiparalelas son ms estables
Las cadenas laterales se ubican alternadamente arriba y abajo del plano
de la hoja
Hlice
Hoja
Giro
Glutamico
1.59
0.52
1.01
Alanina
1.41
0.72
0.82
Leucina
1.34
1.22
0.57
Metionina
1.30
1.14
0.52
Glutamina
1.27
0.98
0.84
Lisina
1.23
0.69
1.07
Arginina
1.21
0.84
0.90
Histidina
1.05
0.80
0.81
Valina
0.90
1.87
0.41
Isoleucina
1.09
1.67
0.47
Tirosina
0.74
1.45
0.76
Cistena
0.66
1.40
0.54
Triptofano
1.02
1.35
0.65
Fenilalanina
1.16
1.33
0.59
Treonina
0.76
1.17
0.96
Glicina
0.43
0.58
1.77
Asparagina
0.76
0.48
1.34
Prolina
0.34
0.31
1.32
Serina
0.57
0.96
1.22
Asprtico
0.99
0.39
1.24
Estructura Terciaria
Globulares:
Cadenas plegadas adoptando forma esfrica o globular
Altamente solubles
DIVERSIDAD FUNCIONAL
Fibrosas:
En general insolubles en agua
Resistentes a la tensin mecnica. Proveen soporte o
elasticidad a los tejidos
Construidas por unidades repetitivas de la misma
estructura secundaria
Hidroflico
Gly Pro-OH
Dominio EGF
Dom SerProtesa
Dominio de unin
a calcio
Dominio kringle
Protenas de membrana
Archivo PDB
A
TOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
ATOM
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
OE1 GLU L 22
OE2 GLU L 22
C GLU L 22
O GLU L 22
N LEU C 23
H LEU C 23
CA LEU C 23
HA LEU C 23
CB LEU C 23
HB2 LEU C 23
HB3 LEU C 23
CG LEU C 23
HG LEU C 23
CD1 LEU C 23
Y
X
Qu es el pdb?
Es el nico repositorio Mundial sobre datos estructurales
de Macromolculas: Protenas, ADN, ARN.
en http://www.pdb.org
Totales
Nuevas
El site de PDB
Cmo busco un pdb?
O usando NCBI:
www.ncbi.nlm.nih.gov
en
TP
!
Zonas de
interaccin
hidrofbica
Bolsillo para sustratos?
Zonas de interaccin
cargadas
negativamente