En febrero de 1878 Bolivia impuso un nuevo impuesto a la empresa chilena "Compaa de
Salitres y Ferrocarril de Antofagasta", (CSFA) en flagrante violacin del tratado limtrofe de 1874 que prohiba nuevos o subidas de impuestos. Chile protest y solicit someter el pleito a una arbitracin pero el gobierno boliviano de Hilarin Daza consideraba el asunto como interno y sujeto a la juridiccin de las cortes de Bolivia. Chile insisti y advirti al gobierno boliviano que Chile no se considerara ligado al tratado de limtrofe de 1874 si Bolivia no suspenda el impuesto. Por el contrario, el gobierno boliviano rescindi la licencia a la compaa chilena, embarg sus bienes, y los puso a remate. El da del remate, el 14 de febrero de 1879, fuerzas militares chilenas ocuparon Antofagasta sin resistencia, una ciudad mayoritariamente habitada por chilenos.
La guerra con Chile se desarroll en el desierto de Atacama disputado, ricos en
nitrato. Per, ni su aliado, Bolivia, en el balance de poder regional contra Chile, haba podido consolidar sus pretensiones territoriales en el desierto, que dej el poder creciente de Chile para hacer valer sus diseos sobre la regin. Chile opt por atacar a Bolivia despus de que Bolivia rompi el Tratado de 1866 entre los dos pases por aumentar los impuestos sobre la exportacin de nitratos de la regin, principalmente controlados por empresas chilenas. En respuesta, Bolivia invoca su alianza secreta con el Per, el Tratado de 1873, para ir a la guerra. Per estaba obligado, a continuacin, entrar en una guerra que fue tremendamente desprevenido, particularmente desde el Gobierno de Pardo, antimilitarista que haba cortado drsticamente el presupuesto de defensa. Con la perspectiva de la retrospectiva, los resultados con el enemigo ms poderoso y mejor organizado de Per hacia el sur eran totalmente previsible. Esto fue especialmente cierto despus de la derrota inicial del Per en la batalla naval de la Baha Iquique, donde perdi uno de sus dos buques de guerra vestidos de hierro. Cinco meses ms tarde, perdi el otro, permitiendo a Chile para hacerse con el control de las rutas martimas y as prcticamente dictar el ritmo de la guerra. Aunque los peruanos lucharon las superiores chilenas fuerzas expedicionarias de la obstinadamente a partir de entonces, recurrir a la accin de la guerrilla en la Sierra despus de la cada de Lima en 1881, finalmente se vieron obligados a concluir un acuerdo de paz en 1883.
El Tratado de Ancn cedi a Chile a perpetuidad la provincia de Tarapac, rica en
nitrato y siempre que las provincias de Tacna y Arica quedara en posesin chilena durante diez aos, cuando se celebrara un plebiscito para decidir su destino final.