CRISTALOGRAFIA DE RAYOS X.

La cristalografa es la ciencia de los cristales. Esto concierne forma externa, forma

interna, crecimiento y propiedades fsicas de cristales. La palabra cristal proviene
del griego krustallas y significa solidificado por enfriamiento. Los griegos
pensaban que el cuarzo era formado a travs de la transformacin del hielo por
enfriamiento.
Originalmente, la cristalografa era puramente descriptiva y fue considerada como
una rama de la mineraloga. Posteriormente se dieron cuenta que el estado
cristalino no es limitado solo a las sales minerales y que es ms bien un estado
muy comn de la materia. Hacia mediados del siglo XIX la cristalografa lleg a ser
una ciencia por derechos propios.
Por un largo tiempo se ha pensado que la apariencia externa de un cristal refleja
algn orden interno regular de materia. Las primeras referencias de esto se
encuentran en el trabajo de Johannes Kepler (1619), Robert Hooke (1665) y
Christian Huyhens (1690). Estudiando la birrefringencia de la calcita, huyhens
sugiri que sus propiedades pticas podran ser explicadas por las reglas que
gobiernan el arreglo interno dentro del cristal.
La primera Ley cuantitativa de cristalografa (Ley de ngulos constantes) fue
prevista en 1669 por Nils Steensen de las mediciones realizadas de los ngulos
entre las caras de un cristal de cuarzo. La ley fue formalmente expresada en 1772
por Jean Baptiste Rom de Ilse en su essai de Cristallographie.
La segunda ley (Ley de ndices racionales o simple truncacin) fue establecida en
1774 por Abb Ren-Just Hauy. l se dio cuenta que cuando un cristal de calcita
se rompa, las piezas obtenidas tenan formas idnticas a las del cristal original.
Asumi que los cristales estaban hechos de paralepipedos idnticos que l llam
molculas integrantes. Esta proposicin lleva al hecho de que la posicin en el
espacio de cada cara de un cristal puede ser descrita por tres nmeros enteros.
Las ideas de Hauy fueron refinadas por W.H. Miller, quien introdujo los mtodos
de geometra analtica en la cristalografa y quien adems propuso el sistema de
notacin que actualmente se usa.
La contribucin de auguste Bravais a la cristalografa es particularmente
importante. En su trabajo de 1849 The Lattice Structure of Crystals estableci el
postulado que ha sido base de la cristalografa, el postulado de Bravis: Dado un
punto P en un cristal, existen un nmero infinito de puntos discretos, sin lmite en
las tres direcciones del espacio, alrededor de los cuales el arreglo de la materia es
el mismo que alrededor del punto P.
De este postulado se desprende la nocin de un cristal tridimensional entrelazado
y todas las consideraciones simtricas involucradas. A la par del trabajo terico los
ingenieros desarrollaban los instrumentos de medicin cristalogrfica. El primer
gonimetro fue elaborado en 1782 por Carangeot.
En los inicios del siglo XX, la cristalografa era puramente axiomtica. Los
primeros experimentos de difraccin de rayos X fueron realizados en 1912 por W.
Frienerich y P. Knipping, siguiendo las ideas de M. von Laue. El trabajo de L.
Bragg confirm la precisin del postulado de Bravis. Las medidas de difraccin
daban pruebas experimentales directas del arreglo regular dentro del cristal.
Los CRISTALES se definen como materiales cristalinos aquellos materiales
slidos cuyos elementos constitutivos (tomos, iones o molculas) se repiten de
manera ordenada y paralela y cuya distribucin en el espacio muestra ciertas
relaciones de simetra. As, la propiedad caracterstica del medio cristalino es ser
peridico, es decir, que a lo largo de cualquier direccin la materia que lo forma se
halla a distancias especficas y paralelamente orientadas. Por tanto, el cristal est
formado por la repeticin montona de agrupaciones atmicas paralelas entre s y
a distancias repetitivas especificas formando una red cristalina. En esta red existe
una porcin del espacio cristalino, denominado celda unitaria.
La tcnica actual ms eficaz para descubrir la estructura molecular de cualquier
compuesto es la difraccin de rayos x sobre cristales, un mtodo un tanto
complicado, desarrollado durante el siglo XX a tal grado que en 1962 se otorg el
premio Nobel de qumica a Max Perutz y John Kendrew por haber obtenido la
primera estructura. Esta tcnica consiste en hacer interferir un haz de rayos X con
una agrupacin ordenada de molculas idnticas de protena, es decir, con lo que
se denomina un cristal de protena. Si se consigue cristalizar una protena,
conocer su estructura es cuestin de meses, de ah la importancia de la
cristalizacin de protenas.
La cristalografa de rayos X puede considerarse como una microscopa de muy
alta resolucin, mediante la cual podemos visualizar estructuras a nivel atmico. A
menudo se desconocen los fundamentos de la tcnica.
La cristalografa de rayos X ha sido una herramienta fundamental en el desarrollo
de muchos campos de la ciencia, y la biologa no poda ser menos. Gracias a esta
tcnica se ha podido averiguar la estructura y el mecanismo molecular y de
actuacin de molculas biolgicas de origen diverso, como protenas, cidos
nuclicos, etc. Tambin puede utilizarse en el diseo racional de frmacos. A
pesar de estas bondades, y de su importancia y utilidad, desde el mundo de la
Biologa la cristalografa de macromolculas se observa a menudo con el respeto
que provoca una cierta incomprensin. Se puede avanzar en la comprensin de
esta disciplina atendiendo a las caractersticas de su enunciado: Difraccin de
rayos X de monocristal.

Por qu utilizamos Rayos X?
Para poder visualizar objetos que no podemos detectar a simple vista recurrimos a
la utilizacin de fuentes de radiacin electromagntica de una longitud de onda
comparable al objeto de estudio que se quiere resolver. As pues, para visualizar
clulas eucariotas, con un tamao medio de unos 10 m, podemos utilizar
perfectamente fotones en el espectro visible (0,40-0,75 m) y microscopios
pticos. Sin embargo, si se trata de visualizar algo menor, como determinados
orgnulos celulares como mitocondrias, de tamao medio 0.5-1.0 m, o partculas
virales (10 a 500 nm), precisaremos de una radiacin de menor longitud de onda,
como la asociada a los electrones. Este es el fundamento del microscopio
electrnico de transmisin, que alcanza resoluciones de hasta 0.05 nm (1 nm es
una milmillonsima de metro: 10-9 m). Resolver la estructura tridimensional a nivel
atmico supone poder individualizar los tomos que la constituyen. Es decir, que
en realidad queremos distinguir distancias interatmicas que estn en el rango de
10-10 metros o un Armstrong (: 0.1 nm).
Las radiaciones electromagnticas que se encuentran en esa zona del espectro
son precisamente los rayos X. Es decir, que la utilizacin de los rayos X viene
condicionada por el objeto de estudio, ya que pretendemos visualizar distancias
interatmicas en macromolculas. Los rayos X se generan mediante nodos
rotatorios, con longitud de onda fija, o mediante fuentes de radiacin de sincrotrn,
como la que se est construyendo en Barcelona (ALBA). Estos rayos son
dispersados por las nubes electrnicas de los tomos que forman parte del cristal
dando lugar a un determinado patrn de difraccin.

Por qu se utiliza la difraccin?
En microscopa ptica se utiliza una fuente de luz visible que incide sobre la
muestra y, mediante unas lentes, se reconstituye la imagen del objeto de estudio.
Dicho objeto es irradiado con luz y provoca difraccin de la radiacin incidente en
todas las direcciones. La lente recoge, enfoca y magnifica los rayos difractados.
Una lente funciona por refraccin. Es decir, es capaz de modificar la trayectoria de
la luz a medida que pasa sobre ella cambiando su direccin. Ello significa que los
rayos parecen proceder de un punto ms prximo al que realmente se originan, lo
cual supone que visualicemos los objetos que se ven a travs de una lente de
mayor tamao que el original. Sin embargo, a diferencia de la luz visible, y aunque
constituye un rea actualmente en desarrollo, los rayos X no pueden ser
focalizados con facilidad. Por ello es necesario separar en dos operaciones lo que
la microscopa ptica es capaz de realizar de manera simultnea. La primera parte
de esta operacin consiste en realizar un experimento de difraccin.
El experimento de difraccin conlleva una penalizacin seria: la denominada
prdida de la fase. Una onda electromagntica es una funcin sinusoidal que
puede quedar definida de forma vectorial con un mdulo, o amplitud, y una fase, o
ngulo de dicho mdulo. Podemos calcular el mdulo, puesto que es proporcional
a las intensidades de difraccin que pueden medirse, pero desconocemos la fase
asociada a cada una de esas intensidades. Perdemos por tanto la componente
necesaria para reconstruir la imagen. As pues, el cuello de botella para resolver la
estructura cristalogrfica de macromolculas es la recuperacin de la mencionada
fase. La fase puede calcularse a partir de modelos, si existe alguna estructura
similar, mediante la tcnica denominada reemplazamiento molecular. Si no,
tambin se pueden hacer experimentos adicionales empleando tomos pesados
que sirven de referencia al modificar las intensidades de difraccin. Una vez
calculada, al combinarla con los mdulos obtenidos a partir de las intensidades
recogidas en el experimento de difraccin, podemos generar un mapa de densidad
electrnica que conducir a la interpretacin del modelo.

Por qu se necesitan cristales?
La difraccin procedente de una sola molcula es demasiado dbil para que
pueda medirse. Un cristal es un slido con estructura interna ordenada de los
elementos que lo componen. Todas sus molculas muestran idntica orientacin
en las tres dimensiones del espacio de manera que, al sumarse la contribucin de
todas ellas, acta como amplificador de la seal. El grado de orden interno en el
cristal determina el mximo ngulo de difraccin de los rayos X y por tanto la
mxima resolucin que la difraccin alcanza. Si el cristal est bien ordenado,
entonces puede medirse la difraccin a ngulos elevados, o alta resolucin,
obtenindose una estructura ms detallada.


Cabe mencionar que la cristalografa en sus inicios se limitaba a tratar sobre el
aspecto externo de los cristales. La naturaleza del estado cristalino u orden interno
no es un hecho tan evidente como la visin de las perfectas caras o formas
cristalinas. La primera conexin entre forma externa o caras de un cristal y su
orden interno no se realizo hasta el siglo XVII. Ms adelante se vio que el orden
interno poda existir aunque no hubiera evidencia externa de ello. Como se
menciono antes, las relaciones angulares entre las caras de un cristal no quedan
afectadas por la simetra de traslacin ya que originan desplazamientos tan
pequeos que no pueden observarse morfolgicamente. Solo las tcnicas de
rayos X y difraccin electrnica permiten su deteccin.
La cristalografa de rayos X nos proporciona la imagen ms adecuada que
podemos tener de las estructuras cristalinas. Los mtodos de difraccin de rayos
X constituyen la herramienta ms poderosa que se dispone para el estudio de la
estructura intima de la materia cristalina, dotando de una extensa base de
resultados estructurales a la qumica, mineraloga y biologa. La mayor parte de la
informacin que poseemos de las estructuras internas cristalinas es mediante la
tcnica de difraccin de rayos X.
De Broglie y Tompson cada uno por su cuenta demostraron que era posible
difractar la luz. Esta puede ser desdoblada en haces mediante una rejilla de
difraccin que consiste en una seria de lneas muy cercanas y regularmente
espaciadas trazadas en una superficie plana. La difraccin de la luz se produce si
su longitud de onda es prcticamente la misma que la distancia que hay entre las
lneas trazadas. La difraccin de las ondas electromagnticas se produce porque
los elementos de una rejilla, por llamarlo as, absorben la radiacin y actan a su
vez como fuentes secundarias reemitiendo la radiacin en todas direcciones. Los
rayos X fueron descubiertos accidentalmente por Wilhelm Conrad Rontgen en
1895 cuando experimentaba con la produccin de rayos catdicos en tubos de
descarga cubiertos de papel negro. Descubri que el haz de electrones producido
en el ctodo incida en el vidrio del tubo y produca una radiacin X de pequea
intensidad. No obstante, Rontgen no lleg a determinar la longitud de onda de ese
nuevo tipo de radiacin electromagntica. En 1912, el fsico alemn Max Von Laue
y su equipo, sugirieron que los tomos de un cristal estn espaciados a una
distancia tan pequea que les permite servir como elementos de una rejilla de
difraccin tridimensional para los rayos X.
Los rayos X interaccionan con la materia a travs de los electrones que la forman
y que se estn moviendo a velocidades mucho menores que la de la luz. Cuando
la radiacin electromagntica X alcanza un electrn cargado ste se convierte en
fuente de radiacin electromagntica secundaria dispersada, por lo que si se
incide un haz de rayos x sobre un cristal, ste choca con los tomos haciendo que
los electrones que se encuentren en su trayectoria vibren con una frecuencia
idntica a la de la radiacin incidente y actan como fuentes secundarias de
nuevos frentes de onda de rayos X con la misma longitud de onda y frecuencia.
Uno de los primeros ensayos de difraccin se realizo con un cristal de CuSO4 al
que se le someti a la accin de los rayos X haciendo que el haz incidiera en una
placa fotogrfica. El resultado fue la impresin de la placa por una serie de
manchas distribuidas geomtricamente alrededor de una mancha central grande
producida por el haz directo de la cristalografa de rayos X. la disposicin de los
puntos resultantes depende de las disposiciones relativas de los tomos del cristal
(modelo de Laue).
Tras el descubrimiento de los rayos X en 1895 por Rontgen, en 1912 von Laue,
basndose en tres hiptesis (que el medio cristalino es peridico, que los rayos X
son ondas, y que la longitud de onda de los rayos X es del mismo orden de
magnitud que la distancia que se repite en los cristales) confirm la difraccin de
rayos X (DRX) y dio la pauta para el comienzo de la ciencia de la cristalografa de
rayos X. Poco despus, Bragg descubri que la geometra del proceso de DRX es
anloga a la reflexin de la luz por un espejo plano. As, en una estructura
tridimensional, debido a su periodicidad, es posible construir conjuntos de muchos
planos que son paralelos entre s, igualmente espaciados y conteniendo idnticas
disposiciones atmicas. El proceso consiste en la dispersin de los rayos X por las
nubes electrnicas que rodean a los tomos del cristal originando un patrn de
difraccin regular (al igual que la estructura atmica del cristal), resultado de la
interferencia constructiva y destructiva de la radiacin dispersada por todos los
tomos. Las circunstancias en las que el resultado de esta interferencia es
constructivo vienen reguladas por la ecuacin de Bragg, que no suministra ms
informacin que la dada por las ecuaciones de von Laue, pero si facilita
enormemente la interpretacin del resultado.

ECUACIONES DE LAUE.
Cuando un cristal difracta rayos X, las ondas dispersadas electromagnticas
reemitidas interfieren entre s constructivamente slo en algunas direcciones, es
decir se refuerzan, anulndose en el resto. En la figura de abajo los rayos 1 y 2
estarn en fase y por tanto se producir difraccin cuando la distancia AB
represente un numero entero de longitud de onda, esto es cuando AB=n, siendo
n un numero entero (0,1,2,3,..n)

Para cada n el ngulo es constante y el conjunto de los rayos difractados forma
un cono cuyo eje central est formado por una fila de tomos. Ese cono tiene otro
simtrico al otro lado del haz incidente. En la figura se representa cada cono
formado por un conjunto de haces difractados correspondientes a cada n.





As, para que se produzca un haz difractado es necesario que tres conjuntos de
conos representantes de tres posibles soluciones de las ecuaciones deban
intersectarse a lo largo de tal direccin. Esto sucede en rarsimas ocasiones por lo
que en la prctica se utiliza la ecuacin de Bragg.

ECUACIN DE BRAGG.
Bragg se dio cuenta que los rayos X dispersados por todos los puntos de la red en
un plano (hkl) deban estar en fase para que las ecuaciones de Laue se vieran
satisfechas y an ms, la dispersin a partir de sucesivos planos (hkl) deban estar
asimismo en fase. Para una diferencia de fase igual a cero las leyes de la simple
reflexin deben mantenerse para un plano sencillo y la diferencia de camino para
reflexiones de planos sucesivos debe ser un nmero entero de longitudes de
onda.


GENERADORES DE RAYOS X.
Los rayos X que ms interesan en el campo de la cristalografa de rayos X son
aquellos que disponen de una longitud de onda prxima a 1 ngstrom (los
denominados rayos X duros) y corresponden a una frecuencia de
aproximadamente 3 millones de THz (tera-herzios) y a una energa de 12.4 keV
(kilo-electrn-voltios), que a su vez equivaldra a una temperatura de unos 144
millones de grados. Estos rayos X se producen en los laboratorios de cristalografa
o en las llamadas grandes instalaciones de sincrotrn.

GENERADORES DE TUBO.
Los equipos que se utilizan en los laboratorios de cristalografa para producir estos
rayos X son relativamente sencillos. Disponen de un generador de alta tensin
(unos 50.000 voltios) que se suministra al llamado tubo de rayos X, que es
realmente donde se produce la radiacin.

Esos 50 kV se suministran como diferencia de potencial (alto voltaje) entre un
filamento incandescente (por el que se hace pasar una corriente i de bajo voltaje,
unos 5 A a unos 12 V) y un metal puro (normalmente cobre o molibdeno),
establecindose entre ambos una corriente de unos 30 mA de electrones libres.
Desde el filamento incandescente (cargado negativamente) saltan electrones
hacia el nodo (cargado positivamente) provocando, en los tomos de este ltimo,
una reorganizacin electrnica en sus niveles de energa. Este es un proceso en
el que se genera mucho calor, por lo que los tubos de rayos X deben estar muy
refrigerados.


GENERADORES DE NODO ROTATORIO.
Una alternativa a los tubos convencionales son los llamados generadores de
nodo rotatorio, en los cuales el nodo, en forma de cilindro, se mantiene con un
giro continuo, consiguiendo con ello que la incidencia de los electrones se reparta
por la superficie del cilindro y as se puedan obtener potencias mayores de rayos
X.


El restablecimiento energtico del electrn andico que se excit, se lleva a cabo
con emisin de rayos X con una frecuencia que corresponde exactamente al salto
de energa concreto que necesita ese electrn para volver a su estado inicial.
Estos rayos X tienen por tanto una longitud de onda concreta y se conocen con el
nombre de radiacin caracterstica. Las radiaciones caractersticas ms
importantes en cristalografa de rayos X son las llamadas LINEAS K-ALPHA (KA),
donde los electrones caen a la capa mas exterior del tomo (mayor energa de
ligadura). Sin embargo, adems de estas longitudes de onda, muy prximas entre
s, y que se denomina radiacin continua, debido al frenado por el material de los
electrones incidentes y es caracterstica del material andico.



SINCROTN.
En las grandes instalaciones de sincrotn, la generacin de rayos X es distinta.
Una instalacin sincrotnica contiene un anillo muy grande (del orden de
kilmetros) por el que se hacen circular electrones a altsima velocidad en el
interior de canales rectilneos que de vez en cuando se quiebran para adaptarse a
la curvatura del anillo. A estos electrones se les hace cambiar de direccin para
pasar de un canal a otro usando campos magnticos de gran energa. Y es en ese
momento, en el cambio de direccin, cuando los electrones emiten una radiacin
muy energtica denominada radiacin sincrotnica. Esa radiacin est compuesta
por un continuo de longitudes de onda que abarcan desde las microondas hasta
los llamados rayos X duros. Los rayos X que se obtienen en las instalaciones de
sincrotn tienen la gran ventaja de modular la longitud de onda.


MTODOS DE DIFRACCIN DE RAYOS X.
A partir de las medidas de las posiciones de las manchas de difraccin en una
pelcula fotogrfica se pueden determinar las dimensiones de una celda unitaria.
Para la deduccin del sistema cristalino debe determinarse la simetra del patrn
de difraccin. Ausencias sistemticas de ciertos tipos de reflexiones evidencian la
presencia de celdas unitaria no primitivas, de planos de deslizamiento, de ejes
helicoidales que ayudar a deducir los grupos espaciales. Los mtodos
experimentales de difraccin de rayos X ms utilizados son los siguientes:

EL MTODO DE LAUE.
Histricamente este fue el primer mtodo de difraccin. Utiliza un haz de
policromtico de rayos X que incide sobre un cristal fijo; por ello, el ngulo de
Bragg es invariable para cada uno de los planos hkl. De este modo, el cristal
genera un conjunto de haces que representan la simetra interna del cristal. En
estas condiciones, y teniendo en cuenta la ley de Bragg, las ctes. del experimento
son los espaciados d y la posicin del cristal respecto al haz incidente, y las
variables don la longitud de onda y el entero n, as que cada haz difractado
corresponder al primer orden de difraccin (n=1) de una cierta longitud de onda,
al segundo orden (n=2). Por lo tanto, el diagrama de Laue es simplemente una
proyeccin estereogrfica de los planos del cristal. Cada uno de estos conjuntos
de planos de espaciado dhkl satisface la ecuacin de Bragg para un determinado
valor de longitud de onda. As, cada haz difractado tiene distinta longitud de onda.
Existen dos variantes del mtodo de Laue:
a) Por TRANSMISIN, en la que el haz de rayos X incide sobre el cristal y los
haces transmitidos y difractados por l se recogen sobre una pelcula.
b) Por REFLEXIN hacia atrs: en este montaje, la pelcula se sita entre la
fuente de rayos X y el cristal. Por un orificio practicado en la pelcula pasa
un colimador que selecciona un pincel de rayos X que incide sobre el
cristal; y la pelcula recoge los haces difractados hacia atrs.









MTODO DEL CRISTAL GIRATORIO.
La limitacin ms grande del mtodo de Laue es el desconocimiento de la longitud
de onda de rayos X que se difractan para dar un determinado punto en el
diagrama. Segn la Ley de Bragg al fijar el valor de la longitud de onda, no hay
otra posibilidad para un determinado espaciado de cristal que modificar el ngulo.
Esto se consigue haciendo un montaje del cristal que permita su giro, en torno a
un eje coaxial, a una pelcula cilndrica que se sita en su alrededor. As, para un
valor discreto de ngulo que satisface la ecuacin, se produce un haz de rayos X
que marcara un punto en la pelcula.




MTODO DE WEISSENBERG.
Est basado en la cmara del mismo nombre, desarrollada por K. Weissenberg
(1924). Consta de un cilindro metlico que contiene en su interior una pelcula
fotogrfica sensible a los rayos X. el cristal se monta sobre un eje coaxial con
dicho cilindro y se hace girar segn el modelo de Ewald, de tal modo que los
puntos recprocos que intersectan la superficie de la esfera de Ewald son los
responsables de los haces de difraccin. Estos haces generan un ennegrecimiento
(mancha) sobre la pelcula fotogrfica. El tipo de diagramas Weissenberg que se
obtienen del modo descrito se denominan de rotacin o de oscilacin,
dependiendo de que el giro de cristal sea de 360 o parcial (aprox. 20),
respectivamente. El montaje del cristal debe ser tal que su eje de giro coincida con
un eje directo de la celda elemental. De este modo, por definicin de la red
reciproca, existirn plano recprocos perpendiculares a dicho eje.




MTODO DE PROCESIN.
El mtodo de procesin fue desarrollado por Martin J. Buerger, a principios de la
dcada de 1940, como alternativa muy ingeniosa para poder impresionar placas
fotogrficas de planos recprocos sin distorsionar. Al igual que el mtodo de
Weissenberg, se trata de un mtodo en el que el cristal se mueve, pero el
movimiento del cristal (y como consecuencia el de los planos recprocos
solidarios) es como el de precesin de los planetas, de ah su nombre. La pelcula
fotogrfica se coloca sobre un soporte plano y se mueve solidariamente con el
cristal. El cristal debe orientarse de tal modo que el plano reciproco que se desee
recoger sea perpendicular al haz directo de los rayos X, es decir, que un eje
directo coincida con la direccin de los rayos X incidentes.


Este tipo de programas son mucho ms simples de interpretar que los de
Weissenberg, ya que muestran el aspecto de un plano reciproco sin distorsin. La
separacin de un plano reciproco sin distorsin. La separacin de un plano
recproco determinado se consigue mediante el uso de pantallas que seleccionan
los haces difractados de dicho plano. Del mismo modo a como ocurre en el caso
de Weissenberg, se pueden medir las distancias recprocas y las intensidades de
difraccin. Sin embargo, aqu es mucho ms fcil observar los elementos de
simetra del espacio reciproco.


ESPECTROPOLARIMETRA.
La polarizacin es una caracterstica fundamental de la radiacin, adems de su
intensidad y color. En el contexto astrofsico, la polarizacin de la luz es importante
porque codifica las anisotropas de los objetos que la emiten y del propio campo
de radiacin y lleva informacin cuantitativa sobre los campos magnticos
presentes en los mismos. La espectropolarimetra es una tcnica muy potente
porque abarca todos los anlisis y medidas posibles que se pueden hacer a la
radiacin electromagntica, as como su interaccin con la materia. Este libro es
una amplia introduccin a la espectropolarimetra, y contiene una descripcin de la
polarizacin de la luz, as como de las posibles tcnicas para poder medirla en los
telescopios. Dado que es una tcnica muy extendida en la fsica solar moderna,
este libro nos acerca a la espectropolarimetra solar a travs del transporte de la
radiacin polarizada en atmsferas estelares y de la formacin de lneas
espectrales en el seno de un campo magntico. El formalismo de este libro se
centra en el contexto clsico, aunque se dan varias pinceladas en el formalismo
cuntico.
La Espectropolarimetra es la ciencia de la medida de la polarizacin de la luz
precedente de los objetos celestes en un ancho de banda lo ms estrecho posible
con un polarmetro convencional. Los principios son los mismos que los del
polarmetro convencional, si bien las longitudes de onda medidas son aisladas con
un espectrgrafo en vez con filtros. La Espectropolarimetra es utilizada para medir
el campo magntico de las estrellas a partir del efecto Zeeman y para estudiar el
origen de las lneas espectrales. El efecto Zeeman es muy importante en
aplicaciones como: espectroscopia de resonancia magntica nuclear (RMN), la
espectroscopia de resonancia electrnica de spin y espectroscopia Mssbauer, as
como en la Espectropolarimetra. Tambin puede ser utilizado para mejorar la
precisin en la espectroscopia de absorcin atmica.

La polarimetra consiste en medir la actividad ptica a una sola longitud de onda,
mientras que la Espectropolarimetra se basa en medir dicha actividad ptica en
funcin de la longitud de onda, dando lugar a un espectro, a partir del cual puede
obtenerse informacin acerca de la propia estructura de la molcula activa.
En general se puede decir que la Espectropolarimetra es la medicin de los
espectros pticos acoplados con polarizacin de la luz. La Espectropolarimetra
tiene la ventaja de que se puede averiguar el estado de polarizacin de las lneas
espectrales, a la vez que permite discriminar con mayor precisin entre las causas
que producen la dependencia de la polarizacin con la longitud de onda.
Existen numerosas sustancias que provocan la rotacin, de forma caracterstica
del plano de una radiacin polarizada. Se dice que estas sustancias son
pticamente activas o que poseen poder ptico rotatorio y se caracterizan por su
asimetra molecular o cristalina. El ngulo de rotacin del plano de la radiacin
polarizada vara mucho de un compuesto activo a otro. Para un compuesto dado,
el ngulo de rotacin depende del nmero de molculas que atraviesa la radiacin
o, en el caso de disoluciones, de la concentracin y de la longitud del recipiente.
La rotacin es tambin funcin de la longitud de onda de la radiacin y de la
temperatura. La polarimetra consiste en la medida de la act. ptica a una solo
longitud de onda (generalmente a 589 nm, la lnea D de la lmpara de sodio),
mientras que la espectropolarimetra se basa en medir la actividad ptica en
funcin de la longitud de onda, dando un espectro. La informacin estructural que
proporciona la espectropolarimetra es muy superior a la dada por la polarimetra.
La variacin de la rotacin ptica con la longitud de onda se conoce como
dispersin ptica rotatoria (DOR).



















La mayor parte del trabajo observacional en Astrofsica ha venido realizndose
primordialmente a partir de la "intensidad" (I) de la radiacin recibida del plasma
astrofsico en estudio en funcin de la longitud de onda. Sin embargo, un aspecto
muy importante con frecuencia olvidado de la radiacin electromagntica es su
estado de "polarizacin", el cual est relacionado con la orientacin del campo
elctrico de la onda. El estado de polarizacin puede caracterizarse
convenientemente mediante cuatro cantidades que pueden ser medidas
acoplando un polarmetro a nuestros telescopios. Estas cantidades "observables"
son los cuatro parmetros de Stokes (I,Q,U,V) en funcin de la longitud de onda.
Una definicin rpida e intuitiva del significado de estos cuatro parmetros, que
fueron formulados por Sir George Stokes en 1852 e introducidos en el mundo de
la Astrofsica por el Premio Nobel Subrahmanyan Chandrasekhar en 1946, puede
verse en el cartel anunciador de la duodcima Escuela de Invierno sobre
Espectropolarimetra en Astrofsica.

En los laboratorios de Fsica, las seales de polarizacin que se observan en
experimentos donde el campo magntico es conocido de antemano son utilizadas
para obtener informacin sobre la estructura atmica y molecular. En Astrofsica,
el problema es el inverso: el campo magntico es el gran desconocido, pero el
punto importante es que podemos obtener informacin sobre el mismo si
aprendemos a interpretar correctamente observaciones espectropolarimtricas,
haciendo uso de nuestro conocimiento de la Fsica Atmica y Molecular.

A pesar de que an sabemos muy poco de ellos, no cabe duda de que los campos
magnticos desempean un papel fundamental en el Universo (vase, por
ejemplo, el vdeo de la conferencia impartida por Sir Martin Rees en la reunin
``Key Problems in Astronomy, la cual tuvo lugar en 1995, en Tenerife). Los
campos magnticos son importantes en diversos y variopintos contextos
astrofsicos; por ejemplo, en los ncleos activos de galaxias, en las estrellas de
neutrones, en los agujeros negros que pueblan el Universo, en las regiones de
formacin estelar, en las atmsferas del Sol y de otras estrellas, etc. Tanta es la
fascinacin que suscitan y el misterio que esconden que Henk van de Hulst
escribi: ``Magnetic fields are to astrophysicists what sex is to psychoanalysts
(Los campos magnticos son a los astrofsicos lo que el sexo a los psicoanalistas).
Otro famoso fsico, R. Leighton, escribi hace tiempo: "If the Sun did not have a
magnetic field, it would be as uninteresting a star as most night-time astronomers
believe it to be. (Si el Sol no tuviera campo magntico, sera una estrella tan poco
interesante como la mayora de los astrnomos nocturnos creen que es).

Aunque la importancia de la informacin que contiene la polarizacin de la
radiacin electromagntica es algo que viene reconocindose en Fsica Solar
desde hace dcadas, donde la resolucin espacial y el cociente seal/ruido en
observaciones espectroscpicas son mucho ms favorables que en observaciones
nocturnas, en los ltimos aos desarrollos en Astrofsica Terica y en
instrumentacin astronmica (telescopios con grandes superficies colectoras de
fotones y novedosos espectropolarmetros) estn llevando a un nmero cada vez
mayor de astrofsicos a saber apreciar el enorme potencial de diagnstico que nos
ofrece la Espectro-polarimetra. De hecho, hoy ya parece existir acuerdo en que la
polarizacin de la luz es la clave para facilitar nuevos descubrimientos y para
poder obtener la informacin que necesitamos con vistas a entender la fsica de
muchos de los sistemas que acontecen en el Universo. Ejemplos particularmente
relevantes, ms all del caso del plasma magnetizado solar o el de las estrellas Ap
y Bp, lo constituyen los objetos estelares jvenes y sus discos circundantes, los
objetos Herbig-Haro, las estrellas simbiticas, los vientos estelares de estrellas
calientes, los ncleos activos de galaxias, las radiogalaxias, los agujeros negros,
el medio interestelar, la radiacin de fondo de microondas y sus implicaciones
cosmolgicas, etc.

Los mecanismos fsicos que pueden generar polarizacin en un punto dado de un
plasma astrofsico son numerosos y variopintos: el efecto Zeeman debido a la
accin de un campo magntico (el cual da lugar a un desdoblamiento de los
niveles atmicos y moleculares), procesos de dispersin Thomson, Rayleigh y/o
Raman, el efecto Hanle, polarizacin en lneas moleculares y su amplificacin en
mseres astronmicos, polarizacin debida a la existencia de granos de polvo
alineados, radiacin ciclotrn producida por electrones que se mueven en
trayectorias espirales alrededor de las lneas de fuertes campos magnticos,
radiacin sincrotrn debida a electrones relativsticos, etc. Tales seales de
polarizacin que pueden generarse en cada punto del plasma astrofsico en
consideracin son con frecuencia fuertemente modificadas debido a procesos de
transporte radiativo en el mismo. Todos estos mecanismos fsicos dejan su huella
en la polarizacin de la radiacin que llega a nuestros telescopios. El primer
objetivo es lograr medir con precisin el grado de polarizacin de la radiacin que
recibimos del objeto astrofsico en estudio, lo cual no es tarea fcil pues, en
general, las seales polarimtricas son muy dbiles. Una vez que se ha logrado
cuantificar correctamente el grado de polarizacin (idealmente para cada longitud
de onda), uno tiene entonces que aplicar tcnicas de diagnstico de plasmas
desarrolladas para lograr extraer la informacin que est codificada en la
polarizacin de la radiacin. Tales tcnicas de diagnstico estn basadas en la
teora de la generacin y transporte de radiacin polarizada en plasmas
magnetizados.

La Espectropolarimetra puede proporcionar pistas decisivas sobre los procesos
fsicos que gobiernan el comportamiento de un plasma astrofsico concreto y
resulta muy til a la hora de seleccionar entre varios modelos tericos
competitivos. Adems de permitirnos la realizacin de estudios sobre magnetismo
en Astrofsica, puede ayudarnos a averiguar la geometra del sistema astrofsico
en estudio incluso sin tener la posibilidad de resolverlo espacialmente.

La Espectropolarimetra en Astrofsica tiene una naturaleza multidisciplinar, ya que
requiere conocer y combinar suficientemente bien varias reas de la Fsica y la
Tecnologa. La Fsica Atmica y Molecular es necesaria para conocer a fondo los
mecanismos fsicos que pueden generar polarizacin; el Transporte Radiativo y la
Matemtica Aplicada son claves para poder realizar simulaciones numricas del
proceso de generacin y transporte de radiacin polarizada; la ptica y la
Electrnica resultan vitales para lograr construir espectro-polarmetros capaces de
detectar seales de polarizacin de muy baja amplitud; y la Astrofsica Terica y
Observacional resultan indispensables para lograr identificar, con visin de futuro,
los problemas claves en Astronoma donde es de esperar que la
Espectropolarimetra d lugar a nuevos avances.

La duodcima Escuela de Invierno del IAC sobre Espectropolarimetra en
Astrofsica aparece en un momento en el que existe un enorme y creciente inters
por el tema. Este creciente inters se debe principalmente a las nuevas
oportunidades observacio-nales que comienzan ahora a ser posibles gracias a la
nueva generacin de telescopios con espejos de 10 metros de dimetro. Algunos
de estos grandes telescopios han sido recientemente inaugurados en algunos de
los mejores observatorios del mundo, mientras que otros estn actualmente en
construccin. Un ejemplo lo constituye el Gran Telescopio Canarias (GTC), el
primer proyecto de Gran Ciencia liderado completamente por Espaa.

Debido a la gran superficie colectora de este tipo de telescopios, al desarrollo de
espectropolarmetros capaces de cuantificar con precisin el estado de
polarizacin de la luz y a recientes avances sin precedentes en el campo de la
Astrofsica Terica y Numrica, la Espectropolarimetra esta poco a poco
emergiendo como una nueva y poderosa herramienta de diagnstico de las
condiciones fsicas y de los campos magnticos en el Universo. La relevancia del
tema radica en las nuevas posibilidades que la Espectropolarimetra ofrece a los
astrofsicos para dar lugar en las prximas dcadas a nuevos y revolucionarios
avances en Astrofsica mediante la observacin e interpretacin terica rigurosa
de la polarizacin de la radiacin que recibimos de plasmas astrofsicos.

Si bien la Espectropolarimetra contina dando lugar a nuevos descubrimientos en
Fsica Solar, su aplicacin al mundo de las estrellas, medio interestelar y galaxias
est an en su fase inicial de desarrollo. Esto la hace especialmente atractiva para
jvenes investigadores deseosos de contribuir al avance de la Astrofsica
trabajando en el marco de una disciplina relativamente poco explotada y donde
existen todava muchas oportunidades de ser pioneros. En esta disciplina se dan
cita la Astrofsica Terica y Numrica y la Astrofsica Instrumental y Observacional,
y en ella la "nueva ventana al Universo la ofrece la posibilidad de lograr nuevos
descubrimientos mediante la interpretacin rigurosa de observaciones espectro-
polarimtricas, lo cual proporciona una informacin imposible de lograr mediante la
espectroscopa convencional.

En definitiva, hemos organizado esta escuela internacional con el deseo de lograr
una introduccin sin precedentes al campo de la Espectropolarimetra en
Astrofsica, con vistas a facilitar que jvenes investigadores se animen a investigar
en profundidad y con rigor el "Universo Polarizado. Nuestra motivacin ha estado
basada en nuestra conviccin de que lo que estamos logrando hacer hoy gracias a
la Espectropolarimetra terica y observa-cional en Fsica Solar, empezar pronto
a ser posible tambin en otros campos de la Astrofsica. En Espaa tenemos
todas las condiciones para lograrlo debido en parte a la llegada de los grandes
telescopios, a la participacin de nuestro pas en proyectos internacionales como
el interfermetro ALMA y a nuestra participacin en el desarrollo de telescopios
espaciales como FIRST y PLANCK.

DICROISMO CIRCULAR.
El dicrosmo circular es una tcnica de espectroscopa de absorcin electrnica,
basada en el cambio de configuracin electrnica molecular de un estado
fundamental a un estado excitado, debido a la absorcin de radiacin
electromagntica polarizada.
La teora de dicrosmo circular fue desarrollada por Biot Neumann y Fresnel
Snatzke (1990).

Fundamentos
Un haz de luz polarizado es aquel que tiene su vibracin electromagntica en un
solo plano.
Un haz de luz polarizado circularmente, se obtiene girando el plano de
polarizacin de forma continua y en un solo sentido alrededor del eje de
propagacin de la fase luminosa. As, el campo elctrico de una onda polarizada
circular derecha (ED), se puede comparar con una hlice que gira alrededor de la
direccin de la propagacin.
Igualmente, una componente circular izquierda (EI), constituye una hlice que gira
alrededor de la direccin de propagacin en la direccin opuesta a ED. Si ED gira
en el sentido de las manecillas del reloj y EI gira en sentido inverso, ambas con
una frecuencia tal que los dos vectores formen un ngulo idntico, su resultante E
corresponde al movimiento de la onda polarizada en un plano, en la cual el campo
elctrico oscila siguiendo la direccin del eje de las x.
Se puede considerar entonces a una onda polarizada en el plano, como la
superposicin de una onda polarizada circular derecha y una onda polarizada
circular izquierda, ambas de la misma frecuencia.
Cuando un haz de luz polarizado, incide sobre una muestra en la cual el rayo
circularmente polarizado a la derecha es absorbido de una manera distinta al rayo
circularmente polarizado a la izquierda, se da el fenmeno de dicrosmo circular.
Como consecuencia de la diferencia de absorcin entre EI y ED, la longitud del
vector
EI es distinto a la longitud del vector ED y la resultante E no describe una
circunferencia, sino una elipse; la velocidad del componente EI es diferente de la
de ED
(Frensel 1825), de esta manera, la interaccin de la radiacin con la muestra
induce un desfasamiento y un cambio de magnitud diferencial en ambos
componentes originalmente polarizados circularmente, y estos fenmenos
provocan una rotacin del plano de polarizacin en un ngulo y la distorsin de
este plano genera una elipse.
La rotacin del plano y la diferencia en la absorcin de los componentes
circularmente polarizados, varan con la longitud de onda. Se puede graficar la
rotacin o elipticidad contra la longitud de onda.
Biot plante una relacin entre el poder rotatorio especfico y la longitud de onda
como


Donde A es la absortividad molar.
*Esa ro siempre est un poco estilizada para denotar poder rotatorio especfico y
no confundir con densidad es como una ro manuscrita.

Ms tarde Drude (Fisico Alemn que hizo una gran labor introduciendo las teoras
de Maxwell en Alemania) plante una mejor aproximacin:


La diferencia entre los coeficientes de absorcin 1 y D para la luz polarizada
circular derecha e izquierda respectivamente, no constituye ms que una fraccin
nfima del valor del coeficiente de absorcin:

Por tanto, experimentalmente se encuentra que la elipse generada, normalmente
es muy alargada.

Unidades comnmente empleadas en dicrosmo circular como tcnica
espectroscpica

En espectroscopia de dicrosmo circular (DC) la diferencia de absortividad molar
entre las dos componentes circularmente polarizadas de la luz (), se expresa
como la elipticidad molar [], siendo el ngulo de elipticidad ( = arcotangente
del cociente del eje menor entre el eje mayor de la elipse)
As, la absorcin dicroica diferencial est definida como

Donde I y D son los coeficientes de extincin molar para los rayos izquierdo y
derecho respectivamente.
La elipticidad molar [] est relacionada con la absorcin dicroica diferencial ,
por
[]= 3300




Los espectros de dicrosmo circular se obtienen generalmente en las regiones del
ultravioleta cercano (250-350 nm) y lejano (180-250 nm) de la radiacin
electromagntica.
Las seales en la regin del UV cercano son extremadamente sensibles a los
cambios en la conformacin en una molcula.
Dado que la espectroscopa de dicrosmo circular es una tcnica de absorcin
electrnica, tambin hablamos de grupos cromforos.

Interpretacin de espectros de DC
Como ya se ha discutido, una molcula quiral (la que carece de eje de rotacin
impropio), exhibe dicrosmo circular. Es decir, la molcula tiene coeficientes de
absorcin diferentes para la luz polarizada circularmente a la derecha y a la
izquierda a una longitud de onda dada.
Un espectro de dicrosmo circular es una representacin de la diferencia de los
coeficientes de absorcin molar para la luz polarizada circularmente a la derecha y
a la izquierda frente a una longitud de onda dada.
Los enantimeros tendrn espectros DC que sern imgenes especulares uno del
otro.
Los espectros de DC se pueden comparar con espectros de absorcin
convencionales para apreciar cosas que no se alcanzan a ver en los ltimos.
Con espectroscopa DC se pueden identificar las configuraciones absolutas de los
compuestos quirales por comparacin, ya que la misma configuracin absoluta de
dos compuestos con configuraciones electrnicas semejantes, darn espectros
DC del mismo signo. Tambin se puede comparar con un espectro terico
obtenido mediante clculos de densidad electrnica.

Equipos para obtencin de espectros de DC
La caracterstica ms importante de un Espectropolarmetro de Dicrosmo Circular,
es que debe contar con una fuente de luz polarizada.
En general un espectrofotmetro de dicrosmo circular cuenta con un generador
de radiacin (fuentes de carburo de silicio), que inicialmente se filtra y luego se
polariza.
Esta pasa por un modulador fotoelstico que consiste en un material que se
comprime y expande para producir radiacin circularmente polarizada
(generalmente un cristal de selenuro de zinc) la cual incide sobre la muestra bajo
estudio, (disuelta generalmente en tetracloruro de carbono o en
deuterocloroformo), colocada en una celda con ventanas de materiales estables
(como BaF2).
La radiacin que emana de la celda pasa a un detector que proporciona los
espectros de dicrosmo circular.
Originalmente el dicrosmo circular se meda con el dicrgrafo de Roussel-Jouan.




La rotacin del plano y la diferente absorcin de los componentes circularmente
polarizados varan de acuerdo con la longitud de onda, pudindose obtener
espectros de estos fenmenos, esto es, grficas de la rotacin o elipticidad versus
la longitud de onda.




Transiciones electrnicas:
Las bandas observadas en los espectros de absorcin y de CD de
macromolculas en solucin corresponden principalmente a las transiciones
electrnicas entre los niveles vibracionales ms bajos y diversos niveles
vibracionales en el primer estado excitado.
Una transicin electrnica se produce porque el campo elctrico de la radiacin, el
magntico o ambos inducen a los electrones a un nuevo estado de energa. El
efecto del campo elctrico es un rearreglo lineal de los electrones llamado
momento dipolar elctrico de la transicin y se denota por el vector . La
direccin de es la misma que la del dipolo de polarizacin, esto es la direccin
en la cual los electrones son empujados. El campo magntico induce un rearreglo
circular de la densidad electrnica llamado momento dipolar magntico de
transicin, m
En una molcula aquiral la redistribucin neta de electrones se da siempre en el
plano, pudiendo ser lineal (0; m=0) o circular (=0; m0), pero tambin puede
darse que ambos momentos sean diferentes de 0 y en este caso el rearreglo es en
una espiral. En una molcula quiral, el rearreglo de electrones durante una
transicin es siempre helicoidal.
Si la hlice formada por el movimiento de electrones es hacia la derecha
(dextrgira), es ms fcilmente inducida por luz polarizada hacia la izquierda, y se
observa una seal positiva de CD; mientras que si es hacia la izquierda, se induce
ms fcilmente por luz polarizada hacia la derecha, y la seal es negativa. Esto es
debido a que el vector del campo elctrico de la luz interacta con , y
simultneamente el vector del campo magntico de la luz interacta con m.







Estos dos sistemas aromticos tienen 6 anillos fusionados, en el primero son
coplanares entre si y en el segundo, uno de los anillos esta en otro plano (el anillo
1 no est unido al 6). Si se mira desde arriba, el primero sera como una dona, y el
segundo como un fraccin de hlice. En la molcula aquiral (la primera) hay una
distribucin plana de los electrones, confinada en dos planos, uno por arriba de la
molcula y otro por debajo, mientras que en la quiral (la segunda), la distribucin
de los electrones es helicoidal. Entonces, tenemos que para el primer caso, el
momento dipolar elctrico es cero (se anulan) y el momento dipolar magntico
resultante es un vector hacia arriba (por la regla de la mano derecha). En el
segundo caso, tanto el momento dipolar elctrico como el magntico son
diferentes de cero. Ambos vectores estn dirigidos hacia arriba. El producto
escalar de .m es tambin distinto a cero lo que implica que ambos vectores no
son perpendiculares.
Para que una transicin sea permitida en CD (para que una sustancia absorba en
CD) debe inducirse una circulacin helicoidal de corriente, es decir, que el
producto escalar entre los momentos dipolares sea distinto de cero. Esto es lo que
se conoce como las reglas de seleccin de CD.

Formas de anlisis de los espectros de CD:
Para una coleccin de molculas quirales, se espera observar una seal de CD si
los fotones de luz que inciden sobre la muestra tienen la energa suficiente para
causar la transicin.
La ecuacin que resume los requerimientos de paralelismo entre y m para un
movimiento de electrones helicoidal necesario para CD es la ecuacin de
Rosenfeld:
R= Im { . m}
R es la intensidad de CD para la transicin en una coleccin de molculas quirales
orientadas al azar. Se le conoce como la fuerza de CD o fuerza rotacional. Im
significa la parte imaginaria de.
Los mtodos para el anlisis de los espectros de CD son:
Mtodos empricos: Se basan en la comparacin con otros sistemas. La mayora
de las aplicaciones de CD involucran anlisis espectrales cualitativos y/o
empricos. Por cualitativo se entiende que es la observacin: cuando se hace
determinado cambio (aumento o disminucin de la T, etc), se observa dicho
cambio en el espectro de CD. Si el anlisis es cuantificado midiendo el cambio en
el espectro de CD en funcin de la concentracin, temperatura, fuerza inica, etc,
y/o comparando con otro sistema relacionado (tanto espectroscpicamente como
estructuralmente), entonces se trata de un anlisis emprico.
Ab initio: Se basan en clculos a partir de la ecuacin de Rosenfeld. Estos
clculos requieren mucho trabajo para asegurar que sean confiables, y
generalmente solo sirven para un determinado sistema.
Anlisis Cromofrico: La caracterstica principal de un cromforo como grupo
funcional, es que puede ser considerado como una subunidad bien definida
espectroscpicamente dentro de una molcula que es muy poco perturbada por el
resto del sistema. Un cromforo aquiral aislado no tiene CD intrnseco, por lo que
se puede deducir el CD inducido en una la transicin particular del medio que
rodea al cromforo.
Dado que los cromforos son aquirales, m=0, =0 o y m son perpendiculares
entre s. La transicin m=0,
0 se llama dipolo elctrico permitido, dipolo magntico prohibido. La transicin
m0, =0 es dipolo magntico permitido, dipolo elctrico prohibido. La intensidad
de CD es inducida por los dos tipos de transiciones, la primera (m=0, 0)
requiere la induccin de la componente magntica, mientras que la segunda (m0,
=0), la de la componente elctrica. Dependiendo de cual componente sea
inducida se podrn determinar aspectos de la geometra de la molcula.

Cromforo Amida:
El enlace peptdico posee una rotacin limitada respecto al enlace O=C-NH debido
a su carcter parcial de doble enlace que resulta de la deslocalizacin de un par
de electrones no enlazante del tomo de nitrgeno. Por lo tanto no es pticamente
activo por s mismo, pero el entorno quiral en el que se encuentra hace que pueda
ser detectado por CD.
Hay dos enlaces con rotacin permitida: R-C-NH determinado por el ngulo y
O=C-C-R determinado por el ngulo . Las diferentes estructuras secundarias
que se encuentran en pptidos y protenas se definen segn los valores de estos
dos ngulos diedros del esqueleto polipeptdico, por lo que son los responsables
de los espectros de CD particulares de los diferentes elementos de estructura
secundaria (-hlice, lamina , etc).




La transicin * es la de mayor energa porque se pasa de un orbital enlazante
a uno antienlazante y se observa como un pico positivo a 190nm; la transicin n
* es de menor energa ya que se pasa de un orbital no enlazante a uno
antienlazante, y se visualiza como un pico negativo centrado a 220nm

El cromforo Fenilalanina
La cadena lateral de la Phe tiene un alto grado de simetra por lo que absorbe uy
dbilmente. El espectro tiene 4 bandas vibracionales que pueden ser positivas o
negativas y tienen diferentes intensidades.
En el espectro de CD de una protena, la estructura vibracional de la Phe puede
observarse cuando la protena est plegada.
Debido al alto grado de simetra, la Phe tiene el menor coeficiente de extincin
molar, y en consecuencia la menor fuerza rotacional de los 3 aa aromticos. Phe
es tambin el a.a. menos sensible a los cambios en el entorno debido a que la
transicin es insensible al cambio en la polaridad del solvente.

El cromforo Tirosina
Es ms asimtrico que la Phe, por lo que las bandas son ms intensas. Las
bandas vibracionales tienen todas el mismo signo.
En una protena plegada, el espectro de absorcin de este aa est compuesto por
bandas anchas superpuestas, y el pico principal est a 276nm con un hombro a
283nm.
La Tyr es capaz de formar puentes de H, lo que disminuye su energa de
transicin del estado basal al excitado y lleva a un corrimiento del espectro hacia
el rojo. La posicin del pico de la Tyr puede dar indicios sobre el entorno de la
misma.

El cromforo Triptfano
El Trp absorbe mucho ms intensamente que los otros aa aromticos, sin
embargo en una protena suele haber ms residuos de Tyr, por lo que la
contribucin de ambos al espectro suele ser similar.

El cromforo Puente disulfuro
Este cromforo resulta de la unin covalente de dos Cys de una protena. Aunque
la absorcin de este enlace es dbil, la intensidad de la banda en el espectro de
CD puede ser fuerte. Sin embargo, la contribucin al espectro de CD de este
cromforo est siempre bajo los cromforos aromticos.
La contribucin del cromforo disulfuro al UV cercano es un pico que puede ser
positivo o negativo, entre 250 y 300nm, sin bandas vibracionales distinguibles.

Espectro de dmeros en CD
Si dos cromforos son idnticos o muy parecidos y estn muy cerca pero no en el
mismo plano, se va a ver un acoplamiento significativo en las transiciones de
ambos que se dan a la misma energa (E): los de estas transiciones tienen igual
modulo, pero distinta orientacin y sentido por lo que se acoplan para dar una de
las dos hlices segn se encuentren en fase o desfasados, por lo que en el
espectro de CD se espera observar dos picos. Las dos hlices que se formen
tendrn igual magnitud, pero seal de signo opuesto en el espectro de CD y
energas muy cercanas a E, por lo que se ver un espectro con dos picos, uno
negativo y uno positivo.
El ejemplo ms simple es el de los anillos bifenilos: estos no son coplanares y
dependiendo de los sustituyentes que tengan van a adoptar una orientacin
determinada. Los anillos A y C son idnticos, son dos cromforos aquirales que
aislados no tienen seal en CD debido a que sus momentos dipolares son
perpendiculares (.m=0). Sin embargo, el dimero AC s va a tener seal en el
espectro de CD ya que una de las componentes del momento dipolar magntico
de C puede interaccionar con la componente del dipolo elctrico de transicin de A
y como A y C son iguales (tienen la misma energa), se produce un acoplamiento
en sus momentos dipolares de transicin, esto es lo que se denomina
acoplamiento excitnico. As se observa un desdoblamiento excitnico en el
estado excitado, y en consecuencia va a haber seal de dicrosmo.





Instrumentacin:

La caracterstica ms importante de un Espectropolarmetro de Dicrosmo Circular,
es que debe contar con una fuente de luz polarizada. La fuente es inmvil, y debe
ser lo ms intensa posible de forma de minimizar los ruidos. Generalmente es luz
monocromtica. La luz polarizada circularmente puede ser construida a partir de
dos haces de luz polarizada linealmente que tengan la misma magnitud pero que
estn fuera de fase una respecto a la otra. La luz pasa a travs de un polarizador
lineal que est orientado a 45 del retardador de onda. Se elige un retardador de
espesor tal que los dos haces emergentes estn desfasados en /2 cuando lo
atraviesen, de manera que ambos constituyan luz circularmente polarizada hacia
la derecha. Si el polarizador se rota 90, la luz es circularmente polarizada hacia la
izquierda.
La luz polarizada pasa por un modulador fotoelstico que consiste en un material
que se comprime y expande para producir radiacin circularmente polarizada
(generalmente un cristal de seleniuro de zinc) la cual incide sobre la muestra bajo
estudio, colocada en una celda con ventanas de materiales estables. La radiacin
que emana de la celda pasa a un detector que proporciona los espectros de
dicrosmo circular.


Aplicaciones y usos de CD:
Determinacin de la estructura 2ria de protenas que no pueden ser
cristalizadas.
Estudio de ligando
Estudio de cambios de entorno: pH, agentes desnaturalizantes, T,
solventes, etc.
Determinacin de estructuras 2rias de protenas de membranas (difciles de
cristalizar) y dentro de vesculas lipdicas (in vivo)
Estudio de interacciones protena-protena y cidos nucleico-protena
Estudios de aspectos estructurales de: cidos nucleicos, polisacridos,
pptidos, hormonas y otras molculas pequeas.


PURIFICACIN POR CRISTALIZACIN.
Es un mtodo que sirve para purificar sustancias, consiste en formar una solucin
sobresaturada, pues se basa en la solubilidad de las sustancias ( a mayor
temperatura , mayor solubilidad ) el exceso del soluto sobresaturado es el que se
cristaliza .
Se entiende por cristalizacin, al paso de un cuerpo desde un estado cualquiera al
cristalino, aunque en sentido estricto es el paso desde el estado de solucin al
cristalino.
Es un procedimiento utilsimo de purificacin e identificacin de sustancias. En
lneas generales la operacin consiste en disolver en caliente la sustancia, la
mezcla caliente se filtra para eliminar todas las impurezas solubles , y entonces la
solucin se deja enfriar para que se produzca la cristalizacin. En el caso ideal,
toda la sustancia deseada debe separarse en forma cristalina y todas las
impurezas solubles deben quedarse disueltas en la aguas madres, finalmente los
cristales se separan por filtracin y se deja secar, cuando se desconoce una
sustancia y se teme pueda descomponerse a alta temperatura se deja al vaco.




















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