Bioqumica

PROTENAS

Las protenas desempean papeles cruciales en prcticamente todos los sistemas
biolgicos.

Funciones:

1. Catlisis enzimtica. Las enzimas catalizan casi todas las reacciones qumicas en los
sistemas biolgicos. Son macromolculas especficas. Las enzimas aumentan
normalmente las velocidades de reaccin al menos un milln de veces.
2. Transporte y almacenamiento. Muchos iones y molculas pequeas son
transportados por protenas especficas.
3. Movimiento coordinado. En la escala microscpica, movimientos coordinados tales
como los movimientos de los cromosomas durante la mitosis, se producen por
ensamblajes contrctiles de naturaleza proteica.
4. Soporte mecnico. La enorme fuerza de tensin de la piel y el hueso, se debe a la
presencia de colgeno, una protena fibrosa.
5. Proteccin inmune. Los anticuerpos son protenas altamente especficas que
reconocen y se combinan con sustancias extraas tales como los virus, bacterias y
clulas de otros organismos. Las protenas juegan pues, un papel vital en distinguir
lo propio de lo ajeno.
6. Generacin y transmisin de impulsos nerviosos. La respuesta de las clulas
nerviosas a estmulos especficos depende de la presencia de receptores proteicos.
7. Control del crecimiento y diferenciacin. Solo una pequea fraccin del genoma de
una clula se expresa en cualquier momento. En las bacterias, las protenas
represoras son elementos importantes de control que silencian elementos
especficos del DNA de la clula. En los organismos superiores, el crecimiento y la
diferenciacin estn controlados por las protenas factores de crecimiento.

Las protenas se fabrican a partir de una coleccin de 20 aminocidos

Aminocidos son las unidades estructurales bsicas de las protenas. Un -aminocido
consta de un grupo amnico, un grupo carboxlico, un tomo de hidrgeno y un grupo
distintivo (R), todos ellos unidos a un tomo de carbono- (ver clasificacin en fig.1).

C
NH
2
COOH
R
H

C
NH
3
+
COO
-
R
H


Forma no ionizada Forma dipolar inica
(zwitterion)

Los aminocidos en disolucin a pH neutro son predominantemente iones dipolares
(zwitteriones)

El agrupamiento tetradrico de cuatro grupos diferentes alrededor de C confiere
actividad ptica a los aminocidos. Las formas especulares se llaman ismeros L y D.
Solamente los aminocidos L son constituyentes de las protenas.

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Fig. 1. Clasificacin de aminocidos segn las caractersticas de la cadena lateral (R)

Los aminocidos se unen por enlaces peptdicos para formar cadenas
polipeptdicas

C
H
C
R
1
+
H
3
N
O
O
-
+ C
R
2
H
C
+
H
3
N
O
O
-
C
R
1
H
C
+
H
3
N
O
N
H
C
R
2
H
C
O
O
-
+
H
2
O


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El equilibrio de esta reaccin queda desplazado hacia la hidrlisis en vez de hacia la
sntesis. De aqu que la biosntesis de los enlaces peptdicos requiera un aporte de
energa mientras que la hidrlisis est termodinmicamente favorecida.

Una unidad de
aminocido en una
cadena polipeptdica
se llama residuo. Las
cadenas polipeptdicas
tienen direccin
porque sus elementos
constitutivos tienen
extremos diferentes,
es decir, los grupos -
amino y -
carboxlico. Por
convencin, el
extremo amnico se
toma como el
comienzo de la cadena
polipeptdica. La secuencia de aminocidos en una cadena polipeptdica se escribe
comenzando por el residuo amino terminal, as el tripptido AGW no es el mismo que
WGA.
Fig. 2. Estructura de una cadena polipeptdica

Una cadena polipeptdica (ver detalle en fig. 3) consta de una parte regularmente
repetida llamada cadena principal y una parte variable constituida por diferentes
cadenas laterales (R
1
, R
2
, R
3
).

C
R
1
H
C N
O
N
H
C
R
2
H
C
O
N
H
C C
R
3
H
O
H


La mayora de las cadenas polipeptdicas contienen de 50 a 2000 residuos de
aminocidos. El peso medio de un residuo de aminocido es de 110 por lo que los pesos
moleculares de la mayora de los polipptidos oscilan en los 5500 a 220000. La masa de
las protenas se expresa en Daltons (1 Dalton = 1 u.m.a.)







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Fig. 3. Cadena polipeptdica en detalle. Se muestra el enlace peptdico de la cadena principal
y las cadenas laterales de un tetrapptido particular.

Las protenas tienen secuencias de aminocidos propias que son codificadas por los
genes

La secuencia de nucletidos del DNA, la molcula de la herencia, codifica una
secuencia complementaria de nucletidos en el RNA, la cual, a su vez determina la
secuencia de aminocidos de la protena, o mejor dicho de una cadena polipeptdica.
Cada uno de los 20 aminocidos (fig. 1) de la coleccin est codificado por una o varias
secuencias especficas de tres nucletidos.

La unidad peptdica es rgida y plana

Una caracterstica llamativa de las protenas es que tienen una estructura tridimensional
bien definida. La funcin de una protena deriva de la conformacin, es decir, de la
organizacin de sus tomos en una estructura tridimensional. La secuencia de
aminocidos es importante porque determina la conformacin de la protena.

La unidad peptdica es rgida y plana. El hidrgeno del grupo amino sustituido, est casi
siempre en posicin trans con respecto al O del grupo carbonlico. El enlace entre el
tomo de carbono carbonlico y el tomo de nitrgeno de la unidad peptdica no es libre
de rotar porque posee un carcter parcial de doble enlace.


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C
O
N
H
C
O
-
N
+
H

Existe un enorme grado de libertad rotacional alrededor de los enlaces a ambos lados de
la unidad peptdica rgida.

Las cadenas polipeptdicas pueden plegarse en estructuras regulares tales como la
hlice

La hlice es una estructura semejante a un cilindro. La cadena polipeptdica principal
estrechamente enroscada forma la parte interior del cilindro y las cadenas laterales se
extienden hacia fuera en una disposicin helicoidal. Todos los grupos C=O y N-H de la
cadena principal quedan enlazados por puentes de hidrgeno. El sentido de la hlice
puede ser dextrgiro o levgiro, las hlices que se encuentran en las protenas son
dextrgiras.

Las hojas plegadas se estabilizan por puentes de hidrgeno entre cadenas

La hoja plegada difiere profundamente de la hlice en que es una lmina en lugar de
un cilindro. La cadena polipeptdica en la hoja plegada , llamada hebra , est casi
totalmente extendida en vez de estar estrechamente enrollada como en la hlice . La
hoja plagada queda estabilizada por puentes de hidrgeno entre los grupos C=O y N-
H en la misma cadena polipeptdica.

Las protena hidrosolubles se pliegan formando estructuras compactas alrededor
de ncleos apolares

La distribucin tan contrastada de los aminocidos polares y no polares revela una
faceta clave de la arquitectura proteica. En un entorno acuoso, el plegado de la protena
es consecuencia de la clara tendencia de los residuos hidrofbicos a excluir el agua. Los
residuos hidrofbicos se estabilizan termodinmicamente cuando se arraciman en el
interior de la molcula, en vez de distribuirse en todo el entorno acuoso. La cadena
polipeptdica se dobla pues espontneamente de modo que sus grupos hidrofbicos
quedan enterrados en su interior y las cadenas cargadas polares quedan en la superficie.

Las protenas integrales de membrana, aquellas que atraviesan las membranas
biolgicas, tienen un diseo distinto del de las protenas solubles en disoluciones
acuosas. La barrera de permeabilidad de las membranas est constituida por lpidos, los
cuales son muy hidrofbicos. As pues, la parte de la protena que atraviesa esta regin
debe tener un exterior hidrofbico. La porcin transmembrana de una protena de
membrana suele constar de haces de hlices con cadenas laterales apolares (leucina,
fenialanina) orientados hacia el exterior de la superficie de la protena.

Hay cuatro niveles bsicos de estructuracin en la arquitectura de las protenas

Estructura primaria: disposicin lineal de aminocidos (fig. 4). Est determinada por el
cdigo gentico y determina a su vez la forma de conjunto y la funcin de la
macromolcula.

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Estructura secundaria: organizacin de una cadena de polipptido que es consecuencia
de la formacin de puentes de hidrgeno entre enlaces peptdicos (fig. 4). La cadena del
polipptido gira en torno a los carbonos tetradricos con el propsito de alinear los
hidrgenos amdicos con los oxgenos carbonlicos. Una rotacin parcial de 45 permite
que los enlaces peptdicos se dispongan de tal manera que cada cuarto enlace peptdico
ocurre debajo de otro. Esto da origen a una espiral o hlice. Especficamente una hlice
derecha que se conoce como hlice como se dijo anteriormente. Una rotacin de 180
en esos carbonos tetradricos extiende la cadena y produce una apariencia plegada con
los donadores y receptores de puentes de hidrgeno ubicados en los costados de la
cadena y los grupos R dirigidos hacia arriba y hacia abajo, perpendiculares a la cadena.
Si la cadena polipeptdica misma se dobla y regresa a lo largo de la misma, se pueden
formar puentes de hidrgeno en una disposicin de lado con lado. Esto se conoce como
lmina con plegado .

Estructura terciaria: Las cadenas laterales R participan en las interacciones tanto
covalentes como no covalentes, con el propsito de estabilizar la protena en su
estructura tridimensional ltima o conformacin terciaria (fig. 4). El enlace covalente
comn de la cadena lateral, capaz de mantener unidas regiones remotas de la protena,
es el enlace disulfuro:

C
C
CH
2
SH
NH
H
O
+
C
C
NH
H HSH
2
C C
NH
C
H CH
2
S
O
SH
2
C C H
C
NH
O
Oxid.

Cistenas Cistina

Interacciones no covalentes: (1) puentes de hidrgeno, (2) puentes salinos (interacciones
inicas), (3) interacciones hidrofbicas

(1) Por ejemplo, los grupos R de histidina y serina (H
+
-O
-
; H
+
-N
-
) pueden formar
puentes de hidrgeno con N de una amina u O de un carbonilo.
(2) Ocurre entre grupos R con carga opuesta, por ejemplo Lis...Glu
(3) Val, Leu, Phe no interactan con agua ni iones, se agregan en un entorno
hidrofbico.

Estructura cuaternaria: se da en protenas con ms de una cadena de polipptidos cada
una de ellas llamada subunidad (fig. 4). Las subunidades se mantienen unidas entre si
por efecto de las mismas fuerzas no covalentes de puentes de hidrgeno, puentes salinos
e interacciones hidrofbicas que dan origen a la conformacin terciaria.


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Fig. 4. Niveles de estructuracin de las protenas.