Funciones biolgicas de las protenas 1.- Enzimas.

Las protenas ms variadas y de mayor especializacin son aqullas con actividad cataltica. 2.- Protenas de transporte. Protenas de transporte en el plasma sanguneo que unen y llevan molculas especficas o iones de un rgano a otro. Por ejemplo la hemoglobina, las lipoprotenas. Protenas de transporte en la membrana plasmtica o la membrana intracelular (ejemplo: Na+-K+ -ATPasa, transportadores de aminocidos, glucosa, etc. 3.- Protenas nutrientes y de reserva. Protenas almacenadas en semillas de plantas (trigo, maz, arroz, etc.); ovoalbmina (clara de huevo); casena (leche), ferritina (algunas bacterias y en tejidos animales y vegetales. 4.- Protenas contrctiles o que proporcionan motilidad. Actina y miosina (actan en el sistema contrctil del msculo y en clulas no musculares. Tubulina (forma los microtbulos). Microtbulos + dinena = cilios y flagelos. 5.- Protenas estructurales. Protenas que actan como filamentos de soporte, cables u hojas para proporcionar fuerza, soporte o proteccin a las estructuras. Colgeno (tendones y cartilago); elastina (ligamentos); queratinas (pelo, uas, plumas etc.). 6.- Protenas de defensa. A) Defienden a los organismos contra la invasin por otras especies. Inmunoglobulinas o anticuerpos; producidas por los linfocitos de vertebrados reconocen y neutralizan o precipitan bacterias, virus o protenas invasoras de otras especies. B) Proteccin contra las heridas. Fibringeno y trombina (coagulacin de la sangre). Otras protenas de defensa son: venenos (serpientes) y toxinas bacterianas. 7.- Protenas reguladoras. Regulan la actividad celular. Como las hormonas, receptores o protenas que se fijan al DNA y regulan la expresin de los genes.

Estructura tridimensional de las protenas 1) La estructura tridimensional de una protena est definida por su secuencia de aa 2) La funcin de una protena depende de su estructura 3) La estructura tridimensional de una protena aislada es nica o casi nica. 4) La estructura especfica es estabilizada principalmente por enlaces no covalentes. 5) Dentro del gran nmero de estructuras proteicas nicas, es posible reconocer algunos patrones estructurales comunes.

Enlace peptdico

CARBONO hibridacin sp2

Configuracin y conformacin

Dos conformaciones de todas las posibles

Dos configuraciones D y L

Dos configuraciones cis y trans

Los enlaces peptdicos son planos. En una pareja de aminocidos unidos (un dipptido), seis tomos (C , C , O , N , H y C ) permanecen en un mismo plano. Las cadenas laterales se muestran como esferas verdes. Esta preferencia geomtrica se explica por la naturaleza del enlace qumico del pptido. El enlace peptdico tiene carcter parcial de doble enlace, lo que evita la rotacin a su alrededor, por lo tanto el enlace peptdico es planar y rgido.

El enlace peptdico se describe como un hbrido de resonancia, es decir que el oxgeno carbonlico y el nitrgeno amida comparten parcialmente dos pares de electrones. El oxgeno tiene una carga parcial negativa y el nitrgeno positiva, formando un pequeo dipolo elctrico.

Longitudes de enlace estndar en un enlace peptdico. El carcter parcial de doble enlace tambin se observa en la longitud del enlace entre los grupos CO y NH. La distancia C-N en un enlace peptdico es tpicamente 1.32 A, que est entre los valores esperados para un enlace C-N sencillo (1.49 A) y un enlace C=N doble (1.27 A), como se aprecia en esta figura. El enlace peptdico se muestra en su configuracin trans caracterstica.

Enlaces peptdicos cis y trans. La forma trans est enormemente favorecida debido a los choques estricos que se dan en la forma cis. Si bien el enlace peptdico es plano y rgido y no existe posibilidad de rotacin a su alrededor, los enlaces N-C y C-C si que permiten la rotacin libre al ser enlaces sencillos. Cabe entonces la posibilidad de distintas conformaciones en torno a estos enlaces. Por ello se definen los llamados ngulos de conformacin que se denominan con las letras griegas (phi) para el enlace N-C y (psi) para el enlace CC.

Por convencin se considera que los ngulos y tienen un valor de 0 cuando los enlaces peptdicos que flanquean un carbono alfa se encuentran en el mismo plano. Esta conformacin no es accesible en una protena, puesto que se producira un solapamiento estrico entre un oxgeno carbonlico y el tomo de hidrgeno del grupo -amino. 5

Tres enlaces separan dos carbonos consecutivos secuencialmente en una cadena polipeptdica. Los enlaces N-C y C-C pueden rotar, y sus ngulos de enlace se denominan y , respectivamente. Puede producirse rotacin alrededor de dos de los tres tipos de enlaces existentes en una cadena polipeptdica. Los enlaces C-N de los grupos peptdicos planares (sombreados en azul), que suponen un tercio del total de los enlaces del esqueleto polipeptdico, no tienen libertad de rotacin. Otros enlaces simples de la cadena principal pueden tener tambin impedida su rotacin, dependiendo del tamao de los grupos R (representados aqu en gris).

Si se llevan a una grfica los valores de los ngulos de conformacin observados en las protenas, representando en abcisas (eje x) y en ordenadas (eje y), se obtiene una grfica denominada representacin de Ramachandran en honor a su descubridor. En esta representacin se observa que los pares de valores de estos ngulos aparecen nicamente en unas pocas zonas permitidas. Existen zonas que representaran conformaciones donde las cadenas laterales (grupos R) de los aminocidos sucesivos tenderan a ocupar las mismas zonas del espacio (lo que se llama impedimento estrico) y por ello no se observan pares de valores de ngulos de conformacin en esta zona del diagrama. Pero an as, los valores observados de los ngulos de conformacin aparecen en zonas an ms pequeas y restringidas que las que podra explicar el mero impedimento estrico. Esto se debe a que la cadena peptdica tiende a adoptar una conformacin espacial que maximiza la formacin de enlaces de hidrgeno entre los grupos CO y NH de los enlaces peptdicos, el primero como aceptor y el segundo como dador de hidrgeno. La estructura que adopta la cadena peptdico en el espacio a travs de la formacin de estos enlaces recibe el nombre de estructura secundaria.

Formacin de un enlace (o puente) de hidrgeno entre el grupo NH y el CO de dos enlaces peptdicos adyacentes.

La -hlice. Es una estructura en la cual la cadena peptdica se pliega en el espacio en forma helicoidal dextrgira (como un tornillo a derechas). (a) Formacin de una hlice dextgira. Los planos de los enlaces peptdicos rgidos son paralelos al eje longitudinal de la hlice. (b) Modelo de bolas y varillas en el que se muestran los enlaces de hidrgeno intracatenarios. La unidad repetitiva es una vuelta de la hlice, de 3.6 residuos. (c) La hlice vista desde un extremo a lo largo del eje longitudinal. Obsrvense las posiciones de los grupos R, representados por esferas prpuras. (d) Un modelo de esferas de van der Waals de la hlice .

Esquema de puentes de hidrgeno para una -hlice. En la -hlice el grupo CO del

residuo n forma un puente de hidrgeno con el grupo NH del residuo n + 4 .

Las principales caractersticas de la -hlice son: - Una vuelta completa cada 3.6 residuos de aminocido - Una traslacin media por residuo de 0.15 nm - Un paso de rosca de 0.54 nm. No todos los aminocidos tienen igual facilidad para la formacin de -hlices. En particular la prolina es incapaz de formar parte de estas estructuras al ser un aminocido que carece de grupo donador NH en los enlaces peptdicos en que participa. En las protenas globulares suelen aparecer residuos de prolina al principio y al final de segmentos -helicoidales. De hecho, la presencia de prolina produce una angulacin de aproximadamente 120 entre dos segmentos sucesivos de -hlice. Esto confiere a la prolina un importante significado estructural, razn por la que nos encontramos muy frecuentemente a este aminocido como invariante en las series filogenticos de protenas homlogas. Otro aminocido que dificulta la formacin de -hlice es la glicina, debido al pequeo tamao de su cadena lateral.

La -hlice aparece tanto en las protenas fibrosas como en las globulares. Entre las primeras, las -queratinas (como el pelo y la lana) son estructuras en -hlice superenrrollada. En otras protenas fibrosas, como la miosina del msculo, la -hlice es la estructura predominante. En las protenas globulares, como por ejemplo en la mioglobina y en las subunidades de la hemoglobina, la cadena polipeptdica forma hasta un total de ocho -hlices. Dado que el interior de la membrana es un medio hidrofbico, no es extrao encontrar la estructura de -hlice anfiptica; las cadenas laterales de aminocidos polares se disponen hacia un lado de la estructura y las de aminocidos hidrofbicos hacia el lado opuesto.

Diagrama de Ramachandran para las hlices. Tanto las hlices dextrgiras como las levgiras se encuentran en regiones de conformaciones permitidas en el diagrama, sin embargo, prcticamente todas las -hlices de las protenas son dextrgiras.

Hlice 1) Disposicin helicoidal dextrgira 2) Puentes de H entre el H de un N peptdico y el O carbonilo del residuo N-4. 3) Una vuelta completa cada 3,6 residuos de aa. 4) Un paso de rosca de 0,54 nm. 5) Una avance medio por residuo de 0,15 nm 6) Un giro de 100 por residuo. 7) Los grupos R de los aa quedan orientados hacia fuera y ligeramente inclinados hacia abajo

Factores que afectan la estabilidad de la hlice 1) Atraccin o repulsin electrosttica entre residuos. 2) Impedimento estrico de los grupos R (entre residuos consecutivos o con una separacin de 3 o 4 residuos voluminosos o ramificados). 3) Los residuos de prolina y glicina tienen efectos desestabilizadores. Hlices con propiedades caractersticas Disposicin de los grupos R Hlice anfiptica

Hlice bastante hidrofbica

Hlice polar con carga

Hoja plegada- antiparalela. Pueden observarse los planos correspondientes a los enlaces peptdicos en las caras de la hoja plegada y los carbonos- situados en los pliegues. En esa misma situacin se ven las cadenas laterales (grupos R, en amarillo) que estn dirigidas hacia el exterior de la hoja plegada y se enfatiza el plegamiento de la hoja descrito por los planos de los enlaces peptdicos. Tambin se muestran los enlaces por puente de hidrgeno (o enlaces de hidrgeno) entre cadenas adyacentes mediante lneas de puntos en rojo. Cada cadena polipeptdica individual en la hoja plegada- se denomina hebra- .

adyacentes transcurren en el mismo sentido. Los puentes de hidrgeno entre los grupos NH y CO conectan cada aminocido de una hebra con dos aminocidos diferentes de la hebra opuesta.

Derecha: Hoja plegada- paralela. Las hebras-

Izquierda arriba: hebra- donde puede observarse que la cadena polipeptdica est en su conformacin ms extendida posible. En esta representacin las cadenas laterales se representan en verde. En el enlace peptdico, en el grupo carbonilo el carbono (en negro) y el oxgeno (en rosa) y en el amino, el nitrgeno (en azul) y el hidrgeno (en blanco). Izquierda abajo: hoja plegada- antiparalela. En la que la orientacin amino-terminal carbonilo-terminal de cada cadena polipeptdica adyacente es inversa (ver flechas amarillas) es decir, las hebras- adyacentes transcurren en sentidos opuestos. Los puentes de hidrgeno se representan por lneas punteadas en verde. En este caso los puentes de hidrgeno entre los grupos NH y CO conectan cada aminocido con un nico aminocido en la hebra opuesta estabilizando la estructura.

Hoja plegada- antiparalela con dos hebras, para poner de relieve su apariencia plegada. Las lneas discontinuas indican los enlaces de hidrgeno. Obsrvese como las cadenas laterales (grupos R, en ciruela) de las cadenas polipeptdicas se extienden alternativamente por los lados opuestos de la hoja. La hoja plegada- paralela y la antiparalela tienen un perodo de repeticin ligeramente distinto (distancia entre un carbono- (n) y otro carbono- (n+2) es ms corto en la conformacin paralela, 0.65 nm (6.5 A), en comparacin con los 0.7 nm (7 A) de la antiparalela (este ltimo valor se refleja en la figura adjunta). La distancia entre aminocidos adyacentes en una hebra- es aproximadamente 3.5 A, en contraste con la distancia de 1.5 A en una -hlice. La hoja plegada utiliza la plena capacidad de formacin de enlaces de hidrgeno del esqueleto polipeptdico (hebra-), los enlaces de hidrgeno pueden establecerse en la misma cadena polipeptdica (misma hebra-) o entre cadenas polipeptdicas vecinas (diferentes hebras-).

Cada hebra- se suele representar por una flecha que apunta hacia el extremo carboxilo terminal.
Conexiones entre hebras- adyacentes en hojas plegadas-: (a) Conexin en horquilla entre hebras antiparalelas que se hal topolgicamente en el plano de la hoja. (b) Conexin cruzada, hacia la derecha, entre hebras sucesivas de hojas- paralelas. Casi todas las conexiones de cruce de las protenas tienen esta orientacin. (c) Conexin cruzada hacia la izquierda entre hebras de hojasparalelas. Las conexiones con esta orientacin son raras.

Diagrama de Ramachandran para las hebras-. El rea roja muestra las conformaciones permitidas estricamente para las estructuras extendidas, tipo hebra-.

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Estructura de un giro . Estos son elementos de conexin que unen tramos sucesivos de hlices- o conformaciones . Los giros que conectan los extremos adyacentes de dos segmentos de hojas antiparalelas son muy frecuentes. Esta estructura forma un giro cerrado (180) en la que participan cuatro residuos aminocidos. Los giros del tipo I y tipo II son los ms comunes; el giro de tipo I aparece con una frecuencia superior al doble que el tipo II. El tercer residuo del giro del tipo II siempre es una Gly. Obsrvese el enlace de hidrgeno entre los grupos peptdicos de los residuos primero y cuarto del giro. A menudo se encuentran residuos de Gly y Pro en los giros . En la glicina se debe a que es un residuo pequeo y flexible, mientras que en la prolina es la facilidad con que los enlaces peptdicos en los que participa el nitgeno imino de la Pro adoptan la configuracin cis, particularmente adecuada para la formacin de un giro cerrado. Los giros se encuentran a menudo en la superficie de las protenas, donde los grupos peptdicos de los dos residuos aminocidos centrales en el giro (residuos aminocidos hidroflicos), pueden formar enlaces de hidrgeno con el agua (Los residuos de aminocidos individuales estn marcados por grandes crculos azules.)
La protena fibrona que se encuentra en la seda representa un tipo de protena fibrosa (una queratina). Esta protena est compuesta de hojas antiparalelas apiladas, como se observa en la figura. La secuencia polipeptdica de las protenas de la seda es rica en residuos de glicina que aparecen alternativamente. Todos los residuos de glicina aparecern por un lado de la hoja y los otros residuos (principalmente residuos de alanina y serina) se situarn sobre la superficie opuesta de la hoja. Pares de hojas antiparalelas pueden entonces empaquetarse conjuntamente de forma compacta con una disposicin entrelazada de las cadenas laterales (la superficie con las glicinas con la superficie de las glicinas o la superficie de las alaninas-serinas hacia la superficie de las alaninas-serinas). Las interacciones de van der Waals entre las hojas estabilizan tambin la estructura global. La seda no se estira, ya que la conformacin ya est altamente extendida. Sin embargo, la estructura es flexible debido a que las hojas se mantienen unidas mediante numerosas interacciones dbiles.

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Frecuencia relativa de aparicin de los residuos aminocidos en -helices, hojas plegadas y giros en protenas de estructura conocida.

La seda se obtiene de los filamentos de los gusanos de seda (las larvas de la mariposa nocturna Bombyx mori y otras especies relacionadas. La fibrona, la protena principal de la seda, est constituida por dos estructuras de hoja plegada antiparalelas ordenadas en numerosas capas superpuestas.

Las cadenas laterales poco voluminosas se hallan interdigitadas y permiten un empaquetamiento compacto entre cada una de las hojas superpuestas.

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Mtodos predictivos Glutamato Aminocidos Total 282 5507 -hlice 126 1715 59 1555 Vuelta 57 1121

Frecuencias del aminocido 126 59 57 F = ---------- = 0.447 f = -------- = 0.209 fv = -------- = 0.202 282 282 282 Frecuencias globales de aparicin de las estructuras 1715 1555 1121 -hlice = ------- = 0. 311 lmina = ------- = 0.282 vuelta = --------- = 0.204 5507 5507 5507 Cociente de frecuencias: Propensin 0.447 P = -------- = 1.44 0.311 0.209 P = -------- = 0.74 0.282 0.202 Pv = --------- = 0.99 0.204