1.1.4. PROTENAS 1.1.4.1. Clasificacin 1.1.4.2. Estructura 1.1.4.3.

.3. Factores que afectan su estabilidad estructural Son las molculas ms diversas, complejas y de mayor tamao presentes en la clula. Contienen carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y usualmente azufre. En algunas protenas pueden encontrarse unidos diferentes tipos de sustancias qumicas llamadas grupos prostticos, estos incluyen carbohidratos, lpidos, grupos fosfato, el grupo hem que contiene hierro e iones metlicos tales como el cobre y el zinc. Las protenas tienen formas tridimensionales que son necesarias para su funcin especfica. Entre las funciones ms importantes de las protenas se consideran: Su papel como catalizadores orgnicos (enzimas) de casi todas las reacciones de los sistemas biolgicos. Como hormonas transmitiendo informacin entre clulas. Su participacin en el transporte y almacenamiento de otras molculas pequeas, por ejemplo el transporte de oxgeno por la hemoglobina. En el caso de los anticuerpos proporcionan defensa contra infecciones. Sirven como componentes estructurales en las clulas y tejidos. Ser la molcula bsica en los mecanismos de movimiento, como en el caso de las protenas contrctiles. Ser el ltimo recurso para la obtencin de energa cuando el organismo carece de otras reservas tales como lpidos y carbohidratos. Para entender esta variedad de funciones se debe estudiar la estructura de las protenas y examinar las propiedades de los componentes y las caractersticas de los enlaces que ellos establecen para formarlas. Las protenas son polmeros constituidos por monmeros denominados aminocidos proteicos o naturales, los cuales son 20. Cada uno de ellos posee un grupo amino -NH2 y un grupo carboxilo COOH unidos al mismo tomo de carbono alfa (Figuara 1), se diferencian entre s por el tamao de sus cadenas laterales. Los aminocidos se agrupan en cuatro categoras segn las propiedades de sus cadenas laterales (Figura 2) as:

Figura 1. Estructura bsica de los aminocidos evidenciandose los grupos funcionales (Grupo carboxilo y amino) y el grupo radical (R)

Figura 2. 5 de los 20 aminocidos. Observese la diferencia en composicin en el grupo radical. AMINOCIDOS NO POLARES Poseen cadenas laterales hidrofbicas que no interactan con el agua por lo tanto, se localizan al interior de la molcula de protena de la cual hacen parte. Esta ubicacin les impide quedar en contacto con el agua. Son ejemplos de estos aminocidos no polares la glicina (el ms sencillo), la alanina, valina, leucina, isoleucina con cadenas carbonadas simples. El primero frecuentemente aparece constituyendo los dobleces angulares en la secuencia lineal de aminocidos para lograr la conformacin tridimensional de la protena. Adems hacen parte de este grupo la prolina con cadena cclica de tres tomos de carbono unidos al nitrgeno del grupo amino y al carbono alfa del grupo carboxilo, esta estructura le permite en la cadena peptdica la formacin de "torsiones curvas", la cistena y la metionina con tomos de azufre en sus cadenas laterales. La cistena es menos hidrofbica que la metionina por poseer un grupo sulfidrilo (SH) el cual juega un papel importante en el plegamiento correcto de las protenas ya que facilita la formacin de los denominados puentes disulfuro. Otros dos aminocidos no polares son la fenilalanina y el triptfano con cadenas laterales anilladas. AMINOCIDOS POLARES Son aminocidos con cadenas laterales no cargadas pero polares o hidroflicas. Estos son la serina, treonina, tirosina, asparagina y glutamina los cuales tienen grupos amida polares ( O=CNH2). Debido a sus cadenas polares estos aminocidos pueden formar puentes de hidrgeno con el agua y por su naturaleza hidroflica tienden a ubicarse en la regin externa de la molcula de la protena que estn constituyendo. AMINOCIDOS BSICOS (CATINICOS) Son aminocidos con cadenas laterales que poseen grupos bsicos cargados, carcter que los hace muy hidroflicos Entre ellos se tienen la lisina, arginina e histidina siendo los dos primeros los ms bsicos debido a que sus cadenas laterales siempre estn cargadas positivamente. La histidina puede estar sin carga o tener carga positiva a pH fisiolgico, as que frecuentemente juega un papel muy activo en las reacciones enzimticas participando en el intercambio de iones hidrgeno. AMINOCIDOS CIDOS (ANINICOS) tienen cadenas laterales cidas que terminan en grupos carboxilos como el cido asprtico y el cido glutmico. Estos aminocidos estn cargados negativamente en la clula y por lo tanto siempre se hace referencia a ellos como aspartato o glutamato. Son muy hidroflicos y se localizan en la superficie de las protenas. FORMACIN DE PPTIDOS Los diferentes aminocidos se polimerizan en el interior de las clulas para constituir pptidos y protenas de acuerdo con la informacin gentica razn por la cual la polimerizacin se realiza con la participacin de enzimas especficas y requiere del concurso del ARN y de los ribosomas para llevarse a cabo. Este proceso de inicia con una reaccin de condensacin entre el grupo carboxilo del primer aminocido con el grupo amino del segundo para formar un enlace peptdico o amida (Figura 3) con la eliminacin de una molcula de agua. El compuesto resultante es un dipptido, el cual puede formar un segundo enlace peptdico entre su grupo carboxilo terminal y el grupo amino de un tercer aminocido dando lugar de nuevo a una molcula de agua y originando un tripptido como se observa en la siguiente figura:

Figura 3. Conformacin de dipeptidos y tripeptidos con la eliminacin de una molcula de agua en cada paso De esta manera se aaden nuevos aminocidos siguiendo la secuencia predeterminada por la informacin gentica dando lugar a un oligopptido (menos de 10 aminocidos), a un polipptido (hasta 40 aminocidos) o una protena con ms de 50 aminocidos. La molcula proteica puede estar constituida por uno o ms polipptidos plegados en una conformacin tridimensional especfica. La protena responsable del transporte de oxgeno en los vertebrados y algunos invertebrados es la hemoglobina, la cual posee en su estructura cuatro cadenas peptdicas que se plegaron de manera independiente y que al unirse dan a la molculas las propiedades especficas para cumplir su funcin. .1.4.1. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS La clasificacin de las protenas se realiza desde varios puntos de vista, as: 1. SEGN SU COMPOSICIN: Protenas simples u Holoprotenas: Las cuales estn formadas exclusivamente o predominantemente por aminocidos. Protenas conjugadas: Poseen un componente de proporcin significativa no aminoacdico que recibe el nombre de grupo prosttico. Segn la naturaleza de este grupo consideramos: o Glicoprotenas: Se caracterizan por poseer en su estructura azcares. Se pueden citar como ejemplo: las inmunoglobulinas, algunas protenas de membrana, el colgeno y otras protenas de tejidos conectivos (glucosaminoglicanos). o Lipoprotenas: Protenas conjugadas con lpidos que se encuentran en las membranas celulares. o Nucleoprotenas: Se presentan unidas a un cido nucleico, como en los cromosomas, ribosomas y en los virus. o Metaloprotenas: Contienen en su molcula uno o ms iones metlicos que no constituyen un grupo hem. Por ejemplo algunas enzimas.

Hemoprotenas o Cromoprotenas: Protenas que tienen en su estructura un grupo hem (Figura 1). Ejemplo: Hemoglobina, Mioglobina y ciertas enzimas como los citocromos.

Figura 1. Estructura bsica de las hemoprotenas o cromoprotenas. 2. DE ACUERDO CON SU MORFOLOGIA Y SOLUBILIDAD: Protenas fibrosas: Son insolubles en agua, presentan formas moleculares alargadas, con un nmero variado de cadenas polipeptdicas que constituyen fibras resistentes, con cierto grado de elasticidad, fragilidad o ductilidad. Funcionan como protenas estructurales o de soporte. Las ms comunes son: Elastina, Colgeno, Queratina, Fibrina, etc. Protenas Globulares: Tienden a ser ms solubles en agua, debido a que su superficie es polar. Sin embargo, pueden presentar mayor solubilidad en otros solventes como soluciones salinas, cidos o bases diluidas o alcohol. Su estructura es compacta con formas casi esfricas. La mayora de las protenas conocidas son globulares, dentro de las que se consideran todas las enzimas, las protenas del plasma y las presentes en las membranas celulares. A su vez las protenas globulares se pueden clasificar de acuerdo con su solubilidad: o Albminas: Protenas fcilmente solubles en agua, que coagulan con el calor y precipitan con las soluciones salinas saturadas. Por ejemplo la Lactoalbmina, albmina del suero, la ovoalbmina (presente en la clara del huevo). o Globulinas: Escasamente solubles en agua pura, pero solubles en soluciones salinas diluidas como cloruro de sodio, entre ellas se encuentran las seroglobulinas (sangre), ovoglobulina, inmunoglobulinas, etc. o Glutelinas: Solubles en cidos y bases diluidos, insolubles en solventes neutros. Ejemplo: La Glutenina del trigo.

Prolaminas: Solubles en alcohol del 70 al 80%, insolubles en agua, alcohol absoluto y otros solventes neutros, como la Zena del maz y la Gliadina del trigo. 3. DE ACUERDO CON SU FUNCIN BIOLGICA: Protenas estructurales: Forman parte de clulas y tejidos a los que confieren apoyo estructural. Dentro de estas podemos citar, el colgeno y la elastina presentes en el tejido conectivo de los vertebrados. La queratinas de la piel, pelo y uas y la espectirna presente en la membrana de los eritrocitos. Protenas de transporte: Como su nombre lo indica, transportan sustancias como el oxgeno en el caso de la hemoglobina y la mioglobina, cidos grasos en el caso de la albmina de la sangre, o las que realizan un transporte transmembrana en ambos sentidos. Protenas de defensa: Protegen al organismo contra posibles ataques de agentes extraos, entre las que se consideran los anticuerpos (inmunoglobulinas) de la fraccin gamma globulnica de la sangre, las protenas denominadas interferones cuya funcin es inhibir la proliferacin de virus en clulas infectadas e inducir resistencia a la infeccin viral en otras clulas, el fibringeno de la sangre importante en el proceso de coagulacin. Protenas hormonales: Se sintetizan en un tipo particular de clulas pero su accin la ejercen en otro tipo. Ejemplo, la insulina. Protenas como factores de crecimiento: Su funcin consiste en estimular la velocidad de crecimiento y la divisin celular. Como ejemplo se puede citar la hormona de crecimiento y el factor de crecimiento derivado de plaquetas. Protenas catalticas o enzimas: Permiten aumentar la velocidad de las reacciones metablicas. Dentro de las clulas son variadas y se encuentran en cantidad considerable para satisfacer adecuadamente sus necesidades. Entre otras se consideran las enzimas proteolticas cuya funcin es la degradacin de otras protenas, lipasas, amilasas, fosfatasas, etc. Protenas contrctiles: Son protenas capaces de modificar su forma, dando la posibilidad a las clulas o tejidos que estn constituyendo de desplazarse, contraerse, relajerse razn por la cual se encuentran implicadas en los diferentes mecanismos de motilidad. Las protenas ms conocidas de este grupo son la actina y la miosina. Protenas receptoras: Protenas encargadas de combinarse con una sustancia especfica. Si se encuentran en la membrana plasmtica, son las encargadas de captar las seales externas o simplemente de inspeccionar el medio. Si encuentran en las membranas de los organelos, permiten su interaccin. Sin embargo, no son protenas exclusivas de membrana ya que algunas se encuentran en el citoplasma. El ejemplo ms tpico de stas son los receptores de las hormonas esteroides. Casi todos los neurotransmisores, la mayora de las hormonas y muchos medicamentos funcionan gracias a la presencia de estas protenas. Protenas de transferencia de electrones: Son protenas integrales de membrana, comunes en las mitocondrias y

cloroplastos cuya funcin se basa en el transporte de electrones desde un donador inicial hasta un aceptor final con liberacin y aprovechamiento de energa. Como ejemplo se citan a los Citocromos que hacen parte de la cadena respiratoria. 1.1.4.2. ARQUITECTURA DE LAS MOLCULAS DE PROTENA En la estructura de las protenas se pueden considerar cuatro niveles de organizacin: primario, secundario, terciario y cuaternario. Cada uno de los cuales resalta un aspecto diferente y depende de distintos tipos de interacciones. Mientras la estructura primaria es simplemente la secuencia lineal de aminocidos de una cadena polipeptdica las dems establecen su organizacin tridimensional de pptidos o conjunto de ellos. ESTRUCTURA PRIMARIA Se considera como estructura primaria a la secuencia lineal especfica (sin ramificaciones) de aminocidos de una cadena polipeptdica la cual es el resultado de la traduccin de la informacin gentica contenida en la secuencia de nucletidos del ADN. La importancia desde el punto de vista qumico de la estructura primaria, radica en la secuencia de los grupos laterales de los aminocidos (cadenas laterales, R) dado que es el componente variable de la molcula que proporciona la identidad a la cadena. Por otra parte, el significado biolgico de esta secuencia se basa en el control que ella ejerce en la organizacin de los niveles de complejidad superiores de la estructura proteica ya que esta permitir en ltima estancia la determinacin de su actividad biolgica, es decir, la secuencia de aminocidos tiene la informacin necesaria para que la molcula adopte una conformacin tridimensional adecuada. Es tan importante esta secuencia que el cambio en solo un aminocido como resultado de una mutacin, puede ser trgico para la vida de un organismo. El grado de tolerancia a los cambios depende del grado de alteracin de la geometra que presente la estructura proteica, as como del comportamiento qumico que tiene la cadena lateral del aminocido sustituido (polar, no polar, bsico o cido). Cabe resaltar que todas las protenas sin importar su nivel de organizacin se originan de una estructura primaria que posteriormente adopta una conformacin tridimensional especfica. No obstante, una protena que permanece con su estructura primaria inmodificable pero funcional es la insulina, cuya secuencia de aminocidos se conoci por primera vez a principios de la dcada de 1950. ESTRUCTURA SECUNDARIA Consiste en el enrollamiento de la cadena peptdica sobre su propio eje para formar una hlice o alguna otra estructura tridimensional especfica. La estructura secundaria ms comn es la a-hlice (alfa), la cual se caracteriza por formar una estructura geomtrica en espiral, muy uniforme, en la que cada vuelta est constituida por 3,6 aminocidos. La hlice se mantiene mediante puentes de hidrgeno entre el hidrgeno del grupo amino del enlace peptdico de un aminocido y el grupo carboxilo del enlace peptdico de otro. Dentro de este grupo se pueden mencionar protenas como el colgeno, la queratina, elastna (Figura 1).

Figura 1. Colgeno. orientacin alfa-hlice Otro tipo comn de estructura secundaria es la hoja plegada, que se caracteriza por presentarse de forma aplanada y extendida, adems posee un mximo de enlaces de hidrgeno entre los enlaces peptdicos. Esta estructura consta de varias cadenas peptdicas que permanecen enfrentadas y se mantienen juntas con enlaces de hidrgeno en un arreglo a manera de zig-zag. La estructura laminar formada le confiere flexibilidad ms no elasticidad (Figura 2). Debido a que toda cadena polipeptdica tiene un extremo C-terminal en una direccin y un extremo N- terminal en la otra, dos cadenas enlazadas con hidrgeno y una al lado de la otra pueden correr en la misma direccin, paralelas, o en direccin opuesta, antiparalela. Un ejemplo de estas protenas es la fibrona de la seda.

Figura 2. Estructura secundaria en forma de hoja plegada. ESTRUCTURA TERCIARIA Es raro para una protena entera permanecer con la estructura de a-hlice u hoja -plegada . La mayora de ellas adquieren formas tridimensionales complejas denominadas estructuras terciarias, debido a que mientras la secundaria trata fundamentalmente de la conformacin de los

aminocidos adyacentes de la cadena polipeptdica, la estructura terciaria describe la conformacin definitiva y especfica de la protena. Durante el enrollamiento de la cadena peptdica, para dar origen a la estructura terciaria, los puentes de hidrgeno y la interacciones inicas e hidrofbicas entre una parte de la cadena y otra son las fuerzas que mantienen los pliegues en posicin espacial correcta. Por otra parte, los puentes disulfuro (-S-S-) que se forman entre los aminocidos de cistena pueden acercar partes que se hayan distantes en una protena, de hecho algunos sitios activos de enzimas estn constituidos por ellos. Adems, en la protena tambin se forman algunos otros enlaces covalentes para mantener su estructura terciaria que por lo general es globular. Con respecto a la estructura terciaria de cadenas polipeptdicas largas, cabe destacar la presencia de regiones compactas semiindependientes denominadas dominios, que se caracterizan por poseer una geometra casi esfrica especfica con un interior hidrofbico y un exterior polar. El carcter independiente del dominio es evidente cuando al separlo de la cadena, su estructura primaria es capaz de plegarse sobre s misma para adoptar la conformacin nativa. Una protena puede presentar ms de un dominio, a menudo interconectados por un segmento polipeptdico carente de estructura secundaria regular (Figura 3) y alternativamente estar separados por una hendidura o una regin menos densa en la estructura terciaria de la protena. Los diferentes dominios de una protena pueden gozar de movimiento relativo que est asociado con una funcin. As por ejemplo, en la enzima hexoquinasa, el sitio activo de unin del sustrato glucosa est en una hendidura entre dos dominios, cuando la glucosa se une a la hendidura, los dominios colindantes se cierran sobre el sustrato, atrapndolo para la fosforilacin.

Figura 3. Secuencia de conformacin de la protena hemoglobina. Ejemplos de protenas con este nivel de organizacin terciaria son: algunas enzimas como la lisozima, algunas protenas estructurales de la membrana, etc. ESTRUCTURA CUATERNARIA omo se mencion anteriormente muchas protenas tienen dos o ms cadenas plegadas de polipptidos (subunidades) para formar su estructura terciaria. En la estructura cuaternaria se consideran molculas proteicas superiores a los 50 mil daltons en donde las subunidades constitutivas pueden ser idnticas o diferentes y se asocian para formar dmeros, trmeros y tetrmeros. En algunos casos las cadenas aisladas son inactivas, pero en otros pueden cumplir la misma funcin que el complejo, aunque con diferente cintica. El ejemplo ms conocido es la hemoglobina en donde las interacciones hidrofbicas, los enlaces de hidrgeno y los enlaces

inicos ayudan a mantener las cuatro subunidades juntas para formar una molcula funcional, as cada subunidad de hemoglobina se pliega de manera similar a la estructura terciaria de mioglobina. Dado que la hemoglobina dentro de los glbulos rojos est constituida por dos cadenas alfa y dos cadenas beta (Figura 4) que permiten tomar una molcula de oxgeno, para "atrapar" molculas adicionales de oxgeno, las cuatro subunidades cambian ligeramente su conformacin y los enlaces inicos se rompen para exponer las cadenas y facilitar esta funcin. Esto indica que las asociaciones estrechas de las cadenas de polipptidos dentro de la misma protena proporcionan un tipo de comunicacin entre las unidades y se puede entender que en las cadenas de aminocidos existen dos tipos de informacin: uno que genera la conformacin adecuada de las estructuras secundarias, terciarias y cuaternarias y otro que permite la reactividad correcta de las molculas.

Figura 4. Estructura Cuaternaria de la hemoglobina. Observe los grupos hem en cada dominio. La asociacin espontnea de las cadenas de polipptidos no se detiene en la estructura cuaternaria hay ejemplos en los cuales varias enzimas se asocian para realizar funciones en cooperacin constituyendo complejos multienzimticos que se utilizan para catalizar secuencias de reacciones 1.1.4.3 FACTORES QUE AFECTAN LA ESTABILIDAD ESTRUCTURAL DE LAS PROTENAS Hasta el momento se cree que la estructura primaria de una protena induce a establecer las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria ya que el ADN no slo determinara la estructura primaria sino tambin los niveles superiores de estructura. Sin embargo, la actividad biolgica de la protena depende en gran medida de su estructura terciaria especfica mantenida por los enlaces mencionados anteriormente, de tal manera que cuando una protena se somete a: calor, determinadas sustancias qumicas, cambios bruscos de pH, etc. su estructura terciaria se desorganiza y las cadenas peptdicas adquieren una conformacin al azar que induce a la prdida de su actividad biolgica especialmente cuando acta como enzima. Las temperaturas elevadas, rompen muy fcilmente los puentes dbiles de hidrgeno y las interacciones hidrofbicas a causa del aumento en la energa cintica de las molculas. La alteracin del pH puede cambiar el patrn de ionizacin de los grupos carboxilo y amino en las cadenas laterales de los aminocidos desorganizando el patrn de atracciones y repulsiones inicas que contribuyen a la estructura terciaria normal. La prdida de la estructura terciaria se denomina desnaturalizacin, y siempre se acompaa de la alteracin de las funciones biolgicas normales de las protenas. La desnaturalizacin se puede originar por calor o concentraciones altas de sustancias polares y solventes no polares tales como

la rea que rompen los puentes de hidrgeno que mantienen la estructura de la protena. Generalmente la desnaturalizacin es irreversible, particularmente si muchas protenas desnaturalizadas interactan en eventos no especficos al azar, como se presenta en los cuerpos de inclusin caractersticos de algunas enfermedades neurodegenerativas. Sin embargo, en algunos casos la desnaturalizacin es reversible, y una vez las condiciones del ambiente vuelvan a su estado normal, la protena puede adquirir su forma activa (ejemplo la lisosima). En este caso se habla de renaturalizacin. CHAPERONAS: SU PAPEL EN EL ESTABLECIMIENTO DE LA FORMA DE LAS PROTENAS El establecimiento de los pliegues de la molcula en una estructura terciaria es algo complicado que se ha estudiado por muchos aos. La protena no se forma toda de una vez, en algunas clulas puede tomar varios minutos desde el comienzo de la sntesis hasta que adquiere la conformacin definitiva. Este proceso es de suma complejidad, sobretodo cuando la protena es de gran tamao; por lo cual la clula con el fin de asegurar la produccin de molculas de buena calidad utiliza un grupo especial de otras protenas, llamadas chaperonas, que ayudan en parte a prevenir el plegamiento inapropiado que conduce a desrdenes metablicos. Algunas chaperonas se unen a protenas en formacin y las protege de las interacciones con otras hasta que la nueva molcula adquiere su estructura correcta. Otras por su parte, participan en la conformacin de una molcula proteica especfica. Otro aspecto importante de algunas chaperonas conocidas genricamente como protenas de "Choque Trmico" es la respuesta que desencadenan ante cambios bruscos de temperatura. Esta respuesta consiste principalmente en elevar su concentracin en la clula con el fin de permitir su interaccin con las dems protenas y evitar su desnaturalizacin. Algunas evidencias sugieren que las protenas se pliegan de manera anormal en ciertas enfermedades infecciosas como el mal de las "vacas locas" o la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob o neurodegenerativas humanas como la enfermedad de Alzheimer . PROTENAS COMO CATALIZADORES BIOLGICOS Las protenas no solo hacen parte de la estructura de la clula, ellas tambin juegan un papel importante como catalizadores bilogicos en las clulas vivas ya que incrementan la rata de reaccin qumica, es decir la velocidad a la cual la reaccin se mueve hacia el equilibrio al reducir la energa de activacin y ejercer control sobre las actividades celulares. La energa de activacin es la cantidad de energa (en kJ) requerida para llevar mediante el rompimiento de enlaces de energa a las molculas de los reactivos hacia un estado de catlisis. El poder cataltico de las enzimas es impresionante, ya que el incremento de la velocidad de las reacciones qumicas est 8 20 entre 10 y 10 veces, comparado con la velocidad a la que se llevara a cabo la reaccin de manera espontnea. Louis Pasteur demostr por primera vez la participacin de clulas vivas de levadura en los procesos de fermentacin. A finales del siglo XIX se concluy que las clulas intactas de levadura no eran necesarias para obtener el alcohol, sino que se podan preparar extractos por macerado de las levaduras para realizar la misma conversin enzimtica.