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Enzimas
Enzimas
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Concepto y clasificacin
Propiedades y caractersticas
Clasificacin de enzimas
Velocidad y orden de reaccin
Cintica enzimtica
Modelo de Michaelis-Menten
Cintica mutisustrato
Mecanismos de inhibicin
Propiedadesdelosenzimas
Propiedadesdelosenzimas
Protenas
Ribozimas son excepcin
Catalizadores
No alteran la posicin del equilibrio (Keq, G)
Eficacia
Aceleran enormemente la velocidad de reaccin
Especificidad
Una nica reaccin
Sin reacciones colaterales
No absoluta: varios sustratos
Papana: inespecfica
Tripsina: muy especfica (R,K)
Trombina: absolutamente especfica
(R en secuencia definida)
Estereoselectivas
Complementariedad 3D
DHAP
Dihidroxiacetona-fosfato
GA3P
L-gliceraldehdo-3-fosfato 2
Nomenclaturayclasificacindeenzimas
Nomenclaturayclasificacindeenzimas
Clases
Subclases
D-Glucosa + ATP
1: Oxidoreductasas
D-Glucosa-6-P + ADP
Hexoquinasa
ATP:glucosa fosfotransferasa
EC 2.7.1.1
2: Transferasa
7: Fosfotransferasa
1: grupo aceptor -OH
1: compuesto aceptor
H: Deshidrogenasas
O2 : Oxigenasas (mono-, di-)
2: Transferasas
P: quinasas
NH2: aminotransferasas
(transaminasas)
Ac: acetil-transferasas
Componentesadicionales:Cofactores
Componentesadicionales:Cofactores
Cofactor
No proteico, termoestable, bajo Mrr
Unido permentemente
In metlico esencial para catlisis
Covalente:
grupo prosttico
Cofactores aportan
reactividad qumica especial
Holo-enzima =
apo-enzima + cofactor
Xantina oxidasa
Coenzima
Molcula orgnica esencial para catlisis
Unin transitoria: co-sustrato
Curvasdeprogresodereaccin
Curvasdeprogresodereaccin
Keq
v =
k1
k-1
Constante
de velocidad
d [ A]
d [P]
=
= k 1[ A] k 1[ P ]
dt
dt
Curva exponencial
Ecuacin de velocidad
[ A]=[ A]0ekt
En el equilibrio
no hay ms reaccin neta: vAP = vPA
v eq = k 1[ A]eq k 1[ P ]eq =0 ;
K eq =
k 1 [ P ]eq
=
k 1 [ A]eq
Velocidad inicial
v0
v0 =
d [ A]0
d [ P ]0
=
= k 1[ A]0 k 1[ P ]0
dt
dt
[P]0=0
v0
v 0 = k 1[ A]0
Velocidadyordendereaccin
Velocidadyordendereaccin
Reacciones de orden 0
No depende de [A]
v 0=
d [ P]
= k
dt
[k] = Ms-1
A
v0=
ln
d [ A]
=k[ A]
dt
[k] = s-1
[ A]
=kt ; [ A]=[ A]0ekt
[ A]0
A+B
2A
k
k
P
P
d[P]
= k[ A][ B]
dt
d [P]
v 0=
= k[ A]2
dt
v 0=
v 0=
d [ P]
=k [ B][ A]=k '[ A]
dt
k ' =k [ B]
A+A
A*
2011 Enrique Castro
k
k'
k>>k'
A + A*
P
6
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Concepto y clasificacin
Propiedades y caractersticas
Clasificacin de enzimas
Velocidad y orden de reaccin
Cintica enzimtica
Modelo de Michaelis-Menten
Cintica mutisustrato
Mecanismos de inhibicin
Energadeactivacinycatlisis
Energadeactivacinycatlisis
[P]
[S]
G 0=RTln K eq
0
G S P = G RT ln
Ecuacin de Eyring
k B T RTG
k =
e
h
Distribucin
de Boltzmann
Ni
g
= ie k
N
Z
Ei
BT
Catalizador reduce G
sin afectar a GO
Centroactivo
Centroactivo
Regin cataltica especializada
Microentorno nico
Agua excluda (salvo reactiva)
pKa especiales
Especificidad=complementariedad
Forma 3D complementaria E-S
Enlace direccionales
Llave en cerradura / Ajuste inducido
9
Mecanismosgeneralesdecatlisis(1)
Mecanismosgeneralesdecatlisis(1)
Estabilizacin del estado de transicin
Desolvatacin del sustrato (sustituye por unin ES)
Distorsin del sustrato (tensin similar a TS)
Alineamiento de grupos catalticos
Reduccin de entropa de reactivos
Estado de
transicin
Energa de unin:
H: Mltiples enlaces dbiles E-S
S: Alineamiento adecuado
10
Catlisis:uninalestadodetransicin
Catlisis:uninalestadodetransicin
11
Efectosentrpicos:alienamientodegrupos
Efectosentrpicos:alienamientodegrupos
G=H TS
Reduccin de S
requiere
inversin en H
H:
Red de enlaces dbiles E-S
12
Mecanismosgeneralesdecatlisis(2)
Mecanismosgeneralesdecatlisis(2)
Catlisis cido-base general
Aporte/secuestro de H+ o pares e Ionizacin de grupos
Ataques nucleoflicos a >C=O
Estado de transicin
Sustrato
(pptido)
Catlisis redox
Cofactores redox: grupos oxidantes/reductores
Catlisis covalente
Intermediario unido al enzima
Ruta alternativa
AB
H2O
lento
A+B
AB + X:
AX
rpido
H2O
rpido
AX + B:
A + X:
Mg:complejo de
coordinacin octadrico
(6 O)
Enlaces de coordinacin
Actividad redox
13
UninES:especificidadyestereoselectividad
UninES:especificidadyestereoselectividad
Complementariedad enzima-sustrato
Llave en cerradura (Fischer)
Estereoselectividad: unin a 3 sitios
lisozima
Ajuste inducido
Hexasacrido substrato
Inactiva
aa catalticos
descolocados
Activa
aa catalticos en posicin 14
Mecanismoscatalticos:Anhidrasacarbnica
Mecanismoscatalticos:Anhidrasacarbnica
CO2 + HO
HCO3
pKa(H2O) = 14
A pH 7 [HO]= 10-7 M
[HO]/[H2O] = 10-7/55.5 210-9
Dramtico aumento
de acidez de H2O
pKa = 7
B:
BH+
Transfiere H+
a superficie
de protena
(y al medio)
Estabilizacin
por par inico
2011 Enrique Castro
15
Mecanismoscatalticos:sernproteasas
Mecanismoscatalticos:sernproteasas
16
Mecanismoscatalticos:sernproteasas
Mecanismoscatalticos:sernproteasas
17
Coenzimasdenicotinamida
Coenzimasdenicotinamida
Nicotinamida
reducida
Pliege de Rossmann
en la ADH de hgado
Lactato + NAD+
AMP
Nicotinamida
oxidada
Piruvato + NADH + H+
H+
adenina
2'P en NADP
NAD+
NADH
Coenzimas difusibles
Unin transitoria al enzima
Co-sustratos
2011 Enrique Castro
18
VitaminasB3
VitaminasB3
19
Coenzimasdeflavina
Coenzimasdeflavina
Riboflavina
vit. B2
Ac. Succnico
Coenzimas no difusibles
Unin firme al enzima
Grupo prosttico (covalente)
2011 Enrique Castro
Ac. Fumrico
FAD
FADH2
20
Actividadenzimtica:DependenciadeTypH
Actividadenzimtica:DependenciadeTypH
Dependencia de T
Energa cintica molecular
Q10
Estabilidad de la protena
Q 10 =
Ecuacin de
Arrhenius
V T 10
VT
k = Ae
Ea
RT
20
40
60 80
T, C
100
Dependencia del pH
Titulacin de grupos ionizables esenciales
(Henderson-Hasselbalch)
pKa aa catalticos
Estabilidad de la protena
Grupo
desprotonado
cataltico
Grupo
protonado
cataltico
Curva acampanada
simtrica
2011 Enrique Castro
21
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Concepto y clasificacin
Propiedades y caractersticas
Clasificacin de enzimas
Velocidad y orden de reaccin
Cintica enzimtica
Modelo de Michaelis-Menten
Cintica mutisustrato
Mecanismos de inhibicin
22
Cinticaenzimtica:curvahiperblicaysaturacin
Cinticaenzimtica:curvahiperblicaysaturacin
Saturacin: Vmax
v no aumenta al [S]
v k[ A]n
Saturacin implica
unin enzima-sustrato
Curva de velocidad
no cannica
v =
k[ S ]
k ' [S ]
E+S
ES
Etapa rpida
cuasi-equilibrio
P+E
Etapa lenta
limitante, acmulo ES
23
CinticadeMichaelisMenten
CinticadeMichaelisMenten
E+S
k1
k-1
ES
k2
P+E
1 simplificacin: v0
A t=0, [P]=0 y k-2 no afecta
d [P]
= v 0 = k 2[ ES ]
dt
d [ ES ]
=k 1 [ E ]T [ ES ][ S ] k 1[ ES ] k 2[ ES ]=0
dt
k 1 [ E ]T [S ]
[ E ]T [ S ]
[ ES ]=
; [ ES ]=
k 1 [S ] k 2 k 1
k k
[S ] 2 1
k1
k 2 [ E ]T [S ]
v 0=k 2[ ES ]=
k k
[S ] 2 1
k1
k 2 k 1
K M=
k1
V max=k 2[ E ]T
V [S ]
v 0 = max
K M [S ]
[S] >> KM
Orden 0
[S] << KM
Orden 1
Ecuacin de Michaelis-Menten
2011 Enrique Castro
24
Parmetroscinticos:K
yk
Parmetroscinticos:KMM,V
,Vmax
ykcat
max
cat
Constante de Michaelis, KM
Afinidad E-S
Kd de ES
Si k2<< k-1 K M =
k 2k 1 k 1
=Kd
k1
k1
unidades
V max =k 2[ E ]T
Usuales: mol/min = UI
SI: catal = mol/s
k cat =
V max
[ E ]T
Kcat: n de molcula S
convertidas por segundo
25
Lmitedevelocidad:Eficienciacataltica
Lmitedevelocidad:Eficienciacataltica
E+S
k1
k-1
ES
k cat[ E ]T [ S ]
v 0=
K M [S ]
k2
Si [S] << KM
kcat baja
KM debe ser bajo
Alta afinidad ES
KM baja
alta afinidad, disociacin lenta
kcat lenta
P+E
Constante bimolecular
de 2 orden
k
v 0= cat [ E ]T [ S ]
KM
k cat
v diffusion
KM
kcat elevada
KM no puede ser bajo
Afinidad ES limitada
KM alta
Baja afinidad, disociacin rpida
kcat rpida
26
GrficodeLineweaverBurke
GrficodeLineweaverBurke
V max[ S ]
;
K M [S ]
1 K M [S ]
=
v 0 V max[S ]
1/v0, (mol/min)-1
v 0=
KM
1
[S ]
=
v 0 V max[ S ] V max[ S ]
1 KM 1
1
=
v 0 V max [ S ] V max
Y=
p=KM/Vmax
1/Vmax
KM
1
X
V max
V max
1/[S], mM-1
-1/KM
27
GrficodeEadieHofstee
GrficodeEadieHofstee
v 0=
V max[ S ]
K M [S ]
Vmax
v 0
KM
v 0=V max
[S ]
v
v 0 =K M 0 V max
[S ]
v0, (mol/min)
v 0K M v 0[ S ]=V max[S ]
p= -KM
Vmax/KM
v
v 0 =K M 0 V max
[S ]
Y =K MX V max
v0/[S],
(mol/min)/mM
28
Mecanismodereaccionesbisustrato
Mecanismodereaccionesbisustrato
Mecanismo secuencial ordenado
Mecanismo ping-pong
29
Cinticadereaccionesbisustrato
Cinticadereaccionesbisustrato
Reacciones secuenciales
1/v0
Ordenadas / al azar
Complejo ternario EAB
1/[A]
Reacciones ping-pong
1/v0
Ordenadas
Sin complejo ternario EAB
Intermediario enzima modificada
1/[A]
2011 Enrique Castro
30
Mecanismosdeinhibicin
Mecanismosdeinhibicin
Inhibicin reversible
Competitivos
Acompetitivos
No-competitivos: puros/mixtos
Inhibidor en equilbrio con E
KI:
constante de
disociacin de EI
E +I
KI
EI
[ E ][ I ]
[ EI ]
[I ]
=1
KI
KI=
Inhibicin irreversible
Agentes desnaturalizantes
Reactivos de centro activo
Inhibidores suicidas
Efectos cinticos
H2O +O2
H2O2
Inhibidores suicidas
Alopurinol / Xantina oxidasa
5-Fluorouracilo / Timidilato sintasa
Deprenil / MAO
Inhibicinirreversible:bloqueoaaactivo
Inhibicinirreversible:bloqueoaaactivo
Cisten-enzimas
Agentes S-alquilantes
(iodoacetato, pCl-Hg-benzoato)
I2 antisptico
Sern-enzimas
Organofosfatos
Intoxicacin
por pesticidas
Reactivacin por
pralidoxima
32
Inhibicinirreversibledirigida
Inhibicinirreversibledirigida
33
Inhibicincompetitiva
Inhibicincompetitiva
[ E ][ I ]
[ EI ]
[I ]
=1
KI
KI=
ES
P +E
v0 =
KI
V max[ S ]
K M [ S ]
EI
1/v0, (mol/min)-1
1 K M 1
1
=
v 0 V max [ S ] V max
1/Vmax
Vmax constante
ap
K M = K M1
[I ]
KI
ap
V max =V max
constante
p=KM/Vmax
-1/KM
2011 Enrique Castro
1/[S], mM-1
v
v 0=K M 0 V max
[S ]
KMap
Vmaxap =
+I
I=0
Inhibicin superable
por aumento de S
v0, (mol/min)
E+ S
+
I
I se une a E: EI
Excluye unin S
p= -KM
I=0
+I
Vmax/KM
v0/[S],
(mol/min)/mM
34
Inhibidoresenzimticosanlogosdesustrato
Inhibidoresenzimticosanlogosdesustrato
Inhibicinacompetitiva
Inhibicinacompetitiva
I se une
slo a ES: ESI
E+ S
[ E ][ I ]
KI=
EI
[I ]
=1
KI
ES
+
I
KI
ES I
P +E
V max
[ S ]
v0=
KM
[ S ]
/Vmax
v 0=
+I
KMap
Vmaxap
p=KM/Vmax
-/KM
2011 Enrique Castro
I=0
1/[S], mM-1
KM
[I]
1
KI
V max
V ap
max=
[I]
1
KI
ap
KM=
v0, (mol/min)
1/v0, (mol/min)-1
1 KM 1
=
v 0 V max [S ] V max
+I
K M v 0 V max
[S ]
I=0
p= -KM/
Vmax/
Vmax/KM
v0/[S],
(mol/min)/mM
36
Inhibicinnocompetitivapura
Inhibicinnocompetitivapura
E+ S
+
I
[ E ][ I ]
[ EI ]
[I ]
=1
KI
KI=
ES
+
I
KI
P +E
V max
[ S ]
v0 =
K M [ S ]
KI
EI+S
ES I
1 K M 1
=
v 0 V max [ S ] V max
KMap =
Vmaxap
+I
K ap
M=K M
V max
V ap
max=
[I]
1
KI
I=0
p=KM/Vmax
Inhibicin insuperable
por aumento de S
1/[S], mM-1
-1/KM constante
v
V
v 0=K M 0 max
[S]
1/v0, (mol/min)-1
/Vmax
Vmax/
v0, (mol/min)
I se une a E y ES
p= -KM
constante
I=0
+I
Vmax/KM
v0/[S],
(mol/min)/mM
37
Inhibicinnocompetitivamixta
Inhibicinnocompetitivamixta
I se une a E y ES
[ E ][ I ]
[ EI ]
[I ]
=1
KI
KI=
k2
E+ S
+
I
KI
ES
P +E
+
[ ES ][ I ]
I K ' I = [ ESI ]
K'I
EI+S
' =1
ES I
'/Vmax
1/v0, (mol/min)-1
1 K M 1
'
=
v 0 V max [ S ] V max
+I
I=0
p=KM/Vmax
1/[S], mM
-1
-'/KM
2011 Enrique Castro
k'2
[I]
K 'I
P +E
V max
[ S ]
'
v0=
KM
[ S ]
'
KMap
Vmaxap
[I]
KI
ap
K M = K M
[I]
1
K 'I
V max
ap
V max =
[I ]
1
K 'I
1
Inhibicin insuperable
por aumento de S
38
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Enzimas:mecanismo,cinticayregulacin
Concepto y clasificacin
Propiedades y caractersticas
Clasificacin de enzimas
Velocidad y orden de reaccin
Cintica enzimtica
Modelo de Michaelis-Menten
Cintica mutisustrato
Mecanismos de inhibicin
Mecanismosgenricosderegulacinenzimtica
Mecanismosgenricosderegulacinenzimtica
Regulacin alostrica
Mod. Reversible
Proteolisis (irreversible)
Activador heterotrpico:
aumenta unin de sustrato
Quinasas
Sealizacin
Inhibidor heterotrpico:
dificulta unin de sustrato
Zimgenos pancreticos
Coagulacin
Caspasas apoptticas
Regulacin de la Expresin
Induccin/represin
Ubiquitinacin: degradacin
Expresin diferencial de isoenzimas
2011 Enrique Castro
Regulacin covalente
Efectos heterotrpicos
Efectos homotrpicos
gen
biosntesis
[Protena]
degradacin
aa
Expresin es un
estado estacionario
40
Regulacinalostrica:cooperatividad
Regulacinalostrica:cooperatividad
41
Cooperatividadcintica
Cooperatividadcintica
Cintica no michaeliana
(sigmoidal)
Anlisis de cooperatividad:
representacin de Hill
Vmax
Vmax
K0.5
42
Cinticacooperativa
Cinticacooperativa
K enzimas
V enzimas
Efector modula KM
Cintica sigmoidal:
activacin/inactivacin
como interruptor
(switch-like)
43
Modelosdecooperatividad
Modelosdecooperatividad
Modelo concertado
Dos estados conformacionales
Efector cambia equilibrio T-R
Inhibidor T, activador R
Modelo secuencial
Subunidades cambian separadamente
Mltiples formas en equilibrio
Equilibrio R-T
L = T/R Stryer p. 282 fig. 10,15
44
Reg.pormodificacincovalentereversible
Reg.pormodificacincovalentereversible
Uso regulador
Reversible
Modula actividad
Uso no regulador
Acilacin
Activacin constitutiva Farnesilacin
-carboxilacin
Anclaje
sulfatacin
2011 Enrique Castro
Funciones especficas
no reguladoras
45
Fosforilacincomomecanismoregulador
Fosforilacincomomecanismoregulador
Enzimas modificadoras de protenas
Quinasas / fosfatasas
Actividad / unin
Dianas fosforilables
Pi:
2 cargas, 3 pdh, tetradrico
(capacidad enlazante, reorganizacin)
Reaccin rpida
ATP ubicuo
G-25 kJ/mol
ratio P/D x104
Protena quinasa
Forma
fosforilada
Forma
desfosforilada
Fosforilacin
activacin
Actividad enzimtica
Protena fosfatasa
Capacidad de unin
Reclutamiento
terminacin de la seal
Translocacin
Organizacin en cascada
Activacin secuencial
Amplificacin
MKKK
seal
MKK
A
A*
10
amplificacin
x10
B*
100
2011 Enrique Castro
MAPK
C
C*
1000
46
Secuenciasdianadefosforilacin
Secuenciasdianadefosforilacin
Cada quinasa fosforila -OH
en secuencias especficas
S/T: quinasas efectoras
Y: transduccin
H: quinasas efectoras
Mltiples efectos
P constitutiva
Localizacin secuestro
Activacin/inactivacin
Magnitud variable
47
PKA:ejemplodeenzimareguladora
PKA:ejemplodeenzimareguladora
PKA
AKAP localiza R
Heterotetrmero R2C2
4 sitios cAMP, cooperativos
S/T-quinasa
Diana RRpS/T
Subunidades R
ligan 4 cAMP
(cooperativo)
Secuencia RRGAI
pseudosustrato
Centro cataltico
libre, activo
Activacin cooperativa
Actividad quinasa
Subunidades R
Inhiben a sub. C
100%-
Subunidades C
Fosforilan dianas
sigmoidal
10 M
50%-
Umbral de
activacin
[cAMP]i
2011 Enrique Castro
protena
protena
-RRpS/T-
-RRpS/TATP
ADP
OFosforilacin de protenas diana
(secuencia especfica)
OH
Pi
48
Reg.porproteolisis:zimgenospancreticos
Reg.porproteolisis:zimgenospancreticos
Zimgenos inactivos
(Grnulos de almacenamiento)
Activacin proteoltica
(extracelular)
Activacin
por proteolisis
en cascada
Feedback
explosivo
Proteolisis re-posiciona
el centro activo
49
Activacinporproteolisis:coagulacin
Activacinporproteolisis:coagulacin
Proteasa
activa
Fibringeno
Dom.
Proteasa
inactiva
Activacin
por proteolisis
en cascada
Dom.
Proteolisis
por trombina
Fibrinopptidos
AyB
GHR
Monmero
de fibrina
GPR
Polimerizacin fibrina
Unin - GHR
Unin - GPR
50
Isoenzimascomomecanismoregulador
Isoenzimascomomecanismoregulador
Hexoquinasas I-III
Isoenzimas
Igual reaccin
Diferente cintica
Diferente localizacin
Diferente expresin
Hexoquinas IV (glucoquinasa)
KM Gluc alta (10 mM, alta afinidad)
SIN inhibicin por producto
LDH H4
LDH M4
Lac
Pyr
NAD+
Pyr
NADH
Adaptado
produccin aerobia Pyr
NADH
Lac
NAD+
Adaptado
produccin anaerobia Lac
51
Regulacinderutasmetablicas
Regulacinderutasmetablicas
retroalimentacin
Enzimas reguladas/reguladoras
Reacciones ms lentas (paso limitante)
Inicio/ramificacin/fin de rutas
(etapa de compromiso)
Regular actividad
Regular expresin
Paso
limitante
retroalimentacin
Retroalimentacin (feedback)
Usualmente negativo
Precursores / Productos finales
Compartimentacin
Separar tras membranas
Regulacin independiente en zonas
Transporte regulado
g
g'
Etapa de
compromiso
52
Enzimascomomarcadores
Enzimascomomarcadores
Ensayos enzimticos
Medida Vmax (conocer KM)
Identificaci de isoenzimas (selectividad tisular)
CPK3
CPK2
53