Luis Felipe naci en la ciudad de Quito el 20 de febrero de 1845, hijo del
abogado Juan Borja y Lizarzaburu y de Manuela Leonor Prez y Pareja, naturales de Guanoy Quito, respectivamente.3 4 Por parte de su padre, era descendiente directo de Juan de Borja y Enrquez de Luna, III duque de Ganda y Juana de Aragn y Gurrea; el primero, nieto del Papa Alejandro VI (Rodrigo de Borja)5 ; la segunda, nieta del rey Fernando II de Aragn, descendiente de los reyes de Navarra y la corona de Aragn.6 Por parte de su madre, era descendiente de los Marqueses de Casa Fiel Prez Calisto.7 8 9 Su madre se encargo de impartirle su inicial instruccin, para despus pasar a ingresar al Colegio San Vicente, de Latacunga, a los doce aos de edad, centro educativo en el que solamente permaneci por un lapso de seis meses, a cabo de los cuales retorn a Quito para ingresar, esta vez, en el Colegio Seminario de San Luis. En el 1859 su padre ejerca el cargo de Gobernador de la Provincia de Pichincha y la situacin econmica de su familia era bastante holgada. El presidente Gabriel Garca Moreno lo persigui a causa de una vieja enemistad que mantenan y le confisc todos sus bienes.10 En 1864 obtuvo el grado de Maestro en Filosofa, se inscribi en el primer curso de Jurisprudencia. Su padre fue perseguido, encarcelado y torturado, y falleci, en prisin, el 6 de octubre de 1864, 11 12 en una celda perteneciente al cuartel de Artillera, de aquel entonces, donde permaneci cautivo.13 El 20 de diciembre de 1869, obtuvo el ttulo de Doctor en Jurisprudencia Civil y Cannica en la Universidad Central de Ecuador.
Tras el asesinato de Gabriel Garca Moreno se asil en la legacin de
Colombia, temeroso de que se lo acusara de estar involucrado en aquel magnicidio, mientras la polica registraba su morada. Volvi cuando se estableci su inocencia.