Informtica y LIMS

Metodologas de Modelado
Molecular en Biocatlisis para la
explicacin racional de resultados
La Biocatlisis ha encontrado en el Modelado Molecular una herramienta de gran utilidad, pues permite interpretar de manera racional
el proceso de interaccin entre una enzima y su sustrato, y proporciona datos fiables que permiten predecir el comportamiento del sistema. Por otra parte el auge experimentado por la Biologa estructural
ha permitido incrementar en los ltimos aos el nmero de estructuras en 3D para su utilizacin en modelado. Sin duda, los grandes
avances en el campo de la Bioinformtica, asociados al empleo de
medios computacionales cada vez ms sofisticados, auguran que en
poco tiempo nuestra capacidad de extraer conclusiones racionales de
los procesos biocatalizados debera aumentar de forma considerable
en los prximos aos y este rea de investigacin debera experimentar un considerable aumento.

Jos Mara Snchez Montero,

Grupo de Biotransformaciones
(BTG). Departamento de Qumica
Orgnica y Farmacutica.
Facultad de Farmacia.
Universidad Complutense de
Madrid.
Plaza de Ramn y Cajal, s/n. Ciudad
Universitaria, 28040 Madrid.
Tel. 91 394 18 21 Fax 91 394 18 22
jsanchez@farm.ucm.es

Naturalmente el objetivo de este

artculo no es hacer un estudio
exhaustivo de todas las metodologas de modelado molecular,
ni tratarlas siquiera desde un
punto de vista matemtico. El
gran auge del modelado molecular y la biocatlisis tiene un
comn denominador y es el rpido avance producido en biologa estructural, lo que ha puesto
de manifiesto la estructura tridimensional de muchos bioca80 MARZO/ABRIL11

talizadores. Su conocimiento es
fundamental para ambas disciplinas. En muchas ocasiones
la prediccin de la actividad y
selectividad de un biocatalizador ante un sustrato no natural
puede ser compleja. En este sentido, el Modelado Molecular es
la herramienta que conecta estas
estructuras con las observaciones experimentales. El Modelado Molecular puede definirse
como una descripcin simplificada o idealizada de un sistema molecular o proceso entre
molculas, ideada para facilitar
clculos y predicciones. Desde
el punto de vista de la utilizacin
de estas enzimas o clulas para
llevar a cabo reacciones fuera
de su medio natural, es decir en
los seres vivos, la Biocatlisis se
enriquece cuando los fenmenos que generan y modulan la
actividad cataltica de las enzi-

mas se estudian con una visin

multidisciplinar. Las tecnologas
y herramientas moleculares han
avanzado rpidamente en los
ltimos 50 aos, de tal manera
que es posible plantear hiptesis, disear experimentos e interpretar resultados utilizando
informacin tanto experimental
como terica.
Las Biotransformaciones seran, aquellos procesos en los
que se emplean biocatalizadores
para la transformacin de sustratos no naturales para dicho
biocatalizador y se obtienen
productos de alto valor aadido.
La Biocatlisis, al igual que la
qumica orgnica, que ha evolucionado a partir de una descripcin emprica a una disciplina
basada en el mecanismo y una
ciencia basada en la estructura,
est tambin evolucionando a
un diseo racional de la ciencia

basada en la estructura. El comienzo de la biocatlisis estuvo

marcado por aproximaciones
empricas como el cribado,
(screening) o simples extrapolaciones de sustratos conocidos.
El modelado molecular puede
ayudarnos a responder a importantes preguntas que se plantean
al llevar a cabo un proceso biocatalizado: i) Explicar a nivel
molecular el comportamiento,
en muchos casos conocido de
una enzima. ii) Sugerir como
cambia la selectividad de una
reaccin por modificacin del
sustrato, enzima o condiciones
de reaccin. iii) Predecir cuantitativamente el grado de estereoselectividad de una reaccin
catalizada por una enzima.
En la Tabla I podemos ver la
evolucin de las distintas tcnicas computacionales. Podemos
decir de un modo general, que
las dos estrategias seguidas habitualmente en modelado, son
las denominadas directas e indirectas. En la primera se tienen
que conocer las caractersticas
tridimensionales de un receptor
generalmente a partir de datos
cristalogrficos y se interpreta
la actividad o inactividad de las
molculas en trminos de complementariedad con el receptor.
Esto es lo que se conoce por el
trmino de docking. Su objetivo es la obtencin de la estructura del complejo receptor-ligando de energa ms baja (se debe
cumplir que E < 0), y el anlisis
de las principales interacciones
implicadas en la unin frmacoreceptor.
En la Figura 1, podemos ver
Farmespaa INDUSTRIAL

Figura 2. (A) docking manual para el 2-fenil-1,3-propanodiol. (B) docking automtico para el
2-fenil-1,3-propanodiol.

Figura 1. Interaccin del cloruro de donepezilo bloqueando el centro activo de la acetilcolinesterasa de Torpedo californica

la interaccin que se producira

entre la acetil colinesterasa de
Torpedo californica (receptor)
y el cloruro de donepezilo (ligando), para el tratamiento de
las fases iniciales de la enfermedad de Alzheimer. El frmaco
bloquea el sitio cataltico de la
enzima lo que impedira que se
produjese la hidrlisis del neurotransmisor acetilcolina que
es su sustrato natural. Este conocimiento permitira disear
nuevos anlogos ms potentes.
La segunda estrategia, (estructura
tridimensional del
receptor no conocida), se basa
en el anlisis comparativo de
las caractersticas estructurales
de sustancias conocidas activas
o inactivas con el fin de definir
un farmacforo (parte de la molcula que produce los efectos
fisiolgicos especficos de un
medicamento) apropiado para
la actividad biolgica estudiada
siendo la aplicacin ms destacada las relaciones cuantitativas
estructura actividad en tres dimensiones (QSAR 3D).
La prediccin cuantitativa in
silico de la actividad enzimtica
y la selectividad sigue siendo un
objetivo de gran inters en biocatlisis.
Los estudios de las dos ltimas dcadas han demostrado
Farmespaa INDUSTRIAL

cmo las enzimas pueden utilizarse adecuadamente, tanto

en disolucin acuosa como en
entornos no convencionales
para stas, como por ejemplo
disolventes orgnicos, lquidos
inicos etc., lo que permite poner en prctica nuevas metodologas, incluso en los ambientes
ms extremos.
Las simulaciones moleculares nos permiten la construccin de modelos virtuales de
sistemas qumicos. El principal
inters del modelado molecular en biocatlisis es el conocimiento a nivel molecular de las
interacciones enzima-sustrato.
En muchos casos persiguiendo
como meta, la prediccin de la
actividad y selectividad, como
comentamos
anteriormente.
Hay distintos algoritmos que
nos sirven para predecir el Docking de un sustrato en el centro
activo de una enzima, as como
para el clculo de su energa de
interaccin y para la simulacin

de su energa de solvatacin. La
aplicacin de estos mtodos a
la biocatlisis est basada en el
clculo de la energa libre de la
reaccin que a su vez deriva de
la simulacin del estado de transicin.
Un ejemplo de lo anteriormente dicho se muestra a continuacin:
En la acilacin de diferentes
(1,n)-alcanodioles
utilizados
como intermedios en la preparacin de una gran variedad de
compuestos de inters como
agentes antibacterianos entre
otros, se utiliz la lipasa de pncreas porcino mediante la realizacin de un docking manual
de los diferentes sustratos en la
estructura descrita del centro
activo, para el 2-fenil-1,3-propanodiol (Fig 2A ). Se postul el
posible papel del residuo Phe216
como importante para el correcto reconocimiento del sustrato, ajustando las dimensiones
de los sustratos a un tringulo
cuyas dimensiones coinciden
con los residuos Ser153, His264
(correspondientes a la trada
cataltica) y la mencionada Phe
216. Un estudio ms refinado
de docking ha confirmado dicha hiptesis, al verificarse las
distancias previstas y las interacciones propuestas (Fig 2B).
Cuando los fenmenos son
demasiado complejos para ser

simulados, otros mtodos de

clculo, tales como la quimiometra pueden ser utilizados.
Quimiometra es la ciencia de
las mediciones realizadas sobre
un sistema o proceso qumico
sobre el estado del sistema por
aplicacin de mtodos matemticos o estadsticos. Consta de
una serie de tcnicas heterogneas, entre las cuales el diseo
estadstico de experimentos y
anlisis estadsticos multivariante son los ms importantes
para la aplicacin en Biocatlisis.
Un diseo estadstico experimental permite conocer los factores que tienen mayor impacto
sobre los resultados. Usando
este mtodo, muchas variables
pueden ser estudiadas al mismo
tiempo, y utilizando esta informacin, las condiciones experimentales se pueden mejorar
hasta llegar a las condiciones
ptimas.
Todos los mtodos estadsticos multivariable tienen la capacidad de extraer la informacin relevante contenida en un
sistema complejo descrito por
un amplio nmero de variables
(hasta varios miles) y esta informacin se representa en un
espacio de dimensionalidad
reducida, haciendo as posible
su interpretacin. Los mtodos
estadsticos multivariable es-

Tabla I. Evolucin de las tcnicas computacionales en funcin del conocimiento de la estructura del ligando y el receptor.

MARZO/ABRIL11

81

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Figura 3. Simulacin del complejo teradrico acil enzima, entre el R-ketoprofeno y el S-ketoprofeno.

tn basados en diferentes bases

matemticas. En particular los
mtodos QSAR usan las propiedades estructurales de las
molculas (generalmente adquiridas por mtodos de simulacin) como la base de partida
para el anlisis estadstico, que
eventualmente encuentra correlaciones entre la estructura
molecular y respuestas medibles
experimentalmente. Debido a
su capacidad inherente de simplificar el anlisis de sistemas
complejos, la quimiometra encuentra una amplia aplicacin
para el estudio y optimizacin
de procesos industriales.

encuentran alejadas del centro

activo: estas mutaciones pueden
todava alterar la estructura de
la protena y modificar el comportamiento del catalizador o la
estabilidad de la enzima. En este
contexto, la evolucin dirigida
puede ofrecer una solucin al
problema.
Estudios recientes han puesto de manifiesto la utilizacin
de los mtodos de simulacin
molecular en la induccin de
la promiscuidad cataltica de
las enzimas, es decir reacciones
para las que en principio un ligando no es el sustrato natural
de esa enzima.

1.-Modelado Molecular e
ingeniera racional de enzimas
Algunos de los logros ms relevantes de las tcnicas computacionales en Biocatlisis provienen de la ingeniera racional de
enzimas. Esta aproximacin a
la evolucin del biocatalizador
es a veces vista en competencia con la evolucin dirigida.
La modelizacin molecular es
muy adecuada para optimizar
interacciones enzima -sustrato
as como el mecanismo cataltico de la enzima. Sin embargo,
el diseo computacional en general es mucho menos eficiente
en la identificacin de los efectos de las mutaciones que se

2. Reconocimiento Enzima Sustrato y selectividad de la

enzima
Las tcnicas de modelizacin
molecular se han convertido
en herramientas de rutina en
la descripcin de las interacciones enzima-sustrato. Ms temas
de inters tales como la mejora
de la estabilidad de la enzima y
la modelizacin del efecto del
disolvente sobre las reacciones
biocatalizadas han sido investigadas en una proporcin menor.
En el primer caso, esto se debe a
que la estabilizacin de la enzima se consigue ms a menudo
a travs de diferentes rutas (por
ejemplo, mediante evolucin di-

82 MARZO/ABRIL11

rigida).
La mayora de los estudios
computacionales realizados en
el campo de la Biocatlisis se
concentran en la prediccin de
la selectividad de la enzima. Esto
implica el clculo de la constante de la selectividad (kcat / KM),
que depende de la energa libre
del estado de transicin de la
reaccin. En este sentido, los denominados mtodos ab initio de
la Mecnica Cuntica (QM) son
capaces de reproducir los datos
experimentales sin emplear parmetros empricos. Como es
lgico al aumentar el nmero de
ncleos y de electrones, es mayor el nmero de funciones de
base precisas para construir los
orbitales moleculares (O.M.s),
con las consiguientes dificultades de clculo que acarrea, En
razn de la evaluacin completa
o no de todas las integrales electrnicas, se puede hablar de mtodos ab initio y de mtodos semiempricos. El inconveniente
principal de la utilizacin de los
mtodos ab initio es que la complejidad del clculo restringe sus
aplicaciones a dianas qumicas a
nivel de unas pocas decenas de
tomos. Por tanto, la complejidad de un sistema biocataltico
limita drsticamente la posibilidad de aplicar mtodos de QM,
forzando a la Qumica Compu-

tacional hacia el uso de mtodos

de Mecnica Molecular Clsica
(MM), basados en un conjunto
de ecuaciones y parmetros denominados Campos de Fuerza).
La MM considera los tomos
de una molcula como un conjunto de masas interaccionando
va fuerzas armnicas o elsticas. Esto permite la simulacin
de macromolculas (es decir,
protenas), pero la naturaleza emprica de los campos de
fuerza que deben ser correctamente parametrizados, hace
que el tratamiento de cualquier
efecto electrnico sea inviable.
Se han ajustado empricamente
las ecuaciones y los parmetros
para que coincidan con los resultados experimentales. A un
conjunto de ecuaciones y parmetros se denomina campo
de fuerza y la mayora de programas de Modelado Molecular pueden elegir entre varios
campos de fuerza, como por
ejemplo MM2 (o MM3), AMBER etc.
Los mtodos mecacunticos (QM) pueden superar estas
limitaciones, ya que se basan
en la solucin de la ecuacin
de Schredinger y aunque este
enfoque sigue siendo computacionalmente demasiado caro
para ser til como herramienta
de prediccin de rutina, el conFarmespaa INDUSTRIAL

tinuo crecimiento del poder

computacional se espera que
hagan ms asequibles los clculos de QM
Una solucin intermedia se
basara en la utilizacin de mtodos hbridos de QM-MM, los
cuales tratan la parte reactiva
relativamente pequea de los
sistemas biocatalticos a nivel de
QM y todo lo dems por MM,
ofreciendo una buena alternativa de clculo.
3. Simulacin de anlogos del
estado de transicin
La cintica de las reacciones
biocatalizadas depende de la
energa libre de sus estados de
transicin, en las que las especies qumicas no son estables.
Sin embargo, los mtodos de
MM solo pueden usarse cuando las estructuras son estables
y adems son incapaces de tratar la ruptura y formacin de
enlaces. La estrategia ms comn para modelar in silico, las
interacciones entre las enzimas
hidrolticas y sus sustratos a nivel de la MM es la simulacin
del intermedio tetradrico, que
es una especie qumica estable
unida covalentemente al residuo cataltico de la protena y
que imita el estado de transicin
de la reaccin.
En la Figura 3 se representa
el complejo acil enzima de la
lipasa de Candida rugosa, y el
R-y S-ketoprofeno. Para la obtencin de estos complejos en
primer lugar se obtuvieron los
confrmeros de mnima energa por Mecnica Molecular y
posteriormente se realiz una
dinmica molecular.
En el caso del R-ketoprofeno,
el anillo de benceno mas externo queda hacia fuera del centro activo compuesto por los
aminocidos Ser209, His449,
Glu341, mientras que en el Sketoprofeno el anillo queda ms
hacia el interior del centro activo, y en este caso hay interacciones -stacking con la Phe-296
y 345, mientras que en el caso
del R, solo con la Phe-245. Por
Farmespaa INDUSTRIAL

tanto podemos concluir que la

interaccin con el R es menos
favorable ya que los anillos estn prcticamente dispuestos
perpendicularmente el uno
respecto del otro. De esta forma
podramos predecir la selectividad de esta enzima tanto en las
reacciones de hidrlisis de sus
steres como en la reacciones de
sntesis de los cidos correspondientes.
En otros experimentos llevados a cabo por otros grupos se
ha visto que mediante la simulacin de anlogos del estado de
transicin para la hidrlisis de
una serie de disteres se pudo
demostrar que la enantioselectividad es una funcin de la longitud de la cadena del cido.
4. Descripcin GRID de la
naturaleza qumica del centro
activo
El enfoque GRID que complementa la simulacin de anlogos
del estado de transicin permite
una descripcin ms precisa de
la interaccin enzima-sustrato
y fue aplicado en el estudio de
la selectividad de la penicilina
G amidasa (PGA). Adems de
proporcionar directrices para el
acoplamiento de los sustratos en
el centro activo de la enzima, la
visualizacin de los campos de
interaccin molecular (MIF)
generados por diferentes sondas
(hidrofbicas, dadores de enlaces- H, aceptores de enlaces-H
y grupos cargados) permiti
una exploracin fcil y rpida
de la naturaleza qumica del
centro activo, consiguiendo as
un esquema completo de los
requerimientos estructurales del
sustrato para el reconocimiento
ptimo del mismo. Adems, el
estudio estableci las normas
generales para la enantiodiscriminacin ilustrando cmo los
enantimeros tienen diferentes
interacciones con dos porciones qumicamente distintas
del centro activo. Las tasas de
acilacin determinadas experimentalmente fueron utilizadas
para validar el modelo, que pro-

Figura 4. Docking automtico entre R-ketoprofeno y el S-ketoprofeno y el centro activo de la

lipasa de Candida rugosa.

porciona slo una prediccin

cualitativa.
El Docking con los cidos S
y R-ketoprofeno confirm los
resultados predichos en el apartado anterior, ya que la energa
de interaccin fue ms favorable
en el caso del S y la distancia
respecto al residuo cataltico fue
menor en el S-ketoprofeno que
en el R (2,96 del S frente a 9
del R como puede apreciarse
en la figura.
Aunque en los ejemplos ex-

puestos hasta ahora se alcanzaron buenos resultados en la

racionalizacin de las estrategias
experimentales, todos fallan en
hacer una prediccin cuantitativa de la selectividad de la enzima, incluso cuando el anlisis
GRID se combina con aproximaciones al anlogo al estado
de transicin.
Esta limitacin se debe a que
todos los enfoques descritos se
basan en varias aproximaciones
significativas.

Figura 5. Superposicin de confrmeros del R-ketoprofeno en el centro activo de la lipasa

donde se pone de manifiesto las diferentes orientaciones del sustrato.

MARZO/ABRIL11

83

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El primer problema se puede

achacar a la naturaleza simplificada de los clculos del campo
de fuerza empleado. Por otra
parte, el segundo gran problema viene del hecho de que las
pequeas diferencias de energa
originan grandes variaciones en
la selectividad, que pueden ser
enmascaradas por las grandes
fluctuaciones causadas por el
movimiento normal de las protenas.
5. Prediccin de la
enantioselectividad de la
enzima por mtodos de
Mecnica Cuntica y / o
Mecnica Molecular
El primer y ms clsico estudio
sobre la prediccin cuantitativa
de la diferencia de energa libre
entre los dos intermedios tetradricos de dos enantimeros fue
descrito por Colombo y cols. en
la resolucin de una mezcla racmica de 1-feniletanol por acilacin catalizada por subtilisina.
El enfoque consisti en un modelo con todos los tomos con
solvatacin explcita completa,
energa libre de perturbacin
(FEP), simulaciones de MD
(dinmica molecular), y cargas
atmicas derivadas de metodologas de QM y /o MM.
Los resultados en ese estudio de 1999 probablemente representan la mejor prediccin
cuantitativa de la enantioselectividad descrita hasta ahora en
la bibliografa, pero a pesar de
todo, la tasa de error an puede
considerarse como elevada. Sin
duda, la principal dificultad a la
hora de llevar a cabo una prediccin cuantitativa adecuada
de la enantioselectividad deriva del hecho de que, aunque se
pueda establecer de una forma
muy precisa cual es la energa
libre del estado de transicin del
enantimero preferentemente
reconocido dentro del centro
activo, el otro enantimero
puede tener diferentes tipos de
orientaciones, que implican interacciones con diferentes zonas
del centro activo como se puede
84 MARZO/ABRIL11

visualizar en la Figura 5.
Correlacin entre la selectividad de la enzima y descriptores moleculares
Dado que el clculo preciso
de la energa libre de una reaccin biocatalizada sigue siendo
una tarea difcil, el desarrollo
de las alternativas ms simples
y directas es un rea activa de
investigacin.
Cabe sealar que para que
una herramienta de prediccin
sea atractiva debe ser competitiva con el tiempo empleado en el
laboratorio para realizar un experimento. En general, no hay
motivos para esperar dos meses
para la prediccin de una medida que puede ser realizada experimentalmente en dos semanas.
En este sentido, los mtodos
de MD, FEP, y QM no son probablemente los ms apropiados
para el desarrollo de modelos de
prediccin, al menos a la luz de
los instrumentos de clculo comnmente disponibles.
Como consecuencia, varias
estrategias alternativas se han
desarrollado, destinadas a simplificar clculos y evitar el clculo de la energa del estado de
transicin de la reaccin.
Estas ideas se han aplicado en
el estudio de enantioreconocimiento de alcoholes terciarios
por carboxilesterasas. Demostraron cmo una prediccin
cuantitativa de la enantioselectividad se puede realizar evitando
el clculo de la energa libre del
estado de transicin.
El anlisis geomtrico de los
intermedios tetradricos, construido por Docking manual y
simulaciones de MD, puso de
manifiesto la correlacin cuantitativa entre la enantioselectividad y un descriptor geomtrico nico, definido como la
distancia entre el nitrgeno de la
histidina cataltica y uno de los
tomos de oxgeno del sustrato.
Aunque la validez de este tipo de
descriptores no se puede asumir
como general, la identificacin
de correlaciones similares en diferentes sistemas biocatalticos

representa una ruta original y

sencilla para la prediccin de la
enantioselectividad en un plazo
razonable de tiempo.
6. QSAR 3D para la prediccin
de la enantioselectividad
Los mtodos QSAR 3D (relaciones cuantitativas estructura-actividad en tres dimensiones) utilizan los datos provenientes de
simulaciones moleculares como
entrada para el anlisis estadstico multivariante y representan la fusin entre el Modelado
Molecular y la Quimiometra.
Aunque el uso de QSAR 3D est
bien establecido en el diseo de
frmacos, la aplicacin de estos
mtodos en Biocatlisis se ha
llevado a cabo no hace muchos
aos. Los trabajos pioneros de
Tomi y cols representan un
ejemplo de cmo las predicciones cuantitativas de kcat / KM son
viables a travs de un enfoque
QSAR 3D, que correlaciona los
descriptores sistema qumico
con los datos experimentalmente medibles. La prediccin
cuantitativa de la enantioselectividad de la lipasa de Bulkholderia cepacia se logr mediante
el desarrollo de un mtodo en el
que la energa libre de unin se
calcula de manera aproximada
a travs de una combinacin li-

neal de la energa de interaccin

del complejo enzima-sustrato
y la superficie polar y no polar
accesible al disolvente. El peso
de cada parmetro se calcul
por anlisis PLS, y el alto coeficiente de correlacin de prediccin (Q2 = 0,84) confirma la
validez de la aproximacin. Por
otra parte, el QSAR 3D tambin
puede emplearse en Biocatlisis en sistemas en los cuales no
se conoce la estructura tridimensional del biocatalizador,
mediante el empleo de estudios
CoMFA (acrnimo de Comparative Molecular Field Analysis).
Aplicando esta metodologa, se
pudo predecir la estructura del
sustrato modelo en la biorreduccin de diferentes cetonas
empleando clulas enteras de G.
candidum y S. octosporus, representados en la Figura 6. El cdigo de colores es el que sigue: i)
Zonas de bajo impedimento estrico (verde). Son zonas donde
la presencia de restos qumicos
del sustrato favorece la interaccin enzima-sustrato. ii) Zonas
de alto impedimento estrico
(amarillo). Son zonas donde la
presencia de grupos en el sustrato disminuye la afinidad de la
ADH por el sustrato. iii) Zonas
electrostticas: rojas, donde una
elevada densidad electrnica

Figura 6. Aplicacin del mtodo COMFA para la prediccin de las zonas de reconocimiento de
la enzima utilizando diferentes sustratos.

Farmespaa INDUSTRIAL

Figura 7. Caja de molculas de disolvente en la lipasa de Bacillus thermocatenulatus (A) liquido inico (B) agua

favorece la interaccin y azules

donde una elevada densidad
de carga negativa desfavorece la
interaccin. La principal ventaja
de esta metodologa para modelar el centro activo de una enzima desconocida es que permite
predecir, sin siquiera haberla
aislado.
7. Estudio del efecto de los
disolventes.
El efecto de la solvatacin debe
ser estudiado ya que el Modelado Molecular debe intentar
interpretar y predecir resultados
experimentales y los procesos
biocatalticos se llevan a cabo en
presencia de disolventes.
Inicialmente, la mayora de
los clculos de modelado incluyen las molculas de agua que se
encuentran en la estructura del
cristal, pero no las molculas de
agua adicionales del disolvente,
cuyo efecto generalmente se simula utilizando un parmetro
dielctrico dependiente para
intentar imitar la solvatacin.
Ke y cols. utilizaron un mtodo
mejorado para simular el agua
disolvente, un modelo electrosttico continuo, pero los resultados fueron similares a los obtenidos del modelo ms simple.
Este tratamiento incompleto de
solvatacin es claramente una
aproximacin. Est claro que el
Farmespaa INDUSTRIAL

disolvente puede cambiar la selectividad de la enzima, aunque

existe an desacuerdo sobre por
qu esto ocurre.
Una de las posibles explicaciones propuesta atribuye la capacidad de estereodiscriminacin a la diferente solvatacin de
los complejos diastereoisomricos enzima-sustrato. En este
sentido, Ke y Klibanov estudiaron la enantioselectividad de la
-quimotripsina en la acilacin
de un diol proquiral, encontrando que el estado de transicin
que conduca hacia la acilacin
en el hidroxilo pro-R colocaba
un resto de 3,5-dimetoxifenilo en un bolsillo de la enzima,
mientras que el estado de transicin conducente a la acilacin
en el hidroxilo pro-S dejaba un
resto arilo expuesto hacia el disolvente. La propuesta de estos
autores correlacionaba la enantioselectividad observada con
los coeficientes de actividad termodinmica de la zona aromtica expuesta, no como una prediccin cuantitativa, sino una
correlacin directa en el sentido
de mejor solvatacin de partes
expuestas, mayor enantioselectividad. Sin embargo, este mtodo no pudo ser extrapolado a
otros sustratos.
La capacidad de ciertas enzimas para trabajar de manera

eficiente en medios no acuosos

(disolventes orgnicos, lquidos
inicos o fluidos supercrticos)
es ampliamente conocida. Las
lipasas son enzimas especialmente interesantes, dado su
excepcional actividad en disolventes orgnicos, por lo que el
estudio mediante Modelado
Molecular de su comportamiento en dichos medios constituye
un campo de trabajo muy habitual. Una aplicacin interesante la constituyen las enzimas
termoresistentes. En este caso
cuando se utilizan para trabajar
en lquidos inicos, debido a la
naturaleza de estos disolventes
pueden resistir temperaturas de
hasta 120 C, muy por encima
de su temperatura de estabilidad. Nuestro grupo ha demostrado recientemente al estudiar
mediante dinmica molecular
el comportamiento de estas enzimas, concretamente con lipasa
de Bacillus thermocatenulatus en
el lquido inico tetrafluoroborato de 1-etil-3-metil imidazolio, que la energa necesaria para
romper un puente de hidrogno
es el doble en el caso del lquido inico respecto del agua. La
estabilidad en disolvente inico
a alta temperatura se justifica
parcialmente por la alta energa
necesaria para la ruptura de los
puentes de hidrgeno disolven-

te-protena., aunque efectos hidrofbicos podran contribuir

muy significativamente a la estabilidad. Para realizar este experimento ha sido necesaria la
construccin de una caja de molculas de lquido inico para
realizar la dinmica molecular
tal y como se ve en la Figura 7A,
as como una caja de molculas
de agua, Figura 7B. La temperatura de simulacin fue de 363 K
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MARZO/ABRIL11

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