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Cartilla Bioquimica (Tomo II)
Cartilla Bioquimica (Tomo II)
secuencias anablicas puede utilizarse esa energa del enlace fosfato. Esta fase del
metabolismo se denomina acoplamiento energtico. El metabolismo intermedio y el
acoplamiento de energa estn obligatoriamente interconectados y son
interdependientes. Por ello, cuando examinamos los esquemas metablicos deberemos
analizar:
1. Las etapas de reaccin por las que la estructura covalente del precursor se
altera para formar el producto.
2. Los cambios de energa qumica que acompaan a esta conversin.
Transformaciones catablicas, anablicas y anfiblicas
La degradacin enzimtica de cada uno de los principales elementos nutritivos (hidratos
de carbono, lpidos y protenas) tiene lugar a travs de cierto nmero de reacciones
enzimticas consecutivas que se desarrollan en tres fases:
Fase I: En esta fase las grandes molculas de los elementos nutritivos se
degradan hasta los principales componentes. Los polisacridos son
degradados a pentosas o hexosas, los lpidos a cidos grasos, glicerina y
otros componentes, y las protenas a sus veinte aminocidos constitutivos.
Fase II: Los numerosos productos distintos de la Fase I son recogidos y
convertidos en un nmero pequeo de molculas ms sencillas. As, las
hexosas, las pentosas y la glicerina se degradan en el azcar fosforilado de
tres tomos de carbono, el gliceraldehdo-3-fosfato y despus hasta un
compuesto sencillo de dos tomos de carbono, la acetil-coenzima A. Los
aminocidos diferentes son tambin degradados a: acetil-coenzima A, alfacetoglutarato, succinato, fumarato y oxalacetato.
Fase III: Los productos formados en la fase II pasan a la fase III que es el
camino comn final en el cual se oxidan a CO2.
El anabolismo tiene lugar tambin en tres fases, comenzando por las pequeas
molculas originadas en la tercera fase del catabolismo. Por ejemplo, la sntesis
proteica comienza en La Fase III, a partir de los alfa-cetocidos que son los precursores
de los aminocidos. En la Fase II los alfa-cetocidos son aminados por donadores de
grupos aminos y se forman los alfa-aminocidos y en la Fase I se renen los
aminocidos para producir cadenas peptdicas.
Aunque los caminos del catabolismo y el anabolismo no son idnticos la Fase III
constituye un camino central accesible a ambos. Esta senda central, que recibe el
nombre de anfiblica, desempea una doble funcin (amphi: ambos). La ruta anfiblica
puede utilizarse catablicamente para lograr la degradacin completa de pequeas
molculas producidas en la Fase II del catabolismo o puede utilizarse anablicamente
como precursora de molculas para la Fase II del anabolismo.
Lpidos
Polisacridos
cidos grasos
glicerina
Hexosas
Pentosas
Protenas
Fase I
Aminocidos
Gliceraldehdo
3-fosfato
Fase II
Fosfoenol
piruvato
Piruvato
Acetil - C o A
citrato
oxalacetato
Fase III
isocitrato
malato
Alfa - cetoglutarato
Fumarato
Ciclo de los
cidos tricarboxilos
succinato
CO 2
LA ENERGA EN LA CLULA
Las molculas orgnicas complejas, tales como la glucosa contienen mucha energa
potencial a causa de su elevado grado de ordenacin estructural; poseen una entropa
relativamente pequea. Cuando la molcula de glucosa se oxida y forma seis molculas
de CO 2 y seis de H2 O , sus tomos experimentan un aumento en el desorden. Como
resultado de esta transformacin, la molcula de glucosa experimenta una prdida de
energa libre que es energa til y capaz de realizar trabajo. La energa libre se conserva,
como energa qumica, especficamente como ATP. Dado que el ATP formado puede
difundirse hacia aquellos lugares en la clula en que se necesite su energa, constituye
una forma de transportar la energa. La energa qumica del ATP se libera despus,
durante la transferencia de su grupo o grupos fosfatos terminales, a determinadas
molculas de un aceptor especfico, que adquiere un nivel superior de energa y puede
realizar trabajo. Un segundo camino para transportar la energa qumica de las
reacciones de xido-reduccin del catabolismo a las reacciones anablicas, que
necesita de energa, es en forma de electrones. En las sntesis de algunas biomolculas
ricas en hidrgeno, tales como los cidos grasos y el colesterol, se requieren electrones
e hidrgeno para la reduccin de los enlaces dobles a simples. En La clula los
El ATP fue aislado por primera vez, en 1.929 por Fiske y Subbarow, de los extractos
cidos de msculo.
Su estructura se dedujo algunos aos despus, mediante experimentos de degradacin
y fue definitivamente confirmada por sntesis qumica total realizada por Todd y sus
colegas en 1948. Desde los inicios del descubrimiento, se sospech que el ATP
desempeaba un papel en la transferencia de energa celular pero recin en 1939-1941
Lipmann propuso que actuaba como medio principal de transferencia de la energa
qumica en la clula.
El ATP, el ADP y el AMP no son sustancias que existen solo en trazas; la suma de sus
concentraciones en la fase acuosa de los diversos tipos de clulas intactas oscila entre 2
y 15 mM. La concentracin de ATP es por lo comn, muy superior a la suma de las otras
dos concentraciones del AMP, habitualmente es la menor de las tres.
Estos nucletidos estn presentes no slo en el citoplasma, sino tambin en organelas
tales como mitocondrias y ncleo. La compartimentacin intracelular del sistema ATP
constituye una caracterstica importante en la regulacin celular del metabolismo.
A pH 7,0 tanto ATP como ADP son aniones muy cargados, el ATP posee cuatro
protones ionizables en su grupo de cido trifosfrico. Tres de los protones poseen
valores de pK (K = constante de disociacin) bajo entre 2 y3; por lo tanto a pH 7,0 estn
completamente disociados; el cuarto protn tiene un pK' de 6,5; por consiguiente a pH
7,0 se halla disociado en un 75%.
NH2
N
N
O
HO
O
O
OH
P
OH
ATP
O
OH 2
OH
H
H
H
OH
El ADP posee tres protones ionizables, dos de ellos estn completamente disociados a
pH 7,0 y el tercero que posee un pK' de 7,2 a pH 7,0 se halla disociado alrededor del
39%.
La elevada concentracin de cargas negativas en torno al grupo trifosfato del ATP
constituye un factor importante en su naturaleza de compuesto de alto contenido
energtico.
En la clula intacta existen muy pocas cantidades de ATP y de ADP en forma de
aniones libres, se hallan presentes en su mayor parte en forma de complejos Mg ATP y
Mg ADP a causa de la gran afinidad de los grupos pirofosfato para enlazar cationes
divalentes y de la elevada concentracin de in Mg en el fluido intracelular. La afinidad
del ATP por el Mg es unas diez veces mayor que la del ADP.
mg
O
Adenina
Ribosa
O
O
O
O
mg-ATP
mg
O
Adenina
Ribosa
O
O
mg-ADP
b. Entorno: Toda materia del universo, aparte del sistema que se considera. En
el transcurso del proceso en estudio la energa puede pasar del sistema al
entorno, o viceversa.
c. Estado inicial: Es el contenido de energa del sistema y del entorno, al iniciar
el proceso que se analiza.
d. Estado final: Contenido de energa de sistema y entorno una vez que se ha
alcanzado el equilibrio.
El contenido de energa de cada estado es una funcin de diversas magnitudes
medibles (temperatura, presin, volumen, masa, etc.) que se formulan mediante una
ecuacin de estado. A partir de las medidas de los cambios de contenido de energa del
sistema y el entorno, a medida que el sistema evoluciona desde su estado inicial hasta
su estado final, puede realizarse un balance de energa.
(Bloques de cobre)
caliente
frio
Estado inicial
Estado de equilibrio
( S) disminuye
irreversible
espontneo
exotrmico
reversible
endotrmico
S disminuye (orden)
S aumenta
H - T. S
(1)
PV
(2)
E - T. S
G T. S
reordenamos la ecuacin:
cC + dD
(3)
G RT ln
C .D
A .B
(4)
0 G RT ln
C .D
A .B
(5)
De donde:
RT ln
C .D
A .B
(6)
K' eq
C .D
A .B
(7 )
RT ln (K' eq)
O bien:
(8)
Esta ecuacin nos muestra que G , la variacin de energa libre estndar de una
reaccin qumica, puede calcularse a partir de su constante de equilibrio. La G
constituye, por lo tanto, una constante termodinmica para una reaccin qumica dada.
Puede definirse de otro modo, que indica claramente su verdadero significado. La
variacin de energa libre estndar de una reaccin constituye, en realidad, la diferencia
existente entre la energa libre estndar de los reactivos y la energa libre estndar de
los productos, hallndose cada trmino ajustado a la estequiometra de la ecuacin de
reaccin:
G
G productos
G reaccionantes
G (c G C d G D ) (a G A b G B )
La energa libre estndar de un compuesto constituye la medida de la cantidad total de
energa libre que puede proporcionar por descomposicin completa.
Es importante comprender la diferencia que hay entre G , que es la variacin de
energa libre estndar, y G que es la variacin de energa libre medida o real. Esta
diferencia puede explicarse mejor utilizando una analoga. G es un valor constante
para una determinada reaccin a una temperatura tambin determinada.
Por otra parte, G vara con las concentraciones de los reaccionantes y de los
productos.
El valor de G nicamente es igual al de G cuando todos los reactivos y todos los
productos estn presentes a concentracin 1,0M.
El valor de G es el que determina si una reaccin qumica ocurrir en la direccin
escrita, partiendo de unas concentraciones de reaccionantes determinadas.
Recurdese que una reaccin qumica solamente ocurrir si G es negativo, es decir, si
la energa libre del sistema disminuye.
Las reacciones qumicas con un G negativo reciben el nombre de exergnicas; se
realizan espontneamente en la direccin en que estn escritas. Si recordamos el
ejemplo de los bloques:
ordenado
G disminuye, es negativo
exergnica o exotrmica
espontnea
irreversible
desordenado
10
Las reacciones con un cambio de energa libre estndar positivo reciben el nombre
de endergnicas o endotrmicas, no se realizan de modo espontneo en la direccin en
que se escriben. Volviendo al ejemplo:
desordenado
G aumenta, es postivo
endergnica o endotrmica
no es espontnea
reversible
ordenado
glucosa_6_fosfato
R T ln(K' eq)
1745 cal
1.745 Kcal
H2O
ADP
fosfato
(10)
11
glucosa
ADP
glucosa_6_fosfato
K'eq = 661
G = - 4.00 kcal
(11)
H2O
glucosa
fosfato Pi
K'eq = 171
G = - 3.30 kcal
(12)
glucosa
ADP
glucosa_6_fosfato
H2O
glucosa
fosfato Pi
H2O
ADP
fosfato
fosfatasa
glucosa_6_fosfato
ATP
Puesto que los valores de G de las dos reacciones son aditivas, la G de la hidrlisis
del ATP puede calcularse a partir de ellos:
G G
G - 4.00 (-3.30) - 7.30 kcal
Es importante hacer notar que este valor est basado en que pH = 7,0; T = 37 C, en
presencia de exceso de ion Mg y concentraciones 1,0 M de los reaccionantes y de los
productos. El grupo fosfato terminal del ADP tambin posee una G de hidrlisis
relativamente grande. Es igual a -7,30 kcal.
ADP
H2O
AMP
Pi
G -7.3 kcal
Sin embargo el nico grupo fosfato del AMP tiene un valor mucho menor:
12
AMP
H2O
adenosina
G -3.40 kcal
Pi
Lo que sucede es que los enlaces entre grupos fosfatos adyacentes son enlaces del tipo
de anhdrido, mientras que el enlace entre el fosfato y la ribosa en el AMP es un enlace
ster.
COMPUESTOS CON ENLACES FOSFATO DE ALTO Y DE BAJO NIVEL
ENERGTICO
En la escala termodinmica de G , el ATP es el nico que posee un valor de G ,
intermedio.
Daremos el G de algunos compuestos fosforilados.
G (kcal)
Fosfoenol piruvato
-14.80
- 11.80
- 10.30
-10,10
- 7.70
- 7.30
ATP
Glucosa-1- fosfato
...
- 5.00
Fructosa-6-fosfato
Glucosa-6-fosfato
Gliceril-1-fosfato
...
...
- 3.80
- 3.30
- 2.20
ATP
ATP
O sea que la funcin del sistema ATP-ADP, consiste en servir como transportador
obligatorio intermedio de grupos fosfato desde los compuestos con enlaces fosfato de
elevado nivel energtico, situados por encima del ATP en la escala termodinmica,
hasta las molculas aceptoras que forman compuestos con enlaces fosfato de bajo nivel
energtico situados en la escala por debajo del ATP.
COMPUESTOS FOSFATO DE ALTO NIVEL ENERGETICO
Hay dos clases de compuestos fosforilados que poseen una G de hidrlisis ms
negativa que la del ATP:
1. Los compuestos fosfato que se forman durante la ruptura enzimtica de
molculas combustibles.
2. Los compuestos fosfato utilizados como almacenadores de la energa del enlace
13
fosfato.
Los dos miembros ms importantes de la primera clase son el 1-3 difosfoglicerato y
el fosfoenol piruvato, los cuales se forman durante la fermentacin anaerobia de la
glucosa (gluclisis).
1-3 difosfoglicerato
ADP
3 fosfoglicerato
ATP
H 2O
ADP
G -4.5 kcal
ATP
G -7.3 kcal
Pi
Total
-11.80 kcal
Los compuestos fosfato de elevado nivel energtico, que actan como reservorio de la
energa de enlaces fosfato, reciben con frecuencia el nombre de fosfgenos. Los dos
fosfgenos principales son la fosfocreatina hallada en muchos vertebrados, y la
fosfoarginina, presente en muchos invertebrados. Ambos se forman a partir de la
creatina y de la arginina por transferencia de grupos fosfato desde el ATP en reacciones
catalizadas por la creatin-fosfoquinasa y la arginin-fosfoquinasa, respectivamente.
Ambas reacciones son reversibles pero el equilibrio se halla desplazado hacia la
formacin de ATP.
fosfocreatina
ADP
creatina
ATP
glicerina
ADP
glicerol_3_fosfato
G -4.5 kcal
ATP
D-glucosa
ADP
D.glucosa_6_fosfato
G -7.3 kcal
Fosfoenol piruvato
Dadores de P de alta energa
P
Reservorio de fosfocreatina
1-3 difosfoglicerato
P
ATP
Aceptores de P
de baja energa
P
P
Glucosa_6_fosfato
Glicerol_3_fosfato
14
ADP
piruvato -
piruvato
ATP
quinasa
D-glucosa
ADP
D-glucosa_6_fosfato
D-glucosa
piruvato
D-glucosa_6_fosfato
15
UTP
ATP
GTP
ATP
CTP
ATP
CTP
GTP
UTP
Polisacridos
Protenas
Lpidos
ARN
ATP
P
d ATP
d GTP
d TTP
d CTP
ADN
16
ATP
PPi
H2O
2 Pi
Esta hidrlisis secundaria del pirofosfato constituye una etapa valiosa de liberacin de
energa, la cual se utiliza para asegurar que ciertas reacciones biosintticas se realicen
por completo.
El Pi formado se utiliza para la regeneracin del ATP a partir de ADP. La adenilatoquinasa cataliza la refosforilacin del AMP a ADP.
ATP
AMP
ADP
ADP
17
Aerobios
glucosa
sin O2
glucosa
fermentacin
productos de la fermentacin
fermentacin
sin O2
productos de la fermentacin
con CO 2
CO2 + H2O
18
2. Glucosa
C
triosas
C
triosas
C
cido
lctico
cido
lctico
CH3
CH3
CH OH
CH OH
COOH
COOH
etanol
etanol
CH3
CH3
CH2 OH
CH2 OH
CO 2
CO 2
En estas reacciones tenemos que hablar de las reacciones de xido reduccin que se
producen en todo organismo donde el agente oxidante recibe los electrones y el agente
reductor entrega electrones.
En este caso de la fermentacin alcohlica el etanol es una molcula relativamente
reducida rica en H 2 , pobre en O 2 . La molcula de CO 2 es relativamente oxidada, pobre
en H 2 .
En el caso de la fermentacin homolctica el grupo metilo se halla ms reducido que el
grupo carbonilo. Veamos la reaccin completa:
cido lctico
1. Glucosa
O
C
H
CH3
HC OH
HO C
2 Pi
+ 2 ADP
CH OH
HC OH
+ 2 ATP + 2 H2O
COOH
HC OH
CH2 OH
2. Glucosa + 2 Pi + 2 ADP
2 CH3
CH2 OH
Etanol
19
ETAPA DE LA GLUCOLISIS:
La gluclisis es catalizada por la accin de un grupo de 11 enzimas. Se cree que estn
localizadas en la porcin soluble del citoplasma. Se pueden considerar dos etapas o
fases. En la primera fase la glucosa se fosforila y se escinde pare formar gliceraldehdo
3 P; y en la segunda fase ste se convierte en cido lctico.
LA FASE I: Constituye un proceso preparativo o de congregacin en el que cierto
nmero de hexosas penetran en el esquema, despus de fosforilarse a expensas
del ATP, y dan un producto comn, el gliceraldehdo 3 P.
LA FASE II: Es la ruta comn para todos los azcares, se produce la fosforilacin
del ADP y se llevan a cabo las reacciones de xido reduccin, obtenindose el
lactato.
En este proceso hay tres tipos de transformaciones interconectadas.
1.La ruta de los tomos de carbono: o sea degradacin de la glucosa para
formar cido lctico.
2.La ruta del fosfato: o sea que el Pi (fsforo inorgnico) se transforma en P
del ATP.
3.-
20
almidn
glucogeno
glucosa
ATP
Pi
glucosa-1-P
FASE I
Congregacin de azcares sencillos y
su
conversin
en
fosfato
ADP
galactosa
manosa
pentosa
glucosa-6-P
de
fructosa-6-P
ATP
ADP
fructosa-1-6-di P
glicealdehdo-3-P (2)
2 NAD+
Pi
1,3 difosfoglicerato (2)
FASE II
2 NADH
2 ADP
2 ATP
3 difosfoglicerato (2)
2 difosfoglicerato (2)
fosfoenolpiruvato (2)
2 ADP
2 ATP
piruvato (2)
2 NAD+
2 lactato
21
ATP
glucosa
Mg++
ADP
glucosa-6-P
4 kcal
CH2 OH
OPO 3=
O
O
H
H
+
OH
ATP
ADP
OH
OH
OH
OH
OH
H
OH
glucosa
OH
glucosa-6-fosfato
2. Conversin de glucosa-6-P
fosfoglucoisomerasa.
CH2
G -4 kcal
H
H
OPO 3=
CH2
O
H
fructosa-6-P:
H
OH
CH2
OH
OH
la
OH
H
glucosa-6-P
OH
OH
OH
por
OPO 3=
O
H
OH
Catalizada
0.4 kcal
(reaccin reversible)
OH
fructosa-6-P
OPO 3=
O
CH2
CH2
+
OH
OH
H
OH
ATP
CH2
ADP
OH
OPO 3=
G -3.4 kcal
OH
OPO 3=
O
OH
OH
OH
H
(reaccin irreversible)
OH
22
CH2
2.
OPO 3=
H
O
1. CH2
OPO 3=
4.
3. HO CH
2. C
G
O
5.73 kcal
5. H COH
4. H COH
3. CH2
6.
OH
CH2
OPO 3=
5. H COH
6.
CH2
OPO 3=
fructosa 1-6-di P
(cadena abierta)
gliceraldehdo 3-P
fosfato de
dihidroxiacetona
C
H
G 1.83 kcal
C
CH2 OH
H C OH
CH2 OPO 3=
2 gliceraldehdo-3-P + 2 NAD+ + 2 Pi
O
C
PO 3=
H
C
HC
O
+ NAD+ + Pi
2 H COH
2 CH2
OH
+
PO 3= + NADH + H
G 1.5 kcal
CH2 OPO 3=
3.
O
2. H COH
PO 3=
+ ADP
CH2 OPO 3=
2. H COH
+ ATP
4.50 kcal
(reaccin irreversible)
3. CH2
1.
OPO 3=
COO
H COPO 3=
H COH
COO
CH2 OH
3-fosfoglicerato
COO
G 1.06 kcal
2-fosfoglicerato
24
CH2 OH
CH2
enolasa
H COPO 3=
COO
COO
2-fosfoglicerato
PO 3=
+ H2O
0.44 kcal
fosfoenolpiruvato
CH3
CH2
G
C
COO
PO 3=
+ ADP
ATP +
COO
fosfoenolpiruvato
7.5 kcal
(reaccin irreversible)
piruvato
CH3
O
COO
piruvato
+ NADH + H+
+
H COH + NAD
COO
6.0 kcal
lactato
25
BALANCE GLOBAL
2 ADP
glucosa + 2 ATP + 2 NAD+ + 2 Pi + 4 ADP + 2 NADH+ + 2 H+
2 lactato + 2 ADP +
manosa-6-P + ADP
fructosa + ATP
fructosa-6-P + ADP
26
2 lactato
6 CO2 + 6 H2O
47 kcal
G
686 kcal
ORGANIGRAMA RESPIRATORIO
En la figura se muestra un diagrama de la respiracin. lkk
Los grupos acetilo procedentes de los carbohidratos, de los lpidos y de los
aminocidos en la fase II del catabolismo, en la siguiente fase III se incorporan al
ciclo de Krebs, que en las aerobias constituye la ruta comn final del catabolismo
oxidativo de todas las molculas combustibles. En este ciclo los grupos acetilo se
desintegran para formar CO 2 y tomos de hidrgeno. Estos ltimos (o sus electrones
equivalentes) posteriormente se incorporan a la cadena respiratoria constituda por
una serie de transportadores electrnicos.
El proceso subsiguiente de transporte de electrones hasta el oxgeno molecular se
realiza con un descenso muy grande de energa libre, gran parte de la cual se
conserve en forma de ATP, gracias a la fosforilacin oxidativa acoplada del ATP.
La reaccin global catalizada por el ciclo de Krebs es la siguiente:
CH3COOH + 2 H2O
2 CO2 + 8 H +
28
Carbohidrato
Aminoacidos
Movilizacin del
cidos
grasos
Piruvato
acetil CoA
2H
CO2
Acetil-CoA
oxalacetato
citrato
cis-aconitato
malato
CO2
-oxoglutarato
CO2
succinato
fumarato
2H
isocitrato
2H
2H
ATP
NAD
ADP + Pi
2H
flavoproteina
coenzima Q
Transporte electrnico
y fosforilacin
oxidativa
citocromo b
ADP + Pi
2H
ATP
citocromo c
citocromo a + a3
+
ADP A Pi
2 H+ + 1/2 O2
ATP
H2O
29
CH3
NADH2
COOH
CO2
HS-CoA
CH3
CoA + CO
Acetil-CoA
acetil-S-CoA+ NADH2 + CO 2
8.0 kcal
La oxidacin de piruvato a acetil-SCoA, catalizada por el sistema piruvatodeshidrogenasa, en realidad constituye un proceso muy complejo.
A causa del gran descenso de energa libre estndar, la reaccin es esencialmente irreversible. Aunque en si misma no forma parte del ciclo del cido
tricarboxlico, constituye una etapa obligatoria, mediante le cual los hidratos de
carbono se incorporan al ciclo.
En este proceso participan dos coenzimas importantes: CoA y cido lipoico.
CoA: Acta como transportador de grupos acilo, efectuando una funcin anloga
a la que desempea el ATP como transportador de grupos fosfato. La forma
acetilada de la coenzima A (acetil CoA) es un tioster del cido actico. El
tioster es un enlace de elevado contenido energtico, es decir, posee un G
fuertemente negativo.
acetil-S-CoA + H2O
acetato + CoA - SH
7.52 kcal
COOH
La decarboxilacin oxidante del piruvato a acetil CoA CO2 necesita tres enzimas
diferentes y 5 coenzimas que constituyen el:
enzimas
Piruvato-deshidrogenasa
dihidrolipoil-transacetilasa
dihidrolipoil-deshidrogenasa
coenzimas
Coenzima A
cido lipoico
Pirofosfato de tiamina (TPP)
NAD
FAD
Sistema de la
piruvato-deshidrogenasa
CH3
CoA
CoA
SH
COOH
COOH
C
oxalacetato
CH2
HO
citrato
COOH
CH2
CH2
COOH
COOH
En esta reaccin el grupo metilo (CH3 ) de la acetil CoA se condensa con el tomo
de carbono carbonlico del oxalacetato con la hidrlisis del enlace tioster y
formacin de la CoA SH libre.
O
C
OH
COOH
CH2
CH2
COOH
citrato
COOH
COOH
CH2
CH
COOH
COOH
cis-aconitato
31
H2O
COOH
CH2
CH
CH
COOH
OH
COOH
isocitrato
CH2
CH
CH
COOH
OH
COOH
NAD+
isocitrato
COOH
CH2
NADH2
CH2
COOH
alfa-cetoglutarato
NAD
succinato + CoA
SH
+ GTP
GDP + ATP
hidrgeno.
COOH
CH2
CH2
COOH + FAD
COOH
CH
succinato
CH
COOH + FADH2
fumarato
6. Se produce una hidratacin del fumarato dando malato, actuando coma catalizador la fumarasa.
OH
COOH
CH
CH
COOH + H2O
COOH
Fumarato
CH2
Malato
COOH
O
CH2
+
COOH + NAD
COOH
CH2
COOH + NADH2
Malato
Oxalacetato
Podemos ahora resumir los productos producidos en una vuelta del ciclo del cido
tricarboxlico.
Dos tomos de carbono aparecen en forma de CO 2 equivalentes, aunque no
idnticos, a los dos tomos de carbono del grupo acetilo que ingresa en el ciclo. Por
deshidrogenacin enzimtica se producen cuatro pares de tomos de hidrgeno,
tres pares se utilizan para reducir el NAD y uno para reducir el FAD.
En ltimo trmino, estos cuatro pares de tomos de hidrgeno y electrones se
combinan con el oxgeno, una vez realizado su transporte a lo largo de la cadena
respiratoria.
RUTA DEL FOSFOGLUCONATO O VIA DE LAS PENTOSAS
Muchas clulas disponen, adems del ciclo del cido tricarboxlico, de otra ruta de
degradacin de la glucosa cuya primera reaccin es la oxidacin de la glucosa-6fosfato a 6-fosfato gluconato.
La ruta del fosfogluconato, conocida como ruta de los fosfatos de pentosa o
desviacin del monofosfato de hexosa, no es una ruta principal de oxidacin de la
glucosa.
Su objetivo primordial, en la mayor parte de las clulas, es obtener NADP reducido
en el citoplasma extramitocondrial.
Una segunda funcin es la produccin de pentosas en especial D-ribosa, que se
emplea en la sntesis de cidos nucleicos.
Otra funcin importante consiste en participar en la formacin de glucosa, a partir del
CO 2 , en las reacciones de fotosntesis.
Las diversas etapas de la ruta del fosfogluconato tienen lugar en la porcin soluble
del citoplasma extramitocondrial de la clula.
33
OH
OH
COOH
OH
O + NADP+
HO
OH
O +NADPH
HO
OH
CH 2OPO 3=
CH 2OPO 3=
glucosa-6-fosfato
OH
HO
HC
OH
HC
OH
CH2 O PO 3=
6-fosfogluconato-lactona
6 Fosfogluconato
OH
H COH
H
HO
C
C
OH
+ NADP+
H COH
+ NADPH2 + CO2
H
CH 2OPO 3=
OH
CH 2OPO 3=
6-fosfogluconato
ribulosa-5-fosfato
34
CH2 OH
C
O
xilulosa-5-fosfato
HO C H
CH2 OH
HC
C
OH
OH
m
epi
sa
era
OH
CH 2OPO 3=
CHO
CH 2OPO 3=
iso
me
ras
a
ribulosa-5-fosfato
HC
OH
C OH
C OH
ribosa-5-fosfato
CH 2OPO 3=
HO
OH
CHO
CH2 OH
HCOH
+
CH 2OPO 3=
OH
OH
HC
OH
CH 2OPO 3=
HC
OH
HC
OH
HO
CHO
HC
OH
CH2 O PO 3=
CH2 O PO 3=
ribosa-5-P
sedoheptulosa-7-P
gliceraldehdo-3-P
35
CH2 OH
HO
HO
OH
OH
OH
OH
OH
CH2 O
CHO
+
OH
CH2 O
PO 3=
CHO
+
HC
OH
HC
OH
CH2 O
CH2 O
PO 3=
PO 3=
PO 3=
fructosa-6-P + gliceraldehdo-3-P
36
3O2
2Fe2
O3
Zn++ SO4=
+ Cu
Zn++
carga 2
Cu metalico
carga 0
37
Resumiendo:
1. La prdida de electrones se denomina oxidacin.
2. La ganancia de electrones se denomina reduccin.
c. En compuestos orgnicos el proceso de oxidacin se acompaa de prdida de
hidrgeno o ganancia de oxgeno.
H
H
H2O
H
-2H
H
OH
metano
metanol
-2H
H2O
O
-2H
cido
metanoico
metanal
-2H
CO 2
anhdrido
carbnico
gananca de oxgeno
prdida de electrones
prdida de hidrgeno
reduccin
prdida de oxgeno
ganancia de electrones
ganancia de hidrgeno
Ared. + Boxid.
Aoxid. + Bred.
2H+
+2e-
Reductor
Oxidante
E voltios
Acetaldehdo
Acetato
- 0.60
H2
2H
- 0.42
cetoglutarato +
Isocitrato
- 0.38
CO 2
NAD + H
NAD
- 0.32
Lactato
NADH
deshidrogenasa
(reducida)
Citocromo b
Piruvato
- 0.19
Oxidada
- 0.11
Fe (II)
Fe (III)
0.00
Fe (II)
Fe (III)
+ 0.26
H2 O
O2
+ 0.82
Citocromo c
H2O
2 H+
+2e-
Por dicha razn el agua muestra muy poca tendencia a perder electrones y a formar
oxgeno molecular. Dicho de otro modo, el oxgeno molecular tiene gran afinidad por
los electrones, superior que la de aceptores biolgicos de electrones tales como el
NAD , las flavoprotenas y los citocromos.
Cadena respiratoria:
Sustrato reducido
Sustrato oxidado
NAD+
FADH2
FAD+
NADH2
CoQ
CoQH2
Fe++
Fe+++
Fe++
cit. b
a+ a3
Fe+++
Fe++
ATP
ATP
H
Fe+++
2H
ATP
39
2H+ + 1/2 O2
H2O
Enzimas de xido-reduccin:
Tres son las clases principales de enzimas que participan de la corriente del
transporte electrnico desde los sustratos orgnicos hasta el oxgeno molecular.
De acuerdo al orden en que participan son los siguientes:
1. Deshidrogenasas ligadas a la piridina que requieren NAD o NADP como coenzima. Participan en la primera parte del eslabn:
Sustrato reducido
NAD+
Sustrato oxidado
NADH + H+
CoQ
CoQH + H +
FAD
Fe++
Fe+++
Fe++
cit. b
a+ a3
Fe+++
Fe++
Fe+++
2H+ + 1/2 O2
H2O
40
H2C
adenina
OH
OH
CONH 2
HO
H2C
OH
OH
H
CONH
CONH
+ H+
+ 2H
41
CH2
CH2
CH2
riboflavina
(vitamina B2)
CH2
CH2
O
HO
FDN
OH
OCH2
adenina
OH
OH
FDN: resulta de la unin pirofosfrica entre el FMN y el AMP. La parte activa del
FAD y del FMN es el anillo de isoaloxacina.
H
O
H
N
CH3
O
H
N
CH3
CH3
CH3
N
HC
CH
N
Fe
Fe
++
+++
HN
N
HC
CH
Forman quelatos (literalmente, cuatro dientes) con iones metlicos como el hierro,
por ejemplo. En los citocromos, el tomo de Fe experimenta cambios reversibles
entre las formas Fe (II) y Fe (III); su funcin real es la de desempear el papel de
transportadores electrnicos.
Potencial estndar de xido-reduccin en la cadena respiratoria
Los potenciales de reduccin de los diferentes transportadores electrnicos, se
hacen ms positivos a medida que los electrones pasan desde el sustrato el
oxgeno. Es decir, que el transportador electrnico ms prximo el extremo inicial de
la cadena, o sea el NAD es el trmino ms reducido, mientras que los
transportadores situados en el extremo del oxgeno (citocromo a + a3) estn casi por
completo en la forma oxidada. Los transportadores intermedios en estados
sucesivamente ms oxidados, segn una escala que va desde el sustrato hasta el
oxgeno.
Energtica del transporte electrnico-Fosforilacin oxidativa
Hemos visto que el G que se produce en el transcurso de cualquier reaccin
qumica es funcin de su constante de equilibrio.
RT Ink eq
43
nFT
E '0
2 23062
0.82
0.32
52.700 kcal
52.7 kcal
Se produce, por tanto, una variacin de energa libre muy grande durante el proceso
de transporte electrnico desde el NADH hasta el oxgeno molecular, a travs de la
cadena respiratoria. Este valor puede compararse con la energa libre estndar de
formacin de ATP a partir del ADP y el fosfato.
ADP + FOSFATO
ATP + H2O
7.3 kcal
44
NAD+ + H2O
52.7 kcal
y de su componente endergnico:
3 ADP + 3 Pi
3 ATP + 3 H2O
G 3 7.3
21.9 kcal
2 piruvato
2.
2 piruvato
2 acetil CoA
producen 6 ATP.
H2O
b. 2 alfa-cetoglutarato
tambin se producen 6 ATP.
c. 2 malato
H2
2 oxalacetato
6 ATP.
H2
d. 2 succinato
2 fumarato. En este caso los hidrgenos son
captados por el FAD. Se producen 4 ATP.
e. 2 succinato CoA
2 succinato, hay una fosforilacin a nivel de
sustrato de producen 2 ATP.
Resumiendo:
a ..
6 ATP
b ..
6 ATP
c ..
d ..
e ..
6 ATP
4 ATP
2 ATP
24 TP
glucosa + 6 O2 + 36 Pi + 36 ADP
6 CO2 + 36 ATP + 42 H2O
6 CO2 + 6 H2O
680 kcal
componente endergnico
36 Pi + 36 ADP
36 ATP + 36 H2O
263 kcal
46
263
100
680
39%
glicerol-3-fosfato + NAD+
glicerol-3-fosfato + FAD
NADH + H+
NAD+
DIHIDROXICETONA-P
GLICEROL-FOSFATO
NAD
FAD
ATP
ATP
MITOCONDRIA
O2
47
a. fluido extracelular
cidos grasos a
oxidarse provienen
b. fuente endgena
2. fosfoglicridos de las
membranas
A. Hidrlisis intracelular
Los cidos grasos deben hallarse en forma libre, es decir, no esterificados para que
puedan experimentar el proceso de activacin y oxidacin. Para ello, deben en
primer lugar, hidrolizarse por la accin de lipasas intracelulares para rendir cidos
grasos libres y glicerina. Se sabe relativamente poco acerca de la secuencia y
48
Las ltimas dos tioquinasas activan tanto los cidos grasos saturados como los no
saturados. Las tres se encuentran en la membrana exterior de la mitocondria. Las
propiedades y mecanismos de las tres tioquinasas, son ms o menos idnticos. La
reaccin global catalizada por las tioquinasas ligadas al ATP es la siguiente:
O
R
SH
CH
A medida que el enlace tioster se forma entre el grupo carboxilo del cido graso y el
grupo tiol de la CoA, el ATP experimenta ruptura pirofosfrica y rinde AMP PPi . A
su vez el PPi formado resulta hidrolizado por la pirofosfatasa inorgnica.
49
PPi
H2O
2 Pi
CH3
CH3
O
CH2
CH
CH3
CH2
COOH
CoA
OH
CH3
CH3
CH3
CH2
CH
CH2
COOH +
CoA
SH
O
C
SH
acil-graso-CoA + carnitina
como sustrato para el ciclo de oxidacin del cido graso, que tiene lugar en el
compartimiento interno de la matriz. Las mitocondrias contienen otro tipo de aciltioquinasas que participan en la activacin del cido graso. Esta enzima necesita
GTP en lugar de ATP y produce GDP Pi .
O
R
SCoA + GDP + Pi
O
2
CH2
CH2
SCoA
acil-graso CoA
+
E
FAD oxi.
SCoA
2,3
trans-enoil CoA + E
FAD red.
CH2
CoA
2,3
trans-enoil CoA
H
OH
R
CH2
CH2
hidroxi-acil-CoA
SCoA
CH2
O
CH2
SCoA + NAD+
H
O
R
CH2
O
CH2
+
SCoA + NADH + H
CH2
O
CH2
SCoA
CoA
O
O
R
CH2
SH
SCoA
CH3
SCoA
global de una vuelta de la secuencia de oxidacin del cido graso actuando sobre el
palmitoil-CoA es la siguiente:
palmitoil
CoA
miristoil
CoA
acetil
CoA
+ FADH2 + NADH + H+
Ahora podemos escribir la ecuacin para las siete vueltas del espiral necesarias
a fin de convertir una molcula de palmitoil-CoA en 8 molculas de acetil CoA (el
cido palmtico tiene 16 tomos de carbono). Cada molcula de FADH 2 cede un
par de equivalentes electrnicos a la cadena respiratoria a nivel de la CoA y se
generan 2 molculas de ATP. De modo anlogo, la oxidacin de cada molcula
de NADH da por resultado la formacin de 3 molculas de ATP. Por lo tanto, se
forman un total de 5 molculas de ATP por molcula de acetil-CoA escindido.
Podemos escribir ahora la ecuacin que tambin comprende las fosforilaciones:
pamitol
(1)
Las 8 molculas de acetil CoA formadas en el ciclo del cido graso pueden
incorporarse ahora al ciclo de Krebs
(2)
Puesto que se necesita una molcula de ATP ( o de GTP) para activar el cido
palmtico libre al comenzar, podemos suponer que el rendimiento neto de ATP es de
130 molculas.
Se ha resuelto este problema con el descubrimiento de una enzima auxiliar, la 3,4 cis- 2,3 -trans-enoil CoA-isomerasa que cataliza el desplazamiento del doble enlace
desde la configuracin 3,4 -cis a la 2,3 -trans que es el sustrato normal de la
siguiente enzima de la secuencia de oxidacin del cido-graso.
Cuerpos cetnicos y su oxidacin
En muchos vertebrados el hgado posee la capacidad enzimtica adecuada para
desviar algo de acetil-CoA, hacia la formacin de acetoacetato y -hidroxibutirato,
los cuales son transportados por la sangre a los tejidos perifricos, en donde pueden
ser oxidados por el ciclo del cido tricarboxilico. Estos compuestos reciben el
nombre de cuerpos cetnicos. El acetoacetato proviene de la condensacin de dos
molculas de acetil-CoA catalizado por la tiolasa.
acetil CoA + acetil CoA
CH2
O
CH2
SCoA
OH
acetoacetil CoA + acetil CoA
Beta-
Beta-hidroxibutirato + NAD+
tejidos por medio de la sangre. Al entrar en las clulas individuales tambin por
transporte activo, se incorporan a los canales metablicos. Se sabe muy poco de la
protelisis intracelular, que en algunos tejidos como el hgado, tiene lugar a un ritmo
elevado.
ESQUEMA DE LA OXIDACION DE LOS AMINOACIDOS
Para la oxidacin de los 20 aminocidos diferentes existen 20 secuencias
multienzimticas distintas. En ltimo trmino todas convergen en unas pocas rutas
terminales que conducen al ciclo de los cidos tricarboxlicos. Los esqueletos
hidrocarbonados de 10 de los A.A. son convertidos finalmente en acetil-CoA, ya sea
por la va del piruvato o por la del acetoacil-CoA, cinco se convierten en
cetoglutarato, tres en succinil-CoA y dos en oxalacetato. La fenilalanina y la tirosina
se degradan de modo que una porcin del esqueleto hidrocarbonado se incorpora
como acetil-CoA y lo otra como fumarato. Sin embargo no todos los tomos de C de
los 20 A.A. se incorporan al ciclo del cido tricarboxlico ya que algunos se pierden
por el camino de la descarboxilacin. Las rutas del catabolismo no son
necesariamente idnticas a las de la biosntesis, pero hay algunas etapas que son
comunes.
Alanina
Cistena
Glicocola
Serina
Treonina
Glutamato
Piruvato
Arginina
Histidina
Glutamina
Prolina
Oxoglutarato
Isocitrato
Isoleucina
Leucina
Triptfano
Succinil-CoA
Citrato
Isoleucina
Metionina
Valina
Succinato
Acetil-CoA
Oxalacetato
Tirosina
Fumarato
Acetoacetil-CoA
Fenilalamina
Malato
Fenilalanina
Tirosina
Leucina
Lisina
Triptfano
Aspartato
Asparagina
ahora los dos procesos principales implicados en esta reaccin, ellos son la
Transaminacin y la Desaminacin Oxidativa.
TRANSAMINACION
Por este proceso el grupo amino de por lo menos 11 aminocidos es separado
enzimticamente por transaminacin y transferido al carbono
de uno o tres
oxocidos (piruvato;
cetoglutarato o al oxalacetato). Por lo tanto el aminocido al
perder su grupo NH2 se transforma en el oxocido correspondiente y el -oxocido
que acepta el grupo NH2 se transforma en el aminocido correspondiente. Dos
transaminasas importantes son: la ALANIN-TRANSAMINASA; que cataliza la
reaccin:
oxocido alanina
oxoglutrico
Ejemplo de transaminacin:
O
R'
H
NH2
R2
COOH
R1
NH2
COOH
COOH
R2
COOH
cido
cido pirvico
oxoglutri co
cido glutmico
(aceptor final)
H3C
CH2
C
C
CH
N
O
O
P
OH
Fosfato de piridoxal
OH
CH
O
COOH
H2O +
R1
Dador de NH2
COOH
Base de Shiff I
O
R1
CH2
R1
COOH
COOH
+ E
CH2
NH2
enzima-fosfato de
piridoxamina
oxocido
Base de Shiff II
O
E
CH2
NH2 + R2
R2
COOH
oxocido
aceptor de NH2
CH2
COOH
Base de Shiff III
H
R2
NH2
H
E
COOH
H + R2
enzima-fosfato
de piridoxal
CH
COOH
aminocido
Base de Shiff IV
DESAMINACION OXIDATIVA
Este proceso ocurre en la mitocondria y los grupos NH2 recogidos de los diferentes
aminocidos por la accin de las transaminasas, aparecen en el ltimo trmino en
forma de grupos -aminos del L-glutamato.
En algunas clulas, particularmente en las bacterias, el glutamato experimenta una
58
L-glutamato + NAD+
NH4
NADH
glutamato
NAD
Glutamato deshidrogenasa
Treonina
Cistina
Cisteina
Glicocola
Serina
Alanina
cido Pirvico
Acetil-CoA
El esquema muestra los portales de entrada por los que penetran en el ciclo de los
cidos carboxlicos, los esqueletos carbonados de los diferentes aminocidos. Las
rutas de los 20 A.A. dependen del punto de entrada. El punto principal de entrada en
el ciclo es por la va del acetil-CoA, diez aminocidos penetran por esta ruta, cinco
de ellos se degradan al acetil-CoA por la va del piruvato y los restantes por la del
acetoacetil-CoA.
59
NH2
CH3
CH
CH
COOH
OH
Treonina
Glicocola
H2N
CH
CH2
O
CH3
COOH
C
H
Serinhidroximetil
tranferasa
OH
acetaldehdo
NAD+
NH 2
ATP
Serina
CH2
CH
OH
COOH
CoA
Serina
deshidrasa
O
cido Pirvico
CH3
NADH + H+
COOH
AMP; Pi
Piruvato
deshidrogenasa
O
CH3
S CoA
Acetil CoA
Prolina
Semialdehdo
glutmico
Histidina
Glutamina
cido Glutmico
cetoglutar ato
60
-cetoglutarato de los
cido
oxobutrico
Isoileucina
Propionil-CoA
Valina
Metilmalonil-CoA
Succil-CoA
cido-aspartico +
NH3
oxoglutarato
-cetoglutarato
61
Grupos
-amino
oxoglutarato
cido
asprtico
cido
glutmico
- NH2
arginina
- NH2
arginasa
H2N
citrulina
carbamilfosfato
C
NH2
C
O
ornitina
cido
Entonces el NH3 libre es utilizado junto con el CO 2 para formar fosfato de carbamilo
en una reaccin compleja, catalizada por la carbamil-fosfato sintetasa.
62
NH2
O
CO2 + NH3 + 2 ATP + H2O
H2N
O
O
+ ADP + Pi
O
Fosfato de carbamilo
cido
EXCRECION DE AMONIACO
Se cree que en los organismos amonotlicos los grupos NH2 derivados a diversos
-aminocidos, se transaminan para formar glutamato, que experimenta despus
una desaminacin oxidativa mediante la glutamato-deshidrogenasa. El NH3 as
formado se convierte despus en N 2 amdico de la glutamina, que es la forma de
transporte del NH3 en la mayor parte de organismos. La glutamina se forma por
accin de la glutamina-sintetasa, a partir de cido glutmico.
NH2
HOOC
CH2 CH2 CH
Acido Glutmico
Mg++
COOH + NH3 + ATP
H2N
NH2
CH2 CH2 CH
COOH + ADP + Pi
Glutamina
63
La glutamina rinde NH3 libre en los tbulos renales de la mayora de los vertebrados,
pero esta reaccin predomina en los organismos amonotlicos. La reaccin es:
Glutamato + NH4+
Glutamina + H2O
NH2
O2
C
C
C
N
N
H
HO
C
N
H
Xantin
oxidasa
H
Anillo de Purina
Xantina
H
N
N
C
C
C
O
C
N
Acido Urico
(forma oxo)
64
0.5 kcal
NAD+ + malato
6.7 kcal
oxalacetato + NADH2
6.7 kcal
Mg++
fosfoenol-piruvato + CO2 + GDP
oxalacetato + GTP
0.7 kcal
0.2 kcal
Esta reaccin global es reversible, puesto que su variacin de energa libre estndar
es muy pequea. Tender a desplazarse a la derecha siempre que el cociente (ATP)
/ (ADP) tenga un valor elevado y que haya presente un exceso de piruvato. Para
fosforilar una molcula de piruvato se consumen dos enlaces de alto valor
energtico. Practicando le direccin energtica de la ecuacin, se observa que el
proceso endergnico que requiere energa es:
piruvato + GTP
fosfoenol-piruvato + GDP
7.5 kcal
ADP + Pi
7.3 kcal
2-fosfoglicerato
(1)
2-fosfoglicerato
3-fosfoglicerato
(2)
ATP + 3-fosfoglicerato
ADP + 1,3-difosfoglicerato
(3)
gliceraldehido-3-fosfato + NAD+ + Pi
(4)
dihidroxiacetona-P
gliceraldehdo-3-P + dihidroxiacetona-P
(5)
fructosa-1-6-di P
(1) fosfoglicerometasa - (2) - fosfoglicerato-quinasa - (3) - gliceraldehdo-3 Pdeshidrogenasa - (4) - triosa-fosfato-isomerasa (5) - aldolasa
66
fructosa-6-P + Pi
0.4 kcal
glucosa 6-P
glucosa + ATP
4.0 kcal
glucosa + Pi
3.3 kcal
Resumiendo:
2 piruvato + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH2 + 6 H2O
Por cada molcula de glucosa que se forma se consumen seis enlaces fosfato de
alto valor energtico y se requiere dos molculas de NADH2 como reductor.
67
glucosa-6-P
disacridos
fructosa-6-P
Pi
monosacridos
ATP
Pi
fructosa-1-6 P
gliceraldehdo-3-P
3-P-glicerato
2-P-glicerato
fosfoenolpiruvato
GTP
CO2
oxalacetato
malato
malato
oxalacetato
piruvato
piruvato
68
COOH
Malonil transferasa
Acil transferasa
Palmitil
transferasa
Enzima condensante
( citonil sintetasa)
Deshidrogenasa
(2 reduccin)
SH (resto fosfopantotenil
con grupo SH terminal que
enlaza los intermediarios
aclicos)
Deshidrogenasa
(1 reduccin)
Deshidratasa
SH
(resto SH perteneciente a la protena
transportadora de grupos acilos)
70
O
CH3
biotina
SCoA + CO2 + ATP
HOOC
++
CH2
CoA
Mn
O
SH + CH3
SCoA
acil
SH
CH3 + HSCoA
SH
O
O
S
SH
transferasa
CH3 + COOH
CH2
C SCoA
O
malonil
S C CH3 + HSCoA
transferasa
S
C
CH2
COO H
71
SH + CO2
condensante
S
C
CH2
C
CH3
SH
SH
NADPH+ + H+
S
C
NADPH+ + H+
NADP
deshidratasa
deshidrogenasa
CH2
C
SH
S
C
H2O
CH2
O
CH3
OH
CH
CH3
crotonil-S-ACP
Hidroxibutiril - S- ACP
SH
CH
CH3
S
C
acil
transferasa
NADP
CH2
CH2
CH2
SH
CH3
CH2
CH3
butiril-S-ACP
72
SH + CH3
(CH 2)14
COOH
cido palmitico
SH
73
Acido palmitoleico (
Acido oleico (
1 par
glicerol-3-fosfato + NAD+
74
glicerol-3-fosfato + ADP
ETAPAS DE LA BIOSINTESIS
- Primera etapa: Acilacin de los grupos oxidrilos libres del glicerol-3-fosfato por
dos molculas de acil-CoA graso, produciendo un cido fosfatdico.
O
CH2 OH
CH2 O
C R
O
CH
O
+
CH OH
CH2 O
S CoA
CH2 O
PO 3H2
R'
+ 2 HSCoA
PO 3H2
- Segunda etapa: El cido fosfatdico experimenta una hidrlisis por accin de una
fosfatasa especfica formando diacilglicrido.
O
CH2 O
O
R
CH2 O
O
CH
CH2 O
O
+ H2O
R'
CH
PO 3H2
R'
+ Pi
CH2 OH
O
R
CH2 O
O
O
CH
R'
R''
R'
O
S CoA
CH
R'' + HSCoA
O
CH2 OH
CH2 O
R'''
BIOSINTESIS DE FOSFOGLICERIDOS
Los principales fosfoglicridos que sirven como componentes de las membranas y
las lipoprotenas de transporte se forman por ramificaciones de la ruta biosinttica a
partir del cido fosfatdico. Adems intervienen los nucletidos citidnicos. Todas
estas reacciones tienen lugar en el retculo endoplsmico.
1) El cido fosfatdico con el CTP se convierte en citidn-difosfato-diacilglicrido
que es el precursor comn de todos los fosfoglicridos formados por sta ruta.
Acido fosfatdico + CTP
citidn-difosfato-diacilglicrido + PPi
75
O
CH
R'
CH2
O
HO
O
HO
O
CH2
citosina
OH
OH
fosfatidil-serina + CMP
fosfatidil-glicerol-fosfato +
76
Acido fosfatdico
CTP
Fos
fato
de
glice
rilo
CDP - diacilglicrido
ina
Ser
Inositol
Fosfatidil-serina
Fosfatidil-inositol
Fosfatidil-glicerol-fosfato
CO2
Pi
Fosfatidil-etanolamina
Fosfatidil-glicerina
+ CDP-diacilglicrido
3 CH3Cardiolipina
Fosfatidil-colina
BIOSINTESIS DE COLESTEROL
Comprende tres etapas:
1.- Conversin de acetato en cido mevalnico
2.- Conversin de cido mevalnico en escualeno
3.- Conversin de escualeno en colesterol.
1). Conversin de acetato en cido mevalnico:
El cido mevalnico tiene seis tomos de carbono por lo que se forma por
condensacin de tres molculas de acetil-CoA.
Acetil CoA + acetoacetil CoA
hidroxi -
hidroxi -
NADPH2
CH2 C
OH
CH2
CH2
P
O
OH
O
OH
O
HO
OH
77
OH
C
CH2
CH2
CH3
CH3
C
CH
CH2
CH3
OH
O
OH
OH
P
O
OH
OH
- PPi
farnesil pirofosfato
78
79
oxoglutrico + NADPH + H+
Glutamina + ADP + Pi
OH
CH2
OH
CH2
H
cido
glutamil-fosfrico
NH2
COOH
ATP + Acido glutmico
glutamil~fosfato
+ NH3
ADP +
glutamil~fosfato
glutamina + Pi
reaccin se requieren Fe
y cido ascrbico como cofactores. Sin embargo la
prolin-hidroxilasa no transforma la prolina libre en hidroxiprolina.
NH 2
OH-C-CH 2-CH 2-CH-COOH
O
Acido Glutmico
NADH
NH2
H
CH2 CH2 CH
semialdehdo
glutmico
COOH
inhibicin
O
H2C
CH2
H
HC
Acido 1~pirroln
5 carboxlico
C
N
COOH
NADH 2
H2C
CH2
H2C
H
N
COOH
H
Prolina
NH2
COOH + HOOC
CH2 CH2 C
COOH
NH2
CH3 C
H
Acido pirvico
COOH + HOOC
Acido glutmico
CH2 CH2 C
COOH
cetoglutarato
Alanina
ACIDO ASPARTICO
O
HOOC
CH2 C
NH2
COOH + Acido glutmico
Acido oxalactico
HOOC
CH2 C
H
Acido Asprtico
CH2 C
NH2
NH2
COOH + NH3 + ATP
C CH2
O
Acido Asprtico
COOH + ADP + Pi
H
Asparagina
TIROSINA
Aunque la Tirosina es un aminocido no indispensable, su sntesis requiere el
aminocido esencial feniIalanina, como precursor. La tirosina se forma a partir de la
fenilalanina por una reaccin de hidroxilacin catalizada por la fenil-alaninhidroxilasa. La cual como hemos visto participa de la degradacin de la fenilalanina.
Fenilalanina + NADPH + H+ + O2
2,3
SINTESIS DE TREONINA
O
COOH
CH2
H
ATP
OH
ADP
CH2
apartil
NH2 quinasa
COOH
Acido
asprtico
OH NADH
CH2
CH2
C
NH2
CH
CH2
NH2
ENZ.
NH2
COOH
COOH
Semialdehdo
asprtico
Homoserina
CH2
OH
CH2 OH
NAD+
NADH
O
CH2
COOH
aspartil
fosfato
ADP
OH
ATP
NAD+
H+
CH
- Pi
Complejo enzimtico
-homoserin-fosfato
CH
ENZ.
COOH
COOH
CH3
+
CH3
H2O
CH
C
COOH
CH
ENZ.
CH3
OH
COOH
H2O
CH
ENZ.
OH + O
NH2
CH
ENZ.
COOH
Treonina
83
O
CH2 OH
Succinil CoA
CH2
H
NH2
COOH
CH2 O
CH2
CH2
CH2
NH2 CH2
COOH
Homoserina
CH2
Cistena
H
COOH
CH
H
NH2
NH2
COOH
COOH
O succinil - homoserina
Cistationina
CH3
SH
CH2
Piruvato
CH2
+ NH2
CH2
DA ~ Cobalanina
CH2
NH2
N ~ Metil
tetrahidroflorato
COOH
Homocisteina
NH2
COOH
Metionina
D. A. ~ Cobalamina
tetrahidrofolato + metionina
Mg++
Glutamilcistena + ADP +P
Glutatin + ADP + Pi
COOH
CH2
HSCoA
CH2 NH2
COOH
COOH
CH2
CH2
+
CH2
C
COOH
S CoA
Glicina
Succinil~CoA
CH2
CH2
C O
C O
CH2
NH2
COO H
NH2
Acido amino
levulnico
Acido amino
oxoadpico
COOH
HOOC
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2 C
2 H2O
H
C
C
CH2
NH2
CH2
C
H
CH2 COOH
O
H
H
NH2
H
Porfobilingeno
85
HOOC
CH2 COOH
CH2
CH2
CH2 C
CH
NH2
H
Porfobilingeno
CH
CH2
CH
H
CH3 C
C
N
CH3
CH3
CH
H
CH2
CH2
COOH
CH2
H
HC
CH2
CH3
CH
CH2
COOH
Protoporfirina IX
86
Aspartato
C
C
Formiato
Formiato
N
3
N
9
amida de la glutamina
glicina
aminotransferasa
PP
ADP + P
cido glutmico
P O CH2
H
H
NH 2
R
P
fosforibosilamina
O
P
ATP
OH
H
H
OH
OH
fosforibosilpirofosfato (FRPP)
87
C4 y C5
N7
C8
NH2
NH
"CHO"
CH
CH2
glutamina
CHO
CoF
cido glutamnico
NH
NH
O
R
glicinamida ribtido
N3
C6
O
N1
C
CO2
CH
NH2
N
"CHO"
CH
CH
CH
Acido asprtico
C
NH2
N
R
N
R
5 aminoimidazol ribtido
CoF
NH2
C2
N
NH
CH
CH
N
R
P
Inosina 5' - fosfato
Acido Inosnico IMP
88
N
R
NAD
aspartato
[O]
NADH2
GTP
GDP + Pi
H
HOOC
CH2 C
COOH
NH
P
N
H+ glutmico H+ Xntico
glutamina
ATP
aspartato
AMP
N
R
AMP + PP
fumarato
O
NH2
H
N
H
NH2
N
N
R
P
R
89
base prica
AMP
Ribosa 5 P
5 P Ribosil PP
Nucletido
Pi
Ribosa 1 P
base prica
Nuclesido
ATP
AMP
Nucletido
Pi
GDP + ADP
GDP + ATP
GTP + ADP
AMP + GTP
ADP + GDP
ADP + GTP
ATP + GDP
E
PRPP
AMP
ADP
ATP
GMP
GDP
GTP
H+ inosnico
5 fosforibosilamina
En este caso el exceso de ATP, ADP o AMP o de GTP, GDP o GMP producen una
inhibicin a nivel de la enzima que cataliza la reaccin entre el fosforibosilpirofosfato
y la 5 fosforibosilamina, por lo tanto se frena la secuencia metablica y se inhibe la
biosntesis. Es un caso de retroalimentacin negativa.
Biosntesis de Nucletidos de Pirimidina
Es una ruta similar a la de los nucletidos purnicos, pues las bases libres no son
productos intermedios.
Esta ruta es ms simple y se diferencia en que la D-Ribosa se acopla despus que
se ha formado el anillo pirimidnico. El precursor es el cido Ortico.
O
C
H
COOH
N
90
cido ortico
H2O
carbamil PO4
Acido Asprtico
PO4
PRPP
NAD
Acido Dihidrtico
PP
Acido Orotidlico
OMP
Acido Ortico
fosforibosil-tr
ansferasa
NADH2
CO2
Acido Uridlico
OMP
descarboxilasa
UMP
(uridin monofosfato)
UMP + ATP
UDP + ADP
UDP + ATP
UTP + ADP
NH2
C
H
ATP
+
NH3
O
N
R
ADP + Pi
N
R
En Escherichia Coli (bacteria) el que dona el grupo NH2 es el NH3 libre. En los
mamferos es el grupo amino de la glutamina.
Regulacin de la biosntesis de nucletidos de pirimidina
Cuando hay un exceso de UTP y de CTP este exceso determina la inhibicin de la
aspartato carbamil transferasa, enzima que inicia la ruta de biosntesis, por lo tanto
se produce el fenmeno de retroalimentacin negativa o feed-back.
91
Acido Asprtico
aspartato carbamil transferasa
Acido carbamil
Asprtico
UMP
UTP
CTP
C
H
N
C
C
CH
CH
N5; N10.Metilen
Tetrahidrofolato
FH2
Dihidrofolato
N
C
N
desoxi R P (dUMP)
CH3
N
desoxi R P (d-TUMP)
Reacciones fosfotransfersicas:
ATP + d ADP
ADP + d ATP
ATP + d CDP
ADP + d CTP
ATP + d TDP
ADP + d TTP
ATP + d GDP
ADP + d GTP
92
Como las propiedades de la clula estn controladas por genes los caracteres
pueden cambiar por mutacin. De esta manera se pudo conocer la secuencia de
los genes en los cromosomas y saber que los genes poseen un gran nmero de
locus que pueden experimentar mutacin; y que qumicamente estn constituidos
por cido desoxiribonuclico.
Pero el desarrollo ms importante en el campo de le gentica fue:
La enunciacin de la hiptesis de "un gen - una enzima", por Beadle y
Tatum que dice que los genes se expresan a travs de protenas, por lo
tanto, las mutaciones darn origen a protenas alteradas.
El descubrimiento de Avery y Col, que demostraron que el ADN contiene
la informacin gentica.
B. En el campo de la bioqumica, muchos avances experimentales importantes se
hicieron posibles gracias a la mejora de mtodos cromatogrficos, que hicieron
posible el anlisis cuantitativo de la composicin aminocida y de la secuencia de
las protenas y mostraron que le secuencia vara segn funcin de la protena.
Tambin se lleg a establecer la composicin y estructura covalente de los
cidos nucleicos.Uno de los desarrollos ms significativos consisti en el
descubrimiento de la equivalencia de ciertas bases del ADN que se convirti en
un elemento importante para deducir su estructura tridimensional.
C. En el campo de la fsica molecular la aplicacin de difraccin de rayos X a la
conformacin de molculas de protenas fibrosas y globulares llev al concepto
de que cada tipo de molcula proteica posee una conformacin especfica, que
determina su funcin biolgica. Pero el hecho fundamental fue la aplicacin de
los rayos X al anlisis de la estructura tridimensional del ADN. En 1953 Watson y
Crick postularon una estructura de doble hlice para el ADN que sugiri un
mecanismo sencillo por medio del cual la informacin gentica puede transferirse
de la clula progenitora a la clula hija. La hiptesis de Watson y Crick fue pronto
ampliada y extendida hasta llegar a lo que Crick denomin el dogma central de la
gentica molecular, el cual establece que la informacin gentica fluye del ADN
al ARN y de ste a las protenas; relacin frecuentemente simbolizada as:
ADN
ARN
protenas
equivalencias de bases observadas por Chargaff. Este modelo no solo explicaba las
propiedades fsicas y qumicas del ADN, sino que sugera un mecanismo por medio
del cual la informacin gentica poda replicarse con exactitud. El modelo estructural
del ADN de Watson y Crick consiste en dos cadenas polinucleotdicas dextrohelicoidales, arrolladas a un mismo eje y constituyendo una doble hlice. Las bases
pricas y pirimdicas de cada hebra se encuentran en el interior de la doble hlice.
El aparejamiento de las bases apartadas por ambas hebras es tal que solamente
ciertas bases encajan en el interior de la estructura de manera que puedan unirse
unas a otras por puentes hidrgeno. Las bases son:
A-T
G-C
ncleo de
TyC
N
N
N
T
T
C
C
A
G
G
T
C
ARN
protenas
O sea que ste dogma defini tres procesos fundamentales de los cuales el primero
es el de REPLICA, es decir la "copia" del ADN con formacin de molculas hijas.
Veremos como sucede ste proceso a nivel molecular. La caracterstica ms
sorprendente de la hiptesis de Watson y Crick, desde el punto de vista gentico, en
su postulado de que las dos hebras del ADN duplohelicoidales son complementarias.
La rplica de cada una de ellas conduce a dos molculas hijas de ADN; cada una
contiene una hebra del ADN progenitor. Este proceso se denomina rplica
semiconservadora.
Pero Cmo pueden replicarse simultneamente las dos hebras del ADN de modo
que se formen al mismo tiempo.
ste mecanismo requiere tres enzimas:
ADN - polimerasa dependiente del ADN
ADN - ligasa
Endodesoxiribonucleasa
ADN polimerasa
Cataliza la sntesis de enlaces internucletidos. Posee los siguientes requerimientos:
1). Presencia da ADN preformado
2). Presencia de los cuatro desoxiribonucletidos trifosforados, los mono y
difosforados son inactivos.
3). Mg++
Qu papel desempea el ADN preformado? Se han propuesto dos alternativas:
1. Que acta como cebador, es decir, que al proporcionar un extremo o puntos
de crecimiento, se pueden adicionar nuevos mononucletidos.
97
hebra patrn
hebra cebadora
2. O bien podra ser utilizado como patrn sobre el cual la enzima podra
construir una hebra complementaria al ADN preformado.
nd ATP
nd GTP
ADN preformado
nd CTP
Mg++
nd TTP
d
d
ADN
|
AMP
|
GMP
|
CMP
|
TMP
4 PPi
H2C
O
O
H
Base
O
HO
H
O
Base
OH
OH
OH
P
OH
P
O
PPi
H2C
OH
PPi
O
O
H2C
OH
Base
OH
Base
OH
OH
H2C
O
H
Base
OH
OH
98
Hay un ataque al tomo de fsforo alfa del nucletido trifosforado entrante y provoca
el desplazamiento de su grupo pirofosfato, con formacin de enlace internucletido.
El PPi formado es rpidamente hidrolizado por una pirofosfatasa por lo cual la
reaccin es muy exergnica. La direccin de la sntesis es por lo tanto 5 --- 3'.
ADN ligasa
1. Enlaza extremos de molculas de ADN produciendo formas circulares. Ej.:
bacterias.
2. Cataliza la reparacin de roturas de una cadena de ADN.
O
Base
CH2
NMN
OH
NAD
AMP
5'
Dinucletido
constitudo
NMN y AMP
OH
H
OH
3'
H
Base O
99
OH
O
Base O
CH2
O
O
OH
H2C
Base O
Adenina
OH
CH 2 O
HO
O
OH
Base O
Base O
Mecanismo de replicacin
Antes de hablar de la replicacin es importante acotar que la cadena de ADN
recin sintetizada se prolonga en direccin opuesta a la cadena de ADN patrn, es
decir, tiene una polaridad opuesta o antiparalela.
3'
T
T
A
5'
3'
cebadora
3'
5'
3'
5'
5'
3'
A
T
T
3'
Kornberg: postul que la rplica comienza con la produccin de una mella o una
rotura en una hebra por accin de una endonucleasa. Unidades de MN adicionadas
por la ADN polimerasa:
5'
5'
3'
3'
5'
3'
3'
endonucleasa
5'
3'
ADN polimerasa
5'
3'
5'
ADN ligasa
101
unin reversible
unin estable:
reconoce al promotor
T
A
3'
P
OH
OH
OH
5'
P
P
P
103
OH
5'
T
A
La enzima se desplaza
por la hebra del ADN
A
P
OH
104
2.
factor
de terminacin
Ro
ADN
ARN
enzima
105
UUU
UUC
UCU
UCC
UCA
UCG
106
107
30 S
A
|
C
|
C
108
Anticodn (unin al ARNm)
ATP + AA
O
H
P
R
OH +
CH2
OH
Adenina
NH2
NH2
O
O
P
OH
CH2
+
Adenina
PPi
109
AA .
30 S
LP
LA
50 S
110
30 S
30 S
30 S
50 S
AA
AA
50 S
LA
(metionina) AA
AA
2.- En la segunda fase se forma el enlace peptdico por reaccin entre el grupo
amino del nuevo aminoacil - ARN t captado con el grupo carboxilo del AA ya
existente en el LP.
111
NH
NH
R
CH
C
CH
HO
LP
LP descargado
NH
NH2
R
CH
C
H
C
LA
LA
ARNm
CH
NH
H
C O
LP
LA
112
113
Estructural
114
regulador
operador
estructural
represor
Este represor tiene un locus de unin especfico prximo al gen estructural. Este
locus se denomina operador.
Qu sucede en una induccin, es decir, cuando se agrega al medio un sustrato que
debe degradarse? El sustrato, que sera el inductor, se combina con el represor
formando un complejo inductor-represor inactivo, que no puede unirse al operador.
represor
inductor
regulador
ARNm
operador
estructural
represor
115
En este caso, la histidina se une al represor y forma un complejo represorcorrepresor que se combina al operador; el gen estructural no se transcribe y por lo
tanto no se sintetiza histidina.
Regulacin coordinada
Tambin existe un mecanismo de regulacin coordinada por el cual un grupo de
enzimas puede ser reprimida o inducida por un slo represor o por un slo inductor.
Por ejemplo, para sintetizar histidina se necesita un grupo de enzimas. Todas se
encuentran codificadas en los genes ocupando locus vecinos.
operador
116
BIBLIOGRAFIA
117