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Protenas-1 M. Prez-Gilabert 2013

PRCTICAS DE BIOQUMICA ESTRUCTURAL, MARZO 2011
EJERCICIOS DE VISUALIZACIN DE ESTRUCTURAS CON JMOL (o con
PROTEIN EPLORER!, " PROTEIN DATA BAN#
C$%&'(on)*(o I+ P*o'%,n)&
No-.*% " )/%00(1o&2 3*)nc(&co M)n$%0 C).%00o To**%&
Este cuestionario completo lo tenis que grabar como archivo PDF. El archivo
debe nombrarse con vuestros APELLIDOS (y NOMBRE) y roteinas!". E#$%&R
&'EN%O( ) . Enviarlo como %&RE& (&ula #irtual). Se entrega UN
CUESTIONARIO POR PERSONA.
*ay que contestar a continuaci+n de cada pregunta y mantener el orden de las
mismas.
C41(5o 1QPU
Con el PDB
a. A qu protena orrespon!e" CYTOCHROME B562
b. Cu#l es su $rupo prosttio" PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
c. A qu resi!uos est# uni!o el %etal !e ese $rupo prosttio? HIS 102 y MET7
d. &btn una i%a$en en la que se 'ea
. (e$)n la lasi*iai+n (C&P a qu lase !e protenas pertenee"
Protenas to!o Al*a
Con ,Mol
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Protenas-1 M. Prez-Gilabert 2013
!. -u !o%inio estu!ia!o en lase enontra%os en esta protena"
.l /az !e uatro 0lies al*a
". Presenta una i%a$en en la que se 'ea la estrutura seun!aria olorea!a !e %anera
que se !istin$a el e1tre%o a%ino 2 arbo1ilo ter%inal 3aroiris4 2 el $rupo
prosttio
#. Presenta otra i%a$en en la que la protena 2 el $rupo prosttio se representen o%o
es*eras. Marar los resi!uos polares 2 apolares !e olores !istintos.
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$. .n estilo 5esque%#tio67 si pone%os el ursor sobre el e1tre%o !e una 0lie nos
aparee el no%bre 2 la posii+n !el resi!uo. 8a%os a anotar !on!e o%ienza 2
!on!e aaba a!a 0lie. .n onsola seleiona%os una !e estas 0lies 3(elet 2-
204 2 eson!e%os el resto 3en onsola7 6(1% no' &%0%c'%14 39a%bin po!e%os 0aer
lo %is%o on el bot+n !ere0o7 seleionar%ostrar s+lo lo seleiona!o4. A
ontinuai+n a%bia%os el estilo a CP: 2 olorea%os por e;e%plo !e 'er!e
3Color#to%os'er!e4. <ntenta 'er las restas 2 los suros 2 pon una i%a$en
se=alan!o al %enos una resta 2 un suro.
%. (eleionar otra 0lie que ontate on la anterior 2 ponla en estilo 5es*eras CP:6
3si quere%os oultar el resto> 'er el inter'alo !e resi!uos 2 en onsola /i!e primer
residuo!,ltimo). &btener una i%a$en en la que se 'ea o%o se e%paquetan esas
0lies.
&. C+%o se lla%a ese tipo !e e%paqueta%iento" ?i!$es into $roo'es
.n qu otro tipo !e protenas aparee" .n los Coile! Coils
@
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C41(5o 1C7R
a. A qu protena orrespon!e"
BACTERIORO'OPSINA
b. De qu or$anis%o se 0a aisla!o" 3&;o on la no%enlatura> $nero on %a2)sula 2
espeie on %in)sula> a%bos en ursi'a o subra2a!oAA4
Ha()bac*+$,- .a($/a+,-
. <n!ia a que CBA(. pertenee esta protena se$)n la lasi*iai+n (C&P 2 CA9/
(C&P 7 Me%brane an! ell sur*ae proteins an! pepti!es
CA9C/7 Mainl2 Alp0a
!. A!e%#s !e la protena> que ele%entos apareen en la estrutura" Cu#l !e ellos
rees que ;ue$a un papel %#s i%portante en la *uni+n !e esa protena"
?.9<CAB
Dra$%entos lip!ios7
1-E2>F>10.1@-9.9?AM.9/GB-/.HAD.CAC-1F-GBI- 2-E2>10>1@-
9?<M.9/GB/.HAD.CAC-1F-GBIGBGC.?&B
2>10>23-9?<M.9/GB-9.9?AC&(AC.
.l %#s i%portante es el ?etinal> 2a que la protena se enar$a !e su transporte 2
esta solo se e1presa uan!o 0a2 retinal presente.
e. Con a2u!a !el pro$ra%a B<GACD .HPB&?.? !el PDB> in!ia que tipo !e
interaiones se estableen entre la protena 2 el ?.9<CAB.
<nteraiones /i!ro*+bias
*. Busa al$una protena !e *omo sapiens que ta%bin ten$a ?.9<CAB o%o li$ante.
Anota su no%bre 2 el +!i$o PDB. 3Pista7 en B<GACD C/.M<CAB C&MP&C.C9>
!el PDB> %ara 5(.A?C/6 en la asilla !el ?.9<CAB4
?etinol-bin!in$ protein 2
@.D.
$. Cu#ntas 0lies al*a enontra%os en esta protena 31CJ?4"
(iete.
0. ?e*erenia !el artulo en el que se publi+ esa estrutura 31CJ?4
(iene. 1KKK &t JL2JF3M@3J472MM-F1.
S'*$c'$*)0 c6)n5%& (n .)c'%*(o*6o1o/&(n 1$*(n5 (on '*)n&/o*' )' 2 )n5&'*o-
*%&o0$'(on+
BueNe /> (0obert B> ?i0ter /9> Cartailler ,P> Ban2i ,:.
(oure7
Depart%ent o* Moleular Biolo$2 an! Bio0e%istr2> Oni'ersit2 o* Cali*ornia>
<r'ine> CA K2FKP> O(A. 0u!elQui.e!u
i. Mto!o e%plea!o para !eter%inar esta estrutura 2 resolui+n !el %is%o.
Di*rai+n !e ra2os H
1.J0
;. Busa una i%a$en en la que se 'ean bien los ele%entos !e la estrutura seun!aria !e
esa protena 31CJ?4 2 su 0(5)n1o c%n'*)0.
M
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P*o'%,n)& con 8M)no& E39
a. PARVALB:MINA2 ;PAL+ Busa una i%#$en en las que se 'ea la estrutura
$eneral !e una %ano .D 3estrutura seun!aria 2 #to%os !e alio4.
b. Con el pro$ra%a L(5)n1 E</0o*%* !el PDB busa i%#$enes en las que se 'ean que
a%ino#i!os se unen a a!a #to%o !e alio. Para a!a i%a$en> in!ia c$=n'o&
)-(no=c(1o& se unen al alio 2 c$)n'o& %n0)c%& enontra%os. 8es al$una
!isrepania"
/a2 M a%ino#i!os interaionan!o on el #to%o !e CaR2> pero por el ontrario
0a2 seis enlaes !e uni+n al ion en uesti+n. .l a%ino#i!o responsable !el
e1eso !e enlaes es el Glu101
F
Protenas-1 M. Prez-Gilabert 2013
/a2 M a%ino#i!os interaionan!o on el #to%o !e CaR2> pero por el ontrario
0a2 seis enlaes !e uni+n al ion en uesti+n. .l a%ino#i!o responsable !el
e1eso !e enlaes es el GluF2
c. C41(5o 1OSA+ A qu protena orrespon!e este +!i$o"
Cal%o!ulina
d. Con 0) %&'*$c'$*) %n %&'(0o 8.o0) " >)*(00)&9 )>%*(5$) ) ?$% co**%&/on1%n 0)&
.o0(')& %n >%*1%+
<ones !e CaR2
P
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. Cu#l es el %oti'o araterstio !e esa protena" Cu#ntos apareen"
(on las %anos .D> en la que apareen uatro !e estos %oti'os.
!. Presenta una i%a$en en la que se 'ea la estrutura $eneral !e esa protena 3estilo
5esque%#tio64 2 !e sus li$an!os 3estilo 5es*eras CP:64.
". Cu#l es el papel !e las 0ebras beta en estas estruturas"
Dailitan la interai+n entre las %anos .D 'einas> as o%o las %antienen
pr+1i%as.
#. .n el PDB> busa esta protena en 5Moleule o* t0e Mont06. Por qu se le 0a
puesto ese no%bre"
Para po!er resu%ir CABiu% M&DOBate! prote<C.
.n ese %is%o aparta!o se 0abla !e otra protena que ta%bin 0e%os estu!ia!o en
lase 2 que tiene una $ran si%ilitu! estrutural on el +!i$o 1&(A De qu
protena se trata"
De la 9roponina C
$. Busa en el PDB los +!i$os 19CD 2 3CBC. A qu protenas orrespon!en"
19CD 9?&P&C<C C
3CBC CABM&DOB<C
%. Presenta una i%a$en en la que se pue!an o%parar las estruturas !e a%bas
protenas.
9roponina C Cal%o!ulina
J
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C41(5o+ Co(0%1 co(0&2 T*o/o-(o&(n)+
a. Cu#ntas a!enas apareen en la i%a$en"
Apareen uatro a!enas polipept!ias.
b. Busa una i%a$en en la que se oloree a!a a!ena !e un olor 3Para que!arnos
s+lo on !os a!enas> ir a la parte superior !el %en) !esple$able 3!on!e aparee
el +!i$o4bio%oleule Boa! 3una !e ellas4.

. <ntenta obtener i%#$enes en las que se 'ea la interai+n entre los resi!uos
0i!ro*+bios.
(e %uestran los resi!uos 0i!r+*obos en naran;a
K
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C41(5o 1@PE 50$co&) o<(1)&) (50(co/*o'%,n)!
a. .li%ina una !e las a!enas polipept!ias 2 presenta una i%a$en en la que se
'ea lara%ente la protena 3en el estilo que pre*ieras4 2 los arbo0i!ratos 3en
estilo bolas 2 'arillas4.
b. <n!ia a qu resi!uos 3no%bre 2 n)%ero4 est#n uni!os los arbo0i!ratos.
1 NAACETILADA@LUCOSAMINA Asp323> (erM2K> 90r3K@
2 NAACETILADA@LUCOSAMINA 90r1FP> Asp11K> (erMF2> Asp20P
3 NAACETILADA@LUCOSAMINA 90r3MK> Asp@11
C41(o 1ABM+ M(o50o.(n)+ P0%5)-(%n'o 1% 50o.(n)&+
)+ .sa protena orrespon!e a una *or%a &H<- o D.(&H<"
Correspon!e a la *ora o1i-%io$lobina.
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.+ &btn una i%a$en on el $rupo 0e%o en *or%a !e 'arillasL /is F@ 2 K3 o%o bolas
2 'arillasL o1$eno o%o es*eras blanas 2 el resto !e la protena en *or%a
esque%#tia.
c+ Con la protena en %o!o esque%#tio anota !on!e e%pieza 2 !+n!e aaba a!a
0lie.
1-3F> 3P-@3> M2-MP> MK-PK> J3-KM> 101-11J> 120-122> 12M-1@K
1+ (eleiona una !e estas 0lies 3en C&C(&BA> select 3pri%ero-)lti%o resi!uo44>
pntala en *or%a !e es*eras CP:> !ale un olor a to!a esa 0lie 2 borra el resto !e
la protena. &bser'a las restas 2 los suros 2 %ara a!a osa en el ua!ernillo !e
pr#tias.
%+ /az lo %is%o> pero a0ora seleionan!o !os 0lies !e %anera que se 'ea la
interai+n entre a%bas 3pinta a!a 0lie !e un olor4. C+%o se lla%a ese tipo !e
e%paqueta%iento"
?i!$es into $roo'es.