Estructura general de un aminocido.

Esta estructura es comn a todos los alfa-

aminocidos, con una nica excepcin. (La
excepcin es la prolina, un aminocido cclico).
El grupo R o cadenal lateral (en rojo) unido al
carbono (alfa) (en azul) es diferente para
cada aminocido.


Se usan dos convenciones para
identificar a los carbonos dentro
de un aminocido. Los carbonos
adicionales de un grupo R se
designan comnmente (beta),
(gamma), (delta), (epsilon),
empezando a partir del carbono
(alfa). Para la mayora de las dems
molculas orgnicas, los tomos de
carbono se numeran simplemente a
partir de un extremo, dando la
mxima prioridad
a los carbonos con sustituciones que contengan tomos de mayor nmero atmico.
Siguiendo esta ltima convencin, el grupo carboxilo de un aminocido sera el C-1 y el
carbono alfa sera el C-2.


Estereoisomerismo en los alfa-
aminocidos.
a)Los dos estereoismeros de la alanina, la L- y la D-alanina, son imgenes especulares
no superponibles entre s (enantimeros). b) Los enlaces con forma de cua se
proyectan fuera del plano del papel; los enlaces a trazos lo hacen por detrs.
c) Se supone que los enlaces horizontales se proyectan fuera del plano del papel, los
enlaces verticales por detrs. No obstante, se utilizan a menudo las frmulas de
proyeccin de una forma descuidada sin pretender
representar una configuracin estereoqumica especfica.



Asimetra Molecular: molculas
quirales y aqurales.
a) Cuando un tomo de carbono
tiene cuatro sustituyentes
diferentes
(A,B,X,Y), stos pueden
disponerse de dos maneras
diferentes, que dan lugar a dos
molculas no superponibles,
siendo cada una de ellas la imagen
especular de la otra
(enantimeros). Estos tomos de
carbono son asimtricos y se
denominan tomos quirales o
centros quirales.



b) Cuando alrededor del tomo de
carbono tetradrico se disponen
nicamente tres sustituyentes
diferentes (es decir, hay dos
sustituyentes iguales), solamente
es posible una configuracin
espacial y la molcula es simtrica
o aquiral.
En este caso la molcula puede
superimponerse a su imagen
especular: aqu, la molcula de la
izquierda, rotando en sentido
contrario a las agujas del reloj
(cuando se mira hacia abajo por el
eje vertical que une A y C), da
lugar a la molcula del espejo.

Relacin estrica de los estereoismeros de la
alanina con la configuracin absoluta del L- y
D-gliceraldehdo. En estas frmulas de
perspectiva los carbonos estn alineados
verticalmente con el tomo quiral en el centro.
Los carbonos de estas molculas estn numerados
empezando con los carbonos aldehdo o carboxilo
en el extremo (en rojo), 1 a 3 de arriba abajo tal
como se muestra. Cuando se presentan de esta
forma, el grupo R del aminocido (en este caso el
grupo metilo de la alanina) est siempre debajo
del carbono alfa. Los L-aminocidos son los que
tienen el grupo alfa-amino a la izquierda y los D-aminocidos los que tienen el grupo alfa-amino a la
derecha.


Aminocidos APOLARES, con cadenas laterales alifticas. (Tambin Phe y Trp.)


Aminocidos POLARES, sin carga.

MUY IMPORTANTE, existe un error !. El aminocido PROLINA que aparece
en este ltima clasificacin dentro de los aminocidos polares sin carga, tiene
como cadena lateral una cadena aliftica (sombreada en rosa) y es por tanto apolar,
por lo que debera aparecer en el recuadro de arriba.


Aminocidos
AROMTICOS
con cadenas
laterales (o
grupos R)
aromticos.









Aminocidos BSICOS
con cadenas laterales
cargadas positivamente.









Aminocidos CIDOS con cadenas laterales cargadas negativamente.



Los 20 aminocidos estndar de las protenas. Las frmulas estructurales
muestran el estado de ionizacin que predomina a pH 7.0 Las partes no
sombreadas son comunes para todos los aminocidos; las partes sombreadas en
color son los grupos R. Aunque el grupo R de la histidina se muestra sin carga, su
pKa es tal que una fraccin pequea pero significativa de estos grupos est
cargada positivamente a pH 7.0









Absorbancia de la luz ultravioleta por los aminocidos aromticos. Espectros
de absorcin de luz de los aminocidos aromticos triptfano y tirosina a pH 6,0.
Los aminocidos estn presentes en cantidades equimolares (10
-3
M) en idnticas
condiciones. La absorcin de la luz por el triptfano es cuatro veces mayor que la
de la tirosina. El mximo de absorbancia para ambos est cercano a 280 nm
(nanmetros). La absorcin de la luz del tercer aminocido aromtico, la
fenilalanina (no mostrado), generalmente contribuye poco a las propiedades de
absorbancia de las protenas.




Formacin
reversible de un
puente disulfuro
por oxidacin de
dos molculas de
cistena. Los
puentes disulfuro
entre residuos de
Cys estabilizan las
estructuras de
muchas protenas.






Aminocidos no estndar
a) Algunos aminocidos no estndar
encontrados en protenas. Todos ellos
provienen de aminocidos estndar. Los
grupos funcionales extra aadidos a travs
de reacciones de modificacin se muestran en
rojo. La desmosina se forma a partir de
cuatro residuos de Lys. b) La ornitina y la
citrulina, que no se encuentran en las
protenas, son intermediarios en la
biosntesis de arginina y en el ciclo de la
urea.








Propiedades y convenciones asociadas a los aminocidos estndar.
Nombres abreviados: Normalmente, aunque no en todos los casos, las tres primeras letras
del nombre en ingls de cada aminocido.
pK
1
indica el valor de pKa del grupo alfa carboxilo.
pK
2
indica el valor de pKa del grupo alfa amino.
pK
R
indica el valor de pKa de la cadena lateral de los aminocidos cuya cadenal lateral sea
ionizable.
pI indica el valor del punto isoelctrico o pH isoelctrico.
ndice hidroptico: escala que combina la hidrofobicidad y la hidrofilicidad de las cadenas
laterales, se usa para predecir la tendencia de los aminocidos a buscar un ambiente acuoso
(valores negativos) o un ambiente hidrfobo (valores positivos).
Presencia en las protenas (%): Presencia media en unas 1.150 protenas estudiadas.























Curvas de valoracin del glutamato (izquierda) y de la lisina (derecha).
Glutamato: El valor de pK
1
se corresponde con el pKa del grupo alfa-carboxilo (2.19),
El valor de pK
2
se corresponde con el pKa del grupo carboxilo de la cadena lateral (4.25),
El valor de pK
3
se corresponde con el pKa del grupo alfa-amino (9.67).
El pH isoelctrico o punto isoelctrico (pI) ser la media aritmtica de los valores de
pKa de los grupos alfa-carboxilo y carboxilo de la cadena lateral (porque en este caso
se trata de un aminocido cido):
pI = (2.19 + 4.25) / 2 = 3.22

Lisina: El valor de pK
1
se corresponde con el pKa del grupo alfa-carboxilo (2.18),
El valor de pK
2
se corresponde con el pKa del grupo alfa-amino (8.95),
El valor de pK
3
se corresponde con el pKa del grupo amino de la cadena lateral (10.53).
El pH isoelctrico o punto isoelctrico (pI) ser la media aritmtica de los valores de pKa de los
grupos alfa-amino y amino de la cadena lateral (porque en este caso de trata de un
aminocido bsico):
pI = (8.95 + 10.53) / 2 = 9.74

Los aminocidos con un grupo R ionizable (Lys, Arg, His, Asp, Glu, Tyr y Cys), tienen
curvas de valoracin ms complejas que la de la glicina, con tres etapas correspondientes a los
tres pasos de ionizacin posibles; tienen por tanto tres valores de pKa. La etapa adicional debida
a la valoracin del grupo R ionizable se fusiona en cierto grado con las otras dos, tal y como
observamos en los aminocidos aqu expuestos.
Formacin de un enlace
peptdico por condensacin. El
grupo alfa-amino de un
aminocido (el que tiene el R
2
),
acta como nuclefilo
desplazando el grupo hidroxilo
de otro aminocido (el que tiene
el R
1
) para formar un enlace
covalente denominado enlace
peptdico (sombreado en gris).
Al ser esta reaccin
energticamente desfavorable
los aminocidos deben ser
activados previamente.







Estructura del pentapptido seril-glicil-tirosinil-alanil-leucina o Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu.
Los pptidos se nombran empezando por el residuo amino-terminal que, por convencin,
se sita a la izquierda y terminan con el residuo carboxilo-terminal, a la derecha. Los
enlaces peptdicos se muestran sombreados en gris y las cadenas laterales en rojo.








Ionizacin y carga elctrica del pptido Alanil-glutamil-glicil-lisina. Este tetrapptido
tiene un grupo alfa-amino libre, un grupo alfa carboxilo libre y dos cadenas laterales (o
grupos R) ionizables. Los grupos ionizados a pH 7.0 se muestran en rojo.

Algunos pptidos naturales con
intensa actividad biolgica. Los
residuos amino-terminales estn a la
izquierda.
(a) La bradiquinina es un
pptido de tipo hormonal que inhibe
las reacciones inflamatorias.
(b) Oxitocina, formada por la
hipfisis posterior, estimula las
contracciones uterinas.
(c) factor liberador de la
tirotropina (o TSH), formado por el
hipotlamo.
(d) Dos encefalinas (Met-
encefalina y Leu-encefalina),
pptidos cerebrales que afectan a la
percepcin del dolor.
(e) Gramicidina S,
antibitico producido por la bacteria
Bacillus brevis . Las flechas indican
la direccin desde el extremo amino
al carboxilo de cada residuo. El
pptido no tiene final porque es
circular.
Orn es el smbolo de la ornitina,
aminocido que generalmente no se
presenta en las protenas.
Obsrvese que la gramicidina S contiene dos residuos de un D-aminocido (D-fenilalanina).


Propiedades cido-base
















Estructura qumica.

a) Modificacin de los extremos NH
2
terminal: acetilaciones, aa cclicos
COOH terminal: en forma amida
b) Por proteolisis de precursores mayores

c) En hongos y bacterias: presencia de estructuras cclicas y D-aminocidos

Ejemplos
a)

Ac-NH-SYSMEHFRWGKPV-CONH
2
-MSH (hormona estimulante de los melanocitos)


TRH (hormona liberadora de tirotropina)









b)

PROOPIOMELANOCORTINA

SYSMEHFRWGKPVGKKRRPVKVYPDAGEDQSAEAFPLEF
(ACTH)
-lipotropina
SYSMEHFRWGKPV (-MSH)
-
MSH
-lipotropina -
endorf.

c)





Actividad biolgica


1) Pptidos vasoactivos

A) Vasoconstrictores

ANGIOTENSINOGENO
RENINA
ANGIOTENSINA I DRVYIHPFHL
ANGIOTENSINASA
ANGIOTENSINA II DRVYIHPF + HL

B) Vasodilatadores

QUININGENO
KALIKRENAS
BRADIQUININA Y KALIDINA
RPPGFSPFR KRPPGFSPFR

2) Hormonas

OXITOCINA CYIQNCPLG-CO-NH
2
ARGININ-VASOPRESINA (ADH) CYFQNCPRG-CO-NH
2

LISIN-VASOPRESINA (ADH) CYFQNCPKG-CO-NH
2



Otras hormonas:
a) hipotlmicas
b) hipofisarias
c) pancreticas: insulina, glugagn
d) gastrointestinales: gastrina, secretina, colecistoquinina, VIP (pptido intestinal vasoactivo, etc

3) neurotransmisores

ENDORFINAS
PROTEOLISIS ESPECFICA
Leu-encefalina YGGFL
Met-encefalina YGGFM

4) Antioxidante

GLUTATION (-glutamil-L-cistenil-glicina)


2GSH + H
2
O
2
GSSG + 2H
2
O









Protenas conjugadas: protenas que contienen
componentes qumicos diferentes a los
aminocidos. La parte no aminocido de una
protena conjugada se denomina frecuentemente
grupo prosttico.









Antes de comenzar la secuenciacin se purifica la protena, y una vez en su estado
puro, se rompen los puentes disulfuro si se trata de una protena que los contiene,
de esta forma se obtienen las cadenas polipeptdicas separadas. La secuenciacin
se lleva a cabo con cada polipptido por separado.


Rotura enzimtica del enlace peptdico mediante tripsina, enzima proteoltico.


Secuenciacin indirecta. Hoy en da la estructura primaria de muchas protenas se conoce
a partir de las secuencias de nucletidos de los genes que las codifican.
Las primeras bases de datos de secuencias de aminocidos proteicos fueron reunidas
basndose en el uso de los mtodos de secuenciacin qumica. Hoy en da, la enorme
preponderancia de informacin de las secuencias de protenas derivan de la traduccin de
las secuencias de los genes codificadas en los codones y desde sta la obtencin de las
secuencias de los aminocidos proteicos. Secuenciar el orden de los nuclotidos en los genes
clonados es un proceso ms rpido, eficiente e informativo que la determinacin de las
secuencias de los aminocidos proteicos por mtodos qumicos.

El desarrollo de mtodos rpidos para la secuenciacin del DNA, el descubrimiento del cdigo
gentico, y el desarrollo de tcnicas para el aislamiento de genes, permiten deducir la
secuencia de un polipptido mediante la determinacin de la secuencia de nucletidos del gen
que lo codifica. De esta manera se ha llegado a conocer secuencias de muchas protenas antes
de su aislamiento o mera caracterizacin.



Poliestireno
sulfonado
pH
Separacin de aminocidos
El huevo
La oruga
crislida
La mariposa
Ciclo Vital de la Mariposa
Mismo genoma Distintas protenas
Protemica
Conocer el protema de un organismo es tener una imagen dinmica de todas
las protenas expresadas por ese organismo, en un momento dado y bajo
determinadas condiciones concretas de tiempo y ambiente
Qu funcin tienen las protenas?,
Qu tipo de modificaciones postraduccionales sufren las protenas y cul es
su funcin?,
Cmo varan las protenas de una clula enfrentada a distintas condiciones
ambientales?.
Tambin es posible entender la protemica como el conjunto de tcnicas que
permiten analizar el conjunto de protenas presentes en la clula en
determinado momento, o sea, el proteoma. Estas tcnicas incluyen el 2D-
PAGE (electroforesis de poliacrilamida de dos dimensiones) y la MS
(espectrometra de masas). La manera ms fcil de hacer un estudio
protemico es comparar los proteomas de dos condiciones y observar sus
diferencias.


Electroforsis en dos dimensiones