Definicin, clasificacin y nomenclatura de las enzimas

Coenzimas y cofactores
Mecanismos de la catlisis enzimtica
Centro activo y especificidad
Tema 7. Actividad enzimtica
Tipos de catlisis
Catalizadores biolgicos especficos que aumentan la velocidad de las
reacciones bioqumicas.
Generalidades Enzimas
Aumentan la velocidad de reaccin hasta por un factor de 10
17
Casi todas las enzimas son protenas excepto las ribozimas (formadas por
RNA slo o asociado a protenas)
Generalidades Enzimas
Las enzimas son necesarias para que las reacciones bioqumicas:
Se produzcan a una velocidad adecuada para la clula
Se dirijan hacia rutas tiles y necesarias segn necesidades energticas
y necesidad de produccin de distintas sustancias.
Gran poder cataltico
Alto grado de especificidad
Actan en soluciones acuosas en condiciones determinadas de T y pH
Su actividad puede regularse
Caractersticas
Importancia
Agricultura
Industria alimentaria
Medicina
Generalidades Enzimas
E + S E + P ES
Las enzimas aceleran las reacciones multiplicando su velocidad.
No se alteran en el proceso, no se modifican en su actuacin.
No llevan a cabo reacciones que sean energticamente desfavorables, no
modifican la constante de equilibrio de la reaccin, sino que aceleran su
consecucin.
Caractersticas catalticas
Algunos enzimas necesitan cofactores
A veces la actividad cataltica depende de componente qumico adicional
Cofactor: metales o iones inorgnicos pequeos, Fe, Mg, Mn, Zn, Co
Coenzima: molculas orgnicas pequeas
Apoenzima + Cofactor = Holoenzima
(FAD)
(NAD)
Algunos enzimas necesitan cofactores
Contribuyen alineamiento enzima-sustrato
Sitio adicional de enlace
Depresin, anemia
Fatiga, dermatitis...
Coenzima de las enzimas que transfieren grupos carboxilo, en
metabolismo de aminocidos.
Biotina
Anemia perniciosa Coenzima en la transferencia de grupos metilo.
B12
(cobalamina)
Pelagra Constituyente de las coenzimas NAD y NADP B5 (niacina)
Fatiga y trastornos del
sueo
Constituyente de la CoA
B3 (cido
pantotinico)
Dermatitis y lesiones
en las mucosas
Constituyente de los coenzimas FAD y FMN
B2
(riboflavina)
Beriberi
Coenzima de las descarboxilasas y de las enzima que
transfieren grupos aldehdos
B1 (tiamina)
Escorbuto
Coenzima de algunas peptidasas. Interviene en la sntesis de
colgeno
C (cido
ascrbico)
Enfermedades
carenciales
FUNCIONES VITAMINAS
Interviene en las reacciones de transferencia de grupos
aminos.
B6
(piridoxina)
Vitaminas como cofactores enzimticos
Nomenclatura de enzimas
El 3 y el 4 se refieren a los grupos qumicos especficos que
intervienen en la reaccin.
Cdigo numrico encabezado por las letras EC (enzyme commission)
Cuatro nmeros separados por puntos
El 1 indica a cual de las seis clases pertenece la enzima
El 2 se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo
Nombre sistmico
Sustrato preferente + reaccin + asa
E.C. 1.1.1.1 Alcohol deshidrogenasa
Etanol
Acetaldehdo Alcohol DH
1.- Oxidorreductasas: Reacciones de oxido-reduccin
2.- Transferasas: Transferencia de grupos intactos de una molcula a
otra
3.- Hidrolasas: Reacciones de hidrlisis
(ruptura de enlaces con participacin del agua)
4.- Liasas: Adicin de grupos a dobles enlaces
(sin participacin del agua)
5.- Isomerasas: Transferencia intramolecular de grupo
(cis/trans, L/D, aldehdo/cetona)
6.- Ligasas: Unin de dos sustratos a expensas de la hidrlisis del ATP
Clasificacin de enzimas
Transaldolasas y transcetolasas
Acil-, metil-, glucosil- y fosforil- transferasas
Quinasas
Fosfomutasas
Oxidorreductasas
Deshidrogenasas
Oxidasas
Reductasas
Peroxidasas
Catalasas
Oxigenasas
Hidroxilasas
Transferasas
Hidrolasas
Esterasas
Glucosidasas
Peptidasas
Fosfatasas
Tiolasas
Fosfolipasas
Amidasas
Desaminasas
Ribonucleasas
Liasas
Descarboxilasas
Aldolasas
Hidratasas
Deshidratasas
Sintasas
Liasas
Isomerasas
Racemasas
Epimerasas
Isomerasas
Mutasas
Ligasas
Sintetasas
Carboxilasas
Clasificacin de enzimas
Mecanismo de catlisis enzimtica
Enzimas aumentan la velocidad sin modificar la constante de equilibrio de la reaccin
Condiciones para una reaccin bioqumica
Los reactivos deben colisionar
La colisin molecular tiene que ocurrir con una orientacin adecuada
Debe haber un equilibrio favorable. La DG
0
debe ser negativo
EP E + S ES E + P
Estado basal
Estado de transicin
Estado basal
A B
Estado basal
Estado de transicin
Estado basal
A B
Mecanismo de catlisis enzimtica
Energa de activacin DG
0
: Energa necesaria para que se alcance el estado de
transicin y que se produzca la reaccin.
Alinear grupos reactivos
Formar cargas inestables transitorias
Reordenar enlaces
Es la energa necesaria para:
Estado basal
Estado de transicin
Estado basal
A B
Mecanismo de catlisis enzimtica
Energa de activacin de la reaccin catalizada es menor que la energa de
activacin de la reaccin sin catalizar
La enzima se une al de sustrato y le hace adoptar un estado intermediario
semejante al de transicin pero de menor energa
Mecanismo de catlisis enzimtica
Modo de accin de los enzimas
Centro activo: Regin del enzima que se une al sustrato y donde se realiza
la catlisis
Es un bolsillo o hendidura tridimensional compuesto por residuos de
aminocidos de diferentes partes de la molcula que producen un
microambiente especfico.
Es relativamente pequeo en comparacin con el volumen total del enzima.
Los sustratos se unen mediante mltiples interacciones dbiles. Las
interacciones proveen de la energa necesaria para reducir la energa de
activacin.
Proporciona la especificidad al enzima.
Modelo del ajuste inducido (Koshland 1958)
Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato
Modelo llave cerradura (Fischer 1894)
Bioqumica Mathews, van Holde y Ahern. Addison Wesley 2002
Sustrato
Enzima
Complejo ES
Centro
activo
Modelo llave cerradura
(Fischer 1894)
Modelo del ajuste inducido
(Koshland 1958)
Sustrato
Enzima
Complejo ES
Centro
activo
Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato
Cambio conformacional inducido por la glucosa en la hexoquinasa
D-Glucosa
Especificidad enzimtica: especificidad de sustrato
Especificidad enzimtica: estereoespecificidad
Los enzimas son estereoespecficos porque forman varias interacciones entre
aminocidos del centro activo y los distintos grupos del sustrato
CH
2
OH
OH
H
1
2
3
OH OH
H
H
CHOH
CH
2
OH
CH
2
OH
C
CH
2
OH
CH
2
OPO
3
OH H
Glicerol L-Glicerol 3-fosfato
Glicerol quinasa
ATP
1
2
3
CHOH
CH
2
OH
CH
2
OH
CHOH
CH
2
OH
CH
2
OH
C
CH
2
OH
CH
2
OPO
3
OH H
Glicerol L-Glicerol 3-fosfato
Glicerol quinasa
ATP
C
Especificidad enzimtica: especificidad de funcin
Glucosa 6 P
6P-Gluconolactona
DH
Glucosa + Pi
Fructosa 6P
Glucosa 1P
Mutasa
Isomerasa
Fosfatasa
Un mismo compuesto puede ser sustrato de varios enzimas, que lo modifican
de distinta forma.
Tipos de catlisis
Catlisis cido-base
Catlisis covalente
Catlisis por iones metlicos
Tipos de catlisis
Catlisis cido-base
Reacciones por transformacin intermediarios cargados inestables por
captacin o cesin de H
+
A pH fisiolgico [H
+
] y [OH
-
] bajas Baja velocidad
Enzimas donantes o aceptores de [H
+
] Aumentan velocidad
Tipos de catlisis
Catlisis cido-base
G3P se une al
centro activo
Intermediario enediol, se
forma por transferencia de
un protn de C2 al Glu 165 y
un protn de His 95 al
carbonilo
DHAP unida al
centro activo
Triosa fosfato isomerasa
His 95
Glu 165
E- G3P E-enediol E- DHAP E + DHAP E + G3P
Tipos de catlisis
Catlisis covalente
Se forman enlaces covalentes transitorios E-S para facilitar la formacin de
producto. Ej: Transaminaciones
A-B + X: A-X + B A + X: + B
X: = Ncleo nucleoflico de la enzima
GRUPOS NUCLEFILOS Y ELECTRFILOS DE IMPORTANCIA BIOLGICA
a) Grupos nuclefilos en sus formas bsicas
b) Los grupos electrfilos contienen un tomo con deficiencia de electrones (rojo)
Tipos de catlisis
Catlisis por iones metlicos
Participan de diferentes formas en la catlisis:
Fijando y orientando adecuadamente al sustrato para que reaccione
Estabilizando estados de transicin de compuestos cargados
Intervienen en reacciones redox cambiando su propio estado de oxidacin
SITIO ACTIVO DE LA ANHIDRASA CARBNICA HUMANA
CO
2
+ H
2
O HCO
3
-
+ H
+