Transcripción en Eucariotas y

control de la expresión génica

23-09-2021
Table 6-1 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
¿ Cuantas RNA polimerasas hay en células eucariotas?

¿Cómo averiguarlo de manera experimental?

 Three Different RNA Polymerases in Eukaryotes
(Roeder and Rutter, 1969)

functional group on column: DEAE-Sephadex

polymerase activity
(32P incorporation into RNA)

protein
(measured by UV light
absorbance in a
[salt]
spectrophotometer)
(50mM KCl
-400 mM)
α-amanitina

Amanita muscaria
“the death cap
Deadly beauty
Sensibilidad de las RNAs polimerasas a la α-amanitin
Table 6-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
 Comparación de las tres RNAPs a nivel atómico.

Total sub unidades: 14 12 17

 Promotores Clase I
● Corresponden a los promotores reconocidos por la Pol I:
Esto es los genes de rRNA.

● Los promotores clase I no son bien conservados en

secuencia, pero la estructura es bien conservada.

● Poseen una secuencia conservada, el iniciador rico en AT

(rINR), el cual rodea el sitio de inicio de la transcripción.

El elemento Core: localizado al sitio de inicio de la

transcripción (-45 a +20)
Upstream Control Element (UCE): localizado entre -156 y -107
Espaciamiento entre ellos es MUY importante
 Los dos elementos del promotor
Clase I

Necesario para una optima transcripcion Absolutamente requerido para

la transcripcion
 Promotores Clase III
Corresponde a genes con promotores internos
• X. borealis (5S rRNA)
• El promotor esta localizado dentro del gen.
• Delecion de la totalidad de la region 5’ no
tiene efecto sobre la transcripción.
• Delecion mas alla del ~ +50 destruye la
función del promotor
Los promotores de clase III se encuentran dentro del gen que controlan
Un tipico promotor de la RNA pol II

BRE
 Promoter Clase II
 El core:
– Caja TATA (-25)
– Elemento de reconocimiento de TFIIB
(BRE)
– Iniciador
– Elementos promotores rio abajo
– (DPE)
 Elementos Rio Arriba
Elementos básicos del promotor para RNA pol II

- 10 0 - 5 0 +1 50 100

core pro mot e r

TA TA - b ox In r
CAGAGC ATATAAGGT GAGGT AGG AT CAGT T GCT C CTCAC CTT
- 30 - 20 - 10 +1
 Factores de Transcripción General = GTFs
• Factores generales de inicio de la transcripción
(GTIFs)
– Proteinas requeridas para la transcripción
especifica de un promotor
– Requeridas por la RNA polimerasa para unirse
fuertemente y especificamente a los
promotores.
– GTIFs para la RNA polimerasa II son denotados
TFIIx, donde x = A, B, D, …
 -30 +1
TATA Inr
TAFs

Modelo de TBP
} TFIID or TBP

union
IIA

IIB
secuencial del Eukaryotic RNA
IIF
polymerase II
ensamble del Pol IIa

complejo de CTD of large subunit of Pol II

helicase
IIE

preiniciación protein kinase

IIH

(PIC) IIE IIF

IIB IIA Pol IIa
IIH
TATA Inr
preinitiation complex
ATP hydrolysis = PIC

IIE IIF
Polymerization of 1st few NTPs and IIB IIA Pol IIa
IIH
phosphorylation of CTD leads to TATA Inr
promoter clearance. TFIIB, TFIIE and initiation complex, DNA melted at Inr
TFIIH dissociate, PolII+IIF elongates,
and TFIID + TFIIA stays at TATA. Activated PIC
TBP dobla el DNA en 90o y fuerza la apertura del
surco menor.
Multiple subunits of the transcription factor IID (TFIID) complex bind core promoter
elements: TATA-box-binding protein (TBP) binds TATA boxes. TBP-associated factor 1
(TAF1) and TAF2 bind the initiator element (Inr). TAF6 and TAF9 bind the downstream
promoter element (DPE).
 Funciones de TFIIA y TFIIB
• TFIIA se une a TBP
• TFIIB es necesario para que el complejo
Pol/TFIIF se una a TFIID.
 Funcion de TFIIF

• Compuesto por 2 unidades , RAP70 y

RAP30 (“RNAP associated protein”).
• Reduce la union no especifica- de la
RNAP al DNA.
• Función es analoga al factor s de E.
coli.
• TFIIH
1. Requerido para el “clearance” del promotor
2. Complejo proteico de 10 subunidades
3. Posee actividad DNA helicasa/ATPasa (RAD25
gene), para fusion del DNA
4. Tambien posee actividad quinasa: fosforila el
dominio carboxilo terminal (CTD) de la subunidad
mayor de la RNAP
 Nature Communications
volume 10, Article
number: 2084 (2019)

https://media.nature.com/original/nature-
assets/nature/journal/v531/n7596/extref/
nature17394-sv1.mov
MBV4230

CTD – Dominio C-terminal

 Cola conservada : (YSPTSPS)n

 Levadura n = 26, humanos n = 52
 Cola hidrofilica

 Exclusiva de la RNAPII
 Función esencial in vivo
  >50% letal
 Deleciones parciales causan fenotipos condicionados
 Truncaciones reducen varias funciones, iniciacion, y procesamiento del mRNA.
MBV4230

Estructura del CTD

Meinhart, A. and Cramer, P. (2004) Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3'-RNA-processing factors. Nature, 430, 223-226.
De acuerdo al estado de fosforilación del CTD, podemos dividir la
transcripción en cuatro etapas:

1) Reclutamiento de la RNAP al promotor, en donde el Mediador posee una

alta afinidad por el CTD (no fosforilado)
 Dirk Eick; Matthias Geyer; Chem. Rev.  2013, 113, 8456-8490.

2) Fosforilación de Ser5 del CTD por TFIIH/CDK7, lo que genera, perdida de

afinidad del Mediador por el CTD y se produce el escape del promotor. Existe una
transición desde un estado de pausa de la transcripción (NELF) a una
transcripción productiva (paso 3)
En la transcripción productiva, el CTD contiene bajos niveles de Ser5P y Ser7P y
altos niveles de Ser2P.
 4) Transición al termino de la transcripción. Altos niveles de Ser2P y Thr4P, lo que
promueve el reclutamiento de los factores de corte y poliadenilación y, factores de
termino

Termino de la transcripción: Mecanismo “Torpedo”

Pcf11: Protein 1 of cleavage and polyadenilation factor I

Rtt103: Regulator of Ty1 transposition protein 103
 Parte II: Maduración del mRNA en eucariotas

1) Procesamiento al extremo 5’: Adición del CAP

2) Eliminación de los intrones: Splicing
3) Procesamiento al extremo 3’: Adición cola poli-A+
 Nucleic Acids Res. 2016;44(16):7511-7526. doi:10.1093/nar/gkw551

Para el CAP 0 se requieren tres actividades enzimáticas:

Tpase: RNA trifosfatasa
Gtase: Guanilil transferasa CAP 0
N7MTase: guanina-N7 metiltransferasa

m7G cap-specific 2′O MTase CAP 1

 2) Eliminación de los intrones: Splicing

Figure 6-26a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Pictograma de las señales de consenso en los sitios de splicing de los intrones dependientes de
U2
Figure 6-29 (part 1 of 2) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 6-29 (part 2 of 2) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 6-30b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
 3) Procesamiento al extremo 3’: Adición cola poli-
A+

Figure 6-37 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Figure 6-38 (part 1 of 3) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
 a multisubunit complex that specifically recognizes the AAUAAA motif, catalyzes
pre-mRNA cleavage, and recruits PAP to initiate polyadenylation at the 3’ hydroxyl
group of the upstream cleavage fragment.

CPSF: Factor estimulante de poliadenilación y clivaje

Figure 6-38 (part 2 of 3) Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Regulación de la expresión génica en
eucariotas
Figure 7-1 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 7-4 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
CROMATINA EN LA INTERFASE
 Heterocromatina: Tinción
oscura, condensada,
mayoritariamente DNA de
secuencia simple)
 Eucromatina: Tinción leve,
menos condensada, DNA de
secuencia compleja
HETEROCROMATINA VS EUCROMATINA
 Altamente condensada
 Secuencias repetitivas
 Replicacion tardia en el ciclo
 Transcripcionalmente reprimida
 Descondensada
 Secuencias de copia simple (genes)
 Replicacio temprana en el ciclo
 Transcripcionalmente activa
TODO COMENZO CON LAS MOSCAS….

w+ w
 Position Effect Variegation (PEV)
in Drosofila

• Un gen eucromatico es reposicionado cercano o

dentro de heterocromatina lo cual lo “jaspea”
(muestra silenciamiento variable)
• La secuencia del gen no ha cambiado, solo su
posición
• Se habla de efecto epigenético
El gen tipo salvaje “blanco” variegates
(jaspea) debido a su posición (PEV)

w+ w+
 Las proteínas regulatorias de genes y sus motivos estructurales que leen las secuencias del DNA

Helix-turn-hélix: Dos alfa hélices conectadas por una cadena corta de aminoácidos que constituye la vuelta:
Drosophila proteínas homeóticas.

Zinc Finger Monomeros: Coordina átomo de zinc en una región rica en cisteínas de la proteína: Receptores
esteroidales.

Leucine Zipper: Homo- o heterodimeros formados a través de la interacción de regiones ricas en leucina de las
proteínas: Proto-oncogenes c-Fos y c-Jun.

Helix-loop-helix Dimer Two helixes linked by a loop Proto-oncogene c-myc

 Regulacion de la Transcripcion

Un ejemplo elegante:La super familia de receptores

nucleares

58
Some Hormones that Bind Nuclear Receptors

59
Some Transcription Factors in the Nuclear Receptor
Superfamily

60
Hormone-binding Domain of GR Mediates Nuclear
Translocation

61
 miRNAs

Se originan a partir de precursores con cap y poli

adenilados (pri-miRNA)
“Hairpin precursor” ~70 nt (pre-miRNA)
miRNA maduro ~22 nt (miRNA)
miRNA como blanco de control expresión génica
miRNA biogénesis
Can miRNA work like an oncogene?